LAPORAN PRAKTIKUM

BIOLOGI MOLEKULER

OLEH:

NAMA : NURUL FATIHA

NIM : 08041281924034
KELOMPOK : VI (ENAM)
ASISTEN : ALI ZAINAL ABIDIN SHAHAB

LABORATORIUM BIOTEKNOLOGI DAN GENETIKA

JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS SRIWIJAYA
2021
Universitas Sriwijaya
 LEMBAR PENGESAHAN
LAPORAN TETAP
BIOLOGI MOLEKULER

OLEH:
NURUL FATIHA
NIM. 08041281924034

Telah diterima dan disetujui sebagai salah satu syarat untuk mengikuti Ujian
Akhir Semester Praktikum Biologi Molekuler

Indralaya, 22 April 2021

Mengetahui,

Asisten,

ALI ZAINAL ABIDIN SHAHAB

NIM. 08041181722104

Dosen Pengampu I Dosen Pengampu II

Dra. Muharni, M.Si Dr. Elisa Nurmawati, M. Si

NIP. 196306031992032001 NIP. 196112121987102001

Dosen Pengampu III

Dr. Laila Hanum, M.Si

NIP. 197308311998022001

Universitas Sriwijaya
Universitas Sriwijaya
 KATA
PENGANTAR

Segala puji dan syukur atas kehadirat Allah SWT. yang telah
melimpahkan rahmat dan hidayah-Nya kepada kita semua. Sehingga penulis dapat
menyelesaikan laporan tetap ini pada tepat waktu dan tanpa kesulitan yang berarti.
Penulis juga sadar masih banyak kekurangan dalan penyusunan Laporan Tetap
Praktikum Biologi Molekuler sebagai syarat untuk mengikuti Ujian Akhir
Semester ini. Walaupun demikian, penulis telah berusaha dengan sangat maksimal
untuk kesempurnaan penyusunan laporan ini.
Pada kesempatan ini, tak lupa penulis ucapkan banyak terima kasih
kepada semua pihak yang telah membantu dalam penyusunan laporan tetap
praktikum ini, terutama kepada dosen pengampu mata kuliah mikrobiologi Dra.
Muharni, M.Si, Dr. Elisa Nurmawati, M.Si, dan ibu Dr. Laila Hanum, M.Si yang
sudah banyak membimbing dan memberikan ilmunya kepada penulis, kakak-
kakak asisten dosen yang telah meluangkan waktunya dan tenaganya untuk
membimbing praktikan selama praktikum, serta seluruh pihak yang telah terlibat
dalam penyusunan laporanini baik secara langsung maupun tak langsung.
Akhir kata, penulis berharap laporan ini dapat bermanfaat bagi
pembaca sehingga dapat membantu proses kegiatan pembelajaran. Maka dari itu,
saran dan kritik yang sifatnya membangun begitu diharapkan oleh penulis demi
kesempurnaan dalam penulisan laporan berikutnya.

Lampung, 22 April 2021

Penulis

Universitas Sriwijaya
Universitas Sriwijaya
 DAFTAR ISI

Lembar Pengesahan ..................................................................................................

Kata Pengantar ..........................................................................................................
Daftar Isi ....................................................................................................................
Pendahluan ................................................................................................................
Materi Praktikum ......................................................................................................
1. Pengenalan Alat dan Bahan ............................................................................
2. Isolasi DNA bakteri, hewan dan tumbuhan ...................................................
3. Pengukuran Konsentrasi DNA Secara Kuantitatif dan Kualitatif .................
4. Polymerase Chain Reaction (PCR) ................................................................
5. Elektroforesis Gel Polyakrilamid..................................................................
Daftar Pustaka ...........................................................................................................
Lampiran ...................................................................................................................
Cover .........................................................................................................................

Universitas Sriwijaya
Universitas Sriwijaya
 PENDAHULUAN

Isolasi DNA merupakan metode dasar yang digunakan dalam penelitian

biologi molekuler. Biomolekul ini diisolasi untuk dianalisis, proses penelitian
selanjutnya, atau untuk tujuan persediaan. Ada dua hal yang terlibat dalam
pemurnian DNA, yaitu isolasi DNA rekombinan seperti plasmid atau bakteriofag
dan isolasi DNA kromosom atau genom dari organisme prokariotik atau eukariotik.
Agar pemurnian asam nukleat ini berhasil ada empat langkah penting yang harus
diperhatikan, yaitu efektif dari gangguan sel atau jaringan; denaturasi kompleks
nukleoprotein; inaktivasi nuklease, misalnya RNAse untuk ekstraksi RNA atau
DNAse untuk ekstraksi DNA; bebas dari kontaminasi biologi dan kimiawi. (Yuniar
et al., 2011).
Pekerjaan dalam laboratorium biasanya sering menggunakan beberapa alat
gelas. Penggunaan alat ini dengan tepat penting untuk diketahui agar pekerjaan
tersebut dapat berjalan dengan baik. Keadaan yang aman dalam suatu laboratorium
dapat kita ciptakan apabila ada kemauan dari para pekerja, pengguna, maupun
kelompok pekerja laboratorium untuk menjaga dan melindungi diri, diperlukan
kesadaran bahwa kecelakaan yang terjadi dapat berakibat pada dirinya sendiri
maupun orang lain disekitarnya (Ginting, 2018).
Pengenalan alat- alat praktikum penting dilakukan guna untuk keselamatan
kerja dalam melakukan proses penelitian. Selain itu juga pengenalan alat praktikum
bertujuan agar mahasiswa mengetahui nama dan fungsi dari alat-alat tersebut. Alat-
alat praktikum sangat dibutuhkan dalam proses penelitian ataupun praktikum
terutama dalam proses praktikum kimia banyak sekali alat-alat yang digunakan dan
mempunyai fungsi masing-masing didalam bidang keilmuan atau pun proses
penelitian tentu alat-alat ini sangat dibutuhkan sekali alat-alat laboratorium juga
dapat berbahasa (Ginting, 2018).
Isolasi DNA bakteri merupakan pemisahan molekul DNA dari sel bakteri.
Pada metode bakteri dipanaskan pada suhu tinggi sehingga dinding selnya lisis.
Pengenalan isolasi DNA penting dipelajari untuk bidang biologi molekuler.
Beberapa bakteri telah berhasil diintroduksi ke dalam tanaman seperti padi, kapas,
dan kedelai. Pentingnya bioteknologi untuk perkembangan keanekaragaman hayati

Universitas Sriwijaya
dimasa mendatang memerlukan sebuah keterampilan dan pemikiran yang kritis.
Prinsip utama dalam isolasi DNA ada tiga yakni penghancuran (lisis), ektraksi
atau pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan protein, serta
pemurnian DNA. Selain itu ada 2 prinsip lagi dalam melakukan isolasi DNA, yaitu
sentrifugasidan presipitasi (Fitri et al., 2011).
Ekstraksi dan pemurnian DNA pada dasarnya merupakan serangkaian
proses pemisahan DNA dari komponen-komponen sel lainnya. Ekstraksi untuk
memperoleh DNA yang berkualitas tinggi merupakan kaidah dasar yang harus
dipenuhi dalam analisis molekuler dan merupakan salah satu faktor keberhasilan
dalam amplifikasi DNA yang akan digunakan dalam analisis karakter genetika.
Ekstraksi yang baik didukung oleh hasil kuantitas DNA ekstrak yang diperoleh.
Pengukuran kuantitas DNA dilakukan dengan metode spektrofotometri
menggunakan spektrofotometer pada panjang gelombang (λ) 260 dan 280 nm
(Harahap, 2018).
Polymerase Chain Reacton (PCR) adalah suatu teknik sintesis dan
amplifikasi DNA secara in vitro. Teknik ini pertama kali dikembangkan oleh
Karry Mullis pada tahun 1985. Teknik PCR dapat digunakan untuk
mengamplifikasi segmen DNA dalam jumlah jutaan kali hanya dalam beberapa
jam. Dengan diketemukannya. Teknik PCR di samping juga teknik-teknik lain
sepertisekuensing DNA, telah merevolusi bidang sains dan teknologi khususnya di
bidang diagnosa penyakit genetik, kedokteran forensik dan evolusi molecular
(Budiarto, 2016).
Elektroforesis adalah teknik yang digunakan untuk memisahkan dan
memurnikan suatu makromolekul khususnya protein dan asam nukleat
berdasarkan perbedaan ukuran. Elektroforesis merupakan metode yang paling
banyak dipakai saat ini dalam percobaan biokimia dan biologi molekuler.
Elektroforesis gel agarosa adalah teknik paling baik yang pernah dibuat dan secara
rutin digunakan di laboratorium klinis untuk analisis protein dan DNA pada
berbagai cairan biologis (serum, urin, CSF). Teknik ini merupakan teknik yang
menggunakan prinsipelektroforesis zona (Syamsiah, 2018).

Universitas Sriwijaya
Universitas Sriwijaya
I. Judul : Pengenalan Bahan dan Alat
II. Tujuan : 1. Memberi informasi tentang bahan-bahan kimia yang
sering digunakan dalam analisis DNA dan Protein
2. Memperkenalkan alat-alat yang sering digunakan dalam
analisis DNA dan Protein
III. Dasar Teori
Laboratorium merupakan tempat dimana dilakukannya berbagai penelitian
dan juga praktikum. Di dalam laboratorium ini terdapat berbagai macam alat dan
bahan yang dibutuhkan guna mendukung kegiatan di dalam laboratorium.
praktikan akan menggunakan alat-alat yang berada di laboratorium. Alat dan
bahan yang digunakan ketika praktikum sangat penting untuk terlebih dahulu
dipahami sehingga praktikan dapat menggunakannya dengan baik dan mengetahui
fungsinya dengan baik. Dengan mengenali alat dan bahan pula praktikan dapat
mengetahui alat dan bahan mana saja yang berbahaya maupun tidak sehingga
praktikan dapat menggunakannya dengan baik. (Pamungkas, E, 2014).
Pada saat sekarang ini alat merupakan salah satu pendukung dari pada
keberhasilan suatu pekerjaan di laboratorium. Sehingga untuk memudahkan dan
melancarkan berlangsungnya praktikum pengetahuan mengenai penggunaan alat
sangat diperlukan. Pengenalan alat-alat laboratorium penting dilakukan untuk
keselamatan kerja saat melakukan penelitian. Alat-alat laboratorium biasanya
dapat rusak atau bahkan berbahaya jika penggunaannya tidak sesuai dengan
prosedur. Pentingnya dilakukan pengenalan alat-alat laboratorium adalah agar
dapat diketahui cara penggunaan alat tersebut dengan baik dan benar, sehingga
kesalahan (Mawardi, A., 2019)
prosedur pemakaian alat dapat diminimalisasi sedikit mungkin. Hal ini
penting agar saat melakukan penelitian, data yang diperoleh akan benar pula.
Bekerja di laboratorium tidak akan lepas dari berbagai kemungkinan terjadinya
bahaya dari berbagai jenis bahan kimia baik yang bersifat sangat berbahaya
maupun yang bersifat berbahaya. Selain itu, peralatan yang ada di dalam
laboratorium juga dapat mengakibatkan bahaya yang tak jarang berisiko tinggi
bagi praktikan yang sedang melakukan praktikum jika tidak mengetahui cara dan
prosedur penggunaan alat yang akan digunakan.( Syamsyuri, I., 2016)
 IV. Hasil Pengamatan
Alat
Berdasarkan praktikum yang telah di laksanakan, alat yang digunakan dalam
praktikum sebagai berikut.
No Gambar Nama Alat Fungsi
1 Sentrifuge Sentrifuse digunakan untuk
dihadapkan suatu zat terlarut
seperti DNA, sel dengan
komponen-komponen
penyusunan di dalam suatu
suspensi. Selain itu,
sentrifuse dapat juga
digunakan untuk
dikumpulkan larutan yang
terdapat di dinding tabung
eppendonf ke dasar tabung.
2 Mesin Thermocycler Mesin Thermocycler digunakan
untuk melakukan aktivitas
memperbanyak segmen
DNA melalui Polymerase
Chain Reaction (PCR).

3 Elektroforator Elektroforator digunakan untuk

menganalisis DNA pada
proses elektroforesis.

4 Spektrofotometer Spekktrofotometer digunakan

untuk mengukur absorbansi
dengan cara melewatkan
cahaya dengan panjang
gelombang tertentu pada
 suatu objek kaca atau kuarsa
yang disebut kuvet.
5 Gel doc Gel doc berfungsi sebagai
perangkat digital yang
digunakan untuk
mendokumentasi hasil
elektroforesis yang
memanfaatkan sinar UV
untuk memendarkan fragmen
DNA.
6 UV Transilluminators UV Transilluminators digunakan
untuk menvisualkan DNA
setelah di loading atau
running dalam
DNAelektroforesis.

7 Mikropipet Mikropipet digunakan untuk

memindahkan cairan dalam
jumlah kecil secara akurat.

Bahan
Berdasarkan praktikum yang telah di laksanakan, alat yang digunakan
dalam praktikum sebagai berikut.
No Gambar Nama Bahan Fungsi
1 Metanol Metanol digunakan sebagai
bahan pendingin anti beku,
palarut, bahan bakar, dan
sebagai bahan adiktif di
industri.

2 Buffer TAE Buffer TAE digunakan dalam

eletroforesis untuk
meneruskan arus listrik
sehingga diterima oleh
fragmen DNA yang berada
pada gel agarosa yang
terendam pada larutan.

3 Buffer TBE Buffer TBE digunakan sebagai

buffer elektroforesis karena
memiliki kapasitas
buffering yang tinggi pada
titik isoelektriknya.

4 Kloroform Kloroform digunakan sebagai

bahan pembius, akan tetapi
penggunaannya sudah
dilarang karena telah
terbukti dapat merusak
liver dan ginjal.
5 Agarose Agarose atau galaktosa
polimerase digunakan
untuk mendeteksi
kompleks-kompleks
antigen-antibodi dan untuk
analisis molekul DNA,
RNA, dan molekul protein.
V. Kesimpulan
1. Alat merupakan salah satu pendukung dari pada keberhasilan suatu
pekerjaan di laboratorium.
2. Pengenalan alat-alat laboratorium penting dilakukan untuk keselamatan
kerja saat melakukan penelitian.
3. Mikropipet digunakan untuk memindahkan cairan dalam jumlah kecil
secara akurat.
4. Sentrifuse digunakan untuk mengendapkan suatu zat terlarut seperti
DNA, sel dengan komponen komponen penyusunan di dalam suatu
suspensi.
5. Bahan berbahaya di laboratorium diantaranya fenol, ethidium bromida,
kloroform, poliakrilamid, asam-asam pekat seperti Asam asetat, HCl.
Universitas Sriwijaya
 LAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI MOLEKULER

I. Judul : Isolasi DNA Bakteri, Hewan dan Tumbuhan

II. Tujuan : Untuk mengetahui langkah-langkah mengisolasi DNA
bakteri, Hewan, dan Tumbuhan.

III. Dasar Teori

Isolasi DNA merupakan metode dasar yang digunakan dalam penelitian
biologi molekuler. Biomolekul ini diisolasi untuk dianalisis, proses penelitian
selanjutnya, atau untuk tujuan persediaan. Ada dua hal yang terlibat dalam
pemurnian DNA, yaitu isolasi DNA rekombinan seperti plasmid atau bakteriofag
dan isolasi DNA kromosom atau genom dari organisme prokariotik atau
eukariotik. Agar pemurnian asam nukleat ini berhasil ada empat langkah penting
yang harus diperhatikan, yaitu efektif dari gangguan sel atau jaringan; denaturasi
kompleks nukleoprotein; inaktivasi nuklease, misalnya RNAse untuk ekstraksi
RNA atau DNAse untuk ekstraksi DNA; bebas dari kontaminasi biologi dan
kimiawi. (Yuniaret al., 2011).
Isolasi DNA bakteri merupakan pemisahan molekul DNA dari sel bakteri.
Pada metode bakteri dipanaskan pada suhu tinggi sehingga dinding selnya lisis.
Pengenalan isolasi DNA penting dipelajari untuk bidang biologi molekuler.
Beberapa bakteri telah berhasil diintroduksi ke dalam tanaman seperti padi,
kapas,dan kedelai. Pentingnya bioteknologi untuk perkembangan keanekaragaman
hayati dimasa mendatang memerlukan sebuah keterampilan dan pemikiran yang
kritis. Prinsip utama dalam isolasi DNA ada tiga yakni penghancuran (lisis),
ektraksi atau pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan protein, serta
pemurnian DNA. Selain itu ada 2 prinsip lagi dalam melakukan isolasi DNA, yaitu
sentrifugasidan presipitasi (Fitri et al., 2011).
Penggandaan yang dilakukan PCR bertujuan untuk memperbanyak jumlah
DNA agar dalam isolasi dapat diperoleh DNA dalam jumlah besar. Elektroforesis
dapat dilakukan dengan gel agarose dan gel polyacrilamide. Namun, pada
praktikum kali ini menggunakan gel agarose. Elektroforesis ini dilakukan

Universitas Sriwijaya
untuk pemisahan pragmen DNA dari molekul terbesar ke molekul terkecil.
Pemisahan ini dilakukan dalam medan listrik dari kutub negatif ke positif, hal ini
dilakukan karenaDNA bermuatan negative (Alberts, 2002).
Asam nukleat yang akan diisolasi harus terbebas dari kontaminan termasuk
didalamnya protein, karbohidrat, lipid atau misalnya asam nukleat lain, misalnya
DNA bebas dari RNA atau sebaliknya. Kualitas dan kemurnian dari sebuah
isolasi asam nukleat ini dapat mempengaruhi keberhasilan penelitian ilmiah
selanjutnya. Isolasi DNA pertama kali dilakukan oleh Frierich Miescher, Swiss
pada tahun 1869. Dia berkeinginan untuk memecahkan prinsip-prinsip dasar
kehidupan dengan menentukan komposisi kimia dari sel. Dia mencoba utntuk
mengisolasi sel dari kelenjar getah bening, namun tidak berhasil. Kemudian dia
beralih ke leukosit, dan menemukan bahwa protein merupakan komponen utama
sel dalam sitoplasma (Dewi, 2012).
Prinsip utama sentrifugasi adalah memisahkan substansi berdasarkan berat
jenis molekul dengan cara memberikan gaya sentrifugal sehingga substansi yang
lebih berat akan berada di dasar, sedangkan substansi yang lebih ringan akan
terletak di atas. Teknik sentrifugasi tersebut dilakukan di dalam sebuah mesin
yang bernama mesin sentrifugasi dengan kecepatan yang bervariasi. Polymerase
Chain Reaction (PCR) merupakan alat yang dapat menunjang proses isolasi
DNA. PCR merupakan teknik untuk mengamplifikasi DNA dalam jumlah kecil
melalui prosesenzimatik secara in vitro (Iqbal et al., 2016).
Ekstraksi DNA sering dilakukan dengan penambahan kompleks untuk
melakukan deteksi. DNA yang diekstraksi dengan metode ini hanya menjelaskan
jumlah DNA yang ada pada sampel, ini dapat emnjadi hasil false-positive akibat
sel yang rusak. Sedangkan deteksi mikroorganisma dengan menggunakan ELISA
(metode enzimatis) tergantung pada integritas dari pathogen. Deteksi pathogen
dengan metode ini sangat baik. Namun ELISA masih kurang selektif. Meskipun
terdapat metode lain yaitu magnetic bead yang merupakan metode yang dapat
digunakan dengan kelebihan nya berupa deteksi yang sensitive (Alberts, 2002).

Universitas Sriwijaya
IV. Cara Kerja
4.1.1. Cara Kerja Isolasi DNA Bakteri
Dimasukkan satu ose kultur bakteri ke dalam medium LB dan dilanjutkan
pada shaking pada inkubator selama 24 jam. Kemudian disiapkan bacteria DNA kit
lalu dipindahkan 1 mikrolit bakteri ke microtube kemudian disentrifugasi selama
1 menit. Kemudian dipisahkan lapisan supernatan dari pellet kemudian
ditambahkan 200 mikrolit buffer GA dan dihomogenkan dengan vortex.
Selanjutnya ditambahankan proteinase-k lalu dilanjutkan dengan vortex kembali.
Setelah proses vortex kemudian ditambahkan buffer GB kemudian diulangi dengan
vortex kembali. Hasil campuran kemudian diinkubasi selama 10 menit dalam suhu
70℃. Kemudian ditambahkan etanol sebanyak 220 mikrolit kemudian kembali
dilakukan vortex. Setelah dilakukan vortex kemudian dilakukan sentrifuge dan
dipindahkan kedalam columns CB 3. Campuran kemudian disentrifugasi 12.000
RPM selama 30 detik dan ditambahkan 500 mikrolit buffer GD. Campuran
kemudian kembali disentrifugasi dan ditambahkan 600 mikrolit buffer PW pada
tube baru dan dibuang cairan terbawah. Ditambahkan buffer PW lalu disentrifugasi
selama 2 menit dan dipindahkan kedalam tube baru yang berisi buffer PW.
Terakhir, ditambahkan 150 mikrolit buffer TE dan kemudian bagian tengah Tube
dimasukkan kedalam spin collum.

4.1.2. Cara Kerja Isolasi DNA Hewan

Sampel darah dipreparasi terlebih dahulu dengan digunakan 200 µL darah
segar, inkubasi pada suhu ruang selama 5 menit, sentrifus 12.000 rpm selama 1
menit. Supernatan dibuang dan resuspensi pellet dengan 200 µL Bufferr GA.
Kemudian ditambahkan 20 µL proteinase K dan vortex hingga homogen.
Diinkubasi pada suhu 56℃ selama 1 jam lalu ditambahkan 200 µL buffer GB
kedalam sampel, vortex agar homogen lalu spin down dan inkubasi di 70 oC selama
10 menit. Ditambahkan 200 µL ethanol (96 – 100%) ke dalam sampel, vortex
selama 15 detik lalu spin down. Pipet dan masukkan campuran tersebut ke dalam
TIANamp spin colom CB3. Lalu sentrifus 30 detik, 12.000 rpm. Buang cairan yang
ada di dalam kolom microtube dan tempatkan spin colom ke dalam collection tube.
Ditambahkan Universitas Sriwijaya 500 µL buffr GD ke dalam spin colom. Lalu
sentrifus 30 detik, 12.000 rpm. Buang cairan yang ada di dalam kolom microtube

Universitas Sriwijaya
dan tempatkan spin colom ke dalam collection tube. Ditambahkan 700 µL buffer
PW ke dalam spin colom. Lalu sentrifus 30 detik, 12.000 rpm. Buang cairan yang
ada di dalam kolom mictube dan tempatkan spin colom ke dalam collection tube.
Ditambahkan 500 µL buffer PW ke dalam spin colom. Lalu sentrifus 300 detik,
12.000 rpm. Buang cairan yang ada di dalam kolom microtube dan tempatkan
spincolom ke dalam collection tube. Setelah itu disentrifus selama 2 menit dengan
kecepatan 12.000 rpm untuk mengeringkan membran. Kemudian di tempatkan
kolom CB3 ke dalam tube 1,5 mL yang baru. Lalu ditambahkan 50 –200 µL buffer
TE ke tengah membran. Inkubasi di suhu ruang selama 2 – 5 menit. Lalu sentrifus
2 menit, 12.000 rpm.
4.1.3. Isolasi DNA Tumbuhan
Dimasukkan 100 mg jaringan basah tumbuhan atau 30 mg lypholized dalam
liquid nitrogen, lalu dihancurkan jaringan dengan menggunakan mortar dan vesel.
Lalu ditambahkan 700 µl Buffer GP1 bersuhu 65˚C (β-Mercaptoethanol (β-ME)
harus sudah dimasukkan ke dalam Buffer GP1 sebelum digunakan, dengan
konsentrasi akhir 0.1%) pada jaringan tanaman yang sudah dihancurkan. Kemudian
divortex selama 10-20 detik agar larutan homogen, usahan agar tidak ada gumpalan.
Kemudian diinkubasi pada suhu 65˚C selama 20 menit, lalu dihomogeniasasi
dengan cara inverting beberapa saat. ditambahkan 700 µl klorofom, homogeniasasi
dengan cara inverting, kemudian sentrifugasi selama 5 menit dengan kecepatan
12.000 rpm. Diambil semua supernatan, lalu pindahkan pada tube baru. Lalu
ditambahkan 700 µl Buffer GP2, homogenisasi dengan cara inverting beberapa
menit. Dipipet semua larutan yang sudah homogen ke dalam Spin Column CB3
yang sudah ditempatkan pada collection tube 2 ml. Ditutup tube, lalu disentrifugasi
selama 30 detik dengan kecepatan 12.000 rpm. Dibuang semua filtrate yang
terkumpul, kemudian dipindahkan kembali Spin Column CB3 pada collection tube.
Kemudian ditambahkan 500 μl Buffer GD. Disentrifugasi selama 30 detik dengan
kecepatan 12000 rpm, lalu dibuang kembali semua filtrate yang terkumpul,
kemudian dipindahkan kembali Spin Universitas Sriwijaya Column CB3 pada
collection tube. ditambahkan 600 μl Buffer PW (pastikan ethanol (96-100%) sudah
ditambahkan pada Buffer PW sebelum digunakan) pada Spin Column CB3, lalu
disentrifugasi selama 30 detik dengan kecepatan 12000 rpm, lalu dibuang kembali

Universitas Sriwijaya
 semua filtrate yang terkumpul, kemudian dipindahkan kembali Spin Column
CB3 pada collection tube. Diulamgi langkah ini setelah itu diletakkan Spin Column
CB3 pada collection tube, disentrifugasi selama 2 menit pada kecepatan 12.000
rpm, dibuang filtrat yang terkumpul. Setelah itu dibuka tutup Spin Column dan
diinkubasi pada suhu ruang untuk mengeringkan membran secara sempurna.
Setelah itu diletakkan Spin Column CB3 pada ke dalam microcentifuge tube yang
steril. Lalu ditambahkan 50-200 µl Buffer TE ke tengah membran. Diinkubasi
selama 2-5 menit pada suhu ruang. Lalu disentrifugasi selama 2 menit dengan
kecepatan 12.000 rpm untuk mengelusi DNA. DNA siap digunakan untuk proses
analisis.

Universitas Sriwijaya
V. Hasil dan Pembahasan
1.1. Hasil
Berdasarkan praktikum yang telah dilakukan, beberapa alat yang digunakan
dalam praktikum ini antara lain sebagai berikut :
No Nama Gambar

1. Hasil DNA Bakteri

2. Hasil DNA Hewan

3. Hasil DNA Tumbuhan

Universitas Sriwijaya
 1.2. Pembahasan
Prinsip utama dalam isolasi DNA ada tiga yakni penghancuran (lisis),
ektraksi atau pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan protein, serta
pemurnian DNA. Selain itu ada 2 prinsip lagi dalam melakukan isolasi DNA, yaitu
sentrifugasi dan presipitasi. Prinsip utama sentrifugasi adalah memisahkan
substansi berdasarkan berat jenis molekul dengan cara memberikan gaya sentrifugal
sehingga substansi yang lebih berat akan berada di dasar, sedangkan substansi yang
lebih ringan akan terletak di atas. Menurut Steivie et al., (2016), teknik sentrifugasi
tersebut dilakukan di dalam sebuah mesin yang bernama mesin sentrifugasi dengan
kecepatan yang bervariasi.
Metode identifikasi konvensional hanya berhasil mendeteksi satu dua jenis
bakteri dari total mikroba tanah. Menurut Nuritasari et al., (2017), metode ini
memungkinkan bakteri lain yang memiliki fenotif sama teridentifikasi menjadi
spesies yang sama, padahal keduanya belum tentu secara genetik memiliki
kesamaan. Karakter fenotif dalam identifikasi bakteri memberikan hasil yang
belum akurat maka perlu adanya identifikasi lanjut hingga tingkat genotif dengan
pendekatan molekuler. Metode konvensional memiliki kelebihan harga lebih murah
dan digunakan secara luas sementara kekurangannya membutuhkan waktu yang
relatif lama dan hasil yang diperoleh tergantung jenis sampel
Bakteri merupakan mikroorganisme prokariotik bersel tunggal. Uniseluler
merupakan sebutan untuk makhluk hidup uniseluler, sedangkan prokariota adalah
makhluk hidup yang tidak memiliki selaput inti, sehingga materi genetiknya
terkonsentrasi di tengah dan berbentuk lingkaran. Bakteri juga memiliki struktur
ekstrakromosom yang disebut plasmid. Bakteri itu sangat kecil sehingga disebut
mikroorganisme yang hanya bisa dilihat di bawah mikroskop. Bakteri tersebut
hanya bisa terlihat saat bakteri berada di dalam koloni bakteri. Bakteri tidak hidup
sebagai sel tunggal, tetapi sebagai koloni. Menurut Menurut Fifendy (2016), koloni
bakteri merupakan kumpulan bakteri yang sejenis, baik bentuk maupun strukturnya,
dan nada yang hidup pada media yang rapat.
Perlakuan dilakukan secara bertahap dimulai dari perlakuan menggunakan
protokol standar kit sampai ditemukannya teknik yang tepat untuk mendapatkan
konsentrasi DNA yang baik. Modifikasi teknik dilakukan setelah konsentrasi dan

Universitas Sriwijaya
 kemurnian DNA diketahui. Selanjutnya dilakukan pengulangan untuk
teknik yang menghasilkan konsentrasi terbaik. Menurut Septi et al., (2014), Tahap
utama isolasi yang dilakukan meliputi tahap persiapan sampel, disosiasi jaringan,
tahap lisis jaringan, DNA binding, pencucian DNA, dan DNA elution.
Tujuan isolasi DNA yang dilakukan dalam praktikum kali ini bertujuan untuk
memisahkan molekul DNA dari dua Isolat yang berbeda. Hasil Isolasi DNA
tersebut perlu diuji kualitas maupun kuantitasnya. Menurut Hidayah (2017),
kualitas DNA yang diisolasi tersebut diuji secara kualitatif dan kuantitatif.
Pengujian kuantitas isolasi DNA dilakukan dengan menggunakan
spektrofotometer. Sedangkan, pengujian kualitas isolasi DNA dilakukan dengan
menggunakan elektroforesis gel agarosa. Tahapan isolasi DNA adalah
mengisolasi jaringan yang ingin digunakan, lalu pelisisan dinding dan membran sel,
kemudian pengekstraksian dalam larutan, selanjutnya purifikasi, terakhir
presipitasi. Isolasi DNA dilakukan dengan tujuan untuk memisahkan DNA dari
bahan lain seperti protein, lemak, dan karbohidrat.
Kemurnian DNA yang berada di atas ambang normal dapat menunjukkan
adanya debris atau sel-sel mati yang ikut terhitung saat proses spektrofotometer
berlangsung. Setelah melakukan uji kuantitas menggunakan spektrofotometer,
selanjutnya akan melakukan uji kualitas dengan menggunakan elektroforesis.
Menurut Ridwan (2018), prinsip elektroforesis sendiri adalah DNA yang bermuatan
negatif akan bergerak menuju kutub positif melalui bantuan tegangan arus listrik.
Penggunaan kit dalam studi molekuler dapat meningkatkan efektifitas dan
efisiensi kerja. Penggunaan teknik isolasi DNA menggunakan kit maupun manual
memiliki kelebihan dan kekurangan. Metode konvensional memiliki kelebihan
harga lebih murah dan dapat digunakan dalam lingkup luas, sementara
kekurangannya membutuhkan waktu yang relatif lama dan hasil yang diperoleh
tergantung jenis sampel. Persiapan alat dan bahan ekstrasi manual pada umumnya
membutuhkan waktu relatif lebih lama. Menurut Nalini et al., (2013),
menambahkan bahwa protokol isolasi telah banyak tersedia, namun umumnya
protokol tersebut cukup rumit dan memakan waktu relatif lama.

Universitas Sriwijaya
VI. Kesimpulan
Berdasarkan praktikum isolasi DNA bakteri, hewan dan tumbuhan yang telah
dilakukan, didapatkan kesimpulan sebagai berikut :
1. Prinsip utama dalam isolasi DNA ada tiga yakni penghancuran (lisis),
ektraksi atau pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan
protein, sertapemurnian DNA.
2. Hasil Isolasi DNA tersebut perlu diuji kualitas maupun kuantitasnya.
3. Metode identifikasi konvensional hanya berhasil mendeteksi satu dua
jenis bakteri dari total mikroba.
4. Selain itu, ada 2 prinsip lagi dalam melakukan isolasi DNA, yaitu
sentrifugasi dan presipitasi.
5. Metode konvensional memiliki kelebihan harga lebih murah dan
digunakan secara luas sementara kekurangannya membutuhkan waktu
yang relatif lama dan hasil yang diperoleh tergantung jenis sampel.

Universitas Sriwijaya
Universitas Sriwijaya
 LAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI MOLEKULER

I. Judul : Pengukuran konsentrasi kuantitatif

II. Tujuan : Memahami langkah - langkah pengukuran konsentrasi secara
kuantitatif

III. Prinsip Dasar

Analisis kuantitatif adalah suatu analisis yang digunakan untuk
mengetahui kadar suatu zat. Analisis kuantitatif berkaitan dengan penetapan
beberapa banyak suatu zat tertentu yang terkandung dalam suatu sampel. Zat yang
ditetapkan tersebut, yang sering kali dinyatakan sebagai konstituen atau analit,
menyusun sebagian kecil atau sebagian besar sampel yang di analisis. Analisis
dapat diartikan sebagai usaha pemisahan suatu kesatuan materi bahan menjadi
komponen-komponen penyusunnya. DNA adalah asam nukleat yang mengandung
materi genetik yang berperan untuk mengatur perkembangan biologis seluruh
bentuk kehidupan secara seluler. DNA terdapat pada nukleus, mitokondria dan
kloroplas. Perbedaan di antara ketiganya yaitu, DNA nukleus berbentuk linear dan
berasosiasi sangat erat dengan protein histon, sedangkan DNA mitokondria dan
kloroplas berbentuk sirkular dan tidak berasosiasi dengan protein histon (Rohima,
2018).
Pengukuran DNA secara kualitatif menggunakan elektroforesis gen agarose
dimana konsentrasi gel agarose berbanding terbalik dengan panjang atau
pendeknya pita DNA atau bentuk struktur DNA. Semakin pendek urutan DNA
maka konsentrasi gel akan semakin tinggi. Pewarna etidium bromide digunakan
untuk alat identifikasi dan mengukur semikualitatif fragmen DNA yang terpisah
didalam gel. Etidium bromide akan menyisip diantara dua untai ganda DNA
sehingga pita DNA dalam gel agarose akan berpencar. Hal ini disebabkan karena
pewarna tersebut mengandung zat flouresen. Panjang gelombang sinar UV 260
nanometer yang dapat menyerap pita ganda DNA sedangkan kontaminan protein
dan fenol akan menyerap cahaya pada 280 nanometer (Sulistiowati, 2020).

Universitas Sriwijaya
IV. Hasil
4.1. Alat yang digunakan
Berdasarkan praktikum yang telah dilakukan, beberapa alat yang digunakan
dalam praktikum ini antara lain sebagai berikut :
No Nama Gambar
1. Hasil DNA Bakteri

2. Hasil DNA Hewan

3. Hasil DNA Tumbuhan

Universitas Sriwijaya
V. Pembahasan
Berdasarkan praktikum yang dilakukan, diketahui juga bahwa setelah
pengukuran kuantitatif juga dapat dilakukan pengukuran secara kualitatif.
Menurut Endrawati (2020), pengukuran secara kuantitatif akan mendapatkan
konsentrasi DNA sedangkan pengukuran kualitatif mendapatkan perkiraan ukuran
DNA. Pengukuran kuantitatif dapat dilakukan dengan menggunakan alat
spektofotometer UV-Vis dan nano drop spektofotometri. Pada praktikum, alat
yang digunakan adalah nano drop spektofotometri. Penggunaan nano drop
merupakan lanjutan dari spektofotometer UV-Vis dan memiliki kelebihan yaitu
sampel yang digunakan lebih sedikit.
Berdasarkan praktikum yang dilakukan mengenai pengukuran konsentrasi
kuantitatif diketahui bahwa pengukuran konsentrasi DNA dapat dilakukan secara
kuantitatif dan kualitatif. Pada praktikum yang dilakukan menggunakan metode
dengan pengukuran konsentrasi secara kuantitatf. Menurut Wahyuni (2019),
pengukuran DNA secara kuantitatif memiliki prinsip dan tujuan untuk mengetahui
suatu tingkat kemurnian DNA setelah dilakukan ekstraksi dan untuk mendukung
proses PCR, sequencing dan sebagainya. Manfaat dari pengukuran secara
kuantitatif akan mendapatkan suatu hasil yang diperoleh dengan tingkat akurasi
yang tinggi. Tahapan analisis DNA meliputi tahap ekstraksi, pengukuran
kuantitatif kemudian dilanjutkan dengan proses elektroforesis
Pengukuran kuantitatif DNA dapat dikatakan sebagai suatu proses analisis
untuk menentukan kandungan DNA yang terdapat dalam suatu zat atau komponen
zat nya. Pengukuran konsentrasi DNA dapat dilakukan secara kualitatif maupun
kuantitatif. Menurut Hutami (2018), untuk mengukur kemurnian DNA, digunakan
panjang gelombang 260 dan 280.Kemurnian dihitung dari rasio absorbansi
panjang gelombang 260 dan 280 (A260/280). Rentang kemurnian dalam
pengukuran kuantitatif DNA yang baik berkisar 1.8 – 2.0
Pengukuran secara kualitatif atau kuantitatif dapat dilakukan dengan
menggunakan spektrofotometer UV-Vis dan dapat juga dengan menggunakan
spektrofotometer pada panjang gelombang sinar UV 260 nanometer yang dapat
menyerap pita ganda DNA. Menurut Perdhana (2017), kontaminan protein dan
fenol akan menyerap suatu cahaya pada suatu panjang gelombang 280 nanometer

Universitas Sriwijaya
sehingga kemurnian dalam DNA dapat dihitung dengan cara melalui ratio nilai
absorbansi 260nm/280m.
Konsentrasi DNA dengan kemurnian yang baik dapat dicirikan dengan
terletak pada panjang gelombang 260 dan 280 nanometer terdapat rentang yaitu
1,8 - 2,0. Pada rentang atau rasio ini maka akan didapatkan kemurnian DNA yang
baik. Menurut Setiaputri (2020), apabila nilai yang didapat kurang dari 1,8
menandakan bahwa terdapat kontaminan protein atau poliskarida sedangkan
apabila nilai yang didapat lebih dari 2,0 berarti terdapat kontaminan fenol dalam
suatu sampel yang sedang diujikan.
Pengukuran DNA secara kualitatif menggunakan elektroforesis gen
agarose dimana konsentrasi gel agarose berbanding terbalik dengan panjang atau
pendeknya pita DNA atau bentuk struktur DNA. Menurut Anwar (2020), makin
pendek urutan DNA maka konsentrasi gel akan semakin tinggi. Pewarna etidium
bromide digunakan untuk alat identifikasi dan mengukur semikualitatif fragmen
DNA yang terpisah didalam gel. Etidium bromide akan menyisip diantara dua
untai ganda DNA sehingga pita DNA dalam gel agarose akan berpencar. Hal ini
disebabkan karena pewarna mengandung zat flouresen. Panjang gelombang sinar
UV 260 yang dapat menyerap pita ganda DNA sedangkan kontaminan protein dan
fenol akan menyerap cahaya pada 280 nanometer
Analisis dapat diartikan sebagai usaha pemisahan suatu kesatuan materi
bahan menjadi komponen-komponen penyusunnya. Dalam cabang ilmu kimia,
analisis berarti peguraian bahan menjadi senyawa-senyawa penyusunnya yang
kemudian dapat dipakai sebagai data untuk menetapkan komposisi (susunan)
bahan. Menurut Habibah (2018), larutan yang diketahui konsentrasinya dikatakan
sebagai suatu larutan baku. mengukur volume larutan tersebut harus ditambahkan
melalui alat yang disebut buret. Proses penambahan larutan baku ke dalam larutan
yang ditentukan sampai terjadi reaksi yang sempurna disebut titrasi. Analisa
kuantitatif merupakan suatu analisa yang digunakan untuk mengetahui kadar suatu
zatdalam suatu larutan

Universitas Sriwijaya
VI. Kesimpulan
Berdasarkan praktikum yang telah dilakukan didapatkan kesimpulan
sebagai berikut :
1. Makin pendek urutan DNA maka konsentrasi gel akan semakin tinggi.
2. Konsentrasi DNA dengan kemurnian yang baik dapat dicirikan dengan
terletak pada panjang gelombang 260 dan 280 nanometer terdapat rentang
yaitu 1,8 - 2,0.
3. Pengukuran secara kualitatif atau kuantitatif dapat dilakukan dengan
menggunakan spektrofotometer UV-Vis dan dapat juga dengan
menggunakan spektrofotometer pada panjang gelombang sinar UV 260
nanometer.
4. Pengukuran secara kuantitatif akan mendapatkan konsentrasi DNA
sedangkan pengukuran kualitatif mendapatkan perkiraan ukuran DNA.
5. Pengukuran DNA secara kuantitatif memiliki prinsip dan tujuan untuk
mengetahui suatu tingkat kemurnian DNA setelah dilakukan ekstraksi dan
untuk mendukung proses PCR, sequencing dan sebagainya. Manfaat dari
pengukuran secara kuantitatif akan mendapatkan suatu hasil yang
diperoleh dengan tingkat akurasi yang tinggi.

Universitas Sriwijaya
Universitas Sriwijaya
 LAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI MOLEKULER

I. Judul: Polymerase Chain Reaction (PCR)

II. Tujuan : Untuk mengetahui prinsip kerja dari polymerase chain reaction

III. Dasar Teori

Polymerase Chain Reacton (PCR) adalah suatu teknik sintesis dan
amplifikasi DNA secara in vitro. Teknik ini pertama kali dikembangkan oleh Karry
Mullis pada tahun 1985. Teknik PCR dapat digunakan untuk mengamplifikasi
segmen DNA dalam jumlah jutaan kali hanya dalam beberapa jam. Dengan
diketemukannya. Teknik PCR di samping juga teknik-teknik lain seperti
sekuensing DNA, telah merevolusi bidang sains dan teknologi khususnya di bidang
diagnosa penyakit genetik, kedokteran forensik dan evolusi molecular (Budiarto,
2016).
Komponen- komponen yang diperlukan pada proses PCR adalah templa
DNA; sepasang primer, yaitu suatu oligonukleotida pendek yang mempunyai
urutan nukleotida yang komplementer dengan urutan nukleotida DNA templat ;
dNTPs (Deoxynucleotide triphosphates); buffer PCR; magnesium klorida (MgCl2)
dan enzim polimerase DNA. Proses PCR melibatkan beberapa tahap yaitu: pra-
denaturasi DNA templat; denaturasi DNA templat; penempelan primer pada
templat (annealing); pemanjangan primer (extension) dan pemantapan
(postextension). Tahap denaturasi sampai dengan estension merupakan tahapan
berulang (siklus), di mana pada setiap siklus terjadi duplikasi jumlah DNA
(Budiarto, 2016).
PCR adalah suatu teknik yang melibatkan beberapa tahap yang berulang
(siklus) dan pada setiap siklus terjadi duplikasi jumlah target DNA untai ganda.
Untai ganda DNA templat (unamplified DNA) dipisahkan dengan denaturasi termal
dan kemudian didinginkan hingga mencapai suatu suhu tertentu untuk memberi
waktu pada primer menempel (anneal primers) pada daerah tertentu dari target
DNA. Polimerase DNA digunakan untuk memperpanjang primer (extend primers)
dengan adanya dNTPs (dATP, dCTP, dGTP dan dTTP) dan buffer yang sesuai.

Universitas Sriwijaya
 Umumnya keadaan ini dilakukan antara 20 – 40 siklus. Target DNA yang
diinginkan (short “target” product) akan meningkat secara eksponensial setelah
siklus keempat dan DNA non-target (long product) akan meningkat secara linier
seperti tampak pada bagan di atas (Budiarto, 2016).
PCR merupakan suatu teknik perbanyakan molekul DNA dengan ukuran
tertentu secara enzimatik melalui mekanisme perubahan suhu (Sambrook et
al.,1989). Secara ringkas, prinsip PCR dapat dijelaskan sebagai berikut : pada suhu
94-950C, DNA mengalami denaturasi yang menyebabkan pemisahan untai ganda
menjadi untai tunggal. Waktu yang diperlukan untuk proses ini sekitar 30 detik pada
suhu 950C atau 15 detik pada suhu 970C. Apabila DNA target mengandung banyak
nukleotida Guanin/Citosin (G/C), suhu denaturasi dapat ditingkatkan. Denaturasi
yang tidak lengkap akan menyebabkan renaturasi secara cepat, sedangkan waktu
denaturasi yang terlalu lama dapat mempengaruhi kerja enzim Taq polymerase. Hal
ini sangat berpengaruh terhadap keberhasilan proses PCR (Langga, et,al, 2015).
Umumnya sebelum proses siklus PCR dimulai sering sekali dilakukan pre
denaturasi selama 3-5 menit, untuk meyakinkan bahwa molekul DNA target yang
ingin dilipatgandakan jumlahnya benar-benar terdenaturasi. Suhu annealing dalam
suatu tahapan PCR merupakan hal yang sangat penting untuk menghindari
kesalahan penempelan primer. Primer yang baik berukuran 18-25 basa,
mengandung 50-60% G + C dan memiliki suhu leleh (Tm) yang sama. Suhu
annealing yang digunakan umumnya 50C di bawah Tm, dimana formula untuk
menghitung Tm = 4 (G+C) + 2 (A+T) (Langga, et,al, 2015).
PCR dapat digunakan sebagai alternatif metode konvensional untuk
mendeteksi mikroba dalam pangan, air dan sampel lingkungan karena waktu
pengujian yang cepat dengan hasil yang lebih sensitif dan spesifik. Tahap pengujian
dengan PCR umumnya terdiri dari isolasi DNA, denaturasi DNA menjadi untai
tunggal, annealing primer sekuens spesifik dan penyambungan siklus polymerase
25 – 40. Hasil PCR adalah produk berupa 50-10000 bp bagian spesifik genome
yang dapat dianalisis dengan elektroforesis gel atau sekuensing DNA (Langga,
et,al, 2015).

Universitas Sriwijaya
IV. Metode Praktikum
4.1. Waktu dan Tempat
Praktikum ini dilakukan pada hari Jum’at 14 April 2021, pukul 13.30 WIB
sampai 15.30 WIB. Bertempat di Laboratorium Genetika dan Bioteknologi,
Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Sriwijaya,
Indralaya.

4.2. Alat dan Bahan

Alat yang digunakan dalam praktikum pengujuran konsentrasi DNA secara
kuantitatif yaitu pcr, tabung, termocycle, sedangkan bahan yang digunakan adalah
Taq plus pcr mix 12,5 µL, primer forward dan reverse, ddH2O.

4.3. Cara Kerja

Adapun cara kerja pada praktikum kali ini diantaranya, Komponen reaksi
terdiri dari gotaq green mastermix 10 µL, forward primer 1 µL dan reverse primer 1
µL , nuclease free water 6 µL dan DNA sample 2 µL. Semua komponen reaksi
dicampur ke dalam microtube dan dimasukkan ke dalam mesin PCR.25. Kemudia
Tahapan PCR terdiri dari predenaturasi 950 C, 3 menit; tahap denaturasi 950 C, 0,5
menit; tahap annealing 550 C, 1 menit, tahap elongasi 720 C selama 1,5 menit. Proses
PCR terdiri dari 35 siklus. Selanjutnya tahap final extention (pemanjangan rantai akhir)
pada suhu 720 C, 5 menit. Hasil PCR diamati dengan menggunakan elektroforesis dan
disimpan pada suhu -400C.

Universitas Sriwijaya
V. Pembahasan
5.1. Pembahasan
Campuran reaksi dibuat dengan komposisi yang tertera pada prosedur kerja.
PCR mix dicampurkan sesuai dengan jumlah reaksi yang dibutuhkan 2 perlakuan
Yaitu pada tube 1 dan 2 digunakan kontrol positif (ddH2O). Pada pembuatan PCR
mix dimixing dengan tidak boleh adanya buih. Pada pembuatan PCR mix dibuat
sebanyak 12,5 μL, Pada pembuatan PCR mix tersebut, masing masing tube terdiri
dari PCR master mix sebanyak, primer F sebanyak dan primer R 0,1 μL DNA
template dan 7,5 μL ddh2o. Sehingga totalnya 22μL yang kemudian didistribusikan
ke tube Setelah semua hal itu dilakukan akan dilakukan running pada PCR.
Menurut, Handoyo dan Rudiretna, (2015), Pada penggunaan PCR
konvensional dapat dilihat pita - pita untuk mendeteksi apakah ada DNA yang kita
inginkan untuk terdeteksi atau terekspresi. Primer Forward yang digunakan adalah
27F dan Primer Reverse adalah 1942R. Maksudnya ialah DNA akan terdeteksi jika
primer menempel mulai dari panjang basa mulai 27 (forward) dan mulai dari
panjang basa (reverse). Setelah proses amplifikasi DNA seharusnya dilakukan
elektroforesis, tetapi pada saat praktikum kami tidak melakukannya.
Menurut Joko, et,al, (2016), Reaksi Polimerase Berantai atau dikenal
sebagai Polymerase Chain Reaction (PCR), merupakan suatu proses sintesis
enzimatik untuk mengamplifikasi nukleotida secara in vitro. Metoda PCR dapat
meningkatkan jumlah urutan DNA ribuan bahkan jutaan kali dari jumlah semula,
sekitar 106-107 kali. Setiap urutan basa nukleotida yang diamplifikasi akan menjadi
dua kali jumlahnya. Pada setiap n siklus PCR akan diperoleh 2n kali banyaknya
DNA target. Kunci utama pengembangan PCR adalah menemukan bagaimana cara
amplifikasi hanya pada urutan DNA target dan meminimalkan amplifikasi urutan
non-target.
Penggunaan PCR telah berkembang secara cepat seirama dengan
perkembangan biologi molekuler. PCR digunakan untuk identifikasi penyakit
genetik, infeksi oleh virus, diagnosis dini penyakit seperti AIDS, Genetic profiling
in forensic, legal and bio-diversity applications, biologi evolusi, Site-directed
mutagenesis of genes dan mRNA Quantitation di sel ataupun jaringan. Taq DNA
polymerase yang diisolasi dari bakteri Thermus aquaticus (Taq) dikembangkan

Universitas Sriwijaya
pada tahun 1988. Enzim ini tahan sampai temperature mendidih 100°C, dan
aktifitas maksimal pada temperatur 92-95°C.
Menurut Endarsih, et,al, (2016), Proses PCR merupakan proses siklus yang
berulang meliputi denaturasi, annealing dan ekstensi oleh enzim DNA polimerase.
Sepasang primer oligonukleotida yang spesifik digunakan untuk membuat hibrid
dengan ujung-5’ menuju ujung-3’ untai DNA target dan mengamplifikasi untuk
urutan yang diinginkan. Dasar siklus PCR ada 30-35 siklus meliputi,
denaturation (95°C), 30 detik, annealing (55–60°C), 30 detik, extension (72°C),
waktu tergantung panjang pendeknya ukuran DNA yang diinginkan sebagai
produk amplifikasi. Peningkatan jumlah siklus PCR diatas 35 siklus tidak
memberikan efek yang positif.
Menurut Kurniawati, et,al, (2016), Denaturasi untai ganda DNA merupakan
langkah yang kritis selama proses PCR. Temperatur yang tinggi pada awal proses
menyebabkan pemisahan untai ganda DNA. Temperatur pada tahap denaturasi pada
kisaran 92-95ºC, suhu 94ºC merupakan pilihan standar. Temperatur denaturasi
yang tinggi membutuhkan kandungan GC yang tinggi dari DNA template,
tetapi half-life dari Taq DNA Polymerase menekan secara tajam pada temperatur
sekitar 95ºC.
Primer Annealing, pengenalan (annealing) suatu primer terhadap DNA target
tergantung pada panjang untai, banyaknya kandungan GC, dan konsentrasi primer
itu sendiri. Optimalisasi temperatur annealing dimulai dengan menghitung Melting
Temperature (Tm) dari ikatan primer dan DNA template. Cara termudah
menghitung untuk mendapatkan melting-temperatur yang tepat menggunakan
rumus Tm = {(G+C)x4} +{ (A+T)x2. Sedang temperatur annealing biasanya 5ºC
ddibawah Tm primer yang sebenarnya. Secara praktis, Tm ini dipengaruhi oleh
komponen buffer, konsentrasi primer dan DNA template.
Menurut Joko, et,al, (2016), Pada tahap extension ini terjadi proses
pemanjangan untai baru DNA, dimulai dari posisi primer yang telah menempel di
urutan basa nukleotida DNA target akan bergerak dari ujung 5’ menuju ujung 3’
dari untai tunggal DNA. Proses pemanjangan atau pembacaan informasi DNA yang
diinginkan sesuai dengan panjang urutan basa nukleotida yang ditargetkan.

Universitas Sriwijaya
VI. Kesimpulan
6.1. Kesimpulan
Berdasarkan praktikum isolasi DNA bakteri, hewan dan tumbuhan yang telah
dilakukan, didapatkan kesimpulan sebagai berikut :
1. Pada pembuatan PCR mix dimixing dengan tidak boleh adanya buih
2. Primer Forward yang digunakan adalah 27F dan Primer Reverse adalah
1942R.
3. Reaksi Polimerase Berantai atau dikenal sebagai Polymerase Chain
Reaction (PCR), merupakan suatu proses sintesis enzimatik untuk
mengamplifikasi nukleotida secara in vitro.
4. Proses PCR merupakan proses siklus yang berulang meliputi denaturasi,
annealing dan ekstensi oleh enzim DNA polimerase
5. Proses pemanjangan atau pembacaan informasi DNA yang diinginkan
sesuai dengan panjang urutan basa nukleotida yang ditargetkan

Universitas Sriwijaya
Universitas Sriwijaya
 LAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI MOLEKULER

I. Judul : Elektroforesis gel poliakrilamid

II. Tujuan : Untuk mengetahui teknik pemisahan suatu
senyawa denganmetode elektroforesis.

III. Dasar Teori

Elektroforesis adalah teknik yang digunakan untuk memisahkan dan
memurnikan suatu makromolekul khususnya protein dan asam nukleat berdasarkan
perbedaan ukuran. Elektroforesis merupakan metode yang paling banyak dipakai
saat ini dalam percobaan biokimia dan biologi molekuler. Elektroforesis gel
agarosa adalah teknik paling baik yang pernah dibuat dan secara rutin digunakan di
laboratorium klinis untuk analisis protein dan DNA pada berbagai cairan biologis
(serum, urin, CSF). Teknik ini merupakan teknik yang menggunakan prinsip
elektroforesis zona. Seperti yang diketahui, molekul protein bermigrasi pada
medium padat/gel yang direndam dengan suatu larutan penyangga di bawah
pengaruh medan listrik. Migrasi ini tergantung pada muatan listrik, titik isoelektrik
bersih dan massa molekul protein (Syamsiah, 2018).
Prinsip kerja elektroforesis gel dimulai saat makromolekul yang bermuatan
listrik ditempatkan pada medium berisi tenaga listrik. Molekul-molekul tersebut
akan bermigrasi menuju kutub positif atau kutub negatif berdasarkan muatan yang
terkandung di dalamnya (Magdeldin, 2012). Molekul-molekul yang bermuatan
negatif (anion) akan bergerak menuju kutub positif (anoda), sedangkan molekul-
molekul yang bermuatan positif (kation) akan bergerak menuju kutub negatif
(katoda) (Syamsiah, 2018).
Elektroforesis digunakan untuk menyediakan informasi mengenai ukuran,
konfirmasi dan muatan dari protein dan asam nukleat. Elektroforesis dalam skala
besar memungkinkan untuk digunakan sebagai metode pemisahan yang dapat
digunakan untuk menentukan komponen dari protein atau asam nukleat setiap
individu. Elektroforesis gel memisahkan makromolekul berdasaran laju
perpindahannya melewati suatu gel di bawah pengaruh medan

Universitas Sriwijaya
listrik. Elektroforesis gel memisahkan suatu campuran molekul DNA
menjadi pita- pita yang masing-masing terdiri atas molekul DNA dengan
panjang yang sama (Syamsiah, 2018).
Biasanya, gel agarosa digunakan untuk memisahkan fragmen DNA yang
lebih besar (lebih dari 200 bp) dan gel poliakrilamida digunakan untuk fragmen
kecil (kurang dari 200 bp). Jarak antara dua fragmen DNA yang berbeda ukuran
dapat ditentukan berdasarkan konsentrasi matriks agarose. Mobilitas/pergerakan
DNA relatif tergantung pada faktor-faktor tertentu, terutama pada konsentrasi
agarosa dalam gel, kekuatan arus yang digunakan, kekuatan ionik dari larutan
buffer, dan konformasi fragmen DNA itu sendiri. Molekul DNA bermigrasi melalui
pori-pori kecil yang terbentuk dalam padatan gel agarosa (Nuryadi, 2017).
Secara umum, molekul yang lebih kecil bergerak lebih cepat dan bermigrasi
lebih jauh dari molekul kecil karena memiliki gesekan yang lebih rendah saat
bergerak menuju elektroda positif. Konsentrasi yang rendah pada gel agarosa
memberikan resolusi yang lebih baik untuk fragmen besar, dengan memberikan
pemisahan yang lebih besar antara band yang secara ukuran tidak terlalu jauh
berbeda. Konsentrasi gel yang lebih tinggi, di sisi lain, dapat mengurangi kecepatan
migrasi fragmen panjang yang sementara itu dapat memfasilitasi pemisahan yang
lebih baik pada fragmen DNA kecil (Nuryadi, 2017).
Manfaat elektroforesis gel antara lain untuk mengetahui ukuran fragmen
DNA dari produk PCR, memisahkan produk DNA dari hasil digesti yang berbeda
ukuran, lalu dapat disequencing, dan juga untuk pemurnian atau purifikasi
DNA. Elektroforesis dapat diaplikasikan untuk berbagai macam kegiatan, antara
lain membandingkan gen homolog dari spesies yang berbeda, mengetahui susunan
sekuens berbagai genom, DNA finger printing, mengetahui ada atau tidaknya gen-
gen penyebab kelainan genetik atau penyakit tertentu, mendeteksi lokasi dan jumlah
mRNA dalam sel atau jaringan tertentu, mengetahui aktivitas gen selama
perkembangan berbagai tipe sel organisme atau aktivitas gen sebelum dan sesudah
diberi perlakuan tertentu, mempelajari evolusi di tingkat molekular, mengetahui
variasi genetik dalam populasi natural di alam, menentukan atau mengidentifikasi
berat molekul fragmen DNA, RNA, protein dan aktivitas enzimatik, menganalisa
fragmen DNA yang diamplifikasi melalui PCR (Nuryadi, 2017).

Universitas Sriwijaya
IV. Metode Praktikum
4.1. Waktu dan Tempat
Praktikum ini dilakukan pada hari Jum’at 16 April 2021, pukul 13.30 WIB
sampai 15.30 WIB. Bertempat di Laboratorium Genetika dan Bioteknologi,
Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Sriwijaya,
Indralaya.

4.2. Alat dan Bahan

Alat yang digunakan dalam praktikum pengujuran konsentrasi DNA secara
kuantitatif yaitu alat elektroforesis, tube, mikropipet, sedangkan bahan yang
digunakan adalah DNA rider, sampel hasil isolasi DNA, dan Loading Dye.

4.3. Cara Kerja

4.3.1. Persiapan Sampel
 Sampel protein ditambahkan dengan bufer (perbandingan 1:1) dalam tabung
eppendorf.
 Sampel dipanaskan dengan suhu 100 oC selama 5 menit
 Biala sampel tidak langsung digunakan, setelah dingin disimpan pada suhu
20 oC.
4.3.2. Pembuatan separating gel 12,5 %
 Tabung polipropilen 50 mL dimasukkan 3,125 mL stok akrilamida dan 2,75
mL 1 M
 Tris pH 8,8 tabung ditutup lalu digoyang secara perlahan-lahan.
 Tambahkan aquabides 1,505 mL, tabung ditutup lalu digoyang secara
perlahan-lahan.
 Tambahkan 75 µL SDS 10%, tabung ditutup lalu digoyang secara perlahan-
lahan.
 Tambahkan 75 µL APS 10%, tabung ditutup lalu digoyang secara perlahan-
lahan.
 Tambahkan 6,25 µL TEMED, tabung ditutup lalu digoyang secara
perlahan-lahan.

Universitas Sriwijaya
 Larutan segera dituang kedalam plate pembentuk gel menggunakan
mikropipet 1 mL, jaga jangan sampai terbentuk gelombang udara sampai
batas yang terdapat pada plate.
 Aquades ditambahkan secara perlahan di atas larutan gel dalam plate, agar
permukaan gel tidak bergelombang.
 Gel dibiarkan memadat selama lebih kurang 30 menit yang ditandai dengan
terbentuknya garis transparan di antara batas air dan gel yang terbentuk.
Selanjutnya air yang menutupi separating gel dibuang.29
4.3.3. Pembuatan stacking gel 3%
Caranya sama dengan membuat separating gel diatas dengan volume sebagai
berikut:
 Bis-akrilamid 30% 0,45 mL
 1 M Tris pH 6,8 0,38 mL
 Aquabides 2,11 mL
 SDS 10% 30 µL
 TEMED 5 µL
 APS 10% 30 µL
4.3.4. Memasukkan sampel pada sumur gel
 Plate yang sudah berisi gel dimasukkan ke dalam chamber elektroforesis,
lalu tuangkan bufer running sampai bagian atas dan bawah gel terendam.
 Bila terbentuk gelombang udara pada dasar gel atau diantara sumur sampel,
maka gelembung tersebut harus dihilangkan.
 Sampel sebanyak 10 – 20 µL (yang kandungan proteinnya minimal 0,1 g
dan maksimal 20 – 40 g) secara hati-hati ke dalam dasar sumur gel
menggunakan syringe
 Hamilton Syringe dibilas sampai 3x dengan air atau dengan bufer running
sebelum dipakai untuk memasukkan sampel yang berbeda pada sumur gel
yang berikutnya.
 Running sampel
 Perangkat elektroforesis dihubungkan dengan sumber listrik, running
dilakukan pada arus konstan 20 mA selama 40 – 50 menit atau sampai

Universitas Sriwijaya
tracking dye mencapai jarak 0,5 cm dari dasar gel Setelah selesai, bufer running
dituang dan gel diambil dari plate.
4.3.5. Pewarnaan gel dengan Coomassie Brilliant Blue (CBB)
 Pewarnaan protein memerlukan larutan staining yang 1 L nya terdiri dari
(Coomassie Blue R-250 1,0 g ; Metanol 450 mL ; Aquades 450 mL ;
Asam asetat glasial 100 mL) untuk mewarnai protein pada gel dan untuk
menghilangkan warna pada gel dan memperjelas pita protein yang
terbentukdiperlukan larutan destaining yang 1 L nya terdiri dari (Metanol
100 mL ; Asam asetat glasial 100 mL).
 Gel direndam dalam 20 mL larutan staining sambil digoyang selama
kurang lebih 15 menit. Setelah itu larutan staining dituang kembali
kedalam wadahnya.
 Gel dicuci dengan air beberapa kali, lalu gel direndam dalam 50 mL
larutan destaining sambil digoyang selama lebih kurang 30 menit atau
sampai pita protein terlihat jelas.
4.3.6. Larutan Kerja
1. Akrlamida total 30% (w/v) 100 mL
Sebanyak 29,2 g akrilamida dan 0,8 g bis-akrilamida ditambahkan
dengan aquades sampai volumenya mencapai 100 mL, kemudian diaduk
sampai semua akrilamida larut. Larutan ini dimasukkan kedalam botol
bewarna gelap dan disimpan dalam lemari pendingin.
2. Amonium persulfat (APS) 10% sebanyak 5 mL
Amonium persulfat sebanyak 0,5 g dilarutkan dalam 5 mL aquabides,
larutan ini dimasukkan kedalam botol berwarna gelap dan disimpan dalam
lemari pendingin.
3. Bufer running pH 8,3 sebanyak 500 mL
 tris 1,52 g
 Glisin7,2 g
 Aquabides500 mL

 Bufer sampel10 mL
 1 M Tris-HCl pH 6,80,6 mL

Universitas Sriwijaya
 Gliserol5 mL
 SDS 10%2 mL
 2-merkaptoetanol0,5 mL
 Bromofenol biru 1% 1 mL

Universitas Sriwijaya
V. Pembahasan
5.1. Pembahasan
Menurut Permana, et,al, (2017), Secara singkat, elektroforesis adalah suatu
teknik pemisahan molekul selular berdasarkan ukurannya, dengan menggunakan
medan listrik yang dialirkan pada suatu medium yang mengandung sampel yang
dipisahkan. Teknik ini dapat digunakan dengan memanfaatkan muatan listrik yang
ada pada makromolekul, misalnya DNA yang bermuatan negatif. Prinsip kerjanya
jika molekul yang bermuatan negatif (DNA) dilewatkan melalui suatu medium,
misalnya gel agarose, kemudian dialiri arus listrik dari satu kutub ke kutub yang
berlawanan muatannya (positif), maka molekul tersebut akan bergerak dari kutub
negatif ke kutub positif (Elektroforesis) melalui membran matriks gel agarose
tersebut.
Menurut Harahap, (2018), Terdapat dua macam teknik elektroforesis yang
telah berkembang yaitu, elektroforesis horizontal maupun vertikal. Berdasarkan
jenisnya ada dua macam elektroforesis pertama Elektroforesis bebas (free
electrophoresis): molekul atau partikel yang akan dipisahkan tersebar di seluruh
larutan. Pemberian arus listrik pada larutan yang mengandung partikel tersebut akan
menyebabkan terbentuknya batas di antara dua larutan, kedua Elektroforesis zona:
merupakan jenis elektroforesis yang paling banyak digunakan, mempergunakan
media penunjang, seperti kertas, selulosa asetat, agarose atau poliakrilamid
Dalam praktikum ini jenis elektroforesis yang digunakan adalah
elektroforesis zona dan menggunakan teknik elektroforesis horizontal karena
menggunakan gel agarose yang diletakkan pada alat elektroforesis secara horizontal
dan teknik ini difungsikan untuk analisais DNA. Menurut Sulaiman dan kundari
(2017), Kelebihan metode ini adalah mudahnya mengamati reaksi kimia selama
proses berlangsung, sampel dapat ditangani dengan baik dan cepat, gel dari hasil
percobaan dapat disimpan dalam kantong plastik dan didinginkan setelah
percobaan, sehingga dapat dipakai untuk dokumentasi penting yang dapat dipelajari
lebih lanjut di lain waktu, dan beberapa kelebihan lainnya. Selain kelebihan, metode
ini juga memiliki kekurangan, yaitu rawan terjadi kesalahan pada proses
pemindahan campuran sampel ke dalam slot gel, karena slot gel ukurannya sangat
kecil.

Universitas Sriwijaya
 Menurut Mahasri, et,al, (2015), Dalam proses elektoforesis terdapat beberapa
faktor yang mempengaruhi laju pergerakan dari molekul DNA, pertama ukuran
molekul DNA molekul yang berukuran lebih kecil akan cepat bergerak melewati
gel karena hambatan yang akan dihadapi tidak lebih banyak dibandingkan molekul
berukuran besar. Kedua konsentrasi gel. Semakin tinggi konsentrasi agarosa,
semakin kaku gel yang dibuat sehingga sukar untuk dilewati molekul-molekul
DNA. Konsentrasi agarosa yang lebih tinggi memudahkan pemisahan DNA yang
berukuran kecil, konsentasi agarosa yang lebih rendah memudahkan pemisahan
DNA dengan ukuran yang lebih besar. Bentuk molekul molekul yang memiliki
bentuk elips atau fibril akan lebih cepat bergerak dibandingkan dengan yang
berbentuk bulat.
Menurut Permana, et,al, (2017), Densitas muatan densitas muatan yaitu
muatan per unit volume molekul. Molekul dengan densitas muatan tinggi akan
bergerak lebih cepat dibandingkan molekul dengan densitas muatan yang rendah.
Pori-pori gel semakin kecil pori-pori gel yang digunakan, semakin lambat
pergerakan molekul DNA. Voltase semakin tinggi tegangan listrik yang diberikan,
semakin cepat pergerakan molekul DNA. Larutan buffer elektroforesis buffer
dengan kadar ion tinggi akan menaikkan konduktansi listrik sehingga mempercepat
migrasi DNA. Jika pita fragmen DNA dapat terlihat maka dapat dihitung panjang
fragmen dari suatu produk DNA. Pita fragmen DNA dapat diukur dengan
menggunakan suatu kurva regresi linier.
Menurut Permana, et,al, (2017), Marker adalah segmen DNA yang spesifik
dan telah diketahui ukurannya. Marker berfungsi sebagai acuan untuk mengetahui
ukuran DNA hasil ampifikasi. Marker DNA yang terdapat di dalam ruang
elektroforesis berfungsi sebagai penanda posisi pasangan basa dari molekul DNA
yang bermigrasi. Marker-marker DNA tersebut merupakan marker yang telah
dibuat oleh pabrik sehingga tanda pasangan basanya jelas.
Gel doc adalah alat yang digunakan untuk mengamati dan
mendokumentasikan hasil elektroforesis. Komponen gel doc terdiri dari lampu UV,
kamera dan komputer. Lampu UV berfungsi menerangi bagian dalam dalam dari
gel doc, kamera berfungsi memotret hasil elektroforesis dan komputer berfungsi
menjalankan proses dokumentasi lewat bantuan software.

Universitas Sriwijaya
VI. Kesimpulan
6.1. Kesimpulan
Berdasarkan praktikum isolasi DNA bakteri, hewan dan tumbuhan
yang telahdilakukan, didapatkan kesimpulan sebagai berikut :
1. Teknik pemisahan senyawa dengan elektroforesis gel agarose
termasuk dalam jenis elektroforesis zona dengan menggunakan
teknik elektroforesis horizontal.
2. Elektroforesis memiliki prinsip kerja bahwa suatu molekul (DNA)
yang bermuatan negatif jika dialiri listrik akan bergerak menuju
kutub positif milik elektroforesis melalui matriks membran gel
agarose.
3. Panjang fragmen DNA dapat terlihat dengan menggunakan gel
doc yang pada saat didalamnya disinari dengan menggunakan
sinar UV, setelah sebelumnya dilakukan tahap elektroforesis.
Setelah itu panjang fragmen DNA dapat diukur menggunakan
kurva regresi linier.
4. Faktor yang mempengaruhi laju migrasi dari fragmen DNA pada
elektroforesis gel adalah ukuran molekul DNA, konsentrasi, bentuk
molekul, densitas muatan, pori-pori gel, voltase, dan larutan buffer
elektroforesis. Selain itu ada faktor lain yang dapat muncul sebagai
yang mempengaruhi laju migrasi fragmen itu sendiri, yaitu ukuran
fragmen DNA dan faktor ketelitian serta kehati-hatian dalam
proses penyimpanan produk DNA jika produk tersebut
sebelumnya disimpan.
5. Terdapat dua jenus elektroforesis yaitu elektroforesis bebas dan
elektroforesis zona.

Universitas Sriwijaya
Universitas Sriwijaya
 DAFTAR PUSTAKA

Alberts, B. et al. 2002. Molecular Biology of the Cell. Edisi ke-4. New York:
Garland Science.

Dewi, Noviana Chandra. 2012. Pengaruh Penambahan PEG (Polyethylene glicol)

Terhadap Profil Protein Tembakau (Nicotiana tabacum L. var Prancak 95)
pada Media In vitro. Institut Teknologi Sepuluh November. 1-12.

Fifendy, M. Kurnia, F. Yosmed, H. 2016. Isolasi Cendawan Endofit Daun

Sitawa (Costus spesiosus koen J.E Smith) dan Potensi Sebagai Anti Bakteri.
Jurnal Biologi. 1 (02) : 75-79.

Fitri, L., & Yasmin, Y. 2011. Isolasi dan pengamatan morfologi koloni bakteri
kitinolitik. Jurnal Biologi Edukasi, 3(2), 20-25.

Harahap, M. R. 2018. Elektroforesis: Analisis elektronika terhadap biokimia

genetika. CIRCUIT: Jurnal Ilmiah Pendidikan Teknik Elektro, 2(1).

Iqbal, M., Buwono, I. D., & Kurniawati, N. 2016. Analisis perbandingan metode
isolasi DNA untuk deteksi White Spot Syndrome Virus (WSSV) pada udang
Vaname (Litopenaeus vannamei). Jurnal Perikanan Kelautan, 7(1).

KAROUW, S., INDRAWANTO, C., & KAPU’ALLO, M. L. 2016. Karakteristik

virgin coconut oil dengan metode sentrifugasi pada dua tipe kelapa. Buletin
Palma, 15(2), 128-133.

Mulyani, Y., Purwanto, A., & Nurruhwati, I. 2011. Perbandingan beberapa metode
isolasi DNA untuk deteksi dini koi herpes virus (KHV) pada ikan mas
(Cyprinus carpio L.). Jurnal Akuatika, 2(1).

Murtiyaningsih, H. 2017. Isolasi DNA genom dan identifikasi kekerabatan

genetik nanas menggunakan RAPD (Random Amplified Polimorfic DNA).
Agritrop: Jurnal Ilmu-Ilmu Pertanian (Journal of Agricultural Science),
15(1).

Nalini, E., Jawali, N., and Bhagwat, S. G. 2013. A simple method for isolation of
DNA from plants suitable for long term storage and DNA marker analysis.
BARC Newsletter, 249: 208-214.

Nuritasari, D., Sarjono, P. R., & Aminin, A. L. 2017. Isolasi bakteri termofilik
sumber air panas gedongsongo dengan media pengaya MB (Minimal Broth)
dan TS (Taoge Sukrosa) serta identifikasi fenotip dan genotip. Jurnal Kimia
Sains dan Aplikasi, 20(2), 84-91.

Sukoco, R. M., Amin, M., & Gofur, A. 2016. Pengembangan Buku Ajar Tabm
Berbasis Penelitian Untuk Mahasiswa S1 Jurusan Biologi Universitas Negeri

Universitas Sriwijaya
 Gorontalo. Jurnal Pendidikan: Teori, Penelitian, Dan Pengembangan, 1(6) :
1098-1103.
Ginting, R. 2018. Enhancing Biology Molecular Laboratory Practice For Senior
High School Of Biology Teachers From Samarinda And Tenggarong
City. Pelita Eksakta. Vol. 1 (02), 75-78.

Koesmadja, B. R. 2016. Polymerase Chain Reaction (PCR) Perkembangan dan

Perannya dalam Diagnostik Kesehatan. Biotrends. Vol. 6 (2), 29-38.
Lantang, D., dan Mawardi, A. 2019. Pengenalan dan Pelatihan Dasar Teknik
Biomolekuler bagi Mahasiswa S2 Biologi Universitas
Cenderawasih. BAKTIMAS: Jurnal Pengabdian pada Masyarakat. Vol. 1(1)
: 1-5.
Puspita, A., dan Rohima, N. 2019. Pengembangan Buku Ajar Tabm Berbasis
Penelitian Untuk Mahasiswa S1 Jurusan Biologi Universitas Negeri
Gorontalo. Jurnal Pendidikan: Teori, Penelitian, Dan Pengembangan.
Vol. 1(6) : 1098-1103.
Rokhman, T. 2015. Perancangan Alat Uji Kemampukerasan Jominy Test Untuk
Laboratorium Teknik Mesin Universitas Islam “45” Bekasi. Jurnal Ilmiah
Teknik Mesin. Vol. 3 (1), 68-80.
Susetyo, F. B. 2016. Peningkatan Kondisi Area Bahan Laboratorium Produksi
Teknik Mesin Fakultas Teknik Universitas Negeri Jakarta. Jurnal Kajian
Teknik Mesin. Vol. 1 (1), 1-8.
Ayu, B. P., Sarjono, P. R., dan Aminin, A. L. 2015. Purifikasi DNA Kromosom
Geobacillus sp. dYTae-14 Menggunakan Kolom Silika dengan Denaturan
Urea. Jurnal Sains dan Matematika, 19(4), 101-106.

Harahap, A. S. 2018. Uji kualitas dan kuantitas DNA beberapa populasi pohon
kapur Sumatera. JASA PADI, 2(02), 1-6.
Luluk, R. Y., Widayat, W., Winarni, A. T., Meiny, S., dan Ni’matullah, A. A. 2021.
Pengukuran Kandungan Dna Babi Dalam Berbagai Produk Pangan Dengan
Metode Real Time-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR). Indonesia
Journal of Halal, 3(2), 129-133.
Murtiyaningsih, H. 2017. Isolasi DNA genom dan identifikasi kekerabatan
genetik nanas menggunakan RAPD (Random Amplified Polimorfic DNA).
Agritrop: Jurnal Ilmu-Ilmu Pertanian (Journal of Agricultural Science),
15(1).

Parenrengi, A., Tonnek, S., dan Tenriulo, A. 2016. Analisis Rasio Rna/Dna Udang
Windu Penaeus Monodon Hasil Seleksi Tumbuh Cepat. Jurnal Riset
Akuakultur, 8(1), 1-12.

Pratiwi, E., dan Widodo, L. I. 2020. Kuantifikasi Hasil Ekstraksi Gen Sebagai
Faktor Kritis Untuk Keberhasilan Pemeriksaan RT PCR. Indonesian Journal
for Health Sciences, 4(1), 1-9.

Universitas Sriwijaya
Sari, S. K., Listyorini, D., Mazieda, M. N., & Sulasmi, E. S. 2015. Optimasi Teknik
Isolasi dan Purifikasi DNA pada Daun Cabai Rawit (Capsicum frutescens cv.
Cakra Hijau) Menggunakan Genomic DNA Mini Kit (Plant) GENEAID. In
Proceeding Biology Education Conference: Biology, Science, Enviromental,
and Learning, 11 (1), 65-70.

Budiarto, B. R. 2016. Polymerase Chain Reaction (PCR) Perkembangan dan

Perannya Dalam Diagnostik Kesehatan. Biotrends, 6(2), 29-38.
Endarsih, W., Hartono, S., dan Sulandari, S. 2017. Perbaikan Metode Ekstraksi
dsRNA Virus secara Sederhana untuk RT-PCR Tiga Virus Tumbuhan
[Improvement of Simple dsRNA Virus Extraction Method for RT-PCR of
Three Plant Viruses]. Jurnal Perlindungan Tanaman Indonesia, 21(2), 106-
113.

Handoyo, D., dan Rudiretna, A. 2015. Prinsip umum dan pelaksanaan polymerase
chain reaction (PCR)[general principles and implementation of polymerase
chain reaction]. Unitas, 9(1), 17-29.
Joko, T., Kusumandari, N., dan Hartono, S. 2016. Optimasi metode PCR untuk
deteksi Pectobacterium carotovorum, penyebab penyakit busuk lunak
anggrek. Jurnal Perlindungan Tanaman Indonesia, 17(2), 54-59.
Kurniawati, M. D., Sumaryam, S., dan Hayati, I. 2019. Aplikasi Polymerase Chain
Reaction (Pcr) Konvensional Dan Real Time-Pcr Untuk Deteksi Virus VNN
(Viral Nervous Necrosis) Pada Ikan Kerapu Macan (Epinephelus
fuscoguttatus). TECHNO-FISH, 3(1), 19-30.

Langga, I. F., Restu, M., dan Kuswinanti, T. 2015. Optimalisasi suhu dan lama
inkubasi dalam ekstraksi DNA tanaman bitti (Vitex cofassus Reinw) serta
analisis keragaman genetik dengan teknik RAPD-PCR. J. Sains &
Teknologi, 12(3), 265-276.
Nugroho, K., Widyajayantie, D., Ishthifaiyyah, S. A., & Apriliani, E. (2021).
Pemanfaatan Teknologi Droplet Digital PCR (ddPCR) dalam Kegiatan
Analisis Molekuler Tanaman. JURNAL BIOS LOGOS, 11(1), 28-40.
Harahap, M. R. 2018. Elektroforesis: Analisis elektronika terhadap biokimia
genetika. CIRCUIT: Jurnal Ilmiah Pendidikan Teknik Elektro, 2(1), 75-80.
Mahasri, G., Fajriah, U., dan Subekti, S. 2015. Karakterisasi Protein Lernaea
Cyprinacea Dengan Metode Elektroforesis SDS-PAGE [Characterization Of
Protein Lernaea cyprinacea By Using SDS-PAGE Electrophoresis
Method]. Jurnal Ilmiah Perikanan Dan Kelautan, 2(1), 61-66.

Nuryadi, R. 2017. Efek Adsorpsi Dye ke dalam Lapisan TiO2 dengan Metode
Elektroforesis: DSSC Berbasis Lapisan TiO2 Terbuat dengan Metode Slip
Casting dan Metode Elektroforesis. Jurnal Rekayasa Kimia &
Lingkungan, 8(1), 23-27.
Permana, G. N., Hutapea, J. H., Haryanti, H., dan Sembiring, S. B. M. 2017. Variasi

Universitas Sriwijaya
 Genetik Ikan Tuna Sirip Kuning, Thunnus Albacares Dengan Analisis
Elektroforesis Allozyme Dan Mt-DNA. Jurnal Riset Akuakultur, 2(1), 41-50.
Sulaiman, S., dan Kundari, N. A. 2017. Pemisahan dan Karakterisasi Spesi
Senyawa Kompleks YTrium-90 dan Stronsium-90 dengan Elektroforesis
Kertas. In Jurnal Forum Nuklir, 1 (10), 93-104.

Syamsiah, M. 2018. Analisis Pola Pita Protein Cymbidium mosaic virus PADA
Protocorm likes bodies Anggrek Dendrobium Jayakarta Dan Tanaman
Anggrek Dendrobium Menggunakan Metode Elektroforesis Gel
Komposit. AGROSCIENCE (AGSCI), 2(1), 77-87.

Universitas Sriwijaya
Universitas Sriwijaya
 LAMPIRAN
Alat :

Sentrifugator Mesin Polymerase Chain

Reaction (PCR) Sumber : Dokumentasi Pribadi, 2021 Sumber :
Dokumentasi Pribadi, 2021

Elektroforator Spektrofotometer
Sumber : Dokumentasi Pribadi, 2021 Sumber : Dokumentasi Pribadi,
2021

Universitas Sriwijaya
 Gel doc UV Transilluminators
Sumber : Dokumentasi Pribadi, 2021 Sumber : Dokumentasi Pribadi, 2021

Mikropipet
Sumber : Dokumentasi Pribadi, 2021
Bahan :

Metanol Buffer TAE

Sumber : Dokumentasi Pribadi, 2021 Sumber : Dokumentasi Pribadi, 2021

Universitas Sriwijaya
 Buffer TBE Kloroform
Sumber : Dokumentasi Pribadi, 2021 Sumber : Dokumentasi Pribadi, 2021

Agarose
Sumber : Dokumentasi Pribadi, 2021

Sumber : (Dokumentasi Pribadi, 2021).

Universitas Sriwijaya
Universitas Sriwijaya
 LAPORAN PRAKTIKUM
BIOLOGI MOLEKULER

PENGENALAN ALAT DAN BAHAN

OLEH:

NAMA : NURUL FATIHA

NIM : 08041281924034
KELOMPOK : VI (ENAM)
ASISTEN : ALI ZAINAL ABIDIN SHAHAB

LABORATORIUM BIOTEKNOLOGI DAN GENETIKA

JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS SRIWIJAYA
2021

Universitas Sriwijaya
 LAPORAN PRAKTIKUM
BIOLOGI MOLEKULER

ISOLASI DNA BAKTERI, HEWAN DAN TUMBUHAN

OLEH:

NAMA : NURUL FATIHA

NIM : 08041281924034
KELOMPOK : VI (ENAM)
ASISTEN : ALI ZAINAL ABIDIN SHAHAB

LABORATORIUM BIOTEKNOLOGI DAN GENETIKA

JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS SRIWIJAYA
2021

Universitas Sriwijaya
 LAPORAN PRAKTIKUM
BIOLOGI MOLEKULER

PENGUKURAN KONSENTRASI DNA SECARA

KUANTITATIF DAN KUALITATIF

OLEH:

NAMA : NURUL FATIHA

NIM : 08041281924034
KELOMPOK : VI (ENAM)
ASISTEN : ALI ZAINAL ABIDIN SHAHAB

LABORATORIUM BIOTEKNOLOGI DAN GENETIKA

JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS SRIWIJAYA
2021

Universitas Sriwijaya
 LAPORAN PRAKTIKUM
BIOLOGI MOLEKULER

POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR)

OLEH:

NAMA : NURUL FATIHA

NIM : 08041281924034
KELOMPOK : VI (ENAM)
ASISTEN : ALI ZAINAL ABIDIN SHAHAB

LABORATORIUM BIOTEKNOLOGI DAN GENETIKA

JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS SRIWIJAYA
2021

Universitas Sriwijaya
 LAPORAN
PRAKTIKUM
BIOLOGI
MOLEKULER

ELEKTROFORESIS GEL POLIAKRILAMID

OLEH:

NAMA : NURUL FATIHA

NIM : 08041281924034
KELOMPOK : VI (ENAM)
ASISTEN : ALI ZAINAL ABIDIN SHAHAB

LABORATORIUM BIOTEKNOLOGI DAN

GENETIKAJURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU
PENGETAHUAN ALAM UNIVERSITAS SRIWIJAYA
2021

Universitas Sriwijaya