FAKULTAS BIOLOGI

PROGRAM STUDI BIOLOGI MEDIK

UNIVERSITAS NASIONAL
SOAL UJIAN AKHIR SEMESTER GANJIL
TAHUN AKADEMIK 2019/2020

MATA KULIAH : Biologi Molekuler

HARI/TANGGAL : Kamis, 23- Januari - 2020
WAKTU : 16.00 – 17.40
KELAS : B
SIFAT UJIAN : On Line
DOSEN PENGUJI : Harini NM ; Rachmawati Ridwan

Jawab pertanyaan berikut ini dengan lengkap dan jelas.

1. Suatu teknik isolasi dan identifikasi protein harus mempertimbangkan faktor-

faktor yang berpengaruh, sebutkan faktor-faktor tersebut

2. a. Dapatkah Saudara jelaskan yang dimaksud dengan isolasi protein, isolasi DNA, dan
isolasi RNA
b. Sebutkan fungsi masing2 isolasi tersebut.

3. Jelaskan tahap-tahap atau hal-hal yang perlu diperhatikan dalam isolasi DNA( 6
tahap).(Tahap 1 terdapat 2 cara).

4. Fungsi beberapa zat pada waktu melakukan isolasi DNA, RNA pada : a.
EDTA, b. Proteinase – K dan c. Penambahan Na Cl.

a. Nitrogen cair ; b. larutan CTAB [ c. Larutan CL; d. Penggunaan DEPC.

5. Penjelasan Teknologi DNA rekombinan :

a. Merupakan penjabaran proses evolusi ;
b.Populasi organism dapat menyesuaikan diri dengan lingkungan.
6. Jelaskan tahapan dalam rekayasa genetik dan sebutkan beberapa
kontribusi/tujuan rekayasa genetika.

7. Tahapan klon gen dan tujuan dari perbanyakan gen.

8. Pengertian enzim restriksi dan.palindromik masing2 dengan contoh.

Enzim tipe berapa yang sering digunakan pada penelitian dan jelaskan mengapa
demikian.

9. a. Sebutkan dan jelaskan Tahapan2 PCR.

b. Jelaskan keunggulan2 maupun kelemahan2 dari PCR.

Telah Diperiksa Tim Prodi Dosen Pengampuh/Koordinator

(Dr. Sri Endarti Rahayu, MSi) (.Harini Nurcahya M)

 JAWABAN :
1. Faktor-faktor yang mempengaruhi kelarutan protein diantaranya: pH, keberadaan garam, dan
polaritas pelarut..

2. A. – Isolasi protein merupakan suatu cara yang digunakan untuk memisahkan protein dari
makromolekul lain yang tidak diinginkan. Teknik isolasi protein ini harus mempertimbangkan
sifat-sifat fisik dan kimiawi dari protein tersebut agar tidak terjadi perubahan konformasi dan
aktifitasnya

- Isolasi DNA merupakan teknik dasar yang harus dikuasai dalam teknologi DNA
rekombinan. Tujuan isolasi adalah mendapatkan DNA tanpa debris sel.
- Isolasi RNA messenger (mRNA) adalah salah satu teknik dasar biologi molekular
yang digunakan untuk mengetahui ekspresi suatu gen baik pada hewan maupun
tumbuhan. RNA messenger adalah hasil transkripsi DNA dengan tujuan untuk
ditranslasi menjadi protein.
3. a) Isolasi Jaringan

Tahap pertama yang dilakukan yaitu mengisolasi jaringan yang ingin digunakan.

b) Pelisisan dinding dan membrane sel

Tahap selanjutnya yaitu melisiskan dinding dan membran sel dengan cara penggerusan),
sentrifugasi dengan kecepatan lebih dari 10.000 rpm atau dengan menggunakan larutan pelisis
sel atau buffer ekstraksi. Inti sel harus dilisiskan, karena substansi gen yang diinginkan ada
didalamnya. Penambahan larutan pelisis sel ini bertujuan untuk melisiskan sel yang tidak
mengandung DNA agar sel yang mengandung inti sel dapat diisolasi atau dipisahkan dari
komponen-komponen sel lainnya yang tidak berfungsi.

c) Pengekstrasian dalam larutan

Selanjutnya supernatan yang terbentuk dibuang dan kemudian dilakukan ekstraksi di dalam
larutan. Hal tersebut bertujuan agar didapat ekstrak.

d) Purifikasi

Tahap ini bertujuan untuk membersihkan hasil ekstrak dari zat-zat lainnya. Pada larutan tersebut
kemudian diberikan RNAse dan diinkubasi selama 10 menit pada suhu 65°C. Hal tersebut
bertujuan untuk mengoptimalkan kerja enzim yang sangat dipengaruhi oleh Penambahan
RNAse berguna untuk menyingkirkan kontaminasi RNA sehingga DNA dapat diisolasi secara
utuh.

e) Presiptasi

Tahap terakhir, yaitu presipitasi bertujuan untuk mengendapkan protein histon, sehingga untai-
untai DNA tidak lagi menggulung dan berikatan dengan protein histon, yang menyebabkan DNA
menjadi terlihat. Tahap presipitasi dilakukan dengan cara meneteskan larutan presipitasi protein
dan kemudian divortex yang bertujuan untuk menghomogenkan larutan. Larutan presipitasi
 protein terdiri atas amonium asetat yang jika berikatan dengan protein mengakibatkan
terbentuknya senyawa baru dengan kelarutan lebih rendah, sehingga menyebabkan protein
mengendap. Larutan tersebut kemudian disentrifugasi kembali selama 5 menit dengan kecepatan
13.000 rpm. Prinsip utama sentrifugasi adalah memisahkan substansi berdasarkan berat jenis
molekul dengan cara memberikan gaya sentrifugal sehingga .yang lebih berat akan berada di
dasar, sedangkan substansi yang lebih ringan akan terletak di atas.

4. - Fungsi EDTA : berfungsi merusak sel dengan cara mengikat ion magnesium yang
berfungsi mempertahankan integritas sel
- Proteinase K : berfungsi untuk mendegradasi protein
- Penambahan NaCl : berfungsi untuk memurnikan DNA

5. - Teknologi DNA Rekombinan merupakan kumpulan teknik atau metoda yang digunakan
untuk mengkombinasikan gen-gen di dalam tabung reaksi. Teknik-teknik tersebut meliputi:

- Teknik untuk mengisolasi DNA.

- Teknik untuk memotong DNA.

- Teknik untuk menggabung atau menyambung DNA.

- Teknik untuk memasukkan DNA ke dalam sel hidup.

A. Penjabaran proses evolusi bahwa evolusi yang mendorong pertukaran genetic antar
individu benar benar nyata dalam seluruh orgnanisme,mulai dari prokariotik hingga
eukariotik..

B. O r g a n i s m e y a n g m a m p u b e r a d a p t a s i t e r h a d a p lingkungannya akan dapat

bertahan hidup& sedangkan yang tidak mampu beradaptasiakan menghadapi
kepunahan atau kelangkaan enis. adaptasi diperlukan $leh makhluk hidup karena
beberapa hal& yaitu0 Untuk bertahan hidup! melindungi diri dan memenuhikebutuhan akan
makanan dan untuk berkembangbiak.Jadi dengan kata lain
adaptasimerupakan kemampuan atau kecenderungan makhluk hidup
dalam menyesuaikan diridengan lingkungan baru untuk dapat tetap hidup dengan
baik dan berkembang biak dilingkungan alaminya.

6. TAHAP-TAHAP REKAYASA GENETIK antara lain :

1. Mengindetifikasikan gen dan mengisolasi gen yang diinginkan.

2. Membuat DNA/AND salinan dari ARN Duta.

3. Pemasangan cDNA pada cincin plasmid

4. Penyisipan DNA rekombinan kedalam tubuh/sel bakteri.

5. Membuat klon bakteri yang mengandung DNA rekombinan

6. Pemanenan produk

KONTRIBUSI/TUJUAN REKAYASA GENETIKA • Melakukan studi tentang struktur &

fungsi gen (analisis gen) • Amplifikasi produk suatu gen dalam keadaan murni • Peningkatan
suatu strain (strain improvement) → bibit unggul • Rekayasa genetik memberikan kontribusi
yang substansial bagi penelitian pada berbagai bidang, seperti Peningkatan produksi bahan
makanan ,Peningkatan produk obat-obatan dan produk baru,Diagnosis penyakit,perbaikan proses
industry,mengatasi polusi lingkungan

7. Tahap-Tahap Kloning adalah :

a. Isolasi gen donor yaitu gen insulin dari manusia dan gen yang akan dijadikan vektor (wahana
kloning) yaitu plasmid.

b. Pemotongan gen dengan menggunakan enzim endonuklease restriksi (gunting biologi).

c. Penyisipan gen donor (gen insulin) ke dalam vektor (wahana kloning) dengan menggunakan
enzim ligase (lem biologi). Vektor merupakan kendaraan yang akan dipakai untuk membawa gen
donor ke dalam sel inang/agen misalnya bakteri. Vektor yang sering digunakan adalah plasmid.

d. Memasukkan plasmid yang telah disisipi gen insulin ke dalam sel bakteri.

e. Produksi insulin oleh bakteri transgenik tersebut.

8. Enzim Restriksi adalah suatu enzim yang bisa memotong untaian DNA secara spesifik sesuai
dengan urutan yang dikenalinya. Urutan nukleotida yang dikenali tersebut bersifat palindromik,
yaitu suatu urutan DNA yang sama jika dibaca dengan arah berlawanan pada setiap untainya.
Oleh karena itu, posisi pemotongan di dalam molekul DNA dapat diprediksi sehingga
memungkinkan segmen DNA tertentu dipotong dari molekul DNA yang lebih panjang.
Kemampuan memotong urutan DNA tertentu ini sangat penting dalam kloning gen dan seluruh
aspek lain teknologi DNA rekombinan.Misalnya EcoRI yang hanya bisa mengenali urutan
(sekuen) 5′-G’AATCC-3′, BamHI yang hanya mengenali 5′-G’GATCC-3′. Enzim restriksi
biasanya terdapat dalam kombinasi dengan enzim pemodifikasi lain yang melindungi DNA-nya
sendiri dari pemotongan, misalnya DNA-metil transferase (dnmt). Dnmt akan memetilasi basa
DNA pada tiap untai sehingga sekuen yang dikenali oleh enzim restriksi tidak akan terpotong.
Enzim tipe 2 yang sering digunakan ,Enzim tipe II memotong DNA pada posisi tertentu yang
dekat atau berada di antara sekuen yang dikenalnya. Enzim ini menghasilkan fragmen-fragmen
tertentu dengan pola pita-pita yang spesifik pada gel agarosa.

9.A. Tahapan PCR yaitu :

1) Denaturasi

Selama proses denaturasi, DNA untai ganda akan membuka menjadi dua untai tunggal. Hal ini
disebabkan karena suhu denaturasi yang tinggi menyebabkan putusnya ikatan hidrogen diantara
basa-basa yang komplemen. Pada tahap ini, seluruh reaksi enzim tidak berjalan, misalnya reaksi
polimerisasi pada siklus yang sebelumnya. Denaturasi biasanya dilakukan antara suhu 90 oC –
95 oC.

2) Penempelan primer

Pada tahap penempelan primer (annealing), primer akan menuju daerah yang spesifik yang
komplemen dengan urutan primer. Pada proses annealing ini, ikatan hidrogen akan terbentuk
antara primer dengan urutan komplemen pada template. Proses ini biasanya dilakukan pada suhu
50 oC – 60 oC. Selanjutnya, DNA polymerase akan berikatan sehingga ikatan hidrogen tersebut
akan menjadi sangat kuat dan tidak akan putus kembali apabila dilakukan reaksi polimerisasi
selanjutnya, misalnya pada 72 oC.

3) Reaksi polimerisasi (extension)

Umumnya, reaksi polimerisasi atau perpanjangan rantai ini, terjadi pada suhu 72 oC. Primer yang
telah menempel tadi akan mengalami perpanjangan pada sisi 3’nya dengan penambahan dNTP
yang komplemen dengan templat oleh DNA polimerase.

Jika siklus dilakukan berulang-ulang maka daerah yang dibatasi oleh dua primer akan
diamplifikasi secara eksponensial (disebut amplikon yang berupa untai ganda), sehingga
mencapai jumlah copy yang dapat dirumuskan dengan (2n)x. Dimana n adalah jumlah siklus dan
x adalah jumlah awal molekul DNA. Jadi, seandainya ada 1 copy DNA sebelum siklus
berlangsung, setelah satu siklus, akan menjadi 2 copy, sesudah 2 siklus akan menjadi 4, sesudah
3 siklus akan menjadi 8 kopi dan seterusnya. Sehingga perubahan ini akan berlangsung secara
eksponensial. PCR dengan menggunakan enzim Taq DNA polimerase pada akhir dari setiap
siklus akan menyebabkan penambahan satu nukleotida A pada ujung 3’ dari potongan DNA
yang dihasilkan. Sehingga nantinya produk PCR ini dapat di kloning dengan menggunakan
vektor yang ditambahkan nukleotida T pada ujung-ujung 5’-nya. Proses PCR dilakukan
menggunakan suatu alat yang disebut thermocycler.

G. Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (Rt-Pcr)

RT-PCR merupakan singkatan Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction. Seperti

namanya, proses RT-PCR merupakan bagian dari proses PCR biasa. Perbedaanya dengan PCR
yang biasa, pada proses ini berlangsung satu siklus tambahan yaitu adanya perubahan RNA
menjadi cDNA (complementary DNA) dengan menggunakan enzim Reverse Transkriptase.
Reverse Transcriptase adalah suatu enzim yang dapat mensintesa molekul DNA secara in vitro
menggunakan template RNA.

Seperti halnya PCR biasa, pada pengerjaan RT-PCR ini juga diperlukan DNA Polimerase,
primer, buffer, dan dNTP. Namun berbeda dengan PCR, templat yang digunakan pada RT-PCR
adalah RNA murni. Oleh karena primer juga dapat menempel pada DNA selain pada RNA, maka
DNA yang mengkontaminasi proses ini harus dibuang. Untuk proses amplifikasi mRNA yang
mempunyai poly(A) tail pada ujung 3′, maka oligo dT, random heksamer, maupun primer
spesifik untuk gen tertentu dapat dimanfaatkan untuk memulai sintesa cDNA.

H. Metoda Deteksi Produk PCR

Produk PCR adalah segmen DNA (amplikon) yang berada dalam jumlah jutaan copy, tetapi tidak
dapat dilihat dengan mata telanjang. Oleh karena itu PCR perlu diikuti dengan suatu tahap akhir
yang bertujuan untuk memvisualisasikan produk PCR serta sekaligus bertujuan untuk
mengetahui ukuran produk PCR dan mengetahui apakah produk yang dihasilkan adalah benar
seperti yang diinginkan. Salah satu metoda deteksi yang umum dilakukan adalah elektroforesis
gen agarosa.

B. KELEBIHAN PCR :

1. Memiliki spesifitas tinggi

2. Sangat cepat dapat memberikan hasil yang sama pada hari yang sama

3. Dapat membedakan varian mikroorganisme

4. Mikroorganisme yang dideteksi tidak harus hidup

5. Mudah di set up

KELEMAHAN PCR :

1. Sangat mudah terkontaminasi

2. Biaya peralatan dan reagen mahal

3. Interpretasi hasil PCR yang positif belum tervalidasi untuk semua penyakit infeksi misalnya
infeksi pasif atau laten

4. Teknik prosedur yang kompleks dan bertahap membutuhkan keahlian khusus untuk
melakukannya.