SOAL UAS BIOLOGI MOLEKULER (Prof.

Bambang)

1. Terdapat berapa macam teknik isolasi atau kloning gen, jelaskan macam-macam
teknik kloning gen tersebut dan jelasakan pula perbedaannya?
Kloning adalah teknik penggandaan gen yang menghasilkan keturunan yang
sama sifatnya, baik dari segi heriditas maupun fenotipnya.
 Clonig by gene library = kumpulan sequence DNA yang berbeda yang
telah di klon menuju vektor yang berfungsi untuk purifikasi,
penyimpanan dan analisis.
 Cloning by PCR = teknik kloning dengan menggunakan PCR
 Cloning by RT-PCR = kloning yang sebelumnya ditentukan urutan asam
amino atau protein, bekerja dengan baik ketika protein yang diinginkan
diisolasi dan diurutkan secara parsial

Perpustakaan Gen PCR RT-PCR

Perpustkaan genomik Respon cepat Membutuhkan urutan
parsial asam amino
Perpustakaan cDNA Harus terdapat DNA dan Terdapat DNA atau asam
Asam Amino amino

2. Jelaskan apa yang saudara ketahui tentang perbedaan plasmid vektor kloning dan
plasmid vektor ekspresi.
 Kloning Vektor = memungkingkan DNA eksogen dimasukkan, disimpan
dan dimanipulasi terutama pada tingkat DNA.
 Vektor Ekspresi = memungkinkan DNA eksogen dimasukkan, disimoan
dan diekspresikan

Perbedaanya yaitu pada kloning vektor hasil DNA dimanipulasi sedangkan

pada vektor ekspresi hasil DNA diekspresikan.

3. Jelaskan apa yang disebut analisa Westersn Bolt dan jelaskan bagaimana pula cara
analisisnya.
Western Bolt merupakan analisa protein dengan transfer protein dari gel
poliakrilamid ke membran.
 Cara analisa :
 Protein yang telah didapati ditransfer dengan nitroselulose membentuk
band
 Ditambahkan antibodi
 Divisualisasi dengan X-Ray
4. Jelaskan bagaimana teknik PCR sehingga bisa digunakan untuk perbanyakan DNA.
 Denaturasi = DNA yang akan digandakan akan dimasukkan untuk
perbanyakan DNA. Denaturasi dengan suhu 70ºC yang menyebabkan
DNA double helix menjadi helix.
 Annealing = ditambahkan RNA primer an bergabung dengan DNA helix.
 Elongasi = DNA yang bergabung dengan RNA akan mengalami
pemanjangan sampai mencapai terminasi.
5. Macam – macam purifikasi protein dengan menggunakan kolom kromatografi.
 Ion Exchange Chromatography = Kolom disetimbangkan dengan buffer
pH yang sesuai dan kekuatan ionik,
Protein - muatan bersih berlawanan
dengan tongkat exchanger ke kolom.
 Affinity Chromatography = Menggunakan sifat pengikatan molekul /
protein tertentu, fase diam memiliki
polimer yang secara kovalen terhubung
dengan senyawa yang disebut ligan
 Imunoaffinity Chromatography = Antibodi monoklonal dapat dilekatkan
pada bahan kolom, kolom hanya
mengikat protein yang melawan
antibodi yang telah dibangkitkan.
 Gel Filtration Chromatography = Memisahkan molekul berdasarkan
ukuran (berat molekul), fase diam
terdiri dari partikel gel silang (Manik-
manik).
6. Jelaskan apa yang disebut dengan rekombinan protein dan sebutkan pula aplikasi
penggunaan rekombinan protein.
Rekombinan Protein adalah suatu bentuk manipulasi dari protein, yang
dihasilkan dalam berbagai cara untuk menghasilkan protein dalam jumlah
besar dan memproduksi produk komersial yang bermanfaat.
Aplikasi = Produksi Insulin Manusia

1. Pengambilan DNA manusia

yang memproduksi insulin dan
plasmid bakteri dengan
bantuan enzim restriksi
(sebagai pemecah rantai DNA)
2. Penggabungan DNA manusia
dan plasmid dengan bantuan
enzim ligase, sehingga menjadi
DNA rekombinan
3. Dimasukkan ke bakteri
(sebagai vektor) untuk di
perbanyak sehingga
menghasilkan insulin manusia
yang banyak.

7. Jelaskan yang saudara ketahui tentang :

 Enzim Restriksi = = Enzim yang berfungsi untuk memotong DNA
menjadi fragmen-fragmen DNA yang bebentuk sticky ends (U. Lancip)
 Reverse Transciption PCR = Salah satu jenis dari PCR yang
menggunakan teknik amplifikasi yang mana untai RNA pertama-tama di
transkrip balik menjadi DNA komplemen (complementary DNA,
atau cDNA) menggunakan enzim reverse transcriptase, dan cDNA yang
dihasilkan akan digandakan sepertihalnya PCR pada umumnya.
 Real Time PCR = Suatu teknik pengerjaan PCR di laboratorium untuk
mengamplifikasi (memperbanyak) sekaligus menghitung (kuantifikasi)
jumlah target molekul DNA hasil amplifikasi tersebut. Real Time PCR
memungkinkan dilakukannya deteksi dan kuantifikasi (sebagai nilai
absolut dari hasil perbanyakan DNA atau jumlah relatif setelah
dinormalisasi terhadap input DNA atau gen-gen penormal yang
ditambahkan) sekaligus terhadap sekuens spesifik dari sampel DNA yang
dianalisa.
 Enzim Ligase = Enzim yang berfungsi untuk menggabungkan fragmen
okazaki saat proses replikasi.
8. Jelaskan mengapa Agrobacterium dapat melakukan transformasi DNA dan bagaimana
mekanismenya.
Karena menghasilkan transgen terekspresi yang lebih besar dengan
jumlah lokus yang lebih rendah, Efisiensi transformasi dengan salinan gen
tunggal lebih tinggi dan Gen dengan salinan tunggal lebih mudah dianalisa dan
biasanya bersegregasi mengikuti pola pewarisan Mendel.
Langkah :
 Kolonisasi Bakteri
 Induksi sistem virulen bakteri
 Pembentukan generasi kompleks T-DNA
 Tranfer T-DNA meliputi 2 model untuk translokasi kompleks T-
DNA
 Integrasi T-DNA dalam genom tanaman

9. Jelaskan mengenai metode Blue-White Selection dan mengapa metoda tersebut dapat
digunakan untuk melihat keberhasilan ligasi dan transformasi.
Metode yang digunakan untuk memisahkan sel yang mengandung
plasmid rekombinan dengan sel yang mengandung plasmid tanpa insert.
Mengapa bisa dikatakan sebagai keberhasilan ligasi dan transformasi? Karena
metode ini menggunakan media yang mengandung X-gal dan IPTG yang mana
transforman tersebut menghasilakan koloni berwarna putih (sel bakteri
mengandung DNA plasmid rekombinan).
10. Perbedaan DNA dan cDNA
11. Jelaskan mengenai gen penanda dan bagaimana cara mengetahui keberhasilan
transformasi menggunakan gen penanda.

Keberhasilan transformasi ini dapat dilihat dengan dibuktikan dengan

teramplifikasinya gen penanda pada setiap sampel tanaman tranforman, yang
berarti bahwa gen-gen yang ditransformasikan telah terintegrasi pada tanaman
tanaman transforman.

12. Bagaimana cara perbanyakan DNA dengan transformasi gen pada sel bakteri EC. Sel
kompeten adalah?
 Sel kompeten adalah sel yang dapat menyerap DNA karena telah
mendapat perlakuan fisik maupun kimia. Sel dapat dibuat kompeten melalui
perlakuan dengan garam kalsium klorida (CaCl2) atau rubidium klorida (RbCl).

13. Perbedaan Southern Blot, Western Blot dan Northern Blot

14. Pengertian Ekspresi Gen dan alasan kenapa harus dipelajari.

Proses transformasi genetik melalui proses transkripsi dan translasi,
untuk pembentukan protein dan enzim.