Nama : Asnia Yulinda Utami

NIM

: 4311413040

Prodi

: Kimia

Tugas Kimia Komputasi

BAB 1
1. Berikan contoh masalah-masalah kimia yang dapat diselesaikan dengan
metode kimia komputasi, berkaitan dengan :
a. Hubungan konformasi dengan energi
b. Spectra UV-Vis dan IR
c. Mekanisme reaksi kimia, terutama pada penentuan energi struktur
transisi
d. Simulasi Monte Carlo dan dinamika molekul
Jawab:
a. Hubungan konformasi dengan energy
kajian konformasi dan struktur molekul. Hal ini menyangkut
penggambaran side-chain pada satu orientasi daripada yang lain, bentuk
kursi dan perahu dan penggambaran ikatan hydrogen. Semua masalah
ini dapat diselesaikan dengan pemodelan molekul. Hal ini menjadi
penting karena konformasi akan mempengaruhi sifat dan energy
molekul.
b. Spectra UV-Vis dan IR
kajian sifat molekul. Beberapa sifat molekul yang dapat dikaji dari
perhitungan kimia komputasi adalah muatan atom bersih, momen
dipole, sifat spectra UV, IR, dan NMR.
c. Mekanisme reaksi kimia, terutama pada penentuan energi struktur
transisi
kajian makanisme reaksi. Hal ini menyangkut kajian molekul
pada keadaan khusus, seperti keadaan transisi yang mungkin
mempunyai sifat berbeda dari molekul dalam keadaan normal.
Kelebihan dari kimia komputasi adalah dapat menentukan energy dan
konformasi dari struktur hipotesis apapun. Hal ini sangat membantu
dalam penentuan mekanisme reaksi dengan cara memprediksi
kemungkinan keadaan transisi yang terjadi. Keadaan transisi tidak dapat

diterangkan dengan data eksperimen karena sangat cepatnya keadaan

transisi tersebut berubah.
d. Simulasi Monte Carlo dan dinamika molekul
mekanika statistik. Salah satu metode makanika statistic adalah
metode Monte Carlo yang dapat memberikan gambaran tentang struktur
dan energy dalam keseimbangan.
Dinamika molekul. Penerapan dinamika molekul pada sistem
pelarut/zat terlarut memungkinkan dilakukanya perhitungan sifat sistem
seperti koefisien difusi atau fungsi distribusi radial untuk digunakan
dalam perhitungan mekanika statistic.
Simulasi Dinamika Molekular mampu menjelaskan dan memberikan
gambaran tentang proses suatu sistem kimia dalam mencapai
keseimbangan sistem.
2. Carilah sumber informasi di internet tentang penggunaan kimia komputasi
dalam industri obat terutama dalam mendesain obat baru. Jelaskan peranan
kimia komputasi dalam mengurangi struktur biaya produksi obat-obatan.
Jawab:
Metode in vitro dan in vivo lazim digunakan dalam proses penemuan
obat. Computer menawarkan metode in silico, suatu metode yang
menggunakan

kemampuan

computer

dalam

rancang

obat

sebagai

komplemen dari in vitro dan in vivo. Kemampuan komputasi yang

meningkat secara eksponensial merupakan peluang mengembangkan
simulasi dan kalkulasi dalam merancang obat baru.
Desain obat merupakan proses iterasi dimulai dengan penentuan
senyawa yang menunjukan sifat biologi penting dan diakhiri dengan
langkah optimasi, baik dari profilaktivitas maupun sintesis senyawa kimia.
Tanpa
pengetahuan
lengkap
tentang
proses
biokimia
yang
bertanggungjawab terhadap aktivitas biologis, hipotesis desain obat pada
umumnya didasarkan pada pengujian kemiripan structural dan pembedaan
antara molekul aktif dan tak aktif. Kombinasi antara strategi mensintesis dan
uji aktivitasnya menjadi sangat rumit dan memerlukan waktu yang lama
untuk sampai pada pemanfaatan obat. Dengan kemajuan di bidang kimia
komputasi, peneliti dapat menggunakan computer untuk mengoptimasi
aktivitas, geometrid an reaktivitas, sebelum senyawa disintesis secara
eksperimental. Hal ini dapat menghindarkan langkah sintesis suatu senyawa

yang membutuhkan waktu dan biaya mahal, tetapi senyawa baru tersebut
tidak memiliki aktivitas seperti yang diharapkan.
3. Jelaskan sumber informasi di jurnal internasional tentang bertambahnya
jumlah peneliti yang menggunakan kimia komputasi sebagai alat dalam
analisis masalah yang dikaji.
Jawab:
Prediksi Tipe Aktivitas Senyawa Tabir Surya Homosalat Berdasarkan
Analisis Spektra Transisi Elektronik Pada Konfigurasi Bentuk Dimer Dan
Solut-Solven (Iqmal Tahir,dkk)
Pada penelitian ini memprediksi tipe aktivitas senyawa tabir surya
homosalat dengan berdasarkan analisis spektra transisi elektronik. Langkah
kajian dilakukan berupa pemodelan senyawa homosalat dalam bentuk dimer
dan interaksi dengan pelarut. Kajian dilakukan dengan langkah optimasi
geometri menggunakan metode semiempirik PM3 yang dilanjutkan dengan
analisis spektra transisi elektronik menggunakan metode ZINDO/s. Interaksi
ikatan hidrogen yang menjadi obyek penelitian adalah bentuk dimer
molekul senyawa tabir surya dan ikatan hidrogen antara molekul pelarut
dengan molekul senyawa tabir surya pada gugus-gugus berpotensi
membentuk ikatan hidrogen. Hasil kajian secara umum menunjukkan
pengaruh interaksi ikatan hidrogen memberikan kecenderungan pergeseran
merah namun besarnya nilai pergeseran tidak signifikanvmendekati nilai
hasil

eksperimen.

Faktor

interaksi

dimer

ikatan

hidrogen

antara

duavmolekul homosalat memberikan pergeseran nilai maks dengan disertai

perubahanvjumlah transisi UV yang terjadi. Konfigurasi ikatan hidrogen
antara homosalat denganvetanol menyebabkan terjadinya pergeseran nilai
maks namun jumlah transisi UV yang terjadi relatif tidak berubah.
4. Berikan beberapa contoh manfaat kimia komputasi dalam pembelajaran
kimia.
Jawab:
a) Dapat

menghitung

sifat

molekul

yang

kompleks

dan

hasil

perhitungannya berkorelasi secara signifikan dengan eksperimen.

b) Dapat sebagai alat hitung seperti halnya kalkulator- untuk membantu
penyelesaian secara numerik dari persamaan matematika yang
menggambarkan sifat sistem, misalnya dalam penyelesaian perhitungan

stokiometri, termasuk juga otomatisasi alat ukur yang dapat

mengkonversi signal elektronik menjadi data numerik.
c) Dapat sebagai alat visualisasi dan animasi
d) Membantu mengeksplorasi sifat senyawa dan pada umumnya program
tersebut telah dilengkapi dengan visualisasi dan animasi, seperti
program HyperChem, Gaussian, Turbomol, Rasmol dll.
e) Menghitung sifat-sifat molekul dan perubahannya maupun melakukan
simulasi terhadap sistem-sistem besar (makromolekul seperti protein
atau sistem banyak molekul seperti gas, cairan, padatan, dan Kristal
cair), dan menerapkan program tersebut pada sistem kimia nyata.
f) Simulasi terhadap makromolekul (seperti protein dan asam nukleat) dan
sistem besar bisa mencakup kajian konformasi molekul dan
perubahannya (mis. Proses denatrasi protein), perubahan fasa, serta
peramalan sifat-sifat makroskopik (seperti kalor jenis) berdasarkan
perilaku di tingkat atom.
5. Buatlah suatu perbandingan kemampuan beberapa perangkat lunak kimia
komputasi yang tersedia sampai saat ini.
Jawab:
Software kimia komputasi contohnya adalah Gaussian, Gamess, Q-Chem,
ACES, Dalton, Spartan, Psi, PLATO (Package for Linear Combination of
Atomic Orbitals), MOLCAS, MOLPRO, MPQC, NWChem, Psi3, PC
GAMESS, Spartan, TURBOMOLE, dan sebagainya. Beberapa diantaranya
dijelaskan kegunaanya dibawah ini:
No

Nama software

Kegunaan

Hyperchem

Pemodelan molekul (mengetahui struktur, stabilitas dan

sifat molekul)
Dapat mengeksplorasi model energy permukaan
potensial secara klasik atau kuantum dengan single
point, optimasi geometri atau perhitungan dalam
mencari keadaan transisi.

NWChem

perhitungan ab initio.
Dapat dijalankan pada mesin computer konvensional
atau high-performance dan dapat diinstall secara
parallel.

Gaussian03W

Perhitungan kimia kuantum secara ab initio maupun

semi empiris. Menghitung energy, berbagai sifat

molekuler, optimasi geometri molekuler, dan

memprediksi sifat spektroskopis suatu sistem (misalnya
UV-Vis, NMR, IR, EPR, Mossbauer, CD, dan lain lain).
4

Q-Chem

Q-Chem adalah program perangkat lunak kimia ab initio

komputasi. Q-Chem dapat melakukan sejumlah
perhitungan umum kimia kuantum, termasuk HartreeFock , teori kerapatan fungsional (DFT), coupled cluster
(CC), konfigurasi interaksi (untuk eksitasi elektron
tunggal-CIS) dan lain-lain.

Spartan

Spartan adalah pemodelan molekul dan aplikasi kimia

komputasi
dari
Wavefunction,
Inc.
Spartan
memfasilitasi berbagai tugas kimia komputasi, termasuk
pencarian konformasi, struktur, energi, sifat spektrum,
dan mengukur kesamaan molekul 3D.

ChemDraw

Menggambar struktur 2D dalam bidang ilmu kimia,

terutama kimia organik, biokimia, dan polimer.

ChemDoodle

menggambar struktur kimia baik dalam bentuk 2D atau

3D.

ChemLab

Untuk simulasi praktikum berbasis digital.

Jmol

Untuk visualisasi struktur molekul dalam tiga dimensi.

10

Avogadro

Pemodelan molekul

11

RasMol

Untuk memvisualisasi protein, asam nukleat, dan

molekul-molekul kecil.

12

VMD

Untuk memvisualisasi dan analisis biopolimer seperti

protein, asam nukleat, membrane.