PRAKTIKUM BIOTEKNOLOGI

MEMBANDINGKAN JURNAL ISOLASI JAMUR

DISUSUN OLEH:

KELOMPOK 2

NAMA ANGGOTA KELOMPOK :

1. AGIELA FADIA HAYA HRP (4193341038)

2. DWI LIMIANA Br GINTING ( 4193341033)
3. DINI MAHYUNI ( 4193141035)
4. DALILLA HARUM (4193341042)
5. ELVA CHIKA DELIA FELATI (4193341040)
6. FADILLA NURHAZLINDA     (4193341056)

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

UNIVERSITAS NEGERI MEDAN
2022
 KATA PENGANTAR

Segala puji dan syukur penulis panjatkan kehadirat Tuhan Yang Maha Esa, karena
tanpa berkat dan rahmat-Nya penulis tidak mampu menyelesaikan makalah ini pada
waktunya. Makalah ini berisi tentang Bioteknologi Dalam Bidang Kesehatan beserta uraian-
uraiannya.

Terimakasih penulis ucapkan pula kepada Bapak Drs. Abdul Hakim Daulae, M,Si
NIP.196504281991031001 selaku dosen mata kuliah Bioteknologi yang telah memberikan
tugas ini, dan juga teman-teman yang telah membantu penulis dalam menyelesaikan makalah
ini.

Penulis menyadari bahwa dalam penyusunan makalah ini masih banyak kekurangan
dan kesalahan, baik dari segi isi maupun redaksinya. Makalah ini jauh dari kesempurnaan,
karena itu sangat diharapkan kritik dan saran yang membangun agar penulis dapat menyusun
makalah yang lebih baik lagi dimasa yang akan datang. Semoga makalah ini dapat berguna
bagi pembaca maupun penulis sendiri.

Medan, November 2022

Kelompok 2
 DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR.........................................................................................2

DAFTAR ISI........................................................................................................3

BAB I : PENDAHULUAN .................................................................................4

A. Latar Belakang .........................................................................................4

B. Rumusan Masalah ...................................................................................4

C. Tujuan ......................................................................................................4

BAB II: PEMBAHASAN ...................................................................................5

A. Jurnal 1.....................................................................................................6
B. Jurnal 2 ....................................................................................................6
C. Kelebihan Dan Kekurangan Jurnal 1 dan 2..............................................7

BAB III: PENUTUP............................................................................................17

A. Kesimpulan ...............................................................................................17

B. Saran..........................................................................................................17

DAFTAR PUSTAKA..........................................................................................18
 BAB I

PENDAHULUAN
A. Latar Belakang
Bioteknologi adalah cabang ilmu yang mempelajari pemanfaatan makhluk hidup
(bakteri,fungi, virus, dan lain-lain) maupun produk dari makhluk hidup (enzim, alkohol) dalam
proses produksi untuk menghasilkan barang dan jasa.  Dewasa ini, perkembangan bioteknologi
tidak hanya didasari pada biologi semata, tetapi juga pada ilmu-ilmu terapan dan murni lain,
seperti biokimia, biologi molekular, mikrobiologi,  genetika, dan lain sebagainya. Dengan kata
lain, bioteknologi adalah ilmu terapan yang menggabungkan berbagai cabang ilmu dalam proses
produksi barang dan jasa.
Isolasi DNA memainkan peranan penting dalam analisis molekuler sebagai langkah utama
untuk melakukan penelitian di bidang biologi molekuler. DNA merupakan senyawa makro
molekul yang terdiri dari polimer nukleotida. Setiap nukleotida memiliki tiga komponen utama,
yaitu gugus phosphate, gula deoksiribosa dan basa nitrogen. DNA memiliki fungsi sebagai wadah
informasi genetik dan pewarisan sifat/karakteristik dari suatu organisme. Pada tanaman, DNA
terletak di dalam nukleus, kloroplas dan mitokondria. Menurut Jamsari (2007) kegiatan isolasi
DNA terdiri dari tiga tahapan, yaitu: 1) penghancuran dinding sel, 2) pemisahan protein, lipid dan
senyawa metabolit sekunder lainnya dalam sel, 3) precipitation DNA (memanen DNA). Prosedur
isolasi DNA yang baik harus memperhatikan beberapa aspek seperti kecepatan waktu yang
diperlukan dalam proses isolasi DNA, sederhana, murah dan meminimalkan penggunaan senyawa
kimia beracun (Oza et al., 2008). Selain itu, DNA yang diisolasi dari suatu organisme tertentu
harus memiliki kemurnian yang tinggi terhadap senyawa-senyawa kontaminan yang berada di
dalam sel organisme tersebut (Stefunova et al., 2013). Kontaminasi senyawa polisakarida,
polifenol dan senyawa metabolit sekunder dalam sel tanaman merupakan masalah umum dalam
ekstraksi DNA tanaman (Cheng et al., 2003). Kontaminan tersebut sulit dipisahkan dari DNA
sehingga mengganggu kinerja senyawa seperti enzim polimerase, ligase dan restriksi (Schlink dan
Reski, 2002
B. Tujuan
Tujuan dari makalah ini yaitu untuk membandingkan 2 jurnal isolasi DNA berdasarkan Alat dan
Bahan Motode,cara kerja serta hasil yang diharapkan

C. Manfaat
Mengetahui perbandingkan 2 jurnal isolasi DNA berdasarkan Alat dan Bahan Motode,cara kerja
serta hasil yang diharapkan
 BAB II
PEMBAHASAN
A. JURNAL 1

Identitas Jurnal Judul : Perbandingan Tiga Metode Isolasi DNA

Asperigilus niger Comparison of Three DNA
Isolation Methods of Aspergillus Niger
Jurnal : Journal of Biological Sciences
Volume dan No : 9(1): 69-78
Tahun : 2022
Penulis : Adyan Donastin, Maharani Pertiwi Koentjoro,
Muhamad Taufik Hidayat, Endry Nugroho
Prasetyo
ISSN : 2655-8122

Alat dan Bahan Alat : Mikroskop, larutan lactophenol, cotton blue, kaca preparat,
mortar steril, mikrotube steril
Metode dan Cara Kerja Penelitian bersifat eksperimen dan studi komparatif perbandingan
metode isolasi DNA dari sampel A. niger. Penelitian dilakukan di
Laboratorium Biologi Molekuler, UNUSA.

Kultur Aspergillus niger

Isolat A. niger diperoleh dari Balai Besar Laboratorium Kesehatan
Surabaya. Isolat disub–kultur pada media potato dextrose agar
(PDA). Kultur diinkubasi pada suhu 26–28°C selama 10 hari.
Pengamatan makroskopik diamati setiap 2 hari sekali.
Pengamatan mikroskopik dilakukan dengan mengambil satu ose
hifa ke dalam larutan lactophenol cotton– blue di kaca preparat.
Hasil koloni subkultur yang tumbuh setelah 5 hari digunakan
untuk isolasi DNA.
Isolasi DNA
Isolasi total genom A. niger menggunakan 3 metode.

Metode pertama (P1) berdasarkan pada pedoman di Wizard®

Genomic DNA Purification Kit (Promega 2010). Isolasi dilakukan
melalui beberapa tahap, pertama pelet sel jamur sebanyak 40 mg
dimasukkan dalam mortar steril dan ditambahkan nitrogen cair
untuk proses lisis sel (digerus dengan pestle). Serbuk sel
kemudian dimasukkan ke dalam mikrotube steril ukuran 1.5 mL
lalu ditambahkan 120 μL EDTA 0.5 M (pH 8) dan 500 μL Nuclei
Lysis Solution. Sampel dinkubasi selama 45 menit pada suhu
65ºC, kemudian 3 μL RNase solution ditambahkan dan mikrotube
dibolak–balik. Sampel diinkubasi kembali selama 20 menit pada
suhu 37ºC dan Protein Precipitation Solution ditambahkan
sebanyak 200 μL ke dalam suspensi. Sampel divortex 20 detik
lalu didinginkan di atas es selama 5 menit. Sampel disentrifugasi
selama 4 menit pada 10,000 rpm, kemudian supernatan
dipindahkan ke mikrotube baru serta 600 μL Isopropanol
tambahkan dan mikrotube dibolak–balik. Sampel disentrifugasi
selama 5 menit pada kecepatan 10,000 rpm. Supernatan dibuang
dan ditambahkan 600 μL Ethanol 70%. Sampel disentrifugasi
kembali selama 5 menit pada 10,000 rpm. Supernatan dibuang
dan dikering-anginkan ( 1 jam). Pelet selanjutnya ditambah
dengan 100 μL DNA Rehydration Solution. Tahap terakhir,
 sampel diinkubasi selama 60 menit pada suhu 65ºC. Pelet DNA
akan diuji kualitas dan kuantitatifnya.

Metode kedua (P2) adalah modifikasi dari pedoman di Wizard®

Genomic DNA Purification Kit (Promega 2010). Tahap pertama,
pelet sel jamur sebanyak 40 mg ditambahkan dengan nitrogen
cair, dan digerus dengan mortar steril. Serbuk sel kemudian
dimasukkan dalam mikrotube steril ukuran 1.5 mL lalu
ditambahkan 120 μL EDTA 0.5 M (pH 8), 500 μL Nuclei Lysis
Solution, dan 20 μL Proteinase–K (20 mg/mL).

pada suhu 37ºC dan Protein Precipitation Solution ditambahkan

sebanyak 200 μL. Sampel divortex 20 detik lalu didinginkan
dalam es selama 5 menit. Sampel disentrifugasi 4 menit pada
10,000 rpm, kemudian supernatan dipindahkan ke mikrotube baru
serta isopropanol ditambahkan sebanyak 600 μL dan dibolak–
balik. Sampel disentrifugasi selama 10 menit pada kecepatan
10,000 rpm. Supernatan dibuang dan Ethanol 70% ditambahkan
sebanyak 600 μL. Sampel disentrifugasi kembali selama 10 menit
pada 10,000 rpm. Supernatan dibuang dan pelet dikering-
aanginkan ( 1 jam). Pelet selanjutnya ditambahkan 100 μL
Bufer TE (pH 8.0) dan disimpan dalam -20°C.

Metode ketiga (P3) berdasarkan kit dari Monarch Genomic DNA

Purification Kit NEB (Cat. T3010). Sebanyak 40 mg sampel
dimasukkan dalam mortar dan ditambahkan nitrogen cair. Sampel
digerus dengan pestle. Serbuk sel kemudian dipindah ke dalam
mikrotube steril dan Tissue Lysis Buffer ditambahkan sebanyak
200 μL. Selanjutnya, Proteinase-K (20 mg/mL) ditambahkan
sebanyak 20 μL. Suspensi divortex dan diinkubasi dalam 56ºC
selama 1 jam. Suspensi ditambahkan 3 μL RNase dan diinkubasi
pada 56ºC selama 5 menit. Tahap berikutnya adalah suspensi sel
ditambahkan gDNA Binding Buffer sebanyak 400 μL dan divortex
selama 10 detik. Sebanyak 600 μL suspensi dimasukkan ke dalam
gDNA purification column dan disentrifus pada 2,000 rpm selama
3 menit. Supernatan yang berada dalam collection mikrotube
dibuang dan sisa suspensi kemudian dimasukkan ke dalam gDNA
purification column serta disentrifus kembali pada 2,000 rpm
selama 3 menit. gDNA purification column kemudian dipindahkan
ke tube baru dan ditambahkan 500 μL gDNA wash buffer. Tube
kemudian di sentrifus pada 4,000 rpm selama 5 menit. Supernatan
pada collection mikrotube kemudian dibuang dan column di usap
dengan tissue. Column kemudian ditambahkan kembali dengan
500 μL gDNA wash buffer dan di sentrifus pada 4,000 rpm selama
5 menit. Column kemudian ditempatkan di mikrotube baru dan di
tambahkan 100 μL dDNA elution buffer dan diinkubasi selama 1
menit pada suhu ruang. Mikrotube selanjutnya disentrifus pada
8,000 rpm selama 1 menit, pada suhu 4°C. Hasil isolasi DNA
selanjutnya dianalisis menggunakan elektroforesis dalam 0.8 %
agarose gel dan 1X Buffer TAE. Elektroforesis (MUPID-exU)
dijalankan pada 100 Volts, selama 50 menit. Gel selanjutnya di
rendam dalam Ethidium Bromida (7 μL/100 mL TAE 1X). Gel
diamati pada mesin UV-UV Transiluminator TI2621D (Pacific
Image).
Hasil Yang di dapatkan Hasil analisis kualitas dan kuantitas DNA pada setiap metode
 disajikan pada Tabel 1. Pengukuran rasio absorbansi pada 260 dan
280 nm (A260/A280) digunakan sebagai penduga kemurnian atau
kualitas DNA. Kualitas DNA hasil isolasi metode P1 berada nilai
1.4 (duplo). Nilai ini dibawah standar purifikasi yaitu lebih besar
dari 1.5 dan idealnya berada pada kisaran 1.8. Metode P2 dan P3
memiliki kualitas yang cukup baik, karena berada di kisaran 1.8
(Moore et al., 2004; Green dan Sambrook, 2018). Hasil uji
kualitatif yang tertinggi diperoleh dari metode P2, dengan
konsentrasi DNA total sampel 305 ng/μL.

B. JURNAL 2

Identitas Jurnal Judul : ISOLASI DNA DAN AMPLIFIKASI PCR DAERAH ITS rDNA
FUNGI ENDOFIT UMBI TANAMAN DAHLIA (Dahlia variabilis)
LBKURCC69
Penulis : Fitri Rahayu, Saryono, Titania T. Nugroho
Jurnal : Jurnal FMIPA
Volume dan Nomor : Volume 2, Nomor 1
Tahun : 2015
eISSN :-
Hal : 100-106 Halaman

Alat dan Bahan Alat :Mettler AE 200, Vortex Mixer H-VM-300, unit gel elektroforesis
horizontal, Hotplate Cimarec, Thermal Cycler model Techne TC-312,
Microcentrifuge model Biofuge ex Heraeus (Germany), Thermostat
Controlled Waterbath, UV Transilluminator, Autoklaf All American,
Shaker Heidolph.
Bahan : Sabourraud- 4%-Dextrose Agar, agarosa 100 g, enzim litikase
Arthrobacter luteus, PCR Core System 1, primer ITS4 dan primer ITS5
Metode dan Cara Kerja A. Isolasi DNA
Isolasi DNA dilakukan pada miselium berumur 4 hari dengan metode kit
Wizard Genomic ex Promega Corp. Metode ini menggunakan enzim
litikase untuk memecah dinding sel dan membran sel fungi. Miselium
sebanyak 0,3 g dikerik dari cawan petri menggunakan spatula steril dan
dimasukkan ke dalam tabung mikro, kemudian ditambahkan 293 µL 50
mM EDTA (pH 8) dan 7,5 µL enzim litikase (20 mg/mL). Campuran
dihomogenkan dengan cara membolak-balik tabung mikro, kemudian
diinkubasi pada suhu 37°C selama 60 menit. Campuran didinginkan pada
suhu kamar dan disentrifuga pada
13.000xg selama 2 menit. Supernatan dibuang dan endapan diambil.
Endapan ditambahkan larutan pelisis inti sel (Nuclei Lysis Solution)
sebanyak 300 µL dan dihomogenkan kembali dengan membolak-balik
tabung mikro. Campuran ditambahkan larutan pengendap protein (Protein
Precipitation Solution) sebanyak 100 µL kemudian dikocok dengan cara
dibolak-balik pada kecepatan tinggi selama 20 detik.
Sampel didiamkan di es selama 5 menit, kemudian disentrifuga pada
12.000xg selama 3 menit. Endapan dibuang, sedangkan supernatan yang
mengandung DNA dipindahkan ke dalam tabung mikro baru yang telah
berisi 300 µL isopropanol pada suhu kamar. Sampel dihomogenkan dengan
membolak-balik tabung mikro. Sampel disentrifuga pada 13.000xg selama
5 menit. Supernatan dibuang, sedangkan pelet DNA dikeringkan dengan
membalikkan tabung diatas tisu. Pelet DNA ditambahkan etanol 70 %
sebanyak 300 µL, kemudian tabung dibolak-balik beberapa kali untuk
mencucinya. Pelet DNA disentrifuga pada 13.000xg selama 5 menit.
 Supernatan dibuang dan pelet DNA dikeringkan dengan membiarkan
tabung terbuka selama 10-15 menit. Pelet DNA ditambahkan 25 µL larutan
dehidrasi DNA dan 1 µL larutan RNase. Dasar tabung dipukul pelan-pelan
dan divorteks selama 5 detik. Isolat DNA diinkubasi pada suhu 37°C
selama 15 menit, selanjutnya didiamkan pada suhu kamar selama 24 jam.
Isolat DNA disimpan di lemari es pada suhu 2-80C. Hasil isolasi DNA
dapat dideteksi menggunakan elektroforesis gel agarosa. Konsentrasi gel
agarosa yang digunakan adalah 0,8 % dalam
buffer TAE (Tris Acetate EDTA). Total volume sampel yang akan
dielektroforesis adalah 10 µL, yaitu isolat DNA sebanyak 6 µL dicampur
dengan 3 µL loading bufer dan 1 µL akuades steril. DNA standar dibuat
dengan mencampurkan 3 µL DNA ladder dengan 0,6 µL dye. Gel agarosa
hasil elektroforesis direndam dalam larutan etidium bromida dan diamati
dengan bantuan sinar UV menggunakan UV transilluminator.
B. Amplifikasi PCR
Amplifikasi PCR daerah ITS-1 dan ITS-2 rDNA dilakukan menggunakan
pasangan primer ITS4 dan ITS5 dengan suhu annealing 45ºC. Total volume
untuk amplifikasi PCR adalah 50 µL, terdiri atas isolat DNA sebanyak 3
µL, primer ITS4 dan ITS5 masing-masing 10 µL, dNTP 2 mM sebanyak 5
µL, Gotec Colourless sebanyak 5 µL, MgCl2 sebanyak 3 µL, akuades steril
sebanyak 8,75 µL dan Taq DNA polimerase sebanyak 0,25 µL. Reaksi
amplifikasi berlangsung dalam 3 tahap untuk setiap siklus. Reaksi diawali
dengan hot start pada suhu 950C selama 5 menit. Tahap pertama adalah
proses denaturasi pada suhu 94°C selama 1,5 menit. Tahap kedua adalah
proses annealing pada suhu 450C selama 1 menit. Tahap ketiga adalah
pemanjangan rantai DNA pada suhu 72°C selama 3 menit. Dalam
penelitian ini, amplifikasi PCR berlangsung sebanyak 35 siklus. Hasil
amplifikasi PCR dianalisis menggunakan elektroforesis gel agarosa 1,2 %
yang direndam dalam larutan etidium bromida dan pita-pita DNA diamati
dengan bantuan sinar UV menggunakan UV Transilluminator
Hasil yang di dapatkan A. Isolasi DNA
Keberhasilan isolasi DNA diketahui melalui elektroforesis gel agarosa. Gel
agarosa dibawah sinar UV akan memperlihatkan adanya pita-pita DNA
yang menandakan bahwa DNA telah berhasil diisolasi. Berdasarkan
Gambar 1 diketahui bahwa DNA fungi endofit LBKURCC69 telah berhasil
diisolasi dari miselia berumur 4 hari. Isolasi DNA merupakan tahap awal
dalam identifikasi molekuler. Keberhasilan isolasi DNA sangat
mempengaruhi kualitas DNA yang diperoleh. Pada Gambar 1 dapat dilihat
bahwa terdapat pita DNA pada gel elektroforesis. Pita DNA hasil isolasi
yang diperoleh tidak berupa pita tunggal, melainkan berbentuk noda
memanjang. Pita DNA yang berbentuk noda memanjang pada gel
elektroforesis ini disebut smear. Hal ini kemungkinan besar disebabkan
karena polisakarida yang dihasilkan oleh fungi tersebut ikut terekstraksi
saat isolasi DNA dilakukan.
B. Amplifikasi PCR
Isolat DNA fungi endofit LBKURCC69 berhasil diamplifikasi pada daerah
ITS-1 dan ITS-2 rDNA menggunakan pasangan primer ITS4 dan ITS5 pada
suhu annealing 45°C. Keberhasilan amplifikasi diketahui dengan adanya
pita-pita DNA pada gel agarosa setelah dilakukan elektroforesis. Fragmen
DNA yang diperoleh dari hasil isolasi memiliki berat molekul yang lebih
besar dibandingkan fragmen DNA hasil amplifikasi. Hal ini dikarenakan
bagian DNA yang diisolasi adalah DNA kromosomal yang berukuran besar,
sedangkan bagian DNA yang diamplifikasi adalah daerah ITS rDNA yang
ukurannya relatif lebih kecil. Pasangan primer ITS4 dan ITS5 dapat
digunakan untuk mengamplifikasi DNA pada daerah ITS-1 dan ITS-2
 rDNA dengan berat molekul berkisar antara 563-602 pb. Hal ini sesuai
dengan hasil amplifikasi yang diperoleh, yaitu berat molekul DNA hasil
amplifikasi PCR adalah sebesar 537 pb. Pada Gambar 2 terlihat pita DNA
yang diperoleh berupa pita tunggal. Hal ini menandakan bahwa DNA hasil
amplifikasi sudah cukup murni.
mempunyai ukuran sangat kecil dan ringan mudah menyebar di udara
sehingga mempunyai peran yang sangat besar dalam mencemari pakan
ternak. Spora Aspergillus Spp dapat masuk ke dalam tubuh unggas secara
perinhalasi, spora masuk ke dalam tubuh selanjutnya terbawa aliran darah
sehingga menyebabkan kerusakan pada berbagai organ terutama paru-paru.

BAB III
PENUTUP
Kesimpulan
Hasil analisis kualitas dan kuantitas DNA pada setiap metode disajikan pada Tabel 1.
Pengukuran rasio absorbansi pada 260 dan 280 nm (A260/A280) digunakan sebagai penduga
kemurnian atau kualitas DNA. Kualitas DNA hasil isolasi metode P1 berada nilai 1.4 (duplo). Nilai
ini dibawah standar purifikasi yaitu lebih besar dari 1.5 dan idealnya berada pada kisaran
Metode P2 dan P3 memiliki kualitas yang cukup baik, karena berada di kisaran 1.8 (Moore
et al., 2004; Green dan Sambrook, 2018). Hasil uji kualitatif yang tertinggi diperoleh dari metode P2,
dengan konsentrasi DNA total sampel 305 ng/μL.

Saran
Dari jurnal bisa dilihat bahwa hasil analisis pengukuran rasio absorbansi kualitas DNA
dimasing masinh metode yang berbeda menghasilkan kualitas yang berbeda juga, namun kurang
diberitahukan bagaimana kelemahan dari metode yang digunakan pada hasil pembahasan jurnal
tersebut. Sehingga pembaca hanya melihat kelebihan dari metode nya saja tanpa tau kekurangan dari
metode penelitian yang digunakan
 DAFTAR PUSTAKA

Donastin. A, Koentjoro. M.P, Hidayat M.T, Nugroho . E. 2022 .Perbandingan Tiga Metode Isolasi
DNA Asperigilus niger Comparison of Three DNA Isolation Methods of Aspergillus Niger.
Journal of Biological Sciences. 9(1): 69-78
Praja. N. R., Yudhana. A. 2017. Isolasi dan Identifikasi Aspergillus Spp Pada Paru-Paru Ayam
Kampung Yang Dijual Di Pasar Banyuwangi. Jurnal Medik Veteriner. 1(1): 6-11