Nama

: Yeni Fitriana Jayanti

NIM

: 4311413070

Prodi

: Kimia, S1

Rombel

: 002

TUGAS KIMIA KOMPUTASI

BAB II METODE KIMIA KOMPUTASI

1. Jika saudara diminta untuk menentukan perhitungan sifat-sifat molekul air dengan
menggunakan perangkat lunak HyperChem.
a. Metode perhitungan kimia yang mana yang diperkirakan cocok? Mekanika molekul,
semiempiris atau ab initio, jelaskan jawaban Anda.
b. Tentukan parameter perhitungan yang harus Saudara masukkan sebagai input
HyperChem, sesuai dengan jawaban Saudara pada 1a.
Jawab:
a. Metode perhitungan kimia yang cocok adalah mekanika molekuler. Hal ini dikarenakan
mekanika molekuler yang dikembangkan untuk mendeskripsikan struktur dan sifat-sifat
molekul sesederhana mungkin. Bidang aplikasi mekanika molecular antara lain sebagai
berikut.
1) Molekul yang tersusun atas ribuan atom
2) Molekul organik, oligonukleotida, peptida, dan disakarida serta air
3) Molekul dalam lingkunagn vakum atau berada dalam pelarut
4) Senyawa dalam keadaan dasar
5) Sifat-sifat termodinamika dan kinetika (melalui dinamika molekul)
b. Parameter yang digunakan sebagai input HyperChem adalah sudut torsi, sudut ikatan,
interaksi bukan ikatan, dan rentangan ikatan
2. Beberapa mahasiswa diberikan tugas menganalisis suatu senyawa organik sederhana (BM
rendah). Data yang ingin didapatkan adalah muatan atom, momen dipol, dan energi total
sistem, sedemikian hingga data tersebut dapat dibandingkan dengan data eksperimen. Apakah
pernyataan berikut benar atau salah, jelaskan pilihan saudara.
a. Metode mekanika molekul dapat digunakan untuk maksud tersebut
b. Metode semiempiris merupakan metode yang paling sesuai untuk tujuan di atas
c. Metode ab initio memerlukan waktu yang terlalu lama untuk mencapai tujuan di atas

Jawab:
a. Metode mekanika molekul tidak dapat digunakan untuk memperoleh data muatan atom,
momen dipol, dan energi sistem dalam menganalisis senyawa organik sederhana yang
memiliki berat molekul yang rendah. Hal ini dikarenakan metode mekanika molekul
hanya dapat digunakan untuk menghitung energi total sistem sedangkan muatan atom dan
momen dipol tidak dapat ditentukan dengan metode molekular, sehingga pernyataan di
atas merupakan pernyataan yang salah.
b. Metode semiempiris merupakan metode yang paling sesuai untuk memperoleh data
muatan atom, momen dipol, dan energi sistem dalam menganalisis senyawa organic
sederhana yang memiliki berat molekul rendah. Hal ini dikarenakan metode semiempiris
dapat diterapkan dalam sistem besar dan menghasilkan fungsi gelombang elektronik yang
baik sehingga sifat elektronik seperti momen dipol dan muatan atom dapat ditentukan.
Perhitungan yang dilakukan dengan metode semiempiris juga akan lebih cepat, sehingga
pernyataan di atas merupakan pernyataan yang benar jika metode semiempiris merupakan
metode yang paling sesuai.
c. Metode ab initio merupakan metode dimana konsep perhitungan bersifat umum dari
penyelesaian persamaan Schrodinger yang secara praktis dapat diprediksi tentang
keakuratan dan kesalahannya. Metode ini tidak dapat digunakan untuk memperoleh data
muatan atom, momen dipol, dan energi sistem dalam menganalisis senyawa organik
sederhana yang memiliki berat molekul yang rendah. Hal ini dikarenakan metode ab
initio bukan merupakan penyelesaian eksak, namun metode ini merupakan konsep
perhitungan yang umum dari persamaan Schrodinger. Metode ab initio memerlukan
kemampuan dan kecepatan komputer yang besar, sehingga perhitungannya cukup lama.
Oleh karena itu, pernyataan di atas merupakan pernyataan yang salah karena metode ab
initio tidak dapat digunakan untuk memperoleh data-data tersebut.
3. Secara umum operator Hamilton yang berkait dengan energy suatu molekul dalam persamaan
Schrodinger dituliskan sebagai berikut
Z A ZB
ZA
1
h2
h2
2

r
r r 8 2 m i 8 2 m V 2A
B
AB
A
i
Ai
i
j
ij
i
i
i
A
T =
A

a. Jelaskan arti masing-masing suku dalam persamaan di atas

b. Tunjukkan suku yang mana yang dianggap tetap, jika kita menggunakan pendekatan
Born-Oppenheimer
Jawab:
a. Persamaan Schrodinger di atas memiliki 3 suku. Suku-suku tersebut antara lain energi
kinetik, interaksi elektrostatik antara elektron dan inti dan tolakan elektrostatik antar
elektron.
Energi tolakan elektrostatik yaitu
Z Z
rA B
A
B
AB
Energi kinetik inti sebagai berikut
h2
h2
2
8 2 m V i 8 2 m V 2A
i
i
i
A
Energi interaksi elektrostatik antara elektron dan inti yaitu
Z
r A + r1
A
i
Ai
i
j
ij
Dimana e: muatan elektron
h: konstanta Planck
m: massa elektron
b. Pendekatan Born-Openheimer yang digunakan untuk pemisahan gerakan inti dan
elektron, dimana gerakan elektron dapat mengikuti gerakan inti. Suku yang tetap adalah
energi kinetiknya karena yang digunakan unit atom.
4. Jelaskan penggunaan metode mekanika molekul dalam menentukan pelaksanaan docking
molekul suatu obat dengan suatu reseptor.
Jawab:
Penggunaan metode mekanika molekul dalam menentukan pelaksanaan docking molekul
suatu obat dengan suatu reseptor yaitu misalnya pada desain obat. Desain obat merupakan
proses iterasi yang dimulai dengan penentuan senyawa yang menunjukkan sifat biologis
penting dan dan diakhiri dengan langkah optimasi, baik aktivitas maupun sintesis senyawa
kimia. Pengetahuan yang kurang mengenai proses biokimia yang bertanggungjawab terhadap
aktivitas biologis, hipotesis desain obat pada umumnya didasarkan pada pengujian kemiripan
structural dan pembedaan antara molekul aktif dan tidak aktif (Leach, 2001). Kombinasi
antara strategi mensintesis dan uji aktivitasnya menjadi rumit dan memerlukan waktu yang
lama untuk sampai pada pemanfaatan obat. Kemajuan di bidang kimia komputasi, peneliti

dapat menggunakan komputer untuk mengoptimasi aktivitas, geometri dan reaktivitas,

sebelum senyawa disintesis secara eksperimental sehingga dapat terhindar dari sintesis
senyawa yang membutuhkan waktu dan biaya yang mahal tetapi senyawa baru tersebut tidak
memiliki aktivitas seperti yang dikehendaki. Perangkat lunak kimia komputasi yang dapat
digunakan adalah seperti HyperChem memberikan fasilitas yang memadai untuk
memberikan gambaran mengenai bentuk molekul, menikmati vibrasi ikatan antar atom yang
terekam sebagai spektra inframerah, dan dinamika perubahan sruktrur molekul akibat
pengaruh sistem reaksi. Kombinasi anata setrategi untuk mensintesis dan uji aktivitasnya
dapat menjadi sangat rumit dan memerlukan waktu yang lama untuk sampel pada
pemanfaatan obat, untuk itu dilakukan pendekatan teoritis yang dapatmenghitung secara
kuantitatif tentang hubungan antara aktivitasbiologis terhadap perubahan struktur senyawa
yang dikenaldengan istilah QSAR.
5. Metode semiempiris banyak digunakan untuk menentukan sifat sistem kimia yang memiliki
massa molekul sedang. Apakah sifat sistem kimia yang dapat diprediksi dengan teliti?
Berikan contoh.
Jawab:
Keakuratan dari mekanika molekul atau metode mekanika kuantum semi empiris tergantung
pada database yang digunakan untuk parameterisasi metode. Hal ini berlaku untuk jenis
molekul dan data fisik dan kimia dalam database. Metode ini sering memberikan hasil terbaik
untuk kelas terbatas molekul atau fenomena. Kelemahan dari metode ini adalah anda harus
memiliki parameter yang tersedia sebelum menjalankan perhitungan. Mengembangkan
parameter memakan waktu.sifat sistem kimia yang dapat diprediksi adalah seperti sudut
ikatan, torsions, interaksi van der waals, ikatan hidrogen, dan potensial elektrostatik