PRAKTIKUM VI

ISOLASI DNA BAKTERI

LAPORAN PRAKTIKUM BIOKIMIA

DISUSUN OLEH :
NAMA : EVA NURUL BAITY
NIM : 210106065
KELOMPOK : TIGA (3)

DOSEN : RIZA DWININGRUM S.SI.,M.BIOMED

LABORATORIUM BIOKIMIA
PROGRAM STUDI S1 FARMASI
FAKULTAS KESEHATAN UNIVERSITAS AISYAH
PRINGSEWU LAMPUNG

1
 KATA PENGANTAR

Puja-puji dan syukur kami panjatkan pada Allah SWT. Hanya kepada-Nya
kami memuji dan hanya kepada-Nya lah kami memohon pertolongan. Tidak lupa
shalawat serta salam kita haturkan pada junjungan nabi agung kita, Nabi
Muhammad SAW. Risalah beliau lah yang bermanfaat bagi kita semua sebagai
petunjuk menjalani hidup. Adapun tema dari makalah ini adalah ‘’Isolasi DNA
Bakteri’’.

Pada kesempatan ini kami mengucapkan terima kasih yang sebesar–besarnya

kepada dosen mata kuliah BIOMIIA yang telah memberi tugas terhadap kami.

Kami menyadari bahwa dalam penyusunan makalah ini masih banyak

kekurangan karena keterbatan kami. Maka dari itu penyusun sangat
mengharapkan kritik dan saran untuk menyempurnakan makalah ini. Semoga apa
yang ditulis dapat bermanfaat bagi semua pihak yang membutuhkan.

Pringsewu, November 2022

Penulis

2
 DAFTAR ISI

DAFTAR ISI....................................................................................................3
BAB I PENDAHULUAN.................................................................................4
1.1 Latar Belakang........................................................................................4
1.2 Rumusan Masalah..................................................................................4
1.3 Tujuan.....................................................................................................4
BAB II PEMBAHASAN..................................................................................5
2.1 Pengertian Isolasi DNA.........................................................................5
2.2 Fungsi Isolasi DNA...............................................................................5
2.3 Molekul DNA........................................................................................6
BAB III PENUTUP..........................................................................................7
3.1 Kesimpulan............................................................................................7
3.2 Saran.......................................................................................................7
DAFTAR PUSTAKA.......................................................................................8

3
 BAB I
PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Isolasi DNA bakteri merupakan pemisahan molekul DNA dari sel bakteri.
Pada metode bakteri dipanaskan pada suhu tinggi sehingga dinding selnya
lisis. Pengenalan isolasi DNA penting dipelajari untuk bidang biologi
molekuler. Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan alat yang dapat
menunjang proses isolasi DNA, PCR merupakan teknik untuk
mengamplifikasi DNA dalam jumlah kecil melalui proses enzimatik secara
invitro. Penggandaan yang dilakukan PCR bertujuan untuk memperbanyak
jumlah DNA agar dalam isolasi dapat diperoleh DNA dalam jumlah besar
(Harley. 2012).
Elektroforesis Chain dapat dilakukan dengan gel agarose dan gel
polyacrilamide. Elektroforesis ini dilakukan untuk pemisahan pragmen DNA
dari molekul terbesar ke molekul terkecil. Pemisahan ini dilakukan dalam
medan listrik dari kutub negatif ke positif, hal ini dilakukan karena DNA
bermuatan negatif (Alberts,et al. 2014).

1.2 Rumusan Masalah

- Apa yang dimaksud dengan Isolasi DNA?
- Apa fungsi dari Isolasi DNA?
- Terdiri atas berapa molekul DNA?

1.3 Tujuan
Praktikum ini bertujuan untuk mengisolasi DNA dengan metode CTAB
dan menentukan konsentasinya.

4
 BAB II
PEMBAHASAN

2.1 Pengertian Isolasi DNA

Isolasi DNA merupakan pemisahan molekul DNA dari sel bakteri. Semua
makhluk hidup memiliki materi genetik untuk mempertahankan kelangsungan
struktur, sifat, fungsi dan aktifitas-aktifitas kimia dalam selnya. DNA merupakan
salah satu jenis asam nukleat yang berperan sebagai materi genetic yang
menurunkan sifat tertentu dari satu generasi ke generasi turunannya. Materi ini
mengarahkan pembentukan protein dan RNA tertentu yang penting dalam sel
makhluk hidup. DNA juga mengatur pertumbuhan sel, termasuk informasi untuk
diferensiasi sel sehingga terbentuk tumbuhan, hewan, manusia dan
mikroorganisme lainnya. Begitu pentingnya DNA ini sehingga disebut sebagai
molekul utama kehidupan (Wirahadikusumah, 2012).
DNA merupakan suatu materi genetik yang terbentuk dari dua kelompok basa
yang berbeda yang mengandung nitrogen, yaitu purin dan pirimidin. Dua purin
yang paling banyak terdapat dalam DNA adalah adenin dan guanin, dan pirimidin
yang umum adalah sitosin dan timin. Purin dan pirimidin berisi beberapa ikatan
ganda yang berhubungan. Molekul molekul yang berisi ikatan demikian itu
mempunyai potensi untuk hadir dalam sejumlah struktur kimia yang berbeda,
karena atom hidrogennya mempunyai kebebasan tertentu. Misalnya saja satu atom
hidrogen dapat berpindah dari suatu gugusan asam amino (-NH2), dengan
meninggalkan gugusan asam amino (-NH) dan muatan negatif netto yang diserap
oleh sistem cincin molekul yang berkonjungsi. Fluktuasi kimia semacam itu
disebut pergeseran tautomer, dan struktur molekul berbeda yang dihasilkannya
disebut tautomer (Goodenough, 2017).

2.2 Fungsi Isolasi DNA

Isolasi DNA merupakan metode dasar yang digunakan dalam penelitian
biologi molekuler. Biomolekul ini disolasi untuk analisis, proses penelitian
selanjutnya, atau untuk persediaan.

5
 DNA dari sel prokariot maupun eukariot dapat diperoleh dengan cara
mengisolasi DNA yang terdapat dalam sel. Isolasi DNA adalah teknik yang
dilakukan untuk memisahkan DNA dari zat lain yang ada didalam sel. Fungsi dari
isolasi DNA adalah mendapatkan DNA murni dari dalam sel yang akan
digunakan untuk penganalisisan genotip suatu organisme (Triwibowo, 2015).

2.3 Molekul DNA

Molekul DNA terdiri atas polimer linear deoksiribonukleotida yang terikat
dengan ikatan Fosfodiester yang bermuatan negatif ketika berada pada pH>4. Dua
utas anti pararel DNA terhubung dengan ikatan hydrogen dengan nukleotida
pasangannya. Bentuk axis yang umum berupa struktur double helix memiliki sifat
hidrophobik yang tinggi untuk solvent dan ligan molekul. Senyawa yang memiliki
aksesbilitas pada aromatic elektron dan situs yang tersedia untuk ikatan hydrogen
sangat penting bagi ikatan ligan-DNA dan untuk strategi eksplorasi desain dan
pemurnian selektif DNA (Ghanem et al, 2013).
Sifat struktur fisiokimia yang iregular dan komposisi mikroba yang heterogen
dari spesimen fecal menjadi tantangan dari pemilihan metode ekstraksi DNA.
Perbedaan lisis bakteri dari sampel fecal termasuk perlakuan secara fisik, kimia
dan enzimatis yang dapat digunakan secara tunggal maupun kombinasi. Metode
perusakan fisik dilakukan berdasarkan bead beating, meskipun menggunakan
tekanan tinggi ataupun perlakuan ultrasonic juga dapat digunakan. Keuntungan
dari metode bead beating adalah efektifitas ekstraksinya dan homogenitas sampel
yang baik, sehingga menyebabkan penetrasi yang seragam dari lysis buffer pada
masing-masing sel fecal karena kesamaan konsistensi (Salonen et al, 2012).
Ekstraksi DNA sering dilakukan dengan penambahan kompleks untuk
melakukan deteksi. DNA yang diekstraksi dengan metode ini hanya menjelaskan
jumlah DNA yang ada pada sampel, ini dapat menjadi hasil false-positive akibat
sel yang rusak. Sedangkan deteksi mikroorganisma dengan menggunakan ELISA
(metode enzimatis) tergantung pada integritas dari pathogen. Dengan pathogen
dengan metode ini sangat baik. Namun ELISA masih kurang selektif. Meskipun
begitu terdapat metode lain yaitu magnetic bead yang merupakan metode yang
dapat digunakan dengan kelebihannya berupa deteksi yang sensitif (Fang et al,
2014).

6
 BAB III
PENUTUP

3.1 Kesimpulan

Dapat disimpulkan bahwa isolasi DNA memiliki 3 tahap yaitu

penghancuran atau lisis sel, tahap ekstraksi dan tahap pencucian. Isolasi DNA
bertujuan untuk mendapatkan DNA murni dari dalam sel yang dapat
digunakan untuk penganalisisan genotif suatu organisme.
Molekul DNA terdiri atas polimer linear deoksiribonukleotida yang
terikat dengan ikatan Fosfodiester yang bermuatan negatif ketika berada pada
pH>4.

3.2 Saran

Seharusnya Isolasi DNA ini dipraktikumkan agar mahasiswa memahami

lebih mendalam.

7
 DAFTAR PUSTAKA

Alberts, B. Et al. (2014). Molecular Biology of the Cell. Edisi ke-4. New York:
Garld Science.

Fang et al. 2014. Biologi . Jakarta : Erlangga

Ghanem et al 2013. Current trends in separation of plasmid DNA . Analytica

Chimica Acta.

Goodenough, U. 2017. Genetics. Jakarta : Erlangga

Harley (2012). “DNA RNA”, Journal Of Biomedicine and biotechnology. Malang

Salonen et al 2012. Comprative Analisis Of Fecal DNA Journal Of

Microbiological Methods

Triwibowo, Y. 2015. Biologi Molekuler Jakarta : Erlangga

Wirahadikusumah, M. 2012. Biokimia, Protein, Enzim dan Asam

Nukleat.Bandung: Penerbit ITB