MENGENAL MOLECULAR DOCKING (PENAMBATAN

MOLEKUL)
Perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi pada zaman ini
dapat

membantu

menjawab

dan

menjelaskan

berbagai

macam

fenomena sains yang terjadi disekitar kita. Begitu pun di bidang kimia
farmasi yang semakin berkembang dalam penemuan dan perancangan
obat baru yang lebih baik efikasinya dan meminimalisir efek samping
yang terjadi. Di era modern ini, metode pengembangan obat obatan
sudah mulai masuk ke ranah ilmu komputasi, dalam memahami struktur
biologi molekuler dan penemuan obat berdasarkan struktur. Hal ini
disebut Computer aided drug design (desain obat berbantu komputer).
Salah satu metode yang digunakan adalah Molecular Docking.
Secara bahasa, molecular berarti molekuler, dan docking
berarti penambatan, sehingga dapat diartikan penambatan molekuler.
Dalam hal ini, yang ditambatkan adalah molekul obat (ligan) pada
reseptornya (target obat). Molekul obat ini dapat berupa senyawa yang
diprediksi memiliki aktivitas farmakologis, baik itu senyawa dari ekstrak
tumbuhan ataupun senyawa sintesis.
Docking digunakan untuk

mengetahui

bagaimana

ligan

berinteraksi dengan situs tambat reseptornya sehingga dapat diprediksi

aktifitasnya. Ligan biasanya berupa molekul kecil, atau dapat pula
berupa protein. Sedangan reseptor berupa rangkaian susunan asam
amino protein, atau dapat pula berupa DNA atau RNA yang terdapat
dalam sel tubuh.
Docking adalah metode untuk memprediksi orientasi yang
terbaik dari suatu molekul ketika terikat satu sama lain untuk
membentuk kompleks yang stabil. Informasi tentang oreintasi ini dapat
digunakan untuk memprediksi kekuatan hubungan atau afinitas antara
dua molekul yang digunakan. Hubungan antara molekul biologis yang
relevan seperti protein, asam nukleat, karbohidrat, dan lipid memiliki

peran penting dalam transduksi sinyal. Selanjutnya, orientasi relatif dari

dua pasangan yang berinteraksi dapat mempengaruhi jenis sinyal yang
dihasilkan.

Gambar 2.11. Konsep dasar penambatan molekul

(Mukesh, 2011)

Docking dilakukan untuk mensimulasikan secara komputasi

proses pengenalan molekul. Tujuan dari docking adalah untuk mencapai
konformasi protein dan ligan yang optimal sehingga energi bebas dari
sistem secara keseluruhan diminimalkan. docking membantu dalam
mempelajari obat / ligan atau interaksi reseptor / protein dengan
mengidentifikasi situs aktif yang cocok pada protein, mendapatkan
geometri terbaik dari kompleks ligan reseptor , dan menghitung energi
interaksi dari ligan yang berbeda untuk merancang ligan yang lebih
efektif.
Senyawa

Uji In Vitro
(Lab. Basah)

Pemodelan
(Pendekatan)

Struktur

Komputasi
(Lab. Kering)

Gambar 2.12. Filosofi Komputasi

Aktivitas

Validasi

Ramalan Aktivitas
(Gbind)

Untuk melakukan docking, syarat pertama adalah struktur

protein yang diinginkan. Biasanya struktur telah ditentukan dengan
menggunakan

teknik

biofisik

seperti

kristalografi

sinar-x,

atau

spektroskopi NMR, kemudian disimpan dalam Protein Data Bank.

Sedangkan untuk ligan yang akan digunakan dapat dibuat dengan
software menggambar kimia seperti Chemdraw atau Marvinsketch.
Struktur protein dan basis data ligan yang potensial ini berfungsi
sebagai input untuk program docking.
Program docking terdiri dari 2 bagian, yaitu docking algorithms /
docking pose dan scoring function. Docking algorithms/pose berfungsi
untuk mencari orientasi/konformasi suatu ligand terhadap situs tambat
reseptornya sehingga didapat konformasi yang paling stabil dari
kompleks ligan-protein yang terbentuk. Gugus gugus fungsional ligan
akan berinteraksi dengan residu residu asam amino protein reseptor
sehingga membentuk ikatan intermolekular. Kekuatan ikatan inilah yang
dihitung dan diperingkatkan (ranking) dengan Scoring function.
Scoring function berfungsi untuk menghitung afinitas kompleks
ligan-protein reseptor yang terbentuk. Identifikasi ini didasarkan pada
beberapa teori seperti teori energi bebas Gibbs (Gbind). Nilai energi
bebas Gibbs yang kecil menunjukkan bahwa konformasi yang terbentuk
adalah

stabil,

sedangkan

nilai

energi

bebas

Gibbs

yang

besar

menunjukkan kurang stabilnya kompleks yang terbentuk. Semakin

negatif nilai yang dihasilkan, maka semakin baik afinitas kompleks liganprotein, sehingga diharapkan aktivitasnya pun semakin baik.

Referensi
Patrick, G. (2001). Instant Notes in Medicinal Chemistry.

Philip E Bourne and Jenny Gu (2009). Structural Bioinformatics,

Second edition.
J. Alvarez, and B. Shoichet (2005). Virtual Screening in Drug Discovery.

Arry Yanuar (2012). Penambatan Molekular: Praktek dan Aplikasi

Virtual Screening.