Nama

: Yeni Fitriana Jayanti

NIM

: 4311413070

Prodi

: Kimia, S1

Rombel

: 002

TUGAS KIMIA KOMPUTASI

BAB I PENDAHULUAN
1. Berikan contoh masalah-masalah kimia yang dapat diselesaikan dengan metode kimia
komputasi, berkaitan dengan
a. Hubungan konformasi dengan energi
b. Spektra UV-Vis, NMR, dan IR
c. Mekanisme reaksi kimia, terutama pada penentuan energi struktur transisi
d. Simulasi Monte Carlo dan dinamika molekul
Jawab:
a. Masalah kimia yang dapat diselesaikan dengan metode kimia komputasi berkaitan
dengan hubungan konformasi dengan energi yaitu kimia supramolekul. Teori molekul
dan interaksi antarmolekul menjadi kajian utama kimia supramolekul yang hanya dapat
diselesaikan dengan metode kimia komputasi. Kimia supramolekul membahas bagaimana
metode kimia dapat menentukan energi dan konformasi interaksi antarmolekul, termasuk
sebelumnya perancangan molekul (seperti peptida ADTC1 dan ADTC5 pada EChaderin) yang menghasilkan energi interaksi tertentu. Kajian interaksi antarmolekul
diawali dengan molekul-molekul kecil, dan diharapkan dapat diterapkan untuk molekul
besar seperti peptida, protein, dan polimer.
b. Masalah kimia yang dapat diselesaikan dengan metode kimia komputasi berkaitan
dengan spectra UV-Vis, NMR, dan IR yaitu dengan menggunakan software kimia
Gaussian03W. Gaussian03W merupakan software kimia komputasi yang digunakan
untuk menghitung energi berbagai sifat molekuler, optimasi geometri molekuler serta
memprediksi sifat spektroskopis suatu sistem (misalnya UV-Vis, NMR, IR, EPR,
Mossbauer, dan lain-lain) dengan menggunakan kombinasi berbagai metode komputasi
seperti Density Functional Theory (DFT), Hartree-Fock (HF), post-HF, semiempiris, dan

pendekatan mekanika molekuler. Selain itu aplikasi ini juga dapat digunakan untuk
menentukan muatan atom bersih senyawa turunan benzene.
c. Masalah kimia yang dapat diselesaikan dengan metode kimia komputasi berkaitan
dengan mekanisme reaksi kimia, terutama pada penentuan energi struktur transisi yaitu
pencarian keadaan transisi. Pencarian keadaan transisi dilakukan dengan menentukan
struktur metastabil yang bersesuaian dengan keadaan transisi menggunakan metode
Eigenvector Following atau Synchronous Transit. Sifat molekulernya kemudian dihitung
yang diimplementasikan pada HyperChem. Metode Eigenvector Following cocok untuk
proses unimolekular atau setiap sistem molecular yang mode vibrasi natiralnyacenderung
menuju ke suatu keadaan transisi. Sedangkan metode Synchronous Transit digunakan jika
reaktan dan produk sangat berbeda. Metode ini yang diimplementasikan pada
HyperChem yaitu Linear Synchronous Transit (LST) dan Quadratic Synchronous Transit
(QST).
d. Masalah kimia yang dapat diselesaikan dengan metode kimia komputasi berkaitan
dengan simulasi Monte Carlo dan dinamika molekuler yaitu sebagai berikut
1) Metode Monte Carlo dalam kimia komputasi untuk memberikan gambaran tentang
struktur dan energi dalam kesetimbangan, tetapi tidak dapat memberikan gambaran
dinamika atau sifat yang bergantung pada waktu.
2) Metode dinamika molekuler merupakan metode simulasi yang digunakan untuk
mempelajari sistem molekuler seperti molekul organik dalam larutan dan senyawa
makromolekul dalam proses metabolisme untuk menggambarkan struktur, sifat
termodinamika, dan sifat dinamis dari sistem pada fasa terkondensasi.
2. Carilah sumber informasi di internet tentang penggunaan kimia komputasi dalam industri
obat terutama dalam mendesain obat baru. Jelaskan peranan kimia komputasi dalam
mengurangi struktur biaya produksi obat-obatan.
Jawab:
Desain obat merupakan proses iterasi yang dimulai dengan penentuan senyawa yang
menunjukkan sifat biologis penting dan dan diakhiri dengan langkah optimasi, baik aktivitas
maupun sintesis senyawa kimia. Pengetahuan yang kurang mengenai proses biokimia yang
bertanggungjawab terhadap aktivitas biologis, hipotesis desain obat pada umumnya
didasarkan pada pengujian kemiripan structural dan pembedaan antara molekul aktif dan
tidak aktif (Leach, 2001). Kombinasi antara strategi mensintesis dan uji aktivitasnya menjadi
rumit dan memerlukan waktu yang lama untuk sampai pada pemanfaatan obat. Kemajuan di

bidang kimia komputasi, peneliti dapat menggunakan komputer untuk mengoptimasi

aktivitas, geometri dan reaktivitas, sebelum senyawa disintesis secara eksperimental sehingga
dapat terhindar dari sintesis senyawa yang membutuhkan waktu dan biaya yang mahal tetapi
senyawa baru tersebut tidak memiliki aktivitas seperti yang dikehendaki. Perangkat lunak
kimia komputasi yang dapat digunakan adalah seperti HyperChem memberikan fasilitas yang
memadai untuk memberikan gambaran mengenai bentuk molekul, menikmati vibrasi ikatan
antar atom yang terekam sebagai spektra inframerah, dan dinamika perubahan sruktrur
molekul akibat pengaruh sistem reaksi.
3. Jelaskan sumber informasi di jurnal internasional tentang bertambahnya jumlah peneliti yang
menggunakan kimia komputasi sebagai alat dalam analisis masalah yang dikaji.
Jawab:
Penelitian yang telah dilakukan oleh Wang, et. al. (2015) menggunakan kimia komputasi
sebagai alat dalam analisis toksisitas 24 cairan ionic berbasis bromide (Br-ILS) terhadap
Vibrio fischeri dan Daphnia magna dengan menggunakan analisis QSAR. Br-ILS terdiri atas
ion bromide dation generic seperti pyrolidinium, piperidinium, pyridinium atau imidazolium
dengan sisi rantai alkil yang berbesa. Model QSAR dengan koefisien korelasi yang relative
tinggi, R2 dari 0,954 dan 0,895 dikembangkan untuk Vibrio fischeri dan Caphnia magna.
Model untuk Vibrio fischeri menunjukkan bahwa toksisitas Br-IL terhadap Vibrio fischeri
berkorelasi negative dengan energy terendah orbital molekul kosong (ELUMO) yang
mencerminkan afinitas electron (EA) dan berkorelasi positif dengan volume Br-IL kation.
Model Daphna magna, toksisitas Br-IL berkorelasi positif dengan momen dipol () dan
berkorelasi negative dengan total energy (TE) yang sangat berhubungan dengan volume
molekul (V). Br-ILS dengan cincin kation yang sama, toksisitas meningkat sebagai panjang
rantai alkil meningkat. Panjang alkil yang sama, urutan toksisitas Vibrio fischeri adalah
pyridinium > imidazolium > piperidinium > pyrolidinium, kecuali yang mengandung rantai
samping oktil, sementara urutan toksisitas Daphna magna adalah imidazolium ~ pyridinium
> piperidium > pyrolidium.

4. Berikan beberapa contoh manfaat kimia komputasi dalam pembelajaran kimia.

Jawab:
Manfaat kimia komputasi dalam pembelajaran kimia antara lain sebagai berikut.
a. Menghitung sifat-sifat molekul dan perubahannya maupun melakukan simulasi terhadap
sistem-sistem besar (makromolekul seperti protein atau sistem banyak molekul seperti
gas, cairan, padatan, dan kristal cair), serta menerapkan program tersebut pada sistem
kimia nyata.
b. Sebagai alat visualisasi dan animasi.
c. Menghitung sifat molekul yang kompleks dan hasil perhitungannya berkorelasi secara
signifikan dengan eksperimen.
d. Mengeksplorasi sifat senyawa dan pada umumnya program tersebut telah dilengkapi
dengan visualisasi dan animasi, seperti program HyperChem, Gaussian, Turbomol,
Rasmol dan lain-lain.
e. Sebagai alat hitung untuk membantu penyelesaian secara numerik dari persamaan
matematika yang menggambarkan sifat sistem, misalnya dalam penyelesaian perhitungan
stokiometri, termasuk juga otomatisasi alat ukur yang dapat mengkonversi signal
elektronik menjadi data numerik.
f. Simulasi terhadap makromolekul (seperti protein dan asam nukleat) dan sistem besar bisa
mencakup kajian konformasi molekul dan perubahannya (mis. Proses denatrasi protein),
perubahan fasa, serta peramalan sifat-sifat makroskopik (seperti kalor jenis) berdasarkan
perilaku di tingkat atom.
5. Buatlah suatu perbandingan kemampuan beberapa perangkat lunak kimia komputasi yang
tersedia sampai saat ini.
Jawab:
Perbandingan kemampuan beberapa perangkat lunak kimia komputasi ditunjukkan pada
Tabel 1.
Tabel 1. Perbandingan kemampuan perangkat lunak kimia komputasi

Perangkat Lunak
Marvin Sketch

Kegunaan
Menggambar
Molekul

Symyx Draw

Menggambar
Molekul
Menggambar
Molekul

ACD Chem Sketch

Element:
Table

The

Periodic Table

Periodic

Kelebihan
Banyak fitur yang
tidak terdapat pada
software lain
Ukuran
software
kecil
Gambar
tiga
dimensi bagus

Kekurangan
Ukuran
software
besar

Gambar tampilan
kuno
Untuk mendapatkan
fitur lengkap harus
regristrasi
Mempelajari
Gambar tampilan Hanya
bisa
sistem periodik bagus
dan didownload melalui
unsur
informasinya
windows 10 store
banyak
Mempelajari
Dapat
dipakai Gambar tampilan
sistem periodik dengan
kuno dan tidak
unsur
menggunakan
menarik
semua
versi
windows