UJI KUANTITAS DAN KUALITAS DNA

REZKI AMALIA BAHAR

M021221023

NAMA ASISTEN:
1. NUR FADLI, S. Hut
2. GINA MUTMAINNAH
3. SRI YUSMITASARI YUSUF
4. EUNIKE CHRISTAFILIA RUBEN
5. VERONIKA MASSENG
6. GILANG RAMADHAN

LABORATORIUM BIOTEKNOLOGI DAN PEMULIAAN POHON

PROGRAM STUDI REKAYASA KEHUTANAN
FAKULTAS KEHUTANAN
UNIVERSITAS HASANUDDIN
MAKASSAR
2024
 2

KATA PENGANTAR
Syukur Alhamdulilah senantiasa kami panjatkan kehadirat Allah SWT. yang telah
melimpahkan rahmat dan karunia-Nya, sehingga kami dapat menyelesaikan laporan ini
yang berjudul ”Uji Kuantitas dan Kualitas DNA” guna memenuhi tugas untuk mata
kuliah Praktek Bioteknologi. Saya Menyadari bahwa dalam penulisan laporan ini tidak
terlepas dari bantuan banyak pihak yang dengan tulus memberikan doa, saran dan
kritik sehingga makalah ini dapat terselesaikan. Saya menyadari sepenuhnya bahwa
laporan ini masih jauh dari sempurna, dikarenakan terbatasnya pengalaman dan
pengetahuan yang saya miliki.
Sebagai penulis, saya menyadari bahwa masih terdapat kekurangan, baik dari
penyusunan maupun tata bahasa penyampaian dalam laporan ini. Oleh karena itu,
kami dengan rendah hati menerima saran dan kritik dari pembaca agar kami dapat
menjadikan koreksi dalam pembuatan makalah selanjutnya. Kami berharap semoga
laporan praktikum yang kami susun ini memberikan manfaat dan juga inspirasi untuk
pembaca.
Penulis juga mengucapkan banyak terima kasih kepada pihak-pihak yang sangat
berperan penting dalam proses kegiatan praktikum, terutama kakak asisten kami yang
selalu memberikan bimbingan kepada penulis. Semoga laporan praktikum ini
bermanfaat untuk praktikum selanjutnya,Penulis menyadari sebagai manusia tidak
luput dari kekurangan. Oleh karena itu,penulis mengucapakan terima kasih kepada
semua pihak yang sudah membantu selama penyusunan laporan ini .

Makassar, 31 Maret 2023

Rezki Amalia Bahar

 3

DAFTAR ISI
HALAMAN SAMPUL............................................................................................i
KATA PENGANTAR............................................................................................. ii
DAFTAR ISI.......................................................................................................... iii
DAFTAR TABEL................................................................................................... iv
BAB I.................................................................................................................... 1
PENDAHULUAN.................................................................................................. 1
1.1 Latar Belakang....................................................................................1
1.2 Tujuan dan Kegunaan.........................................................................1
BAB II................................................................................................................... 2
TINJAUAN PUSTAKA..........................................................................................2
2.1 DNA (Deoxyribo Nucleic Acid)..............................................................2
2.2 Elektrokroforesis..................................................................................3
2.3 Qubit 3.0 Fluorometer..........................................................................4
BAB III.................................................................................................................. 6
METODE PRAKTIKUM........................................................................................ 6
3.1 Waktu dan Tempat...............................................................................6
3.2 Alat dan Bahan....................................................................................6
3.3 Prosedur Kegiatan...............................................................................6
BAB IV ................................................................................................................. 8
HASIL DAN PEMBAHASAN................................................................................8
4.1 Uji Kuantitas DNA (Deoxyribo Nucleic Acid) ........................................8
4.2 Uji Kualitas DNA (Deoxyribo Nucleic Acid)...........................................8
BAB V................................................................................................................... 10
KESIMPULAN DAN SARAN................................................................................10
5.1 Kesimpulan.......................................................................................... 10
5.2 Saran................................................................................................... 10
5.2.1 Saran Laboratorium.............................................................................10
5.2.2 Saran Untuk Asisten............................................................................10
DAFTAR PUSTAKA.............................................................................................. 11
LAMPIRAN........................................................................................................... 12
 4

DAFTAR GAMBAR
Gambar 2.1 Elektroforesis....................................................................................3
Gambar 2.2 Qubit 3.0 Flourometer.......................................................................12
Gambar 4.1 Hasil Kualitas Tristaniopsis merguensis............................................12
 5

DAFTAR TABEL
Tabel 1. Hasil pengujian Kualitas DNA menggunakan Qubit 3.0 Flounometer.....11
 6

BAB I
PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Bioteknologi diartikan sebagai penerapan prinsip ilmu dan rekayasa
dalam pemanfaatan makhluk hidup (bakteri, fungi, virus, dan lain-lain) maupun produk
darimakhluk hidup (enzim, alkohol) dalam proses produksi untuk menghasilkan barang
dan jasa. Dewasa ini, perkembangan bioteknologi tidak hanya didasari pada biologi
semata,tetapi juga pada ilmu-ilmu terapan dan murni lain, seperti biokimia, komputer,
biologimolekular, mikrobiologi, genetika, kimia, matematika, dan lain sebagainya.
Dengan katalain, bioteknologi adalah ilmu terapan yang menggabungkan berbagai
cabang ilmu dalam proses produksi barang dan jasa (Rizko et al., 2020).
DNA (Deoxyribose Nucleic Acid) adalah merupakan senyawa kimia yang paling
penting dalam makhluk hidup karena molekul berperan sebagai pembawa informasi
hereditas yang menentukan struktur protein dan proses metabolisme lain, DNA genom
meliputi gen dan intergen. DNA ini tersusun atas 3 komponen utama yaitu gula
deoksiribosa, basa nitrogen dan fosfat yang tergabung membentuk nukleotida. DNA
dapat mengalami denaturasi dan renaturasi serta diisolasi untuk dipelajari. Isolasi DNA
merupakan langkah mempelajari DNA. Salah satu prinsipisolasi DNA yaitu dengan
sentrifugasi. Hasil sentrifugasi akan menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah,
yaitu supernatan pada bagian atas dan pelet pada bagian bawah (Sundari dan Priadi,
2019).
Keberadaan DNA dalam suatu organisme dapat diketahui dengan 2 cara yaitu
secara kualitatif dengan metode Elektroforesis Gel Agarose dan secara kuantitatif
dengan metode Qubit 3.0 Fluorometer. Uji kuantitatif DNA adalah analisis untuk
menentukan kandungan atau jumlah DNA yang terdapat dalam suatu zat atau
komponen zat yang sebelumnya telah diketahui keberadaan DNA plasmidnya dalam
larutan contoh dengan cara uji kualitatif (Fatimah, 2015)
Kualitas DNA yang baik yang diperoleh dari hasil ekstraksi merupakan syarat
dasar yang harus dipenuhi dalam studi molekuler, terutama dalam penandaan sidik jari
DNA. Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide (CTAB) merupakan metode yang umum
digunakan dalam ekstraksi DNA tanaman yang banyak mengandung polisakarida dan
senyawa polifenol (Sembiring et al., 2023). Ada tiga langkah utama dalam ekstraksi
DNA, yaitu perusakan dinding sel (lisis), pemisahan DNA dari bahan padat seperti
selulosa dan protein (Prepitasi), serta pemurnian DNA (Purifikasi) (Purwanti et al.,
2020)
DNA yang baik memiliki kualitas dan kuantitas yang murni tidak terkontaminasi
oleh RNA protein atau yang lainnya. Untuk menguji kualitas dan kuantitas DNA dapat
menggunakan Qubit 3.0 Fluorometer dan elektroforesis. Maka dari itu pada praktikum
ini praktikan melakukan praktikum uji kualitas dan kuantitas DNA, praktikan mengetahui
konsentrasi dan kemurnian DNA dan mengetahui tahapan-tahapan dalam melakukan
uji kualitas dan kuantitas DNA.

1.2 Tujuan dan Kegunaan

 7

1.2.1 Tujuan
Tujuan dari praktikum ini adalah untuk mengetahui Tingkat kuantitas dan kualitas
DNA sebelum dilanjutkan ke tahap selanjutnya
1.2.2 Kegunaan
Kegunaan dari Uji kuantitas dan kualitas DNA yaitu mengetahui tingkat kuantitas
dan kualitas DNA

BAB II
TINJAUAN PUSTAKA

2.1 DNA (Deoxyribo Nucleic Acid)

DNA atau Deoxyribo Nucleic Acid merupakan suatu makro molekul yang
tersusun ole nukleotida sebagai molekul dasar yang membawa sifat gen. DNA memiliki
struktur pilinan utas ganda yang anti paralel dengan komponen-komponennya, yaitu
gula pentosa (deoksiribosa), gugus fosfat, dan pasangan basa. Pasangan basa pada
DNA terdiri atas dua macam, yaitu basa purindan pirimidin. Basa purin terdiri atas
adenin (A) dan guanin (G) yang memiliki struktur cincin ganda, sedangkan basa
pirimidin terdiri atas sitosin (C) dan timin (T) yang memiliki struktur cincin tunggal.
Ketika guanin berikatan dengan sitosin, maka akan terbentuk tiga ikatan hidrogen,
sedangkan ketika adenin berikatan dengan timin maka hanya akan terbentuk dua
ikatan hidrogen. Satu komponen pembangun (building block). DNA terdiri atas satu
gula pentosa, satu gugus fosfat dan satu pasang basa yang disebut nukleotida (Nur’aini
et al., 2019).
Komponen utama kromosom pada eukariota adalah DNA dan protein histon.
Protein histon bersifat basa, sehingga dapat menetralkan asam dari DNA. Pada
dasarnya sel mengandung dua asam nukleat, yaitu DNA dan RNA. DNA yang terdapat
pada nukleus yaitu DNA kromosomal, sedangkan DNA yang ada di luar nukleus tetapi
masih di dalam sel dinamakan DNA ektrakromosomal (DNA mitokondria, DNA
kloroplas, dan DNA plasmid) (Nur’aini et al., 2019).
DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan berfungsi untuk
mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupansecara seluler. DNA
memiliki struktur pilinan utas ganda yang anti pararel dengankomponen-komponennya,
yaitu gula pentosa (deoksiribosa), gugus fosfat dan pasangan basa. Sebuah sel
memiliki DNA yang merupakan materi genetik dan bersifat herediter pada seluruh
sistem kehidupan. Genom adalah set lengkap dari materi genetik (DNA) yang dimiliki
suatu organisme dan terorganisasi menjadikromosom. DNA juga dapat diisolasi, baik
pada manusia maupun tumbuhan (Mawardi, 2016).
Pembuktian bahwa DNA merupakan bahan genetik pertama kali dilakukan oleh
Frederick Griffith pada tahun 1928 yaitu dengan eksperimen transformasi pada bakteri
Streptococcus pneumoniae. Bukti bahwa DNA merupakan bahan yang menyebabkan
terjadinya proses transformasi pada Spneumoniae ditunjukkan oleh eksperimen yang
dialkukan oleh Oswald Avery, Colin MacLeod, dan Mackyn McCarty pada tahun 1944.
Mereka melakukan ekstraksi terhadap sel virulen dan kemudian menghilangkan
proteinnya. Ketika ekstrak sel tersebut diperlakukan dengan enzim deoksiribonukleat
yang menghancurkan DNA, ternyata kemampuan menyebabkan proses transformasi
menjadi ekstraksi DNA (Rizko et al., 2020).
 8

DNA berkualitas tinggi yang akan didapat dalam suatu ekstraksi merupakan satu
kaidah dasar yang harus dipenuhi dalam studi molekuler, terutama dalam penandaan
sidik jari DNA. Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide (CTAB) merupakan metode yang
umum digunakan dalam ekstraksi DNA tanaman yang banyak mengandung
polisakarida dan senyawa polifenol. Ada tiga langkah utama dalam ekstraksi DNA, yaitu
perusakan dinding sel (lisis), pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan
protein, serta pemurnian DNA. Ekstraksi DNA memiliki prinsip memisahkan DNA
kromosom atau DNA genom dari komponen-komponen sel lain. Sumber DNA bisa dari
tanaman, kultur mikroorganise, atau sel manusia. Membran sel dilisis dengan
menambahkan detergen untuk membebaskan isinya, kemudian pada ekstrak sel
tersebut ditambahkan protease (yang berfungsi mendegradasi protein) dan RNeasy
(yang berfungsi untuk mendegradasi RNA), sehingga yang tinggal adalah DNA.
Selanjutnya ekstrak tersebut dipanaskan sampai suhu 121˚C untuk menginaktifasi
enzim yang mendegradasi DNA (DNeasy). Larutan DNA kemudian di presipitasi
dengan etanol dan bisa dilarutkan lagi dengan air (Mollah et al., 2022)

2.2 Elektroforesis

Elektroforesis gel merupakan salah satu teknik utama dalam biologi molekuler
prinsip dasar teknik ini adalah bahwa DNA, RNA, atau protein dapat dipisahkan oleh
medan listrik. Dalam hal ini, molekul-molekul tersebut dipisahkan berdasarkan laju
perpindahannya oleh gaya gerak medan listrik didalam matriks gel. laju perpindahan
tersebut bergantung pada ukuran molekul bersangkutan. Elektroforesis gel biasanya
dilakukan umtuk tujuan analisis, namun dapat pula digunakan sebagai teknik preparatif
untuk memurnikan molekul sebelum digunakan dalam metode-metode lain seperti
spektrofotometer massa, PCR, Kloning, sekuensing DNA, atau immuno-blotting yang
merupakan metode-metode kerakteristik lebih lanjut (Mawardi, 2016).

Gambar 2.1 Elektroforesis

1. Gel Poliakrilamida,

Gel poliakrilamida merupakan polimer bertauatan silang (crosslinked) yang

porositasnya dapat diatur sesuai dengan kebutuhan. Untuk memisahkan protein atau
asam nukleat berukuran kecil (DNA, RNA atau oligonukleotida), gel yang digunakan
biasanya merupakan gel poliakrilamida dibuat dengan konsentrasi berbeda-beda
antara akrilamida dan zat yang memungkinkan pertauatan silang (crosslinked),
 9

menghasilkan jaringan poliakrilamida dengan ukuran rongga berbeda-beda. Untuk

memisahkan asam nukleat yang lebih besar (lebih besar dari beberapa ratus basa), gel
yang digunakan adalah agarosa (dari ekstrak rumput laut) yang sudah dimurnikan
(Brigitta et al., 2018)

Gel agarose digunakan untuk memisahkan fragmen DNA yang lebih besar (lebih
dari 200 bp) dan gel poliakrilamida digunakan untuk fragmen kecil (kurang dari 200 bp).
Jarak antara dua fragmen DNA yang berbeda ukuran dapat ditentukan berdasarkan
konsentrasi matriks agarose. Mobilitas atau pergerakan DNA relatif tergantung pada
faktor-faktor tertentu, terutama pada konsentrasi agarosa dalam gel, kekuatan arus
yang digunakan, kekuatan ionik dari larutan buffer, dan konformasi fragmen DNA itu
sendiri. Molekul DNA bermigrasi melalui pori-pori kecil yang terbentuk dalam padatan
gel agarosa. Secara umum, molekul yang lebih kecil bergerak lebih cepat dan
bermigrasi lebih jauh dari molekul kecil karena memiliki gesekan yang lebih rendah
saat bergerak menuju elektroda positif. Konsentrasi yang rendah pada gel agarose
memberikan resolusi yang lebih baik untuk fragmen besar, dengan memberikan
pemisahan yang lebih besar antara band yang secara ukuran tidak terlalu jauh
berbeda. Konsentrasi gel yang lebih tinggi, di sisi lain, dapat mengurangi kecepatan
migrasi fragmen panjang yang sementara itu dapat memfasilitasi pemisahan yang lebih
baik pada fragmen DNA kecil. Namun, fragmen yang lebih besar dapat bermigrasi
secara lebih cepat daripada fragmen yang lebih kecil, karena tegangan pada gel yang
ditingkatkan. Selain itu, DNA memiliki muatan yang konsisten untuk rasio massa,
sehingga ukuran molekul DNA merupakan faktor utama yang mempengaruhi migrasi
melalui matriks gel. Terlepas dari kenyataan bahwa penerapan tegangan tinggi dapat
meningkatkan kecepatan migrasi fragmen DNA, tetapi juga dapat menurunkan resolusi
pemisahan (di atas sekitar 5 sampai 8 V per cm). Untuk alasan itu, resolusi terbaik dari
fragmen yang lebih besar dari 2 kb dicapai dengan menerapkan tidak lebih dari 5 V per
cm pada gel (Alfaruqi et al., 2021).

2. Pewarnaan (staining)

Pewarnaan (staining) dilakukan setelah proses elektroforesil gel, agar molekul

sampel yang telah terpisah dapat dilihat. Etidium bromida, perak atau pewarna biru
coomassi (coomassie blue) dapat digunakan untuk keperluan ini. Jika molekul sampel
berpendar dalam sinar ultraviolet (misalnya setelah “diwarnai” dengan etidium
bromida), gel difoto dibawah sinar uiltraviolet. Jika molekul sampel mengandung atom
radioaktif, autoradiogram gel tersebut dibuat. Etidium bromida yang bersifat
karsinogenik dan Brom Fenol Blue. Hal tersebut karena etidium bromida dapat
meningkatkan daya fluoresensi dari DNA sehingga dapat terlihat jelas, sedangkan
Brom Fenol Blue berfungsi sebagai pewarna untuk memantau kecepatan molekul DNA
pada gel (Alfaruqi et al., 2021).

3. Penanda (Marker)

Penanda (marker) yang merupakan campuran molekul dengan ukuran berbeda-

beda dapat digunakan untuk menentukan ukuran molekul dalam pita sampel dengan
 10

meng-elektroforesiskan penanda tersebut pada lajur di gel yang pararel dengan

sampel. Pita-pita pada lajur mereka tersebut dapat dibandingkan dengan pita sampel
untuk menentukan ukurannya. Jarak pita dari sumur gel berbanding terbalik terhadap
logaritma ukuran molekul (Brigitta et al., 2018).

Kesepatan migrasi selama DNA bergerak menembus gel agarose dipengaruhi

oleh beberapa faktor utama, yaitu (Brigitta et al., 2018):

 Ukuran molekul DNA,

 Konsentrasi gel Agarosa,

 Konformasi DNA

 Penggunaan Voltage dan Arah Dari Bidang Elektris.

 Komposisi Basa DNA atau Temperatur.

 Keberadaan Pewarna DNA

 Komposisi Buffer Elektroforesis

2.3 Qubit 3.0 Fluorometer

Qubit 3.0 Fluorometer adalah alat fluorometer yang dapat digunakan untuk
quantitatif DNA, RNA, microRNA, dan protein menggunakan metode fluorescensi yang
sangat sensitif dan akurat. Alat ini juga dapat digunakan untuk evaluasi kualitas partikel
Ion Sphere sebelum melakukan sequencing run pada Ion Personal Genome
MachineSequencer. Qubit 3.0 Fluorometer memiliki layar warna besar dan modern
yang mempermudah navigasi workflow, dan dapat menyimpan data dari hingga 1000
sampel. Alat ini juga memiliki fitur untuk personalisasi interfase pengguna, yang
mengizinkan pengguna untuk menampilkan hanya assay yang sering digunakan,
menambahkan assay baru (termasuk assay yang dibuat oleh pengguna menggunakan
MyQubit software pre-programmed), dan untuk menampilkan dalam bahasa pilihan (Li
et al., 2021).

Uji kuantitatif DNA diawali dengan isolasi DNA. Hal ini bertujuan untuk
mengeluarkan DNA yang berada dalam inti sel dari organisme. Kemudian dilakukan
dengan uji kualitatif DNA dengan metode elektroforesis gel agarose. Uji ini bertujuan
untuk mengetahui keberadaan DNA dalam larutan contoh. Setelah itu dilanjutkan
dengan uji kuantitatif DNA dengan metode Qubit 3.0 Fluorometer (Li et al., 2021).
 11

Gambar 2.2 Qubit 3.0 Fluorometer

BAB III
METODE PRAKTIKUM

3.1 Waktu dan Tempat

Praktikum uji kuantitas dan kualtas DNA dilakukan pada hari Minggu, 1 April
2024 pukul 13.00-selesai. Lokasi praktikum Uji Kuantitas dan Kualitas DNA dilakukan di
 12

Laboratorium Biokteknologi dan Pemuliaan Pohon, Fakultas Kehutanan, Universitas

Hasanuddin, Makassar.

3.2 Alat dan Bahan

Alat dan bahan pada praktikum ini antara lain:
1. Beaker glass, berfungsi sebagai wadah untuk menghomogenkan sampel.
2. Tip, digunakan untuk mikropipet ketika proses pipeting akan di mulai.
3. Mikropipet, untuk memimndahkan cairan/reagen dalam skala kecil.
4. Timbangan analitik, untuk menimbang bahan dengan keakuratan yang tinggi.
5. Glove, digunakan untuk melindungi tangan sekaligus pengerjaan aseptis.
6. Alkohol 70 %, berfungsi untuk sterilisasi dan kerja aseptis.
7. Aquades (ddH2O), berfungsi sebagai pengatra listrik yang terisi dalam tank
elektroforesis.
8. Cetakan agar, berfungsi sebagar wadah pencetak media agar dalam uji kualitas
DNA.
9. Gel Doc, berfungsi sebagai sistem dokumentasi gel, sistem citra gel, atau ditra
gel.
10. Elektroforesis, untuk menguji kualitas DNA.
11. Tube Qubit, berfungsi sebagai untuk final laruta Qubit.
12. Qubit 3.0 Flourometer, untuk menguji kuantitas DNA.
13. Parafilm, sebagai wadah untuk mencampur loading dye dan DNA master.
14. Agarose, untuk mendteksi komples-kompleks antigen-antibodi dan untuk analisis
molekul DNA, RNA dan molekul protein.
15. Buffer TAE, untuk meneruskan arus listrik sehingga di terima oleh fragmen DNA
yang berada pada gel agarose yang terendampada larutan tersebut.
16. Redsafe, berfungsi sebagai reagen pewarnaan asam nuklet yang aman tanpa
toksisitas atau karsinogenisitas sebagai pengganti EtBr.
17. Qubit Buffer, digunakan untuk menghasilkan kondisi yang sesuai untuk
mengukur fluorescensi molekul, yang akan digunakan untuk mengukur
konsentrasi molekul tersebut
18. Qubit Reagen, digunakan untuk mengukur fluorescensi molekul, yang akan
digunakan untuk mendeteksi konsentrasinya.
19. Qubit Working Solution, untuk mempersiapkan larutan yang digunakan dalam
pengujian kualitas DNA menggunakan alat Qubit 3.0 Flourometer.
20. Loading Dye, berfungsi untuk melihat pergerakan DNA.
21. Microwave, berfungsi untuk melarutkan larutan agarose.
22. DNA master, berfungsi sebagai DNA yang akan di uji kualitas dan kuantitas.

3.3 Prosedur Kegiatan

Prosedur kegiatan praktikum ini adalah sebagai berikut :
Uji kualitas DNA
1. Menimbang Agarose sebanyak 0,32 g.
2. Menambahkan larutan Buffer TAE 40 ml ke dalam gelas beaker.
3. Memasukkan Agarose ke dalam Mikrowave dan dipanaskan selama 2 menit.
4. Menambahkan larutan Redfase 2 µl, kemudian di homogenkan.
 13

5. Larutan dituangkan kedalam cetakan agar yang pinggirannya telah di bungkus

plastic wrap.
6. Menunggu hingga agar mengeras dan siap dipakai.
7. Menggunting secukupnya parafilm kemudian meneteskan sebanyak 3 µl Loading
dye terbentuk titik diatasnya.
8. Memasukkan gel Agarose ke dalam tank berisi air.
9. Mengambil 2 µl DNA Master kemudian di homogenkan dengan Loading Dye
menggunakan Mikropipet dan dimasukkan kedalam wall gel agarose, beri jarak 1
wall dari masing-masing sisi sebagai tempat ladder.
10. Menyalakan elektroforesis dengan jarak waktu 30 menit dengan tegangan 100 v.
11. Hasil dari pengujian kualitas kemudian dimasukkan.
Uji kuantitas DNA
1. Memasukkan Qubit Buffer sebanyak 199 µl × jumlah sampel.
2. Memasukkan Qubit Reagen sebanyak 1 µl × jumlah sampel kedalam Qubit
Working Solution.
3. Kemudian mengambil tube Qubit sebanyak jumlah sampel.
4. Memasukkan DAN Master sebanyak 1µl kedalam tube Qubit dan ditambahkan
sampel ditempat gelap selama 2 menit.
5. Sampel kemudian di uji pada Qubit 3.0 Flourometer.

BAB IV
 14

HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1 Uji Kuantitas DNA (Deoxyribo Nucleic Acid)

Tabel 1. Hasil pengujian Kualitas DNA menggunakan Qubit 3.0 Flounometer
Kode sampel U1 (mg/µl) U2 (mg/µl) U3 (mg/µl) Rata-rata
TR 1 3,86 4,14 4,04 4,01
TR 2 3,98 4,08 4,14 4,06
TR 3 3,38 3,28 3,34 3,3
TR 4 4,28 4,22 4,32 4,27
Hasil konsentrasi rata-rata DNA daun yang didapatkan pada sampel pohon TR 1
adalah 4.01 mg/µl . Pada sampel pohon TR 2 adalah 4.06 mg/µl. Pada sampel pohon
TR 3 3,3 mg/µl pada sampel pohon TR 4 adalah 4,27 mg/µl. Konsentrasi DNA yang
dihasilkan berkisar antara 3,3 – 4,27 µg/ml. Konsentrasi paling rendah diperoleh pada
sampel TR 3 sebesar 3,3 µg/ml sedangkan konsentrasi paling tinggi diperoleh pada
sampel TR 4 sebesar 4,27 µg/ml. Hasil ini menunjukkan DNA yang diisolasi memiliki
konsentrasi yang baik.
Konsentrasi DNA akan berdampak pada kualitas fragmen hasil amplifikasi.
Konsentrasi DNA yang terlalu rendah akan menghasilkan fragmen yang sangat tipis
pada gel atau bahkan tidak terlihat secara visual, sebaliknya konsentrasi DNA yang
terlalu tinggi akan menyebabkan fragmen terlihat tebal sehingga sulit dibedakan antara
satu fragmen dengan fragmen lainnya. Konsentrasi hasil ekstraksi DNA dipengaruhi
oleh 2 faktor yaitu kecepatan ekstraksi pada waktu ekstraksi dan komposisi
penambahan lisis buffer. Faktor kecepatan ekstraksi merupakan faktor paling
berpengaruh karena pada tahap lisis sel dan presipitasi pengambilan supernatan harus
dilakukan per sampel, sehingga beberapa sampel terjadi pengendapan DNA. Salah
satu keuntungan pemakaian analisis keragaman genetik tanaman dengan
menggunakan teknik molekuler yang memanfaatkan teknologi amplifikasi (Harahap,
2017).
PCR (Polymerase Chain Reaction) adalah kuantitas DNA yang diperlukan hanya
sedikit. Di samping itu, dalam pelaksanaan teknik RAPD tingkat kemurnian DNA yang
dibutuhkan tidak perlu terlalu tinggi, atau dengan kata lain teknik amplifikasi PCR relatif
toleran terhadap tingkat kemurnian DNA. DNA yang sudah diukur konsentrasinya
diencerkan sehingga mendapatkan konsentrasi yang seragam untuk digunakan dalam
analisis PCR (Polymerase Chain Reaction). Selanjutnya dilakukan pengecekan kualitas
DNA dengan elektroforesis gel untuk mengetahui tingkat kemurnian DNA dari
kontaminan RNA dan keutuhan DNA hasil isolasi (Harahap, 2017).
4.2 Uji Kualitas DNA (Deoxyribo Nucleic Acid)

TR1 TR2 TR3 TR4

Bp
 15

Gambar 4.1 Hasil Kualitas Tristaniopsis merguensis

Uji kualitatis dilakukan dengan menggunakan 4 sampel daun pohon Tristaniopsis
merguensis. 4 sampel yang diuji kualitatif menggunakan teknik elektroforesis gel
agarose konsentrasi 0,8 % pada tangki berisi buffer TAE 1x, dengan tegangan 100 Volt
selama 45 menit. Hasil elektroforesis kemudian diamati di bawah UV Transilluminator.
Berdasarkan gambar 4.1 menunjukkan hasil uji kualitas DNA secara kualitatif.
Hasil tersebut diperoleh dari ekstraksi DNA yang diuji menggunakan elektroforesis
dengan gel agarosa 0,8 %. Secara umum sampel yang digunakan dalam uji kualitatif
menghasilkan pita-pita DNA. Namun demikian, pita-pita DNA hasil elektroforesis yang
diperoleh terdapat smear. Smear pita DNA tersebut diduga disebabkan oleh pemipetan
DNA berulang-ulang sehingga DNA akan terpotong. Hal ini mengakibatkan terjadinya
smear pada pita-pita yang diuji (Iqbal et al., 2016).
Larutan DNA dapat digunakan sebagai sampel cetakan PCR apabila DNA
memiliki nilai kemurnian. Nilai kemurnian DNA dapat ditentukan menggunakan
perbandingan Optical Density (OD) larutan pada berbagai macam gelombang dengan
menggunakan spektofotometer. Tingkat kemurnian DNA dikatakan baik jika nilai rasio
Optical Density (OD) 260/280 nm yang diperoleh antara 1.8-2.0. Rasio OD 260/280 nm
1.8 mengindikasikan DNA murni, sedangkan rasio OD 260/280 nm kurang dari 1.8
kemungkinan DNA terkontaminasi protein. Tingkat kemurnian diatas 2,0 menunjukkan
bahwa DNA tidak murni disebabkan juga oleh adanya sisa-sisa etanol pada saat
pengeringan yang tidak sempurna, faktor lain yang menyebabkan DNA tidak murni
adalah adanya sisa kandungan metabolit sekunder pada organ tanaman yang diekstrak
(Iqbal et al., 2016).
 16

BAB V
PENUTUP

5.1 Kesimpulan
Kesimpulan mengenai praktikum Uji Kualitas dan Kuantitas DNA yaitu :
Elektroforesis adalah tekhnik laboratorium untuk memisahkan molekul
bermuatan. ”Gel” merujuk pada matriks yang digunakan untuk memisahkan
molekulnya. Prinsip dasar Elektroforesis berhubungan dengan gaya gerak listrik yang
digunakan untuk mendorong atau menarik molekul melalu matriks gel. Dari hasil
praktikum Ekstrasi DNA dan Elektroforesis idapat hasil yaitu pada gel Agarose tidak
terbaca band atau pitanya, hal tersebut dapat dikarenakan kurangnya keaseptisan saat
bekerja, kurang cermat dalam memberi reagen/enzim serta dikarenakan perbedaan
nyata antara pita dipengaruhi ple prsentase Agarose, waktu elektroforesis, konsentrasi
TAE, derajat superkoil dan ukuran serta kompleksitas DNA.
Fluorometer mengukur konsentrasi DNA, RNA, dan protein dengan akurasi tinggi
menggunakan fluoresensi. Sampel yang dianalisis ditambahkan ke dalam tube assay
yang berisi reagen Qubit dan buffer. Reagen ini mengandung dye fluorescent yang
spesifik untuk target molekul. Setelah sampel ditambahkan, Qubit Fluorometer
mengukur fluorescensi digunakan untuk untuk menghitung konsentrasi molekul dalam
sampel.

5.2 Saran
5.1.1 Saran untuk Laboratorium
Saran saya untuk laboratorium adalah agar tetap menjaga kebersihan dan
semoga kedepannya laboratorium sudah tidak padat praktikan lagi.
5.1.2 Saran untuk Asisten
Saran saya untuk kakak agar mempertahankan sifat dan cara menjelaskannya
dengan baik saat melaksanakan praktikum.
 17

DAFTAR PUSTAKA
Alfaruqi, H. Q. D., Anindita, N. S., & Bimantara, A. (2021). KAJIAN MOLEKULER PADA
PROBIOTIK ASAL AIR SUSU IBU DALAM SINTESIS EKSOPOLISAKARIDA
(EPS). Jurnal Bioteknologi & Biosains Indonesia (JBBI), 8(1 SE-Research
Articles), 114–123. https://doi.org/10.29122/jbbi.v8i1.4554
Ayu Purwanti dan Twynnugroho Hadi Wiyanto Loka Riset Budidaya Rumput Laut Jl
Pelabuhan Etalase Perikanan, D., Tabulo Selatan, D., & Mananggu, K. (n.d.).
EKSTRAKSI DNA RUMPUT LAUT Kappaphycus alvarezii DENGAN METODE
CETYL TRIMETYL AMMONIUM BROMIDEC (CTAB). Buletin Teknik Litkayasa
Akuakultur, 18(1), 13–17.
Brigitta, A. F. D. G., Sunarpi, Prasedya, E. S., & Jupri, A. (2018). Uji Bioaktivitas
Ekstrak Rumput Laut Sargassum crisitaefolium Sebagai Agen Anti-UV Alami.
Universitas Mataram Journal, 62, 1–20.
Fatimah, N. (2011). Uji kuantitatif dna.
Harahap, A. S. (2017). Uji Kualitas Dan Kuantitas Dna Beberapa Populasi Pohon Kapur
Sumatera. Journal of Animal Science and Agronomy Panca Budi, 2(02), 1–6.
Iqbal, M., Dwi Buwono, I., & Kurniawati, N. (2016). Analisis Perbandingan Metode
Isolasi DNA Untuk Deteksi White Spot Syndrome Virus (WSSV) Pada Udang
Vaname (Litopenaeus vannamei) Comparative Analysis of DNA Isolation Methods
for Detection White Spot Syndrome Virus (WSSV) in White Shrimp (Litopenaeus
vannamei). Jurnal Perikanan Kelautan, VII(1), 54–65.
Li, Z., Zhang, P., Yang, B., Liu, J., Xi, H., Zhang, D., & Yamaguchi, Y. (2021). High
throughput DNA concentration determination system based on fluorescence
technology. Sensors and Actuators, B: Chemical, 328(June 2020), 128904.
https://doi.org/10.1016/j.snb.2020.128904
Mawardi, A. (2016). Uji Efektivitas Metode Isolasi DNA Genom Kopi Arabika (Coffea
Arabica L.) Asal Kabupaten Jayawijaya.
Mollah, A., Ashan, M. A., & Khatimah, A. H. (2022). Uji Kualitas dan Kuantitas DNA
Porang (Amorphophallus Muelleri Blume) pada Beberapa Kawasan di Sulawesi
Selatan. Jurnal Agritechno, 15(01), 1–7. https://doi.org/10.20956/at.v15i1.688
Nur’aini, S., Mukaromah, A. S., & Muhlisoh, S. (2019). Pengenalan Deoxyribonucleic
Acid (DNA) Dengan Marker-Based Augmented Reality. Walisongo Journal of
Information Technology, 1(2), 91. https://doi.org/10.21580/wjit.2019.1.2.4531
Rizko, N., Pancasakti Kusumaningrum, H., Siti Ferniah, R., Pujiyanto, S., Erfianti, T.,
Nurunnisa Mawarni, S., Tri Rahayu, H., & Khairunnisa, D. (2020). 6 Isolasi DNA
Daun Jeruk Bali Merah (Citrus maxima Merr.) dengan Modifikasi Metode Doyle
and Doyle. In Berkala Bioteknologi (Vol. 3, Issue 2).
Sembiring, E. R., Terryana, R. T., Anggraheni, Y. G. D., Prihaningsih, A., Batubara, I.,
Nurcholis, W., Ridwan, T., & Harmoko, R. (2023). Efektivitas Metode Ekstraksi
DNA pada Daun Segar dan Kering dari Tanaman Obat. Vegetalika, 12(3), 211.
https://doi.org/10.22146/veg.78957
Sundari dan Bambang Priadi Balai Riset Perikanan Budidaya Air Tawar dan
Penyuluhan Perikanan Jl Sempur No, S. (2019). TEKNIK ISOLASI DAN
ELEKTROFORESIS DNA IKAN TAPAH. Buletin Teknik Litkayasa Akuakultur,
17(2), 87–90.
 18

LAMPIRAN
Lampiran 1. Dokumentasi kegiatan

Menimbang Agarose sebanyak 0,32 gram Memasukkan Agarose dan Buffer

TAE ke beaker glass

Larutan Agarose di masukkan ke Mencetak larutan Agarose pada

dalam Microwave cetakan agar

Mencampur larutan loading dye Memasukkan sampel DNA ke

dan DNA master alat Qubit 3.0 Fluorometer
 19

lampiran 2. Sampul Buku dan Jurnal

20