LAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI MOLEKULER

ISOLASI DNA

Oleh :
Yosephina F.Yarangga
2010 38 031

JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS PAPUA
MANOKWARI
2015

BAB I
PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
Mempelajari DNA bukanlah hal yang mudah karena DNA itu terlalu kecil (tidak
mungkin bisa dilihat dengan mata telanjang) dan konsep-konsep mengenai DNA cukup
abstrak. Deoxyribonucleic acid atau DNA merupakan senyawa kimia yang paling penting
dalam makhluk hidup. DNA merupakan senyawa yang mengandung informasi genetik
makhluk hidup dari satu generasi ke generasi selanjutnya. Keseluruhan DNA dalam suatu sel
akan membentuk genom. Genom meliputi bagian gen yang fungsional maupun nonfungsional dalam sel organisme. DNA genom meliputi gen dan intergen (Suryo, 2004).
DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan berfungsi untuk
mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara seluler. DNA terdapat
pada nukleus, mitikondria, dan kloroplas. Perbedaan ketiganya adalah DNA nukleus
berbentuk linier dan berasosiasi sangat erat dengan protein histon, sedangkan DNA
mitokondria dan kloroplas berbentuk sirkular dan tidak berasosiasi dengan protein histon.
Selain itu DNA mitokondria dan kloroplas memiliki ciri khas, yaitu hanya mewariskan sifatsifat yang berasal dari garis ibu. Sedangkan DNA nukleus memiliki pola pewarisan sifat dari
kedua orangtua. Dilihat dari organismenya, struktur DNA prokariot tidak memiliki protein
histon dan berbentuk sirkular, sedangkan DNA eukariot berbentuk linier dan memiliki protein
histon (Kirsman, 2010).
Kerja laboratorium berikut ini memungkinkan anda untuk bekerja dengan DNA secara
kongrit dengan mengisolasi DNA total dengan menggunakan peralatan dasar dan juga metode
yang sama dengan yang digunakan para Ilmuwan (Dollard, 1994).
1.2 Tujuan
1. Mempelajari bagaimana mengekstraksi DNA.
2. Mempelajari bagaimana proses ekstraksi DNA.

BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
DNA merupakan persenyawaan kimia yang paling penting pada makhluk hidup, yang
membawa keterangan genetik dari sel khususnya atau dari makhluk dalam keseluruhannya
dari satu generasi ke generasi berikutnya. Molekul DNA terdapat pada nukleus, mitokondria,
plastida dan sentriol. Molekul DNA pada nucleus memiliki bentuk sebagai benang lurus dan
tidak bercabang, sedangkan DNA yang terletak pada mitokondria dan plastida berbentuk
lingkaran (Suryo, 2012 : 59).
DNA pada makhluk hidup dapat diisolasi secara sederhana. Pengisolasian DNA
secara sederhana dapat dilakukan dengan memecahkan dinding sel, membran plasma dan
membran inti baik secara mekanik maupun secara kimiawi. Isolasi DNA merupakan suatu
teknik yang digunakan untuk memperoleh DNA murni, yaitu tanpa protein dan RNA dari
suatu sel dalam jaringan. Pemecahan dinding sel secara mekanik dapat dilakukan dengan
pemblenderan atau penggerus menggunakan mortar dan pistil. Sedangkan secara kimiawi
dapat dilakukan dengan pemberian detergen. Penambahan sabun cair dan garam dapur adalah
untuk melisiskan membran inti untuk mengeluarkan isi inti sel yang berisi DNA.
DNA yang menyusun kromosom ini merupakan nukleotida rangkap yang tersusun
heliks ganda (double helix), dimana basa nitrogen dan kedua benang polinukleotida saling
berpasangan dalam pasangan yang tetap melalui ikatan hidrogen dan antara nukleotida yang
satu dengan nukleotida yang lain dihubungkan dengan ikatan fosfat. DNA terdapat di dalam
setiap sel makhluk hidup dan disebut sebagai cetak biru kehidupan karena molekul ini
berperan penting sebagai pembawa informasi hereditas yang menentukan struktur protein dan
proses metabolisme lain (Jamilah, 2005).
Isolasi DNA adalah proses pengeluaran DNA dari tempatnya berada (ekstraksi atau
lisis) biasanya dilakukan dengan homogenasi dan penambahan buffer ekstraksi atau buffer
lisis untuk mencegah DNA rusak (Yuwono, 2008).

B.

Teknik Analisis Biologi Molekuler

Sejak akhir 1950-an dan awal 1960-an, ahli biologi molekuler telah belajar untuk

mengkarakterisasi, mengisolasi, dan memanipulasi komponen molekul sel dan organisme.

Komponen-komponen ini mencakup DNA, repositori informasi genetik; RNA, kerabat dekat
DNA yang fungsinya melayani sebagai berkisar dari copy pekerjaan sementara DNA untuk
fungsi struktural dan enzimatik aktual serta bagian fungsional dan struktural dari aparat
translasi, dan protein, jenis struktural dan enzimatik utama dari molekul dalam sel. Ada
beberapa macam teknik analisis biomol antara lain :
1)

Ekspresi kloning
Salah satu teknik yang paling dasar biologi molekuler untuk mempelajari fungsi protein

adalah kloning ekspresi. Dalam teknik ini, DNA coding untuk suatu protein bunga kloning
(menggunakan PCR dan / atau enzim restriksi) ke dalam sebuah plasmid (dikenal sebagai
vektor ekspresi). Plasmid ini mungkin memiliki elemen promotor khusus untuk mendorong
produksi protein yang menarik, dan mungkin juga memiliki penanda resistensi antibiotik
untuk membantu mengikuti plasmid.
Plasmid ini dapat dimasukkan ke dalam sel-sel bakteri baik atau hewan.
Memperkenalkan DNA ke dalam sel bakteri dapat dilakukan dengan transformasi (melalui
penyerapan DNA telanjang), konjugasi (melalui kontak sel-sel) atau dengan transduksi
(melalui vektor virus). Memperkenalkan DNA ke dalam sel eukariotik, seperti sel hewan,
dengan cara fisik atau kimia yang disebut transfeksi. Beberapa teknik transfeksi berbeda
tersedia, seperti transfeksi kalsium fosfat, elektroporasi, injeksi dan transfeksi liposom. DNA
juga dapat diperkenalkan ke dalam sel eukariotik menggunakan virus atau bakteri sebagai
pembawa, yang terakhir ini kadang-kadang disebut bactofection dan khususnya
menggunakan Agrobacterium tumefaciens. Plasmid dapat diintegrasikan ke dalam genom,
menghasilkan transfeksi stabil, atau mungkin tetap independen dari genom, yang disebut
transfeksi sementara. Dalam kedua kasus, DNA coding untuk suatu protein yang menarik
sekarang di dalam sel, dan protein sekarang dapat dinyatakan.
Berbagai sistem, seperti promotor diinduksi dan spesifik sel-sinyal faktor, yang
tersedia untuk membantu mengekspresikan protein kepentingan di tingkat tinggi. Jumlah
besar protein kemudian dapat diekstrak dari sel bakteri atau eukariotik. Protein dapat diuji
untuk aktivitas enzimatik bawah berbagai situasi, protein dapat mengkristal sehingga struktur

tersier yang dapat dipelajari, atau, dalam industri farmasi, aktivitas obat baru terhadap protein
dapat dipelajari.
2)

Polymerase chain reaction (PCR)

Reaksi berantai polimerase adalah teknik yang sangat serbaguna untuk menyalin

DNA. Secara singkat, PCR memungkinkan urutan DNA tunggal untuk disalin (jutaan kali),
atau diubah dengan cara-cara yang telah ditentukan. Sebagai contoh, PCR dapat digunakan
untuk memperkenalkan situs enzim restriksi, atau untuk bermutasi (mengubah) basa tertentu
DNA, yang terakhir adalah metode disebut sebagai "perubahan Cepat". PCR juga dapat
digunakan untuk menentukan apakah suatu fragmen DNA tertentu ditemukan di perpustakaan
cDNA. PCR memiliki banyak variasi, seperti PCR transkripsi terbalik (RT-PCR) untuk
amplifikasi RNA, dan, baru-baru ini, real-time PCR (QPCR) yang memungkinkan untuk
pengukuran kuantitatif molekul DNA atau RNA.
3)

Gel elektroforesis
Elektroforesis gel adalah salah satu alat utama biologi molekuler. Prinsip dasarnya

adalah bahwa DNA, RNA, dan protein semuanya dapat dipisahkan melalui medan listrik.
Dalam elektroforesis gel agarosa, DNA dan RNA dapat dipisahkan berdasarkan ukuran
dengan menjalankan DNA melalui gel agarosa. Protein dapat dipisahkan berdasarkan ukuran
dengan menggunakan gel SDS-PAGE, atau berdasarkan ukuran dan muatan listrik mereka
dengan menggunakan apa yang dikenal sebagai elektroforesis gel 2D.

BAB III
METODE
3.1 Waktu & Tempat
Waktu : Pukul 08:00-10:00
Tanggal : 19 November 2015
Tempat : Laboratorium Bioteknologi, Universitas Papua
3.2 Alat & Bahan
1. Vorteks
2. Mikrosentrifus
3. Alcohol burner
4. Block pemanas
5. Spiner

1. Sampel
2. Larutan ekstraksi chelex 10 %
3. Sarung Tangan
4. Alkohol
5. Tisu

6. Lembar kerja Chelex

3.3 Cara kerja
Protokol Ekstraksi Promega Kit
1. Ambil 600 ul nuclei lysis masukan kedalam tube
2. Ambil bagian jaringan sebanyak 10-20 mg masukan ke dalam tube
3. Lalu masukan tube 1,5 ml yang sudah diisi nuclei lysis dan jaringan tadi dipanaskan
pada suhu 65 C selama 30 menit
4. Setelah di heating (di panaskan) selama 30 menit tambahkan 3ul R Nase lalu
panaskan lagi selama 30 menit pada suhu 37 C
5. Tambahkan protein precipitation solution sebanyak 200 ul, lalu masukan ke dalam
freezer selama 5 menit
6. Lalu sentrifuge dengan kecepatan 15.000 rpm selama 4 menit
7. Tambahkan Isoproposal ambil sebanyak 600 ul letakan di tube yang baru, lalu tube
yang berisi kemudian ambil supernatant ke tube yang berisi iso propanol 600 ul
8. Sentrifuge kembali sebanyak 15.000 rpm selama 1 menit
9. Buang kembali supernatant dan tambahkan 600 ul etanol 70%
10. Sentrifuge lagi sesuai dengan langkah sebelumnya dengan kecepatan 15.000 rpm
selama 1 menit
11. Buang kembali supernatant kemudian di keringkan / di biarkan selama 15 menit
12. Tambahkan DNA Rehydration Solution sebanyak 100 ul
BAB IV
HASIL & PEMBAHASAN
4.1 Hasil
Sampel Udang Galah

Hasil Ekstraksi DNA

Sampel Ikan Mujair

Hasil

4.2 Pembahasan
Pada praktikum kali ini yang dilakukan yaitu Isolasi (ekstraksi) DNA, bekerja di
Laboratorium Bioteknologi, semua praktikan diwajibkan menggunakan sarung tangan,
tujuannya agar melindungi diri dari zat-zat berbahaya dan juga sebagai syarat utama agar
semua yang kita kerjakan selalu aseptis, namun dalam kegiatan praktikum kali ini hanya
asisten yang menggunkan sarung tangan, hal ini terjadi karena mengingat jumlah praktikan
yang ada dan alat-alat yang akan digunakan juga telah hampir kurang baik. Setelah asisten
memakai sarung tangan lalu menyiapkan chelex kemudian campurkan kedalam mikrotube.

Sampel yang akan kita pakai untuk ekstraksi DNA yaitu sampel ikan mujair, oleh
karena itu kode untuk tabung di tuliskan, sesudah diberi kode kita dapat merendam pinset
kedalam alkohol 96% yang akan digunakan untuk mengambil sampel ikan mujair, tujuan
perendaman yaitu untuk mensterilkan pinset agar saat bekerja tidak terjadi kontaminan dan
menyebabkan DNA tidak terbaca. Hal ini sangat penting karena untuk tahap keselanjutnya,
langkah dasar yang paling utama adalah menjaga agar setiap alat yang akan kita gunakan
steril. Setelah itu dipanaskan dibunsen, lalu kita dapat mengeluarkan sampel dari botolnya
dan meletakan diatas cawan petri, kemudian sampel dapat langsung dimasukan kedalam
mikrotube. Langkah berikutnya yaitu memasukan sampel kedalam hot block suhu diatur 65
C selama 30 menit, tujuan sampel dipanaskan agar membantu memecahkan sel dan
mendenaturasi protein serta mengaktifkan beberapa enzim yang hanya akan aktif jika dengan
suhu yang panas. Dengan begitu DNA dapat memisah dengan reagen chelex. Setelah
dipanaskan selama 30 menit, setelah itu dilakukan proses penambahan 3 l RNase sampel
lalu dipanaskan lagi selama 30 menit pada suhu 370C kemudian Proses penambahan Protein
Precipitation Solution sebanyak 200 l kedalam tube lalu didinginkan kedalam freezer
selama 5 menit. untuk cara kerja selanjutnya tidak ada dapat dilakukan karena mengalami
gangguan tekhnis saat akan dilakukannya proses centrifuge juga keadaan listrik yang padam
sebanyak 2x, sehingga praktikan menggunakan isolasi udang galah yang telah jadi.

BAB V
PENUTUP
5.1 Kesimpulan
Ekstraksi DNA adalah langkah pertama yang sangat penting dalam lagkah-langkah
kerja analisis DNA sequencing. Kualitas secara keseluruhan, akurasi dan panjang pembacaan
urutan basa DNA dapat dipengaruhi secara signifikan oleh karakter sampel itu sendiri, dan
metode yang dipakai untuk ekstraksi DNA. Isolasi DNA denga kualitas tinggi dari berbagai
jenis sampel memiliki tantangan tersendiri, dan metode yang ideal akan beragam bergantung
pada jenis jaringan.
Dari hasil praktikum Isolasi DNA. kita hanya dapat mengerjakan proses Isolasi
hingga pada tahap pendiginan didalam frezer selama 5 menit karena terjadi kesalahan teknis
pada aliran listrik.

5.2 Saran
Diharapkan agar kegiatan praktikum yang akan datang agar lebih baik lagi dari
sebelumnya sehingga tidak mengganggu kelancaran proses praktikum yang akan
berlangsung.

DAFTAR PUSTAKA
http://deallia.blogspot.com/2013/09/laporan-pengamatan-isolasi-dna.html
http://biologiaja.blogspot.com/2012/05/isolasi-dna-buah-pisang.html
http://aisyatunnurlaelyshare.wordpress.com/science/isolasi-dna/
http://biology-community.blogspot.com/2012/08/isolasi-dna.html
http://www.news-medical.net/health/Molecular-Biology-Techniques-%28Indonesian
%29.aspx