LAPORAN PRAKTIKUM KIMIA KOMPUTASI

PEMODELAN STRUKTUR 2D 3D DIMENSI

DISUSUN OLEH :
SITI ALMAIDAH ARIFIN
11171070
3 FA 2

UNIVERSITAS BHAKTI KENCANA

FAKULTAS FARMASI
TAHUN AJARAN 2019/2020
I. Tujuan Praktikum
- Untuk membuat dan menentukan struktur 2D, 3D dari suatu senyawa
dengan menggunakan aplikasi software
- Untuk menentukan atau memprediksi suatu sifat fisikokimia dari suatu
senyawa

II. Dasar Teori

Chemdraw adalah salah satu software yang memiliki banyak fungsi,
diantaranya yaitu untuk membuat nama dan struktur dari suatu senyawa secara 2D,
dapat mengetahui sifat fisikokimia, dapat memperkirakan spektra NMR dari
struktur suatu senyawa yang dibuat. Chemdraw juga dapat mendeteksi jika terjadi
kesalahan dalam pembuatan struktur kimia, biasanya dapat ditandai dengan warna
merah dan mengelilingi bagian yang salah.
Chem 3D adalah suatu software yang dapat digunakan untuk menggambar
struktur molekul dalam bentuk 3 Dimensi (3D), dapat menghitung energi minimum
atau energi dalam bentuk yang stabil. Dan lain sebagainya.

III. Prosedur Kerja

1. Buka aplikasi software chem draw
2. Menggambar struktur pada lembar kerja
3. Menggambar struktur 2D
4. Mencari data sifat fisikokimia senyawa obat
5. Membuat prediksi gambaran H-NMR senyawa obat yang diuji
6. Membuat prediksi gambaran C-NMR senyawa obat yang diuji
7. Menggambar struktur 3D
8. Mencari Energi yang paling stabil
9. Menghitung sifat fisikokimia
IV. Data Pengamatan
1. Struktur 2D dari Senyawa No.13

2. Nama Senyawa 2D No.13

3. Sifat Fisikokimia dari senyawa No.13

4. Predikisi H-NMR dari Senyawa No.13
5. Prediksi C-NMR dari Senyawa No.13

6. Struktur 3D dari Senyawa No.13

7. Optimasi Geometri
Energi total : 28,8528

8. Hitung Sifat Fisikokimia

 Log P : 4.0644
 Critical Volume : 1274,5 cm3/mol
 Critical Temperature : 1102.93 K
 Critical Pressure : 15.3787 bar
 Melting Point : 892,5 K

9. Pembahasan
Langkah pertama yang harus dilakukan dalam praktikum kali ini adalah
membuka aplikasi Chemdraw. Kemudian setiap mahasiswa masing-masing
mendapatkan senyawa yang berbeda-beda dari modul praktikum. Setelah itu,
mahasiswa harus menggambarkan suatu struktur dari senyawa tersebut dalam
aplikasi. Dalam hal ini praktikan mendapatkan strukur No.13 yang terdapat dalam
modul. Setelah masuk pada tampilan utama lembar kerja, kita dapat
menggambarkan suatu struktur dengan menggunakan tools dibagian samping
lembar kerja yang ada di toolbar dan pilih dengan sesuai kebutuhan pada struktur
tesebut. Untuk menyambungkan bentuk satu dengan bentuk yang lainnya yaitu
dengan menempelkan bentuk yang akan disambungkan pada tempat bentuk yang
akan ditambahkan. Jika terdapat suatu struktur yang berwarna merah, kemungkinan
ada yang salah dalam penempatan.
Jika sudah membentuk struktur yang diinginkan, maka struktur tersebut di blok
agar menjadi satu. Kemudian pilih convert structure to name pada menu structure
maka otomatis dapat memunculkan nama dan struktur senyawa. Nama dari struktur
No.13 adalah 3-(4-(7-chl oroquinolin-4-ylamino)butyl)-2-(3,4-dimethoxyphenyl)
thiazoli din-4-one, dimana senyawa tersebut berasal dari turunan kloroquin-
thiazolidinone.
Setelah itu untuk melihat berbagai sifat fisikokimia yaitu dengan cara memblok
struktur kemudian pilih menu view, setelah itu klik show chemical properties
windows. Dan untuk mencetak hasilnya tekan paste, maka kita akan memperoleh
informasi berbagai sifat fisikokimia seperti nilai titik didih, titik lebur, log P, MR,
temperatur kritis, tekanan kritis, volume kritis, energi gibbs, konstanta hukum henry
dan pembentukan panas yang terdapat pada strukutr No.13.
Selanjutnya untuk melihat prediksi H-NMR dan C-NMR pada struktur No.13,
struktur diblok menjadi satu kemudian pilih menu structur, lalu tekan Predict H-

NMR Shifts dan Predict C-NMR shift, maka memunculkan hasil analisis berupa
struktur yang dilengkapi dengan pergeseran kimia semua atom H dan atom C.
Langkah selanjutnya yaitu menggambar struktur 3D dengan copy terlebih
dahulu struktur yang telah dibuat , kemudian buka aplikasi program Chem3D
setelah itu langsung pilih paste, maka akan muncul tampilan 3D dari senyawa
tersebut.
Setelah gambar 3D muncul, selanjutya struktur tersebut dicari bentuk paling
stabilnya dengan cara pilih MM2 setelah itu klik Minimized Energy dan terakhir
tekan Run. Maka hasil Energi total atau energi yang paling stabil pada struktur
No.13 yaitu sebesar 28,8528.
Kemudian untuk melihat perbandingan sifat fisikokimia antara struktur 2D
dengan struktur 3D yaitu dengan pilih results, terus surfaces/contours, tekan new
cube, pilih menu yang akan dicari (LogP, Critical Volume, dll), kemudian pilih add,
dan terakhir klik oke, tunggu beberapa menit sampai angka yang didapat muncul.
Hasil yang didapatkan pada struktur 3D sama dengan struktur 2D seperti Log
P : 4.0644, Critical Volume : 1274,5 cm3/mol, Critical Temperature: 1102.93 K,
Critical Pressure : 15.3787 bar, Melting Point : 892,5 K. Hal ini berarti mungkin
tidak ada kesalahan dalam pembuatan model struktur 2D maupun 3D