PERHITUNGAN ENERGI

(MOLECULAR MECHANICS (MM) DAN

QUANTUM MECHANICS)

27 Februari 2020
Perhitungan energi
molekul
Merupakan bagian penting
dlm studi komputasi
(geometri, mekanisme
reaksi dan protein folding)
Metode : mekanika molekul
dan mekanika kuantum,
perbedaannya??/
 Metode
MEKANIKA MOLEKUL
(MOLECULAR MECHANIC)
 Molekul; bola yang saling
terhubung melalui sebuah
per
 Elektron tidak secara
eksplisit dilibatkan
 Perhitungannya cepat
 Tidak memerlukan
perangkat computer yang
besar
MEKANIKA KUANTUM
(QUANTUM MECHANIC)
 Molekul: inti dan electron
 Elektron secara eksplisit
dilibatkan
 Waktu perhitungan lama
 Memerlukan perangkat
computer yang besar
MM
MM adalah force-fields methods yang
menggunakan model-model tipe klasik
untuk memprediksi energi molekul sbg
fungsi konformasi.
MM dapat digunakan untuk: prediksi kondisi
ekuilibrium dan transisi serta menghitung
energi relatif dari konformer atau molekul
yang berbeda
MM dapat memberikan energi potensial
pada simulasi dinamika molekul (untuk
molekul2 besar), namun tidak sesuai untuk
reaksi pemutusan ikatan (bond-breaking)
Force Field (Medan GAYA)

Estr, Ebend dan Etors

merupakan energi ikatan
(bond energies), sedangkan
Evdw, Eel, dan Ecross
merupakan energi non-ikatan
(non-bonded energies)
 Energi streching (Regangan)

K adalah R (panjang ikatan) diperoleh secara

eksperimental. Atau melalui perhitungan
mekanika kuantum
Panjang ikatan C-H sekitar 1,06-1,1Å dengan
frekuensi streching antara 2900-3300 cm-1.
Bend Energy

Bend Energy
Torsional Energy
Energi torsional menggabungkan antara
interaksi non-ikatan sterik dan elektrostatik
antara atom A dan D yang terhubung
melalui ikatan B-C.
Sudut torsi adalah sudut yang terbentuk
antara bidang A-B-C dan B-C-D
Energi Van Der Walls
Energi VDW meningkat disekitar awan elektron 2
atom yang tak berikatan
Dihitung pada atom yang terhubung setidaknya
mellaui 2 atom lainnya, misal pada atom A dan D
dalam A-B-C-D
Energi VDW merupakan energi repulsif: SHORT
range (sangat repulsif), INTERMEDIATE range
(atractive), LONG range (mendekati nol)
Energi VDW dan interaksi elektrostatik bersifat long
range, maka dalam komputasi perhitungan ini akan
sangat tidak efisien (boros). Dapat dipercepat
dengan perhitungan Lennard-Jones
Lennard Jones
Lennard-Jones
 Energi Elektrostatik

Elektrostatil adalah interaksi Coloumb antara 2

atom yang memiliki muatan parsial.
SUMBER DATA DALAM MM
R
SUDUT IKATAN
SUDUT TORSI
ELEKTRONEGATIVITAS
 Pendahuluan
• Kimia komputasi berkembang setelah MK. KK
adalah cabang kimia yang menerapkan teori
kimia ke dalam program komputer untuk
menghitung sifat-sifat molekul dan
perubahannya.
• Pemodelan KK membantu dlm: 1). Desain awal
proses sintesis, 2) mempelajari mekanisme
reaksi, 3) melakukan simulasi reaksi dalam
komputer, 4) menentukan sifat-sifat molekul
• Dasar teori KK adalah persamaan gelombang
Schrodinger: Ĥ Ψ = E Ψ, dimana Ĥ adalah operator
Hamiltonian, Ψ fungsi gelombang, dan E total energi
• Operator Hamiltonian berhubungan dengan semua
energi dalam sistem yang dapat diamati
• Fungsi gelombang adalah fungsi posisi dari semua
partikel dasar (inti atom dan elektron) dalam sistem
• Total energi meliputi energi kinetik dan potensial
sistem (skalar)
 Unit-unit Atom
Semua perhitungan dalam menggunakan sistem unit yang
khusus, yang tidak ditemukan dalam SI, diantaranya:
 The length unit is the bohr (a0 = 5.29 × 10−11m)
 The mass unit is the electron mass (me = 9.11 ×
10−31kg)
 The charge unit is the electron charge (e = 1.60 ×
10−19C)
 The energy unit is the hartree (Eh = 4.36 × 10−18J)
Contoh: energi atom H adalah -0,5 Hatree (= -1,313
kJ/mol)
 Born-Oppenheimer Approx
• Inti atom jauh lbh berat dari elektron (sekitar
2000x massa elektron), sehingga pergerakan
inti sgt lamban
• Elektron dapat bergerak mengitari inti
• Potential energy surfaces (PES) merupakan
konsekuensi langsung dari BO Approx.
 The Chemical Connection
• Bgmn mendapatkan energi total sistem???
• Ada banyak sifat kimia dari derivat energi yang dapat
menjadi parameter eksternal diantaranya: 1. parameter
geometrik (panjang, sudut ikatan dll), 2. medan elektrik
eksternal (mis: pelarut, atau molekul lain dlm sistem), 3.
medan magnet eksternal (eksperimen NMR)
• Derivat pertama dan kedua telah lazim digunakan.
Derivat yang lebih tinggi diperlukan untuk perhitungan
sifat-sifat tertentu, namun lebih sulit untuk dihitung.
 Sifat-sifat yang dapat dihitung
• Energi ikatan dan energi reaksi
• Struktur pada keadaan dasar, transisi dan eksitasi
• Muatan atom dan potensial elektrostatik
• Frekuensi fibrasional (IR dan Raman)
• Energi transisi dan intensitas untuk spektrum UV dan
IR
• Geseran kimia NMR
• Momen dipol, polarisabilitas dan hiperpolarisabilitas
• Jalur dan mekanisme reaksi
 Metode Ab Initio
• Merupakan metode yang secara langsung
diturunkan dari prinsip-prinsip teoritis tanpa
melibatkan data eksperimental (empiris
maupun semi-empiris).
• Salah satu tujuan metode mekanika kuantum
adalah untuk menentukan struktur elektronik
(mis: distribusi elektron) sistem, melalui
pemecahan persamaan schrodinger dengan
Hamiltonian molekular elektronik
 Metode ab initio yang umum
• Hartree fock (HF)
• Generalized valence bond
• Moller Plesset Perturbation theory (MP)
• Multi-configuration self consistents field (MCSCF)
• Configuration interaction
• Multi-reference configuration interaction
• Coupled cluster (CC)
• Quantum Monte Carlo (QMC)
• Reduced density matrix approach
• Density Functional Theory (DFT)
 Hartree Fock
• HF merupakan metode berbasis fungsi
gelombang yang paling sederhana
• Lebih mengelaborasi metode struktur elektronik
• HF = molecular orbitals approx.
• Fungsi gelombang sebuah elektron secara
individu disebut molecular orbitals, yang tidak
memungkinkan terjadinya instantaneous
interaction antar elektron
• HF menggunakan pendekatan struktur
elektronik, dimana repulsi elektron-elektron
Coulombik dihitung sebagai rata-rata,
sehingga nilai energi perhitungan
mendekati/lebih besar dari nilai eksaknya (ada
HF limit). MP dan CC dimulai dengan
perhitungan HF untuk mengkoreksi kesalahan
korelasi elektronik.
 QMC
• Metode ini bekerja dengan sebuah fungsi
gelombang yg terhubung secara eksplisit dan
mengevaluasi integral-integral numerik
dengan menggunakan integrasi Monte-Carlo.
• Perhitungan ini bisa sgt time-consuming
namun bisa jadi yang paling akurat. Saat ini.
 DFT
• Biasa digunakan untuk menentukan struktur
elektronik molekul
• Energi total diekspresikan dari kerapatan elektron
total, daripada fungsi gelombangnya.
• Metode perhitungan struktur elektronik materi yang
paling berhasil dan menjanjikan
• DFT predicts a great variety of molecular properties:
molecular structures, vibrational frequencies,
atomization energies, ionization energies, electric and
magnetic properties, reaction paths, etc.
 Kelebihan dan Kekurangan Ab Initio

Kelebihan:
 Perhitungan dapat dipusatkan pada sistem
larutan nyata
 Konvergensi, kadang perhitungan yg kurang
akurat dapat memberikan hasil yang lebih baik,
misal pada : HF, MP2, MP4
Kekurangan:
 Memerlukan waktu perhitungan, memori dan
ruang penyimpanan yang besar
 Metode Semi-Empirik
• Metode semi-empirik didasarkan pada metode HF, dimana
costly two-electron integrals dari HF diperkirakan secara
dengan menggunakan data empiris atau dihilangkan
sepenuhnya.
• Perhitungan SE lebih cepat dari ab initio, dan cukup baik
digunakan pada kimia organik dimana molekul hanyaterdiri
dari beberapa unsur dan ukuran molekul tidak terlalu besar.
• Metode SE dapat digunakan untuk menentukan keadaan
eksitasi elektronik, mis: metode Pariser-Parr Popple (PPP)
dapat memperkirakan kondisi eksitasi jika tersedia
parameter yg sesuai.
 Metode Mix QM/MM
• Kombinasi metode QM dan MM dapat
digunakan untuk investigasi sistem yang lebih
besar. Mis: analisis enzimatik dalam protein
 Software
Ada banyak software yang dapat digunakan
dalam perhitungan berbasis mekanika
kuantum, diantaranya: