LAPORAN PRAKTIKUM

DRY LAB BIOLOGI SEL DAN MOLEKULER

ACARA I. BIOINFORMATIKA DAN PENGENALAN NCBI

Disusun oleh:

Serly Sofia Donggala Gollomawo. (198114137)

Yovi Guanse (198114138)
Thinsi Novitasari (198114139)

Kelompok : D1/6

Hari/Tanggal :
Dosen Jaga :

LABORATORIUM BIOFARMASETIKA
FAKULTAS FARMASI
UNIVERSITAS SANATA DHARMA
YOGYAKARTA
2017
A. Tujuan

1. Mahasiswa mengenal dan memahami ilmu bioinformatika dan aplikasinya

dalam membantu penerapan ilmu biologi sel dan molekuler.
2. Mahasiswa mampu menyebutkan berbagai macam open source basis data
yang dapat digunakan untuk memahami biologi molekuler.
3. Mengenal NCBI dan berbagai fitur sistem informasi yang disediakan.

B. Dasar Teori

A. DNA

DNA (Deoxyribonucleic Acid) merupakan molekul sejenis asam nukleat

yang mengandung informasi genetik dalam bentuk gen (Campbell, 2010)
DNA atau deoxyribonucleic acid adalah sebuah molekul (asam nukleat)
yang mengandung informasi biologis pada manusia dan hampir semua organisme
lainnya. Pada sel prokariotik DNA terletak pada nukleoid, sedangkan pada sel
eukariotik DNA terletak di nukleus (inti sel). Namun, sejumlah kecil DNA juga
dapat ditemukan di mitokondria terutama pada sel induk betina.
DNA tersusun atas dua rantai yang saling berpasangan ( double helix )
yang dihubungkan dengan ikatan hydrogen. DNA terbuat dari blok bangunan
kimia yang disebut nukleotida. Blok bangunan ini terbuat dari tiga bagian:
kelompok fosfat, kelompok gula dan satu dari empat jenis basa nitrogen. Untuk
membentuk untai DNA, nukleotida dihubungkan ke rantai, dengan gugus fosfat
 dan gula bergantian. Empat jenis basa nitrogen yang ditemukan dalam nukleotida
adalah: adenin (A), timin (T), guanin (G) dan sitosin (C). Informasi dalam DNA
disimpan sebagai kode yang terdirik dari keempat basa nitrogen tersebut. DNA
manusia terdiri dari sekitar 3 miliar pasangan basa dan lebih dari 99% basis
tersebut sama pada semua orang.
Urutan dari pasangan basa ini menentukan informasi yang tersedia untuk
membangun dan memelihara organisme, karena akan diterjemahkan menjadi
kodon pada RNA yang selanjutnya diterjemahkan menjadi protein fungsional.
Oleh karena itu, untuk memahami jalur ekspresi protein dari DNA sangat penting
diketahui sebagai pengetahuan dasar ilmu biologi sel dan molekuler.

B. Genom
Genom adalah sekumpulan gen yang dimiliki oleh organisme tersebut
pada setiap selnya (Campbell, 2010).
Genom adalah susuna lengkap DNA, termasuk semua gennya. Setiap
genom berisi semua informasi yang dibutuhkan untuk membangun dan
memelihara organisme tersebut. Pada manusia salinan keseluruhan genom lebih
dari 3 miliar pasangan basis DNA yang terdapat pada semua sel yang memiliki
nucleus (NIH,2017). Genom setiap organisme berbeda tergantung ukuran. Ukuran
yang terkecil yang diketahui organisme hidup bebas ( sebuah bakteri yang bernama
Mycoplasma genitalium ) berisi sekitar 600 ribu pasang DNA dan genom yang
tersebar adalah Amoeba dubia yang berisi 670 miliar pasang DNA.
Manusia dan tikus memiliki sekitar 3 miliar pasang DNA. Kecuali untuk
eritrosit yang sudah dewasa, sel sperma dan sel telur, semua sel manusia memiliki
genom yang sama, kecuali beberapa mempunyai perbedaan yang kecil karena
disebabkan oleh mutasi. Sel sperma dan sel telur hanya memiliki setengah dari
genom ayah dan ibu. Selama fertilasi, sel sperma bergabung dengan sel telur dan
membentuk suatu sel yang baru yang memiliki genom yang lebih lengkap
(Toha,2009 ).
C. Protein
Protein adalah molekul besar dan kompleks yang memainkan banyak
peran penting dalam tubuh. Protein melakukan sebagain besar pekerjaan di sel dan
diperlukan untuk struktur, fungsi dan pengaturan jaringan dan organ tubuh. Protein
terdiri dari ratusan atau ribuan unit kecil yang disebut asam amino, yang saling
menempel dalam rantai panjang. Ada 20 jenis asam amino yang berbeda yang bias
dikombinasikan untuk membuat protein. Urutan asam amino menentukan masing-
masing struktur unik 3 dimensi protein dan fungsinya yang spesifik (NIH,2019).

D. Definisi Bioinformatika
Bioinformatika adalah gabungan antara ilmu biologi dan ilmu teknik
informasi. Pada umumnya, bioinformatika didefinisikan sebagai aplikasi dari alat
komputasi dan analisa untuk menangkap dan menginterpresentasikan data-data
biologi. Ilmu ini merupakan ilmu baru yang baru merangkup berbagai disiplin ilmu
termasuk ilmu computer, matematika dan fisika, biologi dan ilmu kedokteran,
dimana semuanya saling menunjang dan saling bermanfaat satu sama lain.
Bioinformatika, berasal dari kata “bio” dan “informatika” yang artinya
adalah gabungan antara ilmu biologi dan ilmu teknik informatika (TI).
Bioinformatika didefinisikan sebagai suatu teknologi pengumpulan, penyimpanan,
analisis, interpretasi, penyebaran dan aplikasi dari data-data biologi molekuler
(Sukmawati, 2015).
Ilmu bioinformatika lahir atas inisiatif para ahli ilmu koputer berdasarkan
artificial intelligence.mereka berpikir bahwa semua gejala yang ada di alam ini bisa
dibuat secara aritificial melalui simulasi gejala-gejala tersebut. Untuk mewujudkan
 hal ini diperlukan data-data yang menjadi kunci penenu tindak tanduk gejala alam
tersebut, yaitu gen yang meliputi DNA atau RNA. Perangkat utama bioinformatika
ialah software yang di dukung oleh kesediaan internet dan server World Wide Web
(WWW). Syarat utama yang harus dimiliki dalam bidang bioinformatika adalah
keberadaan data base (Sukmawati, 2015).
Ketersediaan database dasar (DNA dan protein) dalam penggunaan
bioinformatika ini yang bersifat terbuka/gratis merupakan peluang besar untuk
menggali informasi berharga. Basis data genom manusia sudah disepakati akan
bersifat terbuka untuk seluruh kalangan, sehingga dapat digali/diketahui kandidat-
kandidat gen yang memiliki potensi kedokteran atau farmasi (Sukmawati, 2015).

E. Hubungan Bioinformatikan dan Biologi Molekuler

Bioinformatika berperan untuk memecahkan permasalahan biologi
molekuler secara komputasi. Permasalahan tersebut dapat berupa hal –hal
mendasar, seperti memecahkan mekanisme enzim, metabolism protein, atau
identifikasi mikroba. Namun, permasalahan biomedis, seperti desain obat, primer,
dan vaksin, juga dapat dipecahkan (Parikesit, 2009).
F. Manfaat Bioinformatika dalam Bidang Farmasi
Bioinformatika menerapkan ilmu komputasional untuk mengelola dan
menganalisis informasi biologis yang tersedia dalam basis data online. Basis data
online tersebut dapat digunakan untuk berbagai tujuan yang mendukung kemajuan
dalam bidang farmasi antara lain :

 Bioinformatika dalam bidang klinis

Bioinformatika dalam bidang klinis sering disebut sebagai
informatika klinis. Aplikasi informatika klinis ini berbentuk manajmen
data-data klinis dari pasien melalui Electrical Medical Record (ERM).
Sekarang ERM telah diaplikasikan pada berbagai penyakit. Data yang
disimpan meliputi data analisis diagnose laboratorium, hasil konsultasi dan
saran, foto rontgen, ukuran detak jantung dan lain-lain. Dengan data ini
dokter bias menentukan obat yang sesuai dengan kondisi pasien tertentu
dan lebih jauh lagi, dengan dibacanya genom manusia, akan
memungkinkan mengetahui penyakit genetic, sehingga penanganan
terhadap pasien lebih akurat.
  Bioinformatika untuk identifikasi agent penyakit baru
Bioinformatika juga menyediakan tool yang sangat penting untuk
identifikasi penyakit yang belum dikenal penyebabnya.

 Bioinformatika untuk diagnosa penyakit baru

Untuk menangani penyakit baru diperlukan diagnosa yang akurat
sehingga dapat dibedakan dengan penyakit lain. Ada beberapa cara untuk
mendiagnosa suatu penyakit, antara lain : isolasi agen penyebab penyakit
tersebut dan analisis morfologinya, deteksi antibodi yang dihasilkan dari
infeksi dengan teknik enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA), dan
deteksi gen dari agen pembawa penyakit tersebut dengan Polymerase
Chain Reaction (PCR).

 Bioinformatika untuk penemuan obat

Cara untuk menemukan obat biasanya dilakukan dengan
menemukan zat atau senyawa yang dapat mencegah perkembangan suatu
agen penyebab penyakit.

G. Open Source Basis data

Sumber terbuka (open source) adalah system pengembangan yang tidak
dikoordinasi oleh suatu individu/lembaga pusat, tetapi oleh para pelaku yang
bekerja sama dengam memanfaatkan kode sumber yang tersebar dan tersedia bebas
(biasanya menggunakan fasilitas komunikasi internet). Pola pengembangan ini
mengambil model ala bazaar, sehingga pola Open Source ini memiliki ciri bagi
komunitasnya yaitu adanya dorongan yang bersumber dari budaya memberi, yang
artinya ketika suatu komunitas menggunakan sebuah program Open Source dan
telah menerima sebuah manfaat kemudian akan termotivasi untuk menimbulkan
sebuah pertanyaan apa yang bias pengguna berikan kembali kepada orang banyak.
Pola Open Source lahir karena kebebasan berkarya, tanpa intervensi
berpikir dan mengungkapkan apa yang diinginkan dengan menggunakan
pengetahuan dan produk yang cocok. Kebebasan menjadi pertimbangan utama
ketika dilepas ke public. Komunitas yang lain mendapat kebebasan untuk belajar,
mengutak-atik, merevisi ulang, membenarkan ataupun menyalahkan, tetapi
kebebasan ini juga datang bersama dengan tanggung jawab, bukan bebas tanpa
tanggung jawab (Nugroho, 2016 ; Rahayu, 2016).
 Basis data utama untuk sekuens asam nukleat saat ini adalah Genbank.
Genbank adalah database utama dalam biologi molekuler, yang dikelola oleh
NCBI di AS. Selain di NCBI (National Center for Biotechnology Information), ada
juga DDBJ (DNA Data Bank of Japan) di Jepang dan EBI ( European
Bioinformatics Institute ) di Uni Eropa.

Contoh OSBD antara lain adalah sebagai berikut: (Nugroho, 2016 ; Rahayu, 2016)

a. DDBJ (DNA Data Bank of Japan)

https://www.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html
b. NCBI (National Center for Biotechnology Information)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
c. GenBank (NIH Genetic Sequence Database)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/GenBank/index/html
d. EMBL (European Molecular Biology Laboratory Nucleotide
Sequence)
http://www.ebi.ac.uk/ebi_docs/embl_db.html
e. Protein Information Resource http://www.nrbf.georgetown.edu/pir
f. Protein Data Bank http://www.pdb.bnl.gov/
g. Restriction Enzyme Database
http://www.neb.com/ebase/rebase.html
h. National Center for Genome Research (NCGR)
http://www.ncrg.org/gpi

H. NCBI
NCBI adalah server yang memuat database tentang informasi
kesehatan dan bioteknologi yang menyangkut DNA, protein, senyawa aktif
dan taksonomi. NCBI merupakan salah satu bank data gen, protein, dan
literatur khususnya di bidang kesehatan yang terlengkap dan diacu oleh para
peneliti dunia (Widodo dan Miftakhunnafisah, 2010).
Database dan Software pada NCBI:
1) DNA-RNA Tools
a. GenBank
 Bank Gen ini adalah bagian dari basis data nukleotida
internasional yang bekerja sama dengan Data Bank of Japan
(DDBJ), European Molecular Biology Laboratory (EMBL),
dan GenBank at NCBI (Widodo dan Miftakhunnafisah, 2010)
b. BioSystems
Database yang berisi tentang korelasi biologi dari gen, protein
dan small molecule berdasarkan literatur. Kita dapat
menggunakan untuk menganalisis fungsi protein dan interaksi
protein yang kita teliti pada level sel (Widodo dan
Miftakhunnafisah, 2010).
c. Database of Expressed Sequence Tags(dbEST)
GenBank yang berisi short single-pass reads of cDNA
(transcript) sequences/EST (Widodo dan Miftakhunnafisah,
2010).
d. Database of Genom Survey sequence (dbGSS)
GenBank yang berisi short single-pass reads of genomic
DNA/GSS (Widodo dan Miftakhunnafisah, 2010)

e. BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)

Software yang dapat digunakan untuk menentukan
homologi suatu urutan DNA atau asam amino dengan data yang
ada di NCBI. (Widodo dan Miftakhunnafisah, 2010)

2) Sequence Analysis
a. Primer-BLAST
Software yang dikembangkan dari algoritma PRIMER3
untuk mendesain primer berdasarkan sequence yang
dimasukan. Software ini dilengkapi dengan fasilitas automatic
BLAST urutan PRIMER hasil prediksi dengan GenBank untuk
memperoleh primer yang spesifik. (Widodo dan
Miftakhunnafisah, 2010)
b. Open Reading Frames Finder (ORF Finder)
 Softwere yang diperuntungkan untuk mengidentifikasi ORF
(open reading frames) atau menterjemahkan urutan DNA
menjadi asam amino (Widodo dan Miftakhunnafisah, 2010).
3) Struktur protein
Beberapa sekuens protein memiliki motif asam amino
yang membentuk struktur terkarakteristik. Prediksi struktur
tersebut berasal dari sekuens yang tersedia. Kebanyakan
metode yang digunakan untuk membuat struktur protein dua
dimensi maupun tiga dimensi tersebut hanya memiliki tingkat
akurasi 70-75%. Namun akurasi tersebut dapat meningkat
seiring dengan semakin banyaknya penelitian yang dilakukan
di bidang Bioinformatika (Widodo dan Miftakhunnafisah,
2010).

I. BLAST

BLAST adalah suatu aplikasi pencari dalan NCBI dengan

membandingkan rangkaian nukleotida atau protein denga ukurann basis
data dan menghitung signifikansi statistic dari kecocokan. BLAST juga
dapat menyimpulkan hubungan fungsional dan evolusioner antara urutan
serta membantu identifikasi anggota keluarga gen (Miftakhunnafisah dan
Widodo, 2010).

BLAST bertugas dalam oenyejajaran untaian DNA atau RNA

atau protein (Parikesit, 2013).
a. Varian-varian BLAST
1. Nucleotide blast (blastn) = mencari database nukleotida dengan
database sekuen nukleotida
2. Protein blast (blastp) = mencari protein database dengan
menggunakan protein database sekuen.
3. Blastx= mencari protein database dengan sekuen protein
nukleotida yang ada/disimpan
4. Tblastn = mencari database sekuen nukleotida protein yang
ada/disimpan dengan menggunakan nukleotida protein
5. Tblastx = mencari database nukleotida protein yang
ada/disimpan dengan menggunakan sekuen nukleotida protein
(Miftakhunnsfisah dan WIdodo, 2010).
C. PEMBAHASAN

Pengenalan NCBI

1. Buka situs NCBI www.ncbi.nlm.nih.gov; maka akan tampil seperti berikut:

2. Dibagian tengah terdapat beberapa fitur, yaitu

a. Submit yang berfungsi untuk memasukkan data dalam basis NCBI.
b. Download yang berfungsi untuk untuk mentransfer data NCBI ke
komputer.
c. Learn yang berfungsi untuk membantu menemukan dokumen yang
diinginkan.
d. Delevop yang berfungsi untuk membantu programmer dalam
mengakses data NCBI pada sebuah aplikasi.
e. Analyze yang berfungsi untuk membantu pengguna dalam analisis.
f. Research yang berfungsi untuk mengetahui penelitian NCBI dan proyek
kolaboratif lainnya.
Dibagian kiri terdapat beberapa fitur, yaitu

NCBI Home :
a. All Resources adalah salah satu menu dari NCBI Home yang di
dalamnya terdapat database, downloads, submissions, tools, dan How
to.
b. Chemicals & Bioassays terdiri dari data yang digunakan untuk
menyaring zat-zat kimia yang terkandung dalam database.
c. Data & Software suatu pengembangan desain yang dapat dicari secara
online dan diunduh sebagai dokumen PDF.
d. DNA & RNA
e. Genes & Expression adalah ringkasan informasi untuk kelainan genetik
tertentu dengan gambaran klinis.
f. Genetics & Medicine untuk informasi tentang kondisi genetik dan
menyediakan tautan khusus.
g. Genomes & Maps adalah data urutan dan peta dari seluruh genom lebih
dari 1000 organisme
h. Homology adalah urutan gen yang memiliki kemiripan pada basa DNA
i. Literature untuk menganalisis fungsi protein.
j. Proteins penyelidikan untuk mendapatkan hasil pencarian yang lebih
baik dan dengan cepat mengidentifikasi suatu protein yang menarik.
k. Sequence Analysis alat yang digunakan untuk analisis urutan
pengiriman ke GenBank serta informasi umum tentang virus flu.
l. Taxonomy berisi nama-nama dan garis keturunan filogenetik
m. Training & Tutorials
n. Variation adalah informasi yang terkait dengan variasi genom skala
besar dan juga untuk menyimpan asosiasi varian yang ditentukan
dengan informasi fenotipe.
Dibagian kanan terdapat beberapa fitur, yaitu

Popular Resources :
a. PubMed merupakan alat penghubung pencarian di web yang terdapat
banyak jurnal.
b. Bookshelf merupakan koleksi buku biomedis yang dapat dicari dari
data.
c. PubMed Central adalah tempat arsip digital jurnal bebas.
d. Blast merupakan suatu program untuk pencarian kemiripan sekuen.

e. Nucleotide kumpulan urutan dari beberapa sumber, termasuk GenBank .

f. Genome adalah data urutan dari suatu genom.
g. SNP adalah yang berisi frekuensi spesifik dan data genotipe populasi,
dan informasi pemetaan untuk variasi netral dan mutasi klinis.
h. Gene database yang digunakan untuk mencari gen.
i. Protein kumpulan urutan dari beberapa sumber, termasuk terjemahan
dari daerah pengkodean di GenBank.
j. PubChem adalah yang menyediakan data dari database PubChem
Substance, Compound dan Bioassay untuk diunduh melalui ftp.
NUKLEOTIDA

1. Klik All Databases, pilih Nucleotide dan isi kotak search dengan kata
“ERALPHA” kemudian klik search.

2. Akan muncul beberapa hasil pencarian, seperti berikut:

3. Klik salah satu hasil pencarian, misalnya “Canis familiaris partial mRNA
for Eralpha protein (eralpha gene)”. Akan muncul tampilan seperti
berikut:
Keterangan:

a. Locus AJ313195 : Menyatakan letak suatu gen dalam kromosom yaitu

dalam hal ini AJ menggambarkan “A” Genus dan “J” Speisies .
b. 748 bp : menunjukkan jumlah pasangan nukleotida yang ada pada ERalpha
Canis familliaris .
c. Definition : menyatakan nama spesies yang kita cari yaitu “ Canis
Familiaris partial mRNA for ERalpha protein (eralpha gene).
d. Accession : nomor akses suatu gen atau protein dalam NCBI. Seperti contoh
diatas yaitu “AJ 313195”
e. Version : Versi data tersebut ( mengetahui berapa kali diedit ). Pada data
kami yaitu AJ313195.1
f. mRNA : Tipe molekul yang bisa diakses .
g. MAM : Divisi dalam Gen Bank yang menyimpan data .
Tanggal : Tanggal data dimodifikasi .
h. Features : Memberi informasi mengenai keterangan ciri setiap sekuen.
4. Klik FASTA untuk melihat urutan nukleotida. Urutan nukleotida akan
muncul seperti berikut:

5. Cara menyimpan urutan nukleotida dengan file Fasta, yaitu klik Send to >
Complete record > File > FASTA > Create file. Akan muncul tampilan
seperti berikut:
6. Jika mempunyai akun NCBI, urutan nukleotida dapat di simpan dengan cara
klik Send to > Complete record > Collection > Add to collection. Akan
muncul tampilan seperti berikut:

7. Urutan nukleotida dapat juga di simpan dengan cara klik Send to >
Complete record > Clipboard > Add to clipboard. Data urutan nukleotida
akan tersimpan secara otomatis sehingga dapat kita buka kapan saja.
Tampilannya akan muncul seperti berikut:
PROTEIN

1. Langkah – langkah dalam mencari urutan protein hampir sama saat mencari
urutan nukleotida. Buka website NCBI : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

2. Pada kotak all database pilih protein dan pada kotak search tulis nama protein
yang ingin dicari.

3. Muncul informasi terkait gen tersebut dalam format GenPept.

Keterangan:

a. Locus AC074331_1 : Menyatakan letak suatu gen dalam kromosom yaitu

dalam hal ini AJ menggambarkan “A” Genus dan “C” Speisies .
b. 803 aa : menunjukkan jumlah pasangan protein yang ada.
c. Definition : menyatakan nama protein spesies yang kita cari yaitu “zinc
finger protein 226 pada Homo Sapiens" .
d. Accession : nomor akses suatu gen atau protein dalam NCBI. Seperti contoh
diatas yaitu “AAF881031”
e. Version : Versi data tersebut ( mengetahui berapa kali diedit ). Pada data
kami yaitu AAF881031.1

4. Klik FASTA pada bagian atas untuk melihat urutan protein dalam format
FASTA .
5. Data urutan protein dapat disimpan dengan cara yang sama seperti pada
penyimpanan data urutan nukleotida.

BLAST

1. Buka website NCBI : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/. BLAST terdapat pada

sisi kanan homepage NCBI .
2. Maka akan muncul tampilan dari BLAST

3. Ada 5 program utama dalam BLAST , yaitu :

a) Nucleotide blast (blastn): membandingkan suatu sekuen nukleotida

yang kita miliki dengan database sekuen nucleotide.
b) Protein blast (blastp): membandingkan suatu sekuen asam amino
yang kita miliki dengan database sekuen protein .
c) Blastx: membandingkan produk translasi konsep 6-frame sebuah
sekuen nucleotide (translated nucleotide) yang kita miliki dengan
database sekuen protein.
d) tblastn: membandingkan suatu sekuen protein yang kita miliki
dengan database sekuen nucleotide yang secara dinamis ditranslasi
pada semua pembacaan 6 frame
e) tblastx: membandingkan suatu translasi 6 frame dari nucleotide.
 Daftar Pustaka

Campbell, Neil A., Reece, Jane B.,dkk. 2010. Genom dan Evolusinya.
In: Biologi Edisi kedelapan Jilid 1.
(Alih bahasa: Damaring Tyas Wulandari,S. Si.). Jakarta: Penerbit
Erlangga.

Miftakhunnafisah, W., 2010, Pengenalan NCBI untuk Analisis DNA, Protein dan
Senyawa Kimia, laporan biosistem, Fakultas Matematika dan Ilmu
Pengetahuan Alam Universitas Brawijaya Malang: UB Press

Nugroho, A. dan Rahayu, A., 2016, Pengantar BIOTEKNOLOGI, Yogyakarta:

Penerbit Deepublish

Parikesit, A., 2014, Bioinformatika dan Investasi Industri Farmasi,

https://inet.detik.com/cyberlife/d-2770280/bioinformatika-dan-investasi-
industri-farmasi

Sukmawati, Ni Made Suci. 2015. Bahan Ajar Bioinformatika. Laboratorium

Biokimia Fakultas Peternakan Universitas Udayana. Bali: UNUD Press

Toha, A., 2009, Ensiklopedia biokimia dan biologi molekuler, Penerbit Buku
Kedokteran EGC: Jakarta