LAPORAN PRAKTIKUM BIOKIMIA

SEMESTER GENAP 2022/2023

MENGISOLASI DNA DARI BUAH

Kelompok 3:
1.Saldi S
2.Ayu Anggraini Marassing
3.Indriani Zakaria
4.Mharda Tilla
5.Sulastri
6.Pitriani

LABORATORIUM BAHAN ALAM

FAKULTAS SAINS DAN FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU
PENDIDIKAN
UNIVERSITAS COKROAMINOTO PALOPO
2023
 KATA PENGANTAR

Puji syukur kami panjatkan kehadirat Allah Swt, atas berkat rahmat, dan
karunia-Nya sehingga kami dapat menyelesaikan laporan praktikum yang berjudul
“Isolasi DNA dari Buah” tepat pada waktunya.
Dalam penyusunaan laporan ini, kami mendapatkan bantuan dan bimb-
ingan dari berbagai pihak, sehingga hambatan dan kesultan dapat diatasi. Oleh
karena itu, pada kesempatan ini kami mengucapkan erimkasih kepada:
1. Ibu Nurmalasari S.Si., M.Si. Selaku Dosen Mata Kuliah Biokimia Dasar yang
telah memberikan tugas praktikum ini.
2. Nurhikma Alex yang telah membimbing kami dalam pelaksanaan praktikum
isolasi DNA dari buah.
3. Teman-teman kelompok 3 yang bersama-sama telah mnyelesaikan tugas
laporan praktikum Isolasi DNA dari Buah.
Kami menydari bahwa laporan ini masih jauh dari keseempurnaan, se-
hingga kritik dan saran yang membangun akan penulis terima dengan tangan ter-
buka. Akhir kata, semoga laporan paktikum ini dapat berguna dan bermanfaat
bagi kita semua.

Palopo, 27 Juli 2023

Penulis

ii
 DAFTAR ISI

HALAMAN JUDUL………………………………………………………….……i

KATA PENGANTAR ......................................................................................... ii

DAFTAR ISI ...................................................................................................... iii

BAB I PENDAHULUAN .................................................................................... 1

1.1 Latar Belakang ...................................................................................................... 1

1.2 Rumusan Masalah ................................................................................................. 2
1.3 Tujuan Praktikum .................................................................................................. 2
1.4 Manfaat Praktikum ............................................................................................... 2
BAB II TINJAUAN PUSTAKA .......................................................................... 3

2.1 Kajian Teori .......................................................................................................... 3

BAB III METODE PERCOBAAN ...................................................................... 6

A. Metode Praktikum .................................................................................................. 6

3.1 Waktu dan Tempat............................................................................................. 6
3.2 Alat ................................................................................................................... 6
3.3 Bahan ................................................................................................................ 6
B. Prosedur Kerja ........................................................................................................ 7
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN .............................................................. 8

4.1 Hasil...................................................................................................................... 8
4.2 Pembahasan........................................................................................................... 8
BAB V PENUTUP .............................................................................................. 9

5.1 Kesimpulan ........................................................................................................... 9

5.2 Saran ..................................................................................................................... 9
DAFTAR PUSTAKA ........................................................................................ 10

LAMPIRAN ...................................................................................................... 11

iii
 BAB I
PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

DNA ini tersusun atas tiga kelompok utama yaitu gula deoksi bosa, basa
nitrogen dan fosfat yang bergabung membentuk nukleotida. Materi genetic yang
terdapat di dalam inti sel makhkuk hidup. Materi ini terbentuk seperti tangga yang
berpilin. Kedua sisi tangga di hubungkan oleh anak tangga. Pada DNA, hanya ada
dua jenis anak tangga, yaitu anak tangga yang di bentuk oleh pasangan basa nitro-
gen, adenine dan timin (A-T) dan basa guanin-sitosin (G-C). Molekul DNA ini
terikat membentuk kromosom, dan ditemukan di nucleus, mitokondria dan kloro-
plas. DNA yang menyusun kromosom ini merupakan nukleotida rangkap yang
tersusun heliks ganda, dimana basa nitrogen dan kedua ‘benang’ polinukleotida
saling berpasangan dalam pasangan yang tetap melalui ikatan hydrogen dan antara
nukleotida yang satu dengan nukleotida yang lain yang dihubungkan dengan
ikatan fosfat. DNA terdapat di dalam setiap sel makhluk hidup dan disebutt se-
bagai cetak biru kehidupan karena molekul ini berperan penting sebagai pembawa
informasi hereditas yang menentukan struktur protein dan proses metabolism lain.
DNA dapat mengalami denaturasi dan renaturasi. Selain itu DNA juga bisa diiso-
lasi.
Pengisolasian DNA secara sederhana dapat di lakukan dengan memeca-
hkan dinding sel, membrane plasma dan membrane inti baik secara mekanik mau-
pun secara kimiawi. Isolasi DNA merupakan suatu teknik yang digunakan untuk
memeperoleh DNA murni, yaitu tanpa protein dan RNA dari suatu sel dalam
jaringan.

1
1.2 Rumusan Masalah
Berdasarkan latar belakang diatas, maka diperoleh rumusan masalah se-
bagai berikut: Bagaimana hasil isolasi DNA dari sampel buah semangka,wortel
dan pucuk merah?

1.3 Tujuan Praktikum

Adapun tujuan dari praktikum ini adalah agar mahasiswa mampu menge-
tahui metode sederhana dalam mengisolasi DNA pada buah, serta diharapkan
dapat mengetahui peranan DNA bagi makhluk hidup.

1.4 Manfaat Praktikum

Adapun manfaat dari praktikum ini, yaitu untuk mengetahui cara mem-
isahkan (mengisolasi) DNA dari 3 jenis buah yang digunaka sebagai sampel, serta
untuk mengetahui keaktifan detergen dalam proses isolasi DNA pada sampel
buah.

2
 BAB II
TINJUAN PUSTAKA

2.1 Kajian Teori

Asam nukleat pertama kali ditemukan oleh seorang dokter muda Friedrich
Miescher pada tahun 1869. Identifikasi asam nukleat oleh Miescher diisolasi dari
inti sel nanah yang berasal dari perban bedah bekas pembalut luka. Miescher
menunjukkan bahwa inti-inti tersebut mengandung fosfor yang diberi nama nucle-
in atau nucleoprotein. Miescher menemukan bahwa asam nukleat terdiri dari bagi-
an asam (DNA) dan bagian dasar (protein). Penelitian oleh Miescher berlanjut dan
berhasil memisahkan komponen protein dan asam nukleat yang terdapat pada
nuklein (Darmawati dkk, 2021).
Asam nukleat, meliputi DNA dan RNA adalah makromelekul yang ber-
bentuk polimer lenier, tersusun atas monomer nukleotida. Kedua makromolekul
ini berperan pada proses metabolisme informasi genetic. Monomer penyusun
asam nukleat adalah nukleotida. Setiap nukleotida terdiri dari gula fospat, dan ba-
sa, dimana gula berikatan dengan fospat membentuk struktur tulang yang sama
sepanjang isi asam nukleat. Sedangkan basa-basa pada nukleotida memberikan
sifat khusus (Baktir, 2017).
DNA (Deoksiribos Nukleat Asam) atau asam nukleat merupakan molekul
primer yang terbentuk dari tiga komponen dasar, yaitu pentose,fosfat,dan senyawa
organic bassah nitrogen. Selain itu nukleotida pada asam nukleat juga merupalan
molekul yang terdapat pada kromosom dengan fungsi utama sebagai pembawa
informasi genetik. Asam nukleat sangat peka terhadap pengaruh faktor fisik dan
kimia sehingga DNA dapat di pisahkan dari sel dan jaringan. Komponen gulanya
dapat mengalami dehidrasi,kehilangan sebuah gugus oksigen (deoksi), sehingga
asam nukleat terdapat dalam bentuk RNA (ribonukleat), dan DNA (deoksiribo-
nugleat) (Suhartono, 2022).
DNA merupakan kumpulan nukleotida yang membentuk untai panjang
polinukleotida. Sebuah polinukleotida tersusun atas gula deoksiribosa, fosfat dan
basah nitrogen. Pada DNA terdapat dua kelompok basah, yaitu purin dan pira-
midin. Purin terdiri dari adenine dan guanin, sementara piramidin terdiri dari si-
tosin dan timin. Adenin berpasangan dengan timin melalui ikatan rangkap

3
dua,sedangan guanin berpasangan dengan sitosin melalui ikatan hydrogen rangkap
tiga. Ikatan hidroge ini menghubungkan untai DNA dan membentuk heliks ganda
(Nurhayati, 2014).
Deoxyribo Nucleic Acid (DNA) adalah asam nukleat yang membawa in-
formasi genetic dari generasi kegenerasi selajutnya. DNA terdapat pada nucleus,
mitokondria pada hewan dan terdapat juga pada ploroplas tumbuhan. Molekul
DNA dari mahluk hidup di peroleh dengan cara melakukan ektraksi DNA dari
seluruh bagian biologis mahluk hidup tersebut, salah satunya adalah spermatozoa.
Ekstraksi DNA memiliki beberapa metode chilex (Furqoni dan Yudianto, 2017).
Isolasi DNA merupakan tahap awal dari DNA barcode. DNA barcode
merupakan teknik untuk mengidentifiksi suatu organisme melalui potongan gen
tertentu. Oleh karena itu, secara tidak langsuung isolasi DNA bermanfaat untuk
mengidentifikasi semua bentuk tingkatan kehidupan mulai dari telur, larva, pupa
sampai dewasa bahkan mampu di gunakan untuk fragmen tubuh yang tidak di
ketahui asalnya. Aplikasinya dalam kehidupan yaitu dalam analisis porensik atau
analisis penyakit genetic (Zein, 2013).
DNA merupakan materi genetic sel. Sebelum mengalami mitosis sel
eukriotik menggandakan kandungan DNAnya. DNA ini akan berdistribusi tepat
dangan kedua sel anakanya. Komposisi DNA pada setiap spesies itu berbeda
(Saefuddin, 2017).
Pada dasarnya isolasi DNA dapat dilakukan dari berbagai sumber misal-
nya organ manusia, darah, daun, daging buah, serangga, akar,batang,daging,dan
sisik ikan. Pada indifidu yang sama, DNA diperoleh dari berbagai bagian tersebut,
akan memiliki urutan basah dan panjang yang sama. Salah satu kesulitan isolasi
DNA dari tanaman tinggi adalah proses destruksi dinding sel yang kuat dan sering
kali pada beberapa jenis tanaman kontaminasi tersebut sulit dipisahkan dari eksrak
asam nuleat. Kehadiran kontaminasi di atas dapat menghambat aktivitas enzim
(Kurniawan, 2019).
Seorang ahli kimia berkebangsaan Swiss dapat mengisolisir DNA dari sel
spermatozoa dari nucleus sel-sel darah merah burung. Ia mengemukakan bahwa

4
nucleus sel tidak hanya terdiri dari karbohidrat, protein maupun lemak, melainkan
juga terdiri dari zat yang mempunyai kandungan fosfor yang sangat tinggi. Zat ini
disebut nuklein. Asam nukleat terdiri dari dua tipe, yaitu DNA dan RNA (Suryo,
2016).
Salah satu prinsip isolasi DNA yaitu sentrifugasi. Sentrifugasi merupakan
teknik atau alat utuk memisahkan campuran berdasarkan berat molekul kompo-
nennya. Molekul yang mempunyai molekul berat akan berada dibagian bawah
tabung dan molekul ringan berada pada bagian atas tabung. Hasil sentrifugasi
akan menunjukkan dua fraksi yang terpisah yaitu Super natan pada bagian atas
dan pellet pada bagian bawah (Rahmat, 2014).
Manfaat dan tujuan dari praktikum ini adalah untuk mengetahui
keberadaan DNA pada bahan uji buah yang akan digunakan dalam proses pen-
gisolasian. Manfaatnya mengetahuai banyak atau sedikitnya endapan DNA yang
dihasilkan, serta faktor apa yang menyebabkan banyak atau sedikitnya endapan
DNA pada sampel.

5
 BAB III
METODE PERCOBAAN

A. Metode Praktikum
3.1 Waktu dan Tempat
Praktikum ini dilaksanakan pada tanggal 21 juni 2013 pukul 13: 30 WITA
– selesai di Laboratium Bahan Alam Fakultas Sains Universitas Cokroaminoto
Palopo.

3.2 Alat
Alat-alat yang digunakan pada praktikum in,i yaitu tabung reaksi yang ber-
fungsi sebagai tempat mereaksikan bahan uji, timbangan digital untuk menimbang
bahan uji, mortar dan alu untuk menghaluskan bahan uji, funnel untuk memasuk-
kan cairan ke dalam gelas beker, pisau untuk memotong buah, gelas beker untuk
menyimpan larutan, kertas saring untuk menyaring larutan, pipet tetes untuk
mengambil larutan dengan jumlah kecil, stel dan klem untuk menegakkan
peralatan laboratium dalam melakukan analisa, dan mesin sentrifugasi untuk
mengendapkan bahan uji.

3.3 Bahan
Bahan-bahan yang digunakan, yaitu semangka 50 gram, wortel 33,9 gram,
pucuk merah 18 gram, NaCI 2,6 gram, detergen 4,9 gram, etanol 70 %, dan
aquades.

6
B. Prosedur Kerja

Menyiapkan alat dan bahan

Mencuci alat dengan aquades

Menimbang bahan uji

Menghaluskan bahan uji

Menghaluskan NaCI dan deterjen

Menambahkan larutan NaCI dan deterjen ke-

bahan uji

Menyaring bahan uji

Memasukkan 4 ml sampel kedalam tabung

reaksi

Menambahkan 4 ml etanol 70%

Mengambil lapisan kedua bahan uji

Memasukkan bahan uji kedalam mesin sen-

trifugasi

Terbentuk endapan DNA warna warni

7
 BAB IV
HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1 Hasil
Berdasarkan praktikum yang telah dilakukan diperoleh hasil dibawah ini:
Bahan uji Warna Waktu Hasil pengamatan
Semangka Merah 2 menit Menghasilkan endapan DNA yang samar

Wortel Orange 2 menit Menghasilkan endapan DNA warna putih

Pucuk Coklat 2 menit Menghasilkan endapan DNA warna putih

merah

4.2 Pembahasan
Berdasarkan praktikum yang telah dilakukan, setelah menyiapkan alat dan
bahan, kemudian menimbang NaCI sebanyak 2,6 gram dan detergen 9,4 gram,
larutan dengan 150 mL aquades dan homogenkan. Bahan uji yang telah dihalus-
kan kemudian ditambahkan larutan NaCI dan detergen, saring bahan uji
menggunakan kertas saring dan masukkan sebanyak 4 mL bahan uji ke dalam
tabung reaksi reaksi yang berbeda. Setelah itu, masukkan 4 mL etanol 70 %
kedalam tabung reaksi yang berisi bahan uji. Pada tahap ini bahan uji akan
menghasilkan 2 lapisan yang berbeda, lapisan atas merupakan etanol, dan lapisan
kedua merupakan bahan uji . Diamkan larutan selama 5 menit, kemudian ambil
larutan lapisan kedua menggunakan pipet tetes agar tidak bercampur dengan eta-
nol dan mempengaruhin proses pengisolasian DNA. Setelah itu, pindahkan laru-
tan ke dalam tabung mikrosentrifus untuk kemudian dimasukkan ke mesin tabung
mikrosentrifus untuk kemudian dimaasukkan ke mesin sentrifugasi yang berfungsi
untuk memisahkan larutan berdasarkan berat molekulnya. Dari percobaan ini
perbedaan yang dapat terlihat adalah terdapat banyak atau sedikit endapan asam
nukleat pada dasar tabung. Hal ini terjadi akibat adanya perbedaan kandungan zat
maupun kandungan air masing-masing bahan uji.

8
 BAB V
PENUTUP

5.1 Kesimpulan
Berdasarkan praktikum isolasi DNA dari buah yang telah dilakukan
menggunakan metode sederhana, maka diperoleh hasil endapan DNA dari sampel
buah wortel dan pucuk nerah berwarna putih, sedangkan pada sampel buah
semangka diperoleh endapan yang terlihat samar.

5.2 Saran
Dalam melakukan praktikum ini disarankan untuk menghaluskan buah
yang akan diuji dengan baik, serta pastikan saat akan memindahkan larutan ke
tabung mikrosentrifigasi larutan etanol tidak bercampur dengan hasil endapan
bahan uji agar diperoleh hasil yang memuaskan.

9
 DAFTAR PUSTAKA

Baktir. 2017. DNA Struktur dan Fungsi. Universitas Airlangga.

Darmawati. Dkk., 2022. Biokimia. Makassar: Tohar Media.
Furqoni dan Yudianto. 2017. Pengaruh Rendaman Air Terhadap Kualitas DNA
Sperma Dengan Str-Codis D13s317 dan D21s1. Jurnal Biosains
Pascasarjana. 19(1):3.
Kurniawan. 2019. Petunjuk Praktikum Biokimia 1. Purwokerto: UMP Fikes.
Nurhayati. 2014. Dasar-Dasar Biokimia. Jakarta Universitas Indonesia.
Rahmat. 2014. Molecular Biology Of The Cell. Gerlad Science.
Saefuddin. 2017. Stryer Biochemistry. W.H. Freeman and Company.
Suryo. 2016. Genetika Strata 1. Universitas Gajah Mada.
Suhartono. Dkk., 2022. Biokimia Asam Nukleat. Yogyakarta: PT Kasinus.
Zein. 2013. DNA Barcode Fauna Indonesia. Jakarta: Kencana.

10
 LAMPIRAN

 Penimbangan bahan uji

 Penggerusan bahan uji

 Penambahan larutan NaCl dan detergen ke bahan uji

 Penyaringan bahan uji

11
 Penambahan etanol

 Memasukkan bahan uji ke mesin sentrifugasi

 Hasil Pengamatan

12