LAPORAN PRAKTIKUM KIMIA MEDISINAL

PEMODELAN STRUKTUR KIMIA 2D & 3D

ADE SEPTA ANGRENI 211FF04022

EKSTENSI S1 FARMASI

UNIVERSITAS BHAKTI KENCANA

FAKULTAS FARMASI
2022
 MODUL 2

1. Tujuan
1.1 Kompetensi yang Dicapai :

➢ Mahasiswa mampu membuat model struktur kimia dalam bentuk 2D dan 3D

➢ Mahasiswa mampu mendefinisikan dengan baik apa yang dimaksud dengan atom, molekul
dan ikatan kimia

➢Mahasiswa mampu memberikan nama yang benar dari struktur dan sebaliknya
menggambarkan struktur molekul yang diketahui Namanya

➢ Mampu menggambarkan berbagai bentuk stereoisomer

1.2 Tujuan Praktikum
Memberikan konsep-konsep dasar tentang molekul yang akan sangat diperlukan dalam
praktikum/penelitian kimia medisinal
2. Prinsip
Software ChemDraw Profesional dapat digunakan untuk memodelkan struktur kimia suatu
molekul dan aspek-aspek lain yang berhubungan dengan struktur tersebut.

3. Pendahuluan/ Dasar Teori

Aplikasi komputer adalah suatu subkelas perangkat lunak komputer yang menggunakan
kemampuan komputer langsung untuk melakukan suatu tugas yang diinginkan pemakai.
Contoh utama perangkat lunak aplikasi adalah program pengolah kata, lembar kerja, dan
pemutar media. Aplikasi computer yang dapat digunakan untuk memodelkan atau mudahnya
menggambarkan struktur kimia suatu molekul saat ini banyak tersedia. Diantaranya harus
berbayar, namun ada pula yang gratis. Ada yang berbasis website ada pula yang berupa aplikasi
offline.
Aplikasi-aplikasi tersebut diantaranya: Chen Draw, ChemSkecth, HyperChem, BKChem,
Chem Tool. Dan masih banyak lagi yang lainnya. Chem Draw yang dikembangkan oleh
Cambridge Soft (https://www.perkinelmer.com/category/chemdraw) merupakan salah satu
aplikasi yang paling banyak digunakan. Aplikasi ini dapat dioperasikan pada system Windows
maupun Mac OS X.
Chem Office merupakan salah akan salah satu software yang satu software yang digunakan
untuk membuat akan untuk membuat struktur kimia dengan mudah. Sofware ini banyak
memilki kelebihan untuk mempermudah kita menggambar rumus kimia. Chem Draw
merupakan salah satu program aplikasi dari Chem Office, untuk menggambar struktur 2D
dalam bidang ilmu kimia, terutama kimia organik, biokimia, dan polimer. Software ini dapat
membantu kita dalam menggambar struktur kimia dengan berbagai fasilitasnya. Sementara itu,
pemodelan 3D struktur senyawa kimia dapat dibuat melalui Chem 3D. Chem Draw merupakan
software kimia dari produk CambridgeSoft.com. ChemDraw memiliki banyak fungsi,
diantaranya membuat nama dan struktur senyawa, membuat struktur streokimia dengan benar
 dari nama kimia, menghitung rumus molekul dan berat molekul, dan mendapatkan nama
IUPAC dengan akurat dari struktur. Perkiraan spectra NMR dari struktur suatu senyawa dengan
atom langsung dengan korelasi spektral. Selain itu, ChemDraw dilengkapi dengan peringatan
jika terjadi kesalahan dalam pembuatan struktur kimia. Peringatan tersebut biasanya berwarna
merah dan mengelilingi bagian struktur yang salah.
4. Alat dan bahan
Alat : Seperangkat Komputer, aplikasi ChemDraw
Bahan : Molekul kimia organic apa pun

5. Prosedur Kerja
Bagian ini akan dijelaskan detail melalui sebuah Video.
Mempersiapkan aplikasi ChemDraw
➢ Buka aplikasi ChemDraw, sehingga akan diperoleh tampilan awal sebagi berikut:

Pada tampilan tersebut dapat terlihat ada banyak tools yang dapat digunakan untuk memodelkan
suatu struktur. Layer putih pada bagian tengah sebagai tempat untuk menggambarkan molekul.
➢ Sebelum mulai menggambarkan struktur suatu molekul sebaiknya kenali terlebih dahulu fitur-
fitur yang tersedia pada aplikasi tersebut diantaranya, sebagai berikut:
Menggambar struktur molekul alifatik
➢Gambarkan struktur senyawa-senyawa dibawah ini:
Menggambar struktur molekul siklik
➢Untuk menggambar rangka yang siklik dapat dengan mempergunakan rangka yang telah
tersedia

Mengubah Struktur 2D menjadi 3D

Buka aplikasi Chem3D. Blok molekul yang akan dikonversi -> klik kanan, pilih copy-> arahkan
pada Chem3D→Paste. Tampilkan struktur 3D adalah sebagai berikut:
6. Tugas
1. Pilih salah satu obat dalam Farmakope Indonesia VI (harus berbeda bagi setiap mahasiswa)
2. Lakukan Langkah-langkah percobaan sebagaimana pada poin 5 terhadap molekul obat yang
dipilih

7. Hasil Praktikum
Desain struktur 2D :

Desain struktur 3D :

Hasil NMR C:
Hasil NMR H:

8. Diskusi dan pembahasan

Pada praktikum kali ini, memakai aplikasi Chen Draw yang dapat menggambarkan struktur dan
sifat kimia fisika senyawa obat yang diinginkan. Kali ini saya memakai Asam Aminosalisilat
sebagai sampel yang diujikan untuk memakai Chen Draw.
Nama produk : Asam Aminosalisilat
Sinonim : Asam 4-aminosalisilat [65-49-6]
MF : C7H7NO3
Berat Molekul : 153,14
Titik lebur : 159 °C

Asam aminosalisilat berfungsi hanya sebagai pembawa ke tempat obat bekerja di kolon,
namun tetap menimbulkan efek samping. Golongan aminosalisilat yang lebih baru di antaranya
mesalazin (asam 5-aminosalisilat), balsalazid (prodrug asam 5-aminosalisilat) dan olsalazin
(dimer asam 5-aminosalisilat yang bekerja pada usus bagian bawah).
Pertama struktur senyawa Asam Aminosalisilat digambar dalam bentuk 2D dengan
menggunakan ChemOffice adalah aplikasi yang digunakan untuk membuat struktur kimia,
nama kimia dari struktur kimia, membuat struktur steokimia dari nama kimia, dan bisa juga
menghitung rumus molekul dan berat molekul dan perkiraan spectrum NMR dari sruktur kimia
tersebut. Aplikasi yang digunakan adalah ChemBioDraw Ultra 14.0. diaplikasi gambar struktur
kimia dari Asam Aminosalisilat. Pertama membuka aplikasi ChemBioDraw Ultra 14.0.
kemudian menggambar dengan tools yang ada diaplikasi tersebut. Setelah membuat gambar
lalu dinamai dengan nama dari struktur Asam Aminosalisilat. Yaitu dengan cara menu Structure
Structure > Convert Convert Structure Structure to name.
Pemodelan Struktur Kimia 2D dan 3D dengan Chemoffice, melakukan beberapa
percobaan, hal pertama yang kami lakukan adalah membuka aplikasi ChemDrawUltra 14.0
Kemudian setelah membuka aplikasi adalah membuat struktur kimia yang ingin kita ketahui
struktur sifat fisika kimianya. Mula-mula struktur senyawa digambarkan dalam bentuk 2D.
Pada saat pembuatan struktur 2D ini harus dipastikan bahwa semua ikatan yang terjadi
 tersambung/menyatu dengan baik. Jika ikatan tidak tersambung dengan baik maka akan muncul
warna merah pada ikatan (tempat penempelan) suatu gugus dengan gugus lain. Bila terjadi hal
yang demikian gambar harus dibuat kembali sampai tidak terbentuk lagi warna merah. Setelah
dibuat struktur 2D nya file disimpan untuk dilakukan uji selanjutnya. Langkah selanjutnya
yakni kita klik Show chemical properties window kemudian menekan paste, maka kita akan
memperoleh informasi mengenai sifat fisika dari struktur yang kita buat, kita bisa mendapatkan
informasi mengenai sifat fisika senyawa seperti titik didih, titik lebur, nilai log P, molar refraksi
(MR), panas pembentukan dll. Setelah itu gambar 2D struktur dibuat struktur 3D nya dengan
menggunakan ChemBio 3D 14.0. Struktur 3D ini merupakan struktur molekul yang tergambar
pada posisi bidang datar dan posisi ruangnya. Struktur 3D lebih dapat menggambarkan struktur
yang sebenarnya dari suatu molekul. Dari hasil gambar 3D, struktur terlihat lebih rinci dimana
atom-atom yang berbeda yang menyusun senyawa ditunjukkan dengan warna yang
berbeda dan ikatan dari setiap gugus menjadi terbuka sesuai dengan atom-atom yang
saling berikatan.
Struktur 3D menggambarkan struktur yang sebenarnya dari suatu molekul. Atom C
(karbon) ditandai dengan warna abu-abu. Atom H (hydrogen) ditandai dengan warna putih dan
atom O (Oksigen) ditandai dengan warna merah. Serta warna biru menandakan atom N
(Nitrogen). Kemudian disimpan dengan format CS Chem 3D Model (.c3d)

9. Kesimpulan
Struktur suatu senyawa dapat dimodelkan dengan CHEMDRAW. Sedangkan permodelan suatu
struktur senyawa dapat distabilkan dengan optimasi geometri menggunakan program Struktur
yang digambar berbentuk 2D di ChemBio Draw Ultra Draw Ultra 14.0 dan struktur 3D di
ChemBio 3D Ultra 14.0. Struktur yang saya gambar yaitu Asam Aminosalisilat.

10. Pustaka
Mills, N. (2006). ChemDraw Ultra 10.0 CambridgeSoft, 100 CambridgePark Drive,
Cambridge, MA 02140. www.cambridgesoft.com. Commercial Price: 1910fordownload, 2150
for CD-ROM; Academic Price: 710fordownload, 800 for CD-ROM

Anonim. 2020. Farmakope Indonesia Edisi VI. Departemen Kesehatan Republik Indonesia,
Jakarta.

CambridgeSoft. 2010. User Guide ChemOffice. Unitated States of America.

CambridgeSoft. 2010. Chem & Bio Draw 12.0. Unitated States of America

ITEC107. 2010. Introduction To ChemDraw Ultra 12.0. Slide Presentasi

Pradana, Adi, A. 2014. Teknik Penggambaran Struktur Senyawa Kimia dengan Chem Draw.
Slide Presentasi.