1

LAPORAN LENGKAP
PRAKTIKUM GENETIKA
( ISOLASI DNA )

Nama : Nafiah Azizah Rahman s

NIM : 1814041052
Kelompok : III
Sesi : 1
Kelas : Pendidikan Biologi B
Asisten : Muhannad Habil Ahmad

JURUSAN BIOLOGI

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

UNIVERSITAS NEGERI MAKASSAR

TAHUN 2020
 2

HALAMAN PENGESAHAN
Laporan praktikum genetika dengan judul “Isolasi DNA” yang disusun
oleh :
nama : Nafiah Azizah Rahman Siduppa
NIM : 1814041052
kelas : Pendidikan Biologi B
kelompok : III (Tiga)
Telah diperiksa dan dikoreksi oleh Asisten dan Koordinator Asisten dan
dinyatakan diterima.

Makassar, Oktober 2020

Koordinator Asisten Asisten

Muhammad Habil Ahmad Muhammad Habil Ahmad

NIM. 1614142011 NIM. 16141420111

Mengetahui,
Dosen Penanggung Jawab

Hartati, S.Si., M.Si., Ph.D.

NIP. 19740405 2000 03 2 004
 3

DAFTAR ISI

SAMPUL.................................................................................................................1
DAFTAR ISI...........................................................................................................2
BAB I PENDAHULUAN.......................................................................................4
A.    Latar Belakang.............................................................................................4
B.     Tujuan..........................................................................................................5
C. Manfaat Praktikum…………………………………………………………5
BAB II TINJAUAN PUSTAKA...........................................................................6
A.    Ekstraksi .....................................................................................................6
B.    Deoxyribosenucleid Acid (DNA)................................................................ 7
C.    MetodeIsolasi DNA.....................................................................................8
BAB III METODE PRAKTIKUM.......................................................................9
A.    Waktu dan Tempat.......................................................................................9
B.     Alat dan Bahan............................................................................................9
C. Prosedur Kerja...........................................................................................10
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN.............................................................11
A. Hasil Pengamatan......................................................................................11
B. Pembahasan................................................................................................12
BAB V PENUTUP................................................................................................13
A. Kesimpulan...............................................................................................13
B. Saran.........................................................................................................13
DAFTAR PUSTAKA...........................................................................................14
 4

BAB I
PENDAHULUAN

A. Latar Belakang
Makhluk hidup, seperti manusi, hewan, dan tumbuhan adalah hasil dari
susunan zat organic yang kompleks, seperti protein. Protein ini berasal dari
persiapan asam amino oleh protein (enzim). Asam amino ini dikodekan oleh
untaian panjang DNA material genetic, secara sederhana, ditranskripsi dan
diterjemahkan. Persyaratan untama dari materi genetic harus diwariskan, dapat
direplikasi secara akurat dan stabil.
DNA (Deoxyribosenucleic Acid) adalah molekul utama yang
mengkodekan semua informasi yang diperlukan untuk proses metabolisme di
organisme apapun. DNA terdiri dari tiga komponen utama, yaitu gula
deoksiribosa, niotrogen dan basa fosfat yang membentuk nukleotida. Molekul
DNA terikat untuk membentuk kromosom, dan ditemukan di nucleus,
mitokondria dan kloroplas. DNA yang menyusun kromosom adalah
nukleotida dari heliks ganda tersusun double (double helix), basis nitrogen dan
dua “benang” polinukleotida yang dipasangkan pada pasangan yang tetap
melalui ikatan hydrogen antara nukleotida dan satu sama lain dihubungkan
oleh ikatan fosfat. DNA yang terkandung dalam setiap makhluk hidup dan
disebut “cetak biru kehidupan” karena molekul ini memainkan peran penting
sebagai pembawa informasi keturunan yang menentukan struktur protein dan
proses metabolisme lainnya. DNA dapat mengalami denaturasi dan renaturasi.
Selain itu, DNA juga bisa diisolasi. Isolasi DNA adalah teknik dimana untai-
untai DNA hasil akhir dapat dipisahkan dalam bentuk kumpulan untaian
benang putih yang nyata.
Proses isolasi DNA dimulai dengan proses ekstraksi DNA,hal ini
bertujuan untuk memisahkan DNA dengan partikel lain yang tidak diinginkan.
Proses ekstrasi DNA harus dilakukan dengan hati-hati, sehingga DNA tidak
mengalami kerusakan. Untuk mengeluarkan DNA dari sel, dapat dilakukan
dengan memecahkan dinding sel, membran plasma dan membran inti baik
 5

dengan cara mekanik maupun secara kimiawi. Cara mekanik biasanya

dilakukan dengan pemblenderan atau penggerus dengan menggunakan mortar
dan pistil. Sedangkan secara kimiawi dapat dilakukan dengan pemberian
bahan yang dapat merusak membran sel dan membran inti, salah satunya
dengan menggunakan deterjen atau sabun. Maka dari itu kita lakukan
praktikum dengan jdul “Isolasi DNA”. Melalui praktikum ini, kita dapat
mengetahui cara memisahkan/ekstrasi DNA dari jaringan tumbuhan dengan
metode sederhana serta melihat secara langsung DNA.
B. Tujuan Praktikum
1. Mengetahui cara memisahkan/ekstrasi DNA dari jaringan tumbuhan
dengan metode sederhana.
2. Melihat secara langsung DNA.
C. Manfaat Praktikum
1. Mahasiswa dapat memisahkan/ekstrasi DNA dari jaringan tumbuhan
dengan menggunakan metode sederhana.
2. Mahasiswa dapat melihat langsung DNA.
 6

BAB II
TINJAUAN PUSTAKA

A. EKSTRAKSI
Isolasi DNA merupakan salah satu teknik dasar dalam biologi molekuler
yang dapat dikembangkan menjadi penelitian-penelitian yang kompleks
mengenai informasi genetik yang dimiliki oleh suatu organisme.Informasi
pada DNA disimpan dalam bentuk basa nukleotida yaitu adenine (A), guanine
(G), cytosine (C), dan timin (T).Setiap sekuen basa nukleotida mengandung
informasi genetik yang berperan dalam perkembangan dan pengaturan
organisme (Widyastuti, 2017).
Isolasi DNA merupakan tahapan pekerja awal yang harus dilakukan
dengan berbagai pekerjaan analisis DNA. Keberhasilan proses isolasi DNA
seringkali sangat menetukan hasil pekerjaan selanjutnya. Dalam proses isolasi
DNA, kualitas DNA yang dihasilkan akan sangat tergantung dari kondisi
materi tanaman yang diperlukan. Apabila memungkinkan, dalam persiapan
siolasi DNA materi tanaman (daun, akar, kalus, dan lain-lain) sebaiknya
diambil beberapa saat sebelum dilakuknnya isolasi DNA. Jaringan tanaman
segar yang disimpan untuk jangka waktu yang pendek sebelum isolasi,
sebaiknya disimpan dalam keadaan dingin akan tetapi tidak beku. Sementara
itu, penyimoanan materi tanaman untuk disimpan dalam jangka waktu lam,
memerlukan beberapa perlakuan, antar lain : penyimpanan beku, pencelupan
bahan tanaman dalam nitrogen cair yang kemudian dilanjutkan dengan
penyimpanan beku pada suhu-80⁰C, atau perlakuan lifolisasi, dimana hasil
lifolisasi dapat disimpan dalam suhu ruangan untuk beberapa tahun dalam
kondisi kering (Maftuchah, 2014).
Prinsip dasar ekstrasi DNA dalah pemisahan DNA dari komponen-
konponen sel lainnya. Proses isolasi DNA, strategi optimal paling penting
adalah terletak pada komposisi dari buffer ekstraksi dan Ph, sehungga
senyawa esensial yang dapat mencegah DNA dari proses degradasi seharusnya
terkandung dalam buffer ekstraksi yang digunakan. Pada organisme eukariot,
 7

proses ekstraksi DNA dilakukan melalui penghancuran dinding sel,

penghilangan protein dan RNA, serta pengendapan DNA. Berbagai teknik
isolasi DNA telah dikembangkan dan saat ini telah banyak disediakan kit
isolasi DNA, yang prosesnya lenih mudah, cepat dan sederhana. hasil isolasi
DNA adalah tahapan yang penting untuk keberhasilan proses berikutnya. Oleh
karena itu, isolasi DNA harus dilaksanakan sebaik-baiknya dan diupayakan
bebas dari kontaminan (Maftuchah dkk, 2014).
B. DNA
Asam deoksiribonukleat (disingkat menjadi DNA) adalah struktur molekul
yang menyediakan instruksi genetik yang digunakan dalam pengembangan
dan untuk berfungsinya sel dari semua organisme hidup yang dikenal. Struktur
tiga dimensi DNA, pertama kali diusulkan oleh James D. Watson dan Francis
H. C. Crick sekitar 50 tahun yang lalu, terdiri dari dua helai heliks panjang
yang melingkar di sekitar sumbu yang sama membentuk heliks ganda.
Struktur heliks ganda DNA, salah satunya konstruksi alam yang paling
menakjubkan, sangat penting untuk fenomena hereditas, perpindahan
karakteristik yang ditentukan secara genetis dari satu generasi ke generasi
berikutnya (El-Seoud, 2017).
DNA berfungsi mengontrol sintesis protein melalui RNA (ribonucleic
acid). Suatu molekul RNA terdiri atas satu untai tunggal dan secara kimiawi
serupa dengan DNA, hanya saja pada RNA ribosa- lah sebagai gulanya dan
basa nitrogen timin (T) diganti dengan urasil (U). Basa RNA disusun pada
cetakan DNA maka dalam pengkodean digunakan urasil (U) untuk
menentukan kodon dari himpunan basa nukleotida {A, C, G, U} yang
diurutkan berdasarkan perbedaan sifat kimiawi nukleotida (purin dan
pirimidin) dan ikatan hidrogen basa komplementer (Aisah, 2015).
Ekstraksi DNA dengan kualitas dan kuantitas hasil yang lebih tinggi telah
mengarah pada pengembangan dan pengenalan protokol baru, namun dasar-
dasar ekstraksi serupa. Banyak spesies pohon memerlukan protokol yang
sangat kompleks daripada tanaman tahunan lainnya, karena memang demikian
 8

sulit untuk mendapatkan DNA dari pohon daripada yang lain. Juga protokol
isolasi tunggal tidak berhasil untuk spesies tanaman yang berbeda untuk
mendapatkan hasil DNA yang tinggi. Serta kualitas dan kuantitas DNA
bervariasi di antara spesies dari genera yang sama dan dalam berbagai sumber
jaringan di pohon yang sama. Kadang-kadang protokol isolasi yang berbeda
diperlukan bahkan pada tanaman yang terkait erat. Banyak metode berbeda
disarankan untuk mengisolasi DNA dari tanaman. Hexadecyl trimethyl
ammonium bromide asli (CTAB) metode berbasis, dijelaskan oleh Doyle dan
Doyle pada tahun 1987 penting untuk pengembangan sebagian besar metode
ekstraks. Metode pemurnian yang didasarkan pada CTAB paling cocok untuk
berbagai jenis tanaman (Lakmini dan Kapilan, 2015).
C. METODE ISOLASI DNA
Metode dalam melakukan isolasi DNA dalah (1) isolasi jaringan,(2)
dinding dan membrane sel dilisikan, (3) diekstak dalam larutan, (4)
dipurifikasi dan (5) dipresipitasi. Ada dua prinsipnuatam dalam isolasi DNA
yaitu sentifugasi dan presipitasi. Prinsip dalam sentrifugasi dalah memisahkan
substansi berdasarkan berat jenis molekul dengan cara memberi gata
sentrifugasil sehingga substansi yang lebih berat akan berada di dasar,
sedangkan substansi yang lebih ringan ada di atas. Prepitasi adalah
mengendapkan protein histon sehingga untai-untai DNA tidak menggulung
dan berkaitan dengan protein histon yang menyebabkan DNA menjadi terlihat
(Gusriani, 2012).
Metode isolasi DNA diperlukan untuk analisis genetik yang digunakan
untuk tujuan ilmiah dan medis atau forensik. Ilmuwan menggunakan DNA
disejumlahi aplikasi seperti pengenalan DNA ke dalam sel, binatang, tanaman
atau tujuan diagnostik lainnya dalam penyusunan DNA yang dapat
mengganggu metode analisis DNA khususnya dengan rantai polimerase.
Mereka juga dapat menurunkan mutu DNA yang mengarah ke penyimpangan
yang lebih pendek (Hartati dan Ferry, 2017).
 9

BAB III
METODE PRAKTIKUM

A. Waktu dan Tempat

Hari/Tanggal : Rabu / 16 , Sepember 2020
Pukul : pukul 7.30 WITA
Tempat : Laboratorium Mikrobiologi Jurusan Biologi
FMIPA UNM
B. Alat dan Bahan
1. Alat
a. Tabung reaksi (1 buah)
b. Corong (1 buah)
c. Spoit (1 buah)
d. Mortar dan pistil (1 Pasang)
e. Gelas ukur 10 ml (1 buah)
f. Neraca (1 buah)
g. Gelas kimia 250 ml (1 buah)
h. Pisau (1 buah)
2. Bahan
a. Pepaya (Carica papaya) (1 buah)
b. Detergen (9 ml)
c. Garam (3 gram)
d. Kertas saring (1 lembar)
e. Etanol (9 ml)

3. Prosedur Kerja

Memotong buah kecil- Menggerus buah hingga halus

kecil. secara merata
 10

Mencampurkan diterjen, NaCl Mengambil 3 gram NaCl dan

dan buah yang telah halus dan ditejen 9 ml
diaduk hingga merata tanpa
menimbulkan busa selama 15
menit

Menyaring cairan sebanyak 6

Menambahkan etanol dingin
ml pada tabung reaksi
pada larutan dalam tabung reaksi
menggunkan corong dan kertas
sebanyak 9 ml, lalu melihat
saring
DNA yang dikeluarkan oleh
buah dengan menggunakan
senter
 11

BAB IV
HASIL dan PEMBAHASAN

A. Hasil Pengamatan

Gambar Waktu
No Jenis Buah Bentuk DNA
Pengamatan Ekstraksi
Buah Alfukat
1 15 menit Berbentuk awan
(Persea
Americana)

Buah Apel
2 2 menit Berbentuk cincin
(Malus
domestica)

Buah Pepaya
3 1 menit Bentuk awan
(Carica
papaya)

Buah
4 6,21 menit Bentuk cincin
Semangka
(Citrullus
lanatus)

Buah Naga
5 34 detik Bentuk awan
(Hylocereus
undatus)

Buah Pisang
6 40 detik Bentuk awan
(Musa
paradisiaka)
 12

B. Pembahasan
Praktikum unit 9 isolasi DNA bertujuan mengetahui cara
memisahkan/ekstraksi DNA dari jaringan tumbuhan dengan metode sederhana
dan melihat secara langsung DNA. Isolasi DNA adalah proses pengeluaran
DNA dari tempatnya berada (ekstraksi atau lisis) biasanya dilakukan dengan
homogenesis dan penambahan ekstraksi atau lisis untuk mencegah DNA
rusak.
Praktikum isolasi DNA dilakukan untuk mengisolasi atau memisahkan
DNA yang berasal dari tumbuhan yaitu buah atau bunga. Sumber DNA yng
berupa buah digerus dengan mortar bertujuan untuk merusak membrane sel,
dinsing sel dan membrane inti sehingga DNA bisa keluar dari sel dan masuk
ke larutan. Ekstrak buah ditambahkan dengan garam dapur dan detergen serta
disaring, kemudian ditambahkan etanol. Penambahan garam (NaCl)
digunakan untuk melarutkan DNA. Sedangkan detergen berfungsi sebagai
penghancur inti sel sehingga DNA akan lepas dan meningkatkan viskositas
larutan, sehingga molekul DNA terlihat lebih nyata. Detergen juga bertindak
sebagai penghambat aktivitas semua enzim nuclease yang ada selama proses
ekstrasi. Kemudian diberi etanol 9 ml dingin untuk menggumpalkan DNA
sehingga benang-benang DNA tersebut akan mudah diamati.
Pada praktikum ini data yang diperoleh menunjukkan pembentuka DNA
tercepat yaitu buah naga( Hylocereus undatus), yaitu 34 detik, berbentu awan
diikuti berturut-turut yaitu buah pisang (Musa paradisiaca) yaitu 40 detik
berbentuk awan, buah papaya (Carica papaya) yaitu 1 menit, berbentu awan,
buah apel (Malus domestica) yaitu 1 menit, berbentuk cincin, buah semangka
(Citrullus lanatus) yaitu 6 menit 21 detik berbentuk cincin, buah alpukat
(Persea Americana) yaitu 15 menit berbentu awan,
 13

BAB V
PENUTUP

A. Kesimpulan
1. Mengekstrasi DNA dengan metode sederhana dapat dilakukan
dengan menggunakan bahan NaCl, etanol dingin, dan deterjen.
 14

2. Bentuk DNA terdapat beberapa macam seperti awan, selembaran,

dan gumpalan benang kasut.
B. Saran
1. Untuk praktikan agar lebih teliti saat praktikum terutama saat
mengekstrasi DNA agar hasil yang didapatkan lebih baik dan DNA
tidak menjadi rusak.
2. Untuk asisten agar mendampingi praktikan agar kesalahan dalam
praktikum dapat diminimalisir

DAFTAR PUSTAKA

Aisah, Isah, Kurniadi, Edi, Carnia, Ema, Ula, Nurul.2015. Representasi Mutasi
Kode Genetik Standar Berdasarkan Basa Nukleotida. Jurnal Matematika
Integratif ISSN 1412-6184 Volume 11 No 1.

Baktir, Afaf.2017.DNA Struktur dan Fungsi.Surabaya.Airlangga Univeraity Press.

 15

El-Seoud, Samir Abou, Mohamed, Reham, Ghoneimy, Samy.2017.DNA

Computing: Challenges and Application. International Journal iJIM ‒ Vol.
11, No. 2.

Gusriani, 2012. Genetika dan Reproduksi ikan. Yogyakarta; CV Budi Utama.

Hartati dan Ferry Irawan. 2017. Modul Genetika: Berbasis Pendekatan Saintifik.
Makassar: Jurusan Biologi FMIPA UNM.

Mohr, Otto. 2015. GENETICAL AND CYTOLOGICAL PROOF OF SOMATIC

ELIMINATION OF THE FOURTH CHROMOSOME IN DROSOPHILA
MELANOGASTER. Genetic Journal Molekuler. Volume 5 (3).
Maftuchah., Aris, Winaya dan Agus, Zainudin. 2014. Teknik Dasar Analiai
Biologi Molekuler. Yogyakarta; CV Budi Utama.
Nugroho, Kristianto, Ruzaani, Habib, Lestari, Puji.2016. Metode Ekstrasi DNA
Pada Jatropha spp. Tanpa Menggunakan Nitrogen Cair. Jurnal Littri 22(4),
ISSN 0853-8212.

Lakmini, Amitha dan Kapilan, Ranganathan.2015. Efficient genomic DNA

Extraction from leaves of some economically important fruit species of Sri
Lanka. International Journal of Advanced Research in Biological Sciences
Vol. . 2(12): (2015): 91–99 ISSN: 2348-8069.

Widyastuti, Dyah Ayu.2017.Isolasi DNA Kromosom Salmonellasp. dan

Visualisasinya pada Elektroforesis Gel Agarosa. ISSN: 2527-533.

Lampiran
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30