KIMIA KOMPUTASI
Kelompok 4
Universitas Cenderawasih
2021
Kata Pengantar
Puji Syukur kami kepada Tuhan Yesus atas berkat dan perlindungan-Nya bagi kami mulai
dari awal semester 1 hingga semester 6 sekarang. Puji syukur atas bimbingan-Nya bagi kami
sehingga dapat menyelesaikan berbagai tugas-tugas yang diberikan. Dalam wabah pandemi
Covid-19 seperti sekarang, begitu menyurutkan semangat belajar, namun tak ingin berlarut,
kami mengingat tugas kami sebagai mahasiswa dan anak yang bertanggung jawab
menjalankan kewajiban kami. Kami sadar bahwa semakin tinggi tingkatan semester, semakin
berat tugas kami. Sehingga kami berterima kasih kepada Dosen Ibu Lusia Narsia Amsad,
S.Pd.,M.Si, selaku dosen pengampuh mata kuliah Kimia Komputasi ini yang telah
membimbing dan sabar terhadap kami dalam setiap tugas yang ada.
Makalah singkat kami yang berjudul ‘’Kimia Kuantum Semiempiris’’ merupakan tugas
kelompok pertama dari perkuliahan Kimia Komputasi. Semoga makalah ini dapat memenuhi
tugas yang diberikan oleh dosen pengampuh. Kami mohon maaf apabila terdapat kesalahan
kata maupun kalimat. Sekian dan terima kasih.
Abepura, 27 Februari
Daftar Isi
Halaman Depan
Kata Pengantar...........................................................................................................................2
Daftar Isi.....................................................................................................................................3
Bab I.......................................................................................................................................4
Pendahuluan...........................................................................................................................4
A. Latar Belakang...............................................................................................................4
B. Rumusan Masalah.......................................................................................................4
C. Tujuan..........................................................................................................................5
Bab II Pembahasan....................................................................................................................6
1. Kimia Komputasi..........................................................................................................6
3. Aplikasi HyperChem....................................................................................................8
B. Referensi....................................................................................................................24
Bab I
Pendahuluan
A. Latar Belakang
Pada bahasan ini akan dibahas satu metode kimia komputasi yang paling banyak
digunakan oleh mahasiswa dalam melakukan perhitungan kimia komputasi yaitu metode
semi-empiris. Juga akan dibahas tentang jenis, aplikasi, kekuatan dan kelemahan metode
semiempiris dalam memodelkan senyawa. Dengan pembahasan metode semiempiris ini, akan
dapat dibandingkan secara lengkap tentang tiga metode kimia komputasi dalam pemodelan
molekul.
B. Rumusan Masalah
1. Apa itu Kimia Komputasi?
2. Metode Kimia kuantum semiempiris?
3. Apa itu aplikasi HyperChem?
4. Apa saja batasan dalam Metode kimia kuantum semiempiris?
5. Bagaimana pendekatan ZERO DIFFRENTIAL OVERLAP (ZDO) ?
6. Bagaimana pendekatan INTERMEDIATE NEGLECT OF DIFFERENTIAL
OVER-LAPIndo ?
7. Bagaimana pendekatan MODIFIED INTERMEDIATE NEGLECT OF
DIFFEREN-TIAL OVERLAP (MINDO) ?
8. Bagaimana pendekatan dari NEGLECT OF DIATOMIC DIFFERENTIAL
OVERLAP (NDDO) ?
9. Bagaimana pendekatan MODIFIED NEGLECT OF DIATOMIC OVERLAP
(MNDO) ?
10. Bagaiman pendekatan AUSTIN MODEL 1 (AM1) ?
11. Bagaimana PARAMETERIZED MODEL 3 (PM3)
12. Bagaimana kualitas dari hasil semi empiris?
C. Tujuan
1. Mengetahui tentang Kimia komputasi
2. Memahami tentang Kimia kuantum semiempiris
3. Mengetahui tentang aplikasi HyperChem
4. Mengetahui batasan dalam metode kimia kuantum semiempiris
5. Mengetahui tentang pendekatan ZERO DIFFRENTIAL OVERLAP (ZDO)
6. Mengetahui tentang pendekatan INTERMEDIATE NEGLECT OF
DIFFERENTIAL OVER-LAPIndo
7. Mengetahui tentang pendekatan MODIFIED INTERMEDIATE NEGLECT
OF DIFFEREN-TIAL OVERLAP (MINDO)
8. Mengetahui tentang pendekatan dari NEGLECT OF DIATOMIC
DIFFERENTIAL OVERLAP (NDDO)
9. Mengetahui tentang pendekatan MODIFIED NEGLECT OF DIATOMIC
OVERLAP (MNDO)
10. Mengetahui tentang pendekatan AUSTIN MODEL 1 (AM1)
11. Mengetahui tentang PARAMETERIZED MODEL 3 (PM3)
12. Mengetahui tentang kualitas dari hasil semi empiris
Bab II
Pembahasan
1. Kimia Komputasi
Kimia komputasi adalah cabang kimia yang menggunakan hasil kimia teori yang
diterjemahkan ke dalam program komputer untuk menghitung sifat-sifat molekul dan
perubahannya maupun melakukan simulasi terhadap sistem-sistem besar (makromolekul
seperti protein atau sistem banyak molekul seperti gas, cairan, padatan, dan kristal cair),
dan menerapkan program tersebut pada sistem kimia nyata (Intan,2011). Kimia
komputasi dapat dikatakakan juga sebagai ilmu yang menjembatani antara kimia teori
dengan kimia eksperimen karena kimia komputasi ini memiliki kelebihan tersendiri
dibandingkan dengan kimia eksperimen. Kelebihan kimia komputasi dibandingkan kima
eksperimen tentunya adalah untuk menghemat bahan kimia yang digunakan. Kimia
komputasi juga dapat menghasilkan informasi yang tidak dapat diterangkan secara
eksperimen. Salah satu contohnya adalah penentuan keadaan transisi (keadaan antara)
suatu reaksi (Rep, 2013). Dalam perkembangannya, komputasi kimia dapat memecahkan
masalah-masalah yang tidak bisa diselesaikan dengan eksperimen. Kimia komputasi
digunakan untuk menjelaskan beragam sistem kimia dengan kompleksitas yang sangat
luas (Pranowo, 2002).
Metode kimia komputasi dapat dibedakan menjadi 2 bagian besar yaitu mekanika
molekuler dan metode struktur elektronik yang terdiri dari metode semiempiris, metode
ab initio dan metode yang sekarang berkembang pesat yaitu teori kerapatan fungsional
(density functional theory, DFT). Masing-masing metode ini memiliki kelebihan dan
kekurangannya.
3. Aplikasi HyperChem
o Metode seperti CNDO / 2 , INDO dan NDDO yang diperkenalkan oleh John Pople .
Implementasi bertujuan untuk menyesuaikan, bukan eksperimen, tetapi hasil
himpunan basis minimum ab initio. Metode ini sekarang jarang digunakan tetapi
metodologi sering menjadi dasar metode selanjutnya.
Metode yang paling sederhana adalah CNDO (Abaikan Lengkap
Tumpang tindih Differential). Tolakan elektron antara elektron dalam orbital
yang berbeda hanya bergantung pada sifat dari atom yang terlibat, dan bukan pada
orbital tertentu. Ini menciptakan picture.One sangat sederhana dari kelemahan adalah
bahwa karena mengabaikan hampir semua integral pertukaran, tidak dapat
menghitung perbedaan antara keadaan multiplisitas timbul dari
configuration.CNDO elektronik yang sama memperlakukan kesenjangan energi
singlet-triplet buruk.
Metode INDO (Menengah NDO) mengoreksi beberapa masalah terburuk
dengan CNDO. Misalnya, INDO pertukaran integral antara elektron pada atom
yang sama tidak perlu sama, tetapi dapat bergantung pada orbital yang terlibat.
Meskipun ini memperkenalkan lebih parameter, waktu komputasi tambahan
diabaikan. INDO dan Mindo / 3 (Modified INDO, versi 3) metode implementasi yang
berbeda dari pendekatan yang sama.
ZINDO / 1 dan ZINDO / S adalah versi Dr Michael Zerner yang INDO dan
digunakan untuk sistem molekul dengan logam transisi. ZINDO / 1
diharapkan dapat memberikan geometri molekul, dan ZINDO / S
parametrized untuk memberikan spektrum UV.
o Metode yang ada di program komputer MOPAC , AMPAC , dan / atau SPARTAN
berasal dari grup Michael Dewar . Ini adalah MINDO , MNDO , AM1 , PM3 , RM1,
PM6 dan SAM1 . Di sini tujuannya adalah menggunakan parameter yang sesuai
dengan kalor eksperimental pembentukan, momen dipol, potensial ionisasi, dan
geometri.
The NDDO (Mengabaikan diatomik Differential Overlap) pendekatan adalah
dasar untuk MNDO, MNDO / d, AM1, dan PM3 metode. Selain integral yang
digunakan dalam metode INDO, mereka memiliki kelas tambahan integral
tolakan elektron. Kelas ini meliputi kepadatan tumpang tindih antara dua orbital
berpusat pada atom yang sama berinteraksi dengan kepadatan tumpang tindih antara
dua orbital juga berpusat pada satu (tapi mungkin berbeda) atom. Ini adalah langkah
signifikan terhadap memperhitungkan dampak dari interaksi elektron-elektron
pada berbeda atoms.
Calculating integral ekstra membutuhkan waktu. MNDO, MNDO / d, AM1,
dan PM3 perhitungan biasanya memakan waktu sekitar satu dan satu-setengah
kali selama INDO atau Mindo / 3 calculations.
AM1 umumnya metode komputasi yang paling akurat termasuk dalam
HyperChem dan sering metode terbaik untuk mengumpulkan kuantitatif
informasi. PM3 secara fungsional mirip dengan AM1, tetapi menggunakan
alternatif set parameter (lihat "PM3" pada halaman 156).
Parameterisasi
overlap
3) Diagonal integral satu-elektron diparameterisasi sebagai
Metode ini sekarang jarang digunakan dalam bentuk aslinya dengan beberapa pengecualian
tetapi metode ini menjadi dasar untuk beberapa metode lain, seperti MINDO , ZINDO dan
SINDO .
Dalam metode INDO (Intermediate Neglect of Differential Overlap ) ( Pople et al., 1967 ),
diferensial overlap diabaikan di mana-mana kecuali untuk integral 2-elektron 1-pusat :
yang dievaluasi secara analitis dari STO, dimana:
Metode ini menyumbang lebih baik daripada CNDO untuk pemisahan level menjadi setiap
suku atom, dan memberikan nilai yang masuk akal untuk distribusi spin tak berpasangan
dalam radikal. Karenanya, metode ini sesuai untuk kalkulasi semiempiris dari kepadatan spin
(ESR, NMR).
. Pada pusat atom yang sama, <ss|ss>, <ss|pp>, <pp|pp>, <pp|p’p’> dan <sp|sp>
diparameterisasi secara terpisah, utamanya difitting terhadap data spektroskopi. Parameter
dinamakan secara berturut-turut sebagai Gss, Gsp, Gpp, Gp2 dan Lsp. Perlu dicatat bahwa
pada pusat atom yang berbeda, integral ini mempunyai bentuk yang sama dengan yang
dinyatakan dalam CNDO (poin 6).
INDO masih memprediksi data struktur molekul dengan kualitas rendah, tetapi cukup baik
untuk analisis spektroskopi elektronik. ZINDO (Kode untuk INDO dari Zerner) dan INDO/S
(INDO untuk spektroskopi) masih digunakan secara luas karena ketersediaan parameter
untuk setiap atom dalam tabel periodik dan memperhitungkan elektron pada orbital d dan f.
Dewar dan rekan kerja memarameterisasi pendekatan ini untuk memberikan metode
pengabaian diferensial antara tumpang tindih diferensial / 3 (MINDO / 3) < 1975JA1285 >
dan pengabaian yang dimodifikasi tumpang tindih diferensial (MNDO) < 1977JA4899 >.
MNDO memberikan hasil yang jauh lebih baik dibandingkan dengan MINDO / 3. Pada tahun
1985 versi perbaikan dari MNDO, disebut AM1, diterbitkan < 1985JA3902 >. Kemudian
MNDO di reparameterisasi untuk memberikan MNDO-PM3 < 1989JC209 , 1990JC543 >.
Tujuan dari metode ini adalah meningkatkan kegunaan dari teori seperti INDO dan
membuatnya bersifat lebih umum. Matrik Fock pada MINDO/3 mempunyai bentuk
persamaan :
Setiap atom mempunyai 8 parameter (, U, untuk orbital Slater, Gss, Gsp, Gpp, Gp2 dan
Lsp) dan setiap pasangan atom mempunyai satu parameter (). Setiap para-meter ini difitting
sedemikian hingga model akhir sesuai dengan data eksperimental, yang termasuk panas
pemben-tukan, potensial ionisasi, momen dipol dan frekuensi infra merah untuk himpunan
penguji yang cukup. Prosedur fitting seperti ini membuat terjadinya kesulitan ketika harus
menambahkan atom baru pada himpunan parameter
Metode MINDO/3 merupakan metode semiempiris yang secara sukses digunakan secara luas,
walaupun sekarang sudah diganti dengan Hamiltonian yang lebih baru.
Bentuk dari integral INDO memungkinkan untuk mem-bedakan orbital s dan p pada atom
pusat tetapi tidak memper-timbangkan perbedaan orientasi dari orbital p pada pusat atom
tetangganya. Dengan INDO, semua rotamer mempunyai energi yang sangat mirip. Untuk
meningkatkan kemampuan metode ini, NDDO memperlakukan semua integral dalam bentuk
, A dan , B tetapi tidak mempunyai kesamaan pada dan tidak mempunyai
kesamaan dengan . Dengan kata lain interaksi s, px, py dan pz diperhitungkan pada setiap
fragmen diatomik, tetapi awan muatan individual yang dimasukkan pada atom berbeda,
ditiadakan.
NDDO menyisakan 100 integral untuk setiap pasangan atom berat, dari 4096 (84) integral
yang mungkin. Perlu diperhatikan bahwa integral tersebut dapat terkurangi jika mereka
mempunyai simetri yang sama).
MNDO mempunyai tujuh parameter atomik (Uss, Upp, , s, p, dan satu
yang termasuk dalam perhitungan interaksi multipol (pada dasarnya pemisahan antara
titik muatan yang digunakan untuk menggambarkan dipol), dan tidak ada parameter
diatomik. Integral yang tidak diatur sama dengan nol pada asumsi CNDO dihitung
sebagai interaksi multipol.
Metode ini memerlukan 20% lebih lama dibandingkan dengan MINDO/3 dan
memberikan hasil yang lebih baik. Parameter atom yang sekarang tersedia adalah
untuk atom H, Li, Be, C, N, O, F, Al, Si, P, S, Cl, Zn, Ge, Br, I, Sn, Hg dan Pb. Thiel
telah mengembangkan metode ini dengan memasukkan perhitungan untuk orbital d.
Dinamakan Austin Model 1 karena disusun oleh Dewar ketika berada di University of
Texas di Austin.
Austin Model 1 , atau AM1 , adalah metode semi empiris untuk kalkulasi
kuantum struktur elektronik molekuler dalam kimia komputasi . Hal ini didasarkan
pada pendekatan integral Tumpang-Tindih Diferensial Diatomik . Secara khusus, ini
adalah generalisasi dari pengabaian yang dimodifikasi dari pendekatan tumpang
tindih diatomik diferensial . Metode terkait adalah PM3 dan MINDO yang lebih lama
AM1 dikembangkan oleh Michael Dewar dan rekan kerja dan diterbitkan pada
tahun 1985. AM1 merupakan upaya untuk meningkatkan model MNDO dengan
mengurangi tolakan atom pada jarak pemisahan yang dekat. Istilah inti-inti atom
dalam persamaan MNDO dimodifikasi melalui penambahan fungsi Gaussian atraktif
dan tolak pusat .
Hanya satu kunci penyelesaian yang berbeda dengan metode MNDO yaitu:
Penggunaan suku baru dalam menggam-barkan interaksi antar inti. Tolakan dalam
MNDO diperla-kukan sebagai jarak kontak van der Waals. Suku baru dapat secara
luas mengoreksi defisiensi ini :
a, b, dan c merupakan parameter dalam fungsi gaussian yang berasosiasi dengan atom
yang ditunjukkan pada tanda pangkat (superscript). AM1 mempunyai 14 parameter
per atom (beberapa atom mempunyai parameter fungsi gaussian lebih dari atau lebih
kecil dari yang disebutkan).
11. PARAMETERIZED MODEL 3 (PM3)
Metode PM3 menggunakan formalisme dan persamaan yang sama dengan metode AM1 .
Satu-satunya perbedaan adalah: 1) PM3 menggunakan dua fungsi Gaussian untuk fungsi
tolakan inti, bukan nomor variabel yang digunakan oleh AM1 (yang menggunakan antara
satu dan empat Gaussian per elemen); 2) nilai numerik dari parameter berbeda. Perbedaan
lainnya terletak pada filosofi dan metodologi yang digunakan selama parameterisasi:
sedangkan AM1 mengambil beberapa nilai parameter dari pengukuran spektroskopi, PM3
memperlakukannya sebagai nilai yang dapat di optimalkan.
Metode ini dikembangkan oleh JJP Stewart dan pertama kali diterbitkan pada tahun 1989. Ini
diimplementasikan dalam program MOPAC (di mana versi yang lebih lama adalah domain
publik), bersama dengan metode RM1 , AM1 , MNDO dan MINDO terkait , dan di beberapa
program lain seperti sebagai Gaussian , CP2K , GAMESS (US) , GAMESS (UK) , PC
GAMESS , Chem3D , AMPAC , ArgusLab , BOSS , dan SPARTAN .
Implementasi PM3 dalam program SPARTAN mencakup PM3tm dengan ekstensi tambahan
untuk logam transisi yang mendukung perhitungan pada Ca , Ti , V , Cr , Mn , Fe , Co , Ni ,
Cu , Zn , Zr , Mo , Tc , Ru , Rh , Pd , Hf , Ta , W , Re , Os , Ir , Pt, dan Gd . Banyak unsur
lain, kebanyakan logam, telah dijadikan parameter dalam pekerjaan selanjutnya.optimalkan.
Memasukkan orbital d, yang sangat penting bagi spesies organometalik dan hipervalen,
misalnya MNDO/d yang di-kemukakan oleh Thiel dan Voitzuk. Metode ini memberi-kan
lebih banyak parameter karena terdapat 5 macam orbital d. Juga model awan muatan untuk
menyederha- nakan penyelesaian integral tidak seumum seperti yang harus digunakan untuk
orbital d.
Logam transisi
SINDO1 yang dikemukakan oleh Li, Correa de Mallo dan Jug (1992). PM3/tm yang terdapat
pada program komputer SPARTAN. Problem utama dari penggunaan metode ini adalah
ketidakcocokan data eksperimen dengan parame-terisasi.
Beberapa yang dikenal adalah VAMP dari Tim Clark (AM1/SOS), ZINDO (INDO/CI) dan
lain-lain. Penting untuk menggambarkan pertukaran elektron dan korelasi yang signifikan.
Pentingya untuk spektroskopi elektronik yang akurat (UV/VIS), dan energi serta geometri
sistem dengan lebih dari satu keadaan elektronik lowlying. Akan lebih baik kalau digunakan
pendekatan teori ab initio.
Model Fragmen
Pada dasarnya, metode ini menggunakan konsep perhi-tungan dengan teori level rendah
(CNDO) untuk sistem bulk molekul yang besar, kemudian menggunakan teori tingkat tinggi
(AM1) untuk daerah yang khusus yang menjadi perhatian.
Metode ini mirip dengan model fragmen dan sangat berguna untuk sistem biologis. MM
dapat diterapkan pada bulk dari biomolekul, sedangkan interaksi khusus dimodelkan dengan
mekanika kuantum
Untuk struktur molekul dan panas pembentukan dari molekul dengan sistem
tertutup, MNDO, AM1 dan PM3 cukup baik, tapi secara umum AM1 dan PM3 lebih
disukai. Kesalahan mutlak dari panjang ikatan dengan menggunakan metode PM3 sebesar
0,036 Å dan sedikit lebih besar untuk AM1 dan MNDO. Kesalahan pada sudut ikatan
adalah 3 sampai 4 derajat, angka ini masih lebih besar dibandingkan dengan hasil
perhitungan ab initio, tentu dengan waktu perhitungan yang lebih lama.
Sterik.
Keadaan transisi.
Spesies bermuatan
Hipervalensi diprediksi sangat jelek karena fungsi orbital d tidak merupakan bagian
dari himpunan basis yang digunakan dalam perhitungan.
Ikatan hidrogen dihitung dengan baik untuk geometri dan energi secara umum dengan
Hamiltonian PM3. Tetapi jarak oksigen-oksigen dalam air dimer lebih baik ditentukan
dengan AM1.
Tabel 5.1 Kemampuan beberapa metode semiempiris dalam analisis geometri Molekul
13. Kelebihan dan kekurangan metode kimia kuantum semiempiris
Kelebihan Kekurangan
A. Kesimpulan
Metode semiempiris dibedakan atas dasar pendekatan parameterisasi data
eksperimen dan penyederhanaan perhi-tungan integral dalam prosedur SCF. Pada
umumnya metode ini baik cukup baik dalam memprediksi sifat molekul. Untuk
keperluan khusus, seperti analisis spektra, harus dilakukan pemilihan metode
semiempiris yang parameterisasinya dida-sarkan pada data spektroskopi.
B. Referensi
https://id.wikipedia.org/wiki/Kimia_komputasi#:~:text=Metode%20kimia
%20kuantum%20semi%2Dempiris%20didasarkan%20pada%20formalisme
%20metode%20Hartree,beberapa%20parameter%20dari%20data
%20empiris.&text=Penggunaan%20parameter%20empiris%20muncul
%20untuk,korelasi%20ke%20dalam%20metode%20ini.
http://islamudinahmad.com/tulisan/artikel-artikel/artikel-3/metode-kimia-kuantum/
https://translate.google.com/translate?u=https://en.wikipedia.org/wiki/Semi
empirical_quantum_chemistry_method&hl=id&sl=en&tl=id&client=srp&prev=searh
https://www.sciencedirect.com/topics/mathematics/differential-overlap
https://translate.google.com/translate?
u=https://en.wikipedia.org/wiki/INDO&hl=id&sl=en&tl=id&client=srp&prev=search
https://www.sciencedirect.com/topics/chemistry/modified-intermediate-neglect-of-
differential-overlap
https://www.sciencedirect.com/topics/chemistry/neglect-of-diatomic-differential-
overlap
https://translate.google.com/translate?
u=https://en.wikipedia.org/wiki/Austin_Model_1&hl=id&sl=en&tl=id&client=srp&pr
ev=search
https://translate.google.com/translate?
u=https://en.wikipedia.org/wiki/PM3_(chemistry)&hl=id&sl=en&tl=id&client=srp&p
rev=search
https://id.wikipedia.org/wiki/Metode_Hartree%E2%80%93Fock#Perangkat_lunak
http://blog.unnes.ac.id/nailiskimia/2017/12/26/hyperchem-mudah-atau-susah/
https://www.academia.edu/8817821/METODE_PERHITUNGAN_KIMIA_KOMPU
TASI
https://studylibid.com/doc/133749/bab-2-perhitungan-hyperchem#