LAPORAN PRAKTIKUM BIOKIMIA DASAR

PERCOBAAN 3

“ EKSTRAKSI DNA DARI BUAH ”

Kelompok 7

Dosen Pengampu : 1. Dra. Iryani, M.S

2. Faizah Qurrata Aini, S.Pd.,

M.Pd Asisten Dosen : 1. Alfina Yuliana

2. Ferdi Hanfi Pratama,S.Si

Anggota Kelompok 5

1. M. Raffi Heditama ( 19036137)

2. Mutiara Pratiwi ( 19036138 )
3. Nailatul Fadhilah ( 19036140 )

JURUSAN KIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS NEGERI PADANG
2021
 PERCOBAAN 3

“ EKSTRAKSI DNA DARI BUAH ”

A. Tujuan Praktikum
Mahasiswa dapat mengektraksi DNA dan menentukan komposisi nukleotida pada
asam nukleat.

B. Kompetensi Dasar
Mahasiswa dapat
1. mendiskripsikan tentang DNA
2. membuat reagen yang terkait dengan percobaan ini.
3. mengumpulkan data, menganalisis dan merumuskan kesimpulan.
4. mengkomunikasikan hasil percobaan.

C. Waktu dan Tempat

Hari/Tanggal : Selasa/26 Oktober 2021
Waktu : 13.20 – 15.50 WIB
Tempat : Laboratorium Biokimia, FMIPA UNP

D. Teori Dasar

Asam nukleat adalah suatu polinukleotida yang berfungsi sebagai pembawa,

penyimpan dan pentransfer informasi genetika pada makhluk hidup. Monomer asam
nukleat adalah nukleotida. Komponen penyusun nukleotida adalah basa nitrogen,
monosakarida dengan lima atom C dan gugus fosfat. Asam nukleat ada dua yaitu
DNA dan RNA. Untuk memperoleh DNA dapat dilakukan dengan mengekstraknya
dari suatu bahan dengan menggunakan beberapa reagen. Komponen DNA adalah basa
nitrogen (Adenin, Timin, Guanin, dan Sitosin), deoksiribosa (monosakarida dengan
lima atom C), dan gugus fosfat, sedangkan komponen RNA adalah basa nitrogen
(Adenin, Urasil, Guanin , dan sitosin), ribosa (monosakarida dengan lima atom C),
dan gugus fosfat ( Tim Biokimia,2021) .

DNA ditemukan pada semua makhluk hidup dari mikroorganisme sampai

organisme tingkat tinggi, misalnya manusia, hewan, dan tumbuhan. DNA terdapat
dalam sel dan inti sel. DNA dapat diekstraksi dari segala macam organ yang terdapat
pada bagian tubuh makhluk hidup bersel, misalnya tumbuhan dapat diekstraksi dari
daun, buah ataupun batangnya (Muladno, 2002).

Pembuktian bahwa DNA merupakan bahan genetik pertama kali dilakukan

oleh Frederick Griffith pada tahun 1928 yaitu dengan eksperimen transformasi pada
bakteri Streptococcus pneumoniae. Bukti bahwa DNA merupakan bahan yang
menyebabkan terjadinya proses transformasi pada S.
Pneumoniae ditunjukkan oleh eksperimen yang dialkukan oleh Oswald Avery, Colin
MacLeod, dan Mackyn McCarty pada tahun 1944. Mereka melakukan ekstraksi
terhadap sel virulen dan kemudian menghilangkan proteinnya. Ketika ekstrak sel
tersebut diperlakukan dengan enzim deoksiribonukleat yang menghancurkan DNA,
ternyata kemampuan menyebabkan proses transformasi menjadi hilang,Yuwono
(2008),

Ekstraksi DNA adalah suatu proses pemisahan DNA dari komponen-

komponen sel lainnya. Ekstraksi DNA pada organisme eukariot dilakukan melalui
proses penghancuran dinding sel. DNA larut dalam udara, tetapi tidak larut dalam
udara dalam. Perbedaan dalam tingkat kelaurtan DNA inilah yang akhirnya menjadi
dasar dalam proses ekstraksi DNA. Ekstraksi DNA merupakan langkah yang tepat
untuk belajar DNA. Prinsipnya ada 2 yaitu sentrifugasi dan presipitasi. Sentrifugasi
merupakan teknik untuk memisahkan campuran berdasarkan berat molekuler
komponennya. Molekul yang memiliki berat molekuler besar akan berada dibagian
bawah tabung dan molekuler akan berada di atas tabung ( Jamilah, 2005 )

Hasil sentrifugasi akan menunjukkan 2 macam fraksi yang terpisah. Presipitasi

dilakukan untuk mengendapkan suatu komponen dari campuran. DNA adalah
merupakan senyawa kimia yang paling dalam makhluk hidup karena molekul
berperan sebagai pembawa informasi hereditas yang menentukan struktur protein dari
proses
metabolism lain (Campbell,2002).

DNA dapat diisolasi, baik dari sel manusia maupun sel tumbuhan. DNA
manusia dapat diisolasi dari cairan darah. Isolasi DNA adalah proses pengeluaran
DNA dari tempatnya berada (ekstraksi atau lisi) biasanya dilakukan dengan
homogenesis dan penambahan buffer ekstraksi atau buffer lisis untuk mencegah DNA
rusak, Proses isolasi DNA sendiri diawali dengan ekstraksi DNA. Ekstraksi DNA
adalah suatu proses pemisahan DNA dari komponen-komponen sel lainnya ( Jusup,
2001 ).

DNA larut dalam air namun tidak larut dalam air asin. Perbedaan dalam
tingkat kelarutan DNA inilah yang akhirnya menjadi dasar dalam proses ekstraksi
DNA. Hal ini bertujuan untuk memisahkan DNA dengan partikel lain yang tidak
diinginkan. Proses ini harus dilakukan dengan berhati-hati. Sehingga tidak
menyebabkan kerusakan pada DNA. Untuk mengeluarkan DNA dari sel, dapat
dilakukan dengan memecahkan dinding sel baik dengan cara mekanik maupun
kimiawi ( Oswald, 2007 ).

Dengan cara mekanik dapat dilakukan melalui pengerutan atau pemecahan

dengan menggunakan mortar dan pistil. Sedangakan secara kimiawi dapat dilakukan
dengan menambahkan deterjen atau penambahan sabun dan garam adalah untuk
melisiskan membrane inti untuk mengeluarkan DNA. Poliverol yang teroksidasi akan
memanfaatkan kovalen dengan DNA. Sedangkan poliveral mengalami koprestasi
dengan asam nukleat dengan penambahan alcohol, terbentuk matriks seperti lem. Hal
ini menyebabkan DNA
kental ( Pierce, 2005 ).
E. Alat dan Bahan

Alat

1. Gelas kimia 250 mL 2 buah

2. Tabung reaksi 5 buah
3. Erlenmeyer 250 ml 2 buah
4. Corong kaca 1 buah
5. Lumpang porselen 1 set
6. Pipet tetes panjang 2 buah

7. Batang pengaduk 1 buah

8. Waterbatch 1 set
9. Gelas ukur 10 ml 1 buah
10. Penjepit tabung 1 buah
11. Botol semprot 1 buah
12. Kain kasa/kapas secukupnya

Bahan

1. Bawang Merah
2. Garam NaCl
3. Detergen (gunakan sabun cuci piring) secukupnya.
4. Etanol 95% (dingin/disimpan dalam freezer)
5. HNO3 pekat
6. Larutan amonium molibdat 5%
7. Larutan asam asetat 5%
8. Larutan CuSO4 5%
9. Larutan NaHSO4 jenuh
10. Reagen Bennedict
11. Batu es
12. Aquades
 F. Prosedur Kerja
1. Ekstraksi DNA dari bawang putih

Hancurkan (+) 6ml Masukkan Ambil DNA

Sediakan
bawang, (+) 3gr sampel tabung reaksi dengan
bawang putih
NaCl, (+) 10ml ke dalam batang
dan potong
deterjen sambil bongkahan es pengaduk
menjadi 4
diaduk, selama
bagian
(+)aquades hingga 5menit. (+)
100ml. Aduk. 9ml etanol
Kumpulkan filtat. 95%
 2. Pengujian Ekstrak Asam Nukleat DNA

a. Ribosa

Kocok

(+) 5ml ektstrak

asam nukleat, Panaskan pada
penangas air
(+) 4ml reagen
benedict

b. Fosfat

(+) 2ml ektstrak Panaskan pada (+) 2ml larutan

asam nukleat, penangas air ammonium
(+) 1ml HNO3 molibdat 5%.
AMATI

c. Basa Nitrogen

(+) 2ml ektstrak

asam nukleat,
(+) 1ml larutan
(+) beberapa CuSO4, (+) 1ml
tetes asam Panaskan pada NaHSO3. AMATI
asetat 5% penangas air
 3. Uji Lilitan DNA

a. Ribosa

Kocok

(+) 5ml ektstrak Panaskan pada

asam nukleat, penangas air
(+) 4ml reagen
benedict

b. Fosfat

(+) 2ml ektstrak Panaskan pada (+) 2ml larutan

asam nukleat, penangas air ammonium
(+) 1ml HNO3 molibdat 5%.
AMATI

c. Basa Nitrogen

(+) 2ml ektstrak

asam nukleat, (+) 1ml larutan
(+) beberapa
Panaskan pada CuSO4, (+) 1ml
tetes asam
penangas air
asetat 5% NaHSO3. AMATI
 DAFTAR PUSTAKA

Campbell, Neil A.2002. Biologi, Jilid 1 Edisi 3. Jakarta : Erlangga

Jamilah.2005. Pengaruh Berbagai Macam Deterjen, Penambahan Enzim dan Ekstrak

Buah. Malang : UNM

Jusuf,M.2001. Genetika I Struktur Dan Ekspresi Gen. Jakarta: Sagung Seto

Oswald, Nick.2007.Pengendapan Etanol DNA Dan RNA. Jakarta:

Erlangga Pierce, et al.2007. Biokimia Dasar. Bogor : IPB Press

Tim Biokimia.2021.Penuntun Praktikum Biokimia Dasar. Padang : UNP

G. Hasil Pengamatan

Eksperimen I. Ekstraksi DNA dari bawang putih

Hasil pengamatanya : Terlihat bahwa larutan berwarna hijau muda, serta terdapat banyak
lilitan DNA, dari pengamatan yang terlihat DNA berwarna putih.

Eksperimen II. Pengujian ekstrak asam nukleat (DNA)

1. Ekstrak asam nukleat

 Ribosa
5 ml ekstrak asam nukleat (+) 4 ml reagen Bennedict, menghasilkan larutan
berwarna biru setelah dipanaskan terdapat endapan berwarna hijau lumut.
 Fosfat
2 ml ekstrak asam nukleat (+) 1ml HNO3 menghasilkan larutan berwarna
kuning bening, setelah dipanaskan (+) 2 ml larutan ammonium molibdat 5%
terdapat endapan berwarna kuning serta terbentuk 2 fasa larutan yaitu larutan
berwarna kuning bening dan hijau kebiruan pada bagian atasnya.
 Basa Nitrogen
2 ml ekstrak asam nukleat (+) beberapa tetes asam asetat 5% menghasilkan
larutan berwarna biru kehijauan, setelah dipanaskan berwarna biru muda
kemudian (+) 1 ml larutan CuSO4 dan NaHSO3 didapatkan warna larutan biru
muda. Setelah beberapa menit terdapat endapan hijau muda kebiruan dengan
larutan keruh.

2. Uji lilitan DNA

 Ribosa
5 ml larutan DNA (+) 4 ml reagen Bennedict, menghasilkan larutan berwarna
biru setelah dipanaskan larutan tetap berwarna biru. Hal ini diduga karena
kurangnya DNA pada sampel sehingga tidak ada endapan.
 Fosfat
2 ml larutan DNA (+) 1ml HNO3 kemudian dipanaskan (+) 2 ml larutan
ammonium molibdat 5% menghasilkan larutan keruh. Diduga karena
kekurangan DNA sehingga tidak menghasilkan endapan.
 Basa Nitrogen
2 ml larutan DNA (+) beberapa tetes asam asetat 5% menghasilkan larutan
bening, setelah dipanaskan larutan (+) 1 ml larutan CuSO 4 dan NaHSO3
didapatkan warna larutan menjadi biru bening. Diduga hal ini terjadi juga
karena kekurangan DNA sehingga tidak menghasilkan endapan.
H. Pembahasan

Berdasarkan hasil kegiatan praktikum yang telah dilakukan mengenai ekstraksi DNA
dari bawang putih memiliki tujuan untuk dapat mengekstraksi DNA dan menentukan
komposisi nukleotida pada asam nukleat. Untuk itu dilakukan beberapa percobaan
diantaranya yaitu :

1. Ekstraksi DNA dari bawang putih

Pada percobaan ini dilakukan penghalusan sampel yang bertujuan untuk memperbesar
luas permukaan sampel sehingga detergen mampu masuk dan memecah dinding sel.
Sampel yang telah halus ditambahkan NaCl yang bertujuan untuk menghancurkan atau
memecah dinding sel dengan cara mengikat fosfat yang merupakan bagian dari basa
nitrogen dari DNA sehingga mampu memecah dinding sel bawang putih. Kemudian
ditambahkan detergen cair yang berfungsi untuk mengemulsi lipid dan karbohidrat
dengan cara berikatan kimia dengan senyawa yang ada pada DNA sehingga dinding sel
pecah dan DNA dapat diambil.
Sampel kemudian disaring untuk memisahkan filtrat dengan campuran larutannya.
Selanjutnya ditambahkan etanol dingin 95%, penambahan etanol berfungsi sebagai
presipitasi DNA (mengendapkan DNA). Etanol yang digunakan harus dingin bertujuan
untuk menghambat denaturasi, semakin dingin etanol yang digunakan maka presipitasi
DNA akan jauh lebih sempurna karena pergerakan molekul dalam larutan menjadi lebih
lambat akibat pengurangan energi kinetik. Etanol berada pada lapisan atas sampel dan
terjadi presipitasi DNA. Diantara kedua larutan didapati adanya benang-benang halus
berwarna putih yang merupakan DNA yang akan diuji, DNA tersebut diambil dan
dimasukkan ke dalam aquades untuk uji lilitan DNA.

2. Pengujian ekstrak asam nukleat (DNA)

Pada percobaan ini dilakukan dengan melalui tiga pengujian, diantaranya yaitu :
 Ribosa, bertujuan untuk mengetahui ada tidaknya gugus ribosa dalam sampel.
Ekstrak DNA ditambahkan reagen Bennedict menghasilkan larutan berwarna biru,
setelah dipanaskan terdapat endapan berwarna hijau lumut. Hal ini menunjukkan
bahwa hasil dari uji ribosa yaitu negatif karena pada ekstrak DNA dari bawang
putih tidak menunjukkan adanya tanda-tanda mengandung gula yang biasanya
ditandai dengan adanya endapan berwarna merah bata.
 Fosfat, bertujuan untuk mengetahui ada tidaknya gugus fosfat dalam sampel.
Ekstrak DNA ditambahkan larutan HNO3 menghasilkan larutan berwarna kuning
bening, setelah dipanaskan dan ditambah larutan ammonium molibdat 5% maka
dihasilakan endapan berwarna kuning serta larutannya terdapat dua fasa yaitu
larutan kuning bening dan hijau kebiruan pada bagian atasnya. Hal ini
menunjukkan adanya kadar fosfat pada ekstrak DNA dari bawang putih sehingga
hasil uji fosfat yaitu positif.
  Basa nitrogen, bertujuan untuk mengetahui ada tidaknya basa nitrogen dalam
sampel. Ekstrak DNA ditambahkan beberapa tetes asam asetat 5% menghasilkan
larutan berwarna biru kehijauan, setelah dipanaskan larutan berwarna biru muda.
Kemudain ditambahkan larutan CuSO4 dan NaHSO3 didapatkan warna larutan
biru muda. Setelah beberapa menit terdapat endapan hijau muda kebiruan dengan
larutan keruh. Hal ini menunjukkan adanya kadar basa nitrogen pada ekstrak DNA
dari bawang putih sehingga hasil uji positif.

Selanjutnya untuk uji lilitan DNA dilakukan dengan cara yang sama seperti pengujian
ekstrak asam nukleat (DNA). Benang-benang DNA sebelumnya dimasukkan ke dalam
aquades sehingga benang-benang tersebut larut. Kemudian dilakukan pengujian. Pada uji
ribosa, setelah ditambahkan reagen Bennedict dan dipanaskan larutan yang dihasilkan
tetap berwarna biru. Hal ini terjadi dikarenakan kekurangan DNA sehingga tidak
ditemukan adanya endapan. Pada uji fosfat, setelah ditambahkan larutan HNO 3 dan
dipanaskan kemudian ditambahkan larutan ammonium molibdat 5% didapati larutannya
menjadi keruh karena kekurangan DNA, sehingga tidak menghasilkan endapan.
Selanjutnya pada pengujian basa nitrogen, setelah ditambahkan asam asetat 5%
menghasilkan larutan bening. Kemudian dipanaskan setelah itu larutan tersebut
ditambahkan dengan larutan CuSO4 dan NaHSO3 larutan yang dihasilkan menjadi biru
bening. Hal ini diduga juga karena sampel kekurangan DNA sehingga tidak menghasilkan
endapan. Berdasarkan uji lilitan DNA dengan pengujian ribosa, fosfat dan basa nitrogen,
hasil uji yaitu negatif karena kekurangan DNA pada sampel.

I. Kesimpulan

Berdasarkan praktikum yang telah dilakukan dapat ditarik kesimpulan sebagai berikut :

1. Asam nukleat terdiri dari 3 komponen yaitu deoksiribosa, gugus fosfat dan basa
nitroden.
2. DNA hasil isolasi terlihat seperti benang-benang halus berwarna putih.
3. Hasil pengujian komposisi ekstrak asam nukleat (DNA) menunjukkan hasil negatif
pada uji ribosa dan positif pada uji fosfat dan basa nitrogen. Sedangkan pada uji lilitan
DNA menunjukkan hasil negatif pada uji ribosa, uji fosfat dan uji basa nitrogen
karena disebabkan kekurangan DNA pada sampel.
J. Jawaban Pertanyaan

1. Apa guna penambahan NaCl, detergen dan etanol dingin pada percobaan ini ?
Jawab :
 Penambahan NaCl pada sampel bertujuan untuk menghancurkan atau
memecahkan dinding sel dengan cara mengikat fosfat yang merupakan bagian
dari basa nitrogen dari DNA sehingga bisa memecah dinding sel pada bawang
putih.
 Penambahan detergen bertujuan untuk mengemulsi lipid dan karbohidrat
dengan cara berikatan kimia dengan senyawa yang ada pada DNA sehingga
dinding sel pecah dan DNA dapat diambil.
 Penambahan etanol berfungsi sebagai presipitasi DNA (pengendapan DNA),
etanol yang digunakan harus dalam keadaan dingin karena untuk menghambat
denaturasi. Semakin dingin etanol yang digunakan, maka presipitasi DNA
akan jauh lebih sempurna karena pergerakan molekul dalam larutan menjadi
lebih lambat akibat pengurangan energi kinetik.

2. Apa yang terjadi jika ke dalam filtrat yang mengandung DNA ditambahkan reagen
Benedict ?
Jawab :
Yaitu dapat mengetahui ada tidaknya gugus ribosa dalam sampel yang akan
ditandai dengan adanya endapan.

3. Tulis reaksi jika posfat pada ekstrak asam nukleat direaksikan dengan
HNO3. Jawab : PO4 + HNO3  HPO4 + NO3

4. Dengan cara apa Ananda membuktikan bahwa Ananda telah memperoleh DNA ?
Jawab :
Dengan cara mencampurkan (ekstrak bawang putih + detergen + NaCl) kemudian
dimasukkan ke dalam tabung reaksi dan ditetesi dengan etanol dingin kemudian akan
muncul benang-benang halus berwarna putih (DNA) di permukaan larutan.
K. Lampiran

Eksperimen I. Ekstraksi DNA dari bawang putih

Haluskan bawang putih (+) 5 gr NaCl (+) 5 ml detergen Saring dg kain kasa
di lumpang dan kumpulkan
filtratnya dlm tabung rx

Dinginkan filtrat dlm (+) 9 ml etanol 95% yg Terbentuk banyak

bongkahan es telah didinginkan benang-benang halus
DNA berwarna putih

Eksperimen II. Pengujian ekstrak asam nukleat (DNA)

1. Ekstrak asam nukleat

 Ribosa

5 ml ekstrak asam nukleat Kocok dan panaskan pada

(+) 4 ml reagen Bennedict penangas air

 Fosfat

2 ml ekstrak asam nukleat

(+) 1 ml HNO3, panaskan
(+) 2 ml larutan ammonium molibdat 5%
 Basa nitrogen

2 ml ekstrak asam nukleat Panaskan pada penangas air (+) 1 ml larutan CuSO4
(+) asam asetat 5% (+) 1 ml larutan NaHSO3

Hasil akhir percobaan

Hasil uji ekstrak asam nukleat Hasil uji lilitan DNA