APLIKASI BIOINFORMATIK DALAM

SCREENING & PERANCANGAN OBAT

(MOLECULAR DOCKING)
 Bioinformatik sebagai uji
insilico
◼ Perkawinan ilmu biologi dan teknik informatika
dengan metode simulasi.
◼ Analisa data genomic/proteomic yang kompleks,
untuk menghasilkan pengetahuan biologi
molekuler yang koheren
◼ Aplikasi dari alat komputasi dan analisis untuk
menangkap dan menginterpretasi data-data biologi
◼ Molecular Docking (Drug design)
◼ DNA recombinant
◼ Design Vaccine
 Molecular docking

◼ Teknik yang digunakan untuk mempelajari

interaksi yang terjadi dari suatu kompleks
molekul.
◼ memprediksikan orientasi dari suatu molekul
ke molekul yang lain ketika berikatan
membentuk kompleks yang stabil.
 Aspek penting dalam
molecular docking
◼ Scoring : prediksi afinitas ikatan antara makromolekul dengan ligan
(makromolekul kecil)

Ligand Protein complex

◼ Identifikasi : nilai energi Gibbs kecil → konf. stabil

nilai energi Gibbs besar → kompleks tidak stabil
◼ Algoritma : penentuan konformasi (docking
pose) yang paling stabil dari pembentukan
kompleks.
 Drug Design Process

http://www.biosolveit.de/images/DrugDesignProcess.jpg
 Software docking
◼ AutoDock (http://www.scripps.edu/pub/olson-
web/doc/autodock/)
◼ FlexX (http://www.biosolveit.de/FlexX/)
◼ Dock (http://www.cmpharm.ucsf.edu/kuntz/dock.html)
◼ Gold
(http://www.ccdc.cam.ac.uk/products/life_sciences/gold/)
◼ Molecular operating enviroment (MOE)
(www.chemcomp.com)
 METODE DOCKING
Enzyme/Protein Target
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/flu/
Enzim/protein complete sequence

Alignment sequences Clustal W2 http://www.ebi.ac.uk/inc/head

Target and Template sequence

Swiss model
Homology Modelling http://swissmodel.expasy.org/SWISS-MODEL
Validation

Optimization and minimization

MOE 2009.10
Add polar hydrogen
Protonate 3D
Energy minimize
Enzyme for docking Partial charge
 Ligands bioactive
compounds
Search ligands bioactive compounds Journal study/ Web

Design ligands bioactive compounds MOE Builder

Optimization and minimization

MOE 2009.10
Wash
Energy minimize
Partial charge

Ligands for docking

Docking process
Enzyme for docking Ligands for docking

Docking ligands and enzyme

MOE 2009.10
-Placement using a triangle matcher
-Scoring using london dG
Result of docking
- Minimize complex
- S value, log P, pKi, H don and H acc
Analysis of docking
- Free binding energy
- Hydrogen bond
-Conformation of complex
 Preparasi Protein

1. Pencarian sekuen data Enzim/Protein target

(http://www.ncbi.nlm.nih.gov)
Klik : pilih protein

Ketik key words , lalu search

Download sekuen protein dalam format
FASTA
Dan simpan di notepad
 Pensejajaran Sekuen
http://www.ebi.ac.uk/inc/head.html.

Upload sekuen protein

lalu submit
Klik result summary, lalu muncul sekuen protein
dengan score tertinggi
Sekuen protein yang ada pada notepad
dengan score tertinggi di copy paste ke
dalam program untuk homology
modelling
 2. Homology modeling Mycobacterium
tuberculosis MurA.

http://swissmodel.expasy.org/SWISS-
MODEL.html
Klik automated
mode
 Email dan project title diisi, hasil homolog
akan dikirim melalui email dan otomatis
pada halaman website

Klik submit modelling request

 Modelled residue range : posisi residu yang
dimodelkan
Based on template : template yg digunakan dalam
homology (diperoleh secara otomatis dari
SWISSMODEL)
Sequence identity : persentase kemiripan model
homolog terhadap template
Evalue ; besarnya kepercayaan hasil alignment

Klik : download model

dalam format pdb
3. Preparasi Ligan dengan
program MOE
Klik
builder
 Gambar bioactive
compound humulones
-Klik file >save
- pilih directory pada path tempat file akan
disimpan, lalu rename
- disimpan dalam format MDL Molfile (.mol)
- lalu Save dalam bentuk Molecule
 Ligan Standar
(Lakukan juga untuk ligan standar
pyrazinamide dan ethambuthol hcl)

Pyrazinamide Ethambutol HCl

 4. Optimasi Geometri dan Minimisasi
Energi Struktur Tiga Dimensi Ligan dengan
Program MOE

-File>open
- pilih directory tempat
file molekul ligan
disimpan
- lalu Import MDL MOL
File
- klik OK
- Akan tampil
Database Import
-Simpan pada
Destination dengan
memilih directory dalam
format .mdb
- lalu klik OK
-Lakukan hal yang sama
pada ligan yang lain
yang akan di optimasi
dengan mengklik Add
pada dan dapat dipilih
pada directory
- lalu klik OK
 Akan tampil
database viewer
ligan hasil
optimasi
 Untuk memulai optimasi:
-Klik Compute pada database viewer
- pilih Molecule
- lalu lakukan wash, partial charge, dan
energi minimaze
 Wash

- Klik Compute>Wash>OK
 Partial charges

- Klik Compute>Partial
Charge> OK
 Energy Minimize

-Klik Compute > Energy

Minimaze >
- RMS gradient : 0,001
- klik OK
 5. Optimasi geometri dan minimasi
Protein target dengan MOE

-Klik File > Open

- Pilih directory pada
kolom Path
- Pilih homolog enzim
dalam format .pdb
-Lalu klik LOAD PDB
FILE
Agar enzim berada dalam keadaan sebenarnya :
- Klik Edit > Hydrogen > Add Polar Hydrogens
 Untuk memulai optimasi
enzim :
-Klik Compute
- Klik Potential Energy,
Protonate 3D, Partial
Charge, Energy Minimaze
Protonate 3D

- Klik Compute > Protonate 3D

> OK
Partial Charge

Klik Compute >

Partial Charge >
OK
Energy Minimize
-Klik Compute > Energy Minimaze
- Forcefield : MMFF94x
- Gradient : 0,05
- Lalu Check Forcefield
-Klik Forcefield > Load> MMF94x
- Solvation : Gas Phase
- Fix Charge > “Hydrogens and or partial
charge require adjustment” > OK
6. Metode Docking kompleks Enzim-Ligan
dengan Program MOE

Klik Compute > Simulations

> Dock
-Output untuk menyimpan database hasil
docking disimpan dan dinamakan
menggunakan Browse dengan format
.mdb
- Receptor : Receptor Atoms
- Site : Receptor Atoms
- Ligand : MDB File > Browse > pilih file
ligan hasil optimasi dalam format .mdb
- Klik OK
Placement : Triangle Matcher
Rescoring 1 : London dG
Retain : 5
Refinement : Forcefield
Rescoring 2 : London dG
Retain : 1

Lalu Klik RUN

7. Interpretasi Hasil/
Analisis docking

Untuk Mengetahui Letak Ligan :

-Selection > Ligand > Render > Atoms > Balls
Untuk memulai analisis docking :
- Buka halaman Database Viewer
hasil Docking > Klik File > Browse

S = ∆G
 Untuk mengatur
browse ligan yang akan
dianalisis
1. Untuk mengetahui properti ligan hasil docking :
-Klik Minimize hingga tidak ada lagi minimasi
(pada Toolbar sebelah kanan)
- Klik Properties maka akan tampil properti ligan

2. Untuk mengetahui
interaksi ligan dan
reseptor :
Klik Interactions
Tanda panah hijau putus-
putus merupakan
interaksi antara residu
asam amino pada
reseptor dengan ligan.
Interaksi ini berupa ikatan
hidrogen.
 Mengubah Surface
Receptor

Pada toolbar sisi kanan :

-Klik LigX
- Surface : Molecular
Surface
- Atoms : Receptor atoms
- Near : Receptor Atoms
- Klik Apply
Konformasi Ligan dalam
Cavity enzim
Mengubah Ligan pada Cavity Enzim

Cavity Enzim dicari dengan memutar

enzim dengan mengklik gambar bola
pada pojok kanan bawah halaman MOE
lalu,
Klik Selection < Ligand
Kemudian :
Klik Render > Atoms > Stick
and Balls
57