LAPORAN TETAP

ACARA 2

I. Judul : Isolasi DNA Bakteri

II. Tujuan : Sebagai salah satu cara untuk memvisualisasikan keberadaan
DNA pada bakteri.
III. Prinsip Dasar
DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan berfungsi
untuk mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan.
Deoxyribonucleic acid (DNA) merupakan polinukleotida untai ganda yang
memiliki karakteristik komponen penyusun antara lain gula deoksiribosa, gugus
fosfat dan basa nitrogen (adenin, guanin, timin dan sitosin). Untai DNA tersusun
dari rangkaian nukleotida yang terhubung melalui ikatan fosfodiester yang
terbentuk diantara gula pentosa dan gugus fosfat (Nur’aini et al., 2019).
Isolasi adalah proses pengambilan atau pemisahan senyawa bahan alam
dengan menggunakan pelarut yang sesuai. Isolasi DNA bakteri merupakan
pemisahan molekul DNA dari sel bakteri. Isolasi DNA adalah satu teknik
pemindahan molekul DNA dari dalam sel (Nurafni dan Wahibah, 2021).
Isolasi DNA/RNA merupakan langkah awal yang harus dikerjakan dalam
proses rekayasa genetika sebelum melangkah ke proses selanjutnya. Prinsip dasar
isolasi total DNA/RNA dari jaringan adalah dengan memecah dan mengekstraksi
jaringan tersebut sehingga akan terbentuk ekstrak sel yang terdiri DNA, RNA dan
substansi dasar lainnya. Ekstrak sel kemudian dipurifikasi sehingga dihasilkan
pelet sel yang mengandung DNA/RNA total. Isolasi DNA memiliki beberapa
tahapan, yaitu: (1)Isolasi sel; (2)Lisis dinding dan membran sel; (3)Ekstraksi
dalam larutan; (4)Purifikasi; dan (5)Presipitasi (Faatih, 2019).
Prinsip isolasi DNA adalah adanya proses pelisisan pada sel,
ekstraksi, dan pengendapan. Pelisisan merupakan proses lisis atau perusakan sel
menggunakan protease, dilanjutkan dengan ekstraksi yaitu mengeluarkan materi
di dalam organel sel dengan menghancurkannya. Proses pengendapan merupakan
pemisahan material DNA dengan materi lain pada organel sel melalui
perbedaan berat (Abdullah et al., 2019).

Universitas Sriwijaya
IV. Metode Penelitian
4.1. Waktu dan Tempat
Praktikum ini dilaksanakan pada hari Jum’at 3 Februari 2023 pada pukul
13.30 -15.00 WIB. Bertempat dilaboratorium Genetika dan Bioteknologi Jurusan
Biologi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Sriwijaya.

4.2. Alat dan Bahan

Alat yang digunakan pada praktikum ini adalah sampel bakteri, buffer GA,
buffer GB, buffer GD, buffer PW dan buffer TE. Sedangkan alat yang digunakan
diantaranya vortex, drybath/waterbath, mikropipet 20-200 µl, mikropipet 100-
1000 µl, sentrifuse, mikrotube dan tabung eppendroft 1,5 ml.

4.3. Cara Kerja

Diambil 1 ml sampel bakteri dimasukkan ke mikrotube lalu disentrifuse.
Didapatkan pelet sel ditambahkan 200 µl buffer GA lalu divortex. Ditambahkan
20 µl proteinase-k lalu divortex. Ditambahkan 220 µl buffer GB lalu divoretex,
kemudian disentrifuse 5000 rpm selama 3 menit, setelah itu di inkubasi 70°C
selama 5 menit. Ditambahkan 220 µl etanol disentrifuse 500 rpm selama 5 menit.
Kemudian dipindahkan ke spin colum dan c-tube disentrifuse 1200 rpm selama 30
detik. Dibuang filtrat pada c-tube lalu ditempatkan spin colum ke c-tube baru.
Ditambahkan 500 µl buffer GD disentrifuse 1200 rpm 30 detik, dibuang filtrat dan
ditempatkan spin colum ke c-tube baru. Disentrifuse 1200 rpm 30 detik, dibuang
filtrat dan ditempatkan spin colum ke c-tube baru. Ditambahkan 100 µl buffer PW
disentrifuse 1200 rpm 30 detik, dibuang filtrat dan ditempatkan spin colum ke c-
tube baru. Disentrifuse 1200 rpm selama 2 menit. Spin colum ditempatkan ke
mikrotube lalu ditambahkan 60 µl buffer TE diinkubasi suhu ruang selama 2-5
menit. Disentrifuse 200 rpm selama 2 menit, didapatkan hasil isolasi DNA
bakteri.

Universitas Sriwijaya
 V. Hasil dan Pembahasan
Berdasarkan pada praktikum yang telah dilakukan mengenai isolasi DNA
pada bakteri, seperti yang diketahui bahwa isolasi DNA adalah tahapan awal yang
harus dilakukan sebelum di lanjutkan analisis DNA yang lain. Organisme
eukariotik DNA dapat ditemukan dalam inti sel (DNA inti). DNA yang ditemukan
didalam inti disebut DNA kromosomal, diluar inti disebut DNA
ekstrakromosomal. Menurut Setiawan et al. (2021), menyatakan isolasi dna
merupakan proses pemisahan DNA dari sel (ekstraksi atau lisis). Dalam
mengisolasi DNA, dilakukan homogenisasi dan penambahan buffer lisis ataupun
buffer ekstraksi untuk mencegah kerusakan DNA.
Isolasi DNA membutuhkan beberapa tahapan meliputi lisis dinding sel dan
membran inti, pemisahan DNA dari berbagai komponen sel yang lain, dan
pemurnian DNA. Menurut Wasdili et al. (2022), menyatakan ekstraksi DNA
diperoleh dengan cara merusak atau memecahkan dinding sel, sehingga DNA
keluar dari dalam sel. Pemecahan sel atau lisis pada proses ekstraksi sel bertujuan
untuk menghancurkan membran dan dinding sel sehingga bagian dalam sel dapat
keluar. Selanjutnya tahap pemisahan DNA dari makromolekul lain seperti protein,
sebagian kecil RNA, lipid, dan polisakarida.
Proses pemisahan DNA dengan komponen sel yang lain, termasuk dari
debris sel dilakukan sentrifugasi. Untuk menghindari terjadinya kontaminan,
maka jaringan yang digunakan dijaga tetap dingin selama proses ekstraksi.
Menurut Yuliana dan Azhar (2022), menyatakan proses ekstraksi kromosom
bertujuan untuk membebaskan DNA dari senyawa lain dalam sel berupa protein,
RNA, maupun karbohidrat. RNAse digunakan untuk menghilangkan RNA
sehingga dapat diperoleh hasil ekstraksi DNA protein yang terdapat pada
campuran yang harus dihilangkan.
Pengambilan sampel sebanyak 1ml menjadi awalan dan akan di sentrifuse,
untuk memisahkan mana supernatant dan pellet. Kemudian ditambah buffer GA
dan di vortex, lalu penambahakn proteinase K dan di vortex. Buffer GB,
disentrifuse dan diinkubasi. Menurut Hariyadi et al. (2018), menyatakan Inkubasi
dengan suhu akan membuat Proteinase-K akan bekerja secara maksimal, optimum
dalam menghancurkan protein dan inaktivasi enzim yang dapat merusak DNA.

Universitas Sriwijaya
1.6. Kesimpulan
Berdasarkan pada hasil praktikum yang telah didapat, maka dapat
disimpulkan sebagai berikut:
1. Prinsip isolasi DNA dengan melakukan lisis dinding sel, pemisahan DNA, dan
pemurnian DNA.
2. RNAse digunakan untuk menghilangkan kontaminasi RNA.
3. Buffer GA dan GB untuk melisis dinding sel.
4. Buffer TE untuk menyimpan DNA agar mencegah terjadinya keruskan
5. Proteinase K untuk mendegradasi protein.

Universitas Sriwijaya
 DAFTAR PUSTAKA

Abdullah, A., Sativa, H. A., Nurhayati, T dan Nurilmala, M. 2019. Pemanfaatan

DNA Barcoding untuk Ketertelusuran Label Berbagai Produk Olahan Ikan
Berbasis Surimi Komersial. Jurnal Pengolahan Hasil Perikanan Indonesia,
22(3): 508-509.
Faatih, M. 2019. Isolasi dan Digesti DNA Kromosom. Jurnal Penelitian Sains dan
Teknologi, 10(1): 61-67.
Hariyadi, S., Narulita, E., dan Rais, M.A. (2018). Perbandingan Metode Lisis
Jaringan Hewan dalam Isolasi DNA Genom Pada Organ Liver Tikus Putih
(Rattus norvegicus). Proceeding Biology Education Conference. 15(1): 689-
692.
Nurafni, I dan Wahibah, N.N. 2021. Isolasi DNA Gelam (Melaleuca Linn.)
Menggunakan Genomuc DNA Mini Kit (Plant) Geneaid. Jurnal Biologi Unri,
7(1): 1-5`
Nusantari, E. (2014). Materi Genetik Pada Makhluk Hidup. Buku Ajar Genetika.
Yogyakarta: Deepublish.
Rini, C.S., dan Rohmah, J. (2020). Sejarah Mikrobiologi dan Klasifikasi Bakteri.
Buku Ajar Mata Kuliah Bakteriologi Dasar. Sidoarjo: UMSIDA Press.
Setiawan, A, W., Handayani, K., dan Kanedi, M. 2021. Pelatihan Analisis DNA
secara Sederhana untuk Praktikum Biologi Bagi Guru IPA SMA di Bandar
Lampung. Prosiding Seminar Nasional Hasil Penelitian dan Pengabdian
Masyarakat. 481-489.
Wasidili, Q, A, F., Putri, S, A., dan Romlah, S. 2022. Optimasi Isolasi DNA
Genom Candida albicans dengan Metode Litium Karbonat. Jurnal Ilmiah
Analis Kesehatan. 8(2): 160-168.
Yuliana, A., dan Azhar, M. (2022). Isolasi dan Identifikasi Molekuler Bakteri
Asam Laktat pada Dadih dengan Menggunakan Gen 16S rRNA. Jurnal
Penelitian Bidang IPA dan Pendidikan IPA. 8(1): 72-78.

Universitas Sriwijaya