BLOK 2 : ILMU BIOMEDIK DASAR 1 (MAC 103)

LAPORAN BIOLOGI
PRAKTIKUM BIOMOLEKULER

Kelompok Biologi 1:

Arvin Praditya (2016-060-004) Kevin Revana (2016-060-086)

Jonathan Ryan Gondokusumo (2016-060-011)
Farren Oktavia Suhardi (2016-060-024)
Micheline (2016-060-039)
Christa Adelia Suvianto (2016-060-056)
Vicky Sagita Hanka (2016-060-058)
Fransiska Eka Putri (2016-060-073)
Mikhael (2016-0-090)
James (2016-060-100)
Thania Vinsalia (2016-060-116)
Christin Fionita Suhardi (2016-060-123)
Rahmaditya Adinegoro (2016-060-131)

Dosen Pembimbing : Dra. Ana Lucia Ekowati, M.Kes

FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS KATOLIK INDONESIA ATMA JAYA
JAKARTA
2016
 KATA PENGANTAR

Puji syukur penulis panjatkan ke hadirat Tuhan Yang Maha Esa atas berkat dan
rahmatNya penulis dapat menyelesaikan laporan biologi pertama penulis di Blok Ilmu Biomedis
Dasar 1 ini.
Selama pengerjaan dan penyelesaian laporan ini, penulis telah banyak mendapat bantuan,
bimbingan dan saran dari berbagai pihak, baik secara langsung maupun tidak langsung. Untuk
itu, dengan segala kerendahan hati, penulis ingin mengucapkan terima kasih kepada semua pihak
yang turut membantu, terutama kepada Dr. dr. Soegianto Ali, M.Med.Sc selaku dekan Fakultas
Kedokteran Unika Atma Jaya, dra. Ana Lucia Ekowati, M.Kes, selaku ketua Blok Ilmu
Biomedik Dasar 1 dan dosen pembimbing praktikum penulis yang telah membantu kelancaran
penulisan laporan ini.
Penulis menyadari bahwa laporan Biologi ini masih jauh dari kata sempurna. Oleh karena
itu, penulis memohon maaf bila ada kesalahan dalam penulisan laporan ini. Besar harapan
penulis agar laporan ini dapat bermanfaat bagi semua pihak yang membutuhkan.
Pada akhirnya, penulis mengharapkan saran dan pendapat dari pembimbing, dosen
maupun orang-orang yang ahli di bidangnya mengenai penulisan dan isi laporan agar laporan ini
dapat menjadi lebih baik.

Jakarta, 06 Oktober 2016

Kelompok Biologi I

i
 DAFTAR ISI

Kata Pengantar .................................................................................... i

Daftar Isi .................................................................................... ii
BAB I. PENDAHULUAN .................................................................................... 1
1.1. Tujuan Percobaan .................................................................................... 1
1.2. Manfaat Percobaan .................................................................................... 1
BAB II. TINJAUAN PUSTAKA .................................................................................... 2
2.1. Dasar Teori .................................................................................... 2
BAB III. METODE PERCOBAAN .................................................................................... 4
3.1. Alat dan Bahan .................................................................................... 4
3.2. Cara Kerja .................................................................................... 5
BAB IV. HASIL PENGAMATAN .................................................................................... 7
4.1. Pembahasan .................................................................................... 7
BAB V. PENUTUP .................................................................................... 9
5.1. Kesimpulan .................................................................................... 9
5.2. Saran .................................................................................... 9
LAMPIRAN .................................................................................... 10
DAFTAR PUSTAKA .................................................................................... 12

ii
 BAB I
PENDAHULUAN

1.1. Tujuan Percobaan

Melatih dan memperkenalkan kepada mahasiswa mengenai prinsip dasar isolasi DNA,
RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism), DNA fingerprinting serta elektroforesis
melalui praktikum.

1.2. Manfaat Percobaan

Mahasiswa dapat melakukan tahapan dan mengerti prinsip dasar dari isolasi DNA, RFLP
(Restriction Fragment Length Polymorphism), DNA fingerprinting serta elektroforesis.

1
 BAB II
TINJAUAN PUSTAKA

2.1. Dasar teori

Pada dasarnya, sel-sel mengandung dua molekul penting yang tersusun dari asam nukleat
yaitu DNA dan RNA. DNA biasa ditemukan di dalam nukleus dan mitokondria sedangkan RNA
dapat ditemukan pada nukleus, sitoplasma, dan juga ribosom. Kedua molekul tersebut memiliki
peran yang sangat penting dalam makhluk hidup karena keduanya berperan dalam proses
transkripsi dan translasi protein yang dibutuhkan sebagian besar sel tubuh. Berdasarkan Watson
dan Cricks, DNA memiliki struktur double helix yang tersusun oleh nukleotida-nukleotida yang
dihubungkan satu sama lain melalui ikatan fosfodiester, juga ikatan hidrogen antara pasang basa
nitrogen (timin, sitosin, guanin, dan adenin). DNA berfungsi sebagai blueprint dalam proses
transkripsi dan juga sebagai pembawa hereditas suatu organisme.
Ekstraksi DNA yang berasal dari sampel biologis merupakan langkah awal yang penting
dalam melakukan berbagai teknik biologi molekuler, misalnya seperti PCR, analisis enzim
restriksi, deteksi adanya mutasi, dan lain - lain. Ekstrasi DNA juga sangat penting dalam
mengamati abnormalitas genetik penelitian epigenetik, dan pemeriksaan untuk tujuan diagnostik
dan pencegahan lainnya. DNA pada organisme tingkat tinggi seperti manusia, hewan, dan
tumbuhan terdapat di dalam inti sel, dan beberapa organ lain di dalam sel seperti mitokondria
dan kloroplas. DNA yang terdapat di dalam inti sel disebut DNA Genom Inti (Nuclear DNA
Genome), sedangkan DNA yang terdapat di mitokondria disebut DNA Genom Mitokondria
(Mitochondrial DNA Genome).
Terdapat berbagai macam cara untuk mengisolasi DNA dari suatu organisme eukariota.
Pada umumnya metode tersebut bertujuan untuk menghancurkan protein dan memisahkan DNA
dari bagian - bagian sel lainnya. DNA yang sudah dipisahkan ini kemudian dapat
dikonsentrasikan dengan memakai metode presipitasi alkohol. Cara mengisolasi DNA dapat
dilakukan dengan mencernakan protein memakai proteinase, atau mengikat DNA dengan
Sephadex. Kelompok penulis akan mengisolasi DNA dengan menggunakan proteinase untuk
mencernakan protein.
Pada praktikum kali ini, telah digunakan alat isolasi DNA yang komersial. Prinsip dari
kit ini sama dengan metode column, yaitu dengan mengikat DNA yang terdapat dalam sel
kepada suatu filter (high pure filter) yang kemudian akan dicuci untuk membersihkan sampel
dari kontaminan seperti protein atau glikolipid. Secara singkat, sel akan dilisis menggunakan
proteinase K dan binding buffer kemudian akan disentrifugasi. Lalu DNA dalam sel akan dicuci
menggunakan inhibitor removal buffer di dalam high pure filter. Setelah itu DNA akan dicuci
kembali dua kali menggunakan wash buffer, sentrifugasi juga dilakukan untuk setiap pencucian
pada langkah kedua ini. Lalu yang terakhir, DNA akan dikeluarkan dengan menggunakan elution

2
buffer. Setelah melakukan tahapan isolasi DNA, akan dihasilkan template DNA murni yang akan
digunakan untuk kegiatan selanjutnya.
PCR atau polymerase chain reaction adalah suatu teknik amplifikasi dan sintesis DNA
yang ditemukan oleh Karry Mullis pada awal tahun 1980. Terdapat tiga proses penting dalam
PCR yang membutuhkan temperatur yang bervariasi untuk masing-masing proses, ketiga proses
tersebut adalah denaturation, annealing, serta elongation/ extension. Karena kebutuhan
temperatur yang beragam ini, maka PCR biasanya dilakukan pada mesin bernama thermocycler
yang bisa mengatur suhu secara otomatis. Selain alat-alatnya yang cukup mahal, PCR juga
membutuhkan berbagai hal lainnya seperti enzim taq DNA polymerase yang diperoleh dari
Thermus aquaticus, buffer Tris-HCl,dan juga primer-primer yang berfungsi untuk memulai
replikasi DNA di dalam tabung PCR, serta. Dewasa ini, telah terdapat beberapa tipe PCR yang
sedikit berbeda-beda, seperti misalnya hot-start PCR, RT-PCR, nested-PCR, multiplex PCR,
real-time PCR, dan lain-lain. Fungsi utama dari PCR adalah untuk memperbanyak DNA yang
kemudian bisa digunakan untuk proses elektroforesis dalam menentukan berbagai perkara
hukum seperti crime scene investigation dan tes maternalistik/paternalistik, atau juga bisa untuk
riset dan diagnosis suatu penyakit genetik.
Selain PCR, terdapat juga proses yang cukup penting dalam DNA fingerprinting yaitu
elektroforesis. Elektroforesis digunakan untuk memisahkan fragmen-fragmen DNA dan juga
dalam memvisualisasikan DNA. Visualisasi DNA dapat dilakukan dengan meletakan Fragmen
DNA ke dalam gel agarose yang diletakan pada larutan buffer cair konduktif. Pada kedua ujung
dialirkan dengan arus searah sehingga fragmen DNA yang bermuatan negatif akan berpindah ke
kutub positif. Fragmen DNA divisualisasi dengan memberi warna pada gel agarose yang
biasanya diwarnai dengan cat biru karena zat tersebut memiliki afinitas yang tinggi terhadap
DNA dan juga dapat berikatan kuat dengan fragmennya. Hal ini membuat DNA dapat dilihat.

3
 BAB III
METODE PERCOBAAN

3.1. Alat dan Bahan

Alat dan Bahan Isolasi DNA
Alat : Bahan :
1. Pipettor atau pipet presisi 1. Sampel Leukosit
2. Tip putih, kuning, dan biru 2. Binding buffer
3. Vortex 3. Proteinase K
4. Waterbath 4. High Pure Filter
5. Centrifuge 5. Inhibitor Removal Buffer
6. Alat amplifikasi (PCR) 6. Wash Buffer
7. Eppendorf 7. Elution Buffer
8. Collection tube
Alat dan Bahan Elektroforesis
Alat : Bahan :
1. Pipettor atau pipet presisi 1.Buffer elektroforesis (TAE)
2. Power supply 2.Gel agarose
3. Elektroforesis 3.Sample DNA
4. Tip putih, biru, kuning

Alat dan Bahan RFLP dan DNA Finger Printing

Alat : Bahan :
1. Pipettor atau pipet presisi. 1. Sampel DNA: Crime Scene (CS),
2. Tip berwarna kuning (20-200µL) Suspect 1 (S1), Suspect 2 (S2),
3. Waterbath Suspect 3 (S3), Suspect 4 (S4),
4. Microtube Suspect 5 (S5).
2. Sampel DNA murni atau stock DNA.
3. ENZ (Enzyme mix)
4. BSA
5. Buffer Solution
6. dd H20
7. BSU36I

4
3.2. Cara Kerja
1. Cara Kerja Isolasi DNA
1. Menggunakan alat perlindungan diri.
2. Mempersiapkan alat dan bahan.
3. Alas hijau dibuka dan diletakan di meja kerja.
4. Pipettor dibersihkan dengan menggunakan alkohol spray.
5. Sampel disiapkan dan ditambahkan 200 µL Binding Buffer dan 40 µl proteinase K ke
dalam sampel dengan pipettor dan tip berwarna kuning.
6. Bahan diaduk dengan menggunakan vortex untuk menimbulkan agitasi yang
mengakibatkan cairan tercampur.
7. Sampel diinkubasi selama 10 menit pada suhu 72℃.
8. Sampel ditambahkan 100 µL Isopropanol, kemudian bahan diaduk dengan vortex.
9. Masukkan high pure filter ke dalam collection tube.
10. Memindahkan campuran sampel dengan bahan ke dalam high pure filter.
11. Sampel disentrifugasi selama 1 menit dengan kecepatan 8000x g.
12. Cairan dan tabung penampung dibuang dari high pure filter dan diganti dengan yang
baru.
13. Tambahkan 500 µL Inhibitor Removal Buffer pada high pure filter.
14. Bahan diaduk dengan menggunakan vortex untuk menimbulkan agitasi yang
mengakibatkan cairan tercampur.
15. Sentrifugasi selama 1 menit dengan kecepatan 8000x g.
16. Membuang cairan yang ada di dalam collection tube dan diganti dengan yang baru.
17. Tambahkan wash buffer sebanyak 500 µL.
18. Sentrifugasi selama 1 menit dengan kecepatan 8000x g.
19. Membuang cairan dan tabung penampung dari high pure filter dan diganti dengan
dengan yang baru.
20. Tambahkan wash buffer sebanyak 500 µL.
21. Sentrifugasi selama 1 menit dengan kecepatan 8000x g.
22. Membuang cairan dan tabung penampung dari high pure filter dan diganti dengan
dengan yang baru.
23. Sentrifugasi selama 1 menit dengan kecepatan 800x g.
24. Membuang tabung penampung dan mengganti dengan tabung yang baru dan
menambahkan 200 µL elution buffer.
25. Sentrifugasi selama 10 menit dengan kecepatan 13.000x g.
26. Pemurnian Template DNA.

5
2. Cara kerja Test DNA Finger Printing :
1. Tersedia enam buah microtube dengan berbagai jenis warna yang telah diberi label sebagai
berikut:
● CS (crime scene) : hijau
● S1 (suspect 1) : biru
● S2 (suspect 2) : oranye
● S3 (suspect 3) : ungu
● S4 (suspect 4) : merah
● S5 (suspect 5) : kuning
2. Menambahkan enzim restriksi (pada tabung putih ke dalam microtube CS).
3. Melakukan pemipetan berulang agar larutan tercampur dengan baik.
4. Melakukan hal yang sama pada tabung S1 sampai dengan S5.
5. Pada setiap pemipetan tip yang digunakan harus diganti.
6. Kemudian menginkubasi microtube dengan meletakan pada rak.
7. Menaruhkan microtube yang terdapat di atas rak pada waterbath 37℃ selama 1,5 jam.

3. Tahapan pada Elektroforesis

Pembuatan Gel Agarose

1. Bubuk agarose dilarutkan pada Buffer TAE.
2. Campuran tersebut dilarutkan dengan cara dipanaskan.
3. Setelah semua terlarut kemudian didiamkan pada suhu ±50°C.
4. Gel Comb dipasang pada tangki elektroforesis.
5. Larutan agarose dituangkan pada tangki elektroforesis dan didinginkan hingga
mengeras.
6. Setelah gel tersebut mengeras, gel comb dapat diambil dan gel agarose siap untuk
digunakan.
Elektroforesis
1. Gel Agarose direndam dengan Buffer TAE.
2. Loading dye (LD) dicampur dengan produk DNA pada parafilm yang telah
tersedia dengan bantuan pipetor.
3. Campuran tersebut dituangkan ke sumur/well pada gel agarose.
4. Sedangkan untuk DNA marker dituangkan pada sumur/well yang berada pada
paling tepi atas dan bawah.
5. Tangki elektroforesis kemudian ditutup dan dihubungkan ke power supply.
6. Power Supply dinyalakan

6
 BAB IV
HASIL PENGAMATAN

4.1. Pembahasan

Hasil pengamatan dan pembahasan

Pada tahap isolasi DNA, setiap kali dilakukan sentrifugasi, dapat dilihat bahwa adanya
cairan yang turun ke tabung penampung. Hal itu dapat terjadi karena adanya buffer - buffer dan
enzim proteinase yang ditambahkan ke dalam DNA dengan tujuan untuk mendapatkan template
DNA yang murni dan bersih dari kontaminan, seperti glikolipid atau protein.
Saat tahap elektroforesis, DNA kemudian dimasukkan ke dalam gel agarose. Beberapa
menit kemudian terjadi pergerakan dari katoda ke anoda. Hal ini dikarenakan DNA bermuatan
negatif sehingga DNA akan bergerak ke kutub positif, yaitu ke kutub anoda.
Pada hasil visualisasi PCR, penulis mendapatkan suatu garis yang cukup tebal pada 300
BP untuk sampel nomor 021 dan 025 sehingga penulis berpendapat bahwa terdapat cukup
banyak potongan DNA dengan 300 BP pada kedua sampel tersebut. Lalu berdasarkan
pengamatan penulis, didapati bahwa garis pada sampel 025 lebih tebal dan terang daripada
sampel 021 yang mungkin disebabkan oleh jumlah sampel yang lebih banyak pada 025,
sementara untuk sampel 050 penulis tidak dapat menemukan garis apapun dan sampel nomor
050 ini juga tidak dapat dibaca di dalam tahap lainnya, yaitu pada visualisasi RFLP.
Hasil yang penulis dapat pada RFLP dan PCR, sampel nomor 021 dan 025 dapat terlihat
di hasil yang ada, sedangkan tidak ada di sampel nomor 050. Sampel nomor 021 dan 025
bergerak dari katoda ke anoda dengan kondisi running elektroforesis sebesar 110 V, 80 mA,
selama 1.5 jam. Berdasarkan hasil elektroforesis, penulis mendapatkan bahwa sampel nomor 021
dan 025 memiliki potongan DNA yang sama pada 200 BP namun garis yang dihasilkan oleh
sampel nomor 025 cenderung lebih terang dibandingkan dengan garis pada sampel nomor 021,
hal ini mungkin disebabkan oleh jumlah potongan DNA dari sampel nomor 025 yang lebih
banyak pada 200 BP. Selain itu, kedua sampel (021 dan 025) juga memiliki suatu perbedaan
yang terletak pada garis di 300 BP, hal ini dapat dibuktikan oleh garis tipis yang hanya terdapat
pada sampel 021 di 300 BP
Seperti yang telah disebut, sampel nomor 050 tidak terbaca oleh mesin visualisasi DNA.
Hal ini dapat terjadi karena beberapa faktor, yaitu terjadinya kontaminasi, kesalahan dalam
langkah mengisolasi DNA (binding buffer kurang, sentrifugasi yang tidak benar, pipetting yang
tidak benar, dan sebagainya) dan saat melakukan elektroforesis, serta adanya kesalahan prosedur
dalam melakukan visualisasi DNA..
Kemudian pada percobaan DNA fingerprinting, kita mencari kecocokan sampel-sampel
yang ada dengan DNA dari crime scene. Berdasarkan hasil percobaan, kemungkinan terbesar S3
adalah DNA dari Crime Scene dilihat dari gambar yang penulis dapatkan. Hal ini dikarenakan
sample DNA crime scene (CS) atau DNA pelaku memiliki pola yang sama dengan S3. Kedua

7
DNA, CS dan S3, memiliki potongan DNA yang ditunjukan dengan garis yang cukup terang
pada gel agarose pada sekitar 3000 BP dan keduanya juga memiliki potongan DNA yang
ditunjukan dengan sebuah garis tipis pada potongan 800 BP. Sementara sampel lain (
S1,S2,S4,dan S5) tidak memiliki kedua garis pada kedua BP yang dimiliki oleh DNA CS, yaitu
800 BP dan 3000 BP.

8
 BAB V
PENUTUP

5.1. Kesimpulan
Jadi, kesimpulannya adalah DNA sangat berperan penting dalam kehidupan manusia.
Ditemukannya metode untuk menganalisis DNA sangat bermanfaat untuk dunia medis dan
forensik. Salah satu aplikasinya di dunia nyata adalah untuk memecahkan kasus pemerkosaan
dan pembunuhan. Metode dalam menganalisis DNA yang dipakai pada praktikum ini ada tiga,
yaitu isolasi DNA, RFLP atau test DNA fingerprinting,PCR, dan Elektroforesis. Setelah itu,
Hasilnya akan dibaca setelah elektroforesis.
Hasil yang dapat kami simpulkan pada percobaan ini :
● Pada Test DNA fingerprinting, DNA suspect yang cocok dengan DNA yang ada di
Crime Scene adalah DNA S3 (Suspect no.3)
● Pada Test RFLP, sampel 025 memiliki potongan DNA pada 200 BP dan sampel 021
memiliki potongan DNA pada 200 BP dan 300 BP sementara sampel 050 gagal
● Pada Test visualisasi PCR kedua sampel (021 dan 025) memiliki potongan DNA pada
300 BP sementara sampel 050 gagal
5.2. Saran
Para mahasiswa yang akan melakukan praktikum sebaiknya didampingi oleh dosen
ataupun asisten dosen agar dapat bekerja sesuai prosedur dan tidak terjadi kecelakaan kerja.
Sebelum melakukan percobaan, ada baiknya mahasiswa membaca diktat atau buku penuntun
praktikum terlebih dahulu agar lebih mengerti ketika diberikan informasi lebih lanjut oleh
pembimbing. Selama melakukan percobaan, alat perlindungan diri (jas lab, masker, dan sarung
tangan) harus selalu dikenakan karena materi yang berasal dari tubuh dapat mengganggu hasil
DNA percobaan praktikum, dan beberapa bahan yang digunakan dapat membahayakan tubuh.
Dalam melakukan prosedur praktikum ini, harus diperhatikan dan dijaga kesterilannya. Oleh
karena itu, mendengarkan pembimbing secara seksama dan mengikuti prosedur merupakan hal
yang penting untuk meminimalisir kesalahan yang mungkin terjadi agar tidak terjadi hal - hal
yang tidak diinginkan.

9
LAMPIRAN

Hasil Visualisasi PCR

Kondisi running elektroforesis : 110 V, 80 mA,

1.5 jam
M: marker (100bp)
Sample no. 021, 050, 025

Hasil Visualisasi RFLP

Kondisi running elektroforesis : 110 V, 80 mA,

1.5 jam
M: marker (100bp)
Sample no. 021, 050, 025

10
Hasil Visualisasi DNA Fingerprinting

Kondisi running elektroforesis : 120 V, 100 mA, 2 jam

M: marker (100bp)
CS: DNA Crime Scene S3: DNA Suspect 3
S1: DNA Suspect 1 S4: DNA Suspect 4
S2: DNA Suspect 2 S5: DNA Suspect 5

11
 DAFTAR PUSTAKA

1. “The Francis Crick Papers: The Discovery of the Double Helix, 1951-1953.” Accessed
October4,2016.
https://profiles.nlm.nih.gov/SC/Views/Exhibit/narrative/doublehelix.html.
2. Soegianto A, Fransisca T, Ekowati AL, Wahyuningsih KA. “Buku Penuntun Praktikum
Biologi Kedokteran” Jakarta, 2016.

12