Laporan Praktikum Bioteknologi Laut

EKSTRAKSI DNA

Disusun Oleh :

Nama : Rahmat Farhan

Nim : 2011101010115
kelompok : 4 (empat)
Asisten : Sultan Sufie

PROGRAM STUDI ILMU KELAUTAN

FAKULTAS KELAUTAN DAN PERIKANAN
UNIVERSITAS SYIAH KUALA
BANDA ACEH, OKTOBER 2023
 LEMBAR PENGESAHAN
LAPORAN PRAKTIKUM BIOTEKNOLOI LAUT

EKSTRAKSI DNA

Oleh

Nama : Rahmat Farhan

NIM : 20111010101115
Kelempok : 4 (empat)
Asisten : Sultan Sufie

Disetujui :

Asisten Koor Asisten

Sultan Sufie Nanda Ulfa Khaira

2011101010108 2011101010108
 ABSTRAK
Telah dilakukan percobaan dengan judul ‘Uji Kadar Air’ yang dilakukan di Laboraturium Kimia
Laut dan Bioteknologi, Fakultas Kelautan dan Perikanan, Universitas Syiah Kuala. Uji kadar air
yaitu proses pengukuran jumlah air yang terkandung dalam suatu bahan atau substansi. Analisis
kadar air dalam bahan pangan sangat penting dilakukan baik pada bahan pangan kering maupun
pada bahan pangan segar. Pada percobaan ini bertujuan untuk mengetahui cara penentuan kadar
air dalam daun mangrove, agar mahasiswa mengetahui jumlah kadar air yang ada dalam daun
mangrove. Alat yang digunakan adaah desikator, cawan petri, oven, timbangan analitik, penjepit,
label name dan kamera. Bahan yang digunakan yaitu daun mangrove tua, daun mangrove muda,
dan daun kupula. Manfaat dari praktikum ini mahasiswa dapat mengetahui metode apa yang
digunakan, mengetahui kadar air dalam daun mangrove muda, tua dan daun kupula, mengetahui
penyebab air terlalu banyak bisa menyebabkab apa, mengetahui tipe-tipe air dalam bahan
pangan. Percobaan ini dilaksanakan pada hari Rabu, 11 Oktober 2023. Metode yang dilakukan
pada praktikum ini adalah metode pengeringan atau metode thermogravimetri. Hasil yang
didapat pada praktikum kali ini adalah pada sampel daun mangrove tua(Avicennia marina)
menghasilkan kadar air 66,7%, pada sampel daun mangrove muda (Avicennia marina)66,7% dan
pada sampel daun kupula(Mimusops elengi) menghasilkan 33,3%.

Kata kunci : Daun mangrove muda, daun mangrove tua, daun kupula, kadar air,
thermogravimetri.
 KATA PENGATAR

Puji dan syukur kepada Allah SWT atas berkat rahmat dan hidayah-Nya sehingga penulis
bisa menyelesaikan proposal skripsi yang berjudul “Uji Kadar Air ” untuk melengkapi laporan
praktikum mata kuliah bioteknologi laut. Shalawat beserta salam kita sanjung dan ucapkan
kepada Nabi Muhammad SAW yang telah membawa kita ke zaman yang penuh ilmu
pengetahuan seperti saat ini.
Penulis mengucapkan terima kasih kepada Bapak Sultan Sufie sebagai asisten dan kawan
kawan seperjuangan yang telah memberikan bimbingan dan arahan kepada penulis sehingga
laporan praktikum ini dapat terselesaikan dengan baik. Penulis menyadari bahwa dalam
penyusunan laporan praktikum ini tidak luput dari segala kekurangan dan kesalahan. Oleh karena
itu, penulis sangat mengharapkan kritik dan saran yang membangun demi kesempurnaan laporan
praktikum ini.

Darussallam , Oktober 2023

Praktikan
DAFTAR ISI

Halaman
 DAFTAR TABEL
Halaman

Tabel 3.2.1 Alat......................................................................................................................11

Tabel 3.2.2 Bahan...................................................................................................................11
Tabel 4.1 Hasil Pengamatan..................................................................................................13
 DAFTAR LAMPIRAN

Halaman

Analisa Data.............................................................................................................................12
Dokumentasi.............................................................................................................................17
 BAB I
PENDAHULUAN
1.1 latar belakang
Molekul DNA harus dipisahkan dari material seluler lainnya sebelum dapat diperiksa.
Protein sel yang menyelubungi dan melindungi DNA dapat menghambat kemampuan
menganalisis DNA.Oleh karena itu, metode untuk mengekstrasi DNA telah dikembangkan untuk
memisahkan protein dan materi seluler lainnya dari 15 molekul DNA. Selain itu, kuantitas dan
kualitas DNA sering diukur sebelum proses lanjutan lainnya untuk memastikan akan didapatkan
hasil yang optimal.4.Ekstraksi DNA secara umum memiliki tahapan-tahapan yang meliputi
isolasi dari jaringan, pelisisan dinding dan membran sel, ekstraksi dalam larutan, purifikasi serta
presipitasi atau pemadatan.
Dalam prosesnya terdapat tiga larutan penting dalam isolasi DNA, yaitu larutan buffer untuk
lisis, larutan buffer untuk digesti, dan protein kinase K. Proses penghancuran sel (lisis) secara
kimia dilakukan dengan mamanfaatkan senyawa kimia seperti EDTA (Etil Ediamin Tetra Asetat)
dan SDS (Sodium Dodesil Sulfat). EDTA merusak atau menghancurkan sel dengan cara
mengikat ion magnesium. Ion magnesium berfungsi dalam mempertahankan integritas sel dan
mengingkatkan aktivitas enzim nuklease yang merusak asam nukleat. SDS yang merupakan
sejenis deterjen digunakan untuk merusak membran sel.
Proses ekstraksi DNA adalah memisahkan DNA dari substransi yang tidak diinginkan dari
sel namun secara hati-hati agar DNA tidak rusak. Dengan kata lain, ekstraksi DNA
memindahkan DNA itu sendiri dari sel atau virus. Ekstraksi DNA sering diaplikasikan dalam
proses diagnosa untuk mendeteksi bakteri atau virus dalam rangka mendiagnosa penyakit.
Metode ekstraksi DNA adalah proses pemisahan molekul DNA dari protein dan material lainnya
dalam sel .Dalam definisi sederhana, ekstraksi DNA adalah memindahkam asam deoksiribosa
dari sel atau virus.Jadi, ekstraksi DNA merupakan proses memisahkan DNA dari substansi yang
tidak diperlukan. DNA diekstraksi dalam rangka untuk kebutuhan forensik atau kebutuhan
lainnya yang membutuhkan rantai DNA murni. Substansi yang mengganggu antara lain protein
dan material sel lainnya.
1.2 Tujuan Praktikum
Tujuan dilakukannya percobaan ini adalah untuk mendapatkan isolasi mitokondria dari ikan
dengan mutu yang paling baik berdasarkan ekstraksi metode C-TAB.
1.2 Manfaat Praktikum
Adapun manfaat dilakukannya percobaan ini yaitu:
1. Mahasiswa dapat mengetahui apa itu ekstraksi DNA.
2. Mahasiswa dapat mengetahui tahapan dari ekstraksi DNA.
3. Mahasiswa dapat mengetahui reagen apa yang digunakan dalam mengisolasi DNA
mitokondria dari sampel daging ikan hiu.
4. Mahasiswa dapat mengetahui metode kerja dari ekstraksi DNA.
5. Mahasiswa dapat mengetahui alat yang digunakan dalam mengekstraksi DNA.
 BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
Proses lisis merupakan tahapan awal yang menjadi penentukeberhasilan suatu
ekstraksi DNA (Gill et al., 2016). Terdapat beberapa cara yangdapat digunakan dalam tahapan
lisis yaitu cara kimia dengan menggunakan enzimseperti proteinase-K dan SDS, selain itu
dengan cara mekanik yaitu menggunakannitrogen cair (Ahari et al., 2012), dan inkubasi dengan
menggunakan perlakuansuhu (Espinoza, 2017)
Isolasi DNA dapat dilakukan melalui tiga tahapan yaitu lisis (pemecahandinding sel),
ekstraksi DNA, dan presipitasi DNA. Meskipun isolasi DNA dapatdilakukan dengan berbagai
cara, akan tetapi pada setiap jenis atau bagian tanamandapat memberikan hasil yang berbeda, hal
ini karena adanya senyawa polifenoldan polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang dapat
menghambat pemurnianDNA. Dalam proses isolasi DNA, tahap penghancuran (lisis) dinding
sel sangatditentukan oleh persiapan sampel dan persiapan buffer ekstraksi. Secara umum,
semakin luas bidang reaksi antara sel dengan buffer lisis akan semakinmeningkatkan
efisiensi isolasi DNA. Penghancuran jaringan tanamanmenggunakan nitrogen cair (N2)
atau pencacahan di dalam buffer ekstraksibertujuan untuk memperluas bidang reaksi
dan meningkatkan efisiensi isolasiDNA (Wahyuni, 2019).

Ekstraksi DNA adalah proses

dan tahapan pertama yang
dilakukan untuk
mendapatkan total DNA dari
suatu biota. Secara umum,
ekstraksi DNA meliputi
beberapa tahapan proses
penting, yaitu dari mulai tahap
persiapan hingga akhirnya
diperoleh ekstrak DNA yang
terlarut dalam suatu larutan
penyangga (buffer)
khusus. Larutan tersebut
digunakan untuk menyimpan
dan mempertahankan
kondisi DNA secara kualitatif
dan kuantitatif dalam jangka
waktu yang relative
lama. Seeara kualitatif,
berarti larutan penyangga
tersebut harus dapat
mempertahankan kualitas DNA
yang terlarut tetap dalam
kondisi baik (Gultom et
al., 2020).
Deoxyribonucleic acid (DNA) isolasi adalah proses ekstraksi DNA dariberbagai sumber.
Sumber untuk isolasi DNA sangat beragam. Pada dasarnyadapat diisolasi dari organisme
hidup atau mati. Sumbersumber umum untukisolasi DNA meliputi seluruh darah, rambut,
sperma, tulang, kuku, jaringan,noda darah, air liur, bukal (pipi) kapas, sel epitel, urin (Kořený et
al., 2022).

Deoxyribonucleic acid (DNA)

isolasi adalah proses ekstraksi
DNA dari
berbagai sumber. Sumber
untuk isolasi DNA sangat
beragam. Pada dasarnya
dapat diisolasi dari organisme
hidup atau mati.
Sumbersumber umum untuk
isolasi DNA meliputi
seluruh darah, rambut, sperma,
tulang, kuku, jaringan,
noda darah, air liur, bukal (pipi)
kapas, sel epitel, urin (Kořený
et al., 2022)
Deoxyribonucleic acid (DNA)
isolasi adalah proses ekstraksi
DNA dari
berbagai sumber. Sumber
untuk isolasi DNA sangat
beragam. Pada dasarnya
dapat diisolasi dari organisme
hidup atau mati.
Sumbersumber umum untuk
isolasi DNA meliputi
seluruh darah, rambut, sperma,
tulang, kuku, jaringan,
noda darah, air liur, bukal (pipi)
kapas, sel epitel, urin (Kořený
et al., 2022)
Asam nukleat dalam sel ada dua jenis yaitu DNA (deoxyribonucleic acid)dan RNA
(ribonucleic acid) atau asam ribonukleat. Baik DNA maupun RNAberupa anion dan pada
umumnya terikat oleh protein dan bersifat basa. MisalnyaDNA dalam inti sel terikat pada histon.
Senyawa gabungan antara protein danasam nukleat disebut nukleoprotein. Molekul asam nukleat
merupakan polimerseperti protein tetapi unit penyusunnya adalah nukleotida. Salah
satu contohnukleotida asam nukleat bebas adalah ATP yang berfungsi sebagai
pembawaenergy (SETIAWAN, 2013)

Proses lisis merupakan

tahapan awal yang menjadi
penentu
keberhasilan suatu ekstraksi
DNA (Gill et al., 2016).
Terdapat beberapa cara yang
dapat digunakan dalam tahapan
lisis yaitu cara kimia dengan
menggunakan enzim
seperti proteinase-K dan SDS,
selain itu dengan cara mekanik
yaitu menggunakan
nitrogen cair (Ahari et al.,
2012), dan inkubasi dengan
menggunakan perlakuan
suhu (Espinoza, 2017)
Ekstraksi DNA adalah proses dan tahapan pertama yang dilakukan untukmendapatkan
total DNA dari suatu biota. Secara umum, ekstraksi DNA meliputibeberapa tahapan proses
penting, yaitu dari mulai tahap persiapan hingga akhirnyadiperoleh ekstrak DNA yang
terlarut dalam suatu larutan penyangga (buffer)khusus. Larutan tersebut digunakan
untuk menyimpan dan mempertahankankondisi DNA secara kualitatif dan kuantitatif dalam
jangka waktu yang relativelama. Seeara kualitatif, berarti larutan penyangga tersebut
harus dapatmempertahankan kualitas DNA yang terlarut tetap dalam kondisi baik (Gultom etal.,
2020).
 BAB III

METODE KERJA

3.1 Waktu dan Tempat

Praktikum ini dilaksanakan pada hari rabu, 18 Oktober 2023 pada pukul 08.00 WIB sampai
dengan selesai di Laboratorium Kimia Laut dan Bioteknologi Laut, Fakultas Kelautan dan
Perikanan, Universitas Syiah Kuala.
3.2 Alat dan Bahan

Alat dan bahan yang digunakan pada praktikum kali ini adalah sebagai berikut:
Tabel 3.2.1 Alat

No Alat Jumlah Fungsi

1 Pembakar spiritus 1 unit Membakar gunting dan pinset agar steril
2 Gunting 1 unit Mencacah sampel
3 Pinset 1 unit Menjepit atau mencacah sampel
4 Tube ektraksi 1 unit Wadah sampel ekstraksi
5 Rak tube 1 unit Untuk meletakkan tube
6 Mikropipet dan tip 1 unit Memimdahkan reagen yang bervolume kecil
dengan satuan microlite
7 Centrifuge 1 unit Menghomogenkan reagen
8 Tip pipet 1 unit Mengisi reagen
9 Inkubator 1 unit Tempat melisiskan DNA
10 Sarung tangan 1 unit Menjaga kesterilan sampel
11 masker 1 unit Menjaga kesterilan sampel

Tabel 3.2.2 Bahan

No Bahan Jumlah Fungsi

1 Ethanol 96%
2 Alkohol 70%
3 C-TAB
4 CIA
5 Proteinase K
1L Menjaga keadaan dan kualitas sampel
600 µL Sebagai sterilisasi
700 µL Mendegradasi dinding sel, mendenaturasi
protein dan memisahkan dari komponen lain
700 µL Mengekstrak dan mengendapkan komponen
polisakarida didalam buffer ekstraksi yang
mengkontaminasi DNA
3 µL Mendegradasi protein globular maupun
rantai polipeptida sel
 6 NaCL 25 µL Mencuci endapam DNA agar tidak
terkontaminasi
7 DDH2O 50 µL Melarutkan DNA
8 Balok es 1 Menjaga sampel dan reagen agar dalam
kondisi dingin
9 Sampel daging 1 Sampel yang diekstraksi
ikan hiu

3.3 Cara Kerja

Cara kerja pada praktikum kali ini adalah sebagai berikut:

Tahapan 1:
1. Berikan nama pada tube baru sesuai dengan tube sampel. Setelah semua ditulis, hidupkan
spiritus lalu panaskan alat potong dan dinginkan.
2. Ambil sampel taruh ditisu agar sedikit kering, ambil potongan daging sampel sebesar 2-3
mm kubik jaringan.
3. Cacah daging sampel hingga halus didalam tube baru, sampel sisa dimasukkan kembali
ke tube lama.
4. Tambahkan 700 µL larutan C-TAB dan 3 µL Proteinase K (suhu dingin) ke dalam tube
baru, kemudian diinkubasi dalam inkubator pada suhu 96oC selama 30 menit.
5. Selanjutnya tambahkan 700 µL CIA dan shake dengan tangan selama 15 detik.
6. Sentrifuse dengan kecepatan 11.000 rpm selama 15 menit.
7. Kemudian pindahkan 570 µL bagian atas (super natan) cairan ke tube (1,5 µL sentrifuse).
Lalu tambahkan dengan jumlah yang sama EtOH dan volume yang diambil tadi, aduk
rata dengan membalik beberapa kali.
8. Inkubasi sampel pada suhu -20oC selama 30 menit.
Tahapan 2:
1. Sentrifuse dengan kecepatan 13.000 rpm selama 15 menit, lalu buang larutan didalam
tube (super natan) dan tinggalkan peletnya.
2. Lalu ditambahkan 600 µL EtOH 70% dan 25 µL NaCL 3 M.
3. Sentrifuse pada kecepatan 13.000 rpm selama 15 menit.
4. Selanjutnya buang EtOH dan keringkan peletnya, dan larutkan kembali pelet dengan 20-
100 µL DDH2O.
3.4 Analisa Data

Tidak ada analisa data pada percobaan kali ini.

BAB IV
 HASIL DAN PEMBAHASAN

Ekstraksi DNA adalah proses

dan tahapan pertama yang
dilakukan untuk
mendapatkan total DNA dari
suatu biota. Pengenalan
isolasi DNA sangatlah
penting, mengingat
bioteknologi pada akhir-akhir
ini sangat maju. Terlebih untuk
bidang biologi molekuler.
Beberapa bakteri telah berhasil
diintroduksi ke dalam
tanaman padi, kapas, dan
kedelai. Pentingnya
bioteknologi untuk
perkembangan
keanekaragaman hayati dimasa
mendatang memerlukan sebuah
keterampilan dan
pemikiran
4.1 Hasil Pengamatan

Hasil yang diperoleh pada praktikum ini adalah:

Tabel 4.1 Hasil Pengamatan

No Sampel ID Sampel Details Hasil

1 LPI-01 Daging Ikan Hiu Ada Pellet DNA

2 LPI-02 Daging Ikan Hiu Tidak Ada Pellet DNA

4.2 Pembahasan

Ekstrasi DNA merupakan tahap pertama penelitian molekuler yang sangat berpengaruh
terhadap kualitas isolasi DNA. Ekstraksi DNA merupakan teknik untuk memisahkan DNA dari
sumber asal, inti sel, atau organel sel (DNA kloroplas, DNA mitokondria). Ekstraksi DNA
menggunakan jaringan yang masih segar, beku, dikeringkan atau disimpan dalam alkohol atau
buffer. Prinsip utama dalam isolasi DNA ada tiga yakni, penghancuran (lisis), estraksi atau
pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan protein, serta pemurnian DNA. Prinsip
dasar Ektraksi DNA adalah menghancurkan membran dan dinding sel kemudian mengekuarkan
DNA yang terdapat didalam nukleus dan mitokondria tanpa menyebabkan kerukasan DNA.
Dalam prosesnya terdapat tiga larutan penting dalam isolasi DNA, yaitu larutan buffer untuk
lisis, larutan buffer untuk digesti, dan protein kinase K. Proses penghancuran sel (lisis) secara
kimia dilakukan dengan mamanfaatkan senyawa kimia seperti EDTA (Etil Ediamin Tetra Asetat)
dan SDS (Sodium Dodesil Sulfat). EDTA merusak atau menghancurkan sel dengan cara
mengikat ion magnesium. Ion magnesium berfungsi dalam mempertahankan integritas sel dan
mengingkatkan aktivitas enzim nuklease yang merusak asam nukleat. SDS yang merupakan
sejenis deterjen digunakan untuk merusak membran sel .Molekul isolasi dan ekstraksi DNA bisa
digunakan untuk berbagai macam keperluan seperti amplifikasi dan analisis DNA melalui
elektroforesis
Ekstraksi DNA adalah proses dan tahapan pertama yang dilakukan untukmendapatkan
total DNA dari suatu biota. Pengenalan isolasi DNA sangatlahpenting, mengingat
bioteknologi pada akhir-akhir ini sangat maju. Terlebih untukbidang biologi molekuler.
Beberapa bakteri telah berhasil diintroduksi ke dalamtanaman padi, kapas, dan kedelai.
Pentingnya bioteknologi untuk perkembangankeanekaragaman hayati dimasa mendatang
memerlukan sebuah keterampilan danpemikiran
Metode ini dilakukan sebanyak 11 tahapan. Yang mana, tahapan lisisdilakukan
pada hari pertama. Sampel yang dipakai adalah sampel ikan kakapBNA 16. Sampel di
cicah dengan menggunakan gunting dan pingset yang telahdisterilisasikan menggunakan EtOH
dan api. Lalu, dimasukkan CTAB sebanyak700 µL dan Proteinase K sebanyak 3 µL. setelah itu
sampel diinkubasi selama 1jam di suhu 96°C. Apabila sesuai prosedur di laboratorium
sampel harusdiinkubasi selama overnight atau semalaman pada suhu 60°C
Setelah sampel diinkubasi, sampel diambil dan dimasukkan larutan CIAsebanyak 700
µL dan di sentrifugasi selama 5 menit. Selanjutnya, dapat dilihatlayer antara supranatan (bagian
atas) dan limbah (bagian bawah). Lalu, diambilsebanyak 550 µL supranatan dipindahkan
kedalam tube baru. Ditambahkan EtOHabsolut sebanyak supranatan yang diambil. Pada kali ini
diambil sebanyak 550µL. lalu di inkubasi pada suhu -20°C di dalam freezer selama 1 jam.
Selanjutnya, sampel yang telah diinkubasi di senntrifugasi selama 5 menit.Lalu, di buang
supranatan dan tinggalkan pelet yang ada. Setelah itu, masukkanEtOH 70% sebanyak 600 µL
dan 25 µL 3M NaCl. Sampel di sentrifugasi selama5 menit. Buang lagi supranatan dan
tinggalkan pelet. Lalu, keringkan sampelhingga kering. Masukkan DDH2O 40 µL. Sampel
ekstraksi siap di PCR
 BAB V
PENUTUP
5.1 Kesimpulan
Kesimpulan yang dapat diambil dari praktikum ini adalah sebagai berikut:

5.2 Saran

Berharap semoga asisten dapat menjelaskan materi dengan lengkap agar ketika penulisan

laporan dapat terlaksana dengan baik. Nilai baguss amin semester akhir😊
 DAFTAR PUSTAKA
Ahari, H., V. Razavilar, A. Motalebi, B. Akbari-adergani, S. Kakoolaki, A.
Anvar,D. Shahbazadeh dan N. Mooraki. 2012. DNA extraction using
liquidnitrogen in Staphylococcus aureus.
Ariwidodo, E. 2020. Penerapan Bioteknologi Versus Lingkungan
Hidup:Perspektif Filsafat Lingkungan. Vol. 221. Duta Media Publishing.
Espinoza, P., Ramón Miguel Molina Barrios., Javier Arturo Munguía
Xóchihua.,Juan Francisco Chávez Hernández. 2017. Ast and Reliable
DNAExtraction Protocol for Identification of Species in Raw and
ProcessedMeat Products Sold on The Commercial Market. Journal
OpenAgriculture., 2: (469–472).
Gill, C., J. H. van de Wijgert, F. Blow dan A. C. Darby. 2016. Evaluation of
lysismethods for the extraction of bacterial DNA for analysis of the
vaginalmicrobiota. PloS one, 11(9): e0163148.
Gultom, J. L., M. Wurarah dan M. M. Rampengan. 2020.
Analisis DNAMitokondria Gen 16S rRNA Ikan Payangka (Ophieleotris aporos)
yangHidup di Danau Tondano. NUKLEUS BIOSAINS, 1(2): 70-78.
Harahap, A. S. 2018. Uji kualitas dan kuantitas DNA beberapa populasi
pohonkapur Sumatera. Jasa Padi, 2(02): 1-6.
Kořený, L., M. Oborník, E. Horáková, R. F. Waller dan J. Lukeš.
2022. Theconvoluted history of haem biosynthesis. Biological Reviews, 97(1):
141-162.
Setiawan, T. 2013. Anabolisme Asam Nukleat.
Wahyuni, F. D. 2019. Biologi Molekuler.
LAMPIRAN