PERHITUNGAN ENERGI

(MOLECULAR MECHANICS (MM) DAN QUANTUM

MECHANICS)
27 Februari 2020
Perhitungan energi molekul
 Merupakan bagian penting dlm studi
komputasi (geometri, mekanisme reaksi
dan protein folding)
 Metode : mekanika molekul dan
mekanika kuantum, perbedaannya??/
 Metode
MEKANIKA MOLEKUL
(MOLECULAR MECHANIC)
 Molekul; bola yang saling
terhubung melalui sebuah
per
 Elektron tidak secara
eksplisit dilibatkan
 Perhitungannya cepat
 Tidak memerlukan
perangkat computer yang
besar
MEKANIKA KUANTUM
(QUANTUM MECHANIC)
 Molekul: inti dan electron
 Elektron secara eksplisit
dilibatkan
 Waktu perhitungan lama
 Memerlukan perangkat
computer yang besar
MM
 MM adalah force-fields methods yang menggunakan model-
model tipe klasik untuk memprediksi energi molekul sbg
fungsi konformasi.
 MM dapat digunakan untuk: prediksi kondisi ekuilibrium dan
transisi serta menghitung energi relatif dari konformer atau
molekul yang berbeda
 MM dapat memberikan energi potensial pada simulasi
dinamika molekul (untuk molekul2 besar), namun tidak
sesuai untuk reaksi pemutusan ikatan (bond-breaking)
 Force Field (Medan GAYA)

Estr, Ebend dan Etors merupakan

energi ikatan (bond energies),
sedangkan Evdw, Eel, dan Ecross
merupakan energi non-ikatan (non-
bonded energies)
 Energi streching (Regangan)

K adalah R (panjang ikatan) diperoleh secara

eksperimental. Atau melalui perhitungan
mekanika kuantum
Panjang ikatan C-H sekitar 1,06-1,1Å dengan
frekuensi streching antara 2900-3300 cm-1.
Bend Energy

Bend Energy
Torsional Energy
 Energi torsional menggabungkan antara interaksi non-ikatan
sterik dan elektrostatik antara atom A dan D yang terhubung
melalui ikatan B-C.
 Sudut torsi adalah sudut yang terbentuk antara bidang A-B-C
dan B-C-D
Energi Van Der Walls
 Energi VDW meningkat disekitar awan elektron 2 atom yang
tak berikatan
 Dihitung pada atom yang terhubung setidaknya mellaui 2
atom lainnya, misal pada atom A dan D dalam A-B-C-D
 Energi VDW merupakan energi repulsif: SHORT range
(sangat repulsif), INTERMEDIATE range (atractive),
LONG range (mendekati nol)
 Energi VDW dan interaksi elektrostatik bersifat long range,
maka dalam komputasi perhitungan ini akan sangat tidak
efisien (boros). Dapat dipercepat dengan perhitungan
Lennard-Jones
Lennard Jones
Lennard-Jones
 Energi Elektrostatik

Elektrostatil adalah interaksi Coloumb antara

2 atom yang memiliki muatan parsial.
SUMBER DATA DALAM MM
 R
 SUDUT IKATAN
 SUDUT TORSI
 ELEKTRONEGATIVITAS
 Pendahuluan
• Kimia komputasi berkembang setelah MK. KK
adalah cabang kimia yang menerapkan teori
kimia ke dalam program komputer untuk
menghitung sifat-sifat molekul dan
perubahannya.
• Pemodelan KK membantu dlm: 1). Desain awal
proses sintesis, 2) mempelajari mekanisme
reaksi, 3) melakukan simulasi reaksi dalam
komputer, 4) menentukan sifat-sifat molekul
• Dasar teori KK adalah persamaan gelombang
Schrodinger: Ĥ Ψ = E Ψ, dimana Ĥ adalah
operator Hamiltonian, Ψ fungsi gelombang, dan E
total energi
• Operator Hamiltonian berhubungan dengan
semua energi dalam sistem yang dapat diamati
• Fungsi gelombang adalah fungsi posisi dari semua
partikel dasar (inti atom dan elektron) dalam
sistem
• Total energi meliputi energi kinetik dan potensial
sistem (skalar)
 Unit-unit Atom
Semua perhitungan dalam menggunakan sistem unit yang
khusus, yang tidak ditemukan dalam SI, diantaranya:
 The length unit is the bohr (a0 = 5.29 × 10−11m)
 The mass unit is the electron mass (me = 9.11 ×
10−31kg)
 The charge unit is the electron charge (e = 1.60 ×
10−19C)
 The energy unit is the hartree (Eh = 4.36 × 10−18J)
Contoh: energi atom H adalah -0,5 Hatree (= -1,313
kJ/mol)
 Born-Oppenheimer Approx
• Inti atom jauh lbh berat dari elektron (sekitar
2000x massa elektron), sehingga pergerakan
inti sgt lamban
• Elektron dapat bergerak mengitari inti
• Potential energy surfaces (PES) merupakan
konsekuensi langsung dari BO Approx.
 The Chemical Connection
• Bgmn mendapatkan energi total sistem???
• Ada banyak sifat kimia dari derivat energi yang
dapat menjadi parameter eksternal diantaranya:
1. parameter geometrik (panjang, sudut ikatan
dll), 2. medan elektrik eksternal (mis: pelarut,
atau molekul lain dlm sistem), 3. medan magnet
eksternal (eksperimen NMR)
• Derivat pertama dan kedua telah lazim
digunakan. Derivat yang lebih tinggi diperlukan
untuk perhitungan sifat-sifat tertentu, namun
lebih sulit untuk dihitung.
 Sifat-sifat yang dapat dihitung
• Energi ikatan dan energi reaksi
• Struktur pada keadaan dasar, transisi dan eksitasi
• Muatan atom dan potensial elektrostatik
• Frekuensi fibrasional (IR dan Raman)
• Energi transisi dan intensitas untuk spektrum UV
dan IR
• Geseran kimia NMR
• Momen dipol, polarisabilitas dan
hiperpolarisabilitas
• Jalur dan mekanisme reaksi
 Metode Ab Initio
• Merupakan metode yang secara langsung
diturunkan dari prinsip-prinsip teoritis tanpa
melibatkan data eksperimental (empiris
maupun semi-empiris).
• Salah satu tujuan metode mekanika kuantum
adalah untuk menentukan struktur elektronik
(mis: distribusi elektron) sistem, melalui
pemecahan persamaan schrodinger dengan
Hamiltonian molekular elektronik
 Metode ab initio yang umum
• Hartree fock (HF)
• Generalized valence bond
• Moller Plesset Perturbation theory (MP)
• Multi-configuration self consistents field (MCSCF)
• Configuration interaction
• Multi-reference configuration interaction
• Coupled cluster (CC)
• Quantum Monte Carlo (QMC)
• Reduced density matrix approach
• Density Functional Theory (DFT)
 Hartree Fock
• HF merupakan metode berbasis fungsi
gelombang yang paling sederhana
• Lebih mengelaborasi metode struktur
elektronik
• HF = molecular orbitals approx.
• Fungsi gelombang sebuah elektron secara
individu disebut molecular orbitals, yang tidak
memungkinkan terjadinya instantaneous
interaction antar elektron
• HF menggunakan pendekatan struktur
elektronik, dimana repulsi elektron-elektron
Coulombik dihitung sebagai rata-rata,
sehingga nilai energi perhitungan
mendekati/lebih besar dari nilai eksaknya (ada
HF limit). MP dan CC dimulai dengan
perhitungan HF untuk mengkoreksi kesalahan
korelasi elektronik.
 QMC
• Metode ini bekerja dengan sebuah fungsi
gelombang yg terhubung secara eksplisit dan
mengevaluasi integral-integral numerik
dengan menggunakan integrasi Monte-Carlo.
• Perhitungan ini bisa sgt time-consuming
namun bisa jadi yang paling akurat. Saat ini.
 DFT
• Biasa digunakan untuk menentukan struktur
elektronik molekul
• Energi total diekspresikan dari kerapatan elektron
total, daripada fungsi gelombangnya.
• Metode perhitungan struktur elektronik materi
yang paling berhasil dan menjanjikan
• DFT predicts a great variety of molecular
properties: molecular structures, vibrational
frequencies, atomization energies, ionization
energies, electric and magnetic properties,
reaction paths, etc.
 Kelebihan dan Kekurangan Ab Initio
Kelebihan:
 Perhitungan dapat dipusatkan pada sistem
larutan nyata
 Konvergensi, kadang perhitungan yg kurang
akurat dapat memberikan hasil yang lebih
baik, misal pada : HF, MP2, MP4
Kekurangan:
 Memerlukan waktu perhitungan, memori dan
ruang penyimpanan yang besar
 Metode Semi-Empirik
• Metode semi-empirik didasarkan pada metode HF,
dimana costly two-electron integrals dari HF
diperkirakan secara dengan menggunakan data empiris
atau dihilangkan sepenuhnya.
• Perhitungan SE lebih cepat dari ab initio, dan cukup
baik digunakan pada kimia organik dimana molekul
hanyaterdiri dari beberapa unsur dan ukuran molekul
tidak terlalu besar.
• Metode SE dapat digunakan untuk menentukan
keadaan eksitasi elektronik, mis: metode Pariser-Parr
Popple (PPP) dapat memperkirakan kondisi eksitasi jika
tersedia parameter yg sesuai.
 Metode Mix QM/MM
• Kombinasi metode QM dan MM dapat
digunakan untuk investigasi sistem yang lebih
besar. Mis: analisis enzimatik dalam protein
 Software
Ada banyak software yang dapat digunakan
dalam perhitungan berbasis mekanika
kuantum, diantaranya: