PRAKTIKUM BIOTEKNOLOGI

MEMBANDINGKAN JURNAL ISOLASI JAMUR

DISUSUN OLEH:

KELOMPOK 2

NAMA ANGGOTA KELOMPOK :

1. AGIELA FADIA HAYA HRP (4193341038)

2. DWI LIMIANA Br GINTING ( 4193341033)
3. DINI MAHYUNI ( 4193141035)
4. DALILLA HARUM (4193341042)
5. ELVA CHIKA DELIA FELATI (4193341040)
6. FADILLA NURHAZLINDA     (4193341056)

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

UNIVERSITAS NEGERI MEDAN
2022
 KATA PENGANTAR

Segala puji dan syukur penulis panjatkan kehadirat Tuhan Yang Maha Esa, karena
tanpa berkat dan rahmat-Nya penulis tidak mampu menyelesaikan makalah ini pada
waktunya. Makalah ini berisi tentang Bioteknologi Dalam Bidang Kesehatan beserta uraian-
uraiannya.

Terimakasih penulis ucapkan pula kepada Bapak Drs. Abdul Hakim Daulae, M,Si
NIP.196504281991031001 selaku dosen mata kuliah Bioteknologi yang telah memberikan
tugas ini, dan juga teman-teman yang telah membantu penulis dalam menyelesaikan makalah
ini.

Penulis menyadari bahwa dalam penyusunan makalah ini masih banyak kekurangan
dan kesalahan, baik dari segi isi maupun redaksinya. Makalah ini jauh dari kesempurnaan,
karena itu sangat diharapkan kritik dan saran yang membangun agar penulis dapat menyusun
makalah yang lebih baik lagi dimasa yang akan datang. Semoga makalah ini dapat berguna
bagi pembaca maupun penulis sendiri.

Medan, November 2022

Kelompok 2
 DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR.........................................................................................2

DAFTAR ISI........................................................................................................3

BAB I : PENDAHULUAN .................................................................................4

A. Latar Belakang .........................................................................................4

B. Rumusan Masalah ...................................................................................4

C. Tujuan ......................................................................................................4

BAB II: PEMBAHASAN ...................................................................................5

A. Jurnal 1.....................................................................................................6
B. Jurnal 2 ....................................................................................................6
C. Kelebihan Dan Kekurangan Jurnal 1 dan 2..............................................7

BAB III: PENUTUP............................................................................................17

A. Kesimpulan ...............................................................................................17

B. Saran..........................................................................................................17

DAFTAR PUSTAKA..........................................................................................18
 BAB I

PENDAHULUAN
A. Latar Belakang
Bioteknologi adalah cabang ilmu yang mempelajari pemanfaatan makhluk hidup
(bakteri,fungi, virus, dan lain-lain) maupun produk dari makhluk hidup (enzim, alkohol) dalam
proses produksi untuk menghasilkan barang dan jasa.  Dewasa ini, perkembangan bioteknologi
tidak hanya didasari pada biologi semata, tetapi juga pada ilmu-ilmu terapan dan murni lain,
seperti biokimia, biologi molekular, mikrobiologi,  genetika, dan lain sebagainya. Dengan kata
lain, bioteknologi adalah ilmu terapan yang menggabungkan berbagai cabang ilmu dalam proses
produksi barang dan jasa.
Isolasi DNA memainkan peranan penting dalam analisis molekuler sebagai langkah utama
untuk melakukan penelitian di bidang biologi molekuler. DNA merupakan senyawa makro
molekul yang terdiri dari polimer nukleotida. Setiap nukleotida memiliki tiga komponen utama,
yaitu gugus phosphate, gula deoksiribosa dan basa nitrogen. DNA memiliki fungsi sebagai wadah
informasi genetik dan pewarisan sifat/karakteristik dari suatu organisme. Pada tanaman, DNA
terletak di dalam nukleus, kloroplas dan mitokondria. Menurut Jamsari (2007) kegiatan isolasi
DNA terdiri dari tiga tahapan, yaitu: 1) penghancuran dinding sel, 2) pemisahan protein, lipid dan
senyawa metabolit sekunder lainnya dalam sel, 3) precipitation DNA (memanen DNA). Prosedur
isolasi DNA yang baik harus memperhatikan beberapa aspek seperti kecepatan waktu yang
diperlukan dalam proses isolasi DNA, sederhana, murah dan meminimalkan penggunaan senyawa
kimia beracun (Oza et al., 2008). Selain itu, DNA yang diisolasi dari suatu organisme tertentu
harus memiliki kemurnian yang tinggi terhadap senyawa-senyawa kontaminan yang berada di
dalam sel organisme tersebut (Stefunova et al., 2013). Kontaminasi senyawa polisakarida,
polifenol dan senyawa metabolit sekunder dalam sel tanaman merupakan masalah umum dalam
ekstraksi DNA tanaman (Cheng et al., 2003). Kontaminan tersebut sulit dipisahkan dari DNA
sehingga mengganggu kinerja senyawa seperti enzim polimerase, ligase dan restriksi (Schlink dan
Reski, 2002
B. Tujuan
Tujuan dari makalah ini yaitu untuk membandingkan 2 jurnal isolasi DNA berdasarkan Alat dan
Bahan Motode,cara kerja serta hasil yang diharapkan

C. Manfaat
Mengetahui perbandingkan 2 jurnal isolasi DNA berdasarkan Alat dan Bahan Motode,cara kerja
serta hasil yang diharapkan
 BAB II
PEMBAHASAN
A. JURNAL 1

Identitas Jurnal Judul : Perbandingan Tiga Metode Isolasi DNA

Asperigilus niger Comparison of Three
DNA
Isolation Methods of Aspergillus Niger
Jurnal : Journal of Biological Sciences
Volume dan No : 9(1): 69-78
Tahun : 2022
Penulis : Adyan Donastin, Maharani Pertiwi
Koentjoro,
Muhamad Taufik Hidayat, Endry
Nugroho
Prasetyo
ISSN : 2655-8122

Alat dan Bahan Bahan : kultur Aspergillus niger,nitrogen cair,Protein

Precipitation Solutio, Ethanol 70%
Alat : Mikroskop, larutan lactophenol cotton blue, kaca
preparat, mortar steril, mikrotube steril
Metode dan Cara Kerja Penelitian bersifat eksperimen dan studi komparatif
perbandingan metode isolasi DNA dari sampel A. niger.
Penelitian dilakukan di Laboratorium Biologi Molekuler,
UNUSA.

Kultur Aspergillus niger

Isolat A. niger diperoleh dari Balai Besar Laboratorium
Kesehatan Surabaya. Isolat disub–kultur pada media
potato dextrose agar (PDA). Kultur diinkubasi pada suhu
26–28°C selama 10 hari. Pengamatan makroskopik
diamati setiap 2 hari sekali. Pengamatan mikroskopik
dilakukan dengan mengambil satu ose hifa ke dalam
larutan lactophenol cotton– blue di kaca preparat. Hasil
koloni subkultur yang tumbuh setelah 5 hari digunakan
untuk isolasi DNA.
Isolasi DNA
Isolasi total genom A. niger menggunakan 3 metode.

Metode pertama (P1) berdasarkan pada pedoman di

Wizard® Genomic DNA Purification Kit (Promega 2010).
Isolasi dilakukan melalui beberapa tahap, pertama pelet sel
jamur sebanyak 40 mg dimasukkan dalam mortar steril
dan ditambahkan nitrogen cair untuk proses lisis sel
(digerus dengan pestle). Serbuk sel kemudian dimasukkan
ke dalam mikrotube steril ukuran 1.5 mL lalu ditambahkan
120 μL EDTA 0.5 M (pH 8) dan 500 μL Nuclei Lysis
Solution. Sampel dinkubasi selama 45 menit pada suhu
65ºC, kemudian 3 μL RNase solution ditambahkan dan
mikrotube dibolak–balik. Sampel diinkubasi kembali
selama 20 menit pada suhu 37ºC dan Protein Precipitation
Solution ditambahkan sebanyak 200 μL ke dalam suspensi.
Sampel divortex 20 detik lalu didinginkan di atas es
selama 5 menit. Sampel disentrifugasi selama 4 menit
pada 10,000 rpm, kemudian supernatan dipindahkan ke
mikrotube baru serta 600 μL Isopropanol tambahkan dan
mikrotube dibolak–balik. Sampel disentrifugasi selama 5
menit pada kecepatan 10,000 rpm. Supernatan dibuang
dan ditambahkan 600 μL Ethanol 70%. Sampel
disentrifugasi kembali selama 5 menit pada 10,000 rpm.
Supernatan dibuang dan dikering-anginkan ( 1 jam).
Pelet selanjutnya ditambah dengan 100 μL DNA
Rehydration Solution. Tahap terakhir, sampel diinkubasi
selama 60 menit pada suhu 65ºC. Pelet DNA akan diuji
kualitas dan kuantitatifnya.

Metode kedua (P2) adalah modifikasi dari pedoman di

Wizard® Genomic DNA Purification Kit (Promega 2010).
Tahap pertama, pelet sel jamur sebanyak 40 mg
ditambahkan dengan nitrogen cair, dan digerus dengan
mortar steril. Serbuk sel kemudian dimasukkan dalam
mikrotube steril ukuran 1.5 mL lalu ditambahkan 120 μL
EDTA 0.5 M (pH 8), 500 μL Nuclei Lysis Solution, dan 20
μL Proteinase–K (20 mg/mL).

pada suhu 37ºC dan Protein Precipitation Solution

ditambahkan sebanyak 200 μL. Sampel divortex 20 detik
lalu didinginkan dalam es selama 5 menit. Sampel
disentrifugasi 4 menit pada 10,000 rpm, kemudian
supernatan dipindahkan ke mikrotube baru serta
isopropanol ditambahkan sebanyak 600 μL dan dibolak–
balik. Sampel disentrifugasi selama 10 menit pada
kecepatan 10,000 rpm. Supernatan dibuang dan Ethanol
70% ditambahkan sebanyak 600 μL. Sampel disentrifugasi
kembali selama 10 menit pada 10,000 rpm. Supernatan
dibuang dan pelet dikering-aanginkan ( 1 jam). Pelet
selanjutnya ditambahkan 100 μL Bufer TE (pH 8.0) dan
disimpan dalam -20°C.

Metode ketiga (P3) berdasarkan kit dari Monarch

Genomic DNA Purification Kit NEB (Cat. T3010).
Sebanyak 40 mg sampel dimasukkan dalam mortar dan
ditambahkan nitrogen cair. Sampel digerus dengan pestle.
Serbuk sel kemudian dipindah ke dalam mikrotube steril
dan Tissue Lysis Buffer ditambahkan sebanyak 200 μL.
Selanjutnya, Proteinase-K (20 mg/mL) ditambahkan
sebanyak 20 μL. Suspensi divortex dan diinkubasi dalam
56ºC selama 1 jam. Suspensi ditambahkan 3 μL RNase
dan diinkubasi pada 56ºC selama 5 menit. Tahap
berikutnya adalah suspensi sel ditambahkan gDNA
Binding Buffer sebanyak 400 μL dan divortex selama 10
detik. Sebanyak 600 μL suspensi dimasukkan ke dalam
gDNA purification column dan disentrifus pada 2,000 rpm
selama 3 menit. Supernatan yang berada dalam collection
mikrotube dibuang dan sisa suspensi kemudian
dimasukkan ke dalam gDNA purification column serta
disentrifus kembali pada 2,000 rpm selama 3 menit. gDNA
purification column kemudian dipindahkan ke tube baru

Hasil Yang di dapatkan
dan ditambahkan 500 μL gDNA wash buffer. Tube
kemudian di sentrifus pada 4,000 rpm selama 5 menit.
Supernatan pada collection mikrotube kemudian dibuang
dan column di usap dengan tissue. Column kemudian
ditambahkan kembali dengan 500 μL gDNA wash buffer
dan di sentrifus pada 4,000 rpm selama 5 menit. Column
kemudian ditempatkan di mikrotube baru dan di
tambahkan 100 μL dDNA elution buffer dan diinkubasi
selama 1 menit pada suhu ruang. Mikrotube selanjutnya
disentrifus pada 8,000 rpm selama 1 menit, pada suhu
4°C. Hasil isolasi DNA selanjutnya dianalisis
menggunakan elektroforesis dalam 0.8 % agarose gel dan
1X Buffer TAE. Elektroforesis (MUPID-exU) dijalankan
pada 100 Volts, selama 50 menit. Gel selanjutnya di
rendam dalam Ethidium Bromida (7 μL/100 mL TAE 1X).
Gel diamati pada mesin UV-UV Transiluminator TI2621D
(Pacific Image).
Hasil analisis kualitas dan kuantitas DNA pada setiap
metode disajikan pada Tabel 1. Pengukuran rasio
absorbansi pada 260 dan 280 nm (A260/A280) digunakan
sebagai penduga kemurnian atau kualitas DNA. Kualitas
DNA hasil isolasi metode P1 berada nilai 1.4 (duplo).
Nilai ini dibawah standar purifikasi yaitu lebih besar dari
1.5 dan idealnya berada pada kisaran 1.8. Metode P2 dan
P3 memiliki kualitas yang cukup baik, karena berada di
kisaran 1.8 (Moore et al., 2004; Green dan Sambrook,
2018). Hasil uji kualitatif yang tertinggi diperoleh dari
metode P2, dengan konsentrasi DNA total sampel 305
ng/μL.

B. JURNAL 2

Identitas Jurnal Judul : SOLASI DAN IDENTIFIKASI Aspergillus Spp

PADA PARU-PARU AYAM KAMPUNG YANG DIJUAL DI
PASAR BANYUWANGI
Penulis : Ratih Novita Praja, Aditya Yudhana
Jurnal : Jurnal Medik Veteriner
Volume dan Nomor : Volume 1, Nomor 1
Tahun : 2017
eISSN : 2581-012X
Hal : 6-11 Halaman

Alat dan Bahan Alat : objek glass, cawan petri, Lactophenol cotton blue (LCB),
mikroskop, pipet steril, kapas
Bahan : Paru-paru ayam kampung, Sabouraud Dextrose Agar (SDA),
ose steril, aquades steril,
Metode dan Cara Kerja Penelitian ini adalah penelitian deskriptif dengan menggunakan
metode Thompson (1996). Aspergillus Sp diisolasi dengan cara
membiakkan paru-paru ayam kampung ke dalam medium Sabouraud
Dextrose Agar (SDA) dan diinkubasikan pada suhu kamar selama 1-
2 minggu. Sampel dimasukkan ke dalam cawan Petri steril secara
aseptik, dengan menggunakan gunting paru-paru dipotong dengan
ukuran 1-2 cm, potongan paru-paru tersebut dicuci sebanyak 3x
dengan aquades steril yang berisi antibiotik ampicillin (0.1
 cc/100ml), kemudian tiap potongan organ ditanamkan pada
permukaan media Sabouraud Dextrose Agar (SDA) dan
diinkubasikan pada suhu kamar selama 3-7 hari. Identifikasi jamur
yang diduga Aspergillus Spp dilakukan dengan cara penanaman pada
slide kultur. Slide kultur dibuat dengan cara metakkan pipet steril
pada dasar cawan Petri, kemudian ditempatkan kapas yang telah
dibasahi dengan aquades steril pada cawan Petri tersebut, sehingga
suasana di dalam cawan Petri menjadi lembab. Selanjutnya
diletakkan objek glass di atas pipet, Sabouraud Dextrose Agar (SDA)
dipotong dengan ukuran 1x1 cm dan diletakkan di atas objek glass.
Kemudian dioleskan potongan SDA dengan biakan jamur pada
empat sisi dengan menggunakan ose steril. Potongan agar ditutup
dengan cover glass. Kemudian cawan Petri ditutup kembali. Biakan
diinkubasikan pada suhu kamar selama 3-7 hari. Pertumbuhan koloni
diamati secara mikroskopis terhadap pertumbuhan hifa bersepta,
konidia, konidiospor dan phialid dari jamur. Selanjutnya koloni
diwarnai dengan meneteskan Lactophenol cotton blue (LCB) pada
pinggiran cover glass dan diidentifikasi di bawah mikroskop pada
pembesaran 400x
Hasil dan Pembahasan Hasil pengamatan terdapat tiga spesies Aspergillus yang ditemukan
yaitu Aspergillus flavus, Aspergillus niger dan Aspergillus
fumigatus. Aspergillus flavus berwarna hijau kekuningan dengan
pinggiran berwarna putih.
Aspergillus niger terlihat berwarna hitam dengan pinggiran putih.
Aspergillus fumigatus berwarna hijau tua dengan pinggiran putih.
Koloni tersebut berwarna terang dengan miselium seperti kapas.
Awal mula pengamatan, koloni muncul sebagai filamen putih dan
berubah warna tergantung spesiesnya. Koloni Aspergillus juga
ditandai dengan konidia yang menyebar. Terdapat tiga spesies
Aspergillus yang ditemukan, yaitu Aspergillus niger yang
ditunjukkan dengan warna miselium yang berwarna hitam,
Aspergillus flavus yang ditunjukkan dengan miselium warna hijau
kekuningan, dan Aspergillus fumigatus yang ditunjukkan dengan
miselium berwarna hijau tua.
Aspergillus secara mikroskopis menunjukkan adanya tangkai konidia
(konidiofora), vesikel dan spora/konidia berbentuk bulat berwarna
hijau kebiruan. Pemeriksaan mikroskopis menunjukkan adanya
tangkai konidia (konidiofora) pendek halus berwarna kehijauan,
kepala konidia (vesikel) berbentuk seperti gada (clavate) dan bulat,
dan menjadi lonjong (columnar) dengan bertambahnya umur koloni
Identifikasi spesies pada masing-masing biakan berdasarkan
pemeriksaan mikroskopis dengan melihat morfologi phialidnya, yaitu
yang mempunyai tipe dimorfik phialid atau monomorfik atau
keduanya. Pembiakan dilakukan pada suhu 37oC, karena suhu
inkubasi tersebut merupakan suhu yang sesuai dengan suhu tubuh
sehingga kapang Aspergillus yang tumbuh merupakan kapang yang
bersifat patogen. Pada suhu inkubasi yang sesuai dengan suhu tubuh
(37oC), cendawan yang patogenik, baik kapang maupun khamir,
akan tumbuh lebih subur dibandingkan pada suhu ruangan (25oC)
dan pada suhu ruangan hanya cendawan yang bersifat saprofit yang
tumbuhnya subur. Infeksi Aspergillus Spp pada paru-paru ayam
kampung disebabkan oleh pakan yang terkontaminasi yang
mengandung spora dan berhubungan dengan aspek lingkungan hidup
ayam kampung. Spora Aspergillus yang mempunyai ukuran sangat
 kecil dan ringan mudah menyebar di udara sehingga mempunyai
peran yang sangat besar dalam mencemari pakan ternak. Spora
Aspergillus Spp dapat masuk ke dalam tubuh unggas secara
perinhalasi, spora masuk ke dalam tubuh selanjutnya terbawa aliran
darah sehingga menyebabkan kerusakan pada berbagai organ
terutama paru-paru.

BAB III
PENUTUP
Kesimpulan
Hasil analisis kualitas dan kuantitas DNA pada setiap metode disajikan pada Tabel 1.
Pengukuran rasio absorbansi pada 260 dan 280 nm (A260/A280) digunakan sebagai penduga
kemurnian atau kualitas DNA. Kualitas DNA hasil isolasi metode P1 berada nilai 1.4 (duplo). Nilai
ini dibawah standar purifikasi yaitu lebih besar dari 1.5 dan idealnya berada pada kisaran
Metode P2 dan P3 memiliki kualitas yang cukup baik, karena berada di kisaran 1.8 (Moore
et al., 2004; Green dan Sambrook, 2018). Hasil uji kualitatif yang tertinggi diperoleh dari metode P2,
dengan konsentrasi DNA total sampel 305 ng/μL.

Saran
Dari jurnal bisa dilihat bahwa hasil analisis pengukuran rasio absorbansi kualitas DNA
dimasing masinh metode yang berbeda menghasilkan kualitas yang berbeda juga, namun kurang
diberitahukan bagaimana kelemahan dari metode yang digunakan pada hasil pembahasan jurnal
tersebut. Sehingga pembaca hanya melihat kelebihan dari metode nya saja tanpa tau kekurangan dari
metode penelitian yang digunakan
 DAFTAR PUSTAKA

Donastin. A, Koentjoro. M.P, Hidayat M.T, Nugroho . E. 2022 .Perbandingan Tiga Metode Isolasi
DNA Asperigilus niger Comparison of Three DNA Isolation Methods of Aspergillus Niger.
Journal of Biological Sciences. 9(1): 69-78
Praja. N. R., Yudhana. A. 2017. Isolasi dan Identifikasi Aspergillus Spp Pada Paru-Paru Ayam
Kampung Yang Dijual Di Pasar Banyuwangi. Jurnal Medik Veteriner. 1(1): 6-11