MAKALAH BIOKIMIA

ISOLASI DNA BAKTERI

Dosen Pengampu : Riza Dwiningrum.,S.Si.,M.Biomed

Disusun Oleh :
Nama : Fahryan Dani Albima
Npm : 200106047

PROGRAM STUDI S1 FARMASI

FAKULTAS KESEHATAN
UNIVERSITAS AISYAH PRINGSEWU
2021
 KATA PENGANTAR

Puji syukur kehadirat Tuhan Yang Maha Kuasa karena telah memberikan
kesempatan pada penulis untuk menyelesaikan makalah ini. Atas rahmat dan
hidayah-Nya lah penulis dapat menyelesaikan makalah yang berjudul “ISOLASI
DNA BAKTERI” tepat waktu. Makalah “ISOLASI DNA BAKTERI” disusun
guna memenuhi tugas Ibu Riza Dwiningrum S.Si,.M.Biomed pada mata kuliah
Praktikum Biokimia di Universitas Aisyah Pringsewu. Selain itu, penulis juga
berharap agar makalah ini dapat menambah wawasan bagi pembaca tentang
ISOLASI DNA.

Penulis mengucapkan terima kasih sebesar-besarnya kepada Ibu Riza

Dwiningrum S.Si,.M.Biomed selaku dosen mata kuliah Praktikum Biokimia.
Tugas yang telah diberikan ini dapat menambah pengetahuan dan wawasan terkait
bidang yang ditekuni penulis. Penulis juga mengucapkan terima kasih pada semua
pihak yang telah membantu proses penyusunan makalah ini.

Penulis menyadari makalah ini masih jauh dari kata sempurna. Oleh
karena itu, kritik dan saran yang membangun akan penulis terima demi
kesempurnaan makalah ini.

Pringsewu, 15 Oktober 2021

Penulis

i
 DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR...................................................................................i

DAFTAR ISI.................................................................................................ii

BAB I PENDAHULUAN.............................................................................1

1.1.......................................................................................Latar Belakang 1
1.2................................................................................. Rumusan Masalah 2
1.3....................................................................................................Tujuan 2

BAB II PEMBAHASAN...............................................................................3

2.1 Definisi DNA.....................................................................................3

2.2 Struktur Kimia DNA..........................................................................4
2.3 Fungsi DNA.......................................................................................5
2.4 Isolasi DNA.......................................................................................5
2.5 Metode Reagen Kit............................................................................7

BAB III PENUTUP.....................................................................................10

3.1 Kesimpulan......................................................................................10

DAFTAR PUSTAKA.................................................................................11

ii
 BAB I
PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

DNA (Deoxyribose Nucleic Acid) adalah suatu bahan genetik yang

berfungsi untuk mengkode semua informasi yang dibutuhkan untuk proses
metabolisme. DNA tersusun atas tiga komponen utama yaitu gula
deoksiribosa, basa nitrogen dan fosfat yang tergabung membentuk
nukleotida. Molekul DNA ini terikat membentuk kromosom, dan
ditemukan di nukleus, mitokondria dan kloroplas. DNA tersusun heliks
ganda (double helix), dimana basa nitrogen saling berpasangan
komplementer (basa purin berpasangan dengan basa pirimidin) melalui
ikatan hidrogen dan antara nukleotida yang satu dengan nukleotida yang
lain dihubungkan dengan ikatan fosfat. DNA terdapat di dalam setiap sel
makhluk hidup dan disebut sebagai ”cetak biru kehidupan” karena
molekul ini berperan penting sebagai pembawa informasi hereditas yang
menentukan struktur protein dan proses metabolisme lain(Castly dkk,
2018).

DNA dari berbagai organisme bisa diisolasi. Isolasi DNA dapat

dilakukan melalui tiga tahapan yaitu lisis (pemecahan dinding sel),
ekstraksi DNA, dan presipitasi DNA. Meskipun isolasi DNA dapat
dilakukan dengan berbagai cara, akan tetapi pada setiap jenis atau bagian
tanaman dapat memberikan hasil yang berbeda, hal ini karena adanya
senyawa polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang dapat
menghambat pemurnian DNA. Jika isolasi DNA dilakukan dengan sampel
buah, maka perbedaan kadar air pada masing-masing buah, dapat
memberikan hasil yang berbeda pula. Buah dengan kadar air tinggi akan
menghasilkan isolat yang berbeda jika dibandingkan dengan buah
berkadar air rendah. (Slamet dkk, 2018)

1
1.2 Rumusan Masalah

1.2.1 Apa itu DNA?

1.2.2 Bagaimana Struktur Kimia DNA?

1.2.3 Apa Fungsi DNA?

1.2.4 Apa itu Isolasi DNA?

1.2.5 Isolasi DNA dengan metode Reagen Kit

1.3 Tujuan

Untuk mengetahui dan menambah wawasan mengenai DNA.

2
 BAB II
PEMBAHASAN

2.1 Definisi DNA

DNA atau Deoxyribo Nucleic Acid merupakan asam nukleat yang
menyimpan semua informasi tentang genetika. DNA inilah yang
menentukan jenis rambut, warna kulit dan sifat-sifat khusus dari manusia.
DNA ini akan menjadi cetak bitu (blue print) ciri khas manusia yang dapat
diturunkan kepada generasi selanjutnya. Sehingga dalam tubuh seorang
anak komposisi DNA nya sama dengan tipe DNA yang diturunkan dari
orang tuanya.
Secara Bahasa, Deoxyribo nucleic Acid (DNA) tersusun dari kata-
kata “deocyribosa” yang berarti gula pentosa, 1 “nucleic” yang lebih
dikenal dengan nukleat berasal dari kata “nucleus” yang berarti inti serta
“acid” yang berarti zat asam (Lewis, 2011)
Secara terminologi DNA merupakan persenyawaan kimia yang
paling penting, yang membawa keterangan genetik dari sel khususnya atau
dari makhluk dalam keseluruhannya dari satu generasi ke generasi
berikutnya.3 DNA adalah bahan kimia utama yang berfungsi sebagai
penyusun gen yang menjadi unit penurunan sifat (Hereditas) dari induk
kepada keturunannya.
Dengan demikian maka dapat diambil pengertian bahwa DNA
adalah susunan kimia makro molekuler yang terdiri dari tiga macam
molekul, yaitu: gula pentosa, asam pospat, dan basa nitrogen, yang
sebagian besar terdapat dalam nukleas hidup yang akan mengatur program
keturunan selanjutnya.
Pada intinya setiap makhluk hidup memiliki kandungan DNA.
DNA sendiri terdapat didalam sel, dimana bagian terbesar dari DNA
terdapat didalam nucleus, terutama dalam kromosom.

3
2.2 Struktur Kimia DNA
DNA merupakan senyawa organik yang memiliki berat molekul
(BM) paling besar dari semua senyawa organik (kurang lebih berjumlah 1
juta) yang ditemukan dalam kromatin inti sel (kloroplas). Dalam keadaan
natural DNA terletak berpasangan yang mana kedua utas yang
berpasangan itu memiliki ikatan hydrogen lewat basanya dan perpasangan
kedua utas tersebut bersifat tetap, di mana A (adenin) berpasangan dengan
T (timin) sedangkan G (guanin) berpasangan dengan C (citosin).18 Urutan
basa pada molekul DNA ini yang menentukan informasi genetika yang ada
di dalamnya, jadi urutan ini menentukan hampir segala sesuatu, dari warna
rambut, kulit, bentuk hidung, hingga sifat-sifat(Restu & Gusmiaty, 2012)
Asam nukleat tersusun atas nukleotida, yang bila terurai dari gula,
pospat dan basa yang mengandung nitrogen. Karena banyaknya nukleotida
yang menyusun molekul DNA, maka molekul DNA merupakan suatu
polinukleotida. Molekul yang menyusun DNA itu terdiri dari :
a. Gula pentose, molekul gula yang menyusun DNA adalah
sebuah pentose yaitu deoksiribosa.
b. Asam prospat
c. Basa nitrogen
Basa Nitrogen yang menyusun molekul DNA terdiri
atas dua tipe yang dibedakan menjadi:
 Piramidin, basa ini dibedakan lagi menjadi
dua yaitu sitosin yang dilambangkan dengan
(S) dan timin yang di lambangkan dengan
(T).
 Purin, basa ini juga dibedakan menjadi dua
yaitu terdiri dari adenin dilambangkan
dengan (A) dan guanine yang dilambangkan
dengan (G).

Untuk semua DNA sel yang ada pada makhluk hidup, keberadaan
antara pospat dan gula adalah sama, namun hanya jumlah basa yang
membedakan. Keberadaan DNA berfungsi sebagai pengatur kehidupan sel

4
 dalam tubuh melalui dua proses yaitu replikasi yang berarti penggandaan
dan transkripsi yang berarti mencetak. Replikasi adalah untuk perbiakan
dan pembelahan sementara transkripsi berguna untuk mensintesa protein.

2.3 Fungsi DNA

Adapun fungsi DNA adalah :
a. Untuk mengidentifikasi gen
b. Untuk menentukan garis keturunan antara anak dengan
ayahnya dan untuk menyampaikan informasi dari generasi
ke generasi berikutnya
c. Untuk mengatur perkembangan dan proses metabolisme
individu
d. Sebagai zarah tersendiri dalam kromosom(Ahmed, 2014)

2.4 Isolasi DNA

Ekstraksi dan purifikasi DNA pada dasarnya merupakan
serangkaian proses pemisahan DNA dari komponen-komponen sel
lainnya. Ekstraksi DNA pada organisme eukaryot dilakukan melalui
proses penghancuran dinding sel (lysis of cell wall), penghilangan protein
dan RNA (cell digestion), dan pengendapan DNA (precipitation) dan
pemanenan. Saat ini isolasi DNA secara teknis menjadi lebih mudah
dengan munculnya berbagai teknik ekstraksi dan purifikasi dalam bentuk
kit. (Betty & Sri2017).
Isolasi DNA merupakan teknik ekstraksi dan atau purifikasi DNA
dari suatu sel sebagai tahap awal suatu analisis genetik. Isolasi DNA
diperlukan dengan tujuan untuk memisahkan DNA dari bahan lain seperti
protein, lemak, dan karbohidrat. Terdapat 3 prinsip utama dalam isolasi
DNA yakni 1). penghancuran (lisis), 2). esktraksi atau pemisahan DNA
dari bahan padat seperti selulosa dan protein, serta 3). pemurnian DNA.
Secara umum, tahap isolasi DNA dimulai dari pengambilan
sampel, pelisisan membran dan/atau dinding sel, ekstraksi DNA,

5
presipitasi DNA, pemurnian DNA, dan pengawetan DNA. Isolasi DNA
juga berfungsi sebagai media pembelajaran genetik, dapat mengetahui
kelainan genetik yang diderita, dapat mengetahui agen penyebab penyakit
infeksi, dan lain-lain. (Maftuchah, 2015).
Secara kimiawi penghancuran sel dilakukan dengan memanfaatkan
senyawa kimia seperti EDTA ( Ethylen diamnine Tetra Acetic), SDS
(Sodium Dodecyl Sulphat), Ammonium-Choride- Potassium (ACK).
Kotoran akibat lisis sel dipisahkan dengan cara sentrifugasi. Kemudian
molekul nukleotida (DNA dan RNA) yang telah dipisahkan dibersihkan
dari protein yang masih ada dengan fenol. Dalam proses ini sebagian kecil
RNA juga dapat dibersihkan. Sedangkan kloroform digunakan untuk
membersihkan sisasisa protein dan polisakarida dari larutan. Enzim
RNAase digunakan untuk menghancurkan RNA sehingga DNA dapat
diisolasi secara utuh. Pemurnian atau purifikasi DNA dapat dilakukan
dengan mencampur larutan DNA tersebut dengan NaCl yang berfungsi
memekatkan, memisahkan DNA dari larutan, dan mengendapkan DNA
pada saat dicampur dengan etanol. Proses sentrifugasi dengan kecepatan
tinggi akan mengendapkan tepung berwarna putih (DNA) dan menempel
di dasar microtube( Betty & Sri, 2017)
Prinsip dasar isolasi DNA di atas diaplikasikan dengan berbagai
macam tahapan ekstraksi dan purifikasi DNA dengan berbagai modifikasi
disesuaikan dengan kebutuhan atau jenis sampel yang diekstraksi. Untuk
memperoleh isolat DNA dari spesimen ada beberapa hal yang harus
dilakukan dengan benar, yaitu:
a. Pemecahan dinding sel-sel atau jaringan yang akan diisolasi
DNA-nya
b. Debris sel dipisahkan dari larutan DNA.
c. Presipitasi RNA dan protein agar diperoleh DNA yang
murni.
d. Presipitasi DNA dengan etanol dingin

6
 e. Pemurnian DNA dari ekstrak sel dengan menggunakan
salah satu bahan kimia seperti berikut ini: fenol; fenol :
kloroform; isopropanol.
f. Selain itu untuk pemurnian DNA dari kontaminan protein
digunakan enzim protease yaitu Pronase atau Proteinase-K,
dan kontaminan RNA dengan menggunakan RNase.
g. Pemisahan DNA dari molekul RNA dan protein dapat
dilakukan dengan menggunakan densitas gradien
sentrifugasi Cesium Chlorida (CsCl),
h. Presipitasi akhir DNA dapat dilakukan dengan
menggunakan etanol dingin di bawah kondisi ionik yang
kuat. Dan dicuci dengan EtOH (etanol) 70%.
i. Pelet DNA dilarutkan dengan buffer TE atau ddH2O
steril(Betty & Sri, 2017)

2.5 Isolasi DNA Genom Bakteri Menggunakan Metode Reagen Kit

Berikut ini salah satu prosedur umum isolasi DNA dari kultur
bakteri menggunakan gDNA Bacteria Kit. Peralatan yang digunakan
antara lain: tabung sentrifugasi, mikropipet, mikrotip, frezeer, vortex,
mesin sentrifugasi, GD column, collectiontube, dan inkubator. Bahan yang
diperlukan antara lain kultur murni bakteri, ddH2O, proteinase K, buffer
TE, dan bahan dari gDNA Bacteria Kit.
Secara umum tahapan yang dilakukan ialah persiapan sampel, lisis,
pengikatan DNA, pencucian DNA, dan elusi DNA. Adapun langkah
kerjanya adalah sebagai berikut:
1. Tahap persiapan sampel bakteri gram negatif, sekitar 1 x
109 sel bakteri dimasukkan ke dalam tabung
mikrosentrifuge ukuran 1,5 ml.

7
2. Lakukan sentrifugasi selama 1 menit dengan kecepatan
14.000-16.000 x g. Supernatan hasil sentrifugasi dibuang.
3. Tambahkan GT Buffer sebanyak 180 μL dan pelet
dilarutkan kembali dengan menggunakan vortex atau pipet.
4. Tambahkan Proteinase K sebanyak 20 μL (pastikan ddH2O
telah ditambahkan sebelumnya).
5. Inkubasi pada suhu 60°C minimal selama 10 menit. Selama
inkubasi, tabung dibalik setiap 3 menit.
6. Pada tahapan lisis, tambahkan 200 μL GB Buffer ke dalam
sampel dan dicampur hingga merata dengan cara divortex
selama 10 detik.
7. Inkubasi pada suhu 70°C minimal selama 10 menit. Selama
inkubasi, tabung dibalik setiap 3 menit.
8. Selanjutnya pada tahap pengikatan DNA, tambahkan 200
μL etanol absolut pada lisat sampel dan dengan segera
dicampur dengan cara dikocok. Jika terjadi pengendapan,
pisahkan sebisa mungkin dengan menggunakan pipet.
9. GD Column diletakkan pada Collection tube2 mL.
Campuran (termasuk endapan) dipindahkan ke dalam GD
Column selanjutnya disentrifugasi dengan kecepatan
14.000-16.000 x g selama 2 menit.
10. Collection tube ukuran 2 mL yang berisi materi sisa
dipisahkan selanjutnya GD Column diletakkan pada
Collection tube ukuran 2 mL yang baru
11. Pada tahap pencucian, tambahkan 400 μL of W1 Bufer
pada GD Column. Disentrifugasi dengan kecepatan 14-
16.000 x g selama 30 detik selanjutnya materi pada
collection tube dipisahkan.
12. GD Column diletakkan kembali pada collection tube 2 mL.
Ditambahkan 600 μL Wash Buffer (pastikan etanol telah
ditambahkan) pada GD Column. Disentrifugasi pada

8
 kecepatan 14.000-16.000 x g selama 30 detik selanjutnya
materi pada collection tube dipisahkan.
13. GD Column diletakkan kembali pada collection tube 2 mL.
Disentrifugasi kembali selama 3 menit pada kecepatan
14.000-16.000 x g untuk mengeringkan kolom matrik dan
selanjutnya dilakukan elusi DNA.
14. GD Column kering dipindahkan pada tabung
mikrosentrifuge 1,5 mL bersih. Ditambahkan pre-heated
Elution Buffer ke dalam tengah kolom matrik. Didiamkan
sedikitnya 3 menit agar Elution Buffer terserap sempurna.
Disentrifugasi dengan kecepatan 14.000-16.000 x g selama
30 detik untuk menghasilkan DNA yang murni.
15. Setelah proses isolasi selesai, kemudian dilanjutkan dengan
analisis isolat DNA. Analisis DNA dapat dilakukan secara
kualitatif maupun kuantitatif( Betty & Sri, 2017)

9
 BAB III
PENUTUP

3.1 KESIMPULAN
DNA (Deoxyribose Nucleic Acid) adalah suatu bahan genetik yang
berfungsi untuk mengkode semua informasi yang dibutuhkan untuk proses
metabolisme. DNA tersusun atas tiga komponen utama yaitu gula
deoksiribosa, basa nitrogen dan fosfat yang tergabung membentuk
nukleotida.
Keberadaan DNA berfungsi sebagai pengatur kehidupan sel dalam
tubuh melalui dua proses yaitu replikasi yang berarti penggandaan dan
transkripsi yang berarti mencetak. Replikasi adalah untuk perbiakan dan
pembelahan sementara transkripsi berguna untuk mensintesa protein
Isolasi DNA merupakan teknik ekstraksi dan atau purifikasi DNA
dari suatu sel sebagai tahap awal suatu analisis genetik secara umum,
isolasi DNA bakteri melibatkan tiga tahapan yaitu 1) perusakan sel, 2)
ekstraksi DNA, dan 3) purifikasi DNA.

10
 DAFTAR PUSTAKA

Ahmed, O.B., Atif H.A & Mogahid M.E (2014). Comparison of three DNA
extraction methods forpolymerase chain reaction (PCR) analysis of bacterial
genomic DNA. African Journal of Microbiology Research, 8(6), 598-602.
Hariyadi, Slamet., Erlia Narulita dan M Amien Rais. 2018. Perbandingan Metode
Lisis Jaringan Hewan dalam Proses Isolasi DNA Genom pada Organ Liver
Tikus Putih (Ratus norvegicus). Procceding Biology Education Conference
Vol. 15 No. 1 Hal. 689-692.
Lewis, M. 2011. Agarose Gel Electrophoresis (Basic Method). Biological
Protocols England: University of Liverpool.
Maftuchah., Aris Winaya dan Agus Zainudin. 2015. Teknik Dasar Analisis
Biologi Molekuler. Editor: Ali, Ikhwan. Deepublish. Yogyakarta.
Nurhayati, Betty & Sri Darmawati.2017. Biologi Sel dan Molekuler.
Rau, Castly Herny., Adhithya Yudistira dan Herny E. I. Simbala. 2018. Isolasi
Identifikasi Secara Molekuler Menggunakan Gen 16S Rrna, dan Uji
Aktivitas Antibakteri Bakteri Simbion Endofit yang Diisolasi dari Alga
Halimeda opuntia. Jurnal Ilmiah Farmasi-UNSRAT Vol. 7 No. 2.
Restu, M., Mukrimin & Gusmiaty. 2012. Optimalisasi Teknik Ekstraksi dan
Isolasi DNA Tanaman Suren (Toona SureniMerr) untuk Analisis
Keragaman Genetik berdasarkan Random Amplified Polymorphic DNA
(RAPID). Jurnal Natur Indonesia, 14(2), 138-142.

11