Diktat Petunjuk Praktikum

KIMIA KOMPUTASI

Oleh:
Dr. Suwardi, M.Si

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

UNIVERSITAS NEGERI YOGYAKARTA
2019
Praktikum 01. Tutorial Gaussian: kajian khusus air

Tujuan: Mahasiswa mampu mengeksekusi job gaussian yang melibatkan tahap-

tahapan berikut:

1. Men”setting” lingkungan Gaussian

2. Mempersiapkan input file
3. Menjalankan program baik secara interaktif
4. Memeriksa dan menginterpretasikan output

Dasar teori

Dalam menjalankan gaussian tentu saja kalian harus menginstall program ini
terlebih dahulu. Gaussian dapat dijalankan dalam operasi windows maupun linux.
Dalam windows installnya cukup mudah namun dalam linux harus di sett dulu
untuk bashrc-nya. Namun dalam praktikum ini kita akan menggunakan gaussian
dalam operasi system windows sehingga install gaussian dalam linux dapat
dipelajari sendiri melalui informasi dalam manual atau internet. Bailklah kita
mulai pertama kali dengan persiapan input file:

a. Input file gaussian: dibuat dengan kwrite (linux) atau ketik langsung di
gaussian (windows)

#T RHF/6-31G (d) Test

Blank (kosong/diberi spasi)

My first gaussian job: water single point energy

Blank (kosong/diberi spasi)

Informasi spesifikasi molekul:
0 1
a. muatan (nol) dan multiplicity
O -0.464 0.177 0.000 spin (1 yaitu singlet)
b. Tiga baris menunjukkan tipe
H -0.464 1.137 0.000 unsur dan koordinat Cartesian
(dalam angstrom) untuk
H 0.441 -0.143 0.000 setiap atom dalam molekul)
Prosedur

b. Lakukan running (perhitungan)

g03<h2o.com>& h2o.log (di linux)

Di windows coba buka gaussian:

Buka menu "File" dan pilih perintah "New". Seperti tampak pada gambar
akan muncul jendela Gaussian03W.

a) Bagian "%Section" menetapkan alur untuk beberapa file penting,

jumlah memori yang akan digunakan dan perintah lain.
b) Bagian "Route Section" menetapkan model teoritis, basis set, tipe job,
dan informasi tambahan yang akan dicetak dalam file output.
c) Bagian "Title Section" menguraikan job dengan ringkas
 d) Bagian "Charge & Multipl." Mendefinisikan muatan dan multiplisitas
molekul.
e) Akhirnya, Bagian "Molecular Specification" berisi informasi koordinat
atomik dan lain-lain yang akan didiskusikan dalam bagian lain.

Hasil running:

Entering Link 1 = C:\G03W\l1.exe PID= 3580.

Copyright (c) 1988,1990,1992,1993,1995,1998,2003 Gaussian, Inc.

All Rights Reserved.

This is part of the Gaussian(R) 03 program. It is based on

the Gaussian(R) 98 system (copyright 1998, Gaussian, Inc.),
the Gaussian(R) 94 system (copyright 1995, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 92(TM) system (copyright 1992, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 90(TM) system (copyright 1990, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 88(TM) system (copyright 1988, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 86(TM) system (copyright 1986, Carnegie Mellon
University), and the Gaussian 82(TM) system (copyright 1983,
Carnegie Mellon University). Gaussian is a federally registered
trademark of Gaussian, Inc.

This software contains proprietary and confidential information,

including trade secrets, belonging to Gaussian, Inc.

This software is provided under written license and may be

used, copied, transmitted, or stored only in accord with that
written license.

The following legend is applicable only to US Government

contracts under FAR:

RESTRICTED RIGHTS LEGEND

Use, reproduction and disclosure by the US Government is

subject to restrictions as set forth in subparagraphs (a)
and (c) of the Commercial Computer Software - Restricted
Rights clause in FAR 52.227-19.

Gaussian, Inc.
340 Quinnipiac St., Bldg. 40, Wallingford CT 06492

---------------------------------------------------------------
Warning -- This program may not be used in any manner that
competes with the business of Gaussian, Inc. or will provide
assistance to any competitor of Gaussian, Inc. The licensee
of this program is prohibited from giving any competitor of
Gaussian, Inc. access to this program. By using this program,
the user acknowledges that Gaussian, Inc. is engaged in the
business of creating and licensing software in the field of
computational chemistry and represents and warrants to the
licensee that it is not a competitor of Gaussian, Inc. and that
it will not use this program in any manner prohibited above.
---------------------------------------------------------------

Cite this work as:

Gaussian 09, Revision A.02,
M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria,
M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci,
G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian,
A. F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J. L. Sonnenberg, M. Hada,
M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima,
Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. A. Montgomery, Jr.,
J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers,
K. N. Kudin, V. N. Staroverov, R. Kobayashi, J. Normand,
K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi,
M. Cossi, N. Rega, J. M. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross,
V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann,
O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski,
R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth,
P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels,
O. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski,
and D. J. Fox, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2009.

******************************************
Gaussian 09: IA32W-G09RevA.02 11-Jun-2009
28-Jan-2018
******************************************
%chk=firstjob.chk
%mem=6MW
%nproc=1
Will use up to 1 processors via shared memory.
---------------
#T RHF/6-31G(d)
---------------
-----------------------------------------------
my first gaussian job:water single point energy
-----------------------------------------------
Symbolic Z-matrix:
Charge = 0 Multiplicity = 1
O -0.464 0.177 0.
H -0.464 1.137 0.
H 0.441 -0.143 0.

Distance matrix (angstroms):

1 2 3
1 O 0.000000
2 H 0.960000 0.000000
3 H 0.959909 1.567618 0.000000
Framework group CS[SG(H2O)]
Deg. of freedom 3
Standard orientation:
---------------------------------------------------------------------
Center Atomic Atomic Coordinates (Angstroms)
Number Number Type X Y Z
---------------------------------------------------------------------
1 8 0 0.000000 0.110843 0.000000
2 1 0 0.783809 -0.443452 0.000000
3 1 0 -0.783809 -0.443294 0.000000
---------------------------------------------------------------------
Rotational constants (GHZ): 919.1536408 408.1142629 282.6254666
19 basis functions, 36 primitive gaussians, 19 cartesian basis functions
5 alpha electrons 5 beta electrons
nuclear repulsion energy 9.1576066717 Hartrees.
NAtoms= 3 NActive= 3 NUniq= 3 SFac= 7.50D-01 NAtFMM= 80 NAOKFM=F
Big=F
Harris functional with IExCor= 205 diagonalized for initial guess.
ExpMin= 1.61D-01 ExpMax= 5.48D+03 ExpMxC= 8.25D+02 IAcc=1 IRadAn= 1
AccDes= 0.00D+00
HarFok: IExCor= 205 AccDes= 0.00D+00 IRadAn= 1 IDoV= 1
ScaDFX= 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000
FoFCou: FMM=F IPFlag= 0 FMFlag= 100000 FMFlg1= 0
NFxFlg= 0 DoJE=T BraDBF=F KetDBF=T FulRan=T
Omega= 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 ICntrl= 500
IOpCl= 0
NMat0= 1 NMatS0= 1 NMatT0= 0 NMatD0= 1 NMtDS0= 0
NMtDT0= 0
I1Cent= 4 NGrid= 0.
Petite list used in FoFCou.
Initial guess orbital symmetries:
Occupied (A') (A') (A') (A') (A")
Virtual (A') (A') (A') (A') (A") (A') (A') (A') (A") (A')
(A") (A') (A') (A')
The electronic state of the initial guess is 1-A'.
SCF Done: E(RHF) = -76.0098709451 A.U. after 10 cycles
Convg = 0.4230D-08 -V/T = 2.0027

******************************************************************

Population analysis using the SCF density.

*****************************************************************
Orbital symmetries:
Occupied (A') (A') (A') (A') (A")
Virtual (A') (A') (A') (A') (A') (A") (A') (A') (A") (A')
(A") (A') (A') (A')
The electronic state is 1-A'.
Alpha occ. eigenvalues -- -20.55794 -1.33616 -0.71421 -0.56030 -0.49560
Alpha virt. eigenvalues -- 0.21061 0.30391 1.04585 1.11668 1.15959
Alpha virt. eigenvalues -- 1.16928 1.38463 1.41676 2.03064 2.03552
Alpha virt. eigenvalues -- 2.07410 2.62759 2.94215 3.97815
Condensed to atoms (all electrons):
Mulliken atomic charges:
1
1 O -0.876158
2 H 0.438076
3 H 0.438082
Sum of Mulliken atomic charges = 0.00000
Mulliken charges with hydrogens summed into heavy atoms:
1
1 O 0.000000
Sum of Mulliken charges with hydrogens summed into heavy atoms = 0.00000
Electronic spatial extent (au): <R**2>= 18.9605
Charge= 0.0000 electrons
Dipole moment (field-independent basis, Debye):
X= -0.0001 Y= -2.1385 Z= 0.0000 Tot= 2.1385
1|1|UNPC-DESKTOP-HFL1IF5|SP|RHF|6-31G(d)|H2O1|WARDI|28-Jan-
2018|0||#T
RHF/6-31G(d)||my first gaussian job:water single point energy||0,1|O,0
,-0.464,0.177,0.|H,0,-0.464,1.137,0.|H,0,0.441,-0.143,0.||Version=IA32
W-G09RevA.02|State=1-A'|HF=-76.0098709|RMSD=4.230e-
009|Dipole=0.686966
3,0.4857774,0.|Quadrupole=0.2773187,0.8269676,-1.1042863,-0.7769627,0.
,0.|PG=CS [SG(H2O1)]||@
ALL OUR THINKING ABOUT NATURE MUST NECESSARILY MOVE IN CIRCLES OR
SPIRALS;
FOR WE CAN ONLY UNDERSTAND NATURE IF WE THINK ABOUT HER, AND WE
CAN ONLY
THINK BECAUSE OUR BRAIN IS BUILT IN ACCORDANCE WITH NATURE'S LAWS.

-- TIMOTHY FERRIS, "GALAXIES"

Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 7.0 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 5 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1
Normal termination of Gaussian 03 at Sun Jan 28 07:05:10 2018.

Yang perlu menjadi perhatian:

a) Sebagai bukti job telah selesai sempurna dan normal maka pada
bagain akhir akan tertera: Normal termination of Gaussian ..
b) SCF Done: E(RHF) = -76.0098709451 : cari angka ini, ini menunjukkan
energi sistem dalam hartrees pada tingkat teori HF (Hartree-Fock)
Tugas:

1. Lakukan perhitungan energi air dengan basis sets dzp dan pahami betul
output yang diperoleh dengan memperhatikan hasil ouput di atas!
2. Lakukan hal yang sama untuk molekul amoniak
Pertanyaan

1. Tuliskan kembali route perhitungannya! Dan jelaskan lambang #, RHF,

muatan, multiplicity, SCF done (E(RHF)) dalam output!
2. Tuliskan kembali Z-matrix yang muncul dalam output
3. Tuliskan juga muatan atom Mulliken untuk O, H, dan N!
4. Tuliskan kembali harga HF= pada output!
Praktikum ke 2. Optimasi Geometri

Tujuan: Mahasiswa mampu membuat input untuk optimasi geometri dan

memeriksa output-nya

Dasar Teori

Selama ini kita telah meninjau perhitungan-perhitungan dengan tujuan

untuk menginvestigasi sistem molekul yang memiliki struktur geometri tertentu
(spesifik). Sebagaimana kalian lihat, perubahan struktural dalam molekul
biasanya menghasilkan perbedaan dalam energi dan sifat-sifat lainnya. Cara
energi sistem molekul bervariasi dengan perubahan kecil dalam strukturnya
dispesifikasikan oleh Permukaan Energi Potensial (PES). Permukaan energi
potensial adalah hubungan matematis yang mengkaitkan struktur molekul dan
energi resultannya. Untuk molekul dwiatom, PES-nya merupakan plot dua-
dimensi dengan jarak antara inti pada sumbu-X (struktur molekul dapat
bervariasi) dan energi pada jarak ikatan pada sumbu-Y, yang menghasilkan kurva.
Untuk sistem yang besar, permukaan memiliki dimensi yang banyak sebanyak
derajat kebebasan dalam molekul.

Permukaan Energi Potensial

Permukaan energi potensial sering dinyatakan melalui ilustrasi gambar

berikut. Gambar ini mempertimbangkan hanya dua derajat kebebasan dalam
molekul, dan plot energi diatas bidang didefinisikan oleh derajat kebebasan
tersebut, dengan pembuatan permukaan-permukaan. Setiap titik sesuai dengan
harga tertentu dari dua variabel struktural dan dengan demikian menyatakan
struktur molekul khusus, dengan tinggi permukaan pada titik itu sesuai dengan
energi struktur.
Persiapan input untuk optimasi geometri

Katakunci Opt dalam seksi route meminta optimasi geometri, dengan

menggunakan basis sets dan tingkat teori yang spesifikasikan oleh katakunci lain.

Dalam Gaussian, spesifikasi molekul untuk optimasi geometri dapat

diberikan dalam sebarang format sesuai yang diinginkan: Koordinat Cartesian, Z-
matrix, atau koordinat campuran (mixed coordinate). Job optimasi geometri akan
menghasilkan struktur sistem teroptimasi sebagaimana output-nya.

Prosedur

1. Optimasi Geometri Etilena

Etilena adalah molekul sangat simetris. Input untuk optimasi geometrinya adalah

#T RHF/6-31G(d) Opt Test

Optimasi geometri etilena

0 1

C
C 1 CC
H 1 CH 2 HCC
H 1 CH 2 HCC 3 180.
H 2 CH 1 HCC 3 180.
H 2 CH 1 HCC 4 180.
Variabel:
CC=1.31
CH=1.07
HCC=121.5

CC=1.31
CH=1.07
HCC=121.5
Harga 180o untuk semua sudut dihedral mengkhususkan molekul dalam
orientasi planar.
Pemeriksaan Output Optimasi geometri
Sekarang kita akan melihat output dari optimasi geometri etilena. Setelah
beberapa output awal dari bagian setup optimasi job, Gaussian akan
menunjukkan seksi seperti berikut untuk setiap tahap (tahapan ditunjukkan oleh
garis putus-putus yang tidak nampak dalam #T output):
Harga yang diprediksi untuk etilena:

SCF Done: E(RHF) = -78.0317186026 A.U after 6 cycles

Perhitungan single point energy akan di’run’ dari struktur teroptimasi. Energi
etilena ini sesuai dengan titik stasioner pada PES. Dalam hal ini terjadi minimum.
Struktur teroptimasi akhir muncul setelah uji konvergensi final:
Yang termasuk parameter teroptimasi adalah panjang ikatan (dinamai Rn), sudut
ikatan (An) dan sudut dihedral (Dn) yang diprediksi untuk struktur teroptimasi.
Nomor atom yang digunakan adalah yang dalam kurung. Atom dalam molekul
dinomori sesuai dengan urutan dalam seksi spesifikasi molekul. Nomor pusat juga
muncul dalam koordinat Cartesian untuk struktur teroptimasi dinyatakan dalam
orientasi standar yang mengikuti daftar (listing) parameter teroptimasi.

Dalam hal etilena, dua Panjang ikatan berubah hanya sedikit, sementara sudut
ikatan C-C-H naik kira-kira 0.3 derajat.
Bagian akhir output menunjukkan analisis populasi, orbital molekul (jika diminta
dengan Pop=Reg) dan muatan atom dan momen dipol untuk struktur teroptimasi.
2. Optimasi Fluoroetilena

Optimasikan anggota deret vinil lain yaitu fluoroetilena. Optimasi fluoroetilena

konvergen pada step 5. Dengan melihat pada parameter teroptimasi untuk setiap
job, kalian dapat membandingkan struktur dari dua molekul tersebut, etilena dan
fluoroetilena. Lengkapi Tabel berikut dengan data output.

Tabel 1. Parameter etilena dan fluroetilena

Koordinat Etilena fluroetilena
Panjang ikatan C-C [R(2,1)]
Panjang ikatan C-R [R(4,1)]
Sudut ikatan C-C-R [A(2, 1, 4)]
Sudut ikatan C-C-H [A(2, 1, 4)]

Kesimpulan
Berilah kesimpulan panjang ikatan dan sudut ikatan setelah adanya substitusi H
dengan F.

Tugas:
Lakukan optimasi lain substitusi H dengan F untuk a) 1,1-difluoroetilena (simetri
C2v); b) cis 1,2-difluroetilena (C2v simetri); c) trans 1,2-difluroetilena (C2h simetri).
Bandingkan pengaruh substitusi fluor berturut-turut pada berbagai fitur
struktural molekul

3. Optimasi Keadaan Transisi

Fasilitas optimasi dapat digunakan untuk menempatkan struktur transisi dan
struktur keadaan dasar (ground) karena keduanya sesuai dengan titik stasioner
pada permukaa energi potensial (PES). Namun demikian, pencarian struktur
transisi yang diharapkan secara langsung dengan menspesifikasikan suatu dugaan
yang masuk akal untuk geometri-nya merupakan tantangan dalam banyak hal.
Gaussian memasukkan sebuah fasilitas untuk pembentukkan struktur awal
(starting structure) secara otomatis untuk optimasi keadaan transisi yang
didasarkan pada reaktan dan produk sehingga struktur transisi berkaitan
(koneksi), dikenal sebagai metode STQN. Fitur ini diajukan dengan opsi QST2
pada kata kunci Opt. Input file dengan opsi ini akan memasukkan dua seksi judul
dan spesifikasi molekul. Fasilitas ini membentuk sebuah dugaan struktur transisi
yang terletak tengah lintasan antara reaktan dan produk (lihat koordinat internal
redundant).

Prosedur
1. Optimasi keadaan transisi
Input file berikut untuk optimasi struktur transisi untuk reaksi pergeseran
hidrogen 1,2 :
H3CO  H2COH
Kita menspesifikasikan perhitungan UHF (open shell) karena sistem molekul
termasuk doublet:

# T UHF/6-31G(d) Opt=QST2 Test

H3CO  H2COH Reaktan Seksi judul pertama
 0,2 Seksi spesifikasi molekul pertama
Struktur untuk H3CO

H3CO  H2COH Produk Seksi judul kedua

0,2 Seksi spesifikasi molekul kedua

Struktur untuk H2COH

Dalam struktur transisi yang diprediksi, atom H terikat lemah oleh atom C
maupun atom O. Lengkapi Tabel berikut,
Ikatan Panjang ikatan
C-O
C-H
O-H

2. Optimasi vinil amin planar

Lakukan running optimasi geometri untuk vinil amin planar. Lihat kembali
optimasi deret senyawa vinil yang telah kalian lakukan, dan rangkum pengaruh
gugus pengganti (substituent) pada karakteristik berikut:
 Ikatan rangkap C-C
 Sudut ikatan antara karbon-karbon dan gugus pengganti
 Momen dipole (dwikutub)
Lengkapi Tabel berikut dengan data Panjang ikatan, sudut ikatan dan momen
dwikutub.

Sistem Konformer R C=C (Å) Sudut C-C-R ( o) 

etilena H
fluroetilena F
propena Sudut C-C- CH3
C-H = 0o
CH3
Sudut C-C-
C-H = 180o

Vinil Sudut C-C- OH

alkohol C-H = 0o
OH
Sudut C-C-
C-H = 180o

Vinil amin NH2

Kesimpulan
 Berilah kesimpulan tentang efek gugus pengganti F (fluor) terhadap Panjang
ikatan C=C.

 Bandingkan analisis populasi Mulliken untuk etilena dan fluoroetilena

 Etilena Fluoroetilena

 Bagaimana perubahan sudut ikatan C-C-R dalam konformasi 0o vinil alcohol

dan vinil amin?

 Bandingkan momen dwikutub sistem dalam Tabel di atas dan simpulkan

3. Pergeseran kimia (chemical shift) isotropik NMR untuk benzena

Prediksikan atau ramalkan pergeseran kimia isotropik untuk karbon dalam
benzena dibandingkan dengan trimetilsilan (TMS). Untuk melakukan hal tersebut,
kalian perlu melakukan perhitungan NMR Hartree-Fock menggunakan basis sets
6-311+G(2d,p). Hitunglah sifat-sifat NMR pada geometri yang telah dioptimasi
dengan metode B3LYP dan basis sets 6-31G(d). Ini adalah model yang
direkomendasikan oleh Cheesemen dan kawannya untuk prediksi NMR yang
dapat dipercaya. Perlu dicatat bahwa perhitungan NMR biasanya
menguntungkan dari geometri yang akurat dan basis sets yang besar.
Struktur input file adalah sbb:

Hasil perhitungan adalah

Kalian perlu melakukan run job ini untuk benzena dan TMS.
Sajikan dalam tabel berikut:
Harga perisai absolut Pergeseran
Eksperimen
TMS Benzena relatif
130,9

Kesimpulan
Bandingkan hasil pergeseran kimia karbon benzena dengan data eksperimen
Praktikum 03. Perhitungan struktur elektronik

Tujuan: Mahasiswa mampu melakukan perhitungan struktur elektronik dengan

menggunakan gaussian 03, memperoleh pengalaman bagaimana cara
untuk submit jobs, membuat piliha-pilihan dalam persiapan input, cara
menginterpretasikan output, dan memperoleh hasil-hasil yang sangat
bermanfaat yang dapat dibandingkan dengan data eksperimental

Dasar teori:

Teori dan basis sets. Untuk menggunakan gaussian, kalian harus pertama kali
memilih model pendekatan yang akan digunakan untuk mengkontruksi
Hamiltonian untuk sistem. Model tersebut dibahas dalam kuliah kimia komputasi.
Untuk praktikum ini kalian akan menggunakan teori Hartree-Fock (HF) dan DFT
(B3LYP).

Muatan (charge) dan multiplisitas (multiplicity). Pilihan-pilihan ini tergantung

molekul dan keadaan elektronik yang kalian minati dalam perhitungan.
Pengkhususan muatan (charge) berarti memberi tahu Gaussian seberapa banyak
elektron dalam sistem. Pernyataan multiplisitas membatasi elektron ini ke harga
spin total khusus. Multiplisitas adalah 2S + 1.

Prosedur

1. Optimasikan dulu geometri N,N-dimetilanilin. Mulailah dari struktur yang

teroptimasi tersebut dengan mekanika molekul dengan
hyperchem/gaussview. Ini akan tidak planar seperti gambar (perhatikan
posisi hidrogen metil dan sifat pyramidal nitrogen)
 2. Dengan menggunakan teori Hartree-Fock (HF) dengan basis sets 3-21G
dan 6-31G(d), silahkan di”run”!. Apabila perhitungan telah selesai,
animasilah proses minimisasi geometri untuk melihat apa yang terjadi
pada struktur. Periksalah energi HF teroptimasi dalam satuan atom,
seharusnya -361.763718 dan -363.780239 masing-masing untuk dua
basis tersebut. Tabelkan harga-harga ini: Jarak ikatan Ph-N, sudut Ph-N-C
dan sudut torsional Ph-N-C-H (Ph=phenyl)

3-21G 6-31G(d)
Energi HF [a.u.]
Planar?
Jarak ikatan Ph-N [10-10
m]
Sudut Ph-N-C [o]
Sudut Ph-N-C-H [ o]

Pertanyaan

a. Jelaskan mengapa hasil yang diperoleh dari pemakaian dua basis sets
tersebut berbeda!
 b. Apa yang kalian ramalkan dari teori VSEPR tentang planar vs non-planar?

c. Apa yang teori VSEPR ramalkan untuk sudut C-N-C? Apakah perhitungan
Gaussian berbeda? Jika ya, mengapa?

3. Lakukan dua perhitungan Gaussian (satu keadaan triplet dan satu keadaan
singlet) untuk menentukan apakah molekul oksigen bersifat diamagnetic atau
paramagnetic! Sekali lagi gunakan kedua teori sekaligus yaitu teori HF dan
B3LYP dengan basis sets 6-31G(d). Bandingkan hasil yang diperoleh! Apakah
hasil ini sesuai dengan teori MO secara kualitatif?

Tabel 2. Energi (a.u) dua keadaan elektronik molekul oksigen

HF B3LYP
O2 triplet
O2 singlet

Pertanyaan

a. Apakah molekul oksigen diprediksi diamagnetik atau paramagnetik?

Apakah yang diperoleh dari dua metode tersebut bersesuaian?
 b. Secara kualitatif apa yang seharusnya teori MO prediksi, diamagnetic
atau paramagnetik? Jelaskan!

4. Tentukan Panjang ikatan dalam sederet molekul ini: N 22+, N 2, N22+. Gunakan
teori HF dan B3LYP dengan basis sets 6-31G(d) dan bandingkan hasilnya!

Tabel 3. Panjang ikatan [10-10 m]

Hartree-Fock B3LYP
N22+
N2
N22+

Pertanyaan

a. Bandingkan hasil untuk N 2 sebagaimana diprediksi dari dua teori ini

terhadap Panjang ikatan eksperimental
 b. Apakah kecenderungan terhitung dari deret ini bersesuaian dengan teori
MO secara kualitatif? Jelaskan!

5. Tentukan perubahan energi untuk reaksi anion metil dan kation hidrogen
untuk membentuk metana? Gunakan hanya dengan B3LYP, tetapi cobalah
pada dua basis sets yang berbeda: 6-31 G(d) dan 6-311+G(2d,p). Petunjuk:
tidak perlu menghitung H + (energi elektroniknya nul)

CH3- + H+  CH4

Tabel 4. Energi elektronik [a.u] reaktan dan produk

6-31 G(d) 6-311+G(2d,p)

CH3-
H+
CH4

Tabel 5. Perubahan energi ∆E untuk reaksi CH3- + H+  CH4

6-31 G(d) 6-311+G(2d,p)

[a.u]
[kJ/mol]
Pertanyaan

a. Bandingkan hasil kalian dengan harga yang dapat diterima yaitu -1785
kJ/mol. Hitunglah % galat (a percent error)!

b. Diskusikan keakuratan relatif dari dua basis sets tersebut.

Praktikum 04. Termokimia: Penentuan Panas Reaksi pada Suhu dan Tekanan
Kamar

Tujuan: Menghitung panas (entalpi) reaksi ∆H0298 pada T =298K dari reaksi di
bawah ini berdasarkan data termokimia yang disajikan dalam Tabel 1.

Dasar Teori

Tinjau reaksi berikut:

C6H6(g) + 6CH4(g)  3 C2H4(g) + 3 C2H6(g)

Tabel 1. Panas Pembentukkan hidrokarbon

Molekul ∆H0f
Benzene C6 H 6 19,820
Metana CH 4 -17,889
Etilena C 2 H4 -20,236
Etana C2H6 12,496
Sumber: CRC Handbook of Chemistry and Physics, 60th Edition, CRC Press, Boca
Raton, 1980

Prosedur

1. Optimasikan geometri semua hidrokarbon dalam reaksi di atas.

a. Pilihlah metode kimia kuantum dan basis sets Gaussian
b. Tentukan energi minimum dari struktur molekul tersebut dan
hitunglah

∆E = 3 E(C2H4) + 3 E (C2H6) – E (C6H6) – 6 E(CH 4)

 2. Koreksi untuk energi vibrasi titik-nul (Zero-point vibrational Energy, ZVPE)
a. Hitunglah frekuensi vibrasi harmonik dari empat molekul tersebut
pada energi minimum strukturnya, dan hitunglah

∆ZPVE = 3 ZPVE(C2H4) + 3 ZPVE(C2H6) - ZPVE(C6H6) - 6 ZPVE(CH4)

Jumlah ( E + ZPE) merupakan nul mutlak (absolute zero)

3. Estimasikan (perkirakan) energi termal translasi (pindah), rotasi (putar),

dan vibrasi (getar) pada 298K.
a. Energi termal translasi: Etrans(T) = 3/2 RT per molekul
b. Energi termal rotasi : Erot(T) = 3/2 RTper molekul (Cuma RT untuk
molekul linear)
c. Energi termal vibrasi: Evib(T) = RT i xi / (exi - 1) per molekul, dimana
xi = h i / kT dan jumlah semua frekuensi vibrasi ( i)
4. Hubungkan energi internal E dengan fungsi entalpi H (H = E + RT) lalu
hitunglah :

H°298 = E+ ZPVE + Evib(298) - 1192 R

5. Bandingkan hasil-hasil yang anda peroleh dengan data di table 2.

Metode Nul absolut Energi termal H°298

E ZPE Evib -4RT
B3LYP/6- 66,10 4,58 0,50 -2,37 68,8
31G(d)
MP2(FC)/6- 71,13 4,79 0,44 -2,37 74,0
311++G(2d,p)

Pertanyaan

1. Apa pentingnya koreksi termodinamik?

 2. Pendekatan atau asumsi apa yang digunakan?
3. Seberapa akurat yang anda harapkan untuk metode dan basis set yang
digunakan? (misalkan, Dasarnya apa anda memilih metode dan basis sets)
4. Data ab initio tambahan mana yang diperlukan untuk menghitung energi
bebas Gibb?

Kesimpulan
Praktikum 05. Pengaruh basis sets

Tujuan:

1. Mempelajari pengaruh basis sets terutama fungsi difuse pada struktur

yang diprediksi untuk metanol dan metoksida dengan basis 6-31G(d) dan
6-31+G(d)
2. Mempelajari kecenderungan periodik dalam kompleks logam transisi

Dasar Teori

Basis sets merupakan deskripsi matematik dari orbital-orbital dalam suatu

sistem (orbital-orbital tersebut bergabung untuk mendekati fungsi gelombang
elektronik total) yang digunakan untuk melakukan perhitungan teoritis. Basis sets
standar (baku) untuk perhitungan struktur elektronik menggunakan kombinasi
linear fungsi gaussian untuk membentuk orbital. Gaussian menawarkan basis sets
yang telah terdefinisi, yang dapat digolongkan berdasarkan jumlah dan tipe fungsi
basis yang ada dalam basis sets tersebut. Basis sets menunjukkan sekelompok
fungsi basis pada setiap atom didalam molekul untuk mendekati orbital-nya.
Fungsi basis ini tersusun dari kombinasi linear fungsi gaussian; fungsi basis
demikian dikatakan fungsi terkontraksi dan komponen fungsi gaussian disebut
primitif. Fungsi basis yang terdiri dari fungsi gaussian tunggal disebut fungsi tak
terkontraksi.

Macam-macam Basis sets

1. Basis sets minimal

Basis sets minimal berisi jumlah fungsi basis minimum yang diperlukan untuk
setiap atom, contoh:

H: 1s

C: 1s, 2s, 2px, 2py, 2pz

 Basis sets minimal menggunakan orbital tipe-atom ukuran-tertentu. Basis set
STO-3G merupakan basis set minimal meskipun bukan basis set terkecil. STO-
3G menggunakan tiga primitif gaussian per fungsi basis, sesuai namanya “3G”.
STO singkatan Slater-type orbital, dan basis set STO-3G mendekati orbital
slater dengan fungsi-fungsi gaussian.

2. Basis set split valence

Cara pertama untuk memperbesar basis sets adalah dengan menaikkan

jumlah fungsi basis per atom. Basis sets split valence, seperti 3-21G dan 6-
31G, memiliki dua atau lebih ukuran fungsi basis untuk setiap orbital valensi.
Contoh basis set split valence hidrogen dan karbon dinyatakan sebagai
berikut:

H: 1s, 1s’

C: 1s, 1s’, 2s, 2s’, 2px, 2py, 2pz, 2px’, 2py’, 2pz’

Orbital yang diberi tanda petik dengan yang tidak berbeda ukurannya.

Basis sets double zeta, seperti basis sets Dunning-Huzinaga (D95),

membentuk semua orbital molekul dari kombinasi linear dari dua ukuran
fungsi untuk setiap orbital atom. Demikian juga, basis sets triple split valence,
seperti 6-311G, menggunakan tiga ukuran fungsi terkontraksi untuk setiap
tipe-orbital.

3. Basis sets terpolarisasi

Basis sets split valence mengijinkan orbital untuk mengubah ukurannya,

tetapi tidak mengubah bentuknya. Basis sets terpolarisasi menghilangkan
keterbatasan ini dengan menambahkan orbital dengan momentum angular
selebihnya apa yang diperlukan bagi keadaan ground untuk pendeskripsian
 setiap atom. Contoh, basis sets terpolarisasi menambahkan fungsi d pada
atom karbon dan fungsi f pada logam transisi, dan sebagiannya menambahkan
fungsi p pada atom hidrogen.

Sejauh ini, hanya basis sets terpolarisasi 6-31G(d) yang digunakan. Namanya
menunjukkan bahwa basis sets 6-31G dengan fungsi d ditambahkan ke atom
berat. Basis sets ini sangat umum untuk perhitungan yang melibatkan sistem
ukuran sedang. Basis sets ini juga dikenal sebagai 6-31G*. Basis sets
terpolarisasi lain yang terkenal adalah 6-31G(d,p), juga dikenal sebagai 6-
31G**, yang menambahkan fungsi p ke atom hidrogen dan fungsi d pada atom
berat.

4. Fungsi diffuse

Fungsi difuse merupakan fungsi tipe-s dan -p dengan ukuran yang besar
(dibandingkan dengan fungsi ukuran valensi standar). Fungsi diffuse tersebut
mengijinkan orbital menduduki daerah ruang yang lebih besar. Basis sets
dengan fungsi diffuse adalah penting untuk sistem dimana electron relatif
jauh dari inti, antara lain: molekul dengan elektron sunyi, anion dan sistem
lain dengan muatan negatif yang signifikan, sistem dalam keadaan
tereksitasinya, sistem dengan potensial ionisasi rendah, deskripsi keasaman
mutlak dan sebaginya.

Basis set 6-31+G(d) adalah basis set 6-31G(d) dengan fungsi diffuse yang
ditambahkan ke atom berat. Versi plus rangkap, 6-31++G(d), menambahkan
fungsi diffuse ke atom H juga. Fungsi diffuse pada atom H jarang membuat
perbedaan akurasi yang signifikan.
Prosedur

A. Optimasi metanol vs anion metoksida

1. Lakukan optimasi geometri metanol (bentuk gauche) dan anion metoksida
menggunakan basis sets 6-31G(d) dan 6-31+G(d) untuk menentukan
pengaruh fungsi diffuse pada struktur yang diprediksi
2. Sajikan hasilnya dalam Tabel berikut:

Metanol 6-31G(d) 6-31+G(d) Eksperimen

Ikatan C-O 1,427 ± 0,007
Ikatan C-H 1,096 ± 0,01
Ikatan O-H 0,956 ± 0,015
Sudut C-O-H 108,9 ± 2,0
Sudut H-C-H 109,3 ± 0,75
Sudut O-C-H

Anion metoksida 6-31G(d) 6-31+G(d) 6-311++G(3df,2pd)

Ikatan C-O
Ikatan C-H
Sudut H-C-H
Sudut O-C-H

Kesimpulan
B. Kecenderungan periodik dalam kompleks logam transisi
1. Gambarkan struktur kompleks M(CO)6 dimana M adalah Cr (chromium),
Mo (molybdenum), dan W (tungsten).

2. Optimasikan tiga molekul ini pada tingkat Hartree-Fock dengan basis sets
LANL2DZ. Basis set LANL2DZ merupakan basis set double zeta yang
mengandung effective core potential (ECP) yang merupakan representasi
elektron dekat inti untuk atom-atom setelah periode 3.
3. Lengkapi Tabel berikut

M Ikatan M-C (Å) Ikatan C-O (Å) Sudut M-C-O (o) Sudut C-M-C (o)
Cr
Mo
W

4. Bandingkan ketiga struktur yang diperoleh satu dengan lainnya dan

berikan karakteristiknya (simetrinya apa?) akibat efek perubahan atom
pusat pada semua struktur molekul

Kesimpulan
Praktikum 06. Analisis Sikloheksana

A. Tujuan
Menentukan konformasi yang paling stabil dari sikloheksana dengan
menggunakan perhitungan medan gaya AMBER
B. Dasar Teori

Konformasi = bentuk molekul sesaat (sementara) akibat dari terjadinya

rotasi ikatan tunggal. Karena adanya rotasi ikatan tunggal maka dikenal
adanya konformasi eclipsed dan staggered dalam alkana yang dapat
digambarkan menggunakan proyeksi Newman, kuda-kuda atau garis.
Sedangkan dalam cincin sikloalkana, rotasi ikatan tunggal C-C sangat dibatasi
(Solomons, 1982)

Sikloheksana mengadopsi, bentuk tiga dimensi strain-free yang disebut

konformasi kursi karena kesamaannya dengan kursi . Konformasi kursi
sikloheksana memiliki baik sudut regangan maupun sudut torsi yang dimana
sudut ikatan pada C-C-C adalah sebesar 109,5 °, dan semua ikatan C-H
disekitarnya adalah staggered. Selain konformasi kursi, juga terdapat
konformasi alternatif pada sikloheksana yang disebut konformasi perahu
terpilin. Bagaimanapun konformasi ini memiliki steric strain dan torsional
strain sekitar 23 kJ / mol (5,5 kkal / mol) yang dimana energinya lebih tinggi
dengan konformasi kursi. Akibatnya, molekul yang memiliki konformasi
perahu terpilin hanya ada dalam keadaan khusus. (McMurry, 2012).

Bentuk kursi dari sikloheksana memiliki energi adalah 30 kJ / mol

lebih stabil daripada bentuk perahu. Konformasi perahu destabilized oleh
torsional strain karena hidrogen pada empat atom karbon pada "plane" adalah
eclipsed. Selain itu, terdapat steric strain dari dua hidrogen di kedua ujung
pada konformasi perahu yang disebut flagpole hydrogens yang memaksa
berdekatan satu sama lain (Smith, 2010).
 Dalam penentuaan konformasi sikloheksana dapat digunakan metode
ab initio molecular dynamics (AIMD). Accelerated AIMD sangat efisien dan
metode yang baik dalam sampling untuk konformasi ruang (Bucher, dkk.,
2011).

C. Prosedur Kerja
a. Pemilihan medan gaya
Pilih Molecular mechanic pada menu setup. Jika kotak dialog muncul,
pilih amber.
b. Menggambar sikloheksana bentuk kursi.
1. Atur Default Element pada karbon dan masuk pada mode Draw.
2. Atur level pemilihan pada tingkat atoms.
3. Pilih label pada menu display dan label atom dengan nomor.
4. Yakinkan pada Explicit Hydrogen dalam keadaan tidak aktif pada
menu build.
5. Gambarkan dengan struktur 2D dengan mengklik dan menggeser.
6. Pilih Add H dan Model Build pada menu build.
7. Matikan Fungsi show hydrogen pada menu display.
8. Pilih compute.
9. Pilih Geometry Optimazation
10. L-klik pada OK untuk menutup kotak dialog dan mulai perhitungan.
Perhitungan mulai dan informasi tentang jalannya program akan
muncul dibaris status. Setelah beberapa menit, program akan
selesai. catat energidari struktur teroptimasi pada lembar laporan.
11. Mengukur sifat pada system teroptimasi
12. Pilih beberapa variasi ikatan, sudutdan sudut torsi. catatlah harga
yang muncul dibaris status jikaanda membuat pilihan.
13. Bandingkan harga ini dengan harga sebelumnya dan diperoleh dari
struktur tak teroptimasi.
14. Cetak struktur dan lampirkan pada lembar lampiran.
15. Mengubah bentuk kursi ke bentuk perahu
 Pada langkah ini kita akan mencerminkan separuh bagian molekul
untuk menghasilkan bentuk perahu dari sikloheksana. untuk
melakukan refleksi pada bidang lakukan langkah berikut:
a. Hidupkan fungsi Multiple selection.
b. Jikakamu tidak beradapada mode pilihan, L-clik pada menu
selection.
c. Klik ganda pada menu selection untuk kembali pada struktur model
Build.
d. L-clik pada ikatan 1-2 dan 4-5 untuk memilih bidang refleksi.
e. Pilih Name Selection pada menu select.
f. Pilih Plane dankemudian pilih OK.
g. Untuk mencerminkan separuh dari moleku lakukan langkah berikut:
 Jika perlu, pilih show hydrogen dan gunakan menu zoom untuk
mendapatkan skala molekul yang jelas.
 LR-drag satu sisi yang memungkinkan untuk melakukan
pemilihan semua atom termasuk hydrogen
 Pilih Reflect pada menu Edit, atom yang dipilih
dicerminkanpada PLANE, menghasilkan transformasi perahu
dari sikloheksana.
 R-clik padadaerah kosong padaruang kerjauntuk menghilangkan
fungsi pilih atom.
h. Mengukur hydrogen aksial
dua hydrogen aksial berada pada jarak relative dekat dengan
bentukperahu sikloheksana. Posisi ini sering dikenal dengan
hydrogen “flagpole”.
Untuk mengukur jarak antar dua hydrogen:
a. L-klik pada duaatom hydrogen tersebut.
b. Catat jarak antar dua atom tersebut dan masukkan dalam
lembar laporan. Hrga ini sangat berdekatan dengan harga
atom yangtidak berikatan. Optimasi akan mengubah jarak
 antar dua atomhidrogen tersebutmenjadi sedikit berjauhan
sampai didapatkan energi yang lebih rendah.
i. Mengoptimasi sikloheksana bentuk perahu
untuk mengoptimasi struktur perahu dilakukan langkah sebagai
berikut:
a. R-Clik pada bagiankosong pada daerah kerja untuk
menghasilkan fungsi pilihan atom.
b. Pilih geometri optimization pada menu compute. setelah
minimisasi selesai, catat energi dan ukur kembali panjang
ikatan, sudut dan sudut torsinya.
j. Mengukur ulang hydrogen aksial :
1. L-click pada dua hydrogen aksial. Catat jarak H-H yang baru.
Bentuk teroptimasi dari struktur perahu adalah saddle point.
Bidang simetri pada struktur awal seimbang pada semua gaya
yang tegak lurus pada bidang tersebut. Arah pencarian keadaan
optimum berdasar atas gaya ini sehingga semua arah pencarian
mempunyai bidang simetri yang sama. HyperChem mencari
saddle point yang merupakan minimum yang sesuai untuk
semua dimensi, kecuali bidang simetri.
2. Cetak struktur dan lampirkan pada lembar laporan.
k. Membuat sikloheksana bentuk perahu Twist (terpilin)
Bentuk ketiga dari sikloheksana adalah bentuk perahu terpilin
merupakan bentuk lokal minimum. Cara termudah untuk
mendapatkannya adalah memodifikasi bentuk perahu dengan
mengubah ikatan torsi, menggambarkan ulang dan mengoptimasi
strukturnya. Untuk mengatur batasan ikatan torsi dilakukan langkah
berikut :
1. R-click pada daerah kosong dari bidang kerja untuk
menghilangkan fungsi pilihan.
2. Matikan fungsi Show Hydrogens.
 3. Pilih sudut torsi 4-atom karbon dengan memilih ikatan 6-1, 1-2,
dan 2-3. Kita harus memilih atom karbon dengan urutan tersebut
sehingga akan didapatkan batasan ikatan torsi yang benar.
Model Builder akan menghitung geometri sesuai dengan urutan
pilihan, batasan yang telah ditentukan akan hanya mengubah
posisi atm karbon 6.
4. Pilih batasan Bond Torsion pada menu Build, dan atur batasan
pada 30 derajat, dan kemudian pilih OK.
5. R-click pada daeah kosong bidang kosong kerja.
Untuk menggambarkan ulang molekul dengan batasan torsi
ikatan lakukan klik ganda pada menu Selection untuk
mengaktifkan Model Builder. HyperChem menggambarkan
ulang struktur dengan batasan torsi untuk bentuk perahu terpilin
dari sikloheksana.
Untuk melakukan optimasi sikloheksana perahu terpilin dapat
dilakukan langkah berikut :
1. Pilih Geometry Optimization pada menu Compute.
2. Pilih OK untuk memulai proses optimasi menggunakan pilihan
seperti yang telah dilakukan pada konformasi sebelumnya.
Setelah optimasi selesai, lakukan pencatatan energy dan ukur
panjang ikatan, sudut dan sudut torsi.
3. Cetak struktur dan lampirkan pada lembar laporan.

D. Hasil
Hasil Analisis Sikloheksana

Sudut Sudut Energi

Jarak
KONFORMASI CCC Torsi (kkal/m
CC (Å)
(°) CCC (°) ol)
Kursi
Kursi (Teroptimasi)
Perahu
 Perahu (Teroptimasi)
Perahu terpilin
Perahu terpilin
(Teroptimasi)

Kursi Perahu Perahu Terpilin

Energi
AMBER
mutlak
(kkal/mol)
Energi
AMBER
relative
(kkal/mol)
E. Pembahasan

F. Kesimpulan
Praktikum 07. Spektra Infra Merah Molekul Organik

A. Tujuan
Menghitung dan menandai spectra vibrasi dari beberapa molekul organic
menggunakan perhitungan semi empiris PM3.

B. Dasar Teori
Spektroskopi inframerah merupakan metoda untuk menentukan
informasi structural zat organic. Namun, dewasa ini metode spektroskopi
juga diterapkan pada penelitian untuk zat anorganik. Spektroskopi
inframerah banyak digunakan dalam analisis kualitatif dan analisis
kuantitatif. Metode analisisnya berdasarkan pada interaksi gelombang
elektromagnetik pada daerah inframerah dengan materi berupa absorbs
pada frekuensi atau panjang gelombang tertentu yang berhubungan dengan
keadaan energy transisi antar tingkat vibrasi-rotasi dari molekul (Conley,
1975). Frekuensi atau panjang gelombang absorbs bergantung pada masa
relative atom-atom dalam gugus fungsional molekul, tetapan gaya ikatan
antar atom dan struktur keseluruhan. Pemanfaatan spektroskopi ini
didasarkan pada letak pita karakteristik vibrasi dari gugus atom tertentu
yang selalu muncul pada frekuensi yang sama atau berdekatan meskipun
struktur geometri molekulnya berbeda (Sucahyo, 2001).
Energy molekul dinyatakan dalam energy translasi, rotasi, getaran
(vibrasi) dan elektronik. Energy vibrasi molekul adalah energy kinetic dan
energy potensial molekul yang disebabkan oleh getaran-getaran. Atom di
dalam molekul dapat dipandang sebagai titik massa yang satu dengan
lainnya terikat oleh ikatan kimia yang brelaku seperti pegas. Energy getaran
(vibrasi) adalah tercatu dan menimbulkan spectrum absorbs dalam daerah
inframerah (Pranowo, 2010).
Dua atau lebih dari dua atom yang terhubung melalui suatu ikatan
atau beberapa ikatan akan mengalami vibrasi yang bermacam-macam.
Dalam suatu ikatan yang mengikat dua atom, atom tersebut akan
mengalami vibrasi secara linear simetri atau asimetri. Vibrasi tersebut
dapat disebut mode stretching. Gugus fungsi atau molekul dengan jumlah
minimum tiga atom juga akan mengalami mode vibrasi bending selain
simetri dan asimetri stretching pada gugus –CH atau –OH (Ashraf, 2009).
Terdapat beberapa macam vibrasi yaitu:
a. Vibrasi Regangan (Streching)
Dalam vibrasi ini atom bergerak terus sepanjang ikatan yang
menghubungkannya sehingga akan terjadi perubahan jarak antara
keduanya, walaupun sudut ikatan tidak berubah.
Vibrasi regangan ada dua macam, yaitu:
1. Regangan Simetri, unit struktur bergerak bersamaan dan searah
dalam satu bidang datar.
2. Regangan Asimetri, unit struktur bergerak bersamaan dan tidak
searah tetapi masih dalam satu bidang datar.
b. Vibrasi Bengkokan (Bending)
Jika sistim tiga atom merupakan bagian dari sebuah molekul yang
lebih besar, maka dapat menimbulkan vibrasi bengkokan atau vibrasi
deformasi yang mempengaruhi osilasi atom atau molekul secara
keseluruhan.
Vibrasi bengkokan ini terbagi menjadi empat jenis, yaitu :
1. Vibrasi Goyangan (Rocking), unit struktur bergerak mengayun
asimetri tetapi masih dalam bidang datar.
2. Vibrasi Guntingan (Scissoring), unit struktur bergerak
mengayun simetri dan masih dalam bidang datar.
3. Vibrasi Kibasan (Wagging), unit struktur bergerak mengibas
keluar dari bidang datar.
4. Vibrasi Pelintiran (Twisting), unit struktur berputar
mengelilingi ikatan yang menghubungkan dengan molekul
induk dan berada di dalam bidang datar.
Prediksi hokum Hooke yang menyatakan posisi absorbs
vibrasi stretching dalam suatu spectra IR bergantung pada kekuatan vibrasi
ikatan dan massa atom yang terhubung oleh ikatan tersebut. Semakin kuat
 ikatan dan semakin ringan massa atom, maka frekuensi vibrasi stretching
akan semakin tinggi. Intensitas vibrasi pada khususnya bergantung pada
muatan dipol ikatan yang bervibrasi (Brown, 2012).

C. Alat
Komputer dan aplikasi HyperChem.

D. Cara Kerja
1. Gambarkan molekul dengan menu Draw, klik dan geser untuk membuat
struktur tanpa hydrogen. Untuk meletakkan atom O dan N ke dalam
struktur, klik ganda pada menu Draw pada sebelah kiri. Akan
mendapatkan Tabel Periodik. Klik ganda pada atom yang dipilih dan
tambahkan atom tersebut ke posisi yang diinginkan. Untuk membuat
ikatan rangkap dua L-Klik pada ikatan tunggal (pada mode Draw),
maka akan dihasilkan ikatan rangkap dua. L-Klik lagi untuk
mendapatkan ikatan rangkap tiga. Jika anda R-Klik, anda akan
mengurangi ikatan rangkat menjadi ikatan rangkap dua. Jika sudah
didapatkan posisi yang benar untuk karbon, oksigen dan nitrogen dalam
struktur molekul, pilih Add H dan Build pada menu Mode Build.
2. Pilih Set up, Semi Empirical dan PM3. Klik OK
3. Pilih Compute dan kemudian Geometry Optimization.
4. Jika perhitungan selesai, pilih Compute dan kemudian Vibrations.
5. Setelah perhitungan selesai pilih Vibrational Spectrum. Spectrum dari
frekuensi yang terkait dengan setiap mode normal akan di tampilkan.
Garis vertical pada bagian atas menunjukkan semua frekuensi dasar
vibrasi. Spektrum dibagian bawah berhubungan dengan vibrasi IR-
Aktif. Ketinggian baris dari spectrum pada bagian bawah berhubungan
dengan intensita IR.
6. Klik pada Animate Vibartions dan atur Frames 10 dan Amplitude 1.
 7. L-Klik pada vibrasi IR-Aktif. Garis yang dipilih akan ditandai dengan
warna ungu. Informasi pada garis ini akan ditunjukkan tentang sifat
spectra dan akan muncul pada bagian bawah dari kotak dialog.
8. Untuk visualisasi gerakan vibrasi dari garis yang dipilih, pilih OK.
Kotak dialog akan hilang dan gerakan vibrasi akan digambarkan. Untuk
menghentikan vibrasi, pilih Cancel. Kemudian pilih Compute dan
Vibrational Spectrum untuk kembali pada kotrak dialog.
9. Untuk setiap molekul, coba untuk mencari mode vibrasi yang
berhubungan dengan ikatan yang ditandai pada Tabel. Setelah
mendapatkan vibrasi, gambarkan gerakan vibrasinya, kemudian catat
frekuensi dan bandingkan dengan harga dari literature untuk vibrasi ini.
10. Ulangi untuk jenis molekul yang lain.

E. Hasil Percobaan

Molekul Ikatan Bil. Gel. Bil. Gel Vibrasi

Exp (cm -1) terhitung (Strech atau
(cm -1) bend)

Butana C-H dari

CH3
C-H dari
CH2
C-H dari
CH3
Cis-2-butena C=C

Csp3-H

Csp2-H

1-butuna C≡C

Csp-H
 Benzena C=C

Csp2-H

Metanol O-H

C-O

Asetaldehid C=O

O=C-H

Asetonitril C≡N

Asam Asetat C=O

O-H

C-O

F. Kesimpulan