LAPORAN RESMI

PRAKTIKUM KIMIA MEDISINAL

P-1

PENGGAMBARAN STRUKTUR 2D DAN 3D SENYAWA OBAT

DISUSUN OLEH :

NAMA : SILFIA REGITA PRAMESTI

NIM : 2008010072

GOLONGAN : B1

LABORATORIUM KIMIA ORGANIK

FAKULTAS FARMASI

UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH PURWOKERTO

2022
 P-1

PENGGAMBARAN STRUKTUR 2D DAN 3D SENYAWA OBAT

Tujuan Praktikum

a. Mahasiswa mampu menggambarkan struktur senyawa obat secara 2 dimensi dan 3

dimensi dengan program ChemDraw
b. Mahasiswa mampu memberi nama IUPAC
c. Mahasiswa mampu menentukan nilai parameter sifat fisika kimia obat
d. Mahasiswa mampu melakukan minimisasi energy terhadap struktur yang dibuat

Dasar Teori

Di alam ini terdapat bermacam-macam senyawa kimia. Senyawa kimia yang terdapat
di alam ini mempunyai beragam bentuk yang sangat unik, bahkan terkadang senyawa kimia
mempunyai bentuk molekul yang cukup rumit untuk digambarkan. Namun gambar
molekul yang dibuat dengan cara manual mungkin hasilnya tidak akan terlalu rapi,
apa lagi jika kita tidak punya keterampilan menggambar yang baik.
Karena itu, untuk mempermudah kita dalam membuat gambar struktur molekul
senyawa-senyawa yang cukup rumit seperti ini, kita mungkin akan memerlukan perangkat
lunak(software)yang dapat membuat gambar struktur molekul yang kita inginkan, dan dapat
kita kerjakandengan menggunakan bantuan komputer.
Untuk menjawab kebutuhan ini, sekarang ini sudah banyak perangkat lunak
untuk komputasi kimia yang diciptakan untuk mempermudah kita menggambar molekul-
molekul. Diantara banyak perangkat-perangkat lunak tersebut, dalam makalah ini akan
dibahas tentang beberapa perangkat lunak yang dapat kita gunakan untuk membuat
struktur molekul yaitu ChemOffice
Chemofffice merupakan salah satu software yang digunakan untuk membuat struktur
kimia dengan mudan dan digunakan untuk menggambar secara 2 dimensi dan 3 dimensi.
Struktur 2 dimensi akan terlihat dalam satu bidang datar sementara struktur 3 dimensi akan
terlihat seperti struktur ruang.
ChemDraw merupakan software kimia dari produk CambridgeSoft.inc. ChemDraw
merupakan salah satu program aplikasi dari Chemoffice yang digunakan untuk menggambar
struktur 2 dimensi dalam bidang ilmu kimia, terutama kimia organic, biokimia, dan polimer.
Software ini dilengkapi dengan tool-tolls yang mewakili berbagai macam bentuk ikatan yang
dapat digunakan untuk menyususn struktur kimia sehingga memudahkan dalam
penggambaran struktur kimia suatu senyawa, bahkan yang kompleks sekalipun. Dapat pula
untuk berbagai bentuk konformasi dan dalam bentuk proyeksi.
 Struktur-struktur tertentu yang telah umum dapat digambar secara langsung dengan
mengklik tool, misalnya seperti struktur cincin benzene, siklopentana, sikloheksana dan
senyawa siklik lainnya. Tools yang asa juga menyajikan gambar struktur untuk asam amino,
DNA, RNA dll yang terdapat pada template. Selain itu ChemDraw dilengkapi dengan
peringatan jika terjadi kesalahan dalam penggambaran struktur kimia. Peringatan tersebut
biasanya berwarna merah yang mengelilingi struktur yang salah.

Keunggulan lain dari ChemDraw yaitu dapat sekaligus digunakan menganalisis

struktur kimia yang telah dibuat dengan menggunakan Analys Structure yang terdata pada
menu Structure. Analisis yang dapat dilakukan antara lain sifat fisika dari struktur yang
dibuat, misalnya titik didih, titik leleh, berat molekul (BM), molar refraction (MR),
temperature, tekanan, dll. Selain itu juga dapat diketahui puncak-puncak dari NMR proton
dan karbon. Kemudian dengan penggunaan ChemDraw 3D dapat digambar struktur 3D dari
senyawa obat, dapat diprediksikan struktur kimia suatu senyawa paling stabil dengan energy
yang paling minimum dan dapat mengetahui ikatan antar atom.

Chem Office merupakan salah satu software yang digunakan untuk membuat
struktur kimia dengan mudah. Sofware ini banyak memilki kelebihan untuk mempermudah
kita menggambar rumus kimia. Untuk menggambar rumus molekul kimia Chem Office
menyertakan Chem Draw dan Chem 3D.

Chem Draw merupakan salah satu program aplikasi dari Chem Office, untuk
menggambar struktur 2D dalam bidang ilmu kimia, terutama kimia organik, biokimia, dan
polimer. Software ini dapat membantu kita dalam menggambar struktur kimia dengan
berbagai fasilitasnya. Sementara itu, pemodelan 3D struktur senyawa kimia dapat dibuat
melalui Chem 3D.

Chem Draw merupakan software kimia dari produk CambridgeSoft.com. Chem Draw
memiliki banyak fungsi, diantaranya membuat nama dan struktur senyawa, membuat struktur
streokimia dengan benar dari nama kimia, menghitung rumus molekul dan berat molekul,
dan mendapatkan nama IUPAC dengan akurat dari struktur. Perkiraan spektra
NMR dari struktur suatu senyawa dengan atom langsung dengan korelasi spektral. Selain
itu, Chem Draw dilengkapi dengan peringatan jika terjadi kesalahan dalam pembuatan
struktur kimia. Peringatan tersebut biasanya berwarna merah dan mengelilingi bagian
struktur yang salah.

Software ChemOffice ini sangat bermanfaat, khususnya bagi kita yang keseharian
berkecimplung di bidang kimia. Program gratis ini dapat digunakan untuk menggambar
berbagai bentuk atau rumus molekul senyawa yang lebih mudah jika dibandingkan
menggambar melalui Ms. Word yang rumit. Pemodelan struktur senyawa kimia khususnya
hidrokarbon dapat digunakan guru/dosen untuk menunjang pembelajaran kimia dikelas.
 ALAT DAN BAHAN :

1. Seperangkat computer
2. ChemOffice
 CARA KERJA

1. Menggambar struktur 2D
1) Buka aplikasi Chem Draw.
2) Buatlah kerangka cincin dari struktur asam mefenamat yaitu benzene dengan
memilih “benzene” pada Tools lalu drag pada lembar kerja.

3) Klik “solid bond‟ untuk membuat ikatan, arahkan kursor pada ujung garis
hingga muncul kotak biru, lalu drag hingga membentuk garis (ikatan yang
diinginkan).

4) Klik “Text” pada Tools untuk melengkapi cincin dengan unsur-unsur atom.
5) Arahkan kursor pada ujung garis yang akan diberi unsur sampai muncul kotak
biru, tuliskan unsur yang akan diberi, misal NH.
6) Lengkapi struktur hingga membentuk struktur asam mefenamat yang lengkap.

7) Untuk mengecek struktur yang telah dibuat sudah benar, blok struktur dengan
“marquee”, pilih “structure‟ lalu “clean up structure”.

8) Berikut hasil setelah “clean up structure”:

2. Memberi Nama IUPAC
Beri nama IUPAC stuktur yang telah dibuat dengan cara blok struktur menggunakan
“marquee” pada “tools pallete”, lalu klik “structure” dan pilih “convert structure to
name”.

3. Menentukan Parameter Sifat Kimia Senyawa

Blok struktur menggunakan “marquee” pada “tools pallete”, lalu klik “view” lalu
pilih “Show Chemical Properties Window”.
4. Menggambar Struktur 3D
Untuk membuat struktur 3D dari struktur 2D yang telah dibuat, maka klik “view” lalu
pilih “Show Chem3D HotLink Window” sehingga muncul gambar 3D di sebelah
kotak putih.

5. Minimisasi Energi
1) Setelah selesai membuat struktur 3D maka dapat dilanjutkan dengan klik
“Launch Chem3D” sehingga program Chem3D akan terbuka.
 2) Selanjutnya klik “Calculations” lalu pilih “MM2” dan dilanjutkan dengan
memilih “Minimize Energy”.

3) Selanjutnya klik “Run” dan tunggu hingga proses minimisasi energi selesai.

6. Menyimpan File gambar Struktur

Untuk menyimpan file gambar struktur 2D maka pada aplikasi ChemDraw pilih
“File” lalu “Save as” sesuai dengan bentuk file yang diinginkan. Begitu juga untuk
menyimpan file gambar struktur 3D yang telah dibuat, pada aplikasi Chem3D pilih
“File” lalu pilih “Save copy as” lalu pilih lokasi penyimpanan dan bentuk file yang
diinginkan. Bentuk file pdb dapat dipilih karena file jenis ini dapat dibuka kembali
dengan berbagai aplikasi lain dan digunakan untuk keperluan lain.
 HASIL DAN PEMBAHASAN
Nama : Silfia Regita Pramesti

NIM : 2008010072

Golongan : B1

LEMBAR KERJA PERCOBAAN 1

No. Gambar struktur 2D dan nama Parameter fisika kimia Struktur 3D yang telah diminisasi
IUPAC

1 Asam Mefenamat

Nama IUPAC: 2-((2,3-

dimethylphenyl)amino)benzoic acid
2 Natrium Diklofenak

Nama IUPAC: 2-(2-((2.6-

dichlorophenyl)amino)pheny

3 Kurkumin

Nama IUPAC :
4 Famotidin

Nama IUPAC:

5 Teofilin

Nama IUPAC:
Pembahasan

Pada praktikum kali ini mahasiswa melakukan latihan computer program

Chemoffice. Dimana Chemoffice sendiri merupakan program aplikasi yang digunakan untuk
membuat struktur kimia baik dalam 2 dimensi maupun 3 dimensi dan juga sekaligus dapat
mengetahui nilai parameter fisika kimia.

Pada praktikum kali ini yang dilakukan membuat struktur 2 dimensi dan 3 dimensi,
memberi nama IUPAC, menentukan parameter sifat kimia senyawa, minimisasi energy,
menyimpan gambar struktur antara lain: asam mefenamat, natrium diklofenak, kurkumin,
famotidine, dan teofilin.

Langkah-langkah yang dapat dilakukan dalam menggambar secara manual

strukturnya atau menulis nama senyawanya langsung. Menggambar senyawa secara manual
dapat dilakukan dengan membuat kerangka cincin (benzene) dan struktur tersebut,
dilanjutkan dengan menambahkan rantai-rantainya dan lengkapi cincin dan rantai tersebut
dengan unsur atom setelah timbul kotak hitam kecil, karena apabila terjadi kesalahan maka
akan timbul warna kotak merah.

Dalam memanfaatkan program aplikasi Chemoffice untuk menggambar struktur

kimia khususnya dari senyawa obat, banyak sekali tool dari menu view yang dapat
dimanfaatkan sesuai dengan kbutuhan untuk senyawa yang ingin digambar. Tool-tool dalam
ChemDraw memiliki berbagai macam bentuk ikatan yang dapat disusun menjadi struktur
kimia sehingga tidak akan menjadi sulit untuk menggambar struktur yang kompleks
sekalipun. Struktur-struktur tertentu yang telas umum dapat digambar secara langsung
dengan mengkik gambar tersebut.

Gambar tool

Untuk mengecek struktur yang telah dibuat sudah benar, blok struktur dengan “marquee”,
pilih “structure‟ lalu “clean up structure”.
 Yang selanjutnya langkah dalam memberi nama IUPAC dilakukan dengan cara
Beri nama IUPAC stuktur yang telah dibuat dengan cara blok struktur menggunakan
“marquee” pada “tools pallete”, lalu klik “structure” dan pilih “convert structure to
name”. Setelah pemberian nama IUPAC lalu selanjutnya menentukan parameter sifat kimia
senyawa yang dilakukan dengan cara blok struktur menggunakan “marquee” pada “tools
pallete”, lalu klik “view” lalu pilih “Show Chemical Properties Window”. Langkah-langkah
menggambar struktur 3 dimensi menggunakan program aplikasi ChemDraw dilakukan
dengan cara Untuk membuat struktur 3D dari struktur 2D yang telah dibuat, maka klik “view”
lalu pilih “Show Chem3D HotLink Window” sehingga muncul gambar 3D di sebelah kotak
putih. Setelah selesai membuat struktur 3D maka dapat dilanjutkan dengan klik “Launch
Chem3D” sehingga program Chem3D akan terbuka. Selanjutnya klik “Calculations” lalu
pilih “MM2” dan dilanjutkan dengan memilih “Minimize Energy”. Selanjutnya klik “Run”
dan tunggu hingga proses minimisasi energi selesai.

Yang terakhir adalah langkah-langkah menyimpan file gambar struktur dilakukan

dengan cara Untuk menyimpan file gambar struktur 2D maka pada aplikasi ChemDraw pilih
“File” lalu “Save as” sesuai dengan bentuk file yang diinginkan. Begitu juga untuk
menyimpan file gambar struktur 3D yang telah dibuat, pada aplikasi Chem3D pilih
“File” lalu pilih “Save copy as” lalu pilih lokasi penyimpanan dan bentuk file yang
diinginkan. Bentuk file pdb dapat dipilih karena file jenis ini dapat dibuka kembali
dengan berbagai aplikasi lain dan digunakan untuk keperluan lain.

Fungsi-fungsi yang dijalankan oleh ChemOffice :

a. Membuat struktur molekul 2 dimensi

b. Mmbuat struktur molekul 3 dimensi
c. Konversi struktur molekul ke nama
d. Konversi nama senyawa ke struktur
e. Simulasi spectrum massa
f. Simulasi spectrum NMR
g. Koleksi template

Berikut adalah hasil penggambaran 2D dan 3D menggunakan ChemOffice:

1. Asam Mefenamat
2. Natrium Diklofenak

3. Kurkumin

4. Famotidin
5. Teofilin
 KESIMPULAN

 Mahasiswa dapat menggambarkan struktur senyawa obat secara 2 dimensi dan 3

dimensi dengan program ChemDraw
 Mahasiswa dapat memberi nama IUPAC
 Mahasiswa dapat menentukan nilai parameter sifat fisika kimia obat
 Mahasiswa dapat melakukan minimisasi energi terhadap struktur yang dibuat
 DAFTAR PUSTAKA

Brady, J. E. 1999. Kimia Universitas Asas dan Struktur. Binarupa Aksara. Bandung

Fitriyani. 2022. Modul Praktikum Kimia Medisinal. UMP: Purwokerto

Siswandono dan Soekardjo, B., 2000. Kimia Medisinal. Edisi 2. Surabaya: Airlangga
University Press

Widiastuti, dkk. 2018. Modul ChemOffice. Universitas Sebelas Maret: Surakarta