Laporan Praktikum “ Kimia Komputasi “

MOLECULAR DOCKING :
VALIDASI DOCKING DAN DOCKING SENYAWA UJI

Disusun oleh :

HENDRIK SEPTIADI ( 11161191 )

3FA4

GELOMBANG 8

Sekolah Tinggi Farmasi Bandung

Jln. Soekarno Hatta No.754 Cipadung Kidul Panyileukan Kota Bandung, Jawa Barat
40164 2018/2019
 I. TUJUAN
Melakukan simulasi molecular docking untuk mempelajari interaksi antara
suatu ligan dengan makromolekul (protein).
II. Alat
Discovery Studio Visualizer 2016, Autodock tools 4.2, dan MGLTools 1.5.6.

III. Teori dasar

Molecular Docking Docking adalah metode untuk memprediksi orientasi yang
lebih diutamakan dari suatu molekul ketika terikat satu sama lain untuk membentuk
kompleks yang stabil(Mukesh & Rakesh, 2011)
Penambatan molekul (molecular docking) adalah metode komputasi yang
bertujuan meniru peristiwa interaksi suatu molekul ligan dengan protein yang menjadi
targetnya pada uji in-vitro (Motiejunas & Wade, 2006). Di dalam penambatan molekul,
molekul ligan ditambatkan pada situs aktif atau situs tambat dari suatu protein yang
sedang diam (statik), dengan menyertakan molekul ko-faktor dan / atau H2O di
dalamnya atau tidak. Dari sini, diperoleh data mengenai posisi dan orientasi ligan-ligan
itu di dalam situs aktif atau situs tambat tersebut
Dalam bidang pemodelan molekul, docking adalah metode untuk memprediksi
orientasi yang lebih diutamakan dari suatu molekul ketika terikat satu sama lain untuk
membentuk kompleks yang stabil. Informasi tentang orientasi ini dapat digunakan
untuk memprediksi kekuatan hubungan atau afinitas ikatan antara dua molekul yang
digunakan misalnya fungsi penilaian. Hubungan antara molekul biologis yang relevan
seperti protein, asam nukleat, karbohidrat, dan lipid memainkan peran sentral dalam
transduksi sinyal. Selanjutnya, orientasi relative dari dua pasangan yang berinteraksi
dapat mempengaruhi jenis sinyal yang dihasilkan. Oleh karena itu docking berguna
untuk memprediksi baik kekuatan dan jenis sinyal yang dihasilkan. Docking sering
digunakan untuk memprediksi orientasi ikatan kandidat obat bermolekul kecil terhadap
target proteinnya untuk memprediksi afinitas dan aktivitas molekul kecil. Maka
docking memainkan peran penting dalam desain obat secara rasional(Mukesh &
Rakesh, 2011)

IV. Prosedur
 File yang dibutuhkan dalam satu folder kerja: lihat cara preparasinya
1. Makromolekul target (pdbqt) lihat cara preparasinya
2. Ligand (pdbqt)
3. Autodock4
4. Autogrid4
1. Pemisahan Reseptor dengan Ligand
1. Buka 1hsg dengan Discovery Studio. Akan tampak gambar 3D seperti gambar
berikut

2. Script > Selection > Select Ligand

Edit > Invert Selection
Edit > Delete
3. Save ligand dengan cara
File > Save as > (beri nama ligand) > Save as Protein Data Bank > Close window
4. Buka kembali file 1hsg
File Open > buka 1hsg
Script > Selection > Select Water Molecules
Edit > Delete
Script > Selection Select Ligand
Edit > Delete
5. Save makromolekul dengan cara
6. File Save as > Beri nama makromolekul > Save as Protein Data Bank > Close
window
2. Preparasi Makromolekul & Ligand

1. Preparasi Makromolekul

File > Read Molecule > buka file

Edit > Hydrogens > Add > All Hydrogens, noBondOrder, yes > OK

2. Preparasi Ligand

Ligand > Input > Open > buka ligand

Ligand > Torsion Tree > Detect root

Ligand > Torsion Tree > Choose Torsions

Koreksi apakah rotasi dari ligand sudah tepat. Atom yang bisa berotasi (misal: senyawa bentuk
siklik seperti benzen > rigid). Seperti informasi yang ditunjukkan pada kotak di atas, Untuk
mengubah, Shift + Klik ikatan

Warna hijau = rotatable

Magenta = non-rotatable

Red = unrotatable

Ligand > Output > Save as PDBQT

3. Menyiapkan Parameter Autogrid

Grid > Macromolecule > Choose

Lalu akan muncul kotak seperti gambar berikut, pilih Makromolekul > Select Molecule > Save
as PDBQT

Grid > Set map types > choose ligand > Pilih Ligand > Select Ligand

Grid > Grid box > Center > Center on ligand

File > Close saving current

Save GPF> Output >Grid

Beri nama gpf

Grid > Output > Save GPF

Program Pathname > Browse > Pilih Autogrid4.exe > Open

Parameter Filename > Browse > Pilih grid.gpf > Open

V. Data pengamatan
PROTEIN 3R8G

Gambar 1. Protein 3r8g dalam format pdb

LIGAN

Gambar 2. Ligan IZP (ibuprofen) dalam format pdb

Gambar 3. Ligan uji

 Hasil Percobaan
 Validasi docking
 Grid box

Gambar 4. Ligan alami berada dalam grid box

 Grid poin

 Grid angle
  Parameter validasi docking (nilai RMSD)

Kesimpulan : validasi docking yang dilakukan adalah valid

 Overlay re-docking ligan alami

 Docking senyawa uji
 Grid box

Gambar 5. Ligan uji berada dalam grid box

 Grid poin

 Grid angle

 Parameter docking (nilai RMSD dan energy binding)