MAKALAH BIOMEDIK II

BIOSINTESIS KARBOHIDRAT GLIKOLISIS

Oleh :

SALSABILA (14120220045)

Dosen Pengampuh Mata Kuliah:

Prof. Dr. drg. H. Masriadi, SKM., S.Pd.i., SKG., M.Kes., MH., M.Biomed

PROGRAM STUDI KESEHATAN MASYARAKAT

FAKULTAS KESEHATAN MASYARAKAT

UNIVERSITAS MUSLIM INDONESIA

2023
 KATA PENGANTAR

Segala puji bagi Allah SWT yang telah memberikan penulis kemudahan dalam
menyelesaikan makalah ini tepat waktu. Tanpa rahmat dan pertolongannya, penulis
tidak akan mampu menyelesaikan makalah ini dengan baik. Tidak lupa pula shalawat
serta salam tercurahkan kepada nabi agung Muhammad‫ ﷺ‬yang syafa’at nya kita
nantikan kelak.

Penulis mengucapkan syukur kepada Allah SWT atas limpahan nikmat sehat nya
sehingga makalah “Ekspresi Gen” dapat terselesaikan. Makalah ini di susun guna
memenuhi tugas mata kuliah Biomedik II. Penulis berharap dengan membaca
makalah ini dapat memperluas wawasan para pembaca.

Penulis menyadari makalah ini masih perlu banyak perbaikan karena kesalahan
dan kekurangan. Apabila terdapat banyak kesalahan pada makalah ini, penulis mohon
maaf. Demikian yang dapat penulis sampaikan. Akhir kata semoga makalah ini dapat
bermanfaat.

Makassar, 10 Februari 2023

Salsabila

2
 DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR....................................................................................................................2
BAB 1........................................................................................................................................3
PENDAHULUAN........................................................................................................................3
1.1 Latar Belakang..........................................................................................................4
1.2 Rumusan Masalah.................................................................................................10
1.3 Tujuan Penulisan....................................................................................................10
BAB 2......................................................................................................................................11
TINJAUAN PUSTAKA...............................................................................................................11
1.1 Transkripsi RNA......................................................................................................11
2.3 Kontrol Transkripsi Ekspresi Gen......................................................................................29
2.4 Kode Genetik dan Mutasi...........................................................................................32
2.5 Sintetis Protein dan Ekspresi Degradasi.....................................................................40
Sintesis Protein......................................................................................................................41
BAB 3......................................................................................................................................45
KESIMPULAN..........................................................................................................................45
DAFTAR PUSTAKA..................................................................................................................46

3
 BAB 1

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Genom adalah materi genetic yang merupakan satu set kumpulan gen-gen
lengkap dari suatu mahkluk hidup . Sedang gen merupakan sebuah sekuen DNA
(Deoxyribo Nucleic Acid) yang menurunkan sebuah protein yang memiliki fungsi
tertentu di dalam sebuah sel yang menyusun tubuh, lebih lanjut Valavar menyatakan
“A DNA molecule is a double-stranded polymer structured in the form of a double
helix. A gene is segment of protein coding in the chromosomal DNA that directs the
synthesis of a protein”. Sedangkan sel adalah sebuah dasar dan pokok unit yang
bekerja dalam tubuh mahkluk hidup . DNA merupakan molekul double helix yang
terdiri dari susunan empat unit molekul pokok yang disebut Nucleotides (lihat
Gambar 2).

Gambar 1. Molekul DNA adalah Sebuah Double- Stranded, Double Helix

Polymer

Setiap nucleotide terdiri dari sebuah groupphosphate, sebuah deoxyribose

carbohydrate (sugar), dan satu dari empat nitrogen dasar disebut Adenine (A),

4
guanine (B), cytosine (C), and tymine (T) (Gambar 2). Dua rantai dari DNA saling
berhubungan erat dengan ikatan hydrogen antara nitrogen bases (base-pairs).
Pasangan dasar hanya terjadi antara G dan C, atau antara A dan T.Protein-protein
tersebut di dalam sel bekerja secara efisien dan berhubungan secara efisien dan
berhubungan secara harmonis untuk menyusun organisasi yang terpadu di dalam
tubuh. Protein dalam tubuh manusia tidak selalu tersedia (diekspresi) di dalam sel
melainkan akan tersedia dimana protein yang dibutuhkan tersebut dan akan segera
dihilangkan bila sudah tidak dibutuhkan lagi.(1)

Gambar 2. Komponen Sistem Pengenalan Pola [3]

Informasi genetik suatu organisme tersimpan dalam molekul DNA yang

terdapat di dalam inti sel (nukleus) atau nukleoid. Unit fungsional dalam molekul
DNA yang menyandi sifat keturunan atau sifat genetik tertentu disebut gen.
Keseluruhan informasi sifat genetik yang terdapat dalam tubuh suatu makhluk
hidup disebut genom.
Gen tersusun dari DNA, atau bisa pula dikatakan bahwa gen adalah sebagian
dari DNA, yang berisi kode-kode nukleotida A, T, C, dan G untuk menyusun
RNA dan kemudian membentuk suatu protein. Pada manusia proses perubahan
gen menjadi protein nampak dalam bentuk karakteristik yang dapat diturunkan ke
generasi – generasi berikutnya seperti warna fisik anggota tubuh. Pada
mikroorganisme seperti bakteri dan kapang sifat-sifat genetis sering nampak juga
sebagai sifat-sifat kimiawi seperti misalnya kemampuan mikroorganisme untuk

5
tumbuh pada media dengan kandungan sukrosa tinggi sedang yang lainnya tidak
mampu tumbuh.(2)
Ekspresi gen adalah proses yang dinamis dan stokastik, menghasilkan
heterogenitas dalam populasi isogenik. Upaya yang tak terhitung jumlahnya telah
dilakukan untuk memahami penyebab dan konsekuensi dari heterogenitas ini,
tetapi gambaran lengkapnya kurang. Kemajuan terbaru dalam teknologi
pencitraan memungkinkan visualisasi dinamika transkripsi dan faktor
pengaturannya pada skala molekul individu.(3)

Gambar 3.Ekspresi Gen

Ekspresi gen adalah proses penggunaan informasi genetik yang tersimpan di
dalam gen untuk mensintesis senyawa-senyawa produk gen. Senyawa-senyawa
produk gen ini umumnya adalah protein, namun ada juga berupa senyawasenyawa
RNA fungsional yang tidak merupakan kode untuk protein, misalnya tRNA
(transfer RNA), rRNA (ribosomal RNA), dan snRNA (small-nuclear RNA).
Untuk mengekspresikan informasi genetik yang dimilikinya, sel melakukan
berbagai proses, antara lain penyalinan informasi genetik dari DNA ke mRNA
(messenger RNA, RNA pembawa pesan), proses ini disebut transkripsi, dan
kemudian diikuti dengan penerjemahan informasi genetik yang terdapat dalam
molekul mRNA menjadi protein, proses ini disebut translasi. Dengan cara ini sifat
genetik diturunkan dari satu generasi ke generasi berikutnya.(4)

6
 Ekspresi gen dimediasi oleh RNA, yang disintesis menggunakan DNA
sebagai templat. Proses transkripsi ini terjadi dengan cara yang mirip dengan
replikasi DNA. Heliks DNA terlepas dan satu untai bertindak sebagai cetakan
untuk transkripsi RNA. Enzim RNA polimerase menggabungkan ribonukleosida
bersama untuk membentuk molekul RNA beruntai tunggal. Urutan dasar
sepanjang molekul RNA, yang menentukan bagaimana protein dibuat,
melengkapi untai DNA cetakan dan sama dengan untai DNA non-templat lainnya.
Oleh karena itu untai non-template disebut sebagai untai sense dan untai template
sebagai untai anti-sense. Ketika urutan DNA suatu gen diberikan, itu berkaitan
dengan untai indera (dari ujung 5 sampai 3) daripada untai anti-indra.(5)
Mekanisme ekspresi gen mengikuti aliran (transfer) yang dikenal dengan
istilah Dogma Sentral Biologi Molekuler yang merupakan suatu kerangka (pola)
kerja untuk memahami urutan transfer informasi antara biopolymer (DNA, RNA,
protein) dengan cara yang paling umum dalam suatu organisme hidup. Secara
garis besar, dogma sentral maksudnya adalah semua informasi terdapat pada
DNA yang kemudian akan digunakan untuk menghasilkan molekul RNA melalui
transkripsi, dan sebagian informasi pada RNA tersebut akan digunakan untuk
menghasilkan protein melalui proses yang disebut translasi sehingga pada
dasarnya ekspresi gen mencakup 2 (dua) proses pokok yaitu : Transkripsi dan
Translasi.(6)

Struktur DNA

DNA memiliki beberapa fungsi di antaranya membawa informasi

genetik,membentuk RNA, dan mengontrol aktivitas sel baik secara langsung maupun
tidak langsung. DNA juga berperan penting dalam proses sintesis protein.

Struktur DNA adalah heliks ganda yang tersusun atas dua utas polinukleotida
yang saling terhubung oleh ikatan hidrogen yang lemah. Ikatan hidrogen tersebut
terbentuk antara dua basa nitrogen, purin dan pirimidin, yang saling berpasangan.

7
Adenin (basa purin) berpasangan dengan Timin (basa pirimidin) yang terhubung
dengan ikatan rangkap dua, sementara Guanin (basa purin) berpasangan dengan
Sitosin (basa pirimidin) yang terhubung dengan ikatan rangkap tiga.

Basa nitrogen tersebut terhubung ke suatu gula deoksiribosa pada rantai

punggung DNA. Pada rantai punggung DNA (DNA backbone), gula deoksiribosa
kemudian terhubung dengan suatu gugus fosfat, tepatnya pada atom karbon nomor 5
dari gula deoksiribosa. Ketiga komponen tersebut, yaitu basa nitrogen, gula
deoksiribosa dan gugus fosfat membentuk suatu molekul yang kemudian disebut
dengan Nukleotida. Gabungan dari berbagai nukleotida akan membentuk suatu
polimer yang disebut dengan polinukleotida (Hellen, 2003). Dua Polinukleotida yang
berbeda arah kemudian saling bergabung dan terhubung dengan ikatan hidrogen
(yang lemah) antara dua basa nitrogen dimana basa purin berpasangan dengan basa
pirimidin untuk membentuk suatu struktur heliks ganda yang disebut struktur heliks
DNA.

Gambar 4.Struktur helix DNA (Sumber:

https://jokowarino.id/wp-content/uploads/2015/12/fia-51.png) Gambar

8
 Gambar 5. Struktur helix RNA heliks

Struktur RNA

Molekul RNA mempunyai bentuk yang berbeda dengan DNA. RNA memiliki
bentuk pita tunggal dan tidak berpilin. Tiap pita RNA merupakan polinukleotida yang
tersusun atas banyak ribonukleotida. Tiap ribonukleotida tersusun atas gula ribosa,
basa nitrogen, dan asam fosfat. Basa nitrogen RNA juga dibedakan menjadi basa
purin dan basa pirimidin. Basa purinnya sama dengan DNA tersusun atas adenin (A)
dan guanin (G), sedangkan basa pirimidinnya berbeda dengan DNA yaitu tersusun
atas sitosin (C) dan urasil (U). Tulang punggung RNA tersusun atas deretan ribosa
dan fosfat. Ribonukleotida RNA terdapat secara bebas dalam nukleo- plasma dalam
bentuk nukleosida trifosfat, seperti adenosin trifosfat (ATP), guanosin trifosfat
(GTP), sistidin trifosfat (CTP), dan uridin trifosfat (UTP). RNA disintesis oleh DNA
di dalam inti sel dengan menggunakan DNA sebagai cetakannya.(7)

9
1.2 Rumusan Masalah

1. Tahapan dalam Proses Transkripsi RNA ?

2. Bagaimana Pengontrolan Ekspresi Gen ?
3. Apa Saja Kode Genetik dan Mutasi ?
4. Apa saja Sintetis Protein dan Ekspresi Degradasi ?

1.3 Tujuan Penulisan

1.Untuk Mengetahui Tahapan dalam Proses Transkripsi RNA

2. Untuk Mengetahui Bagaimana Pengontrolan Ekspresi Gen
3. Untuk Mengetahui Kode Genetik dan Mutasi
4. Untuk Mengetahui Sintetis Protein dan Ekspresi Degradasi

10
 BAB 2

TINJAUAN PUSTAKA

1.1 Transkripsi RNA

Transkripsi adalah proses di mana bagian DNA “dibaca” dan disalin ke dalam
molekul RNA. Pada langkah pertama transkripsi, ikatan yang bergabung dengan dua
nukleotida yang terdiri dari anak tangga tangga DNA dipecah oleh enzim. Kemudian,
rantai RNA disintesis dari satu untai DNA menggunakan prinsip pasangan
komplementer nukleotida. Sebagai contoh, jika urutan DNA adalah GCTAGA, maka
urutan RNA yang disintesis akan membaca CGAUCU. Dengan cara ini, informasi
dalam DNA dengan setia disimpan dalam RNA, meskipun dalam genetika setara
dengan "gambar cermin".Proses transkripsi tidak terjadi di mana pun pada DNA.
Sebagai gantinya, tanda baca pada bagian DNA tertentu bertindak sebagai situs
pengenalan untuk memulai transkripsi RNA. Tanda baca lainnya berfungsi sebagai
tanda berhenti untuk menghentikan transkripsi. Nantinya, kita akan melihat
bagaimana situs-situs ini memainkan peran penting dalam regulasi genetika. Untuk
saat ini, mari kita kenali bahwa hanya 10% hingga 15% DNA manusia yang pernah
ditranskripsi menjadi RNA. Sisanya, sekitar 1% terdiri dari tanda baca dan sisanya
99% tidak memiliki fungsi yang dapat dilihat.(2)

Gambar 6. Tahapan Transkripsi

11
 Ekspresi informasi genetik normalnya melibatkan produksi molekul RNA yang
ditranskripsi dari templat DNA. Rantai DNA dan RNA mungkin kelihatan sama,
perbedaan hanya terletak pada posisi 2’ pentosa dan penggantian Tymin menjadi
Urasil. RNA merupakan satu-satunya makromulekul yang berfungsi untuk
menyimpan, mentransmisikan informasi genetik, dan sebagai katalis. Penemuan
katalis RNA atau ribozim telah merubah defenisi dari enzim.

Proses sintesis molekul RNA menggunakan DNA sebagai templat disebut

transkripsi. Molekul RNA yang disintesis mempunyai urutan basa yang kompelemen
dengan salah satu rantai DNA. Proses transkripsi menghasilkan tiga jenis molekul
RNA, yaitu : mRNA, tRNA dan rRNA. Messenger RNA (mRNA) merupakan blue
print yang mengkode urutan asam amino dari satu atau lebih polipeptida yang
terdapat dalam satu gen atau sekumpulan gen. Transfer RNA (tRNA) berfungsi
membaca informasi yang dikode oleh mRNA dan mentransfer asam amino tertentu ke
rantai polipeptida yang sedang tumbuh selama proses sintesis protein. Molekul
ribosomal RNA (rRNA) merupakan komponen ribosom, yang berfungsi sebagai
cetakan tempat sintesis protein terjadi.

Gambar 7. Proses transkripsi, translasi dan assembly

12
 Selama proses replikasi keseluruhan kromosom di-copy, namun transkripsi
bersifat lebih selektif. Hanya gen tertentu atau sekumpulan gen tertentu yang
ditranskripsi pada suatu waktu tertentu, dan beberapa bagian DNA genom tidak
pernah ditranskripsi. Sel membatasi ekspresi informasi genetik untuk membentuk
produk gen yang dibutuhkan pada waktu tertentu. Terdapat urutan regulator spesifik
yaitu promotor pada awal gen dan terminator pada akhir gen, yang menandakan
bagian DNA mana yang akan digunakan sebagai templat. Promotor merupakan
urutan pada awal gen yang dikenali oleh RNA polimerase untuk memulai transkripsi,
dan terminator merupakan urutan yang memberikan sinyal penghentian transkripsi.
Rantai DNA yang berfungsi sebagai cetakan untuk sintesis RNA disebut rantai
templat. Rantai DNA yang komplemen dengan tempat disebut rantai non-templat atau
rantai pengkode. Rantai pengkode atau coding strand identik dengan rantai RNA
yang ditranskripsi, kecuali basa T diganti dengan basa U.(8)

Gambar 8. (a) Transkripsi oleh RNA polimerase E. Coli, (b) rantai templat dan
non templat (coding strand).

Tujuan transkripsi adalah menyalin informasi genetik dari DNA ke dalam bentuk
mRNA untuk dibawah ke luar dari inti sel, untuk diterjemahkan menjadi bentuk
protein (translasi). Protein yang dihasilkan dalam proses translasi akan berperan
sebagai enzim, hormon, maupun, komponen sel yang penting bagi kelangsungan
hidup organisme.(9)

RNA adalah suatu asam ribo- nukleat yang terdapat dalam alur informasi genetik
organisme yang berupa dogma sentral dari DNA —> RNA —> Protein, yaitu DNA
ditran- skripsi menjadi RNA, dan selanjut- nya RNA ditranslasi menjadi protein.Di

13
dalam sel terdapat tiga jenis RNA yaitu mRNA, tRNA dan rRNA. Diantara ketiga
jenis RNA, mRNA dapat dimanfaatkan untuk tujuan tersebut di atas. RNA dalam
keadaan normal merupakan untai tunggal, namun pada kenyataannya untai tunggal ini
dapat membentuk du- pleks dengan membentuk ikatan hidrogen, sebagaimana DNA,
jika terdapat untai yang komplemen dalam urutan basa nukleotidanya. Bentuk
dupleks RNA akan mengakibatkan terhalangnya proses translasi sehingga sintesis
protein terganggu, atau posttranscriptional gene silencing (PTGS). (10)

Gambar 9. Diagram RNA

Transkripsi dimulai dengan pembukaan dan pelepasan sebagian kecil dari heliks
ganda DNA untuk mengekspos basis pada setiap untai DNA. Salah satu dari dua
untai heliks ganda DNA kemudian bertindak sebagai contoh untuk sintesis molekul
RNA. Seperti dalam replikasi DNA, urutan nukleotida rantai RNA ditentukan oleh
pasangan basa komplementer antara nukleotida yang masuk dan cetakan DNA.
Ketika kecocokan yang baik dibuat, ribonukleotida yang masuk secara kovalen terkait
dengan rantai RNA yang tumbuh dalam reaksi yang dikatalisis secara enzimatik.
Rantai RNA yang dihasilkan oleh transkripsi — transkrip — karena itu memanjang
satu nukleotida pada suatu waktu, dan ia memiliki urutan nukleotida yang persis
komplementer dengan untai DNA yang digunakan sebagai contoh.(11)

14
 Gambar 10. Transkripsi DNA

Menghasilkan molekul RNA untai tunggal yang saling melengkapi dengan satu
untai DNA

Proses transkripsi RNA berada di bawah kendali urutan DNA di sekitar gen yang
mengikat faktor transkripsi ke DNA. Setelah ditranskripsi, molekul RNA mengalami
sejumlah modifikasi struktural yang diperlukan untuk berfungsi, termasuk
menambahkan nukleosida khusus ke 5? end (capping) dan poli(A) ekor ke 3? akhir
(poliadenilasi). Penghapusan segmen internal yang tidak diinginkan dengan
penyambungan menghasilkan RNA matang. Proses ini terjadi dalam kompleks yang
disebut spliceosome yang terdiri dari beberapa jenis snRNA (Small Nuclear RNA)
dan banyak protein. Beberapa kelas RNA diproduksi: mRNA (messenger RNA)
mengarahkan sintesis polipeptida; tRNA (transfer RNA) dan rRNA (ribosomal RNA)
terlibat dalam terjemahan mRNA dan snRNA terlibat dalam penyambungan.Dalam
sistem eksperimental, reaksi kebalikan dari transkripsi – sintesis DNA komplementer
(cDNA) menggunakan mRNA sebagai cetakan – dapat dicapai dengan menggunakan
enzim reverse transcriptase. Ini telah terbukti menjadi prosedur yang sangat berharga
untuk menyelidiki kelainan genetik manusia karena memungkinkan produksi cDNA
yang sesuai persis dengan urutan pengkodean gen manusia.(5)

Senyawa RNA merupakan bahan genetik yang berperan utama pada ekspresi
genetik yaitu DNA dimana DNA akan ditranskripsi menjadi RNA, dan selanjutnya
RNA ditranslasi menjadi protein. Jenis RNA ada dua yaitu RNA genetik dan RNA
nongenetik. RNA genetik memiliki fungsi yang sama dengan DNA yaitu merupakan

15
molekul genetik secara keseluruhan bertanggung jawab dalam membawa segala
materi genetik, seperti yang dimiliki oleh DNA. Dengan kata lain, RNA ini berfungsi
sebagai DNA. RNA genetik ini hanya dimiliki oleh makhluk hidup tertentu yang
tidak memiliki DNA, seperti pada beberapa jenis virus. RNA non genetik merupakan
RNA yang tidak berperan dalam DNA. Pada RNA nongenetik terbagi menjadi 3
antara lain mRNA, tRNA dan rRNA [9]. RNA duta atau “messenger RNA” (mRNA)
berbentuk pita tunggal. RNA ini merupakan mRNA terbesar atau terpanjang yang
bertindak sebagai pola cetakan pembentuk polipeptida. Fungsi utama mRNA adalah
membawa kode-kode genetik dari DNA ke ribosom, mRNA juga berfungsi sebagai
cetakan dalam sintesis protein. RNA transfer (tRNA) merupakan RNA terpendek
yang bertindak sebagai penerjemah kodon dari mRNA. Selain itu, tRNA berfungsi
mengikat asamasam amino yang akan disusun menjadi protein dan mengangkutnya
ke ribosom. Pada tRNA terdapat bagian yang berhubungan dengan kodon yang dibuat
antikodon dan bagian yang berfungsi sebagai pengikat asam amino. RNA ribosom
(rRNA) merupakan RNA dengan jumlah terbanyak dalam penyusun ribosom. RNA
ini berupa pita tunggal, tidak bercabang, dan fleksibel. Lebih dari 80% RNA
merupakan rRNA. Fungsi rRNA sampai sekarang masih belum banyak diketahui,
tetapi diduga memiliki peranan penting dalam proses sintesis protein. Pada mRNA
merupakan hasil transkipsi DNA menjadi perantara pembawa urutan protein dalam
proses translasi yang dapat berikatan dengan aRNA bila dimasukkan kedalam sel
suatu organisme sehingga membentuk dupleks. Terbentuknya dupleks RNA ini akan
menyebabkan terjadinya penghambatan ekspresi gen pada tahap translasi. Untuk
berlangsungnya proses translasi, selain ribosom sebagai mesin pensintesis protein,
maka diperlukan mRNA untai tunggal, juga diperlukan tRNA yang membawa asam
amino serta protein-protein kecil khusus yang terkandung di dalam ribosom. Aplikasi
antisense RNA sempat mengalami kendala sehingga sulit diaplikasikan, tetapi ada
terobosan baru untuk terapi RNA, yaitu dengan menggunakan siRNA (small
interfering RNA)(12)

Ciri-Ciri Transkripsi

Transkripsi mempunyai ciri-ciri kimiawi yang serupa dengan sintesis/replikasi

DNA, yaitu:

a. Adanya sumber basa nitrogen berupa nukleosida trifosfat. Bedanya dengan

sumber basa untuk sintesis DNA hanyalah pada molekul gula pentosanya yang tidak
berupa deoksiribosa tetapi ribosa dan tidak adanya basa timin tetapi digantikan oleh

16
urasil. Jadi, keempat nukleosida trifosfat yang diperlukan adalah adenosin trifosfat
(ATP), guanosin trifosfat (GTP), sitidin trifosfat (CTP), dan uridin trifosfat (UTP).

b. Adanya untai molekul DNA sebagai cetakan. Dalam hal ini hanya salah satu di
antara kedua untai DNA yang akan berfungsi sebagai cetakan bagi sintesis molekul
RNA. Untai DNA ini mempunyai urutan basa yang komplementer dengan urutan
basa RNA hasil transkripsinya, dan disebut sebagai pita antisens. Sementara itu, untai
DNA pasangannya, yang mempunyai urutan basa sama dengan urutan basa RNA,
disebut sebagai pita sens. Meskipun demikian, sebenarnya transkripsi pada umumnya
tidak terjadi pada urutan basa di sepanjang salah satu untai DNA. Jadi, bisa saja
urutan basa yang ditranskripsi terdapat berselang-seling di antara kedua untai DNA.

c. Sintesis berlangsung dengan arah 5’→ 3’ seperti halnya arah sintesis DNA.

d. Gugus 3’- OH pada suatu nukleotida bereaksi dengan gugus 5’- trifosfat pada
nukleotida berikutnya menghasilkan ikatan fosofodiester dengan membebaskan dua
atom pirofosfat anorganik (PPi). Reaksi ini jelas sama dengan reaksi polimerisasi
DNA. Hanya saja enzim yang bekerja bukannya DNA polimerase, melainkan RNA
polimerase. Perbedaan yang sangat nyata di antara kedua enzim ini terletak pada
kemampuan enzim RNA.(9)

e. Urutan DNA yang akan ditranskripsi

- Promoter, urutan bagian DNA dimana enzim RNA polimerase memulai proses
transkripsi.

- BagianStruktural, bagian urutan nukleotida DNA spesifik yang akan

ditranskripsikan

- Terminator, urutan bagian DNA yang menandakan bagian akhir dari transkripsi.

Proses Transkripsi

1. Inisiasi

Inisiasi adalah awal dari transkripsi. Hal ini terjadi ketika

enzim polimerase RNA mengikat ke wilayah gen yang disebut
promotor. RNA polimerase mengikat dua untai DNA untuk di
copy. RNA polimerase mengenali dan mengikat promoter (urutan
DNA khusus dekat ujung akhir gen dimana transkripsi akan

17
 dimulai). Meskipun promoter dari gen yang berbeda sangat
bervariasi dalam ukuran dan urutan, semua promoter mengandung
beberapa karakteristik urutan pendek dari 6-10 pasang nukleotida
yang membantu mengikat RNA polimerase. Selain berfungsi
sebagai tempat pengikatan untuk RNA polimerase dan menentukan
di mana transkripsi dimulai, promotor menentukan mana dari dua
heliks DNA yang digunakan sebagai template. Bagian tertentu dari
promotor sangat penting untuk mengikat RNA polimerase.

Gambar 11. Tahap Inisiasi dari Proses Transkripsi DNA

a. Elongasi
Bagian DNA yang telah terbuka oleh RNA polimerase disebut
gelembung transkripsi/transcription bubble. Ketika RNA
polimerase bergerak di sepanjang DNA, ia terus membuka rantai
heliks ganda dan memperlihatkan sekitar 10 sampai 20 basa

18
 sekaligus. RNA polimerase menambahkan nukleotida ke ujung 3'
dari molekul RNA yang sedang terbentuk. Setelah sintesis RNA
berlangsung, DNA heliks ganda terbentuk kembali dan molekul
RNA yang baru akan lepas dari cetakan DNA-nya. Begitu
polimerase RNA telah berpindah dari promotor, molekul RNA
polimerase lainnya dapat bergerak masuk untuk memulai. Jika
promotor sangat kuat, yaitu jika ia dapat dengan cepat menarik
RNA polimerase, gen tersebut dapat mengalami transkripsi oleh
banyak RNA polimerase secara bersamaan. Saat RNA polimerase
bergerak dan membuka rantai DNA, arah RNA polimerase terbagi
menjadi dua. Jika transkripsi dimulai pada ujung 5' gen pada titik
A dan bergerak di sepanjang gen ke arah yang sama dengan RNA
polimerase ke titik B, maka transkripsi akan berjalan ke arah
hilir/downstream. Jika sebaliknya, transkripsi dimulai pada titik B
dan bergerak ke arah yang berlawanan dari RNA polimerase ke
titik A, transkripsi akan bergerak ke arah hulu/upstream.

Gambar 12. Tahap Elongasi dari Proses Transkripsi DNA

c. Terminasi

19
 Transkripsi berlangsung sampai RNA polimerase
mentranskripsi urutan DNA yang disebut Terminator yang juga
merupakan urutan RNA yang mensinyali akhir dari
transkripsi.Terdapat dua tipe terminator: terminator intrinsik yang
menyebabkan inti enzim RNA polimerasi menghentikan proses
transkripsi itu sendiri dan terminator ekstrinsik yang membutuhkan
protein selain RNA polimerase (terutama polipeptida yang dikenal
sebagai rho) untuk melakukan terminasi. Enzim RNA polimerase
bergerak di sepanjang untai DNA sampai menemukan kodon
terminator. Pada titik terminator sequnece RNA polimerase
melepaskan polimer mRNA dan melepaskan diri dari molekul
DNA.

Gambar 13. Tahap Terminasi dari Proses Transkripsi DNA

Terdapat
Terdapat dua tipe terminator: terminator intrinsic yang menyebabkan inti
enzim RNA polimerasi menghentikan proses transkripsi itu sendiri dan terminator
ekstrinsik yang membutuhkan protein selain RNA polimerase (terutama polipeptida
yang dikenal sebagai rho) untuk melakukan terminasi. Enzim RNA polimerase

20
bergerak di sepanjang untai DNA sampai menemukan kodon terminator. Pada titik
terminator sequnece RNA polimerase melepaskan polimer mRNA dan melepaskan
diri dari molekul DNA.(13)

b).Jenis RNA Hasil Transkripsi

RNA dibedakan menjadi dua kelompok utama yaitu RNA genetik dan RNA non-
genetik.

a. RNA genetik RNA genetik memiliki fungsi yang sama dengan DNA, yaitu sebagai
pembawa keterangan genetik. RNA genetik hanya ditemukan pada makhluk hidup
tertentu yang tidak memiliki DNA, misalnya virus.Ketika virus ini menyerang sel
hidup, RNA yang dibawanya masuk ke sitoplasma sel korban, yang kemudian
ditranslasi oleh sel inang untuk menghasilkan virus-virus baru. Dalam hal ini fungsi
RNA menjadi sama dengan DNA, baik sebagai materi genetik maupun dalam
mengatur aktivitas sel.

b. RNA non-genetik RNA non-genetik tidak berperan sebagai pembawa keterangan

genetik sehingga RNA jenis ini hanya dimiliki oleh makhluk hidup yang jug memiliki
DNA.Berdasarkan letak dan fungsinya, RNA non-genetik dibedakan menjadi mRNA,
tRNA, dan rRNA :

RNA duta atau “messenger RNA” (mRNA) merupakan asam nukleat yang
berbentuk pita tunggal dan merupakan RNA terbesar atau terpanjang yang bertindak
sebagai pola cetakan pembentuk polipeptida. Fungsi utama mRNA adalah membawa
kode-kode genetik dari DNA ke ribosom. mRNA juga berfungsi sebagai cetakan
dalam sintesis protein.

RNA transfer (tRNA) merupakan RNA terpendek yang bertindak sebagai

penerjemah kodon dari mRNA. Selain itu, tRNA berfungsi mengikat asam-asam
amino yang akan disusun menjadi protein dan mengangkutnya ke ribosom. Pada
tRNA terdapat bagian yang berhubungan dengan kodon yang disebut antikodon dan
bagian yang berfungsi sebagai pengikat asam amino.

RNA ribosom (rRNA) merupakan RNA dengan jumlah terbanyak dan penyusun
ribosom. RNA ini berupa pita tunggal, tidak bercabang, dan fleksibel. Lebih dari 80%

21
RNA merupakan rRNA. Fungsi rRNA sampai sekarang masih belum banyak
diketahui, tetapi diduga memiliki peranan penting dalam proses sintesis protein.(14)

c).Transkripsi Pada Prokariot

Pada bakteri, semua molekul RNA (mRNA, r RNA, dan t RNA) disintesis
oleh enzim yang sama, yaitu RNA polymerase. Holoenzim RNA polymerase terdiri
dari lima rantai polipeptida yang berbeda; β, β’, α, ω, dan σ. Setiap gen yang akan
ditranskripsi memiliki daerah yang mengawalinya yang disebut promoter. Kompleks
RNA polymerase akan berikatan dengan promoter untuk memulai transkripsi. Sub
unit singma (σ) terlibat proses inisiasi, sub unit tersebut mengenali dan berikatan
dengan dua sekuen DNA yang berbeda didaerah promoter: yang pertama pada 10 bp
upstream, yang disebut kotak Pribnow, dan yang kedua ke arah downsteam, sekuen
yang paling umum ditemui pada kotak Pribnow pada berbagai gen adalah TTGACA.
Rantai-rantai RNA biasanya dimulai oleh 5’ adenosine trifosfat (pppA), atau guanine
trifosfat (pppG). Setelah transkripsi dimulai, factor zigma melepaskan diri dari enzim
inti dan nantinya akan berasosiasi kembali dengan enzim inti yang sama ataupun
yang lain agar enzim itu bisa melekat ke promoter.

Gambar 14. Tahapan trasnkripsi pada sel prokariotik

Saat pemanjangan molekul RNA, ribonuklease trifosfat dari basa-basa A, U,
G dan C berpasangandengan basa-basa komplementer pada untai sense DNA,
kemudian digabungkan dengan ikatan 3’-5’ fofodiester oleh RNA polymerase.
Dengan demikian, molekul RNA tumbuh dari ujung 5’-nya ke ujung 3’ (5’-3’). Ulir
ganda DNA membuka didepan DNA polymerase yang bergerak maju untuk
memaparkan semakin banyak bagian untai sense guna memanjangkan rantai RNA.
Setelah enzim tersebut telah melalui suatu daerah tertentu, DNA di daerah itu kembali

22
ke bentuk ulir gandanya. RNA polymerase pada bakteri menghentikan transkripsi
rantai RNA pada sekuen DNA yang disebut

dengan terminator, dan melepaskan diri dari DNA. Agar bisa berfungsi secara
benar, sejumlah terminator memerlukan sebuah protein aksesoris yang disebut
dengan factor rho (ρ). Terminator-terminator tidak tergantung ρ memiliki simetri diad
dalam DNA ulir ganda, terpusat kira-kira 15-20 nukletida sebelum ujung RNA.
Transkrip RNA bersimetri diad melipat balik untuk membentuk struktur “jepit
rambut” (hair pin), yaitu kira-kira diakhiri oleh urasil. Karena hybrid RNA-DNA
yang terdiri atas poliribo-U dan polideoksiribo-A sangatlah tidak setabil, rantai RNA
biasanya dilepaskan dengan cepat dari dupleks DNA. Terminator tergantung protein ρ
yang tidak memiliki daerah poli A tersebut. Diduga apabila struktur hairpin yang
lemah

sekalipun menyebabkan RNA polymerase berhenti sejenak, membiarkan

factor ρ melekat ke terminator dan menyebabkan disasoiasi antara RNA dan RNA
polymerase. Pada bakteri, satu transkrip tunggal RNA seringkali mengandung daerah-
daerah pengkode bagi gen-gen ganda. Tipe RNA tersebut disebut dengan
polisistronik atau poligenik. Satu gen tunggal dapat ditranskripsikan secara
bersamaan oleh beberapa molekul RNA polimerase, dan RNA yang dihasilkan akan
terlepas pada setiap polimerase, kejadian tersebut akan meningkatkan jumlah mRNA
yang ditranskripsi dari gen target, yang membantu sebuah sel untuk memproduksi
protein dalam jumlah yang besar. Pada bakteri, transkripsi berlanjut melalui suatu
sekuens terminator pada DNA, terminator yang ditranskripsikan (suatu gen RNA)
berfungsi sebagai sinyal terminasi, menyebabkan polimerase melepaskan diri dari
DNA dan melepaskan transkrip, yang dapat digunakan langsung sebagai mRNA.

d).Transkripsi pada eukariotik

Apabila gen-gen bakteri yang berkerabat seringkali mengelompok dalam operon,

sehingga menghasilkan mRNA Polisistronik maka pada eucariota hanya memiliki
mRNA monosistronik dan gen-gennya tidak terkoordinasi menjadi operon-operon.
Banyak gen yang mengalami pengulangan dan memiliki salinan yang identik
(misalnya gen-gen rRNA dan tRNA) mengelompok pada kromosom-kromosom yang
spesifik. Transkripsi pada mikroorganisme eukariot mempunyai beberapa perbedaan
apabila dibandingkan

23
 Gambar 15. Tahapan trasnkripsi pada sel eukariotik

dengan transkripsi pada bakteri. Ada tiga jenis utama RNA polimerase yang
berperan (pada bakteri hanya satu), yaitu RNA polymerase II yang bertanggung
jawab terhadap sintesis mRNA, sedangkan RNA polimerase I dan III masing-masing
bertanggung jawab terhadap sintesis rRNA dan tRNA. Sintesis dan pemprosesan
rRNA terjadi dalam satu atau lebih daerah-daerah terspesialisasi pada nukleolus.
Daerah-daerah promotor untuk pol I, terletak ke arah upstream dari start transcription
point. Inisiasi sintesis RNA sangatlah spesifik pada tiap spesies. Satu atau lebih
protein (protein tersebut sangat penting bagi proses transkripsi) mengenali promotor-
promotor hanya pada rDNA pada spesies yang sama.

RNA polimerase II (polII) merupakan agregrat yang besar, memiliki

ukuransekurang kurangnya 500.000 dalton dan memilikisekurang-kurangnya 10
ataulebih sub unit. Inisiasi RNAPolimerase II di mulai pada suatutitik yang disebut
sebagai promotor, berjalan ke arah downstram 5’ 3’, sedangkan rentangan DNA yang
akan di transkripsi disebut transcription unit, Ketika RNA polimerase bergerak
disepanjang DNA,enzim tersebut terus membuka puntiran helix ganda,mengekspose
sekitar 10-20 base DNA dalam satu perpasangan dengan nukleotida RNA. RNA
polimerase menambahkan nukleotida ke ujung 3’ RNA yang sedang terbentuk sambil
terus menyusuri heliks ganda. Molekul RNA baru akan melepaskan diri dari cetakan
DNA-nya Setelah gelombang sintesis RNA berlanjut dan heliks ganda DNA akan
kembali, transkripsi berlangsung 40 nukleotide/detik pada eukariota RNA pol II.
Membutuhkan beberapa transcription factor untuk mengenali promotor. Promotor ini

24
berbeda dengan protein pada bakteri. Tiga dari yangpaling umum ditemui adalah
TATA box (terletak sekitar 30 pasangan basa upstream darititik awal), GC dan
CAAT box (terletak antara 50 sampai 100 pasang basa upstream situs tart). Contoh
yang sering ditemui adalah Transkripsi umum Faktor TFIID memainkan peran
penting dalam inisiasi transkripsi di eucaryotes. Kompleks multiprotein berisi TATA-
binding protein (TBP). TBP telah memperlihatkan perlekatan pada DNA, sehingga
membuat DNA lebih mudah diakses oleh faktor transkripsi yang lainnya. Berbagai
faktor transkripsi umum lainnya, faktor promotor spesifik, dan elemen promotor telah
ditemukan dalam sel eukariot yang berbeda. Setiap gen eukariotik tampaknya diatur

Gambar 16.

Mekanisme transkripsi pada eukariota berbeda dengan bakteri. Pada eukariota,

RNA polimerase II mentranskripsikan sekuen pada DNA yang disebut poliadenilasi,
yang mengkodekan suatu sinyal poliadenilasi (AAUAA) pada pre-mRNA, kemudian
pada suatu titik sekitar 10-35 nukleotida yang mengarah ke downstream dari sinyal
poliadenilasi protein-protein berasosiasi dengan transkrip RNA yang sedang tumbuh
memotong bagian itu hingga terlepas dari polimerase, dan pre-mRNA dilepaskan.
Akan tetapi polimerase akan terus mentranskripsikan DNA sebanyak ratusan
nukleotida setelah tempat pre-mRNA dilepaskan. Struktur gen pada eukarita
mengandung ekson (sekuen yang diekspresikan), yang akan ditemukan

25
 pada molekul mRNA dan akan ditranslasikan menjadi protein, dan intron.
Strukture yang di transkripsi akan tetapi tidak di translasi. Intron akan di buang meri
mRNA yang prosesnya disebut RNA splising. Pengenalan titik potong dilakukan oleh
small nuclear ribonucleoprotein (snRNP), yang terletak pada nukleus sel dan tersusun
atas molekul-molekul RNA dan protein, RNA didalamnya disebut small nucleus
RNA (snRNA), Dan memiliki panjang 60-300 nukleotide. Rangkaian ini akan
berasosiasi dengan protein besar lain sehingga membentuk spliceosome yang
ukurannya hampir setara dengan ribosom. snRNPs mengenali dan mengikat
simpangan antara ekson-intron. simpangan antara ekson-intron mempunyi sekuen GU
pada ujung intron dan sekuen AG pada ujung 3’, sehingga dapat dipisahkan secara
akurat. Tidak seperti mRNA pada bakteri, eukariota terbentuk dari post-
transcriptional modification yang

memiliki struktur DNA yang sangat panjang yaitu sekitar 5.000-50.000

nukleotida, yang sering disebut sebagai pre-mRNA. Pre-mRNA kemudian disintesis
dengan penambahan cap pada ujung 5’, biasanya merupakan bentukan 7-
methylguanosine, yang diletakkan pada gugus 5’-hydroxil dengan penghubung
triphosphate. Setelah proses sintesis selesai, pre-mRNA dimodifikasi dengan dengan
penambahan ekor poly-A pada ujung ke 3’, yaitu sekitar 200 bp., dalam beberapa
litarut penjumlahan berkisat antara 50-250 nukleotida. Tudung 5’ dan ekor poli-A
memiliki beberapa fungsi penting. Pertama, keduanya tampak memfasilitasi ekspor
mRNA matang dari nukleous. Kedua, membantu melindungi mRNA dari degradasi
oleh enzim-enzim hidrolitik. Ketiga, keduanya membantu ribosom untuk melekat ke
ujung 5’ mRNA setelah mRNA mencapai sitoplasma. Pada wilayah upstream
sebelum start codon menuju daerah 5’- cup dan dan daerah downstream menuju ekor
poly A merupakan daerah Unstranslated region (UTR). UTR merupakan daerah yang
tidak di translasi namun memiliki fungsi lain, misalnya pengikatan ribosom.
Pengurangan struktur pre- mRNA menjadi mRNA dapat mengemas gen menjadi jauh
lebih pendek dari struktur asalnya. Sebagai contoh 27.000 pre-mRNA menjadi 1200
mRNA saja. Pada beberapa organisme, penyambungan RNA dapat terjadi tanpa
adanya protein atau bahkan

molekul-molekul RNA tambahan. RNA intron dapat berfungsi sebagai ribozim

dan mengkatalisis pemotongan dirinya sendiri, contohnya terjadi pada Tetrahymena,
penemuan ribozim membuat gagasan bahwa protein tidak selalu manjadi katalis
biologi. Beberapa alasan mengapa RNA ini dapat berfungsi sebagai enzim, pertama,
karena RNA merupakan untaian tunggal. kedua, RNA mengandung gugus-gugus
fungsional yang mungkin berpartisipasi dalam katalisis, ketiga, kemampuan RNA

26
yang dapat berikatan hidrogen dengan molekul asam nukleat lainnya baik berupa
RNA atau DNA. Adakalanya ekson tersplising pada daerah ekson yang berbeda,
akibatnya pada satu DNA template akan dapat menghasilkan protein yang lebih dari
satu, peristiwa semacam ini sering disebut alternative RNA splicing. Kejadian ini
juga memperkuat dugaan adannya kemungkinan domain yang berbeda pada pada satu
jenis produk transkripsi, dan menjadi alasan mengapa manusia memiliki struktur yang
kompleks dari pada Drosophyla padahal gen-gen yang dimiliki tidak sampai dua kali
lebih banyak. RNA polimerase III bertanggung jawab tidak hanya atas sintesis semua
tRNA, melainkan juga RNA

ribosomal 5S dan RNA kecil lainnya yang panjangnya biasanya kurang dari 300
nukleotida. Sekuen-sekuen dalam gen-gen tRNA di perlukan bagi transkripsi bagi pol
III. Daerah-daerah kontrol internal (terletak didalam gen itu sendiri) juga
mengarahkan terminasi transkripsi oleh pol III. Dengan demikian daerah yang sama
dapat berfungsi dalam biosintesis (dalam gen) maupun struktural (dalam produk
RNA).(6)

Gambar 17. Alternative Splising (sumber: www.frontiersin.org)

e.Perbedaan Proses Transkripsi pada Eukariotik dan Prokariotik

Secara umum, tahapan proses transkripsi hampir sama antara sel prokariotik
maupun sel eukariotik, yaitu sama-sama terjadi di inti sel (nukleus) dan tahapannya
meliputi inisiasi, elongasi dan terminasi. Namun ada, beberapa perbedaan proses
selama transkripsi tersebut berlangsung antara sel prokariotik maupun sel eukariotik.
Perbedaan itu diantaranya adalah:

a. Promoter ➔ Pada sel prokariotik, karena DNA berbentuk sirkuler maka satu
promoter dapat mengkode beberapa gen, seperti gen lac Z, gen lac Y dan gen lac A.

27
Sistem seperti ini dikenal sebagai sistem operon. Sehingga, pada sel prokariotik
hanya ada satu promoter saja. Sedangkan pada sel eukariotik, karena DNA berbentuk
linear maka satu promoter hanya mengkode satu gen, yang mana struktur gennya
terdiri atas intron (bagian yang tidak ditranslasi) dan ekson (bagian yang ditranslasi).
Sehingga, pada sel eukariotik terdapat beberapa promoter.

Gambar 18. Promoter pada Sel Prokariotik

Gambar 19. Promoter pada Sel Erokariotik

b. Pada sel prokariotik, mRNA yang terbentuk dari hasil transkripsi di nukleus dapat
langsung ditranslasi di ribosom (sitoplasma), walaupun proses transkripsi belum
selesai sempurna. Sedangkan pada sel eukariotik, mRNA yang terbentuk dari hasil
transkripsi di nukleus tidak dapat langsung ditranslasikan, melainkan proses
transkripsi harus diselesaikan terlebih dahulu sampai sempurna. Setelah mRNA
matang, barulah mRNA siap keluar melewati membran inti dan menuju ribosom
(sitoplasma) untuk ditranslasi. Perbedaan proses seperti ini terjadi karena perbedaan

28
struktur dari dua jenis sel tersebut. Pada sel prokariotik, tidak terdapat membran inti,
sehingga transkripsi dan translasi dapat terjadi secara berkelanjutan. Sedangkan pada
sel eukariotik, terdapat membran inti yang memisahkan nukleus dengan sitoplasma.
Sehingga pada sel eukariotik, proses transkripsi harus diselesaikan dengan sempurna
terlebih dahulu dengan adanya pematangan mRNA yang mengakibatkan mRNA
tersebut dapat keluar dari membran inti dan berjalan menuju ribosom di sitoplasma
untuk melanjutkan proses ekspresi gen berikutnya, yaitu translasi(15)

Gambar 20. Perbandingan proses transkripsi antara sel prokariotik dan sel eukariotik

2.3 Kontrol Transkripsi Ekspresi Gen

Transkripsi dimulai pada urutan promotor, di mana protein RNA polimerase
(RNAP) berikatan secara khusus dengan menganalisis langkah-langkah awal yang
mengarah pada sintesis mRNA. Pada waktu tertentu, sel harus mengatur gen mana
yang diekspresikan, dan sampai tingkat mana. Jumlah ekspresi gen diatur oleh protein
faktor transkripsi (TF) yang berikatan secara khusus dengan urutan operator atau
enhancer pada DNA. TF mempengaruhi tingkat transkripsi dengan berinteraksi
dengan RNAP dan DNA kromosom, baik menekan atau mengaktifkan inisiasi
transkripsi.

Karena sedikitnya jumlah promotor, TF, dan molekul mRNA yang terlibat
dalam ekspresi gen, proses yang dijelaskan di atas adalah acak . Sifat stokastik dari
ekspresi gen telah dibuktikan secara eksperimental baik pada eukariota, misalnya
pada sel mamalia dan ragi , dan pada prokariota, misalnya pada Escherichia coli. Ada
banyak kemajuan selama beberapa tahun terakhir dalam memahami asal-usul

29
stochasticity ini. Beberapa model dan eksperimen yang berbeda telah menunjukkan
kontribusi sumber ekstrinsik stokastik , seperti siklus sel, fluktuasi jumlah RNAP atau
ribosom, atau regulator transkripsi global lainnya. Pekerjaan lain telah difokuskan
pada faktor intrinsik seperti pengaruh relatif dari tingkat transkripsi dan efisiensi
translasi dari generasi kebisingan dalam konten protein dan mRNA.

Beberapa baris bukti menunjukkan transisi yang lambat antara status promotor
aktif dan tidak aktif sebagai sumber kebisingan penting dalam ekspresi gen, yang
bertanggung jawab untuk menghasilkan heterogenitas dalam respons sel yang identik
secara genetik terhadap stimulus yang sama. Baru-baru ini telah ditunjukkan dalam
sel ragi bahwa tingkat variabilitas sel-ke-sel yang tinggi, yang berasal dari fluktuasi
keadaan promotor yang lambat, dapat memberi koloni sel dengan kemungkinan yang
lebih tinggi untuk bertahan hidup ketika mengalami stres eksternal, seperti
penambahan antibiotik konsentrasi tinggi. Studi-studi ini dilakukan pada promotor
ragi sintetik, promotor kompleks yang diatur oleh beberapa faktor transkripsi dan dua
penginduksi yang berbeda. Simulasi stokastik telah mengidentifikasi kandidat skema
regulasi yang memberikan kesepakatan yang sangat baik dengan data. Efek dari
mutasi yang berbeda pada promotor juga telah dieksplorasi, baik secara eksperimental
maupun melalui simulasi stokastik. Studi-studi ini, bersama dengan karya terbaru
lainnya dalam ragi merupakan upaya pertama untuk memahami bagaimana arsitektur
wilayah pengatur tidak hanya mengontrol tingkat ekspresi gen, tetapi juga kebisingan.
(16)

Secara khusus, ekspresi gen dikendalikan pada dua tingkat. Pertama,

transkripsi dikendalikan dengan membatasi jumlah mRNA yang diproduksi dari gen
tertentu. Tingkat kontrol kedua adalah melalui peristiwa pasca-transkripsi yang
mengatur translasi mRNA menjadi protein. Bahkan setelah protein dibuat, modifikasi
pasca-translasi dapat mempengaruhi aktivitasnya.(17)

Transkripsi sintesis RNA dilakukan melalui beberapa tahapan yaitu :

1. Faktor-faktor yang mengendalikan transkripsi menempel pada bagian

promotor.

2. Penempelan faktor-faktor pengendali transkripsi menyebabkan

terbentuknya Kompleks promotor yang terbuka.

30
 3. RNA polimerase membaca cetakan DNA (template atau DNA antisense)
dan mulai melakukan pengikatan nukleotida yang komplementer dengan cetakannya.
Hanya salah satu untaian DNA yang menjadi cetakan untuk sintesis RNA.

4. Setelah terjadi proses pemanjangan untaian RNA hasil sintesis, selanjutnya

diikuti dengan proses pengakhiran (terminasi) transkripsi yang ditandai dengan
pelepasan RNA polimerase dari DNA yang ditranskripsi.

Kendali multifaset ekspresi gen Karakteristik organisme sebagian besar

dihasilkan dari interaksi dinamis antara DNA atau RNA dan aparatus pengatur.
Kontrol ekspresi gen adalah proses mendasar untuk menghidupkan genom, dan itu
meliputi sebagian besar biologi, mulai dari proliferasi dan diferensiasi sel hingga
perkembangan. Diakui dengan baik bahwa ekspresi gen diatur pada beberapa
tingkatan (Gambar 1). Sel perlu mengintegrasikan informasi intrinsik dan lingkungan
dan mengoordinasikan berbagai mekanisme pengaturan ekspresi gen untuk
menjalankan fungsi biologis dengan benar. Salah pengaturan ekspresi gen pada
tingkat apa pun dapat menyebabkan penyakit. Transkripsi gen telah mendapat banyak
perhatian, baik melalui studi tradisional dan melalui pendekatan genom baru- baru ini
seperti profil ekspresi , analisis lokasi faktor transkripsi dan remodeling kromatin
global . Bias ini memiliki alasan historis dan teknis: kontrol transkripsi adalah
langkah ekspresi gen yang paling mendasar dan penting secara intuitif, dan mudah
dipelajari dengan metode yang sudah mapan.

Namun, regulasi pasca- transkripsi, termasuk pemrosesan, ekspor, lokalisasi,

pergantian, dan terjemahan mRNA (mRNA), menambah kompleksitas substansial
pada kontrol ekspresi gen. Berbagai langkah dalam jalur dari urutan DNA ke protein
tampak saling terhubung dan terkoordinasi .Kontrol pasca- transkripsi dimediasi oleh
berbagai kombinasi protein pengikat RNA (RBP) yang menentukan nasib transkrip
yang ditandai dan tampaknya secara terkoordinasi mengatur subset spesifik mRNA .
RNA dan mikroRNA kecil yang mengganggu, bersama dengan kompleks efektor
protein, juga dapat mengontrol degradasi dan translasi transkrip target ; ada
kemungkinan bahwa jaringan substansial dari RNA kecil ini mengatur sebagian besar
mRNA secara kombinatorial. Penerapan berbagai pendekatan luas genom semakin
memberikan informasi berharga tentang aspek pasca- transkripsi ekspresi gen, dan
melengkapi pendekatan yang lebih tradisional. Di sini, kami fokus pada studi global
terbaru tentang stabilitas mRNA, terjemahan dan RBP, dan membahas wawasan unik
yang dapat diperoleh dengan menggunakan pendekatan sistematis tersebut(18)

31
Gambar 21. Langkah- langkah khas dalam kontrol ekspresi gen. Tingkat gen
transkripsi dan peluruhan mRNA menentukan tingkat transkrip yang stabil. Level
transkrip, bersama dengan kecepatan translasi, kemudian menentukan jumlah protein
yang dihasilkan. Sedangkan transkripsi dikendalikan oleh protein pengikat DNA,
regulasi pasca- transkripsi seperti peluruhan mRNA dan translasi dimediasi oleh
protein pengikat RNA yang membentuk kompleks ribonukleoprotein dengan
transkrip. Tampaknya ada tingkat koordinasi dan saling ketergantungan yang tinggi
antara berbagai langkah ekspresi gen. Perhatikan bahwa ekspresi gen pasca-
transkripsi juga diatur pada tingkat lain (misalnya pemrosesan, ekspor, dan lokalisasi
mRNA), dan protein selanjutnya dikontrol pada tingkat pasca- translasi (misalnya
modifikasi dan degradasi protein)

Sebagian besar mRNA eukariotik tunduk pada modifikasi pasca- transkripsi

yang cukup besar, termasuk pembatasan, penyambungan, dan poliadenilasi. Proses
poliadenilasi menambahkan ekor 3' poli(A) dan memberi mRNA tempat pengikatan
untuk kelas utama faktor pengatur, protein pengikat poli(A) (PABP). Polipeptida
yang sangat terkonservasi ini hanya ditemukan pada eukariota; eukariota bersel
tunggal masing- masing memiliki satu PABP, sedangkan manusia memiliki lima dan
Arabidopis memiliki delapan. Mereka biasanya mengikat poli (A) menggunakan satu
atau lebih motif pengenalan RNA, domain globular yang umum untuk banyak protein

32
pengikat RNA eukariotik lainnya. Meskipun mereka tidak memiliki aktivitas
katalitik. PABP memiliki beberapa peran dalam memediasi ekspresi gen. PABP
nuklir diperlukan untuk sintesis ekor poli (A), mengatur panjang akhirnya dan
merangsang pematangan mRNA. Asosiasi dengan PABP juga merupakan persyaratan
untuk beberapa mRNA yang akan diekspor dari nukleus. Dalam sitoplasma, PABP
memfasilitasi pembentukan struktur 'loop tertutup' dari partikel ribonukleoprotein
kurir yang sangat penting untuk aktivitas PABP tambahan yang mendorong inisiasi
dan terminasi translasi, daur ulang ribosom, dan stabilitas mRNA. Secara kolektif,
kontribusi nuklir dan sitoplasma berurutan ini terdiri dari siklus di mana PABP dan
ekor poli(A) pertama- tama membuat dan kemudian menghilangkan jaringan interaksi
cis- acting yang mengontrol fungsi mRNA(19)

2.4 Kode Genetik dan Mutasi

Kode genetik berperan dalam sintesis protein. Kode genetik menjadi dasar
untuk menjelaskan bagaimana kelainan protein dapat memberikan beberapa efek
seperti kelainan genetik dan kita bisa menegakkan diagnosis dan pengobatan yang
harus diberikan untuk gangguan genetika. Kode genetik yang dibentuk oleh 64
kodon, 61 kodon membawa informasi asam amino dan tiga kodon menginduksi
terminasi sintesis protein. Kita semua tahu bahwa setiap kodon menentukan satu
asam tunggal. untuk membantu mencegah efek mutasi DNA, kebanyakan asam
amino memiliki lebih dari satu kodon, dan tidak ambigu artinya setiap kodon hanya
memiliki satu arti. untuk satu asam

Sandi genetik merupakan instruksi berupa kode-kode yang merumuskan jenis

protein yang akan dibuat. Ciri khas protein ditentukan oleh jumlah asam amino. Pada
sandi genetic terdapat 20 macam asam amino.

Dalam sintesis protein dapat terjadi kesalahan dalam menerjemahkan kode-

kode yang diterima dari DNA. Jika terjadi kesalahan penerjemahan, akibatnya protein
yang disusun juga keliru sehingga enzim yang dihasilkan juga salah.

Pada asam nukleat DNA atau RNA-d terdapat 4 jenis nukleotida (basa) yang
menyusun rantainya. Pada polipeptida dikenal 20 jenis asam amino penyusunnya.
Dengan adanya 20 jenis asam amino tersebut, harus ada aturan yang dapat menjamin
pengendalian gen dalam pembentukan protein, selalu bersifat khas (satu gen hanya
menyandikan satu jenis protein).

33
 Untuk menjamin kekhasan tersebut harus banyak factor pengendali (kodon),
sekurang-kurangnya sama dengan yangdikendalikan (asam amino). Hal ini bertujuan
untuk mencegah adanya satu kodon mengendalikan lebih dari satu asam amino.
Berdasarkan persyaratan ini, tidak mungkin satu asam amino dikendalikan hanya oleh
satu nukleotida, karena keempat nukleotida yang ada tidak akan mencukupi untuk
mengendalikan 20 asam amino.

Sistem penyandian seharusnya didasarkan pada kombinasi dari nukleotida yang

ada. Yang paling mungkin adalah setiap kodon merupakan kombinasi 3 nukleotida
DNA sehingga akan diperoleh 64 kodon yang akan mencukupi untuk mengendalikan
20 asam amino.(20)

Protein dibuat dari 20 asam amino maka diperkirakan bahwa tiga nukleotida
merupakan pembentuk kode genetik. Ini karena 42= 16 sedangkan 43=64, yang
cukup untuk mengkode 20 asam amino. Namun, hal ini membutuhkan pembuktian
lebih lanjut. Francis Crick dan teman-teman merupakan tokoh utama yang
menetapkan beberapa ketentuan umum mengenai kode genetik, termasuk bahwa
terdapat segmen dengan tiga nukleotida. Ini didapatkan dengan T4, virus yang
merupakan parasit dan membunuh bakteri Escherichia coli. Virus ini diberikan agen
mutagenik yang dapat menghilangkan atau menambah satu nukleotida dari DNA.

34
 Ketika satu nukleotida dihilangkan, semua triplet setelah tempat delesi tidak
teratur sehingga hasil gen virus tidak berfungsi. Pada hasil ini, maka dapatditarik
kesimpulan bahwa delesi dapat menyebabkan perubahan pada reading frame yang
tiap kelompok terdiri atas 3 basa. Reading frame triplet yang salah semua (atau
hampir semua) pada DNA memberikan kodon mRNA yang salah dan asam amino
yang salah pada produk polipeptida. Ketika terjadi delesi pada dua basa, reading
frame yang dihasilkan tetap tidak berfungsi. Namun, delesi tiga nukleotida
menghasilkan reading frame yang berfungsi.bahkan, beberapa dari mutan virus ini
mampu menginfeksi dan membunuh E. coli. Hasil ini memperlihatkan bahwa hasil
polipeptida walaupun terdapat kesalahan pada beberapa asam amino, mampu
berfungsi sesuai normal (atau menyerupai normal). Strain virus dengan 4 atau 5 delesi
menghasilkan reading frame yang tidak berfungsi sama seperti delesi 1 atau 2. Hasil
ini membuktikan bahwa tiga basa merupakan kode genetik untuk asam amino. Ini
juga dibuktikan dengan virus yang membawapenambahan tiga nukleotida
menghasilkan fungsi yang normal.

Gambar 22. Demontrasi Pembuktian Bahwa Kode Genetik Merupakan Triplet1

Reading

Seperti yang kita ketahui kode genetik disusun oleh kodon. Kodon adalah
urutan tiga basa DNA atau RNA dan kita juga bisa menyebutnya sebagai basa triplet.
Mutasi adalah perubahan kode genetik yang dapat kita temukan pada DNA, bahan
baku kehidupan, sedemikian rupa sehingga kode genetik tersebut berbeda dengan
yang terdapat pada kebanyakan orang, sehingga kode genetik yang salah akan terjadi
mutasi. Mutasi mungkin atau mungkin tidak menyebabkan masalah kesehatan karena
ukurannya bervariasi; mereka dapat memengaruhi di mana saja dari pasangan basa
hingga segmen besar kromosom yang mencakup banyak gen. DNA memengaruhi
tampilannya, perilakunya, dan fisiologinya. Jadi perubahan DNA dapat menyebabkan
perubahan pada semua aspek kehidupannya.(21)

35
 Gambar 23. Kodon

Karasteristik kode Genetik

1. Beberapa kodon seringkali terdiri atas asam amino yang sama. Ini disebut code
degeneracy. Hal ini sudah diduga sebelumnya mengingat bahwa terdapat 64 kodon
untuk 20 asam amino. Contoh yang mencolok adalah adanya 6 kodon untuk leusin, 6
kodon untuk serin, dan 6 kodon untuk arginin. Fourfold degeneracy dapat ditemukan
pada beberapa asam amino (seperti : valin) dimana basa ketiga pada kodon dapat
dilupakan. Two-fold degeneracy dapat ditemukan pada banyak asam amino lain,
disini basa ketiga adalah antara 2 pirimidin (U atau C) atau antara 2 purin (A atau G).
Code degeneracy ini umumnya melibatkan basa ketiga. Makin banyak jumlah kodon
yang sama untuk sebuah asam amino, makin sering ditemukan asam aminonya pada
protein.

Phenomena lain yang disebut wobble, yaitu tidak terikatnya pasangan basa
pada posisi ketiga saat translasi : Pasangan kodon mRNA dan antikodonnya tRNA
tidak mengikuti peraturan ketat. Sebagai contoh : serin t-RNA mempunyai
antikodon : AGI, dimana I merupakan inosin, purin yang mirip dengan guanin. AGI
ini dapat terjadi saat ribosom menemukan kodon mRNA : UCU, UCC atau UCA.
Oleh karena itu, saat translasi, I pada antikodon posisi ketiga dapat berpasangan
dengan U atau C atau A pada kodon ketiga. Kesimpulan dari ini adalah satu tRNA
dapat mengenali beberapa kodon mRNA yang sinonim. Walaupun kode ini
degenerate dan basa ketiga ini sering terjadi wobble, bahasa genetik tetap terkontrol :

36
DNA triplet yang spesifik melalui kodon mRNA akan menghasilkan asam amino
yang spesifik.

2. Asam amino dengan karakteristik kimia yang mirip mempunyai kodon

yang mirip. Asam amino tidak berdistribusi secara acak. Sebagai contoh : semua
asam amino pada kolom pertama (mempunyai U sebagai basa yang berada di tengah
pada kodonnya) tidak bermuatan dan sisi nonpolar yang akan menolak molekul air.
Asam amino ini umumnya ditemukan pada bagian interior protein globular, tidak di
bagian luar yang berkontak dengan lingkungan berair. (Satu-satunya asam amino tak
bermuatan dan nonpolar adalah prolin, alanin, dan tryptophan). Asam amino dengan
sisi bermuatan juga cenderung dikelompokkan menjadi : dua dengan R bermuatan
negative (aspartat dan asam glutamat) mempunyai kodon yang dimulai dengan GA
dan dua dengan R bermuatan positif (lisin dan arginin) mempunyai kodon yang
hampir sama. Bagaimana terjadinya hal ini belum jelas, namun ini menyebabkan
konsekuensi minimal bila terjadi kesalahan translasi atau mutasi yang merubah satu
basa. Sebuah proteincenderung mempertahankan fungsinya jika sebuah asam amino
menyerupai secara kimiawi dengan yang benar.

3. Tiga dari 64 kodon tidak mengkode asam amino. Para peneliti menemukan
bahwa kodon UAA, UAG, dan UGA gagal membentuk asam amino. Sekuens ini
kadang-kadang disebut nonsense codon karena mereka tidak mengkode asam amino.
Istilah chain termination codon lebh tepat untuk kodon ini karena UAA, UAG, dan
UGA menghentikan proses translasi. Bukti untuk ini berasal dari strain mutan
mikroorganisme yang mengalami penghentian sintesis polipeptida secara prematur.
Ini dapat terjadi bila, misalnya, basa ketiga mRNA yang mengkode tyrosin dirubah
menjadi A atau G.

4. Kode ini hampir universal. Walaupun kode ini pertama diterjemahkan

menggunakan molekul RNA dan komponen translasi dari bakteri E. coli, tes lanjutan
memperlihatkan bahwa hampir semua organisme menggunakan kodon yang sama.
Para ahli biokimia dapat mengetahui gen spesifik atau mRNA dalam jumlah yang
besar untuk mengetahui susunan basa. Penyesuaian kodon dengan asam amino yang
menghasilkan protein mengkonfirmasi bahwa gen T4, E. coli, ragi, jagung, lalat,
manusia dan organism lain umumnya berdasarkan kode genetik yang sama.(22)

Mutasi Gen

Mutasi gen pada dasarnya merupakan mutasi titik (point mutation). Pada
mutasi ini terjadi perubahan kimiawi pada satu atau beberapa pasangan basa dalam

37
satu gen tunggal yang menyebabkan perubahan sifat individu tanpa perubahan jumlah
dan susunan kromosomnya. Peristiwa yang terjadi pada mutasi gen adalah perubahan
urutan-urutan DNA atau lebih tepatnya mutasi titik merupakan perubahan pada basa
N dari DNA atau RNA. Penggantian/substitusi pasangan basa terjadi karena
penggantian satu nukleotida dengan pasangannya di dalam untaian DNA
komplementer dengan pasangan nukleotida lain. Pasangan basa nitrogen (basa N) pad
DNA antara timin dengan adenine atau antara guanine dengan sitosin dihubungkan
oleh ikatan hydrogen yang lemah. Atom-atom hydrogen dapat berpindah dari satu
posisi ke posisi lain pada purin atau pirimidin. Perubahan kimai yang seperti itu
disebut dengan perubahann tautomer. Misalnya secara tidak normal, adenine
berpasangan dengan sitosin dan timin dengan guanine. Peristiwa perubahan genetik
seperti itu disebut dengan mutasi gen karena hanya terjadi di dalam gen. Contoh:
anemia bulan sabit. Mutasi titik relatif sering terjadi namun efeknya dapat dikurangi
oleh mekanisme pemulihan gen. Mutasi titik dapat berakibat berubahnya urutan asam
amino pada protein, dan dapat mengakibatkan berkurangnya, berubahnya atau
hilangnya fungsi enzim. Teknologi saat ini menggunakan mutasi titik sebagai marker
(disebut SNP) untuk mengkaji perubahan yang terjadi pada gen dan dikaitkan dengan
perubahan fenotipe yang terjadi. Mutasi gen disebabkan oleh adanya perubahan
dalam urutan nukleotida perubahan genotif. Bahan-bahan penyebab terjadinya mutasi
disebut dengan mutagen. Sedangkan individu yang memperlihatkan perubahan sifat
(fenotipe) akibat mutasi disebut mutan.(23)

Jenis-jenis Mutasi Gen

1. Berdasarkan kejadiannya

a). Spontan (spontaneous mutation) Mutasi spontan adalah mutasi (perubahan

materi genetik) yang terjadi akibat adanya sesuatu pengaruh yang tidak jelas, baik
dari lingkungan luar maupun dari internal organisme itu sendiri. Mutasi ini terjadi di
alam secara alami (spontan), dan secara kebetulan.

b). Induksi (induced mutation) Mutasi terinduksi adalah mutasi yang terjadi
akibat paparan dari sesuatu yang jelas, misalnya paparan sinar UV. Secara mendasar
tidak terdapat perbedaan antara mutasi yang terjadi secara alami dan mutasi hasil
induksi.

2. Berdasarkan jenis sel yang bermutasi

38
 a) Mutasi somatik adalah mutasi yang terjadi pada sel-sel somatik. Mutasi
somatik dapat diturunkan dan dapat pula tidak diturunkan.

-Mutasi somatik dapat dialami oleh embrio/janin maupun orang dewasa. -

Mutasi somatik pada embrio/janin menyebabkan cacat bawaan

-Mutasi somatik pada orang dewasa cenderung menyebabkan kanker

b) Mutasi gametik germinal adalah mutasi yang terjadi pada sel gamet.
Karena terjadinya di sel gamet, maka akan diwariskan oleh keturunannya. Mutasi
gametik disebut mutasi germinal. Bila mutasi tersebut menghasilkan sifat dominan,
akan terekspresi pada keturunannya. Bila resesif maka ekspresinya akan tersembunyi.

3. Berdasarkan perubahan kode genetik a). Mutasi salah arti (missense

mutation), yaitu perubahan suatu kode genetik (umumnya pada posisi 1 dan 2 pada
kodon) sehingga menyebabkan asam amino yang terkait pada rantai polipeptida
berubah. Perubahan pada asam amino dapat menghasilkan fenotip mutan apabila
asam amino yang berubah merupakan asam amino esensial bagi protein tersebut.
Jenis mutasi ini dapat disebabkan oleh peristiwa transisi dan tranversi.

Contoh missense mutation :

TACAACGTCACCATT

Untai sense mRNA

AUGUUGCAGUGGUAA

Metionin-fenilalanin-glisin-triptofan

TACAACtTCACCATT

AUGUUGaAGUGGUAA

Metionin-fenilalanin-lisin- triptofan

b). Mutasi diam (silent mutation), yaitu perubahan suatu pasangan basa dalam
gen (pada posisi 3 kodon) yang menimbulkan perubahan satu kode genetik tetapi
tidak mengakibatkan perubahan atau pergantian asam amino yang dikode. Mutasi
diam biasanya disebabkan karena terjadinya mutasi transisi dan tranversi.

Contoh Silent mutation :

39
 TACAACGTCACCATT

Untai sense mRNA

AUGUUGCAGUGGUAA

Metionin-fenilalanin-glisin-triptofan

TACAAgGTCACCATT

Untai sense mRNA

AUGUUcCAGUGGUAA

Metionin-fenilalanin-glisin-triptofan

c). Mutasi tanpa arti (nonsense mutation), yaitu perubahan kodon asam amino
tertentu menjadi kodon stop, yang mengakhiri rantai, mengakibatkan berakhirnya
pembentukan protein sebelum waktunya selama translasi. Dengan kata lain pada
mutasi tanpa arti terjadi perubahan kodon (triplet) dari kode basa N asam amino tetapi
tidak mengakibatkan kesalahan pembentukan protein. Hasilnya adalah suatu
polipoptida tak lengkap yang tidak berfungsi. Hampir semua mutasi tanpa arti
mengarah pada inaktifnya suatu protein sehingga menghasilkan fenotip mutan.
Mutasi ini dapat terjadi baik oleh tranversi, transisi, delesi, maupun insersi.

Gambar 24. Nonsense mutation

d) Mutasi Pergeseran Kerangka/perubahan rangka baca (frameshift mutation).

Mutasi ini merupakan akibat penambahan atau kehilangan satu atau lebih nukleotida

40
di dalam suatu gen. Hal ini mengakibatkan bergesernya kerangka pembacaan. Selama
berlangsungnya sintesis protein, pembacaan sandi genetis dimulai dari satu ujung
acuan protein yaitu mRNA, dan dibaca sebagai satuan tiga basa secara berurutan.
Karena itu mutasi pergeseran kerangka pada umumnya menyebabkan terbentuknya
protein yang tidak berfungsi sebagai akibat disintesisnya rangkaian asam amino yang
sama sekali baru dari pembacaan rangkaian nukleotida mRNA yang telah bergeser
kerangkanya (yang ditranskripsikan dari mutasi pada DNA sel). Tipe mutasi ini
digambarkan pada gambar di bawah ini.

Gambar 25. Mutan Pergeseran Kerangka

Gambar di atas merupakan mutasi pergeseran kerangka, sebagai akibat

penyisipan satu nukleotida pada suatu gen. Penyisipan satu nukleotida pada suatu gen
mengakibatkan transkripsi satu nukleotida tambahan pada mRNA. Ini mengakibatkan
pergeseran kerangka ketika kodon-kodon dibaca selama berlangsungnya translasi
sehingga semua kodon setelah penyisipan menjadi berubah dan semua asam amino
yang disandikan menjadi berubah pula. Mutasi pergeseran kerangka sebagai akibat
delesi satu nukleotida pada pokoknya akan mempunyai efek yang sama.(24)

2.5 Sintetis Protein dan Ekspresi Degradasi

41
Sintesis Protein
Sintesis protein adalah proses individu sel membentuk protein spesifik untuk
tujuan dan fungsi yang spesifik. Proses ini melibatkan DNA (deoxyribonucleic acid),
RNA (ribonucleic acid), dan enzim. Sintesis protein terdiri dari 2 proses yaitu
transkripsi dan translasi. Transkripsi bertujuan untuk membuat salinan RNA dari
untaian gen di DNA. RNA menyalin informasi yang dibutuhkan untuk membentuk
polipeptida.

Gambar 26.Transkripsi DNA-Translasi RNA

Transkripsi terdiri dari 3 proses yaitu inisiasi, elongasi, dan terminasi. Pada
proses inisiasi promoter (untai DNA) mengikat RNA polymerase. Setelah terikat,
RNA polimerase memisahkan untaian ganda DNA dan menyediakan cetakan untaian
tunggal untuk ditranskripsi. Pada proses elongasi RNA polimerase keluar dari
nukleotida, membuat sebuah untai dari 5′ ke 3′. RNA membawa informasi yang sama
dari untaian DNA non-tamplate. Proses terminasi berlangsung saat terminator
memberikan sinyal bahwa transkripsi RNA telah selesai dan RNA polimerase
melepaskan hasil transkripsi RNA.

42
 Proses translasi berlangsung saat sel ‘membaca’ informasi pada messenger
RNA (mRNA) dan menggunakannya untuk membentuk protein. Terdapat 2 jenis
molekul yang memiliki peran penting dalam translasi, yaitu tRNA dan ribosom.
Transfer RNA (tRNA) menghubungkan kodon mRNA ke asam amino yang dikoding.
Ribosom merupakan organel sel pembentuk protein. Ribosom mempunyai 2 subunit,
yang besar dan yang kecil. Ribosom menyediakan set slot di mana tRNA bisa
menemukan kodon yang sesuai dengan cetakan mRNA dan mengirimkan asam
aminonya.

Proses dari translasi adalah inisiasi, elongasi, dan terminasi. Pada proses
inisiasi, ribosom merakit di sekitar mRNA untuk dibaca dan tRNA pertama yang
membawa asam amino metionin (yang cocok dengan start codon, AUG). Pada proses
elongasi, rantai asam amino diperpanjang dan mRNA. Proses terminasi adalah proses
saat rantai polipeptida dilepaskan. Proses ini dimulai ketika stop codon (UAG, UAA,
atau UGA) memasuki ribosom, membuat rantai polipeptida terpisah dari tRNA dan
lepas keluar dari ribosom. Polipeptida yang terbentuk kemudian bergabung dengan
polipeptida lain untuk dapat berfungsi sebagai protein.(25)

Degradasi protein umumnya mengikuti urutan pertama kinetika peluruhan,

dengan waktu paruh bervariasi secara luas pada protein yang berbeda tergantung pada
fungsinya dan jenis sel/organisme tempat mereka diekspresikan. Protein pengatur
seperti faktor transkripsi seringkali berumur pendek, yang memungkinkan
penyesuaian cepat levelnya sebagai respons terhadap rangsangan internal atau
eksternal. Sebaliknya, protein rumah tangga tidak tunduk pada fluktuasi jangka
pendek di tingkat mereka dan dengan demikian umumnya berumur panjang.

Seperti yang telah kita bahas dari awal, bahwa sintesa protein dimulai dari
proses replikasi DNA yang kemudian salah satu rantainya yang lebih dikenal dengan
DNA Sense atau DNA Template yang kemudian diterjemahkan oleh RNA. Lebih
Rinci proses tersebut diurai dalam rangkaian proses sebagai berikut :

Rantai double heliks DNA diputus oleh struktur yang disebut RNA
Polimerase, proses tersebut membagi struktur rantai DNA menjadi 2 bagian yaitu :
DNA Sense atau DNA Template dan DNA Anti sense. Bagian dari rantai DNA yang
digunakan pada proses sintesa polipeptida adalah DNA Sense atau DNA Template
yang kemudian diterjemahkan oleh kodon-kodon yang terdapat pada RNA
messenger. Proses ini terjadi di sitoplasma, proses yang mengkode ulang urutan basa
pada rantai DNA sesuai dengan pasangan basanya yang terdapat pada rantai RNA

43
messenger. Secara detail proses tersebut dapat dilihat dari ilustrasi contoh sebagai
berikut :

27. Proses RNA Polimerase

Dalam bakteri mekanisme sintesa protein dapat diterangkan dengan mempostulat

adanya 3 katagort RNA: 1) nRNA yang mempu- nyai koda-koda genetik berasal dari
DNA dan kemudlan beradadi-ribosoma, 2) rRNA pada ribosoma, yang nantinya
memberl ben- tuk pada protein yang dislntesa dan 3) tRNA yang membawa asam-
asam amino ke-tempat sintesa protein diribosoma.(26)

Sintesis protein adalah proses pembentukan asam amino melalui kode gen yang
dibuat DNA.

Tahap sintesis protein terdiri dari tahap transkripsi dan translasi.

1) Transkripsi adalah pembentukan mRNA oleh DNA sense di inti sel.

2) Translasi adalah penerjemahan mRNA oleh tRNA di ribosom

Redundansi adalah keadaan dimana satu jenis asam amino dapat dikode oleh >1
triplet kodon.

44
Proses translasi terjadi di ribosom:

1). mRNA lalu keluar dari inti sel dan berikatan dengan rRNA pada ribosom.

2). tRNA lalu mencari start kodon (AUG) pada mRNA untuk memulai translasi. Pada
start kodon: a. Unit ribosom kecil dan besar bergabung. b. AUG mengkode metionin
(Met), sehingga setiap protein pasti mengandung metionin.

Selama translasi:

a. tRNA mengenali kodon menggunakan antikodon (lawan kodon).

b. Asam amino yang dikode tRNA lalu dibentuk oleh rRNA, lalu diikatkan dengan
tRNA menggunakan aminoasil- tRNA sintetase.

3). Peptidil transferase mengikat asam amino yang dihasilkan tiap triplet kodon
menjadi rantai polipeptida.

4). tRNA berhenti menerjemahkan setelah mencapai stop kodon (UAA/UAG/UGA).

Pada stop kodon:

a. Tidak ada asam amino yang dikode.

b. mRNA, unit ribosom kecil dan besar, tRNA terpisah-terpisah.

c. Rantai polipeptida lepas dari tRNA dan dibawa keluar ribosom, dan dimodifikasi di
badan Golgi untuk diubah menjadi enzim, hormon, protein struktural, atau organel
baru, sebagai ekspresi gen.(27)

Transkripsi dan translasi merupakan dua proses utama yang menghubungkan

gen ke protein. Gen memberi perintah untuk membuat protein tertentu. Tetapi gen
tidak membuat protein secara langsung. Jembatan antara DNA dan sintesis protein
ialah RNA. Ilustrasi sederhana yang bisa dijelaskan kepada siswa mengenai proses
sintesis protein (pada sel eukariot) adalah seperti “resep masakan di restoran”.

Ilustrasinya adalah di suatu restoran terdapat berbagai resep rahasia masakan

yang disimpan di suatu ruangan khusus. Resep rahasia tersebut berisi kode-kode
tertentu. Resep tersebut tidak boleh keluar dari ruangan khusus itu. Untuk membuat
suatu masakan tertentu sesuai yang dipesan oleh pengunjung, Kode-kode dalam resep
asli itu harus disalin hingga dalam bentuk kopi atau salinan resep. Salinan resep
tersebut kemudian dibawa ke dapur untuk diterjemahkan. Kode-kode dalam resep

45
yang diterjemahkan itu adalah berisi informasi mengenai bahan-bahan baku yang
akan diolah menjadi suatu masakan. Setiap kode berupa bahan baku tertentu.

Transkripsi Gen merupakan urutan atau segmen nukleotida spesifik dari DNA
yang mengekspresikan sifat tertentu yang mengkode pembentukan suatu polipeptida
atau yang mengkode pembentukan suatu RNA atau yang dibutuhkan untuk
transkripsi gen lain. Atau gen, merupakan suatu urutan DNA yang mengkode urutan
lengkap asam amino suatu polipeptida atau molekul RNA tertentu. Urutan DNA yang
ditranskripsi adalah gen yang diekspresikan. Dari pengertian tersebut, bahwa ekspresi
dari suatu gen bisa terjadi hanya

dengan proses transkripsi yang menghasilkan RNA atau dengan dua tahap
yaitu transkripsi dan translasi. Tidak semua gen yang ditranskripsi diteruskan ke
proses translasi dan dibuatkan polipeptida. Molekul tRNA dan rRNA merupakan
RNA yang tidak akan pernah ditranslasi karena molekul yang digunakan adalah
RNA-nya sendiri.

Ekspresi Degradasi

Ekspresi degradasi dalam biologi molekuler adalah proses penghancuran atau

pemecahan protein yang terbentuk dalam sel. Protein merupakan molekul penting
dalam sel yang berfungsi sebagai enzim, struktur sel, dan sinyal seluler. Protein
sintetis dihasilkan oleh sel melalui proses transkripsi dan translasi dari DNA. Namun,
protein juga dapat dihancurkan oleh enzim-enzim yang disebut protease, yang
bertanggung jawab untuk mempertahankan keseimbangan antara sintesis dan
degradasi protein dalam sel.

Regulasi ekspresi degradasi protein menjadi penting dalam mempertahankan

kesehatan sel dan tubuh secara keseluruhan. Ketidakseimbangan antara sintesis dan
degradasi protein dapat menyebabkan gangguan dalam fungsi sel dan berkontribusi
pada penyakit seperti kanker dan Alzheimer. Oleh karena itu, mekanisme regulasi
ekspresi degradasi protein sangat penting untuk menjaga kesehatan sel dan tubuh.

Degradasi protein umumnya mengikuti urutan pertama kinetika peluruhan,

dengan waktu paruh bervariasi secara luas pada protein yang berbeda tergantung pada
fungsinya dan jenis sel/organisme tempat mereka diekspresikan. Protein pengatur
seperti faktor transkripsi seringkali berumur pendek, yang memungkinkan
penyesuaian cepat levelnya sebagai respons terhadap rangsangan internal atau

46
eksternal. Sebaliknya, protein rumah tangga tidak tunduk pada fluktuasi jangka
pendek di tingkat mereka dan dengan demikian umumnya berumur panjang.(28)

Beberapa faktor yang mempengaruhi ekspresi degradasi protein meliputi

aktivitas protease, interaksi protein-protein, modifikasi post-translasi seperti
fosforilasi dan ubikitinasi, serta faktor lingkungan seperti suhu dan pH. Selain itu,
beberapa jenis protein memiliki waktu paruh yang berbeda-beda, yaitu waktu yang
dibutuhkan untuk setengah dari jumlah protein yang ada di dalam sel untuk
terdegradasi. Waktu paruh ini juga dapat dipengaruhi oleh faktor-faktor yang telah
disebutkan sebelumnya.

Dalam penelitian biologi molekuler, ekspresi degradasi protein dapat diukur

menggunakan teknik seperti western blotting dan penggunaan inhibitor protease.
Western blotting digunakan untuk mendeteksi protein tertentu dalam sampel sel atau
jaringan, sedangkan inhibitor protease digunakan untuk memblokir aktivitas enzim
protease dalam sel.

Secara keseluruhan, ekspresi degradasi dalam biologi molekuler adalah proses

penting untuk menjaga keseimbangan antara sintesis dan degradasi protein dalam sel.
Regulasi ekspresi degradasi protein menjadi penting dalam mempertahankan
kesehatan sel dan tubuh secara keseluruhan, dan merupakan area penelitian yang
terus berkembang dalam biologi molekuler.

contoh penggunaan ekspresi degradasi sintetis protein :

Alur informasi genetik di dalam sel dari DNA ke RNA dan ke pro-tein disebut
sebagai proses ekspresi gen.Penghambatan proses ekspresi gen dapat dilakukan pada
beberapa tahap, diantaranya adalah tahap translasi, yaitu dengan mengganggu proses
translasi ter- sebut pada molekul mRNA. Molekul RNA yang akan ditranslasi mem-
punyai sekuense di bagian hulu sebagai tempat pengenalan bagi ribosom dalam
proses sintesis pro- tein. Ribosom, sebagai mesin pensi- tesis polipeptida yang
kemudian dimodifikasi lebih lanjut menjadi protein, memerlukan situs pengenalan
yang terdapat pada mRNA untuk dapat melaksanakan pekerjaannya. Manipulasi pada
tahap translasi mRNA yang bertujuan untuk mengatasi suatu penyakit genetis saat ini
dikenal dengan istilah antisense RNA, small interfering RNA (si RNA), atau disebut
pula RNAinterference (RNAi) Potongan pendek dari duplex RNA atau DNA un-tai
ganda (short inter-ferring RNA atau siRNA) dilaporkan mengakibatkan degradasi
RNA-RNA lain di dalam sel yang memiliki sekuens berkesesuaian. Yang lebih

47
terkini lagi adalah ditemukannya lebih kurang empat tahun yang lalu suatu micro
RNA (miRNA) yang berperan membungkam ekspresi gen.

Banyak teori terapetik RNA yang sangat ideal dan menjanjikan terapi yang
ampuh. Namun, bagaimana cara memasukkan molekul RNA ini ke dalam tempat
kerjanya, yaitu nukleus? Untuk menghantar molekul RNA diperlukan suatu wahana
yang sesuai untuk membawanya ke target sel tertentu. Wahana paling banyak
digunakan dalam terapi gen adalah virus yang telah dimodifikasi secara genetis
sehingga mampu membawa DNA manusia normal.

Dalam terapi kanker,Terapi ini melibatkan penggunaan protein sintetis yang

dirancang untuk menghambat pertumbuhan sel kanker dengan cara menghambat
aktivitas enzim tertentu yang diperlukan oleh sel kanker untuk bertahan hidup.
Protein sintetis ini kemudian dihancurkan secara selektif oleh enzim protease yang
diaktifkan oleh sel kanker, sehingga hanya sel kanker yang terpengaruh oleh terapi ini
dan sel sehat tetap terjaga. Metode ini masih dalam tahap penelitian, namun
diharapkan dapat menjadi alternatif terapi yang lebih efektif dan aman untuk
mengatasi kanker.(29)

48
 BAB 3
KESIMPULAN

Berdasarkan pembahasan diatas, maka penulis dapat menyimpulkan beberapa hal

sebagai berikut :

1. Ekspresi gen merupakan suatu rangkaian proses penerjemahan informasi genetik,

di dalam bentuk urutan basa pada DNA atau RNA, menjadi protein. Suatu sifat yang
dimiliki oleh setiap organisme yang merupakan suatu hasil metabolisme yang terjadi
di dalam sel. Proses metabolisme ini terjadi disebabkan adanya enzim-enzim yang
dapat membantu dalam katalisator proses-proses biokimia.

2.Komponen penyusun DNA antara lain berupa basa nitrogen, gula deoksiribosa dan
gugus fosfat. Sedangkan strukturnya double helix.

3.Mekanisme ekspresi gen terbagi atas dua tahap yaitu transkripsi dan translasi.
Transkripsi merupakan proses penerjemahan RNA dari DNA. Sedangkan translasi
merupakan sintesis rantai polipeptida dari molekul RNA

4.Transkripsi pada dasarnya adalah proses penyalinan urutan nukleotida yang

terdapat pada molekul DNA. Dalam proses transkripsi, hanya salah satu untaian DNA
yang disalin menjadi urutan nukleotida RNA (transkip RNA). Pada prokaryot, RNA
polimerase menempel secara langsung pada DNA di daerah promoter tanpa melalui
suatu ikatan dengan protein lain.

49
 DAFTAR PUSTAKA

1. Wibisono IS, Putri MA. Analisis Ekspresi Gen Menggunakan Medical

Imaging untuk Pendeteksi Penyakit. J Cakrawala Inf. 2021;1(2):42–50.

2. Avivi S, Jember U, Rhea B, Sanjaya L. Judul Buku : Bioteknologi Rekayasa

Genetika Tanaman. Jember: Universitas Jember; 2019. 189 p.

3. Brouwer I, Lenstra TL. Visualizing transcription: key to understanding gene

expression dynamics. Curr Opin Chem Biol [Internet]. 2019;51:122–9.
Available from: https://doi.org/10.1016/j.cbpa.2019.05.031

4. Sinaga E. Regulasi Ekspresi Gen. Regulasi Ekspresi Gen. 2018;1–24.

5. Kingston HM. ABC OF CLINICALNGENETICS. Malaysia: BMJ

Books,BMA House,Tavistock Square,London WCIH 9JR; 2002. 129 p.

6. Terstruktur T, Kuliah M, Molekuler B, Rekayasa DAN, Koentjoro Y.

STRUKTUR BAHAN GENETIK , MEKANISME DAN REGULASI
PROGRAM DOKTOR ILMU PERTANIAN. 2015;

7. Pandiangan H. Prediksi Sekuens DNA Berdasarkan Data Ekspresi Gen

Menggunakan Model Hidden Markov. 2016; Available from:
https://repository.its.ac.id/71700/%0Ahttps://repository.its.ac.id/
71700/2/1214201031-master-theses.pdf

8. Gaffar, Shabarni. Buku Ajar Bioteknologi Molekul. 2007;

9. Biologi Molekuler Materi 11 Ekspresi Gen ( Transkripsi DNA ) Disusun Oleh

50
 Trisia Lusiana Amir , S . Pd ., M . Biomed. 2018;(Fbm 111).

10. Malik A. Rna Therapeutic, Pendekatan Baru Dalam Terapi Gen. Maj Ilmu
Kefarmasian. 2005;2(2):51–61.

11. Guanabara E, Ltda K, Guanabara E, Ltda K. Ekspresi Gen :Dari Gen ke

Protein. Palembang: CV Hanif Medisiana; 2021. 259 p.

12. Alfian Nur Firdaus, Nisa Nur Hayati RA. Mikroskop Elektron untuk Observasi
Spesimen Biologi. 2018;3.

13. Aisiah. Nabila Fatin Aisiah S1 Farmasi 2014 Fakultas Matematika dan Ilmu
Pengetahuan Alam Universitas Sebelas Maret Surakarta. ISOLASI PIPERIN
DARI Fruct Piperis nigri Atau Piperis alb. 2016;

14. Mustika AA, Suripti S, Yulistania T, Ahmad TLS, Muntamah L. Modul

Pembelajaram Biologi Molekular. 2020;

15. Lestari I, Citrawati S. Konsep Metabolisme Asam Nukleat Dalam Perspektif

Al-Qur’an. J Dev Reseacrh Educ. 2023;4(1):1–10.

16. Sánchez Á, Kondev J. Transcriptional control of noise in gene expression. Proc

Natl Acad Sci U S A. 2008;105(13):5081–6.

17. Phillips OT, Tulis PD, Sains H, Alam P, Alam P, Transkripsi R. Regulasi
Transkripsi dan Ekspresi Gen pada Eukariota Aa. 2008;

18. Mata J, Marguerat S, Bähler J. Post-transcriptional control of gene expression:

A genome-wide perspective. Trends Biochem Sci. 2005;30(9):506–14.

19. Mangus DA, Evans MC, Jacobson A. Poly(A)-binding proteins:

Multifunctional scaffolds for the post-transcriptional control of gene
expression. Genome Biol. 2003;4(7):1–14.

51
20. Suparyanto Rosad. Substansi Genetika. Suparyanto dan Rosad (2015.
2020;5(3):248–53.

21. Cavalcanti A. Genetic code. Curr Biol. 2004;14(4):R147.

22. Effendi SH. Kode Genetik Dan Mutasi. 2012;

23. Warmadewi DA. Buku Ajar Mutasi Genetik. Mutasi Genet. 2017;15–
16(Mutasi):1–53.

24. Hestari S, Susantini E, Lisdiana L. Validitas, Kepraktisan, dan Efektivitas

Media Pembelajaran Papan Magnetik pada Materi Mutasi Gen. Berk Ilm
Pendidik Biol [Internet]. 2016;5(1):7–13. Available from:
http://ejournal.unesa.ac.id/index.php/bioedu

25. Agronomi K, Rumput T. Peningkatan Kadar Protein Kasar Dan. 2020;

26. Kimia D, Alam P. Tinjauan Ulang Mengenai Biokimia DNA dan RNA serta
Biosintesa Protein. J Math Fundam Sci. 1973;7(2):41–56.

27. Dna R. Replikasi DNA dan Sintesis Protein. :1–2.

28. Alber AB, Suter DM. Dynamics of protein synthesis and degradation through
the cell cycle. Cell Cycle [Internet]. 2019;18(8):784–94. Available from:
https://doi.org/10.1080/15384101.2019.1598725

29. Azis S, Herman MJ, Munim A. Kemampuan Petugas Menggunakan Pedoman

Evaluasi Pengelolaan Dan Pembiayaan Obat. Maj Ilmu Kefarmasian.
2005;2(2):62–73.

52