Asistensi

Praktikum Kimia
Medisinal
Proses Penemuan Obat
Metode in silico
 Metode in silico berperan sangat penting dalam
proses sintesis dan screening molekul.
 Proses ini merupakan tahap awal dari rangkaian
penemuan suatu obat.
 Pada tahap ini berbagai molekul atau senyawa
yang berpotensi sebagai obat disintesis,
dimodifikasi atau bahkan direkayasa untuk
mendapatkan senyawa atau molekul obat yang
diinginkan.
 Metode in silico merupakan suatu metode
penggunaan ekspresi yang berarti dilakukan
pada komputer atau melalui simulasi.
Praktikum Kimia Medisinal

HKSA Molecular
docking
Hubungan Kuantitatif Struktur
dan Aktivitas (HKSA)
 HKSA merupakan metode untuk membangun
model komputasi atau matematika yang
mencoba untuk menemukan korelasi yang
signifikan secara statistik antara struktur dan
fungsi menggunakan teknik chemometric.
 HKSA digunakan untuk memprediksi struktur
senyawa obat baru dengan aktivitas baru
berdasarkan struktur dasar yang telah
diketahui aktivitasnya dari eksperimen.
Hubungan Kuantitatif Struktur
dan Aktivitas (HKSA)
 Pemodelan HKSA memerlukan deskriptor
untuk menentukan nilai aktivitas suatu
senyawa.
 Deskriptor yang digunakan adalah deskriptor
elektronik muatan bersih atom, momen dipol,
energi LUMO (Lowest Unoccupied Molecular
Orbital) dan energi HOMO (Highest Occupied
Molecular Orbital), indeks polarisabilitas,
Molecular Surface Area (MSA), Polar Surface
Area (PSA), dan koefisien partisi atau Log P.
Molecular Docking
 Molecular docking
merupakan salah satu
metode in silico yang
dapat digunakan dalam
proses pengembangan
obat, untuk memprediksi
kompleks struktur ligan
kecil dengan reseptor
yang berupa suatu
protein.
Software yang digunakan
 Autodocktools 1.5.6
 BuildQSAR
 Discovery Studio 2016
 Hyperchem
 Microsoft Excel
 Open Babel
Materi Praktikum
I. Penyiapan Struktur 3D Dataset
II. Optimasi Geometri
III. Menghitung Nilai Deskriptor
IV. Membuat Database HKSA, Analisis
Database dan Persamaan QSAR
V. Desain Senyawa Baru Hasil HKSA dan
Preparasi Ligan
VI. Persiapan Reseptor dan Validasi
VII. Proses Docking dan Analisa Hasil
Tema Praktikum Kimmed
 Pada praktikum ini akan dilakukan studi
HKSA dan molecular docking terhadap
senyawa turunan Oxabicycloheptene
Sulfonamide (OBHS) sebagai Antagonis
Reseptor Estrogen 𝝰.
Senyawa antikanker
 Sebuah review baru menemukan bahwa
obat yang dapat menghambat kinerja
hormon estrogen (salah satu penyebab
kanker leher rahim) terbukti dapat
menurunkan risiko kanker.
 Obat-obat tersebut menghambat kinerja
estrogen dengan bekerja sebagai anti
Reseptor Estrogen.
Senyawa antikanker
 Manghong Zhu, dkk (2013) telah melakukan studi
SAR (Structure Activity Relationship) senyawa-
senyawa turunan Oxabicycloheptene sulfonate
(OBHS) yang telah mengalami penggantian
gugus sulfonate menjadi Sulfonamida sekunder
atau tersier terhadap aktivitasnya sebagai
antagonis estrogen reseptor (ER) berdasarkan
afinitas pengikatan reseptornya yang sangat baik
melalui radiometric assays.
 Sehingga dihasilkan aktivitas transkripsional
antagonis (inhibisi) estrogen reseptor berupa IC50
hasil evaluasi secara in vitro yaitu HepG2 cell
reporter Gene assays terhadap satu seri senyawa
analog OBHS.
1. Penyiapan Struktur 3D Dataset
 Penggambaran kerangka struktur senyawa
induk OBHS dan turunannya menggunakan
Hyperchem.
 Proses Penggambaran diawali dengan
menggambar kerangka induk dengan posisi
dan nomor atom yang tepat, mengingat
kerangka induk tersebut yang akan kita
gunakan untuk menggambar senyawa
turunannya. (Hindari kekeliruan didalam
menggambar kerangka induk)
 Pengecekan muatan (semua muatan
deskriptor/atom harus 0)
2. Optimasi Geometri
 Optimasi geometri dilakukan dengan
menemukan suatu minima pada permukaan
energi potensial, yang bertujuan untuk
memprediksi struktur kesetimbangan sistem
molekuler.
 Optimasi geometri dilakukan menggunakan
metode semi-empirical, PM3.
 Pengecekan muatan setiap atom setelah
dilakukan optimasi geometri dan filenya
disimpan dalam bentuk ekstension ***.LOG.
3. Menghitung Nilai Deskriptor
Input data hasil optimasi geometri pada excel
meliputi :
 Nama senyawa, IC50, Log 1/IC50, jumlah
muatan dari atom kerangka induk (qC1, qC2,
qC3, dst), Energi HOMO (E homo), Energi
LUMO (E lumo), Koefisien Partisi (Log P) Energi
Hidrasi (E hid), Polarisabilitas (a) Refraktifitas
Molar (MR), Volume Molekuler (V) Luas
Permukan Molekul (SA/Grid), Energi Total (Et),
Momen Dipole (μ), dan Panas Pembentukan
(Hf). Atau dapat juga ditambahkan
desktriptor Energi Elektronik (E ele) dan Mass.
4. Membuat Database Hksa, Analisis
Database Dan Persamaan Qsar
 Membuat Database dengan software
buildqsar.
 Melakukan analisis database dan
Persamaan QSAR
5. Desain Senyawa Baru Hasil
Hksa dan Preparasi Ligan
 Melakukan desain senyawa baru dari
turunan Oxabicycloheptene Sulfonamide
sebagai antagonis reseptor estrogen α
yang telah dianalisis HKSA.
 Melakukan preparasi ligan untuk
dilanjutkan ke metode Molecular
Docking.
6. Persiapan Reseptor dan Validasi
 melakukan persiapan reseptor estrogen α
dengan Autodocktools 1.5.6.
 melakukan validasi metode molecular
docking.
7. Proses Docking, Analisa dan
Visualisasi Hasil
 melakukan proses docking, analisa dan
visualisasi hasil dari desain senyawa
turunan Oxabicycloheptene Sulfonamide
dengan bantuan HKSA sebagai
antagonis reseptor estrogen α.
Teknis Pelaksanaan Prakt.
Jadwal Praktikum
Hari Waktu Gelombang

Selasa 08.00-11.00 WIB 1&2

13.00-16.00 WIB 3&4

Kamis 08.00-11.00 WIB 5&6

Pembagian Gelombang