Laporan Praktikum Bioteknologi Kelautan

EKSTRAKSI DNA

DISUSUN OLEH:

Siddiq Husyaini Husal

2011101010056

PROGRAM STUDI ILMU KELAUTAN

FAKULTAS KELAUTAN DAN PERIKANAN
UNIVERSITAS SYIAH KUALA DARUSSALAM,
BANDA ACEH
OKTOBER, 2023
 LEMBAR PENGESAHAN

EKSTRAKSI DNA

Oleh

Nama : Siddiq Husyaini Husal

Nim : 20111010109056
Program Studi : Ilmu Kelautan

Disetujui :

Asisten Koor Shift

Adinda Luthfia Nanda Ulfa Khaira

1911101010126 1811101010040

i
 ABSTRAK

Telah dilakukan praktikum dengan judul “ Ekstraksi DNA ” dimana ekstraksi DNA
merupakan proses pemisahan DNA dari komponen sel lainnya seperti protein,
karbohidrat, lemak dan lain-lain. Tujuan dari praktikum ini adalah untuk mendapatkan
mengisolasi DNA mitokondria dari ikan dengan mutu yang paling baik berdasarkan
ektraksi metode C-TAB. Manfaat dari praktikum ini adalah dapat mengetahui langkah-
langkah dah proses ekstraksi DNA. Praktikum ini dilaksanakan pada hari Sabtu, 21
Oktober 2023 pukul 12.00 – 14.00 WIB di Laboratorium Kimia Laut dan Bioteknologi
Laut Fakultas Kelautan dan Perikanan Universitas Syiah Kuala. Metode yang
digunakan dalam percobaan ini yaitu metode C-TAB. Hasil dari percobaan ekstraksi
DNA menggunakan daging ikan hiu ini didapatkan bahwa pada sampel 01 tidak ada
ditemukannya pellet DNA dan sampel 02 ditemukan adanya pellet DNA.

Kata Kunci :Ekstraksi, DNA, C-TAB, Pellet, Mitokondria.

ii
 KATA PENGANTAR

Puji syukur kehadirat Allah SWT yang telah memberikan rahmat dan karunia-
Nya, sehingga penulis dapat menyelesaikan laporan praktikum Bioteknologi Kelautan
yang berjudul “Ektraksi DNA” hingga selesai. Meskipun dalam laporan ini saya
mendapat banyak hambatan namun laporan ini dapat terselesaikan dalam waktu yang
ditentukan. Sholawat beriringan salam tidak lupa pula penulis sanjungkan kepada Nabi
Muhammad SAW yang telah membawa umat manusia dari zaman yang tidak ada
mempunyai ilmu pengetahuan menuju ke zaman yang penuh dengan ilmu pengetahuan
seperti sekarang ini.

Penulis ucapkan terima kasih kepada dosen dan para asisten laboratorium mata
kuliah Bioteknologi Laut serta semua pihak yang telah meberikan saran atas selesainya
laporan ini. Didalam penulisan laporan ini saya menyadari bahwa masih ada
kekurangan – kekurangan dan mengingat keterbatasan pengetahuan dan pengalaman
saya .

Semoga laporan ini dapat memberikan pengetahuan yang lebih luas kepada
pembaca. Walaupun laporan ini memiliki banyak kelebihan dan kekurangan ,oleh
sebab itu sangat diharapkan kritik dan saran dari semua pihak yang bersifat
memmbangun untuk melengkapi laporan ini dan berikutnya.

Darussalam, Oktober 2023

Penulis

iii
 DAFTAR ISI
Halaman
LEMBAR PENGESAHAN ......................................................................................... i
ABSTRAK ..................................................................................................................... ii
KATA PENGANTAR ................................................................................................. iii
DAFTAR ISI................................................................................................................ iv
DAFTAR TABEL ......................................................................................................... v
DAFTAR LAMPIRAN ............................................................................................... vi
BAB I PENDAHULUAN ............................................................................................. 1
1.1 Latar Belakang ............................................................................................. 1
1.2 Tujuan Penelitian ......................................................................................... 2
1.3 Manfaat Penelitian ........................................................................................ 2
BAB II TINJAUAN PUSTAKA .................................................................................. 3
BAB III METODE KERJA ......................................................................................... 4
3.1 Waktu dan Tempat ....................................................................................... 4
3.2 Alat dan Bahan ............................................................................................. 4
3.3 Cara Kerja..................................................................................................... 5
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN ...................................................................... 6
4.1 Hasil Pengamatan ......................................................................................... 6
4.2 Pembahasan .................................................................................................. 6
BAB V PENUTUP ........................................................................................................ 10
5.1 Kesimpulan ................................................................................................... 10
5.2 Saran ............................................................................................................. 10
DAFTAR PUSTAKA ................................................................................................... 11
LAMPIRAN .................................................................................................................. 12

iv
 DAFTAR TABEL

Halaman
Tabel 3.1 Alat ............................................................................................................. 5
Tabel 3.2 Bahan .......................................................................................................... 5
Tabel 4.1 Hasil Pengamatan...................................................................................... 7

v
 DAFTAR LAMPIRAN

Halaman

Lampiran Dokumentasi……………………………………………………………………13

vi
 BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Asam nukleat merupakan elemen penting pada seluruh organisme yang

berperan mengatur seluruh aktivitas hidup. Perkembangan ilmu pengetahuan dan
teknologi juga tidak bisa lepas dari analisis tingkat molekuler yang melibatkan asam
nukleat (DNA). Analisis tingkat molekuler dengan DNA sebagai objeknya diawali
dengan proses ekstraksi DNA untuk mendapatkan DNA yang murni dengan
konsentrasi tinggi sehingga dapat digunakan untuk analisis molekuler selanjutnya,
seperti PCR, RLFP, dan RAPD. DNA adalah rantai polinukleotida yang merupakan
tempat ditemukannya gen itu sendiri. DNA di dalam suatu sel dapat diekstraksi atau
diisolasi (Hafidz, 2014).

Isolasi DNA merupakan tahap awal dari DNA barcode. DNA barcode
merupakan teknik untuk mengidentifikasi suatu organisme melalui potongan gen
tertentu. Oleh karena itu, secara tidak langsung isolasi DNA bermanfaat untuk
mengidentifikasi semua bentuk tingkatan kehidupan mulai dari telur, larva, pupa,
sampai dewasa bahkan mampu digunakan untuk fragmen tubuh yang tidak diketahui
asalnya. Aplikasinya dalam kehidupan yaitu dalam analisis forensic atau analisis
penyakit genetic (Zein, 2015).

Ekstraksi DNA dapat dilakukan dengan berbagai metode, baik konvensional

maupun menggunakan kit. Ekstraksi DNA secara konvensional bisa dilakukan antara
lain dengan metode CTAB/NaCl. Isolasi DNA/RNA merupakan langkah awal yang
harus dikerjakan dalam proses rekayasa genetika sebelum melangkah ke proses
selanjutnya. Prinsip dasar isolasi total DNA/RNA dari jaringan adalah dengan
memecah dan mengektraksi jaringan tersebut sehingga akan terbentuk ekstrak sel yang
terdiri dari DNA, RNA dan subsransi dasar lainnya (Maros et al., 2016).

1
1.2 Tujuan Praktikum

Adapun tujuan dari praktikum ini yaitu dapat mengisolasi DNA mitokondria
dari ikan dengan mutu yang paling baik berdasarkan ektraksi metode C-TAB.

1.3 Manfaat Praktikum

Adapun manfaat praktikum ini yaitu :

1. Dapat mengetahui pengertian ektraksi DNA.
2. Dapat mengetahui langkah-langkah ekstraksi DNA.
3. Dapat mengetahui fungsi dari ektraksi DNA.
4. Dapat mengetahui setiap proses ektraksi DNA.
5. Dapat mengetahui jenis-jenis alat yang digunakan pada saat ektraksi DNA.

2
 BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
Deoxyribonucleic acid (DNA) isolasi adalah proses ekstraksi DNA dari berbagai
sumber. Sumber untuk isolasi DNA sangat beragam. Pada dasarnya dapat diisolasi dari
organisme hidup atau mati. Sumber umum untuk isolasi DNA meliputi seluruh darah,
rambut, sperma, tulang, kuku, jaringan, noda darah, air liur, bukal (pipi)kapas, sel epitel, urin
( Koreny et al., 2022).

Ekstraksi DNA adalah proses dan tahapan pertama yang dilakukan untuk
mendapatkan total DNA dari suatu biota. Secara umum, ekstraksi DNA meliputi beberapa
tahapan proses penting, yaitu dari mulai tahap persiapan hingga akhirnya diperoleh ekstrak
DNA yang terlarut dalam suatu larutan penyangga (buffer) khusus. Larutan tersebut
digunakan untuk menyimpan dan mempertahankan kondisi DNA secara kualitatif dan
kuantitatif dalam jangka waktu yang relative lama. Secara kualitatif, berarti larutan
penyangga tersebut harus dapat mempertahankan kualitas DNA yang terlarut tetap dalam
kondisi baik (Gultom et al., 2020).

Struktur DNA pertama kali dijelaskan oleh James Watson dan Francis Crick. Watson
dan Crick menyimpulkan bahwa struktur DNA merupakan rantai ganda (double helix).
Terdiri dari gugus foffat, basa nitrogen, gula ribosa, dan adanya ikatan hydrogen yang
menghubungkan kedua basa nitrogen (Ariyanti et al., 2019).

DNA ditemukan pada semua makhluk hidup dari mikroorganisme sampai organisme
tingkat tinggi, misalnya manusia, hewan, dan tumbuhan. DNA terdapatdalam sel dan inti sel.
DNA dapat diekstraksi dari segala macam organ yang terdapat pada bagian tubuh makhluk
hidup bersel, misalnya tumbuhan dapat diekstraksi dari daun, buah ataupun batangnya (Gill
et al., 2016).

Banyak strategi yang digunakan untuk esktraksi DNA dari sel bakteri , seperti
enzimatik , kimiawi atau termal lisis, dan gangguan mekanik pada dinding sel. Variasidala
efesiensi lisis dan fundamental DNA dapat mempengaruhi keberhasilan analisis DNA
dengan metode seperti PCR. Setiap pendekatan kerusakan sel memiliki kelebihan dan
kekurangan tertentu. Metode kimia menggunakan deterjen untuk melarutkan membrane sel
seperti SDS, Triton X-100, dan CTAB (Fitriya et al., 2015).

3
 BAB III

METODE KERJA

3.1 Waktu dan Tempat

Praktikum Bioteknologi Laut dengan judul “Ekstraksi DNA” dilaksanakan

pada hari Sabtu, 21 Oktober 2023, pukul 12.00 – 14.00 WIB yang bertempat di
Laboratorium Kimia Laut dan Bioteknologi Laut, Fakultas Kelautan dan Perikanan,
Universitas Syiah Kuala.

3.2 Alat dan Bahan

Adapun alat dan bahan yang digunakan dalam praktikum ini yaitu :
Tabel 3.1 Alat
No Alat Jumlah Fungsi
1. Tube 2 unit Sebagai tempat lisis sampel
jaringan ikan.
2. Mikropipet 2 unit Untuk pengambilan larutan.
3. Sentrifus 1 unit Untuk penghomogenan sampel
esktraksi.
4. Tip 1 unit Tube berukuran kecil untuk
pengambilan larutan dengan
mikropipet.
5. Pembakar Bunsen 1 unit Mensterilkan alat pemotong
sampel.
6. Inkubator 1 unit Untuk
7. Gunting 1 unit Untuk penghancur sampel.

4
Tabel 3.2 Bahan
No Bahan Jumlah Fungsi
1. C-TAB 700 μL Larutan buffer lisis sampel.
2. Daging ikan hiu 1-2 mm Sebagai enzim tambahan.
3. CIA (Chloroform 700 μL Sebagai campuran pelarut lisis.
Isoamyl Alcohol)
4. Ethanol (96%) Secukupnya Disinfektan.
5. Ethanol (70%) Secukupnya Disinfektan.
6. Proteinase K 3 μL Sebagai enzim tambahan.

3.3 Cara Kerja

1. Persiapan
Disiapkan meja kerja dengan menggunakan ethanol 96% dan 10% dengan
bleach. Digunakan jas laboratorium dan glove untuk menghindari iritasi dan
kontaminasi . Preheat incubator sebelum digunakan pada suhu 96%. Disiapkan
microtube 1,5 ml dan diberi nama sesuai dengan ID.

2. Prosedur Pembedahan

Dihancurkan 1-2 mm kubik jaringan ke dalam tabung micro-centrifagus 1,5 ml

dan ditambahkan 700 μL buffer C-TAB dan 3 μL Proteinase K. Kemudian
diinkubasi dalam incubator pada suhu 96% selama 30 menit. Ditambahkan 700 μL
CIA dan kocok kuat selama 15 detik dengan tangan. Disentrifugasi pada 11.000
rpm selama 10 menit. Dipindahkan 570 μL air bagian atas ke dalam 1,5 mL baru.
Disentrifugasi mikro, kemudian ditambahkan 570 volume EtOH absolut. Diaduk
rata dengan membalik beberapa kali. Diinkubasi sampel pada suhu -20˚ selama 10
menit di freezer. Disentrifugasi ulang dengan 13.000 rpm selama 5 menit. Buang
EtOH dan keringkan pellet.

5
 BAB IV

HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1 Hasil Pengamatan

Berikut adalah hasil pengamatan dari praktikum yang telah dilakukan :

Tabel 4.1 Hasil Pengamatan

No Sampel ID Sampel Details Hasil

1. 01 Daging Ikan Hiu ada pellet DNA
2. 02 Daging Ikan Hiu Tidak ada pellet DNA

4.2 Pembahasan

Ekstraksi DNA adalah proses dan tahapan pertama yang dilakukan untuk
mendapatkan total DNA dari suatu biota. Pengenalan isolasi DNA sangatlah penting,
mengingat bioteknologi pada akhir-akhir ini sangat maju. Terlebih untuk bidang
biologi molekuler. Beberapa bakteri telah berhasil diintroduksi ke dalam tanaman padi,
kapas, dan kedelai. Pentingnya bioteknologi untuk perkembangan keanekragaman
hayati dimasa mendatang memerlukan sebuah keterampilan dan pemikiran.

Ekstraksi DNA secara umum memiliki tahapan-tahapan yang meliputi isolasi

dari jaringan, pelisisan dinding dan membrane sel, ekstraksi dalam larutan, purifikasi
serta presipitasi atau pemadatan. Dalam prosesnya terdapat tiga larutan penting dalam
isolasi DNA, yaitu larutan buffer untuk lisis, larutan buffer untuk digesti, dan
proteinase K. Proses penghancuran sel (lisis) secara kimia dilakukan dengan
memanfaatkan senyawa kimia seperti EDTA (Etil Adiamin Tetra Asetat) dan SDS
(Sodium Dodesil Sulfat). EDTA merusak atau menghancurkan sel dengan cara
mengikat ion magnesium. Ion magnesium berfungsi dalam mempertahankan integritas
sel dan meningkatkan aktivitas enzim nuclease yang merusak asam nukleat. SDS yang
merupakan sejenis deterjen digunakan untuk merusak membrane sel.

DNA memiliki struktur pilinan utas ganda yang anti pararel dengan komponen-
komponennya, yaitu gula pentose (deoksiribosa), gugus fosfat dan pasangan basa.

6
Sebuah sel memiliki DNA yangmerupakan materi genetic dan bersifat herediter pada
seluruh system kehidupan. Genom adalah set lengkap dari materi genetic (DNA) yang
dimiliki suatu organisme dan terorganisasi menjadi kromosom.

Prinsip dasar isolasi DNA adalah dengan memecah dan mengekstraksi jaringan
sehingga akan terbentuk ekstrak sel yang terdiri dari DNA, RNA dan substansi dasar
lainnya. Kemudian ekstrak sel dipurifikai sehingga dihasilkan pellet yang
mengandung DNA total. Prinsip-prinsip isolasi DNA plasmid hampir sama dengan
isolasi total DNA dari jaringan.

Prinsip-prinsip dalam melakukan isolasi DNA ada 2 yaitu sentrifugasi dan

presipitasi. Prinsip utama sentrifugasi adalah memisahkan substansi berdasarkan berat
jenis molekul dengan cara memberikan gaya sentrifugal sehingga substansi yang lebih
ringan akan terletak di atas. Teknik sentrifugasi tersebut dilakukan di dalam sebuah
mesin yang bernama mesin sentrifugasi dengan kecepatan yang bervariasi , contohnya
2500 rpm atau 300 rpm.

Salah satu jenis metode isolasi DNA yang sering digunakan yaitu isolasi DNA
metode C-TAB (Centhyltrimethyl Ammonium Bromide). Isolasi DNA metode C-TAB
adalah metode isolasi DNA konvensional yang masih digunakan secara luas sampai
saat ini. Dalam metode ini, senyawa C-TAB digunakan sebagai agen detergen yang
dapat mendegradasi dinding sel, mendenaturasi protein, memisahkan karbohidrat,
merusak membrane sel, dan melarutkan DNA. Umumnya metode ini digunakan dalam
ekstraksi DNA genom tanaman yang mengandung banyak polisakarida dan senyawa
polifenol. Metode ini memiliki kelebihan yaitu tidak membutuhkan biaya yang mahal
dibandingkan menggunakan metode kit. Adapun kekurangan metode C-TAB yaitu
membutuhkan waktu yang relative lama dan hasil yang diperolah tergantung pada jenis
sampel yang digunakan.

Berdasarkan praktikum ini didapatkan hasil percobaan ekstraksi DNA

menggunakan daging ikan hiu pada sampel LP1-01 ditemukan adanya pellet DNA dan
pada sampel LPI-02 tidak ditemukannya pellet DNA

Ada banyak faktor yang menyebabkan gagalnya praktikum tersebut

diantaranya proses pengerjaan yang tidak berada pada kondisi akseptik, sehingga
dimungkinkan terjadinya kontaminan DNA lain. Adanya proses pengerjaan yang tidak

7
sesuai dengan langkah kerja yang seharusnya. Misalnya penambahan 700 μL dan
proteinase K 3 μL seharusnya tube diingkubasi selama 2-3 jam pada suhu 60˚C, namunpada
proses ini hanya diingkubasi selama 30 menit pada suhu 96 ˚C. Serta tahapan lainyang tidak
sesuai. Prosedur yang tidak sesuai dengan langkah kerja yang seharusnya disebabkan
adanya keterbatasan waktu praktikum di laboratorium. Oleh sebab itu, pada praktikum kali
ini hanya lebih ditekankan bagaimana mengenal alat-alat dan bahan untuk ekstraksi DNA
serta bagaimana prinsip kerjanya.

9
 BAB V

PENUTUP

5.1 Kesimpulan

Adapun kesimpulan dari praktikum ini adalah sebagai berikut :

1. Adapun kekurangan metode C-TAB yaitu membutuhkan waktu yang relative

lama dan hasil yang diperolah tergantung pada jenis sampel yang digunakan.
2. Terdapat tiga larutan penting dalam isolasi DNA, yaitu larutan buffer untuk
lisis, larutan buffer untuk digesti, dan proteinase K.
3. Prinsip-prinsip dalam melakukan isolasi DNA ada 2 yaitu sentrifugasi dan
presipitasi.
4. Pada sampel 01 ditemukan adanya pellet DNA.
5. Pada sampel 02 tidak ditemukan adanya pellet DNA.

5.2 Saran

Semoga praktikum kedepannya berjalan dengan lancar sampai praktikum selesai dan
mendapatkan nilai yang bagus.

10
 DAFTAR PUSTAKA

Ariyanti, Y., dan Sianturi,S. 2019. Ekstraksi DNA Total Dari Sumber Jaringan Hewan(Ikan
Kerapu) Menggunakan Metode Kit Fir Animal Tissue. Journal of Science and
Applicative Technology, 3(1), 40.

Fitriya, R. Tyas. 2015. Keefektifitan Metode Isolasi DNA Kit dan CTAB/Nacl yang
Dimodifikasi pada Staphylococcus aureus dan Shigella dysentriae. LenteraBio
Vol.4 No.1, Januari 2015: 87-92.

Gultom, J. L., M. Wurarah dan M. M, Rampengan. 2020. Analisis DNA Mitokondria Gen
16S Rrna Ikan Payangka (Ophieleotris aporos) yang Hidup di Danau Tondano.
Nukleus Biosains. 1(2): 70-78.

Hafidz, S. 2014. Genetika Manusia. Gajah Mada University Press. Yogyakarta.

Koreny, L., M.Pbornik, E. Horakova, R. F. Waller dan J. Lukes. 2022. The Convoluted
History of Haem Biosynthesis. Biological Reviews, 97(1): 141-162.

Maros, H., dan Juniar, S. 2016. DNA Extraxtion Method of Jatrhopa spp. Jurnal Littri,
22(4), 159-166.

Zein, M.S.A. dan D.M. Prawiradilaga. 2015. DNA Barcode Fauna Indonesia.
Kencana. Jakarta.

11
 LAMPIRAN
Lampiran 1 Dokumentasi

Gambar 1. Pencincangan daging ikan Gambar 2. Sampel diinkubasi dalam

hiu inkubator

Gambar 4. Dimasukkan kedalam

Gambar 3. Ditambahkan larutan C-TAB
sentrifugasi

Gambar 5. Sampel dimasukkan kedalam

freezer

12