ACC ASDOS

LAPORAN PRAKTIKUM
BIOKIMIA BLOK 2 : BIOMEDIS 1
“ISOLASI GENOM DARI LIMPA SAPI”

DISUSUN OLEH

Nama : Lania Putri

Stambuk : N10122092
Kelompok 07
Asisten Dosen : Cici Lindiya Safari

PENDIDIKAN DOKTER
FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS TADULAKO
PALU
2022
 DAFTAR ISI

BAB I PENDAHULUAN........................................................................................1
1.1 Latar Belakang...............................................................................................1
1.2 Tujuan.............................................................................................................2
BAB II TINJAUAN PUSTAKA..............................................................................3
BAB III METODOLOGI PRAKTIKUM................................................................5
3.1 Alat dan Bahan...............................................................................................5
3.2 Prosedur..........................................................................................................5
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN.................................................................6
BAB V KESIMPULAN DAN SARAN...................................................................9
5.1 Kesimpulan.....................................................................................................9
5.2 Saran...............................................................................................................9
DAFTAR PUSTAKA............................................................................................10
 BAB I
PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang

DNA (DeoxyriboNucleic Acid) atau asam deoksiribonukleat merupakan

asam nukleat yang berisi kode genetik yang berfungsi sebagai blue print
(cetak biru) segala aktivitas kita terutama sel manusia. Dengan informasi
DNA, maka sel dan jaringan di kepala akan menumbuhkan rambut yang terus
tumbuh, sedangkan bulu di alis akan tumbuh dengan panjang tertentu, begitu
juga sel jari, telinga, mata dan seterusnya. DNA menjadi fondasi
pertumbuhan sel, menyusun dengan tepat protein dan molekul RNA, lalu
membentuk jaringan, organ hingga tubuh kita (Handayani, 2017).

DNA memiliki struktur pilinan utas ganda yang anti pararel dengan
komponen-komponennya, yaitu gula pentosa (deoksiribosa), gugus fosfat dan
pasangan basa. Sebuah sel memiliki DNA yang merupakan materi genetik
dan bersifat herediter pada seluruh sistem kehidupan. Genom adalah set
lengkap dari materi genetik (DNA) yang dimiliki suatu organisme dan
terorganisasi menjadi kromosom. DNA juga dapat diisolasi, baik pada
manusia maupun tumbuhan. DNA manusia dapat diisolasi melalui darah.
Komponen darah yang diisolasi yaitu sel darah putih, karena memiliki
nukleus dimana terdapat DNA didalamnya (Madhatilah, 2019).

Karakterisik penting dari DNA adalah DNA mampu mereplikasi atau

membuat salinan dari dirinya sendiri. Setiap rangkaian DNA di double helix
dapat berfungsi sebagai pola untuk menduplikasi urutan basa. Hal ini penting
ketika sel membelah karena masing-masing sel baru perlu memiliki salinan
tepat dari DNA pada sel induk. Urutan basa dalam DNA menunjukkan suatu
kode infromasi genetik. Setiap kali sel membelah untuk menghasilkan anak
sel diperlukan duplikasi DNA dimana duplikasi DNA menimbulkan molekul
DNA baru dengan urutan basa yang sama seperti aslinya (Madhatilah, 2019).

1
 DNA inti atau genom inti berasal dari inti sel, DNA mitokondria berasal
dari mitokondria, dan DNA kloroplas berasal dari kloroplas. DNA yang
terdapat pada tumbuhan dan hewan dapat diisolasi dengan mudah. Ekstrasi
DNA adalah serangkaian proses pemisahan DNA dari komponen sel lainnya.
Terdapat dua cara isolasi DNA, yakni cara sederhanan/konvensioanl dan cara
mutakhir (Nugroho, 2018).

RNA (Asam Ribonukleat) adalah rangkaian nukleotida yang saling terikat

seperti rantai. Replikasi RNA virus memerlukan pemasangan enzim tertentu
yang tidak terdapat dalam sel yang tidak terinfeksi. Siklus hidup Virus Secara
umum, rincian siklus replikasi virus ditentukan oleh jenis materi genetik yang
masuk ke dalam sel inang. Virus memerlukan bahan-bahan dari sel organisme
lain dalam bereplikasi. Replikasi pada virus terbagi menjadi 2, yaitu siklus
litik dan siklus lisogenik. Siklus litik merupakan siklus replikasi virus dimana
sel inang akan mengalami lisis (mati) pada akhir siklusnya sedangkan siklus
lisogenik sebaliknya (Handayani, 2017).

1.2 Tujuan
1. Memahami prinsip isolasi genom
2. Mampu melakukan isolasi genom

2
 BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
Gen pada semua organisme prokariot dan eukariot terbuat dari DNA. Pada
virus gen terbuat dari DNA atau RNA (asam ribonukleat). RNA, seperti halnya
DNA, merupakan polimer panjang tidak bercabang yang terdiri dari
nukleotidanukleotida yang bersambung dengan ikatan 3'→5' fosfodiester Struktur
kovalen RNA berbeda dengan DNA dalam dua hal. Sebagaimana terbaca dari
namanya, unit-unit gula dalam RNA berupa ribosa bukan deoksiribosa. Ribosa
mengandung sebuah gugus 2'-hidroksil yang tidak terdapat deoksiribosa.
Perbedaan yang lain ialah bahwa satu dari keempat basa utama dalam RNA
adalah urasil (U) yang menggantikan timin (T). Urasil, seperti timin, dapat
membentuk pasangan basa dengan adenin, tetapi tidak mengandung gugus metil
yang terdapat dalam timin (Morris, 2020).

Diketahui bahwa molekul DNA menyandikan informasi pada berbagai

tingkatan. Tingkat paling dasar terdiri dari urutan basa itu sendiri dan terutama
penting untuk pengkodean protein dan pengenalan basa langsung oleh protein
pengikat DNA. Tingkat yang lebih sulit dipahami terdiri dari sifat struktural lokal
molekul DNA di mana sekuens DNA hanya memainkan peran pendukung tidak
langsung. Sifat-sifat ini bagaimanapun juga merupakan faktor penting dalam
sejumlah besar proses biomolekuler dan dapat dianggap sebagai sinyal informatif
untuk keberadaan berbagai fitur genom. Beberapa studi baru-baru ini dengan tegas
menunjukkan manfaat mengandalkan sifat DNA tersebut untuk pemodelan dan
memprediksi fitur genom yang beragam seperti situs awal transkripsi, situs
pengikatan faktor transkripsi, atau penempatan nukleosom (Meysman, 2015).

DNA terbentuk dari empat tipe nukleotida, yang berikatan secara kovalen
membentuk rantai polinukleotida (rantai DNA atau benang DNA), dengan tulang
punggung gula-fosfat tempat melekatnya basa-basa. Dua rantai polinukleotida
saling berikatan melalui ikatan hidrogen antara basa-basa nitrogen pada rantai
yang berbeda. Semua basa berada di dalam double helix, sedangkan tulang
punggung gula-fosfat berada di bagian luar. Tulang punggung gula fosfat terdiri
dari ujung 5’

3
dan 3’. Basa purin (A-T) selalu berpasangan dengan pirimidin (G-C). Perpasangan
secara komplemen tersebut memungkinkan pasangan basa dikemas dengan
susunan yang paling sesuai. Hal ini bisa terjadi bila kedua rantai polinukleotida
tersusun secara terpilin (anti paralel) (Anisa, 2018).

Penemuan bahwa informasi genetic dikode disepanjang suatu molekul

polimerik yang hanya terdiri dari empat jenis unit monomeric merupakan satu
keberhasilan ilmu pengetahuan terpenting pada abad ke-20. Molekul polimerik
ini, asam deoksiribonukleat (DNA), merupakan dasar kimiawi hereditas dan
disusun menjadi gen, unit dasar informasi genetic. Jalur informasi dasar yaitu
DNA, yang mengarahkan sintesis RNA, yang selanjutnya mengarahkan dan
mengatur sintesis protein. Gen tidak berfungsi secara otonom. Sebaliknya,
replikasi dan fungsi gen diatur oleh berbagai produk gen, sering kali bekerja sama
dengan komponenkomponen dari berbagai jalur transduksi sinyal (Rodwell,
2019).

Isolasi DNA merupakan langkah yang tepat untuk mempelajari DNA. Prinsipnya
ada dua, yaitu sentrifugasi dan presipitasi. Sentrifugasi merupakan teknik untuk
memisahkan campuran berdasarkan berat molekul komponennya.Molekul yang
mempunyai berat molekul besar akan berada di bagian bawah tabung dan molekul
ringan akan berada pada bagian atas tabung. Hasil sentrifugasi akan menunjukkan
dua macam fraksi yang terpisah, yaitu supernatan pada bagian atas dan pelet pada
bagian bawah. Presipitasi merupakan langkah yang dilakukan untuk
mengendapkan suatu komponen daricampuran (Nugroho, 2018).

4
 BAB III
METODOLOGI PRAKTIKUM
3.1 Alat dan Bahan
a. Alat

1. Alat sentrifugasi
2. Lemari es
3. Tabung reaksi
4. Batang pengaduk

b. Bahan

1. Limpa sapi
2. Natrium klorida (0,14 M buffer dengan 0,02 M natrium sitrat pH 7,4)
3. Natrium klorida (2M)
4. Etanol 75%
5. Etanol 100%

3.2 Prosedur
1. Menambahkan 50 gram limpa ke dalam 200 mL buffer salin dan
menghomogenkannya
2. Sentrifugasi suspensi di 5000 rpm selama 15 menit
3. Menghomogenkan lagi endapan dalam 200 mL buffer salin
4. Menyimpan suspensi dalam lemari es semalaman
5. Sentrifugasi pada 20.000 rpm selama 15 menit
6. Menambahkan supernatan ke dalam etanol 100%
7. Massa putih berserat terbentuk dan diaduk
8. Menyimpan DNA berserat
9. Mencuci dengan etanol 75% dan melarutkan dalam garam buffer

5
 BAB IV
HASIL DAN PEMBAHASAN
Tabel Hasil Pengamatan
Tahap Hasil pengamatan Interpretasi hasil Gambar

Terbentuk Terjadi
Sentrifugasi endapan dan pemisahan
supernatant substansi
(DNA pada berdasarkan
supernatant) beratmolekul

Hasil positif
Penambahan Terbentuk benang ditunjukkan
etanol atau serabut putih dengan
pembentukan
benang putih

Isolasi DNA dilakukan dengan menghomogenasi limpa sapi bersama

buffer salin menggunakan homogenizer. Homogenisasi seperti namanya, yaitu
untuk meratakan campuran dan memperluas permukaan yang berkontak dengan
larutan yang diberikan. Kemudian larutan tersebut di sentrifugasi ke dalam
sentrifuge untuk memisahkan komponen yang memiliki berat molekul yang
berbeda. Prinsip utama dalam isolasi DNA ada tiga yakni penghancuran (lisis),
ektraksi atau pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan protein, serta
pemurnian DNA. Selain itu ada 2 prinsip lagi dalam melakukan isolasi DNA,
yaitu sentrifugasi dan presipitasi. Prinsip utama sentrifugasi adalah memisahkan
substansi berdasarkan berat jenis molekul dengan cara memberikan gaya
sentrifugal sehingga substansi yang lebih berat akan berada di dasar, sedangkan
substansi yang lebih ringan akan

6
terletak di atas. Teknik sentrifugasi tersebut dilakukan di dalam sebuah mesin
yang bernama mesin sentrifugasi dengan kecepatan yang bervariasi.

Praktikum ini menggunakan limpa sapi karena limpa mengandung banyak

DNA dan aktivitas enzy ribonuklease lemah. Pada percobaan isolasi DNA ini,
tahap pertama adalah proses perusakan atau penghancuran membran dan dinding
sel. Pemecahan sel (lisis) merupakan tahapan dari awal isolasi DNA yang
bertujuan untuk mengeluarkan isi sel. Tahap penghancuran sel atau jaringan
dilakukan dengan cara menggerus limpa sapi ditambah dengan 40 mL buffer salin
menggunakan mortar. Fungsi penyangga adalah untuk menjaga struktur DNA
selama proses penghancuran dan purifikasi sehingga memudahkan dalam 12
menghilangkan protein dan RNA serta mencegah aktivitas enzim pendegradasi
DNA dan mencegah perubahan pada molekul DNA.

Praktikum ini menggunakan prinsip hampir semua sel mengandung DNA,

tetapi jumlahnya di beberapa jaringan cukup kecil. Selain itu, beberapa jaringan
mengandung deoxyribonuclease (DNAase) yang tinggi sehingga DNA dipecah
menjadi fragmen yang lebih kecil. Jaringan yang mudah digunakan untuk isolasi
DNA harus mengandung bahan kuantitas tinggi dan memiliki aktivitas DNAase
yang rendah. Jaringan limfoid adalah sumber yang sangat baik. Timus dan limpa
(spleen) dapat digunakan sebagai alternatif yang baik. Jaringan dihomogenisasi
dalam salin isoton berupa buffer natrium sitrat dengan pH 7,4. Pada kondisi ini,
deoxyribonucleoprotein (protein DNA) tidak larut dan terpisah dari protein lain.
Natrium sitrat akan menghambat aktivitas DNAase dengan mengikat Ca2+ dan
Mg2+ sebagai kofaktor untuk enzim.

Konsentrasi dan pH dari bufer yang digunakan harus berada dalam pH 7,4.
Bufer larutan dengan pH rendah akan mengkibatkan depurifikasi dan
mengakibatkan DNA terdistribusi ke fase metilen klorida-butanol selama proses
deproteinisasi. Sedangkan pH larutan yang tinggi di atas 12 akan melepaskan
untai ganda DNA. Pada proses penghomogenesisan ini diperoleh substansi
homogen. Setelah itu, dilakukan setrifugasi dengan kecepatan 2500 rpm
selama 15 menit

7
untuk memisahkan kompenen yang memiliki berat molekul berbeda. Hasil dari
sentrifugasi I yakni sel mengendap dan zat ekstrasel (protein-karbohidrat) pada
supernatan.

Berdasarkan hasil percobaan bahwa DNA terdapat pada surfaktan

sehingga yang diambil adalah surfaktannya. Penambahan etanol 100% dilakukan
agar DNA mengalami pengendapan, karena sifat etanol yang higroskopis atau
dapat menarik air. Penambahan etanol juga bertujuan untuk mempermudah
terjadinya presipitasi pada benang-benang DNA. Etanol tersebut mampu
membawa asam nukleat yang terdapat dalam campuran naik ke permukaan untuk
kemudian diendapkan. Hasil akhir dari praktikum ini tidak diperoleh DNA murni,
melainkan yang diperoleh adalah terbentuknya DNA kasar atau benangbenang
halus (supernatant) dalam jumlah yang sedikit serta endapan putih yang terlihat.
Namun, dikarenakan limpa sapi yang digunakan masih aktif jadi rantai nukleotida
yang muncul terputus dan tidak bisa ditarik. DNA yang ada di supernatantnya
kemudian dipindahkan ke dalam air lalu disimpan. Hasil yang akan didapatkan
dari pratikum ini adalah larutan berwarna bening yang berisi DNA murni, tanpa
adanya komponen lain yang tidak diperlukan seperti sel darah merah maupun
protein, dari serangkaian proses yang dilakukan menunjukkan adanya DNA yang
ditandai dengan terlihatnya benang-benang halus.

8
 BAB V
KESIMPULAN DAN SARAN
5.1 Kesimpulan

1. Proses isolasi DNA dilakukan dengan menghomogenasi limpa sapi

bersama buffer salin menggunakan homogenizer. Homogenisasi
dilakukan untuk meratakan campuran dan memperluas permukaan yang
berkontak dengan larutan yang diberikan.
2. Kondisi ionic dari penambahan NaCl membuat reaksi berjalan lebih
stabil. Ion Na+ yang terkandung dalam NaCl mmapu mebentuk ikatan
dengan kutub negative dari fosfat DNA, yakni kutub yang bisa
menyebabkan 19 molekul-molekul saling tolak menolak satu sama lain,
sehingga Na+ membentuk ikatan dengan kutub negative fosfat DNA dan
DNA akan terkumpul
3. DNA dalam praktikum ini merupakan hasil endapan dengan etanol
berbentuk serat-serat benang yang berwarna putih.
4. Teknik isolasi dapat digunakan untuk berbagai keperluan salah satunya
untuk kebutuhan PCR.

5.2 Saran
1. Dalam melakukan praktikum isolasi genom pada limpa sapi ini, harus
lebih berhati-hati dan teliti, utamanya pada saat pencampuran bahannya
agar hasil percobaan dapat sesuai dengan teori yang ada.
2. Diharapkan para praktekkan lebih memahami konsep teori dan prinsip
kerja yang ada praktikum isolasi genom
3. Diharapkan semua praktekkan dapat melihat langsung proses sentrifugasi
dan prinsip kerja lainnya sebelum tahap akhir sehingga para praktekkan
mampu mengetahui dengan jelas
4. Penyedia fasilitas laboratorium diharapkan untuk memfasilitasi
laboratorium secara lebih lengkap lagi

9
 DAFTAR PUSTAKA

Anisa, A., Jaya, A. K., & Sunarti, S. 2018. Analisis Hidden Markov Model untuk
Segmentasi Barisan DNA. Jurnal Matematika, Statistika dan Komputasi.
Vol. 13(1): 55-65. Viewed on 26 November 2022. Avaiable at :
https://journal.unhas.ac.id/index.php/jmsk/article/view/3484

Handayani, S. (2017). Dna: Pemahaman Dalam Perspektif Pikiran Tubuh dan

Masyarakat. Jurnal Kedokteran, 5(1), 520-527. Viewed on 26 November
2022. From : www.googleschoolar.com

Mardhatilah D. 2019. Biokimia. Yogyakarta: Instiper Press

Meysman P, Marchal K, Engelen K. 2015. DNA structural properties in the

classification of genomic transcription regulation elements. Bioinform
Biol Insights

Morris, A. L., Mohiuddin, S. S., 2020. Biochemistry. StatPearls: StatPearls

Publishing.

Nugroho, E.D., Rahayu, D.A. 2018. Penuntun Praktikum Bioteknologi.

Depublish: CV Budi Utama

Rodwell, V. W., Bender, D. A., Botham, K. M., Kennelly, P. J., Weil, P. A. 2019.
Biokimia Harper. Edisi 31. Jakarta: EGC

Syaifiyatul, H. 2017. Dna Sebagai Bukti Untuk Memecahkan Tindakan Kriminal.

In Prosiding SEHATI. Vol. 3(1): 231-234. Viewed on 27 November 2022.
Avaiable at : uim.ac.id