Kimia Komputasi dalam Pengembangan Obat

Metode kimia komputasi untuk tujuan disain molekul

baru, tetutama senyawa obat, serta prediksi sifat fisiko-kimia telah menjadi metode pilihan
utama sebagian besar industri farmasi berkaitan dengan pengembangan maupun penemuan
obat. Aplikasi metode yang juga disebut in silico ini, berawal dari postulat dasar dalam
paradigma disain obat klasik yang menyatakan bahwa efek obat dalam tubuh manusia
merupakan suatu konsekuensi molecular recognition antara ligan (dalam hal ini obatdan
sutau makromolekul (target).

Aktivitas farmakologi ligan terhadap dudukan kerjanya (action site) sangat ditentukan oleh
tatanan ruang dan kerapatan elektron atom-atom ligan, dan juga bagaimana atom-atom
tersebut berinteraksi dengan molekul target atau biological conterpart (Bohm & Klebe,
1996). Struktur, dinamika, dan interaksi demikian memungkinkan suatu karakterisasi
menggunakan kimia komputasi dilakukan. Misalnya, pendekatan berbasis mekanika
molekular (molecular mechanics) secara efisien dapat membantu penemuan kandidat-
kandidat obat baru, dan metode komputasi yang tidak mahal ini sekarang secara rutin
digunakan di dalam disain obat (Jorgensen, 2004).

Meskipun demikian, jika deskripsi sifat elektron yang diperlukan untuk tujuan disain
tersebut, maka penggunaan mekanika kuantum sangat beperan. Sesungguhnya pendekatan
kimia komputasi berbasis mekanika kuantum selain menjelaskan efek elektronik kuantum,
juga mampu menjelaskan pembentukan dan pemutusan ikatan kimia, efek polarisai,
perpindahan muatan, dst., biasanya mampu memperkirakan energi molekul lebih akurat
(Cavali et al., 2006). Aplikasi mekanika kuantum berbasis ligan di dalam disain obat sejak
dahulu telah diarahkan dalam pengamatan energi, geometri, dan distribusi elektron (misalnya
HOMO, LUMO, momen dipol, dst.) molekul organik kecil. Perhitungan mekanika kuantum
secara rutin telah juga dilakukan dalam analisis QSAR (Quantitative-Structure Activity
Relationship) klasik (Lepp & Chuman, 2005), QSAR 3D (Aguirre et al., 2005) dan juga
mengembangkan deskriptor kuantum (Wan et al., 2004) untuk digunakan dalam penelitian
korelasi struktur-aktivitas.

Hal menarik dalam penggunaan kimiakomputasi berkaitan dengan molekul target di dalam
disain obat adalah telaah analisis reaksi enzimatik dalam sistem biologis yang memiliki
relevansi farmakologi (Gogonea et al., 2001), simulasi ini memungkinkan menjelaskan
mekanisme substrat (inhibitor)-enzim dan lebih lanjut terhadap interaksi substrat enzim pada
keadaan transisi melalui analisis energi ikat (binding energy).
Manfaat Kimia Komputasi untuk Pembelajaran

1. Dapat menghitung sifat molekul yang kompleks dan hasil perhitungannya berkorelasi
secara signifikan dengan eksperimen.

2. Dapat sebagai alat hitung seperti halnya kalkulator- untuk membantu penyelesaian secara
numerik dari persamaan matematika yang menggambarkan sifat sistem, misalnya dalam
penyelesaian perhitungan stokiometri, termasuk juga otomatisasi alat ukur yang dapat
mengkonversi signal elektronik menjadi data numerik.

3. Dapat sebagai alat visualisasi dan animasi

4. Membantu kita mengeksplorasi sifat senyawa dan pada umumnya program tersebut telah
dilengkapi dengan visualisasi dan animasi, seperti program HyperChem, Gaussian,
Turbomol, Rasmol dll.

5. Menghitung sifat-sifat molekul dan perubahannya maupun melakukan simulasi terhadap

sistem-sistem besar (makromolekul seperti protein atau sistem banyak molekul seperti gas,
cairan, padatan, dan Kristal cair), dan menerapkan program tersebut pada sistem kimia nyata.

6. Simulasi terhadap makromolekul (seperti protein dan asam nukleat) dan sistem besar bisa
mencakup kajian konformasi molekul dan perubahannya (mis. Proses denatrasi protein),
perubahan fasa, serta peramalan sifat-sifat makroskopik (seperti kalor jenis) berdasarkan
perilaku di tingkat atom.