Tugas Kimia Komputasi

Oleh

Annisa aulia rahmah

(1510412033)

Jurusan Kimia
Fakultas Matematika Dan Ilmu Pengetahuan Alam
Universitas Andalas
2016
1. jelaskan metode SCF (self confidence field) pada perhitungan ab initio ?
Salah satu metode dalam ab initio adalah level teori HF (Hartree-Fock). Pada dasarnya adalah
menyelesaikan persamaan elektronik schrodinger.

Dalam HF ada beberapa pendekatan yang digunakan antara lain :

a. fungsi gelombang dapat didekomposisi ke dalam orbital molekul (orbital molekul = fungsi
gelombang satu elektron)

untuk mendapatkan fungsi gelombang yang baik, fungsi gelombang harus bersifat antisimetri
(memenuhi prinsip pauli)

fungsi gelombang anti simetri ini dapat dituliskan dalam bentuk determinan yang disebut dengan
determinan slater.

Φ adalah spin orbital yang juga mengandung spin dari elektron.

b. fungsi gelombang HF mengandung satu determinan slater, hal ini berarti bahwa tolakan antar
elektron hanya dilibatkan dalam bentuk efek rerata, tidak secara eksplisit dihitung. Dengan kata
lain, metode HF mengabaikan tolakan antar elektron.
c. orbital molekul disusun atas kombinasi linear dari orbital atom.

Sehingga fungsi gelombang yang optimal ditentukan oleh koefisien C_i. metode HF bertujuan
untuk mendapatkan fungsi gelombang yang optimal. Untuk mendapatkannya digunakanlah prinsip
variasi
 jadi kita hanya perlu mendapatkan koefisien yang memberikan energi terkecil. Pendekatan-
pendekatan ini nantinya akan membawa ke dalam persamaan HF yang bisa diselesaikan dengan
metode SCF (Self Consistent Field.

2. Basics ( basic-set )
Basis set dalam ilmu kimia adalah kumpulan fungsi matematika yang digunakan untuk menyusun
gugus orbit suatu molekul. Kumpulan fungsi-fungsi matematika yang ada disusun dalam kombinasi
linier dengan menyertakan nilai koefisien di dalamnya. Fungsi yang digunakan umumnya adalah
gugus-gugus orbit atom penyusun molekul tersebut.

Basis set minimum

STO-nG adalah basis set terkecil dengan n sebagai nilai bilangan bulat. n akan menyatakan berapa
jumlah fungsi Gaussian yang akan digunakan. Penggunaan basis set minimum ini sangat tidak
dianjurkan mengingat keakuratan data. Untuk STO-nG, kode basis set yang sering digunakan adalah:
 STO-3G
 STO-4G
 STO-6G
 STO-3G* – versi terpolarisasi dari STO-3

Basis set untuk elektron valensi terpisah

Pada proses pembentukan ikatan molekul, elektron-elektron valensi merupakan elektron yang sangat
berperan untuk proses pembentukan ikatan. Untuk menyatakan hal ini, hal yang paling mudah adalah
memberikan penekanan lebih untuk menghitung konfigurasi elektron pada valensinya. Beberapa kode
basis set yang sering digunakan untuk tipe ini adalah:
 3-21g
 3-21g* – Fungsi terpolarisasi
 3-21+g – Fungsi terdifusi
 3-21+g* – Kombinasi antara polarisasi dan difusi
 6-31g
 6-31g*
 6-31+g*
 6-31g(3df, 3pd)
 6-311g
 6-311g*
 6-311+g*
 SV(P)
 SVP

Korelasi-konsisten basis set

Beberapa dasar set yang paling banyak digunakan adalah yang dikembangkan oleh Dunning dan
rekan kerja, karena mereka dirancang untuk berkumpul secara sistematis dengan lengkap-dasar-set
(CBS) batas menggunakan teknik ekstrapolasi empiris. Untuk atom pertama dan baris kedua, set dasar
yang cc-pVNZ mana N = D, T, Q, 5,6, … (D = ganda, T = tiga kali lipat, dan lain-lain). The ‘cc-p’,
singkatan dari ‘korelasi konsisten terpolarisasi’ dan ‘V’ menunjukkan mereka valensi-satunya dasar
set. Mereka termasuk kerang berturut-turut lebih besar dari polarisasi (berhubungan) fungsi (d, f,
g, dll). Baru-baru ini ‘korelasi konsisten terpolarisasi’ basis set telah menjadi banyak digunakan dan
merupakan keadaan saat ini seni untuk berkorelasi atau pasca-Hartree-Fockperhitungan. Contohnya
adalah:
 cc-pVDZ – dua zeta
 cc-pVTZ – Triple-zeta
 cc-pVQZ – Quadruple-zeta
 cc-pV5Z – Quintuple-zeta, dll
 -Agustus-cc pVDZ, dll – versi Augmented set dasar sebelumnya dengan menambahkan fungsi
menyebar.

3. pendekatan Bohn Oppenheimer , orbital , LCAO ?

a. Hampiran Born-Oppenheimer
Hampiran Born-Oppenheimer menganggap bahwa inti yang lebih berat dari elektron bergerak
relatif lambat dan dapat dianggap diam pada saat elektron bergerak mengelilinginya. Hampiran ini
cukup baik untuk molekul keadaan dasar. Perhitungan ini membuktikan bahwa inti di dalam H2ᶧ
hanya bergerak 1 pm, sedangkan elektron bergerak dengan kecepatan1000 pm. Dengan demikian,
kesalahan dari asumsi bahwa inti itu diam sangat kecil.
Hampiran Born-Oppenheimer memungkinkan kita untuk menentukan pemisahan antarinti
tertentu dan memungkinkan kita untuk menyelesaikan persamaan schrodinger ini untuk distribusi
elektron. Kemudian,kita dapat memilih pemisahan yang lain dan mengulangi perhitungan itu dan
seterusnya. Dengan cara ini, kita dapat menghitung variasi energi molekul terhadap panjang ikatan
dan dalam molekul yang lebih rumit, juga dengan sudut, dengan diabaikannya energi kinetik inti
sehingga memperoleh kurva energi potensial molekul.

b. Hampiran Orbital molekul

 fungsi gelombang satu elektron yang diperoleh dari penyelesaian persamaan schrodinger
disebut orbital molekul. Orbital molekul Ѱ, melalui nilai Ѱ², menunjukkan distribusi elektron di
dalam molekul. Orbital molekul serupa dengan orbital atom, tetapi menyebar diseluruh molekul
itu.

c. LCAO (Linear Combination Atom Orbital)

Atom mempunyai fungsi gelombang. Fungsi gelombang elektron pada atom disebut orbital atom.
Molekul merupakan kombinasi dari beberapa atom, sehingga fungsi gelombangnya adalah
kombinasi dari fungsi gelombang beberapa atom, hal ini disebut dengan Linear Combination Atom
Orbital. Berikut ini fungsi gelombang untuk 2 orbital atom:

N adalah faktor normalisasi.

4. MM ,MM/QM, MM+, NDDO, CNDO, MNDO, AM, PM3 ?

a. MM
Metoda empiris yang digunakan untuk menyatakan Ep darimolekul sebagai fungsi dari variabel
geometri. Elektron tidak dinyatakan secara eksplisit dan fungsi Ep bergantung pada posisi inti.

b. MM/QM
Mekanika molekular terkadang digunakan karena kemudahannya dalam menggambarkan
sistem, tetapi tidak perlu merupakan cara terbaik untuk menerangkan sebuah sistem
molekul.dikembangkan suatu metoda hibridisasi yang dikenal dengan nama QM/MM, yaitu
bagian yang penting dari sistem yang dikaji dihitung dengan metoda QM, sedangkan bagian
sistem yang tidak harus dijelaskan secara detail dihitung dengan metoda MM. Metoda QM/MM
banyak digunakan dalam simulasi reaksi katalitik enzimatik, proses kimia dalam larutan dan
docking suatu protein dalam reseptor.

c. MM+
Salah satu jenis medan gaya yang sesuai untuk sebagian besar spesies non biologi dan
menggunakan himpunan parameter 1991.

d. Neglect Of Diatomic Differential Overlap (Nddo, Pople 1965)

Bentuk dari integral INDO memungkinkan untuk mem-bedakan orbital s dan p pada atom pusat
tetapi tidak memper-timbangkan perbedaan orientasi dari orbital p pada pusat atom
tetangganya. Dengan INDO, semua rotamer mempunyai energi yang sangat mirip. Untuk
meningkatkan kemampuan metode ini, NDDO memperlakukan semua integral dalam bentuk
<mn|ls> m, n Î A dan l,s Î B tetapi tidak mempunyai kesamaan pada n dan l tidak mempunyai
 kesamaan dengan s. Dengan kata lain interaksi s, px, py dan pz diperhitungkan pada setiap
fragmen diatomik, tetapi awan muatan individual yang dimasukkan pada atom berbeda,
ditiadakan.
NDDO menyisakan 100 integral untuk setiap pasangan atom berat, dari 4096 (84) integral
yang mungkin. Perlu diperhatikan bahwa integral tersebut dapat terkurangi jika mereka
mempunyai simetri yang sama).

e. MNDO
Modified Neglect of Differential Overlap (MNDO) adalah metode kimia kuantum semi-
empiris untuk perhitungan struktur elektronik molekul dalam kimia komputasi. Hal ini
didasarkan pada pendekatan integral Neglect of Differential Diatomic Overlap. Demikian pula,
metode ini menggantikan metode sebelumnya yaitu metode Mindo. Metode ini merupakan
bagian dari program MOPAC yang dikembangkan Michael Dewar. Pengembangan dilakukan
oleh W. Thiel's group, yang disebut MNDO/d, yang menambahkan fungsi d, secara luas
digunakan untuk senyawaorganologam. MNDOC, dari W. Thiel's group, secara eksplisit juga
menambahkan efek korelasi meskipun urutan kedua teori perturbasi dengan dipasang parameter
untuk percobaan dari perhitungan berkorelasi.

f. PM3
Parameterized Nomor Model 3 (PM3) adalah metode semi-empiris untuk
perhintungan kuantum struktur molekul elektronik dalam kimia komputasi . Hal ini didasarkan
pada pendekatan integral Neglect of Differential Diatomic Overlap. Metode PM3 menggunakan
formalisme dan persamaan yang sama dengan metode AM1. Perbedaannya adalah : 1) PM3
menggunakan dua fungsi Gaussian untuk fungsi tolakan inti, bukan jumlah variabel yang
digunakan oleh AM1 (yang menggunakan antara satu dan empat Gaussians per elemen), 2)
nilai-nilai numerik dari parameter yang berbeda. Perbedaan lainnya terletak pada filsafat dan
metodologi yang digunakan selama parameterisasi ini: bahwa AM1 mengambil beberapa nilai
parameter dari pengukuran spectroscopical, PM3 menggunakannya sebagai nilai-nilai
optimizable. Metode ini dikembangkan oleh JJP Stewart dan pertama kali diterbitkan pada
tahun 1989. Sebuah model perhitungan untuk PM3 kompleks lantanida, disebut Sparkle/PM3.

g. AM1
Austin Model 1 (AM1) adalah metode semi-empiris untuk perhitungan kuantum struktur
molekul elektronik dalam kimia komputasi. Hal ini didasarkan pada pendekatan
integral Neglect of Differential Diatomic Overlap. Secara khusus, metode ini adalah
generalisasi dari MNDO. AM1 dikembangkan oleh Michael Dewar yang diterbitkan
pada 1985. AM1 merupakan upaya untuk meningkatkan model MNDO dengan mengurangi
tolakan atom pada jarak pemisahan dekat. Kompleksitas masalah parameterisasi di AM1 yaitu
 meningkatnya parameter per atom dari 7 di MNDO menjadi 13-16 per atom di AM1. Hasil
perhitungan AM1 kadang-kadang digunakan sebagai titik awal untuk parameterizations dari
forcefields dalam pemodelan molekul. Pengembangan AM1 adalah SemiChem Austin Model
1(SAM1), yang diimplementasikan dalam program AMPAC dan yang secara eksplisit
memperlakukan d-orbital. Dinamakan Austin Model 1 karena disusun oleh Dewar ketika
berada di University of Texas di Austin. Hanya satu kunci penyelesaian yang berbeda dengan
metode MNDO yaitu: Penggunaan suku baru dalam menggam-barkan interaksi antar inti.
Tolakan dalam MNDO diperlakukan sebagai jarak kontak van der Waals. Suku baru dapat
secara luas mengoreksi defisiensi ini :

a, b, dan c merupakan parameter dalam fungsi gaussian yang berasosiasi dengan atom yang
ditunjukkan padatan dapangkat (superscript). AM1 mempunyai 14 parameter per atom
(beberapa atom mempunyai parameter fungsi Gaussian lebih dari atau lebih kecil dari yang
disebutkan).

5. matrix (determinan matrik ) ?

Determinan matriks merepresentasikan suatu bilangan tunggal. Determinan diperoleh dengan
mengalikan dan menjumlahkan elemen-elemen matriks dengan cara yang khusus. Determinan dan
Invers suatu matriks sangat berguna dalam penerapan matriks. Salah satunya untuk menyelesaikan
sistem persamaan linear yang bisa kita selesaikan baik menggunakan metode determinan atau
metode invers. Metode matriks ini kita pilih karena secara komputasi akan mudah diterapkan, hal
ini terjadi karena perhitungan determinan dan invers berlaku secara sistematis dan pasti.

Determinan Matriks
Suatu Matriks mempunyai determinan jika dan hanya jika matriks tersebut adalah matriks persegi.
Untuk lebih jelasnya mengenai matriks persegi. Determinan matriks A bisa ditulis det (A) atau |A|.
Determinan matriks 2×2

Misalkan matriks A=
det(A) = |A| = a×d−b×c
Determinan matriks 3×3 cara Sarrus
Untuk menentukan determinan matriks 3×3 dapat menggunakan cara Sarrus yaitu dua kolom
pertama dipindahkan ke sebelah kanan matriksnya Misalkan matriks
 A=
determinan matriks A adalah :

Catatan : Metode Sarrus hanya bisa digunakan untuk matriks 3×3saja. Untuk matriks dengan
ukuran yang lebih besar, bisa mengggunakan Metode Kofaktor . Metode kofaktor ini bisa
digunakan untuk menentukan determinan semua ukuran matriks persegi.
Invers Matriks.
6. Metoda Huckel
Metode Extended Huckel adalah metode kimia kuantum semiempirik, yang dikembangkan
oleh Roald Hoffmann sejak tahun 1963. Metode Huckel awalnya hanya mempertimbangkan
orbital pi, lalu metode ini berkembang mencakup orbital sigma. Metode Extended Huckel dapat
digunakan untuk menentukan orbital molekul , tetapi kurang bagus digunakan dalam
menentukan geometri struktur dari sebuah molekul organik.Namun metode ini dapat menentukan
energi relatif konfigurasi geometris yang berbeda. Metode Extended Huckel ini hanya
mempertimbangkan elektron valensi.
Teori orbital molekul pada molekul poliatomik seperti molekul yang terkonjugasi dimana
terdiri dari ikatan tunggal dan rangkap sepanjang rantai karbonnya. Diagram tingkat energi sistem
molekul terkonjugasi dapat dikonstruksi dengan aproksimasi Hückel. Menurut teorinya, orbital π
diperlakukan secara terpisah dari orbital σ. Semua integral Coulomb α untuk orbital atom yang
berkontribusi pada orbital π dianggap sama. Misalnya, pada etena ikatan σ sudah dipastikan dan
hanya terpusat pada penemuan energi ikatan π. Orbital π dinyatakan sebagai LCAO untuk orbital
C2p yang tegak lurus terhadap bidang molekul. Misalnya pada etena dituliskan:
Keterangan:
A: orbital C2p pada atom A
B: orbital C2p pada atom B.
Koefisien optimum dan enegi diperoleh dengan prinsip variasi, melalui komputasi modern semua
resonance integral dan overlap integral akan dimasukkan, tetapi dengan diagram tingkat energi
orbital molekul dapat dihasilkan lebih mudah dengan mengikuti aproksimasi Hückel:
1. Semua overlap integral di atur sama dengan 0
2. Semua resonance integral between non-neighbours diatur sama dengan 0
3. Semua sisa resonance integral diatur sama dengan β
Formulasi Matrix pada Metode Hückel
Teori Hückel dapat diaplikasikan pada molekul yang lebih besar dengan reformulasi matriks dan
vektor. Persamaan sekular yang harus diselesaikan untuk dua sistem atom memiliki bentuk:

Dimana eigenvalue Ei menunjukkan fungsi gelombang dari ψi = ci,AA + ci,BB. Ada dua orbital
atom, dua eigenvalue, dan dua fungsi gelombang, sehingga ada dua pasang persamaan sekular
yaitu persamaan pertama menunjukkan E1 dan ψ1.

Persamaaan yang kedua:

Jika menggunakan matriks dan kolom vektor akan diperoleh:

Penyelesaian schrodinger ini diharapkan dapat menghasilkan nilai energi, CA serta CB dari suatu
molekul.