LAPORAN PRAKTIKUM UJIAN PRAKTEK BIOLOGI

MENGEKSTRAKSI DNA PADA BUAH-BUAHAN

Guru Pengajar:

Erika Susiana, S.Si

Disusun Oleh:

Nafisa Refalia

Ahmad Pahri Wildan

Alfin Hardi Murti

Nadia K. Sukma

Febri Tri Julinda

Rifaldi

SMA NEGERI 1 SUKAMARA

2023

1|Page
KATA PENGANTAR

Segala puji dan syukur kami panjatkan kepada Tuhan yang Maha Esa karena berkat kebaikan-Nya kami mampu
menyelesaikan laporan praktikum ini dengan baik dan tepat waktu.

Tidak lupa, seluruh anggota kelompok satu ingin mengucapkan terima kasih kepada Ibu Erika SusianaS.Si selaku guru
Biologi yang sudah membantu kami dalam proses mengekstraksi DNA buah melon selama ujian praktek berlangsung.

Laporan kerja selama proses pengekstraksian DNA buah melon ini disusun oleh kami selaku kelompok satu untuk
memenuhi ujian praktek mata pelajaran Biologi. Lewat proses panjang, kami pun yang beranggotakan enam orang
sedikitnya bisa mengetahui proses konkret tuk memantau proses terbentuknya sebuah gumpalan DNA pada buah
melon.

Semoga hal-hal yang sudah kami dapatkan dan kami pelajari dapat bermanfaat di kemuadian saat.

Kami pun mengetahui jika proses yang berlangsung selama praktikum serta laporan yang kami berikan masih jauh
dari kata sempurna. Masih banyak kekurangan sehingga kami sangat berharap saran dan kritiknya kepada kami agar
di kemudian hari kami bisa memaksimalkan kinerja kami di lab dan lebih berkualitas.

Terakhir, semoga laporan berikut bisa memenuhi penugasan terakhir kami selama bersekolah di SMA NEGERI 1
SUKAMARA.

Sukamara, 19 Maret 2023

Kelompok 1

2|Page
 Daftar Isi
Cover ……………………………………………………………………………………………………………………………………………………….. 1
Kata Pengantar…………………………………………………………………………………………………………………………………………… 2
Daftar Isi ……………………………………………………………………………………………………………………………………………………. 3
BAB 1 Pendahuluan …………………………………………………………………………………………………………………………………… 4
1.1 Latar Belakang …………………………………………………………………………………………………………………………. 4
1.2 Rumusan Masalah ………………………………………………………………………………………………………………….… 4
1.3 Tujuan Praktikum ………………………………………………………………………………………………………………….…. 4
BAB 2 Landasan Teori …………………………………………………………………………………………………………………………….…. 5
BAB 3 Metode Penelitian ………………………………………………………………………………………………………………………….. 6
3.1 Waktu dan Tempat ………………………………………………………………………………………………………………….. 6
3.2 Variabel …………………………………………………………………………………………………………………………………… 6
3.3 Alat dan Bahan ……………………………………………………………………………………………………………………..…. 6
3.4 Langkah Kerja ………………………………………………………………………………………………………………………….. 6
BAB 4 Pembahasan……………………………………………………………………………………………………………………………………. 9
BAB 5 Penutup ……………………………………………………………………………………………………………………………………….. 10
5.1 Kesimpulan ……………………………………………………………………………………………………………………………. 10
5.2 Saran ……………………………………………………………………………………………………………….…………………….. 10

3|Page
 BAB 1
PENDAHULUAN

1.1 LATAR BELAKANG

Ekstraksi DNA memainkan peranan penting dalam analisis molekuler sebagai langkah utama untuk melakukan
penelitian di bidang biologi molekuler. DNA merupakan senyawa makro molekul yang terdiri dari polimer
nukleotida. Setiap nukleotida memiliki tiga komponen utama, yaitu gugus phosphate, gula deoksiribosa dan basa
nitrogen. DNA memiliki fungsi sebagai wadah informasi genetic dan pewarisan sifat/karakteristik dari suatu
organisme. Pada tanaman, DNA terletak di dalam nukleus, kloroplas dan mitokondria.

Ekstraksi DNA adalah suatu proses pemisahan DNA dari komponenkomponen sel lainnya. Ekstraksi DNA pada
organisme eukariot dilakukan melalui proses penghancuran dinding sel (lysis of cell walls), penghilangan protein
dan RNA (cell digestion), dan pengendapan DNA (precipitation). DNA larut dalam air, tapi tidak larut dalam air
asin. Perbedaan dalam tingkat kelarutan DNA inilah yang akhirnya menjadi dasar dalam proses ekstraksi DNA.

Ekstraksi DNA merupakan langkah yang tepat untuk mempelajari DNA. Prinsipnya ada dua, yaitu sentrifugasi dan
presipitasi. Sentrifugasi merupakan Teknik untuk memisahkan campuran berdasarkan berat molekul
komponennya. Molekul yang mempunyai berat molekul besar akan berada di bagian bawah tabung dan
molekul ringan akan berada pada bagian atas tabung.

DNA ditemukan pada semua makhluk hidup dari mikroorganisme sampai organisme tingkat tinggi, misalnya
manusia, hewan, dan tumbuhan. DNA terdapat dalam sel dan inti sel. DNA dapat diekstraksi dari segala macam
organ yang terdapat pada bagian tubuh makhluk hidup bersel, misalnya tumbuhan dapat diekstraksi dari
daun, buah ataupun batangnya (Muladno, 2002).

Hasil sentrifugasi akan menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah. Presipitasi dilakukan untuk mengendapkan
suatu komponen dari campuran. Pada praktikum kali ini, kami akan mengisolasi DNA dengan metode sederhana
dengan menggunakan sampel daging buah stroberi.

Pada percobaan ini stroberi digunakan sebagai bahan untuk mengekstraksi DNA. Hal ini dikarenakan stroberi
adalah octoploid (8n) yang berarti bahwa stroberi memiliki 8 copy dari materi genetiknya (jumlah DNAnya sangat
banyak), sehingga walaupun pada percobaan ini tingkat keakuratannya sangat rendah, DNA masih
dapat diekstraksi dan hasil ekstraksi DNA stroberi sangat mudah untuk diamati.

1.2 RUMUSAN MASALAH

1. Bagaimana proses ekstraksi DNA menggunakan jaringan pada buah melon?
2. Bagaimana pengaruh jenis deterjen terhadap hasil ekstraksi DNA pada buah melon?
3. Berapakah waktu yang dibutuhkan dalam pembentukan DNA buah melon?

1.3 TUJUAN PRAKTIKUM

1. Mengetahui proses ekstraksi DNA menggunakan jaringan pada buah melon.
2. Mengetahui pengaruh jenis deterjen terhadap hasil ekstraksi DNA pada buah melon.
3. Mengetahui ekstimasi waktu yang diperlukan dalam pembentukan DNA pada buah melon.

4|Page
 BAB 2
LANDASAN TEORI

Deoxyribonucleic acid (DNA) merupakan senyawa kimia yang paling penting pada makhluk hidup yang membawa
keterangan genetik dari sel khusunya atau dari makhluk dalam keseluruhannya dari satu generasi ke generasi
selanjutnya. Molekul DNA terdapat pada nukleus, mitokondria, plastida dan sentriol.

Komponen utama kromosom pada eukariota adalah DNA dan protein histon. Protein histon bersifat
basa, sehingga dapat menetralkan asam dari DNA. Pada dasarnya sel mengandung dua asam nukleat, yaitu
DNA dan RNA. DNA yang terdapat pada nukleus yaitu DNA kromosomal, sedangkan DNA yang ada di luar
nukleus tetapi masih di dalam sel dinamakan DNA ektrakromosomal (DNA mitokondria, DNA kloroplas,
dan DNA plasmid). Bukti bahwa DNA merupakan bahan yang menyebabkan terjadinya proses transformasi pada S.
pneumoniae ditunjukkan oleh eksperimen yang dialkukan oleh Oswald Avery, Colin MacLeod, dan Mackyn McCarty
pada tahun 1944. Mereka melakukan ekstraksi terhadap sel virulen dan kemudian menghilangkan proteinnya. Ketika
ekstrak sel tersebut diperlakukan dengan enzim deoksiribonukleat yang menghancurkan DNA, ternyata kemampuan
menyebabkan proses transformasi menjadi hilang. Tahap penghancuran sel atau jaringan memiliki beberapa cara
yakni dengan cara fisik seperti menggerus sampel dengan menggunakan mortar dan pestle dalam nitrogen cair atau
dengan menggunakan kimiawi maupun enzimatik. Penghancuran dengan menggunakan kimiawi seperti penggunaan
detergen yang dapat melarutkan lipid pada membran sel sehingga terjadi destabilisasi membran sel.

Dikutip dari Yuwono (2008), pembuktian bahwa DNA merupakan bahan genetik pertama kali dilakukan oleh
Frederick Griffith pada tahun 1928 yaitu dengan eksperimen transformasi pada bakteri Streptococcus pneumoniae.
Bukti bahwa DNA merupakan bahan yang menyebabkan terjadinya proses transformasi pada S. pneumoniae
ditunjukkan oleh eksperimen yang dialkukan oleh Oswald Avery, Colin MacLeod, dan Mackyn McCarty pada tahun
1944. Mereka melakukan ekstraksi terhadap sel virulen dan kemudian menghilangkan proteinnya. Ketika ekstrak sel
tersebut diperlakukan dengan enzim deoksiribonukleat yang menghancurkan DNA, ternyata kemampuan
menyebabkan proses transformasi menjadi hilang.

Tahap penghancuran sel atau jaringan memiliki beberapa cara yakni dengan cara fisik seperti menggerus sampel
dengan menggunakan mortar dan pestle dalam nitrogen cair atau dengan menggunakan kimiawi maupun enzimatik.
Penghancuran dengan menggunakan kimiawi seperti penggunaan detergen yang dapat melarutkan lipid pada
membran sel sehingga terjadi destabilisasi membran sel. Proses pengeluaran DNA dari nukleus, mitokondria maupun
organel lain dengan diekstrasi/ dilisiskan biasanya dilakukan dengan homogenasi yaitu dengan penambahan buffer
ekstrasi/bufer lisis untuk mencegah DNA rusak. Senyawa yang biasa digunakan untuk memaksimalkan hasil isolat
DNA yang murni ditambahkan fenol, kloroform, dan isoamil alkohol. Fungsi larutan buffer adalah untuk menjaga
struktur DNA selama proses penghancuran dan purifikasi sehingga memudahkan dalam menghilangkan protein dan
RNA serta mencegah aktivitas enzim pendegradasi DNA dan mencegah perubahan pada molekul DNA.

Proses selanjutnya adalah pemisahan DNA dari komponen sel yang lain, kontaminan yang tidak diinginkan, termasuk
debris sel dapat dilakukan sentrifugasi. Setelah dilakukan ekstraksi, proses selanjutnya adalah presipitasi DNA
dengan menggunakan etanol absolut, isopropanol, atau fenol. DNA akan dipisahkan dari kontaminan komponen
penyusun sel lainnya seperti polisakarida dan protein agar DNA yang didapatkan memiliki kemurnian yang tinggi.
Fenol seringkali digunakan sebagai pendenaturasi protein, ekstraksi dengan menggunakan fenol menyebabkan
protein kehilangan kelarutannya dan mengalami presipitasi yang selanjutnya dapat dipisahkan dari DNA melalui
sentrifugasi. Selain DNA, semua bahan yang lain akan larut dalam etanol dingin. Dengan demikian saat dilakukan
sentrifugasi, maka DNA akan mengendap dan terpisah dari senyawa-senyawa/bahan lain.

Di dalam daging buah melon terdapat DNA, akan dibuktikan dengan ekstraksi DNA. Ekstraksi menghasilkan benang-
benang DNA halus yang terdapat diantara lapisan alcohol 95% dan alikot (jus buah yang telah dilakukan
penyaringan).

5|Page
 BAB 3
METODE PENELITIAN
3.1 Tempat dan Waktu Percobaan
Laboratorium Biologi SMA NEGERI 1 SUKAMARA

Kamis, 16 MAret 2023

Pukul 09.30-11.45 WIB

3.2 Variabel

Pengektraksian DNA pada Buah Melon

 Variabel Bebas: Larutan campuran antara detergen, garam, dan akuades.

 Variabel Terkait: DNA buah melon
 Variabel Kontrol: alikot (jus saring), alkohol 95%

3.3 Alat dan Bahan

ALAT

1. Gelas beaker 250 ml 6. Kain saring 11.Blander

2. Tabung erlenmeyer 250 ml 7. Kertas saring

3. Corong kaca 8. Pengaduk kaca/spatula

4. Gelas ukur 5 ml 9. Sendok

5. Tabung reaksi dan rak 10. Saringan

BAHAN

1. Buah yang masak sebanyak 500g

Waktu PEmbentukan DNA

KELOMPOK 1 Melon (500 gram) 8 menit, 33 detik
KELOMPOK 2 Jeruk Manis 5 menit,32 detik
KELOMPOK 3 Nanas 5 menit, 28 detik
KELOMPOK 4 Tomat
KELOMPOK 5 Semangka
KELOMPOK 6 Pisang 12 menit
2. Akuades (56 ml)

3. Alkohol 95%yang dingin (disimpan didalam wadah dingin) (6 ml)

4. Detergen cair (1 sendok makan)

5. Garam (2 sendok spatula)

3.4 Langkah Kerja

1. Bersihkan buah dari kulitnya dan timbanglah sebanyak 500 g.

2. Blenderlah buah tersebut selama 1 menit dengan menambahkan 250 ml akuades.

3. Saringlah jus buah yang telah diblender sebanyak tiga kali secara berurutan menggunakan penyaring biasa, kain
penyaring, dan kertas saring.

6|Page
4. Air hasil saringan (alikot) di-masukkan ke gelas beker.

5. Buatlah larutan garam dan detergen dengan mencampurkan 1 sendok detergen, 2 spatula NaCl, dan 56 ml
akuades. Aduklah selama 15 menit hingga larut. Pengadukan dilakukan secara perlahan agar tidak ter- bentuk buih
selama pengadukan.

7|Page
6. Masukkan alikot ke tabung reaksi sebanyak 2 ml, lalu tambahkan larutan detergen-garam. Kocok-lah secara
perlahan agar tidak terbentuk buih selama 3 menit.

7. Setelah tiga menit, tambahkan etanol absolut dingin /alcohol 95% setetes demi setetes sebanyak 6 ml melalui
dinding tabung reaksi.

8. Amati proses pemisahan gumpalan DNA berupa lapisan putih di bagian paling atas serta catatlah waktu
terbentuknya benang-benang DNA setelah didiamkan.

8|Page
 BAB 4
PEMBAHASAN

Data Hasil Percobaan

Nama Buah Waktu Munculnya Keterang Tambahan

DNA
Melon Menit ke-8, detik Endapan alikot
ke-33 berubah menjadi
warna putih
kekuningan kabut.

Analisis Data

Praktikum ekstraksi DNA dilakukan bertujuan untuk mengetahui pengaruh

ekstrak buah dan jenis deterjen terhadap DNA yang dihasilkan dari proses ekstraksi.
Bahan yang digunakan dalam praktikum ini adalah berbagai jenis buah yang sering
dijumpai sehari-hari. Sedangkan jenis deterjen yang digunakan pada praktikum ini
adalah deterjen cair yang dilarutkan menjadi. DNA diekstraksi dari buah yang diblender
hingga halus. Pemblenderan ini bertujuan untuk merusak dinding sel, membran sel,
dan membran inti, sehingga DNA di dalam sel dapat keluar dan masuk ke dalam
larutan. Setelah diblender, sari buah disaring dua kali ditambah garam dapur dan
etanol absolut dingin yang bertujuan untuk memudahkan pemisahan benang-benang
DNA dari larutan, sehingga benang-benang DNA lebih mudah untuk diamati.
Setelah proses ekstraksi DNA dilakukan, maka didapatkan data :

 Jenis buah yang banyak menggandung air memiliki kemungkinan gagal dibanding buah-buah yang
berseratdan mengandung air tak begitu banyak sebagai contoh buah jeruk, tomat, pisang.
 Jenis buah seperti melon, semangka, dan nanas memiliki kandungan air yang banyak hingga proses
blander-an harus memperhitungkan kembali air yang harus dicampurkan.
 Waktu yang diperlukan tiap-tiap buah berbeda dalam pembentukan DNA.
 Wajar jika dalam setiap kegiatan mengalami kendala atau kesalahan seperti contoh yang kami temukan
di tiap kelompok adalah kadar air yang dituangkan berbeda karena ukuran tabung ukur yang tak bisa
disamakan hjngga mengharuskan untuk pengulangan pembuatan larutan detergentuk dicampur dengan
alikot.
 Buah yang digunakan ternyata tak harus 500g tuk meneliti pembentukan DNA pada tiap buah, namun
penggunaan buah atau alikot hanya diuji seperlimanya saja.

Dari analisis data dapat dilihat jika masing-masing buah menghasilkan DNA yang berbeda-beda. Waktu untuk
pembentukan benang-benang juga berbeda-beda berdasarkan jenis larutan deterjen. DNA yang dihasilkan pada
pengamatan kali ini adalah berupa benang-benang DNA berwarna putih kabut. Perbedaan waktu dan jumlah DNA
dapat dipengaruhi oleh beberapa faktor selain perbedaan larutan deterjen dan buah sumber DNA, juga dapat
dipengaruhi karena kekurangtelitian kami dalam praktikum DNA ini, segala analisis yang disampaikan murni dari
pengamatan kami selama proses penelitian berlangsung.

9|Page
 BAB 5
PENUTUP
5.1 Kesimpulan

1. DNA dapat diketahui dari pengekstrakan daging buah.

2. DNA tersusun atas kromatid.
3. DNA tidak terlarut dalam alkohol 95%.
4. DNA terdapat di dalam membran sel.
5. DNA yang dihasilkan melalui proses pengekstraksian tiap-tiap buah berbeda-beda.

5.2 Saran

Kekeliruan sering terjadi di setiap kegiatan maka dari itu jangan malu tuk bertanya serta ikuti petunjuk yang
telah ada sebelumnya agar meminimalisir tiap kesalahan yang ada pada proses pengekstraksian buah
terkhususnya buah yang memiliki kandungan air sangat banyak.

10 | P a g e