BIOKIMIA 2

REPLIKASI DNA

Disusun Oleh:

Nama: 1. Desy Rachmawati (06101281320010)

2. Lailatur Rokhmah (06101381320027)

3. Oktie Diyah Nurfitri (06101281320006)

Dosen Pengasuh : Drs. Made Sukaryawan, M.Si

FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN

UNIVERSITAS SRIWIJAYA

2015
 Kata Pengantar

Dengan memanjatkan puji dan syukur atas kehadirat Allah SWT Karena berkat dan
rahmat-Nya sehingga kami dapat menyelesaikan tugas mata kuliah Biokimia 2. Dalam isi
makalah ini kami membahas tentang Replikasi DNA. Kami menyadari bahwa dalam
penyelesaian makalah ini banyak sekali mendapatkan bimbingan dan bantuan dari berbagai
pihak yang tidak bisa penulis sebutkan satu persatu. Ucapan terima kasih yang sebesar-
besarnya atas segala bantuan yang diberikan.

Kami menyadari bahwa penulisan makalah ini masih jauh dari kesempurnaan, maka
pada kesempatan ini penulis mengharapkan kritikan dan saran yang bersifat membangun
demi kesempurnaan dari segenap pembaca. semoga makalah ini bermanfaat bagi semua
kalangan khususnya mahasiswa mahasiswi Universitas Sriwijaya.

Palembang, Januari 2016

Penyusun
 DAFTAR ISI

Kata Pengantar...........................................................................................................................2
BAB I.........................................................................................................................................4
PENDAHULUAN......................................................................................................................4
1.1 Latar Belakang.............................................................................................................4
BAB II........................................................................................................................................6
PEMBAHASAN........................................................................................................................6
Replikasi DNA.......................................................................................................................6
Garpu replikasi....................................................................................................................9
1. Pembentukan leading strand......................................................................................10
2. Pembentukan lagging strand......................................................................................10
3. Dinamika pada garpu replikasi..................................................................................10
Langkah langkah dalam replikasi DNA...............................................................................11
1. Inisiasi........................................................................................................................11
2. Sintesis Primer...........................................................................................................12
3. Sintesis leading strand...............................................................................................13
4. Sintesis lagging strand (untai tertinggal)...................................................................13
5. Penghapusan Primer..................................................................................................14
6. Ligase........................................................................................................................14
7. Terminasi (pemutusan)..............................................................................................15
Enzim yang berperan dalam proses replikasi DNA.............................................................15
Replikasi di prokariota dan eukariota...................................................................................16
1. Replikasi DNA prokariota.........................................................................................16
2. Replikasi DNA eukariota...........................................................................................18
BAB III.....................................................................................................................................20
PENUTUP................................................................................................................................20
Kesimpulan...........................................................................................................................20
DAFTAR PUSTAKA...............................................................................................................21
 BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Bahan genetika yang ada pada setiap jasad akan mengalami proses perbanyakan
sebagai salah satu terapan sangat penting dalam proses pertumbuahn sel atau perbanyakan
partikel virus. Proses perbanyakan bahan genetika dikenal sebagai proses replikasi. Studi
awal mengenai proses perbanyakan bahan genetika dilakukan pada jasad yang genomnya
berupa molekul DNA. Meskipun demikian, perlu diingat bahwa pada jasad tertentu,
khususnya kelompok virus tertentu, genomnya berupa RNA. Genom yang berupa molekul
RNA ini juga akan direplikasi genom yang berupa molekul DNA.
Replikasi bahan genetika dapat dikatakan sebagi proses yang mengawali pertumbuhan
sel, meskipun sebenarnya pertumbuhan merupakan suatu resultan banyak proses yang salaing
berkaitan satu sama lain. Sel mempunyai mekanisme replikasi bahan genetika yang
dilengkapi dengan system penyunting mekanisme replikasi bahan genetika yang dilengkapi
dengan system penyunting (editing) yang sangat akurat sehingga bahan genetika yang
diturunkan kepada sel anakan (progeny) mempunyai komposisi yang sangat identik dengan
komposisi bahangenetik sel induk. Replikasi bahan genetika diikuti oleh pertumbuahan sel-
sel anakan yang membawa duplikasi bahan genetika hasil replikasi. Oleh karena itu,
kesalahan dalam proses replikasi bahan genetika dapat mengakibatkan perubahan pada sifat
siaft sel anakan.
Mekanisme replikasi bahan genetika sanagt kompleks dan melibatkan banyak protein
yang masing-masing mempunyai peranan spesifik, protein-protein yang terlibat di dalam
proses replikasi bahan genetic dapat mengakibatkan perubahan pada sifat-sifat sel anaka.
Mekanisme replikasi bahan genetika sangat kompleks dan melibatkan banyak protein
yang masing-masing mempunyai peranan spesifik. Protein-protein yang terlibat di dalam
proses replikasi bahan genetika dikode oleh gen-gen yang terdapat di dalam bahan genetika
itu sendiri.oleh karena itu, ada kaitan fungsional.

1.2 Rumusan Masalah

1. Apa pengertian replikasi DNA?
2. Bagaimana Proses Replikasi DNA?
3. Bagaimana Perbedaan Replikasi DNA Eukariot dan Prokariot?

1.3 Tujuan
1. Untuk mengetahui pengertian dari replikasi DNA.
2. Mengetahui proses dari replikasi DNA.
3. Untuk mengetahui Perbedaan Replikasi DNA Eukariot dan Prokariot.

BAB II

PEMBAHASAN
Replikasi DNA

Replikasi DNA adalah proses penggandaan rantai ganda DNA. Pada sel, replikasi
DNA terjadi sebelum pembelahan sel. Prokariota terus-menerus melakukan replikasi DNA.
Pada eukariota, waktu terjadinya replikasi DNA sangatlah diatur, yaitu pada fase S siklus sel,
sebelum mitosis atau meiosis I. Penggandaan tersebut memanfaatkan enzim DNA polimerase
yang membantu pembentukan ikatan antara nukleotida-nukleotida penyusun polimer DNA.
Proses replikasi DNA dapat pula dilakukan in vitro dalam proses yang disebut reaksi berantai
polimerase (PCR)

Ketika sebuah sel menyalin satu molekul DNA, setiap untai berfungsi sebagai pola
cetakan untuk menyusun nukleutida-nukleutida menjadi satu untaian komplementer yang
baru. Nukleutida-nukleutida tresebut berikatan membentuk untaian baru. Ditempat yang
sebelumnya hanya ada 1 molekul DNA untai ganda pada awal proses, sekarang ada 2, setiap
untai merupakan replica dari molekul induknya.
Model replikasi DNA ini belum diuji untuk beberapa tahun setelah struktur DNA
dipublikasikan. Model DNA Watson dan crik memprediksi bahwa ketika suatu heliks ganda
bereplikasi, masing-masing dari kedua molekul anaknya akan mempunyai satu untai yang
lama, berasal dari molekul induk, dan satu untai yang baru. Model semikonservatif ini dapat
dibedakan dari model replikasi yang konservatif, dimana molekul induk tetap utuh dan
molekul yang baru seluruhnya terbentuk sejak dari awal. Pada model dispertif, keempat untai
DNA setelah heliks ganda tereplikasi, seluruhnya mempunyai campuran antara DNA yang
lama dan baru.
Replikasi informasi genetic dalam jumlah yang sangat besar itu tercapai dengan
sangat sedikit kesalahan hanya sekitar satu kesalahan per milyar nukleotida. Penyalinan
DNA sangat luar biasa bila ditinjau dari kecepatan dan ketepatan. Lebih dari selusin enzim
dan protein lainnya ikut serta dalam replikasi DNA. (Campbel; )
Konsep penting Replikasi DNA :
1. Replikasi terjadi dalam dua arah yang berbeda (bidireksional)
2. Setiap pemanjangan rantai DNA baru akan diawali oleh primer
3. Enzim DNA polimerase hanya aktif melakukan replikasi DNA pada arah 3-5
rantai DNA. Keadaan ini menyebabkan proses pemanjangan rantai nukleotida
hanya berjalan normal pada salah satu rantai DNA.
4. Pada rantai DNA yang lain akan terbentuk okazaki fragmen untuk melakukan
pemanjangan rantai DNA yang baru.
5. Fragmen yang terputus-putus kemudian akan disambung dengan enzim ligase.
Replikasi atau perbanyakan asam nukleat dilakukan dengan dua cara yaitu replikasi
dan transkripsi. Kedua proses tersebut digunakan satu utasan asam nukleat sebagai
modelnya.Dalam proses replikasi perbanyakan satu molekul asam nukleat dilakukan dengan
menggunakan dirinya sebagai model cetakan. Menurut pada ahli, ada tiga model replikasi
DNA yaitu :

1. Model konservatif, Double helix parental tetap utuh, disampingnya dicetak molekul
DNA baru

2. Model semikonservatif, Dua pita spiral dari double helix memisahkan diri, tiap pita
tunggal dari double helix parental ini berlaku sebagai cetakan (template) untuk membentuk
pita pasangan yang baru.

3. Model dispersif, Kedua pita dari double helix parental putus dibeberapa tempat
kemudian dibentuk segmen-segmen DNA baru Selanjutnya potongan-potongan DNA parental
dan DNA baru bersambungan dan menghasilkan dua double helix baru.

Pada tahun 1958 Matthew Meselson dan Franklin Stahl berhasil menunjukkan secara
empiris bahwa replikasi DNA berlangsung dengan mekanisme secara semikonservatif.
Meselson dan Stahl melakukan eksperimen untuk mengetahui mekanisme replikasi DNA
dengan menggunakan bakteri Escherichia coli. Pertama kali, bakteri E.coli ditumbuhkan
dalam medium yang mengandung nitrogen berat yaitu isotop 15N selama beberapa generasi.
Dengan cara demikian maka molekul DNA induk mempunyai label berupa isotop berat
sehingga molekulnya mempunyai densitas yang lebih tinggi dibanding DNA normal. Sel-sel
yang molekul DNA-nya sudah berlabel tersebut kemudian dipindahkan ke medium baru yang
14
mengandung isotop nitrogen yang ringan, yaitu N. Pada selang waktu tertentu setelah
dipindahkan ke medium baru, sampel sel dipanen dan DNA-nya diisolasi.
DNA hasil isolat tersebut kemudian disentrifugasi dengan ultrasentrifugasi gradien
CsCl untuk menentukan densitas molekul DNA-nya. Hasil pengukuran densitas DNA yang
diisolasi pada generasi pertama, semua DNA mempunyai densitas molekul hibrid, yaitu
15 14
densitas yang dihasilkan oleh gabungan molekul DNA yang mengandung N dan N.
Sebelum dipindahkan ke medium yang mengandung 14N ( yaitu generasi ke 0), kedua untaian
DNA induk mengandung isotop 15N. Pada generasi kedua, densitas molekul DNA terdiri atas
dua kelompok yaitu yang mempunyai densitas molekul hibrid dan yang mempunyai densitas
lebih rendah dibanding dengan densitas molekul hibrid. Kelompok kedua tersebut terdiri atas
molekul DNA yang kedua untaiannya mengandung isotop 14N.
Hasil eksperimen Meselson dan Stahl tersebut menunjukkan bahwa molekul DNA
anakan terdiri atas satu untai DNA induk dan satu untai DNA hasil sintesis baru sehingga
sesuai dengan model replikasi secara semikonservatif. Hasil eksperimen tersebut kemudian
dikonfirmasi lagi dengan eksperimen kedua. Dalam eksperimen ini, molekul DNA hibrid
didenaturasi dengan pemanasan pada suhu 1000C, kemudian disentrifugasi dalam gradien
CsCl. DNA yang sudah didenaturasi tersebut menghasilkan dua pita DNA yang terdiri atas
15 14
untai tunggal DNA yang mengandung N dan untai-tunggal DNA yang mengandung N.
Berdasarkan atas eksperimen dapat disimpulkan bahwa replikasi DNA berlangsung secara
semikonservatif.

Gambar 2: Semi konservatif (Masselson-Stahl)1958

Garpu replikasi
 Garpu replikasi atau cabang replikasi (replication fork) ialah struktur yang terbentuk
ketika DNA bereplikasi. Garpu replikasi ini dibentuk akibat enzim helikase yang memutus
ikatan-ikatan hidrogen yang menyatukan kedua untaian DNA, membuat terbukanya untaian
ganda tersebut menjadi dua cabang yang masing-masing terdiri dari sebuah untaian tunggal
DNA. Masing-masing cabang tersebut menjadi "cetakan" untuk pembentukan dua untaian
DNA baru berdasarkan urutan nukleotida komplementernya. DNA polimerase membentuk
untaian DNA baru dengan memperpanjang oligonukleotida yang dibentuk oleh enzim
primase dan disebut primer.

DNA polimerase membentuk untaian DNA baru dengan menambahkan nukleotida

dalam hal ini, deoksiribonukleotidake ujung 3'-hidroksil bebas nukleotida rantai DNA yang
sedang tumbuh. Dengan kata lain, rantai DNA baru disintesis dari arah 5'3', sedangkan
DNA polimerase bergerak pada DNA "induk" dengan arah 3'5'. Namun demikian, salah
satu untaian DNA induk pada garpu replikasi berorientasi 3'5', sementara untaian lainnya
berorientasi 5'3', dan helikase bergerak membuka untaian rangkap DNA dengan arah
5'3'. Oleh karena itu, replikasi harus berlangsung pada kedua arah berlawanan tersebut.

Replikasi DNA. Mula-mula, heliks ganda DNA (merah) dibuka menjadi dua untai
tunggal oleh enzim helikase (9) dengan bantuan topoisomerase (11) yang mengurangi
tegangan untai DNA. Untaian DNA tunggal dilekati oleh protein-protein pengikat untaian
tunggal (10) untuk mencegahnya membentuk heliks ganda kembali. Primase (6) membentuk
oligonukleotida RNA yang disebut primer (5) dan molekul DNA polimerase (3 & 8) melekat
pada seuntai tunggal DNA dan bergerak sepanjang untai tersebut memperpanjang primer,
membentuk untaian tunggal DNA baru yang disebut leading strand (2) dan lagging strand (1).
DNA polimerase yang membentuk lagging strand harus mensintesis segmen-segmen
polinukleotida diskontinu (disebut fragmen Okazaki (7)). Enzim DNA ligase (4) kemudian
menyambungkan potongan-potongan lagging strand tersebut.
1. Pembentukan leading strand
 Pada replikasi DNA, untaian pengawal (leading strand) ialah untaian DNA yang
disintesis dengan arah 5'3' secara berkesinambungan. Pada untaian ini, DNA polimerase
mampu membentuk DNA menggunakan ujung 3'-OH bebas dari sebuah primer RNA dan
sintesis DNA berlangsung secara berkesinambungan, searah dengan arah pergerakan garpu
replikasi.

2. Pembentukan lagging strand

Lagging strand ialah untaian DNA yang terletak pada sisi yang berseberangan dengan
leading strand pada garpu replikasi. Untaian ini disintesis dalam segmen-segmen yang
disebut fragmen Okazaki. Pada untaian ini, primase membentuk primer RNA. DNA
polimerase dengan demikian dapat menggunakan gugus OH 3' bebas pada primer RNA
tersebut untuk mensintesis DNA dengan arah 5'3'. Fragmen primer RNA tersebut lalu
disingkirkan (misalnya dengan RNase H dan DNA Polimerase I) dan deoksiribonukleotida
baru ditambahkan untuk mengisi celah yang tadinya ditempati oleh RNA. DNA ligase lalu
menyambungkan fragmen-fragmen Okazaki tersebut sehingga sintesis lagging strand menjadi
lengkap.

3. Dinamika pada garpu replikasi

Bukti-bukti yang ditemukan belakangan ini menunjukkan bahwa enzim dan protein
yang terlibat dalam replikasi DNA tetap berada pada garpu replikasi sementara DNA
membentuk gelung untuk mempertahankan pembentukan DNA ke dua arah. Hal ini
merupakan akibat dari interaksi antara DNA polimerase, sliding clamp, dan clamp loader.

Sliding clamp pada semua jenis makhluk hidup memiliki struktur serupa dan mampu
berinteraksi dengan berbagai DNA polimerase prosesif maupun non-prosesif yang ditemukan
di sel. Selain itu, sliding clamp berfungsi sebagai suatu faktor prosesivitas. Ujung-C sliding
clamp membentuk gelungan yang mampu berinteraksi dengan protein-protein lain yang
terlibat dalam replikasi DNA (seperti DNA polimerase dan clamp loader). Bagian dalam
sliding clamp memungkinkan DNA bergerak melaluinya. Sliding clamp tidak membentuk
interaksi spesifik dengan DNA. Terdapat lubang 35A besar di tengah clamp ini. Lubang
tersebut berukuran sesuai untuk dilalui DNA dan air menempati tempat sisanya sehingga
clamp dapat bergeser pada sepanjang DNA. Begitu polimerase mencapai ujung templat atau
mendeteksi DNA berutas ganda (lihat di bawah), sliding clamp mengalami perubahan
konformasi yang melepaskan DNA polimerase.

Clamp loader merupakan protein bersubunit banyak yang mampu menempel pada
sliding clamp dan DNA polimerase. Dengan hidrolisis ATP, clamp loader terlepas dari sliding
clamp sehingga DNA polimerase menempel pada sliding clamp. Sliding clamp hanya dapat
berikatan pada polimerase selama terjadinya sintesis utas tunggal DNA. Jika DNA rantai
tunggal sudah habis, polimerase mampu berikatan dengan subunit pada clamp loader dan
bergerak ke posisi baru pada lagging strand. Pada leading strand, DNA polimerase III
bergabung dengan clamp loader dan berikatan dengan sliding clamp.

Langkah langkah dalam replikasi DNA

1. Inisiasi

Pelepasan untai Dna, Replikasi DNA dimulai pada lokais spesifik disebut sebagai asal
replikasi, yang memiliki urutan tertentu yang bisa dikenali oleh sprotein yang disebut
inisiator DnaA. Mereka mengikat molekul DNA ditempat asal, sehingga mengendur untuk
perakitan protein lain dan enzim penting untuk replikais DNA. Sebuah enzim yang disebut
helikase direkrut ke lokasi untuk unwinding (proses penguraian) heliks dalam alur tunggal.

Helikasi melepaskan ikatan hydrogen antara pasangan basa dengan cra yang
tergantung energy titik ini atau wilayah DNA yang sekarang dikenal sebagai garpu replikasi
(garpu replikasi atau cababng replikasi adalah struktur yang terbentuk ketika DNA
berreplikais). Setelah heliks yang terbuka, protein yang disebut untai tunggal mengikat
protain (SSB) mengikat daerah terbuka dan mencegah mereka untuk menempel kembali.
Prose replikasi sehingga dimulai, dan garpu replikasi dilanjutkan dalam dua arah yang
berlawanan sepanjang molekul DNA.

2. Sintesis Primer

Sintesis DNA primer sinteis baru, untai komplementer DNA menggunakan untai yang
ada sebagai template yang dibawa oleh enzim yang dikenal sebagai DNA polemirase. Selain
replikasi mereka juga memainkan peran penting dalam perbaikan DNA dan rekombinasi.

Namun, DNA polymerase tidak dpat memulai sintesis Dna secara independen dan
membutuhkan 3 gugus hidroksil untuk memulai penambahan nukleoida komplementer. Ini
disediakan oleh enzim yang disebut DNA primase yang merupakan jenis DNA dependent
RNA polymerase. Ini mensintesis bentangan pendek RNA ke untai DNA yang ada. ini
segmen pendek disebut primer, dan terdiri dari 9-12 nukleotida. Hal ini memberikan DNA
polymerase platform yang diperlukan untuk mulai menyalin sebuah untai DNA. Setelah
primer terbantuk pada kedua untai DNA polymerase dapat memperpanjang primer ini
menjadi untai DNA baru.

Pembukaan resleting DNA dapat menyebabkan supercoiling (bentukan seperti spiral

yang menganggu) di wilayah garpu berikutnya. Ini superkoil DNA dibuka oleh enzim khusus
yang disebut topoimerase yang mengikat ke bentangan DNA depan garpu replikasi. Ini
menciptakan memotong pada untai DNA dalam rangka untuk meringankan supercoil
tersebut.

3. Sintesis leading strand

 Pada replikasi DNA, untaian pengawal (leading strand) ialah untaian DNA yang
disintesis dengan arah 5'3' secara berkesinambungan. Pada untaian ini, DNA polimerase
mampu membentuk DNA menggunakan ujung 3'-OH bebas dari sebuah primer RNA dan
sintesis DNA berlangsung secara berkesinambungan, searah dengan arah pergerakan garpu
replikasi.

Disini, DNA polimerasse III (DNA pol III) mengenali 3OH ujung RNA primer dan
menambahkan nukleotida komplementer baru. Saaat garpu replikasi berlangsung nukleotida
ditambahkan secara terus menerus sehingga mengahsilkan untai baru.

4. Sintesis lagging strand (untai tertinggal)

Lagging strand ialah untaian DNA yang terletak pada sisi yang berseberangan dengan
leading strand pada garpu replikasi. Untaian ini disintesis dalam segmen-segmen yang
disebut fragmen Okazaki.
 Disini primase menambahkan primer dibeberapa tempat sepanjang untai terbuka.
DNA pol III memperpanjang prmer dengan menambahkan nukelotida baru, dan jatuh ketiak
bertemu fragmen yang terbentuk sebelumnya. Dengan demikian, perlu untuk melepaskan
untai DNA, lalu bergeser lebih lanjut kebagian atas untuk memulai perluasan primer RNA
lain. Sebuah penjepit geser memegang DNA di tempatnya ketika bergerak melalui proses
replikasi.

5. Penghapusan Primer

Meskipun untai DNA baru telah disintesis primer RNA hadir pada untai baru
terbentuk harus digan tikan oleh DNA. Keiatan ini dilakukan oleh enzim DN Apolimerase I
(DNA pol I). ini khusus menghilanhkan primer RNA melalui 5 3 aktivitas eksonuklease
nya dan menggantikan mereka dengan deoksiribonukleotida baru dengan 5 3 aktivita
spolimerase DNA.

6. Ligase

Setelah penghapusan primer selesai untai tertinggal masih mengandung celah antara
fragmen okazaki berdekatan. Enzim legase mengidentifikasi dan menyumbat celah tersebut
dengan menciptakan ikatan fosfodiester antara 5 fosfat dan 3 gugus hidroksil fragmen yang
berdekatan.

7. Terminasi (pemutusan)

Replikasi ini terhenti di lokasi terminasi khusus yang terdiri dari urutan nukleotida
yang unik. Urutan ini diidentifikasi oleh protein khusus yang disebut tus yang mengikat ke
situs tersebut. Sehingga secara fisik menghalangi jalur helikase. Ketika helikase bertemu
protein tus itu jatuh bersama dengan untai tunggal protein pengikat terdekat.

Enzim yang berperan dalam proses replikasi DNA

1. Enzim Helicase
Enzim ini berfungsi untuk memotong untaian DNA yang doble heliks pada proses replikasi
DNA menggunakan enegi kimia.
2. Enzim topoisomerase
Berfungsi untuk membantu helicase untuk memotong untaian DNA dengan mengurangi
tegangan untaian DNA.
3. Enzim DNA polimerase
Berfungsi untuk memperpanjang untaian DNA baru.
4. Enzim Ligase
Berfungsi untuk melekatkan fragmen-fragmen okazaki.
5. Enzim Primerase
Enzim yang memungkinkan akses pembentukan RNA primer.
Replikasi di prokariota dan eukariota

1. Replikasi DNA prokariota

Replikasi DNA kromosom prokariota, khususnya bakteri, sangat berkaitan dengan

siklus pertumbuhannya. Daerah ori pada E. coli, misalnya, berisi empat buah tempat
pengikatan protein inisiator DnaA, yang masing-masing panjangnya 9 pb. Sintesis protein
DnaA ini sejalan dengan laju pertumbuhan bakteri sehingga inisiasi replikasi juga sejalan
dengan laju pertumbuhan bakteri. Pada laju pertumbuhan sel yang sangat tinggi; DNA
kromosom prokariota dapat mengalami reinisiasi replikasi pada dua ori yang baru terbentuk
sebelum putaran replikasi yang pertama berakhir. Akibatnya, sel-sel hasil pembelahan akan
menerima kromosom yang sebagian telah bereplikasi.

Protein DnaA membentuk struktur kompleks yang terdiri atas 30 hingga 40 buah
molekul, yang masing-masing akan terikat pada molekul ATP. Daerah ori akan mengelilingi
kompleks DnaA-ATP tersebut. Proses ini memerlukan kondisi superkoiling negatif DNA
(pilinan kedua untai DNA berbalik arah sehingga terbuka). Superkoiling negatif akan
menyebabkan pembukaan tiga sekuens repetitif sepanjang 13 pb yang kaya dengan AT
sehingga memungkinkan terjadinya pengikatan protein DnaB, yang merupakan enzim
helikase, yaitu enzim yang akan menggunakan energi ATP hasil hidrolisis untuk bergerak di
sepanjang kedua untai DNA dan memisahkannya.

Untai DNA tunggal hasil pemisahan oleh helikase selanjutnya diselubungi oleh
protein pengikat untai tunggal atau single-stranded binding protein (Ssb) untuk melindungi
DNA untai tunggal dari kerusakan fisik dan mencegah renaturasi. Enzim DNA primase
kemudian akan menempel pada DNA dan menyintesis RNA primer yang pendek untuk
memulai atau menginisiasi sintesis pada untai pengarah. Agar replikasi dapat terus berjalan
menjauhi ori, diperlukan enzim helikase selain DnaB. Hal ini karena pembukaan heliks akan
diikuti oleh pembentukan putaran baru berupa superkoiling positif. Superkoiling negatif yang
terjadi secara alami ternyata tidak cukup untuk mengimbanginya sehingga diperlukan enzim
lain, yaitu topoisomerase tipe II yang disebut dengan DNA girase. Enzim DNA girase ini
merupakan target serangan antibiotik sehingga pemberian antibiotik dapat mencegah
berlanjutnya replikasi DNA bakteri.

Seperti telah dijelaskan di atas, replikasi DNA terjadi baik pada untai pengarah
maupun pada untai tertinggal. Pada untai tertinggal suatu kompleks yang disebut primosom
akan menyintesis sejumlah RNA primer dengan interval 1.000 hingga 2.000 basa. Primosom
terdiri atas helikase DnaB dan DNA primase.

Primer baik pada untai pengarah maupun pada untai tertinggal akan mengalami
elongasi dengan bantuan holoenzim DNA polimerase III. Kompleks multisubunit ini
merupakan dimer, separuh akan bekerja pada untai pengarah dan separuh lainnya bekerja
pada untai tertinggal. Dengan demikian, sintesis pada kedua untai akan berjalan dengan
kecepatan yang sama.
 Masing-masing bagian dimer pada kedua untai tersebut terdiri atas subunit a, yang
mempunyai fungsi polimerase sesungguhnya, dan subunit e, yang mempunyai fungsi
penyuntingan berupa eksonuklease 3 5. Selain itu, terdapat subunit b yang menempelkan
polimerase pada DNA.

Begitu primer pada untai tertinggal dielongasi oleh DNA polimerase III, mereka akan
segera dibuang dan celah yang ditimbulkan oleh hilangnya primer tersebut diisi oleh DNA
polimerase I, yang mempunyai aktivitas polimerase 5 3, eksonuklease 5 3, dan
eksonuklease penyuntingan 3 5. Eksonuklease 5 - 3 membuang primer, sedangkan
polimerase akan mengisi celah yang ditimbulkan. Akhirnya, fragmen-fragmen Okazaki akan
dipersatukan oleh enzim DNA ligase. Secara in vivo, dimer holoenzim DNA polimerase III
dan primosom diyakini membentuk kompleks berukuran besar yang disebut dengan replisom.
Dengan adanya replisom sintesis DNA akan berlangsung dengan kecepatan 900 pb tiap detik.

Kedua garpu replikasi akan bertemu kira-kira pada posisi 180 C dari ori. Di sekitar
daerah ini terdapat sejumlah terminator yang akan menghentikan gerakan garpu replikasi.
Terminator tersebut antara lain berupa produk gen tus, suatu inhibitor bagi helikase DnaB.
Ketika replikasi selesai, kedua lingkaran hasil replikasi masih menyatu. Pemisahan dilakukan
oleh enzim topoisomerase IV. Masing-masing lingkaran hasil replikasi kemudian
disegregasikan ke dalam kedua sel hasil pembelahan.

2. Replikasi DNA eukariota

Pada eukariota, replikasi DNA hanya terjadi pada fase S di dalam interfase. Untuk
memasuki fase S diperlukan regulasi oleh sistem protein kompleks yang disebut siklin dan
kinase tergantung siklin atau cyclin-dependent protein kinases (CDKs), yang berturut-turut
akan diaktivasi oleh sinyal pertumbuhan yang mencapai permukaan sel. Beberapa CDKs
akan melakukan fosforilasi dan mengaktifkan protein-protein yang diperlukan untuk inisiasi
pada masing-masing ori.

Berhubung dengan kompleksitas struktur kromatin, garpu replikasi pada eukariota

bergerak hanya dengan kecepatan 50 pb tiap detik. Sebelum melakukan penyalinan, DNA
harus dilepaskan dari nukleosom pada garpu replikasi sehingga gerakan garpu replikasi akan
diperlambat menjadi sekitar 50 pb tiap detik. Dengan kecepatan seperti ini diperlukan waktu
sekitar 30 hari untuk menyalin molekul DNA kromosom pada kebanyakan mamalia.
 Sederetan sekuens tandem yang terdiri atas 20 hingga 50 replikon mengalami inisiasi
secara serempak pada waktu tertentu selama fase S. Deretan yang mengalami inisasi paling
awal adalah eukromatin, sedangkan deretan yang agak lambat adalah heterokromatin. Daerah
sentromer dan telomer dari DNA bereplikasi paling lambat. Pola semacam ini mencerminkan
aksesibilitas struktur kromatin yang berbeda-beda terhadap faktor inisiasi.

Seperti halnya pada prokariota, satu atau beberapa DNA helikase dan Ssb yang
disebut dengan protein replikasi A atau replication protein A (RP-A) diperlukan untuk
memisahkan kedua untai DNA. Selanjutnya, tiga DNA polimerase yang berbeda terlibat
dalam elongasi. Untai pengarah dan masing-masing fragmen untai tertinggal diinisiasi oleh
RNA primer dengan bantuan aktivitas primase yang merupakan bagian integral enzim DNA
polimerase a. Enzim ini akan meneruskan elongasi replikasi tetapi kemudian segera
digantikan oleh DNA polimerase d pada untai pengarah dan DNA polimerase e pada untai
tertinggal. Baik DNA polimerase d maupun e mempunyai fungsi penyuntingan. Kemampuan
DNA polimerase d untuk menyintesis DNA yang panjang disebabkan oleh adanya antigen
perbanyakan nuklear sel atau proliferating cell nuclear antigen (PCNA), yang fungsinya
setara dengan subunit b holoenzim DNA polimerase III pada E. coli. Selain terjadi
penggandaan DNA, kandungan histon di dalam sel juga mengalami penggandaan selama fase
S.

Mesin replikasi yang terdiri atas semua enzim dan DNA yang berkaitan dengan garpu
replikasi akan diimobilisasi di dalam matriks nuklear. Mesin-mesin tersebut dapat
divisualisasikan menggunakan mikroskop dengan melabeli DNA yang sedang bereplikasi.
Pelabelan dilakukan menggunakan analog timidin, yaitu bromodeoksiuridin (BUdR), dan
visualisasi DNA yang dilabeli tersebut dilakukan dengan imunofloresensi menggunakan
antibodi yang mengenali BUdR.

Ujung kromosom linier tidak dapat direplikasi sepenuhnya karena tidak ada DNA
yang dapat menggantikan RNA primer yang dibuang dari ujung 5 untai tertinggal. Dengan
demikian, informasi genetik dapat hilang dari DNA. Untuk mengatasi hal ini, ujung
kromosom eukariota (telomer) mengandung beratus-ratus sekuens repetitif sederhana yang
tidak berisi informasi genetik dengan ujung 3 melampaui ujung 5. Enzim telomerase
mengandung molekul RNA pendek, yang sebagian sekuensnya komplementer dengan
sekuens repetitif tersebut. RNA ini akan bertindak sebagai cetakan (templat) bagi
penambahan sekuens repetitif pada ujung 3.
 Hal yang menarik adalah bahwa aktivitas telomerase mengalami penekanan di dalam
sel-sel somatis pada organisme multiseluler, yang lambat laun akan menyebabkan
pemendekan kromosom pada tiap generasi sel. Ketika pemendekan mencapai DNA yang
membawa informasi genetik, sel-sel akan menjadi layu dan mati. Fenomena ini diduga sangat
penting di dalam proses penuaan sel. Selain itu, kemampuan penggandaan yang tidak
terkendali pada kebanyakan sel kanker juga berkaitan dengan reaktivasi enzim telomerase.

BAB III

PENUTUP

Kesimpulan

1. Replikasi DNA adalah proses penggandaan rantai ganda DNA. Pada sel, replikasi
DNA terjadi sebelum pembelahan sel.
2. Langkah-langkah replikasi DNA
1. Inisiasi
2. Sintesis primer
3. Sintesis leading strand
4. Sintesis lagging strand
5. Pengahpusan primer
6. Ligase
7. Terminasi
3. Replikasi DNA prokariota, Replikasi DNA kromosom prokariota, khususnya bakteri,
sangat berkaitan dengan siklus pertumbuhannya.
 4. Replikasi DNA eukariota, Pada eukariota, replikasi DNA hanya terjadi pada fase S di
dalam interfase. Untuk memasuki fase S diperlukan regulasi oleh sistem protein
kompleks yang disebut siklin dan kinase tergantung siklin atau cyclin-dependent
protein kinases (CDKs), yang berturut-turut akan diaktivasi oleh sinyal pertumbuhan
yang mencapai permukaan sel.

DAFTAR PUSTAKA

Anonym. 2011. Mekasisme replkasi dna. (Online)

https://erickbio.wordpress.com/2011/10/02/mekanisme-replikasi-dna/. Diakses pada
tanggal 28 Januari 2016

Anonym. 2014. Replikasi DNA deoxyribonucleic acid. (Online).

http://wonderfullygift.blogspot.co.id/2014/07/replikasi-dna-deoxyribonucleic-
acid.html. Diakses pada tanggal 28 Januari 2016

Anonym. 2016. Replikasi DNA. (Online). https://id.wikipedia.org/wiki/Replikasi_DNA

Diakses pada tanggal 28 Januari 2016

Budisma. 2015. Pengertian dan proses replikasi DNA. (Online).

http://budisma.net/2015/04/pengertian-dan-proses-replikasi-dna.html. Diakses pada
tanggal 28 Januari 2016