LAPORAN RESMI PRAKTIKUM

MIKROBIOLOGI
(Isolasi DNA)

Disusun Oleh:
Nama :Mohammad Reza Palevi
NIM :K4321053
Kelas :B
Kelompok :2/Bagus Nur Wibisono

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN BIOLOGI

FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN
UNIVERSITAS SEBELAS MARET
SURAKARTA
2022
 Laporan Resmi Praktikum
Mikrobiologi

I. JUDUL : Isolasi DNA

II. TUJUAN : Mahasiswa dapat melakukan isolasi DNA kromosom pada bakteri

III. LANGKAH KERJA

1. Setelah menumbuhkan dan menyiapkan bakteri Bacillus subtilis dan
Staphylococcus aureus, selanjutnya mengambil 1 ml suspense bakteri yang akan
dimasukan dalam tabung mikro.
2. Selanjutnya memutarnya dalam alat sentrifuge selama 1 menit. Kemudian
membuang supernatanya, mengisinya dengan suspensi sel dan diputar sekali lagi.
3. Mensuspensikan pellet sel 565 μL TE lalu mengocoknya dengan sempurna
4. Menambahkan 30 μL 10% SDS dan 3 μL proteinase K, kemudian
mencampurkannya dengan membolak balikkan tabung dan menginkubasinya
selama 1 jam di suhu 37°C (suhu optimal proteinase K bekerja).
5. Menambahkan 0,7 mL (700μL) larutan kombinasi Fenol : Kloroform :
Isoamilalkohol (25:24:1) kemudian mencampurkannya hingga muncul emulsi dan
memutarnya dalam alat sentrifuge selama 5 menit.
6. Memindahkan supernata menggunakan mikropipet (pipet Pasteur), kemudian
menambahkannya dengan 0,6 volume isopropanol untuk mengendapkan DNA.
Bolak balik perlahan sampai terbentuk benang-benang putih.
7. Memutarnya dalam sentrifuge selama 10 menit
8. Membuang supernatant dan menambahkannya dengan 1 mL etanol 70% dingin.
Kemudian memutarnya dalam sentrifuge mikro selama 3 menit.
9. Membuang supernatant dan keringkan tabung dengan tissue yang bersih,
mengeringkannya di suhu ruang selama 3 hingga 4 jam.
10. Menambahkan 10 μL 1xTE. DNA harus benar-benar larut sebelum
melanjutkannya ke Langkah berikutnya. Meletakkannya dalam kulkas semalaman
untuk menyempurnakan pelarutan DNA
11. Mengamati hasil DNA yang telah di isolasi pagi harinya, apakah DNA pada
pellet larut atau tidak.
IV. PENGERTIAN ISOLASI DNA
Isolasi DNA/RNA merupakan langkah awal yang harus dikerjakan dalam rekayasa
genetika sebelum melangkah ke proses selanjutnya. Prinsip dasar isolasi total
DNA/RNA dari jaringan adalah dengan memecah dan mengekstraksi jaringan
tersebut sehingga akan terbentuk ekstrak sel yang terdiri atas sel-sel jaringan, DNA,
dan RNA. Kemudian ekstrak sel dipuri-fikasi sehingga dihasilkan pelet sel yang
mengandung DNA/RNA total. Prinsip-prinsip isolasi DNA plasmid hampir sama
dengan isolasi total DNA/RNA dari jaringan (Faatih, 2009).
Salah satu fungsi adanya isolasi DNA adalah untuk digunakan dalam analisis untuk
mengetahui keanekaragaman genetik. Selain itu dengan isolasi DNA dapat dibuat
pebandingan untuk polimorfisme DNA yang dapat mengetahui keanekaragaman
genetik pada suatu organisme (Riyantini, Mulyati, & Agung, 2014).

V. MACAM-MACAM TEKNIK ISOLASI DNA

Beberapa teknik isolasi DNA yang digunakan dalam berbagai keperluan diantaranya
dengan menggunakan metode CTAB/NaCl, metode SDS, dan metode fenol
kloroform. Seirirng berkembangnya teknologi membuat metode pengisolasian DNA
juga berubah. DNA dapat diisolasi menggunakan kit dari berbagai merek dan brand,
seperti QIAamp DNA Mini Kit (Qiagen) (Fitriya, 2015).
Beberapa teknik lain yang dapat digunakan dalam mengisolasi DNA adalah dengan
menggunakan reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR),
quantitative RT-PCR (RT-qPCR), complementary DNA (cDNA) library
construction, Northern blotting dan RNA sequencing (.
Karena proses isolasi DNA yang dikenal lama dan memakan banyaks waktu ketika
melakukakannya, salah satu cara lain untuk menghemat waktu yang digunakan
adalah dengan menggunakan MagNA Pure 96 Instrument seperti yang dikutip dari
Kalmár, A. et al. (2015).

VI. FUNGSI LARUTAN KIMIA

SDS
SDS atau Sodium Dodecil Sulphate merupakan deterjen kationik yang mampu
melarutkan komponen lipid dan merusak struktur sekunder dan tersier yang terdapat
dalam membran sel sehingga merusak struktur memban sel (Hidayat, 2015).
 TE
Buffer TE tris electrophoresis berfungsi untuk melarutkan DNA yang dihasilkan
dan menjaga DNA agar tidak mudah rusak. Dalam buffer TE mengandung EDTA
atau Ethylene Diamine Tetra Acid yang berfungsi sebagai senyawa pengkelat yang
mengikat ion Magnesium, yaitu kofaktor yang diperlukan untuk altivtas berbagai
enzim nuclease (Siti, 2017)
Proteinase K
Dipakai sebagai reagen pelisis supayaomponen DNA dalam sitoplasma sel bisa
keluar dan diisolasi (Faatih, 2009).
Fenol, Kloroform, isoamilalkohol
Untuk mengendapkan komponen protein lain yang tidak dikehendaki (Faatih, 2009).
Menurut Hariyadi, S. et al. (2018) ketiga zat tersebut digunakan untuk
memprespitasi protein dan lipid.
Etanol 70%
Etanol marupakan bahan pencuci hasil isolasi (Faatih, 2009; Hariyadi, S, et al.,
2018).

VII. PEMBAHASAN

GAMBAR KETERANGAN

Memasukkan suspensi bakteri Bascillus subtilis dan

Staphylococcus Aureus dalam tabung mikro sebanyak 1 ml

Diputar dalam sentrifuge selama satu menit kemudian

ditambahkan suspensi bakteri kembali.
Mensuspensikan TE pada pellet sebanyak 565 μl dan
mengocoknya hingga sempurna

Menambahkan 30 μL 10% SDS dan 3 μL proteinase K,

kemudian mencampurkannya dengan membolak balikkan
tabung dan menginkubasinya selama 1 jam di suhu 37°C
Menambahkan 0,7 mL (700μL) larutan kombinasi
Fenol : Kloroform : Isoamilalkohol (25:24:1) kemudian
mencampurkannya hingga muncul emulsi dan
memutarnya dalam alat sentrifuge selama 5 menit.

Memindahkan supernata menggunakan mikropipet (pipet

Pasteur), kemudian menambahkannya dengan 0,6 volume
isopropanol untuk mengendapkan DNA. Bolak balik
perlahan sampai terbentuk benang-benang putih.

Memutarnya dalam sentrifuge selama 10 menit.

Membuang supernatant dan menambahkannya dengan 1
mL etanol 70% dingin. Kemudian memutarnya dalam
sentrifuge mikro selama 3 menit.

Membuang supernatant dan keringkan tabung dengan tissue

yang bersih, mengeringkannya di suhu ruang selama 3
hingga 4 jam.

Menambahkan 10 μL 1xTE. DNA harus benar-benar larut

sebelum melanjutkannya ke Langkah berikutnya.
Meletakkannya dalam kulkas semalaman untuk
menyempurnakan pelarutan DNA.
 Mengamati hasil pengisolasian pada kesokan harinya.

VIII. FAKTOR PENYEBAB KEGAGALAN ISOLASI DNA

Setelah penambahan isopropanol, masih terdapat benang-benang putih tetapi setelah
memasuki tahap terakhir (mendiamkan selama semalam setelah diberi larutan buffer
1xTE), benang-benang yang telah terbentuk menghilang dan terbentuk gumpalan
dibawah tube. Kegagalan dapat disebabkan beberapa hal, pertama saat pengeringan
pellet, pellet malah terlalu kering dan menyebabkan DNA tidak dapat larut. larutan
Fenol : Kloroform : Isoamilalkohol (25:24:1) tidak tercampur sempurna saat
pencampuran.

IX. KESIMPULAN
Isolasi DNA adalah langkah awal untuk memulai rekayasa genetik dan dilakukan
dengan memecah jaringan spesimen dan mengekstrak DNA atau RNA dari jaringan
tersebut. Salah satu manfaat dari adanya isolasi jaringan adalah pemanfaatannya
dalam mengidentifikasi keanekaragaman genetik. Pada praktikum isolasi DNA,
larutan yang digunakan meliputi TE, SDS, Fenol, isoamilalkohol, kloroform, dan
proteinase K. Hasil yang didapat adalah benang-benang DNA yang seharusnya
muncul tidak terlihat dan hanya membenuk endapan di dasar tube. Ini dapat
disebabkan karena pellet yang terlalu kering atau campuran fenol, kloroform, dan
isoamilalkokhol yang tidak tercampur secara sempurna.
X. DAFTAR PUSTAKA
Faatih, M. (2009). Isolasi dan digesti DNA kromosom.
Fitriya, R. T., Ibrahim, M., & Lisdiana, L. (2015). Keefektifan metode isolasi DNA
kit dan CTAB/NaCl yang dimodifikasi pada Staphylococcus aureus dan
Shigella dysentriae. LenteraBio, 4(1), 87-92.
Hariyadi, S., Narulita, E., & Rais, M. A. (2018, October). Perbandingan Metode Lisis
Jaringan Hewan dalam Proses Isolasi DNA Genom pada Organ Liver Tikus
Putih (Rattus novergicus). In Proceeding Biology Education Conference (Vol.
15, No. 1, pp. 689-692).
Hidayat, R. (2015). Perbandingan metode kit komersial dan SDS untuk isolasi DNA
babi dan DNA sapi dari simulasi cangkang kapsul keras untuk deteksi
kehalalan menggunakan real-time PCR (Polymerase Chain Reaction).
Kalmár, A., Péterfia, B., Wichmann, B., Patai, Á. V., Barták, B. K., Nagy, Z. B., ... &
Molnár, B. (2015). Comparison of automated and manual DNA isolation
methods for DNA methylation analysis of biopsy, fresh frozen, and formalin-
fixed, paraffin-embedded colorectal cancer samples. Journal of laboratory
automation, 20(6), 642-651.
Ouyang, K., Li, J., Huang, H., Que, Q., Li, P., & Chen, X. (2014). A simple method
for RNA isolation from various tissues of the tree Neolamarckia
cadamba. Biotechnology & Biotechnological Equipment, 28(6), 1008-1013.
Riyantini, I., Mulyani, Y., & Agung, M. U. K. (2014). Hubungan Filogenetik
Molekuler Beberapa Jenis Mangrove di Pulau Penjarangan, Ujung Kulon,
Provinsi Banten. Jurnal Akuatika, 5(1).
SITI ZAINATUN W, Z. E. Z. E. N. (2017). ISOLASI DNA. MATA KULIAH.

XI. LAMPIRAN
1. Tangkapan layar abstrak jurnal
2. Dokumentasi kegiatan
XII. LEMBAR PENGESAHAN

Surakarta, 3 Desember 2022

Asisten Praktikum Praktikan

(Bagus Nur Wibisono) (Mohammad Reza Palevi)

NIM. K43190 NIM. K4321053