MID SEMESTER KIMIA KOMPUTASI

Farah nur rohmah, 4301418005, Pendidikan Kimia 18A

1. Penjelasan tentang pengertian konsep-konsep kimia komputasi :

a. Pemodelan molekul adalah segala hal yang dikerjakan dengan bantuan komputer
untuk menampilkan, mengambarkan atau mengevaluasi sifat-sifat suatu molekul.
Pemodelan molekuler dilakukan untuk memberikan gambaran tentang perilaku
molekul, yang pada akhirnya digunakan untuk melakukan perhitungan-perhitungan
fisika dan kimia dari molekul tersebut. Pemodelan molekuler akan memberikan
kemudahan dalam memahami struktur molekul, sifat-sifat perilaku sistem molekul.
b. Dalam mekanika kuantum, persamaan Schrödinger adalah persamaan matematika
yang menjelaskan perubahan tiap waktu dari sebuah sistem fisika di mana efek
kuantum, seperti dualitas gelombang-partikel, menjadi signifikan. Persamaan ini
merupakan perumusan matematis untuk mempelajari sistem mekanika kuantum.
c. Pendekatan Born – Oppenheimer memungkinkan untuk menetukan pemisahan antar
inti tertentu dan penyelesaian persamaan Shordinger untuk distribusi elektron.
Pendekatan Born – Oppenheimer diterapkan dengan pemisahan fungsi gelombang
untuk inti dan elektron.
d. Teori VSEPR (Valence Shell Electron Pair Repulsion) adalah suatu model kimia yang
digunakan untuk menjelaskan bentuk-bentuk molekul kimiawi berdasarkan gaya
tolakan elektrostatik antar pasangan elektron.
e. Pendekatan LCAO adalah pendekatan yang digunakan untuk menggambarkan
diagram orbital molekul untuk molekul diatomik adalah Linear Combination of
Atomic Orbitals approach (Pendekatan Kombinasi Linear Orbital Atom).
f. Optimasi Geometri adalah perlakuan pada suatu molekul untuk menentukan koordinat
molekul yang biasanya menggunakan koordinat kartesius atau koordinat internal.
Proses optimasi bertujuan untuk menghasilkan energi molekul terendah.
g. Basis set merupakan diskripsi matematika dari orbital yang digunakan untuk
menghitung fungsi gelombang elektronik total suatu sistem.

2. Persamaan energi mekanika molekuler secara sederhana dinyatkan sebagai berikut: Energi
= energi rentangan + energi bengkokan + energi torsi + energi interaksi tak-berikatan.
Jelaskan makna masing-masing energi dalam persamaan energi di atas sehingga dapat
dilihat kontribusi setiap komponen penentu besaran energi tersebut
a. Persamaan energi rentangan, Persamaan ini mengestimasi energi yang berkaitan
dengan vibrasi di sekitar panjang ikatan kesetimbangan.
b. Persamaan energi bengkokan, Persamaan energi bengkokan juga didasarkan pada
hukum Hooke. Parameter k mengontrol kemiringan pegas sudut, sementara 0
menunjukkan sudut kesetimbangan. Persamaan ini mengestimasikan energi yang
berkaitan dengan vibrasi di sekitar sudut ikat keseimbangan (equilibrium bond angle).
c. Energi torsi dalam mekanika molekul lebih dimaksudkan untuk digunakan
mengoreksi suku energi yang tersisa daripada untuk menggambarkan proses fisika.
Energi torsi mewakili jumlah energi yang harus ditambahkan atau dikurangi dari suku-
 suku energi rentangan + energi beng-kokan + energi interaksi tak-berikatan, agar
energi total sesuai dengan eksperimen atau hasil kalkulasi mekanika kuantum untuk
suatu model sudut dihedral.
d. Energi tak-berikatan mewakili jumlah energi semua interaksi tak-berikatan antara
atom i dan j. Energi tak-berikatan memperhitungkan tarikan, tolakan van der Waals
dan interaksi elektrostatik.

3. Dalam pembagian metode kimia komputasi ada dikenal metode struktur elektronik, yaitu
metode Ab Initio, Metode Semi Empirik, Metode Korelasi Elektron dan Metode Density
Functional Theory (DFT). Jelaskan secara rinci perbedaan empat metode tersebut dari sisi
konsep teori, kegunaannya untuk apa, dan kelebihan / kelemahannya.
Metode Konsep Teori Kegunaan Kelebihan Kelemahan
Ab Metode ini dibuat Metode ini Secara praktis kebutuhan
Initio tanpa menggunakan mempunyai dapat yang besar
data empiris, kecuali akurasi paling memprediksi terhadap
untuk tetapan dasar tinggi dibanding tentang kemampuan
seperti massa elektron metode lainnya, keakuratan dan dan
dan tetapan Planck tetapi sebagai kesalahannya kecepatan
yang diperlukan untuk konsekwensinya pada komputer.
sampai pada prediksi dari pencapaian perhitungan
numerik. ketelitian yang persamaan
tinggi dari metode Schrodinger.
ab initio ini,
diperlukan waktu
operasi yang lama
sehingga hanya
mungkin diterapkan
pada molekul-
molekul kecil
Semi Metode kimia Memprediksi sifat Metode Realibilitas
Empirik komputasi baru elektronik seperti semiempiris metode
berupa momen dapat semiempiris
penyederhanaan elektronik, diterapkan agak rendah
perhitungan yang polarizabilitas, dalam sistem dan
dapat dimasukkan ke tetapan yang besar dan penerapan
dalam metode ab pergeseran kimia menghasilkan metode
initio dengan pada NMR dan fungsi semiempiris
menggunakan ESR, dan juga gelombang bergantung
beberapa para-meter dapat diterapkan elektronik yang pada keterse-
empiris. pada sistem non- baik sehingga diaan
standar yang tidak sifat elektronik parameter
mungkin dapat empiris
diselesaikan diprediksi. seperti
dengan meka-nika halnya pada
molekul karena mekanika
tidak tersedianya molekul.
parameter yang
mempunyai
validitas tinggi.
 Korelasi Memberikan arti koreksi terhadap Pemilihan Memberikan
Elektro sebagai koreksi perhitungan ab metode waktu
n terhadap initio, karena itu korelasi perhitungan
perhitungan ab initio, sering dinamakan elektron sangatyang kecil
karena itu sering dengan metode bergantung dengan
dinamakan dengan post-SCF pada masalah keakuratan
metodepost-SCF kimia yangyang tidak
akan dikaji berbeda
secara
signifikan
dengan hasil
perhitungan
korelasi
elektron.
DFT salah satu dari salah satu dari tidak masih ada
beberapa pendekatan beberapa terpengaruh sistem yang
populer untuk pendekatan oleh ukuran tidak dapat
perhitungan struktur populer untuk sistem, di mana dijelaskan
elektron banyak- perhitungan pada metode ab dengan baik
partikel struktur elektron initio dengan LDA.
secara mekanika banyak-partikel HartreFock
kuantum untuk secara mekanika kompleksitas
sistem molekul dan b kuantum untuk fungsi
ahan rapat. Teori sistem molekul gelombang
Fungsi Kerapatan dan bahan rapat akan semakin
(DFT) adalah meningkat
teori mekanika dengan
kuantum yang bertambahnya
digunakan jumlah
dalam fisika dan kimi elektron,
a untuk mengamati namun dalam
keadaan dasar dari DFT variabel
sistem banyak kerapatan
partikel. elektron
dijaga tetap
dan tidak
terpengaruh
oleh ukuran
sistem.

4. Berikan penjelasan mengenai :

a. Kualitas analisis yang digunakan dalam QSAR selalu dikaitkan dengan ketelitian
dalam analisis statistik, maksudnya dari analisis kuantitatif dapat diketahui aktivasi
biologi terhadap perubahan senyawa
b. Peran analisis QSAR dalam pengembangan sintesis senyawa yang berfungsi sebagai
obat, dalam desain obat proses iterasi yang dimulai dengan penentuan senyawa yang
menunjukkan sifat biologi yang penting dan diakhiri dengan langkah optimasi, baik
dari profil aktivitas maupun sintesis senyawa kimia. QSAR sendiri merupakan
 pendekatan teoritis yang dapat menghitung secara kuantitatif tentang hubungan antara
aktivitas biologis terhadap perubahan struktur senyawa. Sehingga dengan analisis
QSAR kita dapat mengetahui hubungan kuantitatif antara struktur dan sifat biologis
obat tersebut.

5. Jelaskan maksud notasi himpunan basis di bawah ini dan jelaskan termasuk kategori
himpunan basis yang mana (minimal, split valence, polarization atau diffuse basis set)
a. STO-6G* adalah basis set terkecil dengan 6 sebagai nilai bilangan bulat. Angka 6
menyatakan berapa jumlah fungsi Gaussian yang akan digunakan. Penggunaan basis
set minimum ini sangat tidak dianjurkan mengingat keakuratan data. Basis set ini
termasuk kategori minimal.
b. 6-311G adalah basis set untuk elektron valensi terpisah. Pada proses pembentukan
ikatan molekul, elektron-elektron valensi merupakan elektron yang sangat berperan
untuk proses pembentukan ikatan. Untuk menyatakan hal ini, hal yang paling mudah
adalah memberikan penekanan lebih untuk menghitung konfigurasi elektron pada
valensinya. Basis set ini termasuk kategori split valence.
c. 3-21++G adalah basis set untuk fungsi difusi pada atom dan hidrogen besar,
merupakan kode basis set yang digunakan Pada proses pembentukan ikatan molekul,
elektron-elektron valensi merupakan elektron yang sangat berperan untuk proses
pembentukan ikatan. Basis set ini termasuk kategori diffuse basis set.
d. 6-31+G* yaitu diffuse basis set yang menambahkan sebuah set dari diffuse orbital sp
untuk atom pada bagian baris pertama dan kedua (Li - Cl).
e. 6-311++G** merupakan split valensi, terpolarisasi pada hidrogen juga dan terdifusi
pada hidrogen dan pada atom besar.

6. a. bentuk struktur

Aseton (keto)
 Aseton (enol)

2,4 pentadion (keto) tanpa hydrogen

b. Bentuk mana yang paling disukai

Berdasarkan hasil running didapatkan bahwa 2,4 pentadion tanpa ikatan hidrogen
lebih menyukai enol, sedangkan 2,4 pentadion dengan ikatan hidrogen lebih menyukai keto.