MAKALAH

BIOKIMIA UMUM
“STABILITAS ASAM NUKLEAT DAN SISTEM EKSPRESI GEN”
Dosen pengampu: Ir. Pasjan Satrimafitrah, S.Si., M.Si., Ph.D

DISUSUN OLEH:
Ni Komang Ayu Puspitasari
G301 22 033

JURUSAN S1 KIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS TADULAKO

PALU, 2023
 KATA PENGANTAR

Puji Syukur saya ucapkan kehadirat Tuhan Yang Maha Esa, karena berkat Rahmat
dan hidayahnyanya sehingga saya dapat menyelesaikan makalah tentang “STABILITAS
ASAM NUKLEAT DAN SISTEM EKSPRESI GEN”, dengan tepat waktu. Saya juga
sangat berterimakasih kepada dosen pengampu Biokimia Umum yang telah memberikan
tugas makalah ini. Tak lupa juga saya ucapkan terimakasih atas dukungan serta doa dari
orang tua, sehingga saya lebih semangat dalam menyelesaikan tugas makalah ini.
Saya menyadari bahwa makalah ini jauh dari kata sempurna, sehingga sebagai
penulis, saya berharap pembaca bisa memberikan kritik dan saran agar penyusunan
makalah selanjutnya jauh lebih baik. Di sisi lain, saya berharap pembaca dapat
menemukan pengetahuan baru dari makalah ini. Walaupun makalah ini tidak sepenuhnya
bagus, saya berharap ada manfaat yang bisa diperoleh oleh pembaca.

Palu, 27 November 2023

Penyusun

i
 DARTAR ISI

KATA PENGANTAR .................................................................................................... i

DAFTAR ISI ................................................................................................................... ii
BAB I PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang ............................................................................................................ 1
1.2 Rumusan Masalah ...................................................................................................... 1
1.3 Tujuan ........................................................................................................................ 1
BAB II PEMBAHASAN
2.1 Stabilitas Asam Nukleat ............................................................................................. 2
2.2 Sistem Ekspresi Gen ................................................................................................... 3
2.3 Faktor Yang Mempengaruhi Ekspresi Gen ................................................................ 6
2.4 Lac Operon ................................................................................................................. 7
BAB III PENUTUP
3.1 Kesimpulan ................................................................................................................. 9
3.2 Saran ........................................................................................................................... 9
DAFTAR PUSTAKA ................................................................................................... 10

ii
 BAB I
PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Asam nukleat merupakan biopolymer yang berbobot molekul tinggi dengan unit
monomernya mononukleotida. Asam nukleat juga terdapat pada semua sel hidup dan
bertugas dalam menyimpan dan mentransfer genetik, dan juga untuk mensintesis
protein yang khas bagi masing-masing sel. Asam nukleat sering disebut dengan
Mononukleotida atau Nukleotida. Nukleotida ini saling berkaitan membentuk
polinukleotida. Polinukleotida akan membentuk senyawa polimer baru yang disebut
DNA dan RNA.

Di dalam tubuh manusia memiliki banyak gen (unit dasar hereditas dalam kehidupan
organisme) yang nantinya akan terekspresi menjadi fenotip (sifat yang tampak),
misalnya rambut hitam, kulit sawo matang, hidung mancung, dan sebagainya. Dalam
istilah biologi molekuler kita kenal dengan istilah Dogma Sentral Biologi Molekuler.
Dogma di sini adalah suatu kerangka kerja untuk dapat memahami urutan transfer
informasi antara biopolymer (DNA, RNA, protein) dengan cara yang paling umum
dalam organisme hidup. Sehingga secara garis besar, dogma sentral maksudnya
adalah semua informasi terdapat pada DNA, kemudian akan digunakan untuk
menghasilkan molekul RNA melalui transkripsi, dan Sebagian informasi pada RNA
tersebut akan digunakan untuk menghasilkan protein melalui proses yang disebut
translasi.

1.2 Rumusan Masalah

1. Bagaimana stabilitas asam nukleat?
2. Bagaimana sistem ekspresi gen?
3. Bagaimana factor yang mempengaruhi ekspresi gen?

1.3 Tujuan
1. Mengetahui stabilitas asam nukleat
2. Mengetahui sistem ekspresi gen
3. Mengetahui factor yang mempengaruhi ekspresi gen

1
 BAB II
PEMBAHASAN

2.1 Stabilitas Asam Nukleat

Saat melihat struktur tangga berpilin molekul DNA atau pun struktur sekunder RNA,
sepintas akan nampak bahwa struktur tersebut menjadi stabil akibat adanya ikatan
hidrogen di antara basa-basa yang berpasangan. Padahal, sebenarnya tidaklah
demikian. Ikatan hidrogen di antara pasangan-pasangan basa hanya akan sama
kuatnya dengan ikatan hidrogen antara basa dan molekul air apabila DNA berada
dalam bentuk rantai tunggal. Jadi, ikatan hidrogen jelas tidak berpengaruh terhadap
stabilitas struktur asam nukleat, tetapi sekedar menentukan spesifitas perpasangan
basa. Penentu stabilitas struktur asam nukleat terletak pada interaksi penempatan
(stacking interactions) antara pasangan-pasangan basa. Permukaan basa yang bersifat
hidrofobik menyebabkan molekul-molekul air dikeluarkan dari sela-sela
perpasangan basa sehingga perpasangan tersebut menjadi kuat.

Gambar 1. Struktur tangga berpilin molekul DNA

2
2.2 Sistem Ekspresi Gen
Gen merupakan sepotong kecil materi genetik ditulis dalam kode dan disebut DNA.
Setiap gen memiliki di dalamnya satu set instruksi untuk membuat molekul yang
organisme butuhkan untuk bertahan hidup. Gen itu sendiri tidak dapat digunakan
oleh organisme. Sebaliknya mereka harus berubah menjadi produk gen. Ekspresi gen
adalah proses dimana informasi yang terkandung dalam gen menjadi produk
yang bermanfaat.

Ekspresi gen merupakan rangkaian proses penerjemahan informasi genetik (dalam

bentuk urutan basa pada DNA atau RNA) menjadi protein. Di dalam gen, urutan
nukleotida di sepanjang untaian DNA menentukan protein, yang akan dihasilkan oleh
organisme disebut sebagai ekspresi gen. Dimana dalam ekspresi gen terjadi proses
transkripsi materi genetik (DNA) di dalam sel menjadi RNA dan selanjutnya di
translasi menjadi polipeptida yang spesifik. Kontrol utama ekspresi gen terjadi pada
tingkat awal transkripsi. Transkripsi diawali oleh pada unsur promotor proksimal
yang membentuk sekitar 30 nukleotida di hulu dari tempat start transkripsi.
Pengaturan pada tahap transkripsi merupakan pengaturan utama pada ekspresi gen.
Pengaturan pada tingkat translasi merupakan mekanisme tambahan yang
berlangsung di sitoplasma. Untuk suatu gen spesifik, pengaturan dapat terjadi secara
bersamaan untuk merangsang atau menghambat ekspresi suatu gen.

Dalam tubuh manusia terdapat banyak gen (unit dasar hereditas dalam kehidupan
organisme) yang nantinya akan terekspresi menjadi fenotip (sifat yang tampak),
misalnya rambut hitam, kulit sawo matang, hidung mancung, dan sebagainya. Dalam
istilah biologi molekuler kita kenal dengan istilah Dogma Sentral Biologi Molekuler.
Dogma di sini adalah suatu kerangka kerja untuk dapat memahami urutan transfer
informasi antara biopolymer (DNA, RNA, protein) dengan cara yang paling umum
dalam organisme hidup. Sehingga secara garis besar, dogma sentral maksudnya
adalah semua informasi terdapat pada DNA, kemudian akan digunakan untuk
menghasilkan molekul RNA melalui transkripsi, dan Sebagian informasi pada RNA
tersebut akan digunakan untuk menghasilkan protein melalui proses yang disebut
translasi.

3
2.2.1 Transkripsi
Tahapan awal dalam proses sintesis protein yang nantinya proses tersebut
akan berlanjut pada ekspresi sifat-sifat genetik yang muncul sebagai fenotip.
Dan untuk mempelajari biologi molekuler tahap dasar yang harus kita ketahui
adalah bagaimana mekanisme sintesis protein sehingga dapat terekspresi
sebagai fenotip. Transkripsi merupakan proses sintesis molekul RNA pada
DNA template. Proses ini terjadi pada inti sel/nukleus pada organisme
eukariotik. Sedangkan pada organisme prokariotik berada di sitoplasma
karena tidak memiliki inti sel tepatnya pada kromosom. Komponen yang
terlibat dalam proses transkripsi yaitu: DNA templat (cetakan) yang terdiri
atas basa nukleotida Adenin (A), Guanin (G), Timin (T) Sitosin (C); Enzim
RNA polymerase; Faktor- faktor transkripsi; Prekursor (bahan yang
ditambahkan sebagai penginduksi). Hasil dari proses sintesis tersebut adalah
tiga macam RNA, yaitu : mRNA (messeger RNA), tRNA (transfer RNA) dan
rRNA (ribosomal RNA). Tahapan dalam proses transkripsi pada dasarnya
terdiri dari 3 tahap, yaitu :
a. Inisiasi (pengawalan)
Transkripsi tidak dimulai di sembarang tempat pada DNA, tapi di bagian
hulu (upstream) dari gen yaitu promoter. Salah satu bagian terpenting dari
promoter adalah kotak Pribnow (TATA box). Inisiasi dimulai ketika
holoenzim RNA polymerase menempel pada promoter. Tahapannya
dimulai dari pembentukan kompleks promoter tertutup, pembentukan
kompleks promoter terbuka, penggabungan beberapa nukleotida awal,
dan perubahan konformasi RNA polymerase karena struktur sigma
dilepas dari kompleks holoenzim.

b. Elongasi (pemanjangan)
Pemanjangan di sini adalah pemanjangan nukleotida Setelah RNA
polimerase menempel pada promoter maka enzim tersebut akan terus
bergerak sepanjang molekul DNA, mengurai dan meluruskan heliks.
Dalam pemanjangan, nukleotida ditambahkan secara kovalen pada ujung
3’ molekul RNA yang baru terbentuk. Misalnya nukleotida DNA cetakan

4
 A, maka nukleotida RNA yang ditambahkan adalah U, dan seterusnya.
Laju pemanjangan maksimum molekul transkrip RNA berrkisar antara
30–60 nukleotida per detik. Kecepatan elongasi tidak konstan.

c. Terminasi (pengakhiran)
Terminasi juga tidak terjadi di sembarang tempat. Transkripsi berakhir
ketika menemui nukleotida tertentu berupa STOP kodon. Selanjutnya
RNA terlepas dari DNA template menuju ribosom.

2.2.2 Translasi
Tahap selanjutnya setelah transkripsi adalah terjemahan (translasi).
Penerjemahan adalah suatu proses penerjemahan urutan nukleotida molekul
mRNA yang ada dalam rangkaian asam amino yang menyusun suatu
polipeptida atau protein. Apa yang dibutuhkan dalam proses penerjemahan
adalah: mRNA, ribosom, tRNA, dan asam amino. Ribosom terdiri atas
subunit besar dan kecil. Ketika dua subunit digabungkan untuk membentuk
sebuah monosom. Subunit kecil berisi peptidil (P), dan Aminoasil (A).
Sedangkan subunit besar mengandung Exit (E), P, dan A. Kedua subunit
mengandung satu atau lebih molekul rRNA. rRNA sangat penting untuk
mengidentifikasi bakteri pada tingkat biologi molekuler, pada prokariotik dan
eukariotik 16 S 18 S. Proses terjemahan (translasi) dibagi menjadi tiga tahap
yaitu :
a. Inisiasi
Pertama tRNA mengikat asam amino, dan ini menyebabkan acara
diaktifkan atau tRNA disebut asilasi- amino. Amino-asilasi proses
dikatalisis oleh enzim tRNA sintetase. Kemudian ribosom mengalami
pemisahan menjadi subunit besar dan kecil.Selanjutnya molekul mRNA
subunit kecil menempel pada tongkat dengan kodon awal: 5 ‘- AGGAGG
– 3′. Situs order dimana subunit kecil disebut urutan Shine-Dalgarno.
Subunit kecil dapat menempel pada mRNA bila IF-3. IF-3/mRNA-fMet
IF-2/tRNA-fMet pembentukan kompleks dan asam amino yang disebut
N-formylmethionine dan memerlukan banyak GTP sebagai sumber

5
 energi. tRNA-fMet, melekat pada kodon pembuka P subunit
kecil.Selanjutnya, subunit besar menempel pada subunit kecil. Dalam
proses ini IF-1 dan IF-2 dilepas dan GTP dihidrolisis terhadap GDP, dan
siap untuk perpanjangan.

b. Pemanjangan
Perbedaan dalam proses transkripsi, terjemahan dari asam amino
diperpanjang. Langkah-langkah yang diambil dalam proses
perpanjangan, yang pertama adalah pengikatan tRNA ke sisi A pada
ribosom. Transportasi akan membentuk ikatan peptida.

c. Penghentian
Terjemahan akan berakhir pada satu waktu dari tiga kodon terminasi
(UAA, UGA, UAG) yang berada dalam posisi A pada mRNA mencapai
ribosom. Pada E. coli ketiga sinyal penghentian proses translasi diakui
oleh protein yang disebut faktor rilis (RF). Anil RF pada kodon terminasi
mengaktifkan enzim transferase peptidil yang menghidrolisis ikatan
antara polipeptida dng tRNA pada P dan menyebabkan tRNA kosong
translokasi ke sisi memiliki E (exit). Itulah mekanisme transkripsi dan
proses penerjemahan. Proses selanjutnya adalah protein tersebut akan
diekspresikan oleh tubuh kita dalam bentuk fenotipe.

2.3 Faktor Yang Mempengaruhi Ekspresi Gen

Gen dapat dinyatakan baik sebagai RNA atau protein. Namun, tidak setiap produk
gen yang dibutuhkan sepanjang waktu, mereka juga tidak dibutuhkan dalam
jumlah yang sama. Bahkan, akan sangat penuh semangat menuntut untuk sel
untuk mengekspresikan setiap gen sepanjang waktu. Selanjutnya, beberapa
produk gen berbahaya bagi sel dan dengan demikian hanya diekspresikan pada
akhir kehidupan sel. Karena alasan ini, kita mengatur ekspresi gen kita.
Bagaimana kita tahu apa produk gen yang dibutuhkan, Ketika dibutuhkan, dan
berapa banyak yang dibutuhkan? Sel-sel kita benar-benar memiliki sistem yang
sangat rumit mekanisme untuk memonitor diri dan lingkungannya. Mereka

6
 mengambil sinyal internal dan eksternal, menganalisis mereka, dan kemudian
memutuskan apakah produk gen yang dibutuhkan. Setelah diputuskan bahwa
produk gen yang dibutuhkan, sel memiliki proses untuk menciptakan produk gen.
Langkah pertama dalam membuat produk gen adalah untuk membuat salinan dari
gen. Gen tidak bisa meninggalkan inti, jadi kita perlu membuat salinan, yang
disebut RNA (mRNA). MRNA dapat meninggalkan inti. Jadi, bagaimana kita
membuat mRNA? Langkah pertama adalah untuk faktor transkripsi untuk
mengikat DNA pada titik hulu ke gen sasaran. Titik inisiasi ini adalah urutan DNA
yang disebut daerah promotor.

Menariknya, faktor transkripsi juga dapat mencegah transkripsi gen. Jadi, setelah
dianalisis, sinyal sel menerima mungkin mengatakan ke sel yang ada cukup atau
bahkan terlalu banyak produk gen yang dihasilkan. Dalam kegiatan ini, sel
mengirimkan berbagai jenis faktor transkripsi pada gen over-diekspresikan.
Faktor transkripsi ini masih mengikat promotor, tetapi mereka memblokir akses
ke gen. Dengan demikian, RNA polimerase tidak dapat mengikat gen dan mRNA
tidak dibuat. Faktor transkripsi yang menghalangi transkripsi disebut represor.

2.4 Lac Operon

Sistem lac operon pertama kali ditemukan pada bakteri Escherichia coli oleh
Francois Jacob dan Jaques Monod pada akhir tahun 1950-an. Sistem lac operon
adalah sistem pengendalian ekspresi gen-gen yang bertanggung jawab di dalam
metabolism laktosa. Laktosa adalah gula disakarida yang tersusun atas glukosa
dan galaktosa. Laktosa dapat diuraikan menjadi glukosa dan galaktosa dengan
bantuan enzim β-galaktosidase. Bakteri E. coli mempunyai kemampuan
mensintesis β-galaktosidase sehingga bila laktosa yang dimanfaatkan sebagai
sumber karbon maka bakteri tersebut akan mampu mengubah laktosa menjadi
glukosa dan galaktosa. Glukosa merupakan gula yang dapat langsung
dimanfaatkan dalam proses metabolisme. Jika bakteri E. coli ditumbuhkan dalam
medium yang mengandung sumber karbon glukosa dan laktosa secara bersama-
sama maka E. coli akan menunjukkan pola pertumbuhan yang spesifik. Setelah
melalui fase adaptasi, E.coli memasuki fase eksponensial yang ditandai dengan

7
laju pertumbuhan yang meningkat secara eksponensial, kemudian akan mencapai
fase stasioner. Setelah mencapai fase stasioner beberapa saat, kemudian bakteri
akan tumbuh lagi memasuki fase eksponensial kedua sampai akhirnya mencapai
fase stasioner akhir. Dalam fase pertumbuhan semacam ini ada dua fase
eksponensial. Pada fase eksponensial pertama, E. coli menggunakan glukosa
sebagai sumber karbon sampai akhirnya glukosa habis dan E. coli mencapai fase
stasioner yang pertama. Selanjutnya pada fase eksponensial kedua E. coli
menggunakan laktosa setelah glukosa benar-benar habis. Pada fase stationer yang
pertama sebenarnya yang terjadi adalah proses induksi sistem operon laktosa yang
akan digunakan untuk melakukan metabolisme laktosa.

Operon adalah sekelompok gen yang diapit secara bersamaan oleh sepasang
promotor dan terminator. Gen-gen pada satu operon akan diekspresikan secara
bersamaan melalui inisiasi transkripsi pada promotor yang sama dan berakhir
pada terminator yang sama. Pada operon laktosa terdapat tiga gen yaitu lacZ, lacY,
dan lacA, yang masing-masing menyediakan β-galaktosidase, permease, dan
transasetilase. Gen-gen yang berada pada satu operon mempunyai hubungan
fungsi dalam metabolisme. Operon terdiri dari 4 komponen dasar DNA :
1. Promotor - urutan nukleotida yang memungkinkan gen untuk ditranskripsi.
2. Regulator - sebuah gen ini mengontrol gen operator bekerja sama dengan
senyawa tertentu yang disebut induser dan co-represor di dalam sitoplasma.
3. Operator - segmen DNA yang mengikat represor.
4. Gen struktural - gen yang diatur oleh operon. Merupakan bagian yang
mengkode urutan nukleotida RNA.

8
 BAB III
PENUTUP

3.1 Kesimpulan
Asam nukleat adalah molekul penting yang terdapat di dalam semua organisme
hidup. Mereka bertanggung jawab untuk menyimpan dan mentransmisikan informasi
genetik yang penting untuk fungsi dan perkembangan sel.

Ekspresi gen merupakan rangkaian proses penerjemahan informasi genetik (dalam

bentuk urutan basa pada DNA atau RNA) menjadi protein. Kontrol utama ekspresi
gen terjadi pada tingkat awal transkripsi. Transkripsi diawali oleh pada unsur
promotor proksimal yang membentuk sekitar 30 nukleotida di hulu dari tempat start,
transkripsi. Tahapan dalam proses transkripsi pada dasarnya terdiri dari 3 tahap, yaitu
Inisiasi (pengawalan), Elongasi (pemanjangan), Terminasi (pengakhiran).

Tahap selanjutnya setelah transkripsi adalah terjemahan (translasi). Penerjemahan

adalah suatu proses penerjemahan urutan nukleotida molekul mRNA yang ada dalam
rangkaian asam amino yang menyusun suatu polipeptida atau protein. yang
dibutuhkan dalam proses penerjemahan adalah: mRNA, ribosom, tRNA, dan asam
amino.

Sistem lac operon adalah sistem pengendalian ekspresi gen-gen yang bertanggung
jawab di dalam metabolism laktosa. Operon adalah sekelompok gen yang diapit
secara bersamaan oleh sepasang promotor dan terminator.

3.2 Saran
Makalah ini akan memberikan pemahaman yang komprehensif STABILITAS
ASAM NUKLEAT DAN SISTEM EKSPRESI GEN, serta pentingnya mereka dalam
biologi. Dengan pemahaman yang mendalam tentang asam nukleat, kita dapat lebih
menghargai kompleksitas dan keajaiban kehidupan di tingkat molekuler.

9
 DAFTAR PUSTAKA

Zulfarina & Mahadi. (2019). “BIOTEKNOLOGI”. UR Press: Badan Penerbit Universitas

Riau
Wulandari & Hendarmin. (2013). “Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran”.
Repository UIN Syarif Hidayatullah Jakarta

10