The New Central Dogma Of Molecular Biology

Executive Summary Ke - 1
disusun untuk memenuhi tugas matakuliah Biologi Sel Molekuler yang dibimbing oleh
Hendra Susanto, S.Pd.,M.Kes.,Ph.D

Oleh
Offering G
Maria Angelina Genere Koban (200342857002)

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
OKTOBER 2020
A. Isi Summary

Dogma sentral diterbitkan pertama kali oleh Francis Crik pada tahun 1958. Dogma
sentral biologi molekuler adalah proses ekspresi gen yang mengikuti tahapan-tahapan dalam info
genetik yang terdiri dari proses dasar replikasi DNA, transkripsi DNA menjadi RNA dan
translasi RNA menjadi protein atau polipetida. DNA merupakan kode genetik yang dapat
dipergunakan untuk memproduksi protein dengan cara memproduksi mRNA. mRNA dihasilkan
melalui proses transkripsi. Selanjutnya mRNA tersebut akan ditranslasikan menjadi asam amino.
Informasi yang telah diterjemahkan menjadi protein tersebut tidak dapat berbalik lagi. Hal ini
berarti bahwa Dogma sentral biologi molekuler berlangsung satu arah, yaitu transkripsi,
informasi genetik dari DNA ke RNA dan ditranslasikan menjadi protein. Aliran informasi
genetik dari asam nukleat ke asam nukleat memang memungkinkan tetapi aliran informasi dari
protein ke asam nukleat atau dari protein ke protein tidak memungkinkan. Pada Tahun 1970,
Sebagai tanggapan atas tantangan terhadap dogma sentral biologi berdasarkan penemuan
transkripsi balik (DNA polymerase bergantung pada RNA), Crik memperjelas Dogma sentral
yaitu bahwa informasi tidak dapat diterjemahkan kembali dari protein menjadi protein atau asam
Nukleat (Crick, 1970).
James Watson mempopulerkan dogma sentral biologi melalui buku Biologi
molekulernya, Berdasarkan gambar (1) tandah panah menunjukan arah untuk transfer gentik.
Tanda panah yang melingkari DNA menandakan bahwa DNA adalah template untuk replikasi
dirinya sendiri. Antara DNA dan RNA menunjukkan bahwa transkripsi RNA diatur oleh DNA.
Sintesis protein diatur atau diarahkan oleh Template RNA.

Gambar 1. Dogma Sentral Biologi Molekuler

Akibatnya banyak orang berpikir bahwa dogma pusat menggambarkan transfer informasi
genetik yang tidak terarah dari DNA ke RNA ke Protein. Hal ini tidak menungkinkan untuk
mengukur dampak yang tepat dari penemuan struktur heliks ganda Formulasi DNA dan Crick
tentang dogma sentral dan Hipotesis urutannya. DNA heliks ganda telah menjadi ikon biologi
bahkan dalam dunia sains itu sendiri. Hingga saat ini sudah diterima secara luas terkait dengan
urutan nukleotida dari suatu untaian DNA. Penggunaan tabel kode genetik dapat
menentukan/menguraikan urutan asam amino yang dikodekan oleh protein.
JENIS INFORMASI
Beberapa tantangan telah diajukan terhadap dogma sentral, pertama setelah penemuan
transkriptase seperti yang disebutkan di atas dan kemudian setelah penemuan prion, protein
dengan konformasi yang dapat ditransmisikan ke protein lain yang memiliki asam amino yang
sama berurutan sebagai prion tetapi dikemas secara berbeda. Namun, kebanyakan keberatan
tersebut mencerminkan kesalahpahaman tentang dogma sentral Crick, khususnya tentang
konsep Crick . Crick sudah sangat jelas mengatakan bahwa yang dimaksud dengan "informasi"
adalah "penentuan urutan yang tepat, baik dari basa dalam asam nukleat atau residu asam amino
dalam protein" . Kita bisa merujuk ke "Informasi" Crick sebagai "informasi urutan", yang
mengacu pada urutan nukleotida dalam DNA atau RNA dan urutan asam amino dalam protein.
Oleh karena itu, yang diusulkan Crick adalah transfer informasi sekuens tidak dapat
diterjemahkan dari protein ke protein atau dari protein ke asam nukleat. Penemuan terbaru
menantang pemahaman Crick mengenai informasi biologis dan apa yang mungkin terdapat
dalam sistem biologis. Secara khusus, asumsi utama yang mendasari dogma sentral Crick, dan
terjadi kesalahpahaman bahwa urutan informasi DNA mengandung semua zat yang dapat
diwariskan yang menentukan fenotipe suatu organisme. Pandangan hidup yang “berpusat pada
gen” atau “determinisme genetik” ini semakin banyak dikritik dengan penemuan baru. Misalnya,
pertanyaan tentang warisan muncul ketika prion ditemukan. Tidak ada korelasi antara informasi
sekuens dalam DNA dan prion yang diperbanyak. Bahkan kemampuan prion untuk
mempengaruhi bentuk protein lain mulai menimbulkan keraguan tentang proposal Crick yang
menyatakan bahwa informasi tidak dapat ditransmisikan dari protein ke protein (meskipun dalam
kasus prion harus bahwa ini bukanlah urutan yang tepat dari asam amino yang diubah, tetapi
struktur tiga dimensi protein). Selain prion, lainnya faktor epigenetik yang diwariskan telah
ditemukan, yang selanjutnya memperumit cara sederhana hubungan antara genotipe dan fenotipe
yang dihipotesiskan oleh dogma sentral.
Penelitian biologi selama lima dekade telah mengungkapkan bahwa terdapat berbagai
jenis informasi di dalam sel. Koonin membedakan dua jenis: (i) informasi digital, satu dimensi
informasi urutan yang terkandung dalam asam nukleat, dan (ii) informasi analog, struktur tiga
dimensi protein. Berdasarkan konsep Koonin, asam nukleat dan protein memiliki informasi
digital (urutan) dan informasi analog (struktur tiga dimensi).
TINGKAT INFORMASI YANG BERBEDA
Tidak hanya ada jenis informasi yang berbeda, tetapi juga terdapat tingkat informasi yang
berbeda dalam DNA dan RNA. Pengodean protein hanyalah salah satu dari level ini. Penemuan
terbaru dalam beberapa tahun terakhir adalah penemuan yang disebut "mutasi diam" dan dapat
berdampak pada fungsi seluler. Sebelumnya dalam dogma sentral dikatakan bahwa satu-satunya
peran DNA adalah untuk mengkode protein tertentu, diasumsikan bahwa setiap kodon untuk
asam amino tertentu adalah ekivalen dengan kodon lain untuk asam amino yang sama. Meskipun
terlalu dini untuk menyatakan bahwa setiap kodon dalam kode genetik memiliki sifat dan peran
yang unik (dan variasi mungkin ada di antara organisme yang berbeda), namun sebenarnya
beberapa "mutasi diam" sebenarnya tidak begitu diam. Penelitian terbaru telah mengungkapkan
beberapa contoh di mana pengkodean ulang asam amino dengan kodon kode untuk asam amino
yang sama tetapi memiliki urutan nukleotida yang berbeda dapat mengganggu fungsi segmen
DNA atau RNA pada tingkat selain sebutan tersebut asam amino tertentu yang diterjemahkan.
REPLIKASI ATAU TIDAK REPLIKASI
DNA heliks ganda tidak mampu membuat replikasi diri DNA karena molekul DNA
sangat panjang dan kedua untaiannya saling terikat erat. Misalnya, DNA genom E. coli memiliki
panjang 4,6 juta pasangan basa dan pemisahan dua untai, bahkan beberapa pasangan basa,
membutuhkan enzim protein, helikase, dan ATP. Selanjutnya, ketika helikase melepaskan kedua
untai, DNA di depan pembukaan heliks akan menjadi luka berlebih dan perlu diuraikan oleh
enzim protein lain, topoisomerase. DNA “mereplikasi secara akurat hanya dalam sel lengkap
yang berisi semua fungsi objektif yang memungkinkan sel untuk hidup.. Di luar sel hidup, DNA.
Bersifat pasif. Banyak penelitian tentang mekanisme molekuler mutasi kini telah
mengungkapkan bahwa mutasi merupakan proses yang sangat diatur, baik diaktifkan atau diatur
sementara ketika sel / organisme mengalami stres . Selanjutnya protein, dengan bantuan RNA,
secara aktif mensurvei DNA dan mempertahankan DNA utuh atau mengatur perubahan yang
dibutuhkan. Replikasi DNA diatur dengan ketat.
Kemampuan sel untuk mengetahui kondisi internal dan eksternal, keputusan tentang
apakah, kapan, seberapa banyak (bagian dari genom atau keseluruhan ,jumlah salinan yang akan
dibuat) dan seberapa akurat untuk mereplikasi DNA (misalnya, apakah polimerase dengan
ketelitian tinggi atau polimerase yang rawan kesalahan akan digunakan selama replikasi dan
sejauh mana kesalahan replikasi akan dikoreksi oleh sistem perbaikan DNA , juga pelaksanaan
replikasi DNA, semuanya bergantung pada fungsi terintegrasi dari banyak RNA dan protein
dalam sel dan membran sel yang mengandung protein.
ALIRAN INFORMASI
Batasan lain dari tampilan DNA-ke-RNA-ke-protein dari informasi genetik di dalam
organisme gagal untuk menjelaskan banyak informasi genetik, terutama organisme tingkat tinggi
seperti manusia. Ini karena tidak semua daerah DNA genom menyandikan gen, tidak semua gen
adalah pengkode protein, dan tidak semua wilayah kode gen pengkode protein untuk asam amino
protein itu. Selain itu, sekarang diketahui bahwa ada banyak gen fungsional non-proteincoding,
yang paling melimpah dan paling dikenal adalah rRNA dan tRNA. Cara lain untuk melihat
transkripsi dan proses penerjemahan kode adalah dengan memeriksa secara lebih rinci
transformasi informasi yang terjadi melalui pemrosesan informasi sistem sel.
Daerah non-protein-coding dapat menjadi penting untuk kelangsungan hidup atau
reproduksi organisme. Misalnya, meskipun sebelumnya secara luas dianggap sebagai DNA
sampah, intron dapat sangat penting untuk organisme. Jadi, bahkan jika setiap protein dalam
suatu organisme dapat diterjemahkan secara terbalik kembali ke RNA atau DNA, residu demi
residu, itu masih mewakili hanya sebagian dari DNA yang diperlukan untuk organisme.
Sehingga kita tidak akan dapat membuat ulang nukleotida urutan bagian-bagian DNA yang tidak
mengkode protein, termasuk yang tidak diterjemahkan daerah mRNA, intron, gen RNA non-
penyandi protein, dan daerah intergenik. Oleh karena itu, sejauh ini berkaitan dengan urutan
informasi semata-mata sebagaimana yang ditekankan oleh dogma sentral, kami memiliki corong
informasi dengan kehilangan informasi urutan yang tidak dapat diubah dari DNA ke RNA
menjadi protein.
Revisiting the Central Dogma
Lebih dari 60 tahun yang lalu, Francis Crick mengusulkan sebuah model transfer
informasi genetik yang menekankan urutan nukleotida pengkode protein dalam DNA sebagai
sumber informasi fundamental dalam sel yang merupakan sumber aliran satu arah informasi dari
DNA ke RNA menjadi protein. Selama beberapa dekade, dogma sentral Crick telah
mempengaruhi penelitian biologi dan telah mempengaruhi pandangan tentang bagaimana
pemrosesan informasi terjadi di dalam sel dan bahkan aspek DNA apa yang dianggap fungsional
atau layak dipertimbangkan. (Tan & Anderson, 2020). Asumsi yang mendasari bahwa dogma
sentral merupakan aliran satu arah dengan informasi urutan pengkodean protein DNA sebagai
sumber utama dan penengah pemrosesan informasi di dalam sel tidak lagi dapat dianggap
sebagai cara yang layak memahami aktivitas dan peran informasi dalam biologi.
Dogma sentral baru yang terbentuk adalah sebagai berikut Prinsip utama biologi
molekuler adalah pengkodean dan penguraian informasi biologis, yaitu, transfer urutan informasi
genetik secara detail yang diwariskan,aperiodik, jenis sel dan status sel, responsif lingkungan,
dan status sel secara terperinci. Secara khusus, 1) informasi urutan bisa ditransfer dari DNA ke
DNA, DNA ke RNA, RNA ke DNA, RNA ke RNA, dan RNA ke protein; 2) tidak ada transfer
informasi yang dapat terjadi tanpa interdependen, terintegrasi, fungsi pencocokan DNA, RNA,
dan protein; 3) tidak ada terjemahan terbalik, tapi protein, dengan bantuan RNA, menentukan
pemeliharaan, perbanyakan, dan pengkodean potensi DNA; dan 4) transfer informasi adalah
respons aktif dari sebuah sel ke internalnya dan kondisi eksternal.(Tan & Anderson, 2020)
Dalam konteks ini, istilah-istilah berikut perlu mendapat perhatian khusus: “Jenis sel dan
status sel” mencakup genom sel, epigenom, proteom, metabolom, membran, serta struktur dan
organisasinya. "Responsif terhadap lingkungan" mengacu pada efek dan tindakan organisme
dalam lingkungan,berdasarkan fitur dan kemampuan internal organisme. "Urutan" mengacu pada
urutan nukleotida DNA dan RNA dan asam amino urutan protein. Informasi urutan tidak
termasuk fungsi, konformasi (atau struktur), pelokalan, modifikasi pasca-terjemahan, jaringan
(mitra pengikat), atau lainnya informasi non-urutan. "Aperiodic" mengacu pada fakta bahwa
urutan DNA (atau RNA atau protein) tidak teratur dan tidak mungkin diprediksi berdasarkan
afinitas kimia atau fisik monomer penyusunnya.

B. Rujukan

Tan, C., & Anderson, E. (2020). The New Central Dogma of Molecular Biology.
Researchgate.Net, March.
X