EKSPRESI GEN, MEKANISME PENGATURAN EKSPRESI GEN

PADA PROKARIOT

Dosen Pengampu :

Ni Made Raningsih, S.Pd., M.Si

Disusun Oleh :

1. Komang Angga Karisma (22089016022)

2. I Made Brahmananda Raja Negara (22089016026)
3. Muhammad Hendra Aldi Setyawan (22089016027)
4. I Putu Doa Sudivta (22089016032)

PRODI S1 FARMASI
SEKOLAH TINGGI ILMU KESEHATAN BULELENG
TAHUN AJARAN 2023
1
 KATA PENGANTAR

Puji syukur saya panjatkan kehadirat Tuhan Yang Maha Esa karena berkat dan rahmatnya,
saya dapat menyusun makalah “EKSPRESI GEN, MEKANISME PENGATURAN EKSPRESI
GEN PADA PROKARIOT” tepat pada waktu yang telah ditentukan. Di tengah kemajuan pada
bidang teknologi informasi Farmasi yang kian pesat semoga makalah ini bisa dijadikan salah satu
referensi para pembaca untuk menggalih lebih banyak informasi tentang Biologi Sel dan Molekul.

Di kesempatan ini tidak lupa saya mengucapkan banyak terimakasih kepada Ibu khjgjgh
yang telah memberikan tugas makalah ini sehingga saya dapat menambah pengetahuan dan
wawasan sesuai dengan bidang studi yang saya tekuni.

Tak lupa saya juga ucapkan terimakasih kepada berbagai pihak yang telah berusaha
membantu penulis dalam meyelesaikan setiap tahapan dalam proses penyusunan makalah ini. Saya
menyadari bahwa dalam membuat makalah ini masih banyak kesalahan dan kekurangan. Oleh
karena itu, saya mengharapkan segala kritik dan saran dari para pembaca untuk kesempurnaan
makalah ini.

Penulis.

ii
 DAFTAR ISI

JUDUL HALAMAN ......................................................................................................... I

KATA PENGANTAR ...................................................................................................... II

DAFTAR ISI ..................................................................................................................... III

BAB I PENDAHULUAN ................................................................................................. 1

1.1 Latar Belakang .............................................................................................................. 1

1.2 Rumusan Masalah ......................................................................................................... 1
1.3 Tujuan ........................................................................................................................... 1

BAB II PEMBAHASAN ................................................................................................... 2

2.1. Tahapan dalam Ekspresi Gen ...................................................................................... 2

2.2 Regulasi Ekspresi Gen .................................................................................................. 4

2.3 Metode untuk mengukur Ekspresi Gen ........................................................................ 5

2.4 Metilasi DNA memengaruhi Ekspresi Gen .................................................................. 6

2.5 Cara kontrol Ekspresi Gen pada Prokariot ................................................................... 8

BAB III PENUTUP ........................................................................................................... 10

3.1 Simpulan ....................................................................................................................... 10

3.2 Saran ............................................................................................................................. 10

DAFTAR PUSTAKA ....................................................................................................... 11

ii
 BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Ekspresi gen adalah proses biologis mendasar yang menentukan fungsi sel dan, lebih jauh lagi,
fisiologi keseluruhan suatu organisme-organisme. Pada intinya, ekspresi gen adalah
mekanisme dimana informasi genetik yang dikodekan dalam DNA digunakan untuk
menghasilkan produk fungsional, terutama protein. Setiap sel dalam suatu organisme
mengandung gen, yaitu segmen DNA yang menyimpan instruksi untuk membuat protein
tertentu. Protein adalah makromolekul penting yang menjalankan berbagai fungsi, mulai dari
memberikan dukungan struktural pada sel hingga mengkatalisis reaksi biokimia. Oleh karena
itu, sintesis protein yang tepat dalam jumlah yang tepat sangat penting untuk kelangsungan
hidup dan berfungsinya sel. Proses ekspresi gen dimulai ketika gen tertentu diaktifkan atau
“diekspresikan”. Aktivasi ini menghasilkan produksi a molekul disebut messenger RNA
(mRNA). MRNA berfungsi sebagai cetakan, membawa informasi genetik dari DNA ke mesin
seluler yang bertanggung jawab untuk sintesis protein. Langkah ini, dimana informasi DNA
ditranskripsi menjadi mRNA, dinamakan transkripsi. Setelah transkripsi, mRNA mengalami
translasi, di mana urutannya dibaca dan diinterpretasikan untuk menyusun asam amino dalam
urutan tertentu, yang pada akhirnya membentuk protein.
1.2 Rumusan Masalah
1. Apa saja tahapan dalam Ekspresi Gen ?
2. Bagaimana regulasi Ekspresi Gen?
3. Bagaimana metode untuk mengukur Ekspresi Gen?
4. Bagaimana metilasi DNA memengaruhi Ekspresi Gen?
5. Bagaimana cara kontrol Ekspresi Gen pada Prokariot?
1.3 Tujuan
1. Untuk mengetahui tahapan dalam ekespresi gen!
2. Untuk mengetahui regulasi Ekspresi Gen!
3. Untuk mengetahui metode untuk mengukur Ekspresi Gen!
4. Untuk mengetahui metilasi DNA memengaruhi Ekspresi Gen!
5. Untuk mengetahui cara kontrol Ekspresi Gen pada Prokariot!

1
 BAB II

PEMBAHASAN

2.1 Tahapan dalam Ekspresi Gen

1. Transkripsi.
• Transkripsi adalah proses biologis mendasar yang berfungsi sebagai fase awal
dalam jalur ekspresi gen. Ini melibatkan sintesis molekul RNA dari cetakan
DNA, yang secara efektif mengubah informasi genetik yang disimpan dalam
DNA menjadi format yang dapat digunakan oleh sel untuk menghasilkan
protein.
• Prosesnya dimulai ketika enzim yang dikenal sebagai RNA polimerase
berikatan dengan wilayah tertentu pada DNA, yang disebut promotor. Wilayah
promotor ini pada dasarnya bertindak sebagai titik awal, menandakan
dimulainya transkripsi.
• Setelah terikat, RNA polimerase memulai pelepasan heliks ganda DNA,
memperlihatkan salah satu untaian DNA. Untai terbuka ini, disebut sebagai
untai cetakan, memandu sintesis molekul RNA.
• Ketika RNA polimerase berkembang di sepanjang cetakan DNA, ia
menggabungkan nukleotida RNA yang melengkapi urutan DNA. Misalnya,
jika DNA memiliki adenin (A), RNA akan menggabungkan urasil (U). Sintesis ini
berlangsung dalam arah 5′ hingga 3′ hingga RNA polimerase menemukan
sinyal terminasi dalam DNA.
• Setelah mencapai sinyal ini, RNA polimerase melepaskan diri dari DNA, dan
molekul RNA yang baru disintesis, yang dikenal sebagai messenger RNA
(mRNA), dilepaskan.
• Perlu disebutkan bahwa proses transkripsi sedikit berbeda antara prokariota
dan eukariota. Pada sel prokariotik, transkripsi dan langkah translasi
selanjutnya terjadi secara bersamaan di kompartemen seluler yang sama.
• Namun, pada sel eukariotik, transkripsi terjadi di dalam nukleus. Transkrip
RNA awal, disebut pra-mRNA, mengalami berbagai modifikasi, termasuk

2
 pembatasan, penyambungan, dan penambahan ekor poli-A, mengubahnya
menjadi mRNA matang. Setelah modifikasi ini, mRNA matang diangkut
keluar dari nukleus dan masuk ke sitoplasma, di mana ia berfungsi sebagai
cetakan untuk sintesis protein selama proses translasi.
• Intinya, transkripsi adalah mekanisme di mana kode genetik di dalam DNA
ditranskripsi menjadi format RNA, yang mengatur tahap produksi protein,
yang penting untuk fungsi dan struktur seluler. Melalui tindakan cermat RNA
polimerase dan faktor-faktor terkait, informasi yang disimpan dalam gen dapat
diakses oleh mesin sintesis protein sel.
2. Terjemahan.
• Terjemahan adalah proses seluler di mana kode genetik yang tertulis dalam
messenger RNA (mRNA) diterjemahkan untuk menghasilkan rangkaian asam
amino tertentu, yang pada akhirnya membentuk protein. Proses ini merupakan
komponen penting dari ekspresi gen, memastikan bahwa informasi yang
dibawa oleh gen dimanfaatkan secara efektif untuk mempertahankan fungsi
seluler.
• Proses penerjemahan dimulai di ribosom, struktur seluler yang berfungsi
sebagai tempat sintesis protein. Ribosom mengidentifikasi kodon awal (AUG)
pada mRNA, menandakan dimulainya translasi. Molekul RNA transfer
(tRNA), yang masing-masing mengandung asam amino tertentu, memainkan
peran penting dalam proses ini. Molekul tRNA ini memiliki rangkaian
antikodon yang melengkapi kodon pada mRNA. Ketika ribosom berkembang
sepanjang mRNA, setiap kodon dipasangkan dengan antikodon tRNA yang
sesuai. Hal ini memastikan bahwa asam amino disusun dalam urutan yang tepat
yang ditentukan oleh urutan mRNA, membentuk rantai polipeptida yang
berkembang.
• Pemanjangan rantai polipeptida ini berlanjut hingga ribosom bertemu dengan
kodon stop (UAA, UAG, atau UGA) pada mRNA. Kodon stop ini tidak
berhubungan dengan asam amino apa pun; sebaliknya, hal tersebut berfungsi
sebagai sinyal untuk menghentikan proses penerjemahan. Setelah translasi
selesai, protein yang disintesis dapat mengalami berbagai modifikasi pasca

3
 translasi untuk mencapai bentuk fungsionalnya. Modifikasi ini antara lain
dapat mencakup pelipatan menjadi struktur tertentu, penambahan gugus fungsi,
atau pembelahan segmen.
• Penting untuk dicatat bahwa molekul mRNA dapat dikategorikan berdasarkan
jumlah rangkaian protein yang dibawanya. MRNA monokistronik, umumnya
ditemukan pada eukariota, mengkode satu protein. Sebaliknya, mRNA
polisistronik, yang lazim pada prokariota, membawa banyak rangkaian protein.
• Selain itu, lokasi penerjemahan bervariasi antara prokariota dan eukariota.
Pada sel prokariotik, translasi biasanya terjadi bersamaan dengan transkripsi.
Dalam sel eukariotik, translasi dapat terjadi di berbagai wilayah, seperti
sitoplasma atau retikulum endoplasma, bergantung pada lokasi tujuan protein.
• Singkatnya, translasi adalah proses terkoordinasi dengan cermat yang
menguraikan kode genetik dalam mRNA untuk menghasilkan protein. Melalui
tindakan sinergis ribosom, tRNA, dan komponen seluler lainnya, sel
memastikan bahwa protein disintesis secara akurat, yang mencerminkan
informasi genetik yang disimpan dalam DNA-nya
2.2 Regulasi Ekspresi Gen
Regulasi ekspresi gen merupakan mekanisme penting yang memastikan sintesis
protein yang tepat dalam sel. Peraturan ini penting untuk menjaga seluler homeostasis,
merespons perubahan lingkungan, dan memandu proses pembangunan. Dengan
mengontrol ekspresi gen, sel dapat menghasilkan protein spesifik kapan dan di mana
dibutuhkan, sehingga memastikan fungsionalitas optimal.
1. Peraturan Transkripsi: Regulasi ekspresi gen tingkat pertama terjadi pada tahap
transkripsi. Di sini, protein spesifik yang disebut faktor transkripsi berikatan
dengan rangkaian DNA, baik mendorong atau menghambat pengikatan RNA
polimerase, dan akibatnya, transkripsi gen. Selain interaksi genetik langsung
ini, modifikasi epigenetik juga memainkan peran penting. Modifikasi ini,
termasuk metilasi DNA dan perubahan histon, mempengaruhi aksesibilitas gen
tanpa mengubah urutan DNA itu sendiri. Oleh karena itu, mereka dapat
“menghidupkan” atau “mematikan” gen berdasarkan kebutuhan sel.

4
 2. Peraturan Pasca Transkripsi: Setelah transkripsi, mRNA yang dihasilkan
mengalami berbagai modifikasi. Dalam sel eukariotik, segmen mRNA yang
disebut intron, yang tidak mengkode protein, dihilangkan. Segmen yangtersisa,
yang dikenal sebagai ekson, kemudian digabungkan. Proses ini, disebut
penyambungan, memastikan bahwa hanya informasi yang diperlukan untuk
sintesis protein yang tersisa di mRNA.
3. Peraturan Translasi: Proses translasi, dimana mRNA digunakan sebagai
cetakan untuk mensintesis protein, juga dapat diatur. MicroRNA, molekul
RNA kecil, dapat berikatan dengan urutan tertentu dalam mRNA, menghalangi
inisiasi translasi atau menyebabkan degradasi mRNA. Selain itu, molekul lain,
seperti penekan translasi dan protein pengikat RNA, dapat mempengaruhi
translasi dengan berinteraksi dengan mRNA atau mesin translasi.
4. Peraturan Pasca Penerjemahan: Setelah protein disintesis, protein tersebut
dapat mengalami modifikasi lebih lanjut agar dapat berfungsi penuh.
Modifikasi pasca-translasi ini dapat mencakup penambahan atau penghilangan
gugus kimia tertentu, seperti gugus fosfat atau asetil. Modifikasi ini dapat
mengubah aktivitas, stabilitas, atau lokalisasi protein, sehingga mempengaruhi
perannya dalam sel.
2.3 Metode untuk mengukur Ekspresi Gen
Memahami tingkat ekspresi gen sangat penting untuk memperoleh wawasan
tentang berbagai proses dan fenomena biologis. Beberapa metode telah dikembangkan
untuk mengukur ekspresi gen, masing-masing memiliki kelebihan dan
keterbatasannya sendiri.
1. Blotting Utara: Ini adalah salah satu metode tradisional yang digunakan untuk
mendeteksi molekul RNA tertentu dalam sampel. Dalam Northern blotting,
RNA dipisahkan menggunakan elektroforesis gel dan kemudian ditransfer ke
membran nitroselulosa. Membran ini kemudian diperiksa dengan urutan
berlabel yang melengkapi RNA target. Kekuatan sinyal memberikan ukuran
jumlah RNA spesifik dalam sampel. Meskipun Northern blotting mudah dan
hemat biaya, namun juga memakan waktu dan tidak cocok untuk analisis
throughput tinggi.

5
 2. Reaksi Berantai Polimerase Kuantitatif (qPCR): qPCR adalah metode yang
banyak digunakan untuk mengukur ekspresi gen. Ini melibatkan konversi
mRNA menjadi DNA komplementer (cDNA) diikuti dengan amplifikasi
menggunakan PCR. Proses amplifikasi dipantau secara real-time
menggunakan label fluoresen, sehingga memungkinkan kuantifikasi bahan
awal. qPCR dikenal dengan sensitivitas dan kecepatannya, namun memerlukan
pengetahuan tentang urutan target dan dapat menganalisis sejumlah target
sekaligus.
3. mikroarray: Metode throughput tinggi ini melibatkan hibridisasi cDNA ke
probe spesifik yang terpasang pada sebuah chip. Setiap titik pada chip
berhubungan dengan gen tertentu, dan intensitas sinyal pada setiap titik
menunjukkan tingkat ekspresi gen tersebut. Microarray dapat menganalisis
ekspresi ribuan gen secara bersamaan. Namun, mereka memerlukan peralatan
khusus untuk akuisisi dan analisis data dan terkadang mengalami masalah
hibridisasi silang.
4. RNA-Seq: Metode yang lebih baru dan canggih, RNA-Seq melibatkan
pengurutan RNA secara langsung dari sampel. Dengan menghitung jumlah
pembacaan yang dipetakan pada gen tertentu, seseorang dapat menyimpulkan
tingkat ekspresi gen tersebut. RNA-Seq menawarkan rentang dinamis yang
lebih luas daripada microarray dan dapat mendeteksi berbagai jenis RNA,
termasuk transkrip baru. Namun, ini lebih mahal dan memerlukan sumber daya
komputasi yang besar untuk analisis data.
2.4 Metilasi DNA memengaruhi Ekspresi Gen
Metilasi DNA adalah modifikasi epigenetik yang melibatkan penambahan gugus
metil ke molekul DNA, biasanya pada residu sitosin dalam urutan dinukleotida CpG.
Metilasi DNA dapat memiliki efek signifikan pada ekspresi gen dengan memengaruhi
aksesibilitas gen ke mesin seluler yang bertanggung jawab untuk transkripsi.

Cara metilasi DNA memengaruhi ekspresi gen sebagai berikut :

1. Pembungkaman Gen: Metilasi DNA pada daerah promotor gen dapat
menyebabkan pembungkaman gen atau represi transkripsi. Ketika gugus metil

6
 ditambahkan ke daerah promotor, mereka dapat menghambat pengikatan
faktor transkripsi dan protein pengatur lainnya ke DNA. Ini mencegah inisiasi
transkripsi, yang mengakibatkan penurunan ekspresi gen. Metilasi daerah
promotor sering dikaitkan dengan penekanan aktivitas gen.
2. Struktur kromatin: Metilasi DNA juga dapat mempengaruhi struktur kromatin,
kompleks DNA dan protein yang menyusun kromosom. Kelompok metil dapat
merekrut protein yang dikenal sebagai protein domain pengikat metil (MBD),
yang memiliki kemampuan untuk memodifikasi struktur kromatin dan
menciptakan keadaan kromatin yang represif dan padat. Struktur kromatin
yang padat ini menyulitkan mesin transkripsi untuk mengakses DNA, yang
menyebabkan berkurangnya ekspresi gen.
3. Pengikatan Faktor Transkripsi: Metilasi DNA dapat secara langsung
mengganggu pengikatan faktor transkripsi ke situs targetnya. Faktor transkripsi
adalah protein yang berikatan dengan urutan DNA spesifik dan mengatur
ekspresi gen. Ketika metilasi terjadi di tempat di mana faktor transkripsi
seharusnya berikatan, ia dapat mencegah interaksinya dengan DNA, sehingga
menghambat aktivasi transkripsi.
4. Stabilitas DNA: Metilasi DNA juga dapat mempengaruhi kestabilan molekul
DNA itu sendiri. Sitosin termetilasi lebih rentan terhadap modifikasi kimia dan
dapat mengalami deaminasi spontan, yang mengarah pada konversi
metilsitosin menjadi timin. Hal ini dapat mengakibatkan perubahan permanen
pada sekuens DNA dan memengaruhi ekspresi gen dengan mengenalkan
mutasi atau mengganggu struktur DNA normal.

Secara keseluruhan, metilasi DNA memainkan peran penting dalam regulasi

ekspresi gen dengan memodulasi aksesibilitas gen ke mesin transkripsi.
Penambahan gugus metil ke DNA dapat menyebabkan pembungkaman gen,
pemadatan kromatin, gangguan pengikatan faktor transkripsi, dan ketidakstabilan
DNA, yang semuanya berkontribusi pada pengaturan pola ekspresi gen dalam
berbagai proses biologis dan tipe sel.

7
2.5 Cara kontrol Ekspresi Gen pada Prokariot
Pada prokariota, kontrol ekspresi gen terutama dicapai melalui regulasi
transkripsi, yaitu proses mensintesis RNA dari DNA. Prokariota memiliki mekanisme
yang relatif sederhana untuk mengontrol ekspresi gen dibandingkan dengan eukariota.
Berikut adalah beberapa mekanisme kunci yang terlibat dalam kontrol ekspresi gen
pada prokariota :
1. Pengakuan Promotor: Ekspresi gen dimulai dengan pengikatan RNA
polimerase ke daerah promotor DNA. Urutan promotor mengandung elemen
DNA spesifik yang memungkinkan RNA polimerase mengenali dan mengikat
ke situs yang benar untuk inisiasi transkripsi.
2. Faktor Transkripsi: Faktor transkripsi adalah protein yang berikatan dengan
sekuens DNA spesifik dan memengaruhi aktivitas RNA polimerase. Mereka
dapat meningkatkan (aktivator) atau menghambat (penekan) transkripsi. Faktor
transkripsi dapat mengontrol ekspresi gen dengan berinteraksi dengan RNA
polimerase atau dengan memengaruhi aksesibilitas wilayah promotor.
3. Wilayah Operator dan Operon: IPada prokariota, banyak gen dengan fungsi
terkait sering kali disusun bersama menjadi operon. Sebuah operon terdiri dari
wilayah promotor dan beberapa gen yang ditranskripsi bersama sebagai
molekul mRNA tunggal. Wilayah operator, yang terletak di dekat promotor,
berisi situs pengikatan protein penekan. Pengikatan protein penekan ke wilayah
operator dapat menghalangi RNA polimerase memulai transkripsi, sehingga
secara efektif menekan ekspresi gen.
4. Sistem Inducible dan Repressible: Prokariota menggunakan sistem pengaturan
yang berbeda untuk menanggapi perubahan lingkungan. Sistem yang dapat
diinduksi diaktifkan sebagai respons terhadap sinyal atau penginduksi tertentu.
Ketika molekul penginduksi berikatan dengan protein represor, ia mengalami
perubahan konformasi, melepaskan represor dari wilayah operator,
memungkinkan RNA polimerase untuk memulai transkripsi. Sistem yang
dapat ditekan, di sisi lain, terus aktif kecuali ditekan oleh molekul korepresor
tertentu.

8
5. Penghambatan Umpan Balik: Dalam beberapa kasus, produk akhir dari jalur
metabolisme dapat bertindak sebagai penghambat umpan balik, mengatur
sintesisnya sendiri. Produk akhir berikatan dengan protein pengatur, seringkali
enzim alosterik, yang pada gilirannya menghambat ekspresi gen yang terlibat
dalam sintesisnya. Mekanisme ini membantu mempertahankan homeostasis
dengan mengontrol produksi metabolit berdasarkan kebutuhan sel.

Secara keseluruhan, kontrol ekspresi gen pada prokariota melibatkan kombinasi

regulasi transkripsi melalui pengenalan promotor, faktor transkripsi, dan operon,
serta pengaruh protein regulator, induser, dan inhibisi umpan balik. Mekanisme ini
memungkinkan prokariota untuk menanggapi perubahan di lingkungan mereka
dan mengatur ekspresi gen yang diperlukan untuk bertahan hidup dan beradaptasi.

9
 BAB III

PENUTUP

3.1 Simpulan

Ekspresi gen adalah proses mendasar yang memainkan peran penting dalam fungsi dan
perkembangan organisme. Berikut adalah beberapa alasan mengapa ekspresi gen itu penting :

1. Sintesis protein: Ekspresi gen bertanggung jawab untuk sintesis protein, yang merupakan
pekerja sel dan melakukan berbagai fungsi penting untuk kehidupan.
2. Diferensiasi dan Pengembangan Sel: Ekspresi gen berperan penting dalam mengatur
diferensiasi dan perkembangan sel.
3. Tanggapan terhadap Rangsangan Lingkungan: Ekspresi gen memungkinkan organisme
untuk merespons dan beradaptasi dengan perubahan di lingkungannya.
4. Penyakit dan Kesehatan: Ekspresi gen yang menyimpang dapat menyebabkan berbagai
penyakit. Disregulasi ekspresi gen, baik melalui mutasi, perubahan epigenetik, atau faktor
lainnya, dapat menyebabkan malfungsi atau kelebihan produksi protein, yang
menyebabkan kelainan genetik, kelainan perkembangan, atau peningkatan kerentanan
terhadap penyakit seperti kanker.
5. Evolusi dan Keanekaragaman: Ekspresi gen adalah pendorong utama evolusi dan
keragaman kehidupan.

3.2 Saran

Dalam makalah ini masih banyak terdapat bahasa dan materi yang mungkin kurang bisa
dipahami oleh pembaca, maka sebab itu kami mohon kepada pembaca untuk memberikan kritik
dan saran yang membangun kepada kami agar kami dapat membuat makalah lebih baik
kedepannya. Semoga isi dari makalah ini dapat bermanfaat dan bisa dijadikan referensi dalam
membuat makalah atau menambah ilmu.

10
 DAFTAR PUSTAKA

Amir, A. (2014). Ekspresi Gen Family Bcl-2 dan Ekspresi Gen Protein Kanal Ionm Vdac1 pada
Oligozoospermia. Jurnal Kesehatan Andalas, 3(2), 123–127.

https://doi.org/10.25077/jka.v3i2.45

11