LAPORAN RESMI PRAKTIKUM BIOLOGI

PERCOBAAN EKSTRAKSI DNA

Aisya Assrafy (02)

7494
XII MIPA-5
2018/2019
 Kata Pengantar

Puji syukur kami panjatkan kepada Allah yang Maha Kuasa karena atas
semua limpahan rahmat-Nya, praktikum yang berjudul Percobaan Ekstraksi DNA
dapat kami selesaikan. Pada kesempatan ini kami sampaikan terimakasih kepada :
1. Allah yang Maha Kuasa yang telah memberi petunjuk sehingga kami berhasil
melangsungkan praktikum ini.

2. Ibu Ariswati Baruno, S. Pd, M. Si, pembimbing yang memberi pencerahan

berfikir serta kreatifitas sehingga praktikum ini terlaksana.

3. Teman-teman yang telah membantu kami dalam studi dan memberi

dukungan.

Akhirnya, kepada pihak yang tidak bisa kami sebutkan satu-persatu, kami
ucapkan terimakasih atas bantuannya.

Yogyakarta, 27 Agustus 2018

Penyusun

2
 DAFTAR ISI

Kata Pengantar..............................................................................................................2
DAFTAR ISI.................................................................................................................3
BAB I PENDAHULUAN.............................................................................................4
Latar Belakang..........................................................................................................4
Rumusan Masalah.....................................................................................................5
Tujuan........................................................................................................................5
Manfaat.....................................................................................................................5
BAB II TINJAUAN PUSTAKA...................................................................................6
Landasan Teori..........................................................................................................6
Hipotesis....................................................................................................................7
BAB III METODOLOGI..............................................................................................8
Tempat dan Waktu Percobaan...................................................................................8
Alat dan Bahan..........................................................................................................8
Prosedur Percobaan...................................................................................................9
BAB IV PEMBAHASAN..........................................................................................10
Data Hasil Percobaan..............................................................................................10
Analisis Data...........................................................................................................11
BAB V PENUTUP.....................................................................................................14
Kesimpulan.............................................................................................................14
LAMPIRAN...............................................................................................................15
DAFTAR PUSTAKA..................................................................................................19

3
 BAB I

PENDAHULUAN

Latar Belakang

Ekstraksi DNA adalah suatu proses pemisahan DNA dari komponen-

komponen sel lainnya. Ekstraksi DNA pada organisme eukariot dilakukan melalui
proses penghancuran dinding sel (lysis of cell walls), penghilangan protein dan RNA
(cell digestion), dan pengendapan DNA (precipitation). DNA larut dalam air, tapi
tidak larut dalam air asin. Perbedaan dalam tingkat kelarutan DNA inilah yang
akhirnya menjadi dasar dalam proses ekstraksi DNA.

Ekstraksi DNA merupakan langkah yang tepat untuk mempelajari DNA.

Prinsipnya ada dua, yaitu sentrifugasi dan presipitasi. Sentrifugasi merupakan teknik
untuk memisahkan campuran berdasarkan berat molekul komponennya. Molekul
yang mempunyai berat molekul besar akan berada di bagian bawah tabung dan
molekul ringan akan berada pada bagian atas tabung.
DNA ditemukan pada semua makhluk hidup dari mikroorganisme sampai
organisme tingkat tinggi, misalnya manusia, hewan, dan tumbuhan. DNA terdapat
dalam sel dan inti sel. DNA dapat diekstraksi dari segala macam organ yang terdapat
pada bagian tubuh makhluk hidup bersel, misalnya tumbuhan dapat diekstraksi dari
daun, buah ataupun batangnya (Muladno, 2002).
Hasil sentrifugasi akan menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah.
Presipitasi dilakukan untuk mengendapkan suatu komponen dari campuran. Pada
praktikum kali ini, kami akan mengisolasi DNA dengan metode sederhana dengan
menggunakan sampel daging buah stroberi.
Pada percobaan ini stroberi digunakan sebagai bahan untuk mengekstraksi
DNA. Hal ini dikarenakan stroberi adalah octoploid (8n) yang berarti bahwa stroberi
memiliki 8 copy dari materi genetiknya (jumlah DNAnya sangat banyak), sehingga
walaupun pada percobaan ini tingkat keakuratannya sangat rendah, DNA masih dapat
diekstraksi dan hasil ekstraksi DNA stroberi sangat mudah untuk diamati.

4
Rumusan Masalah

1. Bagaimana proses ekstraksi DNA menggunakan jaringan pada buah-buahan?

2. Bagaimana pengaruh jenis deterjen terhadap hasil ekstraksi DNA pada buah?

Tujuan

1. Mengetahui proses ekstraksi DNA menggunakan jaringan pada buah-buahan.

2. Mengetahui pengaruh jenis deterjen terhadap hasil ekstraksi DNA pada buah.

Manfaat

Mengetahui proses ekstraksi DNA pada tumbuhan dan dapat mengaplikasikan teori
yang telah didapatkan pada pembelajaran dan dalam kehidupan sehari-hari.

5
 BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

Landasan Teori

Deoxyribonucleic acid (DNA) merupakan senyawa kimia yang paling

penting pada makhluk hidup yang membawa keterangan genetik dari sel khusunya
atau dari makhluk dalam keseluruhannya dari satu generasi ke generasi selanjutnya.
Molekul DNA terdapat pada nukleus, mitokondria, plastida dan sentriol.
Komponen utama kromosom pada eukariota
adalah DNA dan protein histon. Protein histon bersifat
basa, sehingga dapat menetralkan asam dari DNA. Pada
dasarnya sel mengandung dua asam nukleat, yaitu DNA
dan RNA. DNA yang terdapat pada nukleus yaitu DNA
kromosomal, sedangkan DNA yang ada di luar nukleus
tetapi masih di dalam sel dinamakan DNA
ektrakromosomal (DNA mitokondria, DNA kloroplas,
dan DNA plasmid).
Dikutip dari Yuwono (2008), pembuktian bahwa
DNA merupakan bahan genetik pertama kali dilakukan
oleh Frederick Griffith pada tahun 1928 yaitu dengan eksperimen transformasi pada
bakteri Streptococcus pneumoniae. Bukti bahwa DNA merupakan bahan yang
menyebabkan terjadinya proses transformasi pada S. pneumoniae ditunjukkan oleh
eksperimen yang dialkukan oleh Oswald Avery, Colin MacLeod, dan Mackyn
McCarty pada tahun 1944. Mereka melakukan ekstraksi terhadap sel virulen dan
kemudian menghilangkan proteinnya. Ketika ekstrak sel tersebut diperlakukan
dengan enzim deoksiribonukleat yang menghancurkan DNA, ternyata kemampuan
menyebabkan proses transformasi menjadi hilang.
Tahap penghancuran sel atau jaringan memiliki beberapa cara yakni dengan
cara fisik seperti menggerus sampel dengan menggunakan mortar dan pestle dalam
nitrogen cair atau dengan menggunakan kimiawi maupun enzimatik. Penghancuran
dengan menggunakan kimiawi seperti penggunaan detergen yang dapat melarutkan
lipid pada membran sel sehingga terjadi destabilisasi membran sel. Proses

6
pengeluaran DNA dari nukleus, mitokondria maupun organel lain dengan
diekstrasi/dilisiskan biasanya dilakukan dengan homogenasi yaitu dengan
penambahan bufer ekstrasi/bufer lisis untuk mencegah DNA rusak. Senyawa yang
biasa digunakan untuk memaksimalkan hasil isolat DNA yang murni ditambahkan
fenol, kloroform, dan isoamil alkohol. Fungsi larutan buffer adalah untuk menjaga
struktur DNA selama proses penghancuran dan purifikasi sehingga memudahkan
dalam menghilangkan protein dan RNA serta mencegah aktivitas enzim pendegradasi
DNA dan mencegah perubahan pada molekul DNA.
Proses selanjutnya adalah pemisahan DNA dari komponen sel yang lain,
kontaminan yang tidak diinginkan, termasuk debris sel dapat dilakukan sentrifugasi.
Setelah dilakukan ekstraksi, proses selanjutnya adalah presipitasi DNA dengan
menggunakan etanol absolut, isopropanol, atau fenol. DNA akan dipisahkan dari
kontaminan komponen penyusun sel lainnya seperti polisakarida dan protein agar
DNA yang didapatkan memiliki kemurnian yang tinggi. Fenol seringkali digunakan
sebagai pendenaturasi protein, ekstraksi dengan menggunakan fenol menyebabkan
protein kehilangan kelarutannya dan mengalami presipitasi yang selanjutnya dapat
dipisahkan dari DNA melalui sentrifugasi. Selain DNA, semua bahan yang lain akan
larut dalam etanol dingin. Dengan demikian saat dilakukan sentrifugasi, maka DNA
akan mengendap dan terpisah dari senyawa-senyawa/bahan lain.

Hipotesis

Di dalam daging buah stroberi terdapat DNA, akan dibuktikan dengan

ekstraksi DNA. Ekstraksi menghasilkan benang-benang DNA halus yang terdapat
diantara lapisan etanol dan alikot.

7
 BAB III

METODOLOGI

Tempat dan Waktu Percobaan

Laboratorium Biologi SMA N 7 Yogyakarta

Senin, 27 Agustus 2018
Pukul 14.15 – 15.45 WIB

Alat dan Bahan

ALAT
1. Blender 8. Pipet tetes
2. Timbangan 9. Pisau
3. Gelas beaker 250 ml 10. Kain saring
4. Tabung erlenmeyer 250 ml 11. Kertas saring
5. Corong kaca 12. Pengaduk kaca/spatula
6. Gelas ukur 5 ml 13. Sendok
7. Tabung reaksi dan rak 14. Saringan

BAHAN
1. Buah yang masak sebanyak 50 gram
KELOMPOK 1 Stroberi (100 gram)
KELOMPOK 2 Semangka
KELOMPOK 3 Melon
KELOMPOK 4 Tomat
KELOMPOK 5 Jambu ball
KELOMPOK 6 Pisang matang
KELOMPOK 7 Pepaya
KELOMPOK 8 Apel
2. Akuades
3. Etanol 96% yang dingin (disimpan di dalam freezer/es batu)
4. Larutan A = detergen bubuk (10 gram) + garam (4 gram) yang dilarutkan
dalam 60 ml akuades
5. Larutan B = detergen cair (10 ml) + garam (4 gram) yang dilarutkan dalam 60
ml akuades

8
Prosedur Percobaan

1. Kupaslah buah dan potong kecil-kecil. Ambil 50 gram buah, tambahkan 50

ml akuades, kemudian blender hingga halus.
2. Saringlah sari buah dengan penyaring biasa 1 kali, kain saring 2 kali dan
kertas saring 1 kali.
3. Hasil saringan (alikot) dimasukkan ke dalam gelas beker.
4. Buatlah :
Larutan A = mencampurkan 10 gram detergen bubuk + 4 gram garam lalu
larutkan dalam 60 ml akuades, aduk hingga larut lalu saring.
Larutan B = mencampurkan 10 ml detergen cair + 4 gram garam lalu
larutkan dalam 60 ml akuades, aduk hingga larut.
5. Masukkan 2 ml alikot ditambah 1 ml larutan A ke dalam tabung reaksi,
goyang perlahan sampai homogen (jangan sampai berbuih).
6. Tambahkan 6 ml etanol absolut dingin tetes demi tetes melalui dinding
tabung reaksi.
7. Amati proses pemisahan gumpalan DNA berupa lapisan putih di bagian
paling atas.
8. Catatlah waktu terbentuknya benang-benang DNA setelah didiamkan selama
10 menit.
9. Ukur ketebalan benang-benang DNA setelah didiamkan selama 10 menit.
10. Catat hasil pengamatan pada tabel.
11. Ilangi tahapan 5 sampai 10 dengan larutan B.
12. Dokumentasikan dalam bentuk foto dan video pada setiap tahapnya.

9
 BAB IV

PEMBAHASAN

Data Hasil Percobaan

Waktu
Perlakuan Ketebalan Keterang
Jenis Buah Munculnya
Jenis Larutan Benang DNA Tambahan
DNA
Endapan alikot
menjadi
Larutan A Detik ke 46 0,5 cm
berwarna
merah tua
Stoberi
Endapan alikot
menjadi
Larutan B Menit ke 2 0,3 cm
berwarna
merah terang

Data Hasil Percobaan Seluruh Kelompok

Perlakuan
Waktu Ketebalan Keterangan
Kel Jenis Buah Jenis
Muncul Dna Benang Tambahan
Larutan
1 Stroberi A Detik ke 46 0,5 cm
B Menit ke 2 0,3 cm
2 Semangka Detik ke
A 1 cm
39,34
Detik ke
B 0,5 cm
32,87
3 Melon A Detik ke 3 0,5 cm
B Detik ke 19 1,2 cm
4 Tomat A Detik ke 0,56 0,8 cm
B Detik ke 1,02 0,1 cm
5 Jambu ball A Detik ke 2,31 0,15 cm
B Detik ke 49,6 0,20 cm
6 Pisang matang A Menit ke 1 cm Larutan
3,37 berwarna
kuning

10
 bening
Larutan
berubah
B - - menjdi
warna pink
muda
7 Pepaya A Detik ke 10 0,6 cm
B Detik ke 20 0,4 cm
8 Apel A Detik ke 50 0,7 cm
B Detik ke 62 0,1 cm

Analisis Data

Praktikum ekstraksi DNA dilakukan bertujuan untuk mengetahui pengaruh

ekstrak buah dan jenis deterjen terhadap DNA yang dihasilkan dari proses ekstraksi.
Bahan yang digunakan dalam praktikum ini adalah berbagai jenis buah yang sering
dijumpai sehari-hari. Sedangkan jenis deterjen yang digunakan pada praktikum ini
adalah deterjen bubuk dan deterjen cair yang dilarutkan menjadi larutan A (deterjen
bubuk) dan larutan B (deterjen cair). DNA diekstraksi dari buah yang diblender
hingga halus. Pemblenderan ini bertujuan untuk merusak dinding sel, membran sel,
dan membran inti, sehingga DNA di dalam sel dapat keluar dan masuk ke dalam
larutan. Setelah diblender, sari buah disaring dua kali ditambah garam dapur dan
etanol absolut dingin yang bertujuan untuk memudahkan pemisahan benang-benang
DNA dari larutan, sehingga benang-benang DNA lebih mudah untuk diamati. Setelah
proses ekstraksi DNA dilakukan, maka didapatkan data :
1) Pada penggunaan sumber DNA buah stroberi, DNA didapatkan paling banyak
pada larutan A sebanyak 0,5 cm, sedangkan DNA yang sedikit ditemukan
adalah pada larutan B sebanyak 0,3 cm. Untuk larutan A, waktu pemunculan
DNA adalah detik ke 46, sedangkan Untuk larutan B waktu pemunculan
DNA adalah menit ke 2.

2) Pada penggunaan sumber DNA buah semangka, DNA didapatkan paling

banyak pada larutan A sebanyak 1 cm, sedangkan DNA yang sedikit
ditemukan adalah pada larutan B sebanyak 0,5 cm. Untuk larutan A, waktu

11
 pemunculan DNA adalah detik ke 39,34, sedangkan Untuk larutan B waktu
pemunculan DNA adalah detik ke 32,87.

3) Pada penggunaan sumber DNA buah melon, DNA didapatkan paling banyak
pada larutan B sebanyak 1,2 cm, sedangkan DNA yang sedikit ditemukan
adalah pada larutan A sebanyak 0,5 cm. Untuk larutan A, waktu pemunculan
DNA adalah detik ke 3, sedangkan Untuk larutan B waktu pemunculan DNA
adalah detik ke 19.

4) Pada penggunaan sumber DNA buah tomat, DNA didapatkan paling banyak
pada larutan A sebanyak 0,8 cm, sedangkan DNA yang sedikit ditemukan
adalah pada larutan B sebanyak 0,1 cm. Untuk larutan A, waktu pemunculan
DNA adalah detik ke 0,56, sedangkan Untuk larutan B waktu pemunculan
DNA adalah detik ke 1,02.

5) Pada penggunaan sumber DNA buah jambu boll, DNA didapatkan paling
banyak pada larutan B sebanyak 0,20 cm, sedangkan DNA yang sedikit
ditemukan adalah pada larutan A sebanyak 0,15 cm. Untuk larutan A, waktu
pemunculan DNA adalah detik ke 2,31, sedangkan Untuk larutan B waktu
pemunculan DNA adalah detik ke 49,6.

6) Pada penggunaan sumber DNA buah pisang yang matang, DNA didapatkan
hanya pada larutan A sebanyak 1 cm, sedangkan DNA tidak ditemukan
adalah pada larutan B. Untuk larutan A, waktu pemunculan DNA adalah
menit ke 3,37. Dengan keterangan pada penggunaan sumber buah ini adalah
larutan A berwarna kuning bening sedangkan larutan B berubah warna
menjadi merah jambu muda.

7) Pada penggunaan sumber DNA buah pepaya, DNA didapatkan paling banyak
pada larutan A sebanyak 0,6 cm, sedangkan DNA yang sedikit ditemukan
adalah pada larutan B sebanyak 0,4 cm. Untuk larutan A, waktu pemunculan
DNA adalah detik ke 10, sedangkan Untuk larutan B waktu pemunculan
DNA adalah detik ke 20.

8) Pada penggunaan sumber DNA buah apel, DNA didapatkan paling banyak
pada larutan A sebanyak 0,7 cm, sedangkan DNA yang sedikit ditemukan
adalah pada larutan B sebanyak 0,1 cm. Untuk larutan A, waktu pemunculan

12
 DNA adalah detik ke 50, sedangkan Untuk larutan B waktu pemunculan
DNA adalah menit ke 1 detik ke 2.

Dari analisis data dapat dilihat jika masing-masing buah menghasilkan DNA
yang berbeda-beda. Waktu untuk pembentukan benang-benang juga berbeda-beda
berdasarkan jenis larutan deterjen. DNA yang dihasilkan pada pengamatan kali ini
adalah berupa benang-benang DNA berwarna putih kabut. Perbedaan waktu dan
jumlah DNA dapat dipengaruhi oleh beberapa faktor selain perbedaan larutan
deterjen dan buah sumber DNA, juga dapat dipengaruhi karena kekurangtelitiannya
siswa dalam praktikum DNA ini.

13
 BAB V

PENUTUP

Kesimpulan

1. DNA dapat diketahui dari pengekstrakan daging buah.

2. DNA tersusun atas kromatid.
3. DNA tidak terlarut dalam etanol.
4. DNA terdapat di dalam membran sel.

14
 LAMPIRAN

JOBDESK
Nama Pekerjaan
- Menyaring sari buah dengan kain saring
Agustina Fajar - Mengukur larutan A dan etanol
(01) - Mengisi LKPD
- Dokumentasi
- Mengukur aquades untuk menghaluskan buah
Aisya Assrafy - Menyaring sari buah dengan kertas saring
(02) - Meneteskan etanol pada tabung A
- Menyusun laporan resmi
Alfariza Dika - Membeli buah stroberi
- Menimbang stroberi
(03) - Mengisi LKPD
Andi Sanjaya - Mengukur larutan B
- Meneteskan etanol pada tabung B
(04) - Membersihkan alat-alat

15
Hasil Ekstraksi

DNA
DNA

Keterangan Gambar

Penimbangan buah stroberi

100 gram

16
 Penghalusan buah atau
penghancuran dinding sel

Penyaringan pertama
menggunakan saringan the

Penyaringan kedua
menggunakan kain saring,
ulang 2 kali.

17
 Penyaringan ketiga
menggunakan kertas saring.

Penambahan larutan A (kiri)

dan larutan B (kanan) pada
alikot.

Penetesan etanol.

18
 DAFTAR PUSTAKA

Aprilisa, E. (2009). LAPORAN ISOLASI DNA PADA BUAH. Retrieved 2018, from Scribd:
https://www.scribd.com/doc/100895367/Isolasi-Dna-Pada-Buah
Larasati, S. D. (2014, Maret 2). Isolasi DNA. Retrieved 2018, from Veterinary Student Blog:
http://blog.ub.ac.id/blogveteriner/2014/03/02/isolasi-dna/
Napitupulu, N. (2016). LAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI EKSTRAKSI DNA DARI BUAH.
Retrieved 2018, from Academia.edu:
https://www.academia.edu/31436637/LAPORAN_PRAKTIKUM_BIOLOGI_EKSTRA
KSI_DNA_DARI_BUAH
Syahdan, U. A. (2016). Laporan Praktikum Bioteknologi dan Biologi Molekuler Ekstraksi
DNA. Retrieved 2018, from Academia.edu.
Tamam, M. B. (2012). Prinsip, Metode, dan Teknik Isolasi DNA. Retrieved 2018, from
generasibiologi.com: http://www.generasibiologi.com/2012/08/isolasi-dna.html
Wilantika, G. A. (2016). LAPORAN PRAKTIKUM ISOLASI DNA PADA BUAH JERUK,
BUAH SEMANGKA DAN BUAH MELON. Retrieved 2018, from Scribd:
https://www.scribd.com/doc/306808459/Laporan-Isolasi-Sederhana-DNA-pada-Buah-
pdf

19