PRAKTIKUM BIOTEKTOLOGI FARMASI

PENGENALAN NCBI
Tanggal Praktikum 22 September 2020

Dosen Pengampu :

Destik Wulandari, S.Pd., M.Si.

Disusun oleh

1. Nurul Angizah (24185591A)

2. Fordiana Eka Puspitasari (24185595A)
3. Fauzia Rahmani (24185597A)
4. Astatin Ardhiasari (24185602A)

PROGDI S1 FARMASI

FAKULTAS FARMASI

UNIVERSITAS SETIA BUDI SURAKARTA

2020
 PENGENALAN NCBI

A. TUJUAN
1. Dapat menelusuri identitas suatu gen berdasarkan sekuen nukleotida
menggunakan gene bank database.
2. Dapat memahami prinsip ekspresi gen yang meliputi transkripsi dan translasi serta
regulasinya.
3. Dapat mengidentifikasi bagian gen yang berperan sebagai promoter, coding
sequence (CDS), intron dan ekson, start dan stop kodon, serta regulating element.
4. Dapat memahami bagaimana suatu gen yang sama dapat menghasilkan protein
yang berbeda.

B. DASAR TEORI
Semua makhluk hidup memiliki materi genetik untuk mempertahankan
kelangsungan struktur, sifat, fungsi dan aktivitas-aktivitas kimia dalam selnya. DNA
merupakan salah satu jenis asam nukleat yang berperan sebagai materi genetic yang
menurunkan sifat tertentu dari satu generasi ke generasi turunannya. Materi ini
mengarahkan pembentukan protein dan RNA tertentu yang penting dalam sel makhluk
hidup. DNA juga mengatur pertumbuhan dan pembelahan sel, termasuk informasi untuk
diferensiasi sel sehingga terbentuk tumbuhan, hewan, manusia dan mikroorganisme
lainnya. Begitu pentingnya DNA ini sehingga disebut sebagai molekul utama kehidupan
(Wirahadikusumah, 1985).
DNA berfungsi untuk menyimpan informasi genetik secara lengkap yang
diperlukan untuk mencirikan struktur semua protein dan RNA tiap-tiap spesies
organisme, untuk membuat program pada saat yang tepat dan menempatkan biosintesis
sel dan jaringan secara teratur, untuk menentukan aktivitas organisme sepanjang siklus
hidupnya, dan untuk menentukan kekhususan organisme tertentu. DNA alami terdiri dari
dua rantai anti parallel dalam suatu rangkaian heliks ganda. Basa A-T dan G-T yang
saling komplementer tersusun berpasangan melalui ikatan hydrogen pada heliks
(Lehninger, 1982)
 DNA akan mengalami denaturasi dan renaturasi. Jika suatu larutan yang
mengandung DNA dipanaskan atau diberi alkali kuat, maka hubungan hydrogen menjadi
labil dan putus. Dua pita spiral dari molekul DNA itu membuka. Proses ini disebut
denaturasi DNA. Jika larutan tersebut kemudian didinginkan kembali atau dinetralisis
secara perlahan-lahan maka terbentuklah pasangan-pasangan basa itu kembali. Peristiwa
ini dinamakan renaturasi (Jack, 1995).
NCBI (National Centre for Biotechnology Information) adalah institusi yang
konsen dalam sumber informasi perkembangan biologi molekuler.NCBI membuat
database yang dapat diakses secara umum, merangsang riset biologi terkomputasi,
mengembangkan software penganalisis data genome dan menyebarkan informasi
biomedical yang kesemuanya diharapkan mengarah pada pemahaman yang lebih baik
tentang proses molekuler yang mempengaruhi manusia dan kesehatannya. Adapun situs
akses NCBI adalah : www.ncbi.nlm.nih.gov (Artanti, 2016).
C. ALAT DAN BAHAN

D. CARA KERJA

E. PEMBAHASAN
Praktikum daring kali ini kami melakukan NCBI (National Center For
Biotechnology Information). Prinsip kerja dari praktikum ini ialah dengan
membandingkan sekuen nukleotida yang dimiliki dengan database sekuen nukleotida
untuk didapatkan identitas dari nukleotida yang kita ragukan tersebut baik nama gen dan
spesies penghasil dari sekuen lengkapnya.
NCBI dimanfaatkan dalam proses identifikasi nukleotida hasil dari ekspresi gen.
ekspresi gen merupakan proses bagaimana informasi yang ada di dalam DNA bisa di
copy melalui proses transkripsi dalam organisme eukariot. Hasil proses transkripsi adalah
mRNA (transkrip primer). Di dalam organisme eukariot ada tahapan proses tertentu
sebelum menghasilkan RNA yaitu RNA processing. Kemudian diikuti tahap tahap
translasi yang akhirnya menghasilkan polypeptida. Jika dalam proses tersebut ada
tahapan yang tidak terjadi, maka dalam hal ini tidak termasuk dalam kategori bahwa gen
tersebut telah terekspresi atau dengan kata lain tidak terjadi ekspresi gen
 Terdapat 4 data yang diperoleh dari masing-masing anggota kelompok kami.
Yaitu hormon gastrin, estrogen, progesteron, dan serotonin. Dalam praktikum kali ini,
identifikasi dilakukan terhadap sekuen nukleotida yang memberikan hasil
menggambarkan prses ekspresi gen dari nukleotida terkait. Dimana hasil identifikasi
dijabarkan dalam beberapa point fokus yang menunjukkan informasi penting terkait
sampel nukleotida. Locus merupakan nama sekuen pada GenBank, terdiri dari nama
sekuen, panjang sekuen (pasang basa/base pair), molekul, bentuk molekul dan tanggal
update terakhir. Hormon gastrin panjang DNA 7739 bp molekul DNA dengan bentuk
linier, hormon estrogen dengan panjang DNA 2029 bp molekul mRNA bentuk linier,
hormon serotonin panjang DNA 2287 bp molekul DNA dengan bentuk linier, hormon
progesteron panjang 3014 bp molekul mRNA dengan bentuk linier.
Data pada kolom origin menunjukkan urutan basa nitrogen yang ditampilkan
rantai sense dari arah 5 – 3. Angka 1- 61 menujukkan basa nitrogen pada urutan tertentu.
Pada praktikum kami tidak ada data unidentified yang artinya semua basa nitrogen dapat
dibaca urutannya.

F. KESIMPULAN

G. DAFTAR PUSTAKA
Artanti, Anif. 2016. Petunjuk Praktikum Biologi Molekuler. Surakarta: Universitas
Sebelas Maret
Chen, T., Hongyu, George M. 1999. Modeling Gene Expression With
DifferentialEquations. Pacific Symposium of Biocomputing.
Jack, R.C. 1995. Basic Biochemical Laboratory and Computing. New York:Oxford
University Press.
Lehninger, A.L. 1982. Dasar-Dasar Biokimia.Jakarta: Erlangga.
Wirahadikusumah, M. 1985. Biokimia, Protein, Enzim dan Asam Nukleat.Bandung:
Penerbit ITB.
H. LAMPIRAN