LAPORAN PRAKTIKUM KIMIA FISIK II

GAYA ANTAR MOLEKUL PADA ASAM KARBOKSILAT ( VII )

Disusun oleh: Nama NIM Jurusan/Fakultas Hari/Tanggal : Yumarotun : 10/297677/PA/13054 : Kimia/MIPA : Selasa, 29 Mei 2012

LABORATORIUM AUSTRIAN-INDONESIAN CENTRE OF COMPUTATIONAL SCIENCE JURUSAN KIMIA FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM UNIVERSITAS GADJAH MADA YOGYAKARTA 2012

A. TUJUAN PERCOBAAN Memahami terjadinya ikatan antar molekul dalam dimer asam karboksilat yang berbentuk ikatan hidrogen. B. DASAR TEORI Kimia komputasi adalah cabang ilmu kimia yang menggunakan hasil kimia teori yang diterjemahkan ke dalam program komputer untuk menghitung sifat-sifat molekul dan perubahannya. Kimia komputasi dapat pula melakukan simulasi terhadap sistem-sistem besar (atau banyak molekul protein gas, padatan, cairan, dan kristal cair) dan menerapkan program tersebut pada sistem kimia nyata. Contoh sifat-sifat yang dihitung antara lain struktur aatom, energi dan selisih energi, muatan, momen dipole, kereaktifan, frekuensi getaran, dan besaran spektroskopi lainnya. Simulasi terhadap makromolekul (seperti protein dan asam nukleat) dan system besar bisa mencakup kajian konformasi molekul dan perubahannya (misalnya proses denaturasi protein), perubahan massa, serta peramalan sifat-sifat makroskopik (seperti kalor jenis) berdasarkan perilaku tingkat atom dan molekul. Istilah kimia komputasi sering digunakan juga sebagai ilmu komputer dan kimia. (Prianto, 2007) Metode kimia komputasi dapat dibedakan menjadi 2 bagian besar yaitu metode mekanika molekul dan metode struktur elektronik yang terdiri dari ab initio dan semiempiris. Mekanika molekul merupakan metode yang digunakan dalam pemodelan molekul untuk senyawa-senyawa dengan massa molekul besar seperti protein, DNA, dan RNA akan memerlukan perhitungan dengan metode kimia komputasi yang memungkinkan untuk tetap dapat memperoleh sifat sistem kimia yang akurat tetapi dengan waktu perhitungan yang rasional. Kekuatan dari metode MM adalah kemampuannya dalam menganalisis sifat senyawa untuk senyawa yang memiliki massa molekul tinggi dengan waktu perhitungan yang relative cepat. Namun demikian, kekurangannya terletak pada asumsi dasar dari MM yang memperlakukan atom-atom dalam molekul yang sudah saling berikatan, sehingga MM tidak akurat jika digunakan untuk memprediksi sistem kimia yang sifatnya didominasi oleh electron, misalnya keadaan transisi, polarisabilitas, dan sifat ionisasi. Penyusunan persamaan MM yang dikenal dengan medan gaya sangat bergantung pada ketersediaan sifat fisik eksperimental yang dimiliki oleh golongan senyawa tertentu. Itulah sebabnya banyak jenis medan gaya yang hanya teliti digunakan untuk golongan senyawa tertentu saja, misalnya AMBER untuk protein, MM1-MM4 untuk hidrokarbon, MM+ untuk keperluan umum semua senyawa. Metode semiempirik berdasarkan pada pendekatan HF. Matrick Fock disusun dan persamaan HF diselesaikan secara iterative. Pendekatan lain dari

metode semiempiris adalah hanya mempertimbangkan electron valensi. Perbedaan metode semiempiris yang satu dengan yang lain terletak pada pendekatannya (misalnya tolakan core-core) dan secara khusus pada nilai dari parameter tersebut. Berbeda dengan pendekatan mekanika molekuler, hanya parameter untuk atom tunggal dan untuk pasangan atom yang diperlukan. Metode semiempiris dapat dioptiomasikan untuk keperluan yang berbeda. Metode MNDO, AM1, dan PM3 dirancang untuk memproduksi panas pembentukan dan struktur dari sejumlah besar molekul organik. Metode semiempiris yang lain dioptimasi khusus untuk spektroskopi misalnya INDO, ZINDO atau CNDO yang melibatkan perhitungan CI dan cukup baik dalam memprediksi keadaan transisi elektronik dalam daerah spectra UV/Vis. (Pranowo dan Hetadi, 2011) HyperChem ialah suatu program simulasi dan pemodelan molekular yang memungkinkan perhitungan kimiawi yang kompleks. Software ini dapat digunakan untuk menggambar struktur kimia, optimasi geometri dengan berbagai macam model, study molecular dinamik dasar, study QSAR, dan lain-lain. HyperChem mengkombinasikan kemampuan optimasi untuk teknik mekanika kuantum dan mekanika molekuler dengan fasilitas manipulasi dan visualisasi struktur. simulasi dinamika molekul dan pengaturan yang sesuai kehendak pengguna, dengan program HyperChem, kita dapat menentukan struktur stabil dengan cara yang mudah. Penentuan struktur yang stabil dari molekul merupakan langkah perhitungan yang paling umum terjadi pada pemodelan molekul. Energi relatif dari struktur teroptimasi yang berbeda akan menentukan kestabilan konformasi, keseimbangan isomerisasi, panas reaksi, produk reaksi, dan banyak aspek lain dari kimia. (Shabrina, 2011) Ikatan hidrogen merupakan ikatan khusus dipol-dipol antara atom hidrogen dalam ikatan polar (seperti N-H, O-H, dan F-H) dengan atom elektronegatif. Atom-atom yang memiliki sifat elektronegatif yang kuat antara lain N, O, dan F. Energi ikatan pada ikatan hidrogen cukup kuat. Kekuatan ini dipengaruhi olehinteraksi coulomb antara pasangan elektron bebas pada atom elektronegatif dengan inti hidrogen. Dimer disusun oleh dua monomer yang identik dan terikat bersama. Hubungan antara dua monomer tersebut dapat melalui ikatan kovalen atau ikatan hidrogen.( Chang,2005)

C. CARA KERJA Mula- mula dibuka Icon hyperchem dibuka, kemudian Icon default element diklik, digambar model atom asam asetat, setelah itu, diklik icon Build dan Add H & Model Build,lalu File disimpan dengan cara diklik icon File kemudian Save as. File disimpan sebagai dimer.

Percobaan berikutnya, file

dimer dibuka kembali, lalu salah satu

molekul di blok kemudian molekul tersebut dipindahkan atau diputar sedemikian rupa menggunakan icon rotate in-plane atau translate sehingga jarak antar atom yang berbeda molekul 2 sesuai dengan letak dimer yang diinginkan, lalu dipilih icon Setup,selanjutnya Semi Empirical , lalu dipilih point AM1. Diklik icon Options, pada pilihan Spin Pairing dipilih UHF, convergence limit diganti pada 0.01, OK, lalu dipilih Compute dan diklik Geometry Optimization. Conv harus dipastikan YES, lalu energi yang ditampilkan dicatat sebagai energi kompleks. Kemudian, setup diklik lalu Recompute H Bonds untuk menampilkan ikatan hydrogen, kemudian setelah selesai file disimpan dengan nama dimer 1a. Selanjutnya salah satu molekul dihapus , lalu diklik icon Compute pilih Single Point .Energi yang ditampilkan sebagai energi asam asetat I File asam asetat yang kedua dibuka kembali, salah satu molekul lagi dihapus, lalu dipilih icon compute pilih Single Point. Energi yang ditampilkan dicatat sebagai energi asam asetat II Dengan langkah yang sama dilakukan untuk perhitungan MM+. Untuk mengubah perhitungan MM+, diklik icon Setup kemudian Molecular Mechanics, setelah itu pilih MM+.

D. HASIL DAN PEMBAHASAN Data hasil percobaan 1. AM1 NO 1 2 3 2. MM+ DIMER I II III Ekompleks -1551.1788 -1547.6760 -1549.4475 E kal1 -772.3152 -772.4008 -772.3720 Ekal2 -772.3094 -772.4038 -772.3791 Edimer -6.5542 -2.8714 -4.6964

NO 1 2 3

DIMER I II III

Ekompleks -15.3826 -12.1047 -15.3015

E kal1 -6.0013 -6.0177 -6.0047

Ekal2 -6.0056 -6.0141 -5.9988

Edimer -3.3757 -0.0729 -3.2980

Pembahasan Percobaan Gaya Antar Molekul pada Asam Karboksilat ini bertujuan untukl memahami terjadinya ikatan antar molekul dalam dimer asam karboksilat yang berbentuk ikatan hidrogen. Metode yang digunakan dalam percobaan ini adalah metode seno empiris dan metode mekanika molekul. Metode semi empiris dengan menggunakan AM1 sedangkan metode mekanika molecular menggunakan MM+. Kedua metode ini digunakan karena memiliki perbedaan. Dimana metode semi empiris dengan AM1 lebih spesifik dibandingkan MM+, hal ini karena pada AM1 yang dihitung adalah masing- masing energi, seperti ditunjukkan adanya energi-energi yang lain seperti binding energy, heat of, electronic, dan nuclear energy, serta tentu saja total energy dari semua energi yang disajikan tersebut sedangakan pada MM+ yang dihitung adalah total energinya saja. Dalam percobaan ini jarak antar atom H pada dimer satu dengan atom O pada dimer 2 dibuat 2. Pada pengaturan option total charge dibuat 0 karena semua elektron dibuat untuk berpasangan, Sedangkan pada spin pairing diisi UHF, option ini digunakan untuk melihat interaksi antar muka atau interaksi dianggap belum terjadi sehingga masih ada spin yang tidak berpasangan. Fungsi gelombang UHF ini lebih fleksibel daripada fungsi RHF sehingga dapat menghasilkan penyelesaian yang mendekati eksak dan menghasilkan energi terhitung yang lebih rendah. Pada perhitungan bentuk dimer, digunakan geometry optimization sedangkan pada bentuk monomernya digunakan single point. Hal ini karena pada geometry optimization yang dihitung adalah energi antar molekul yang sebenarnya sedangkan pada single point energi yang dihitung adalah energi dari molekul yang dibuat atau di input ke dalam program. Dari hasil percobaan yang telah dilakukan diperoleh hasil bahwa besarnya energi monomer asam karboksilat antara monomer 1 dengan monomer 2 (E kal1 dan E kal2 ) hampir sama. Hal ini karena memang kedua molekul asam karboksilat ini pada dasarnya sama, hanya sedikit berbeda pada kondisi lingkungannya. Dari hasil pembuatan 3 konformasi asam karboksilat, ternyata ketiganya memiliki energy kompleks teroptimasi yang hampir sama, baik menggunakan perhitungan MM+ maupun AM1. Akan tetapi apabila dilihat darin perubahan energi dimer (Edimer ) maka konformasi 1 memiliki kestabilan paling tinggi karena nilai energinya paling rendah, kemudin

berturut- turut diikuti oleh konformasi 3 dan yang terakhir adalah konformasi 2. Hasil perhitungan dengan metode AM1 dan MM+, ternyata MM+ memiliki energi kompleks yang jauh lebih rendah. Namun demikian Ekompleks keduanya hampir sama. Ikatan Hidrogen yang dibuat, hanya trbentuk pada konformasi dimer 1 saja, sedangkan pada konformasi dimer 2 dan 3 tidak terbentuk ikatan hidrogen, hal ini terjadi karena ikatan hidrogen akan terbentuk apabila jarak antara atom H dari gugus hidroksi dari monomer satu dengan atom O karbonil dari monomer yang lain memiliki jarak yang dekat, akan tetapi apabila jaraknya semakin jauh, maka ikatan hidrogen yang terbentuk akan semakin lemah atau bahkan tidak terbentuk ikatan hidrogen sama sekali. Hal ini juga dapat dilihat bahwa pada konformasi dimer 1 atom O dan H saling berdekatan dan berhadap- hadapan sehingga ikatan hidrogen yang etrbentuk kuat, sedangkan pada konformasi dimer 2 dan 3, antara atom O dan H memiliki jarak yang lebih jauh, dan tidak memungkinkan terjadinya ikatan hidrogen. E. KESIMPULAN Ikatan Hidrogen yang terjadi pada asam asetat dapat tergantung pada konformasi dimer yang terbentuk, yaitu jauh dekatnya jarak antara atom hidrogen pada gugus hidroksi pada monomer yang satu dengan atom oksigen pada karbonil pada monomer yang lainnya. F. DAFTAR PUSTAKA Chang, Raymond, 2005, Kimia Dasar Konsep-Konsep Inti, Erlangga, Jakarta. Pranowo, Harno Dwi dan Abdul Kadir RH, 2011, Pengantar Kimia Komputasi, Penerbit Lubuk Agung, Bandung. Prianto, Bayu, 2007, Pemodelan Kimia Komputasi, Berita Dirgantara, Vol.8, Halaman 1-2. Shabrina, 2011, Optimasi Struktur Molekul [HyperChem], http://shabrinachemist.blogspot.com/2011/12/optimasi-struktur-molekul.html (diakses pada tanggal 27 Mei 2012 pada pukul 21.58 WIB)

G. LAMPIRAN DIMER 1

DIMER 2

DIMER 3