Disusun oleh :
Kelompok 7
1. Ritho Ritura (24030115130098)
2.Ajeng Dyah R. (24030115140100)
3.Irda I Arlia F. (24030115130101)
4.Galih Aditya M. (24030115140103)
5. Lidya Anggreani (24030115140104)
DEPARTEMEN KIMIA
FAKULTAS SAINS DAN MATEMATIKA
UNIVERSITAS DIPONEGORO
2017
PERCOBAAN VII
ISOLASI DAN KARAKTERISASI DNA
I. TUJUAN PERCOBAAN
Untuk memperoleh dan menentukan sifat-sifat (karakter) umum molekul DNA
5' N
N
Adenin
O N N
5' NH2
O P O CH2 H
O
4'H H 1' NH
OH 3' 2'
3' Sitosin
H H
O H H N O
5' O
O P O CH2
O
N
OH H H NH Guanin
3'
5' H
H H
O H N N O NH 2
5'
O P O CH2 H3 C
O
NH
OH H H
3'
Timin
H H
O H H N O
5'
O P O CH2
O
4' H H 1'
O- 3' 2'
H H
OH H
(Hart, 1963)
Ciri-ciri penting DNA heliks :
1. DNA terdiri dari dua rantai polinukleotida yang melingkar menurut satu sumbu
heliks
2. Kedua sumbu heliks bersifat putar kanan dan arahnya berlawanan menurut ujung-
ujung 3 dan 5 nya
3. Basa purin dan pirimidin terletak di dalam heliks pada bidang yang tegak lurus
sumbu heliks, sedangkan gugus-gugus deoksiribosa dan fosfat terletak di bagian
luar heliks.
4. Kedua rantai mempunyai pasangan basa purin dan pirimidin dihubungkan oleh
ikatan hidrogen, adenine selalu berpasangan dengan timin dan guanin selalu
berpasangan dengan sitosin
5. Tidak ada pembatasan pada urutan basa di sepanjang rantai polinukleotida, urutan
yang pasti menentukan informasi genetik. (Lehningher, 1982)
Tulang belakang molekul DNA adalah suatu rantai panjang yang terdiri dari
molekul gula deoksiribosa yang diikat menjadi satu oleh gugus-gugus fosfat. Satu
ujung rantai mempunyai satu gugus OH pada karbon lima, menurut penomoran gula,
ujung yang lain mempunyai satu gugus OH pada karbon nomor 3.
Tiap molekul gula dalam DNA juga dihubungkan ke satu molekul cincin
heterosiklik, yang biasa dirujuk sebagai basa. Hanya empat basa utama yang terdapat
dalam DNA. Dua sari basa ini adalah pirimidin tersubstitusi dan dua lagi adalah purin
tersubstitusi. (Fessenden, 1986)
2.8 Elektroforesis
Elektroforesis adalah teknik pemisahan komponen atau molekul bermuatan
berdasarkan perbedaan tingkat migrasinya dalam sebuah medan listrik (Westermeier,
2004). Medan listrik dialirkan pada suatu medium yang mengandung sampel yang
akan dipisahkan. Teknik ini dapat digunakan dengan memanfaatkan muatan listrik
yang ada pada makromolekul, misalnya DNA yang bermuatan negatif. Jika molekul
yang bermuatan negatif dilewatkan melalui suatu medium, kemudian dialiri arus listrik
dari suatu kutub ke kutub yang berlawanan muatannya maka molekul tersebut akan
bergerak dari kutub negatif ke kutub positif Kecepatan gerak molekul tersebut
tergantung pada nisbah muatan terhadap massanya serta tergantung pula pada bentuk
molekulnya (Yuwono, 2005). Pergerakan ini dapat dijelaskan dengan gaya Lorentz,
yangterkait dengan sifat-sifat dasar elektris bahan yang diamati dan kondisi elektris
lingkungan:
F adalah gaya Lorentz, q adalah muatan yang dibawa oleh objek, E adalah medan
listrik. Secara umum, elektroforesis digunakan untuk memisahkan, mengidentifikasi,
dan memurnikan fragmen DNA. (Fatchiyah, 2006)
2.9 Strawberry
Stroberi kebun adalah sebuah varietas stroberi yang paling banyak dikenal di
dunia. Seperti spesies lain dalam genus Fragaria (stroberi), buah ini berada dalam
keluarga Rosaceae. Secara umum buah ini bukanlah buah, melainkan buah palsu,
artinya daging buahnya tidak berasal dari ovari tanaman (achenium) tetapi dari bagian
bawah hypanthium yang berbentuk mangkok tempat ovari tanaman itu berada (Indiana
Yard and Garden Purdue Consumer Horticulture - Purdue University, n.d.).
Buah stroberi berwarna hijau keputihan ketika sedang berkembang, dan pada
kebanyakan spesies berubah menjadi merah ketika masak. Buah khas strawberri berasal
dari Amerika dan dikembangbiakan dengan baik di daerah Amerika Utara untuk jenis
Fragaria virginiana yang terkenal akan rasanya dan Amerika Selatan, Chile untuk jenis
Fragaria chiloensis untuk ukuran besarnya.
Berikut adalah Scientific Clasification dari buah strawberry:
Kingdom : Plantae
Division :Magnoliophyta
Class : Magnoliopsida
Order : Rosales
Family : Rosaceae
SubFamily : Rosoideae
Genus : Fragaria
Species : Fragaria ananassa
Buah nanas kaya akan enzim bromelain. Yang berguna untuk melegakan
tenggorokan dan membantu pencernaan. Enzim bromelain mencerna protein di dalam
makanan dan menyiapkannya agar mudah untuk diserap oleh tubuh. Nanas juga dapat
digunakan untuk mengempukkan daging. Selain kegunaan di atas. Nanas mengandung
citric dan malic acid yang memberi rasa manis dan asam pada buahnya. Asam ini
membuat nanas menjadi bahan makanan yang digunakan secara luas untuk membuat
masakan asam manis. Bromelin membantu penyembuhan luka dan mengurangi
pembengkakan atau peradangan di dalam tubuh. (Chandra, 2007)
2.11.2 NaCl
Sifat Fisik : Padatan kristalin putih. Densitas 2,17, Titik leleh 80o C, Titik
didih 1413o C
Sifat Kimia : Larut dalam air dan sedikit larut dalam etanol, dijumpai sebagai
mineral dalam air laut. (Daintith, 1994)
2.11.3 Akuades
Sifat Fisik : cairan tak berwarna, tak berasa dan tak berbau, berat molekul
12,016 g/mol, Indeks bias 1,332, Titik leleh 0oC, Titik didih
100oC.
Sifat Kimia : Bersifat Polar, digunakan sebagai pelarut universal. (Basri, 1996)
2.11.4 Eter
Sifat Fisi : Titik leleh -116,3oC, Titik didih 34,6oC
Sifat Kimia : Senyawa yang relative lembam (inert), biasanya tidak bereaksi
dengan asam encer ataupun basa encerdigunakan sebagai pelarut
organic. (Hart, 2003)
2.11.5 Heksana
Sifat Fisik : Rumus molekul C6H14, didapat dari fraksi minyak bumi yang
ringan pada titik 69oC, Densitas 0,66
Sifat Kimia : Banyak digunakan sebagai pelarut, merupakan pelarut non polar.(Arsyad, 2000)
Hasil
Filtrat Residu
Tabung
reaksi
Penambahan 9 ml etanol
Pengamatan
Pemisahan DNA dari larutannya
Residu
Pellet DNA
Hasil
IV. DATAPENGAMATAN Commented [A6]: Sesuaikan percobaan
No Perlakuan Hasil
1 Isolasi DNA dengan metode sederhana
- Pelarutan detergen pada 56 ml Aquades
dalam gelas beker
- 100 gram Buah strawberri + 10 gram
nanas
- Penambahan 200 ml akuades dan 1 g NaCl
- Blender selama 10 menit
- Pencampuran 4 ml jus sampel dengan 4 ml
larutan detergen
- Pengadukan selama 10 menit hingga
2. campuran homogen
- Penyaringan campuran sebanyak 2 kali
- Penambahan 9 ml etanol 96% dingin
- Pengamatan proses timbulnya DNA
- Pemisahan DNA dari larutan
Karakterisasi DNA
- Pelarutan pellet DNA dalam pelarut
akuades, etanol, eter, heksana, dan
kloroform
- Penentuan maksimum dan absorbansi
- Penambahan HCl pada larutan
- Pengadukan
- Pengamatan denaturasi, Penentuan
maksimum dan absorbansi
V. HIPOTESA Commented [A7]: Perbaiki lagi
LEMBAR PENGESAHAN?
DAFTAR PUSTAKA Commented [A8]: Perbaiki lagi, masih berantakan
A.Vaze et al, 2010, Isolation and PCR Amplificatiion of Genomic DNA from Dry Leaf
Samples of Sugarcane.International Journal of Pharma and Bio Sciences
Anonim, 2010, Deterjen, dalam http://www.chem-is-try.org/2010/sabun-dan-deterjen/
Arsyad, M., 2000, Kamus Kimia, Erlangga, Jakarta
Aseesh Pandey and Sushma Tamta, 2015, High-molecular-weight DNA extraction from six
Quercus species of Kumaun Himalaya, India. International Journal of Advanced
Research Volume 3 Issues 7
Basri, S., 1996, Kamus Kimia, P.T Rineka Cipta, Jakarta
Chandra, 2007, Nanas, dalam http://dchandra.wordpress.com/2007/11/06/nanas-buah-
dengan-banyak-manfaat/
Daintith, J., 1994, Kamus Lengkap Kimia, Erlangga, Jakarta
Fatchiyah, 2006,Gel Elektroforesis, Malang: Brawijaya Press
Fessenden, R., 1986, Kimia Organik, Erlangga, Jakarta
Hartadi H., 1980, Komposisi bahan Makanan Indonesia : data Ilmu makanan untuk
Indonesia, UGM, Yogyakarta
Hart, H., 1963, Organic Chemistry A Short Course, Houghton Milli and Company, Boston
Indiana Yard and Garden Purdue Consumer Horticulture - Purdue University. (n.d.).
Retrieved September 1, 2017, from https://www.purdue.edu/hla/sites/yardandgarden/
Mahmud, 2006, Penentuan LC 50 48 jam detergen dan Pengaruhnya terhadap Mortakitas
Larva Ikan Mas Ras Punten dengan Tipe Ploidi yang berbeda, Jurusan Biologi FMIPA,
Malang
Mashaghi, A., & Katan, A. (2013). A physicists view of DNA. Retrieved from
http://arxiv.org/abs/1311.2545
Sambrook & Russel, 2001, Molecular cloning : a laboratory manual, 4th Edition, ISBN 978-
1-936113-41-5 (cloth) ISBN 978-1-936113-42-2
Surya, 1989, Genetika, Binarupa Aksara, Jakarta
Westermeier, 2004,Electrophoresis in Practice: A Guide to Theory and Practice, New
Jersey: John Wiley & Sons inc.
Yuwono T, 2005,Biologi Molekuler, Jakarta: Erlangga.