TUGAS aplikom 2 Hikam Fawaid_093234004_kimia A 2009 Pengertian istilah-istilah yang ada dalam menjalankan Chem3D 1.

HF (Hartree Fock) adalah metode merupakan suatu prosedur pengulangan self-consistent untuk menghitung "kemungkinan terbaik" solusi determinan tunggal terhadap persamaan Schrdinger tak tergantung-waktu dari sistem berelektron banyak dalam potensial Coulomb inti tetap. 2.MP2 (Moller-Plesset) adalah metode menggunakan pertubrasi gangguan untuk koreksi korelasi elektron dalam sistem beratom banyak. Keuntungan menggunakan metode Moller-Plesset adalah komputasi yang lebih cepat dibanding configuration interaction (CI), walaupun demikian tetap ada kekurangannya, yaitu bukan merupakan variasional. Suatu metoda non-variasional, pada umumnya, menghasilkan energi yang tidak berada diatas energi dari hasil eksperimen. Dalam metode Moller-Plesset, Hamiltonian orde nol didefinisi sebagai jumlah dari semua hamiltonian Hartree-Fock untuk satu elektron. Metode Moller-Plesset yang digunakan untuk orde dua disebut MP2, dan untuk orde yang lebih tinggi disebut MP3, MP4, dan seterusnya. 3.DFT (Density Functional Theory) adalah DFT adalah untuk menggambarkan sebuah sistem yang berinteraksi fermion melalui kerapatan dan tidak melalui banyak-tubuh fungsi gelombang nya. 4.Job and Theory digunakan untuk menentukan kombinasi dari basis set dan teori struktur tertentu elektronik. Secara default, tab ini dioptimalkan untuk menyiapkan perhitungan Ab initio. 5.Compute Properties adalah suatu metode yang digunkan untuk menghitung sifatsifat molukel atau senyawa. 6.Molecular geometry adalah bentuk molekul, panjang ikatan, sudut dihedral. 7.Molecular Dinamic merupakan perhitungan menerapkan hukum gerak molekul. Jadi satu dapat mensimulasikan gerakan enzim karena perubahan bentuk pada mengikat substrat, atau gerakan segerombolan molekul air di sekitar molekul zat terlarut. 8.Dihedral angel adalah sudut ke atas dari horizontal pada sayap pesawat atau burung dari akar untuk membalikan, seperti yang terlihat secara langsung di depan atau belakang pesawat. Kualitas stabilisasi aerodinamika dihedral pertama kali dideskripsikan oleh Sir George Cayley tahun 1808/09.

Tugas 1 Langkah-langkah penggunaan chemdraw ultra 1. Buka aplikasi ChemDraw Ultra terlebih dahulu 2. Misalnya saya ingin membuat senyawa propena, untuk yang pertama pilih text (A), digunakan untuki mengetik sesuatu, lalu click di layar kerja dan menulis CH3. 3. Pilih Solid bond, Solid bond digunakan untuk membuat ikatan tunggal, lalu gambarkan disebelah CH3 tersebut. Setelah itu, pilih text lagi dan nge-click-nya dilayar kerja, dan mengetik CH. 4. Pilih Multiple Bonds, Multiple bond digunakan untuk membuat ikatan rangkap, lalu gambarkan disebelah CH . Setelah itu, pilih text, click dilayar kerja, dan mengetik CH2. 5. Setelah itu pilih Structure perspektive, digunakan untuk mengeblock, lalu pilih Structure dan pilih convert to name structure, lalu click ok. Convert name to structure digunakan untuk member nama pada senyawa yang telah kita buat. 6. Jadilah senyawa propena, CH3-CH=CH2.

Keterangan a. Lasso digunakan untuk mengeblock ( tetapi hanya yang kita inginkan saja) b.Structure perspective digunakan untuk mengeblock senyawa yang telah kita buat c. Solid bond digunakan untuk membuat ikatan tunggal d.Multiple bonds digunakan untuk membuat ikatan rangkap e.Dashes bond digunakan untuk membuat jauh dekatanya ikatan f. Marquee digunakan untuk membentuk sudut yang diinginkan dari senyawa tersebut g. Orbitals digunakan untuk membuat orbital suatu molekul (orbital p dan s) h.Eraser digunakan untuk menghapus text atau ikatan yang salah i. Arrows digunakan untuk member tanda panah

j. Untuk membuat ikatan siklo yang kita inginkan dapat menggunakan icon cyclopropane ring, Cyclopentane ring, cyclohexane ring, Chair cyclohexane ring, cyclopentadiene ring, benzene ring, etc.

Untuk mengubah bentuk senyawa dari ChemDraw Ultra ke dalam bentuk Chem3D ultra, langkah-langkahnya : 1. Pilih Structure perspective ( senyawa yang kita buat langsung ter-block dengan sendirinya ) 2. Lalu tekan ctrl+c pada keyboard secara bersamaan atau clik kanan lalu pilih copy 3. Lalu membuka aplikasi Chem3D Ultra 4. Lalu tekan ctrl+v di layar kerja pada keyboard, atau click kanan pilih paste Gambar yang ada pada ChemDraw Ultra akan tampil di Chem3D ultra dalam bentuk 3 dimensi

TUGAS 3 : MINIMIZE ENERGY MOLEKUL NMP (N-Methylpyrrolidone) minimize energy ini bertujuan untuk mengetahui struktur yang paling stabil yang dimiliki oleh molekul NMP. Struktur NMP pada ChemDraw :

Kemudian dari ChemDraw diconvert ke dalam Chem3D, dan memiliki struktur sebagai berkut:

Pada struktur di atas, memiliki nilai cartesian dan Z-Matrix sebagai berikut: Memunculkan Cartesian Table : View-Cartesian Table

Nilai Z-Matrix:

Didapatkan nilai cartesian table yang baru:

Didapatkan pula nilai z-matrix yang baru:

Didapatkan pula output dari running sebagai berikut: Calculation started Warning: Some parameters are guessed (Quality = 1). Iteration 552: Minimization terminated normally because the gradient norm is less than the minimum gradient norm Stretch: Bend: 0.4281 6.6951

Stretch-Bend: -0.0950 Torsion: 5.2138

Non-1,4 VDW: -0.7205

1,4 VDW:

2.1444

Dipole/Dipole: -4.4382 Total: 9.2277

Calculation completed

Struktur setelah dirunning MM2:

Dari yang telah dilakukan dan dilihat dari cartesian table serta z-matrix yang diperoleh, dapat dilihat bahwa terjadi peubahan nilai pada cartesian table di posisi X, Y, dan Z. Hal ini dikarenakan setelah di running MM2, molekul mencari keadaan yang paling stabil sehingga didapatkan nilai X,Y,Z yang berbeda pada cartesian table saat molekul belum dan sesudah dirunning. Kemudian dari output didapatkan Total energi sebesar 9.2277 Hartree. didapatkan pula milai torsi sebesar 5.2138, nilai peregangan (stretch) sebesar 0.4281, bend (terjadi penekukan) sebesar 6.6951, nilai stretch-bend sebesar -0.0950