LAPORAN PRAKTIKUM BIOKIMIA

ISOLASI DNA

Disusun Oleh:

Angga Andrariesta Majied

24032121024

PROGRAM STUDI PETERNAKAN

FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS GARUT
GARUT
2023
 KATA PENGANTAR

Puji syukur kehadirat Allah SWT atas kelimpahan Nikmat dan Karunia –
Nya sehingga kami dapat menyelesaikan Tugas Laporan Praktikum Biokimia yang
berjudul “Isolasi DNA” tepat pada waktu yang telah ditentukan.

Kami berharap laporan ini dapat menjadi manfaat dan menambah wawasan
bagi para pembaca, meskipun dalam laporan ini masih terdapat banyak sekali
kekurangan baik dalam ejaan maupun dalam segi penulisan. Kami berharap kepada
para pembaca untuk memberikan masukan yang bersifat membangun kepada kami
untuk penyempurnaan makalah ini di kemudian hari.

Garut, 14 Januari 2023

Penulis

ii
 DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR .................................................................................... ii

DAFTAR ISI ................................................................................................... iii

BAB I PENDAHULUAN ............................................................................... 4

1.1. Latar Belakang .................................................................................... 4

1.2. Identifikasi Masalah ............................................................................ 5
1.3. Maksud dan Tujuan............................................................................. 5

BAB II TINJAUAN PUSTAKA.................................................................... 6

2.1. Isolasi DNA ........................................................................................ 6

2.2. Metode Isolasi DNA Pada Buah ......................................................... 7

BAB III ALAT, BAHAN DAN PROSEDUR KERJA ................................ 8

3.1. Alat ...................................................................................................... 8

3.2. Bahan .................................................................................................. 8
3.3. Prosedur Kerja .................................................................................... 9

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN ....................................................... 10

4.1. Hasil .................................................................................................... 10

4.2. Pembahasan ........................................................................................ 12

BAB V KESIMPULAN ................................................................................. 14

DAFTAR PUSTAKA ......................................................................... 15

iii
 BAB I
PENDAHULUAN

1.1. Latar Belakang

Deoxiribosa nucleic acid (DNA) atau asam deoksiribonukleat merupakan

senyawa kimia yang penting pada mahluk hidup, yang mengandung informasi
genetik dari mahluk hidup.

Isolasi DNA merupakan langkah untuk mempelajari DNA. Isolasi DNA

bertujuan untuk memperoleh DNA murni tanpa protein dan RNA dari suatu sel
dalam jaringan. Pengisolasian DNA dapat dilakukan secara sederhana dengan
memecahkan dinding sel, membran plasma dan membran inti baik secara
mekanik maupun kimiawi.

Pemecahan dinding sel secara mekanik dapat dilakukan dengan

pemblenderan atau penggerus menggunakan mortar dan pistil. Sedangkan
secara kimiawi dapat dilakukan dengan pemberian detergen. Penambahan
detergen dan garam dapur bertujuan untuk melisiskan membran inti dan untuk
mengeluarkan isi inti sel yang terdapat DNA.

Isolasi DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara yang berbeda, akan
tetapi pada setiap jenis atau bagian tanaman dapat memberikan hasil yang
berbeda. Jika isolasi DNA dilakukan dengan sampel buah, maka kadar air pada
masing – masing buah berbeda, dapat memberi hasil yang berbeda – beda pula.

Presipitat DNA terlihat seperti serabut – serabut putih yang terkumpul diatas
permukaan larutan karena masa jenis etanol lebih kecil daripada masa jenis air.
Etanol yang digunakan harus benar – benar dingin karena untuk
menyempurnakan presipitasi DNA, apabila etanol yang digunakan kurang
dingin akan mengakibatkan pembentukan presipitat kurang sempurna

4
 5

1.2. Identifikasi Masalah

Berdasarkan latar belakang diatas dapat diidentifikasikan beberapa masalah

dalam praktikum ini adalah:

1.2.1. Apa yang dimaksud dengan isolasi DNA?

1.2.2. Bagaimana cara atau metode isolasi DNA pada buah?
1.3. Maksud dan Tujuan

Berdasarkan identifikasi masalah diatas, dapat diketahui maksud dan tujuan dari
praktikum ini yaitu:

1.3.1. Mengetahui definisi isolasi DNA

1.3.2. Memahami cara atau metode mengisolasi DNA pada buah
 BAB II
TINJAUAN PUSTAKA

2.1. Isolasi DNA

Deoxiribosa nucleic acid (DNA) atau asam deoksiribonukleat merupakan

senyawa kimia yang penting pada mahluk hidup, yang mengandung informasi
genetik dari mahluk hidup.

Isolasi DNA adalah proses pengeluaran DNA dari tempatnya berada

(ekstraksi atau lisis) biasanya dilakukan dengan homogenasi dan penambahan
buffer ekstraksi atau buffer lisis untuk mencegah DNA rusak (Yuwono, 2008).

Isolasi DNA dapat dilakukan melalui tahapan – tahapan diantaranya adalah

preparasi ekstrak sel, pemurnian DNA dari ekstrak sel dan presipitasi DNA.
Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara, akan tetapi pada
setiap jenis atau bagian tanaman dapat memberikan hasil yang berbeda, hal ini
terjadi karena adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi
tinggi yang menghambat pemurnian DNA (Zubaidah, 2004).

Dalam isolasi DNA, bahan yang digunakan biasanya berupa jaringan

tumbuhan atau jaringan hewan, untuk itu langkah pertama yang harus kita
lakukan adalah memecahkan jaringan menjadi sel – sel yang mandiri. Proses
dilakukan secara mekanik atau fisik dengan menumbuk atau menggerus bahan
yang akan kita gunakan dengan mortar atau fisik (Tohib, 2012).

Struktur utama pembentuk membran dan dinding sel adalah lemak, untuk
itu harus menggunakan deterjen dan garam dapur. Kedua bahan ini digunakan
untuk melubangi dan merusak sel sehingga isi inti sel yang berisi DNA dapat
keluar (Tohib, 2012).

6
 7

2.2. Metode Isolasi DNA Pada Buah

Proses isolasi DNA pada buah dapat dilakukan melalui beberapa tahapan
yang diawali dengan proses ekstraksi DNA pada buah. Hal tersebut bertujuan
untuk memisahkan DNA dengan partikel lain yang tidak diperlukan. Untuk
mengeluarkan DNA dari sel, dapat dilakukan dengan memecahkan dinding sel,
membran plasma dan membrain inti baik secara mekanik maupun secara
kimiawi. (Rachmat,2012).

Cara mekanik dapat dilakukan dengan pemblenderan atau penggerus

menggunakan mortar dan pistil. Sedangkan secara kimiawi dapat dilakukan
dengan pemberian deterjen. Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat
dilakukan karena deterjen dapat menyebabkan rusaknya membran sel, melalui
ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak
pada membran membentuk senyawa “lipid protein deterjen kompleks”.
Senyawa tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung
hidrofilik dan hidrofobik, demikian juga deterjen, sehingga dapat membentuk
suatu ikatan kimia (Machmud, 2006).

Jika isolasi DNA dilakukan dengan sample buah, maka kadar air pada
masing – masing buah berbeda, sehingga dapat memberi hasil yang berbeda –
beda pula. Semakin tinggi kadar air, maka sel yang terlarut di dalam ekstrak
akan semakin sedikit, sehingga DNA terpresipitasi juga akan sedikit (Kirsman,
2010).
 BAB III
ALAT, BAHAN DAN PROSEDUR KERJA

3.1. Alat
1. Beaker glass
2. Pisau
3. Batang pengaduk
4. Spatula
5. Mesin blender
6. Gelas kimia
7. Tabung reaksi
8. Rak tabung reaksi
9. Pipet tetes
10. Corong saring
11. penyaring
3.2. Bahan
1. Buah (pisang, pepaya, tomat, buah naga)
2. Detergen cair
3. Aquades
4. NaCl
5. Etanol 96 %
6. Es batu

8
 9

3.3. Prosedur Kerja

1. Larutkan detergen cair ke dalam 60 ml aquades, diaduk perlahan selama
15 menit dan jangan sampai berbusa di dalam beaker glass
2. Ambil 100 gr daging buah ditambah 100 ml aquades, kemudian
masukan kedalam mesin blender dan di blender selama 40 detik
3. Lalu campurkan masing – masing 4 ml larutan detergen dengan 4 ml jus
buah
4. Tambahkan 1 spatula garam dapur ke dalam larutan tersebut kemudian
aduk selama 10 menit sampai diperoleh campuran yang homogen
5. Saring campuran yang dihasilkan pada point sebelumnya sebanyak 2
kali
6. Hasil penyaringan pada point diatas dimasukan sebanyak 6 ml ke dalam
tabung reaksi lalu tambahkan 5 ml etanol 96 % dingin
7. Amati proses timbulnya DNA, meliputi waktu yang diperlukan, bentuk,
warna, serta banyak sedikitnya DNA yang terbentuk
 BAB IV
HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1. Hasil

Isolasi DNA dilakukan dengan tujuan untuk mendapatkan DNA murni

tanpa protein dan RNA. Pada percobaan kali ini menggunakan buah sebagai
sampelnya, buah yang digunakan yaitu buah naga, buah pepaya buah pisang
dan buah tomat. Untuk lebih lengkapnya dapat dilihat pada tabel hasil
pengamatan dibawah ini:

Tabel 1. Hasil

Nama Hasil Pengamatan

No Perlakuan
Buah Warna Bentuk Waktu Jumlah
Sabun 10
- - -
cair menit
Buah 10
1 Garam - - -
naga menit
Etanol
Bening Serabut 2 menit Banyak
96 %
Sabun 10
- - -
cair menit
10
Buah Garam - - -
2 menit
pepaya
Etanol
Kuning Menggumpal 3 menit Banyak
96 %

10
 11

Buah Sabun 10
3 - - -
pisang cair menit

10
Garam - - -
menit

Etanol Putih Sangat

Serat halus 4 menit
96 % bening sedikit

Sabun 10
- - -
cair menit

10
Buah Garam - - -
4 menit
tomat

Etanol 10
Bening Menggumpal Sedikit
96 % menit
 12

4.2. Pembahasan

Berdasarkan percobaan yang telah dilakukan dapat diperoleh data bahwa

DNA yang terlihat pada setiap buah itu berbeda – beda dari bentuk, warna dan
waktu pembentukannya. Berikut merupakan uraian dari hasil percobaan yang
telah dilakukan:

1. Buah naga

Pada awalnya jus buah naga sebanyak 4 ml diberikan perlakuan dengan cara
penambahan deterjen cair 4 ml, 1 spatula garam dapur dan diaduk selama 10
menit sampai benar – benar homogen. Saat diberikan perlakuan tersebut pada
buah naga belum terlihat DNA yang muncul. Setelah di saring dan dimasukkan
ke dalam tabung reaksi, buah naga diberikan perlakuan dengan cara
memasukkan etanol 96 % dingin.

Dalam waktu 2 menit buah naga sudah timbul adanya DNA berbentuk
serabut, berwarna bening dengan jumlah yang banyak. Hal tersebut bisa terjadi
karena kandungan air pada buah naga juga banyak sehingga DNA yang
terpresipitasi juga banyak.

2. Buah pepaya

Perlakuan pertama dilakukan dengan pemberian deterjen cair sebanyak 4 ml

dan 1 spatula garam dapur lalu diaduk selama 10 menit hingga benar – benar
homogen. Dalam perlakuan ini belum terlihat DNA yang muncul. Setelah di
saring dan dimasukkan ke dalam tabung reaksi, buah pepaya diberikan
perlakuan dengan memberikan etanol 96 % dingin.

Dalam waktu 3 menit DNA mulai timbul dengan bentuk menggumpal,

berwarna kuning dan juga dalam jumlah yang banyak. Hal tersebut terjadi
karena kandungan air dalam buah pepaya banyak sehingga DNA yang
terpresipitasi juga banyak.
 13

3. Buah pisang

Pada pisang perlakuan pertama dilakukan dengan pemberian deterjen cair

sebanyak 4 ml dan 1 spatula garam dapur lalu diaduk selama 10 menit hingga
benar – benar homogen. Dalam perlakuan tersebut DNA belum terlihat. Setelah
di saring dan dimasukkan ke dalam tabung reaksi, buah pisang diberikan
perlakuan dengan menambahkan etanol 96 % dingin.

Dalam waktu 4 menit DNA mulai timbul dengan bentuk serat halus,
berwarna putih bening dalam jumlah yang sangat sedikit. Hal tersebut terjadi
karena kandungan air pada buah pisang sangat sedikit sehingga DNA yang
terpresipitasi juga sangat sedikit.

4. Buah tomat

Buah tomat diberikan perlakuan pertama dengan pemberian deterjen cair

sebanyak 4 ml dan 1 spatula garam dapur lalu diaduk selama 10 menit hingga
benar – benar homogen. Dalam perlakuan tersebut DNA belum ada yang
terbentuk. Setelah di saring dan dimasukkan ke dalam tabung reaksi, buah tomat
diberikan perlakuan dengan cara penambahan etanol 96 % dingin.

Dalam waktu 10 menit DNA mulai terbentuk dengan bentuk menggumpal,

warna bening dan jumlah sedikit. Hal tersebut terjadi karena kadar air dalam
tomat sedikit sehingga presipitasi yang dihasilkan juga sedikit.
 BAB V
KESIMPULAN

Berdasarkan praktikum yang telah dilakukan dapat disimpulkan bahwa:

1. Isolasi DNA dilakukan dengan tujuan untuk mendapatkan DNA murni

tanpa zat lain seperti protein dan RNA.
2. Pengisolasian DNA dilakukan dengan cara memecah dinding sel, membran
plasma dan membran inti.
3. Jika isolasi DNA dilakukan dengan sample buah, maka kadar air pada
masing – masing buah berbeda, sehingga dapat memberi hasil yang berbeda
– beda pula. Semakin tinggi kadar air, maka sel yang terlarut di dalam
ekstrak akan semakin sedikit, sehingga DNA terpresipitasi juga akan sedikit.

14
 DAFTAR PUSTAKA

Aryani.T, 2022. Pengertian, Ciri, Fungsi dan Struktur DNA – Materi Biologi Kelas
12. Diakses pada tanggal 14 Januari 2023 melalui
https://www.zenius.net/blog/konsep-dna.

Kirsman, 2010. Isolasi DNA Buah. Surabaya

Machmud, Wildan. 2006. Penentuan LC 50 48 Jam Detergen dan Pengaruhnya

Terhadap Mortalitas Larva Ikan Mas (Cyprus Corpio) Ras Punten dengan
tipe Ploidi Yang Berbeda. Skripsi tidak diterbitkan. Malang: Program
Sarjana Biologi.

Rachmat, 2012. Isolasi DNA Jakarta

Tohib (2012). Macam Metode Isolasi DNA. http://www.tohib.web.id/.

15