SEKOLAH TINGGI ILMU KESEHATAN ( STIKES )

SYEDZA SAINTIKA PADANG

UJIAN AKHIR SEMESTER

Nama : Taufiq Hidayat

Nim : 2205176
NR : 10 (TLM)
Mata Kuliah : Bioinformatika (UAS)
Dosen : Heppy Setya Prima, M. Biotech

1. Jelaskan peran Web NCBI ( National Center for Biotechnology Information ) dalam
dunia Kesehatan yang saudara ketahui ?
Jawaban:
Web NCBI sangat berperan terhadap dunia kesehatan karena Web NCBI menyimpan
serangkaian basis data yang relevan untuk bioteknologi dan biomedis dan merupakan
sumber penting bagi alat-alat dan layanan bioinformatika. Pada Web NCBI tersimpan data
base utama seperti GenBank untuk urutan DNA dan PubMed, database bibliografi untuk
literatur biomedis. Serta data base lainnya termasuk data base NCBI Epigenomics.

2. Jelaskan peran Web NCBI ( National Center for Biotechnology Information ) dalam
Mengindentifikasi penyakit baru yang saudara ketahui ?
Jawaban:
Web NCBI sangat membantu dalam melakukan Identifikasi Agen Penyakit Baru, didalam
web tersebut sudah tertera berbagai informasi tentang genetik dari segala mikroorganisme.
Jadi apabila terdapat wabah baru yang belum diketahui agen penyebabnya. Maka dengan
memeriksa sampel pasien terjangkit untuk mengetahui susunan antigen dari penyebab
 SEKOLAH TINGGI ILMU KESEHATAN ( STIKES )
SYEDZA SAINTIKA PADANG

UJIAN AKHIR SEMESTER

wabah, kemudian baru menggunakan Web NCBI untuk mencari atau mencocokkan jenis
virus atau microorganism lainnya untuk mengetaui agen penyebabnya.

3. Jelaskan peran metode Analisa Molekuler dalam Mediagnosa penyakit yang saudara
ketahui ?
Jawaban:
 Dengan metode ini dapat dilakukan diagnosa tepat dan jelas
 Terhindar dari resitensi penggunaan obat antibiotic akibat dari salah memberikan
antibiotic karena kurang tepatnya diagnose
 Dapat dengan mudah mengeliminasi factor-faktor penyakit yang di bawa oleh genetik
garis keturunan

4. Jelaskan peran metode Analisa Molekuler dalam Mengindentifikasi spesies

mikroorganisme yang saudara ketahui ?
Jawaban:
Diagnostik molekuler merupakan pengujian untuk menganalisa penanda biologi secara
genomik atau proteomik untuk mendapatkan informasi kesehatan atau penyakit pasien
dalam diagnostik klinis. Diagnostik molekuler memiliki kelebihan diantaranya sensitivitas
yang tinggi dan dapat mendeterminasi jenis patogen dan kekebalan antibiotiknya
Walaupun memiliki banyak kelebihan, masih terdapat hambatan terhadap pengaplikasian
dalam diagnostik klinis dalam hal biaya yang efektif

5. Jelaskan peranan PDB ( Protein Data Bank ) dalam ilmu bioinformatika ?

 SEKOLAH TINGGI ILMU KESEHATAN ( STIKES )
SYEDZA SAINTIKA PADANG

UJIAN AKHIR SEMESTER

Jawaban:
PDB merupakan basis data yang sangat penting dalam bidang biologi struktur, seperti
genomika struktur. basis data bagi data struktur tiga dimensi dari molekul biologis
berukuran besar, seperti protein dan asam nukleat. Data tersebut, biasanya diperoleh dari
kristalografi sinar-X, spektroskopi NMR, atau, yang terbaru melalui mikroskopi elektron
kriogenik, kemudian diunggah oleh para ahli biologi dan biokimiawan dari seluruh dunia,
dapat diakses secara bebas di internet.
6. Sebutkan langkah-langkah untuk melakukan BLAST pada web NCBI ?
Jawaban:
 Arahkan ke halaman beranda NCBI Blast .
 Klik pada kotak “Nucleotide BLAST”
 Di kotak pilihan “Enter Query Sequence”, klik “Choose File”.Arahkan ke file kueri di
desktop Anda dan klik "Pilih".Nama file kueri akan muncul di sebelah “Choos File”
(yaitu “demo_scaffolds.fasta”).Di kolom “Judul Pekerjaan”, masukkan nama unik
untuk kueri Ledakan
 Di kotak pilihan “Choose Search Set”, klik “Standard databases”. Dalam daftar drop-
down pilih "Nucleotide collection (nr/nt)". Biarkan semua bidang lainnya dalam
keadaan default.
 Pada kotak pilihan “Pemilihan Program”, pilih “Sekuens yang sangat mirip
(megablast)”.
 Klik tanda tambah (“+”) di samping “Parameter algoritme” untuk membuka daftar
parameter. Pastikan bahwa semua pengaturan default dikonfigurasi dengan benar.
(Anda dapat mengklik "Pulihkan parameter pencarian default" di sudut kanan atas
 SEKOLAH TINGGI ILMU KESEHATAN ( STIKES )
SYEDZA SAINTIKA PADANG

UJIAN AKHIR SEMESTER

untuk mengatur ulang pengaturan default). Klik tanda minus ("-") dengan "Parameter
algoritme" untuk menutup daftar parameter.
 Klik tombol “BLAST” untuk memulai pencarian Blast.

7. Sebutkan langkah-langkah mengdentifikasi lokasi gen target pada kromosom?

Jawaban:
Penentuan gen yang mengendalikan karakter kualitatif maupun kuantitatif memerlukan
populasi pemetaan. Metode umum yang digunakan dalam penentuan lokasi gen yang
mengendalikan karakter kualitatif ialah bulk segregant analysis (BSA). Pendekatan
tersebut terbukti mampu mempercepat penentuan lokasi gen dengan biaya yang relatif
rendah. Sebaliknya, penentuan lokasi gen yang mengen-dalikan sifat kuantitatif dilakukan
melalui pemetaan quantitative trait loci (QTL). Dibandingkan penentuan lokasi gen
pengendali sifat kualitatif, pemetaan QTL lebih kompleks dan membutuhkan kemampuan
analisis statistik untuk menentukan daerah kromosom yang terkait dengan karakter
kuantitatif tersebut.

8. Sebutkan langkah-langkah mengidentifikasi ekson, intron, DNA dan isoform dari gen
mamalia ?
Jawaban:
1. Langkah identifikasi ekson pada gen mamalia adalah setiap bagian dari gen yang akan
membentuk bagian dari RNA dewasa akhir yang dihasilkan oleh gen tersebut setelah
intron dihilangkan dengan penyambungan RNA . Istilah ekson mengacu pada urutan
DNA dalam gen dan urutan yang sesuai dalam transkrip RNA. Dalam penyambungan
 SEKOLAH TINGGI ILMU KESEHATAN ( STIKES )
SYEDZA SAINTIKA PADANG

UJIAN AKHIR SEMESTER

RNA, intron dihilangkan dan ekson secara kovalen bergabung satu sama lain sebagai
bagian dari menghasilkan RNA matang . Sama seperti seluruh rangkaian gen untuk
suatu spesies merupakan genom , seluruh rangkaian ekson merupakan eksom .
2. Langkah identifikasi isoform pada mamalia. Sejarah evolusi isoform VDAC telah
dianalisis secara ekstensif. Karya terbaru oleh Young et al. menggunakan kombinasi
metode Neighbour-Joining dan Bayesian pada set urutan terbesar yang tersedia saat
ini. Munculnya tiga isoform pada mamalia adalah di samping pemisahan antara
VDAC hewan dan jamur, yang berasal dari nenek moyang yang sama. Pada mamalia
(tetapi juga pada sebagian besar chordata) ada tiga clade yang sesuai dengan isoform
VDAC1, 2 dan 3. Asumsi bahwa VDAC3 adalah protein tertua diterima secara
umum. Divergensi antara VDAC3 dan VDAC1/2 diperkirakan 365 ± 60 MY lalu,
sedangkan divergensi antara VDAC1 dan VDAC2 289 ± 63 MY. VDAC1 dapat
dianggap sebagai porin mitokondria terbaru.
3. Langkah identifikasi intron yaitu langkah ekspresi gen hingga saat ini masing-masing
efek telah dicirikan secara independen pada gen yang berbeda dan sistem ekspresi
yang beragam. Banyak langkah dalam jalur ekspresi gen yang berpotensi dipengaruhi
oleh intron. Akibatnya, sejauh mana setiap langkah berkontribusi pada efek
keseluruhan dari setiap intron pada ekspresi gen saat ini tidak diketahui untuk gen
tunggal mana pun. Konstruksi dan karakterisasi awal sistem reporter berbasis
luciferase untuk memantau efek intron individu pada ekspresi gen dan bagaimana
efek ini bervariasi dengan posisi intron. Dengan memungkinkan analisis independen
identitas intron dan posisi intron, sistem ini menyediakan alat yang berguna untuk
 SEKOLAH TINGGI ILMU KESEHATAN ( STIKES )
SYEDZA SAINTIKA PADANG

UJIAN AKHIR SEMESTER

membedah mekanisme molekuler dimana intron individu dan tindakan

penyambungan mempengaruhi ekspresi gen mamalia.
4. Langkah identifikasi DNA pada mamalia adalah Sekuen DNA pendek dari daerah
yang terstandarisasi pada genom menetapkan DNA barcode untuk identifikasi spesies.
Penelitian baru-baru ini menegaskan bahwa keragaman sekuen dalam gen sitokrom c
oksidase subunit I dijadikan alat yang efektif untuk identifikasi spesies, tetapi hal ini
belum teruji secara ekstensif untuk spesies mamalia. Kemampuan DNA barcode
dalam membedakan tujuh spesies mamalia. Secara khusus, bertujuan untuk
mendapatkan primer dan kondisi yang cocok untuk amplifikasi COI barcode spesies
mamalia. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa primer VF1 dan VR1
mengamplifikasi fragmen COI mamalia sepanjang 701 bp. Analisis pohon
filogenetika menunjukkan keberhasilan COI barcode dalam mengidentifikasi dan
mengelompokkan tujuh sekuen COI mamalia ternak (658 bp) ke dalam spesies yang
sesuai. Pada penelitian ini diketahui bahwa variasi interspesies 60 kali rata-rata lebih
tinggi daripada variasi intraspesies.