Pengertian Penambatan Molekul

Penambatan molekul (molecular docking) merupakan prosedur yang menggunakan

komputer untuk memprediksi ikatan nonkovalen makromolekul, molekul besar
(reseptor), dan molekul kecil (ligan). Prosedur ini bertujuan memprediksi model
ikatan dominan antara ligan dengan protein yang telah diketahui struktur tiga
dimensinya. Prediksi ikatan molekul kecil dan protein tersebut sangat penting dalam
penampisan molekul virtual mirip obat untuk menemukan senyawa penuntun untuk
pengembangan obat selanjutnya. Penambatan molekul ini dapat digunakan untuk
penampisan senyawa besar, pengurutan hasil, dan pembuatan hipotesis bagaimana
sebuah ligan menghambat suatu reseptor. Penggunaan metode panambatan
molekular memberikan manfaat mempersempit fokus riset, menghemat biaya
penelitian, dan mengefektifkan waktu dan biaya penelitian.

Prinsip Penambatan Molekul

Penambatan molekul dilakukan berdasarkan prinsip bahwa reseptor membentuk

kompleks dengan ligan. Ikatan ini terpengaruh oleh struktur enzim yang kaku dan
fleksibel. Penambatan molekul akan mencari kandidat konformasi ikatan reseptor
dengan ligan secara komputasional menggunakan algoritma pencarian. Perangkat
lunak akan melakukan fungsi perhitungan mencari nilai energi bebas ikatan Gibbs
(?G), kecocokan energi (memprediksi afinitas ikatan), dan kandidat konformasi
ikatan reseptor dengan ligan, kecocokan geometris (menemukan metode ikatan yang
paling mungkin). Energi bebas ikatan sebanding dengan afinitas ligan dan ikatannya
terhadap protein. Interaksi protein dan ligan akan terbentuk apabila kompleks yang
dihasilkan memiliki energi bebas ikatan bernilai rendah. Semakin negatif energi
ikatan bebas maka afinitas ligan terhadap proteinnya semakin kuat. Energi bebas
ikatan yang rendah juga menunjukkan ikatan ligan dan reseptor yang stabil. Hasil
analisis juga mendapatkan posisi dan ikatan ligan terhadap reseptor.

Syarat Penambatan Molekul

Berikut beberapa syarat yang harus dipenuhi untuk melakukan prosedur penambatan
molekul:

Basis Data (Database)

Salah satu syarat pelaksanaan penambatan molekul adalah adanya struktur protein
reseptor yang dikehendaki. Reseptor atau target proses penambatan diperoleh dari
hasil eksperimen seperti spektroskopi NMR atau pun kristalografi sinar-x. Ligan dan
reseptor yang dikehendaki didapatkan melalui basis data/pangkalan data/database
berikut ini

 Protein Data Bank

Protein Data Bank (PDB) merupakan basis data yang berisi kumpulan arsip mengenai
struktur makromolekul biologi dari seluruh dunia. Basis data ini didirikan oleh
Brookhaven National Laboratories (BNL) pada tahun 1971. Data struktur
makromolekul biologi dalam bentuk tiga dimensi ini didapatkan melalui eksperimen
menggunakan teknik kristalografi sinar X, resonansi magnet inti (Nuclear Magnetic
Resonance [NMR]), dan mikroskopi cyro-electron. Hasil percobaan tersebut
kemudian diproses dengan program komputer sehingga mendapatkan model molekul
yang sesuai dengan eksperimen. Basis data ini dapat digunakan untuk mencari
struktur protein reseptor yang hendak ditambatkan.
  ZINC

ZINC merupakan basis data yang berisi senyawa-senyawa komersil yang dapat
digunakan untuk keperluan penambatan molekul ataupun penampisan virtual. Basis
data ini disediakan oleh Laboratorium Shoichet, Departemen Kimia Farmasi,
Universitas California San Fracisco dan arsip senyawa yang tersedia dipasok oleh
Cambridge, ChemDiv, Ryan, Asinex, Sigma-Aldrich, Maybridge, Specs, Cogmenex,
dan Otava. Basis data ini digunakan untuk mencari struktur ligan.

 Pubchem

Pubchem merupakan basis data berisi senyawa organik, sifat-sifat senyawa, dan
struktur tiga dimensi senyawa tersebut. Basis data Pubchem dikelolah oleh National
Institute of Health (NIH), National Library of Medicine, Amerika Serikat. Basis data
ini umum digunakan untuk mencari struktur ligan yang akan digunakan dalam proses
penambatan.

Perangkat Lunak

Syarat lain untuk melakukan prosedur penambatan ialah adanya perangkat lunak
yang hendak digunakan. Perangkat lunak ini berfungsi dalam proses modifikasi
berkas (file) struktur tiga dimensi yang diperoleh dari basis data. Perangkat lunak ini
juga berfungsi dalam melakukan fungsi pencarian kecocokan energi serta kecocokan
geometris antara ligan dengan reseptor. Keberhasilan penambatan molekul
bergantung pada algoritma pencarian dan fungsi perhitungan ligan-protein.

 Discovery Studio
Discovery studio merupakan perangkat lunak yang dikembangkan oleh Dassault
Systemes Biova. Perangkat ini dapat digunakan dalam berbagai hal seperti
memvisualisasi berkas (file) struktur sebuah molekul, menjalankan simulasi kimia,
mengidentifikasi interaksi antara reseptor dengan ligan, dan masih banyak lagi.
Perangkat lunak ini digunakan untuk melakukan perbaikan terhadap berkas struktur
reseptor yang didapat dari basis data (database) dan juga mengkonversi format berkas
(file) sehingga dapat digunakan oleh program lainnya. Aplikasi ini juga dapat
digunakan untuk menganalisis hasil penambatan molekul, namun pada artikel
selanjutnya kita tidak menggunakan aplikasi Discovery Studio.

 AutoDockTools

AutoDockTools merupakan aplikasi front-end dari aplikasi Autodock dan Autodock

Vina. Program AutoDockTools dalam penambatan molekul dapat digunakan dalam
mengubah struktur ligan atau reseptor yang digunakan, mencari parameter grid yang
sesuai, menjalankan penambatan, hingga menganalisa hasil penambatan. Sayangnya,
fitur menjalankan penambatan tidak dapat digunakan akibat adanya pesan galat
sehingga fitur ini dijalankan langsung menggunakan aplikasi Autodock Vina.

 Autodock Vina

Autodock Vina merupakan perangkat lunak yang dikembangkan oleh The Scripps
Research Institute. Perangkat lunak ini berfungsi dalam melakukan fungsi pencarian
dan penilaian sehingga percobaan mendapatkan data mengenai kecocokan energi dan
geomeris. Perangkat ini tidak memiliki antar muka grafis, sehingga penggunanya
harus terbiasa dengan antar muka teks walaupun perintah yang digunakan sebarnya
sangat sederhana. Penggunaan perangkat lunak Autodock Vina disebabkan oleh
manfaat yang dimilikinya berupa mudah digunakan, residu yang digunakan bersifat
fleksibel, akurat, dan cepat.
  LigPlot+

LigPlot+ merupakan perangkat lunak antar muka grafis dari perangkat lunak
LIGPLOT dan DIMPLOT. Perangkat lunak ini dikembangkan oleh Roman Laskowski.
LigPlot+ digunakan pada proses penambatan dalam analisis hasil penambatan
molekul. Penggunaan perangkat ini disebabkan oleh hasil yang lebih jelas dan mudah
dimengerti.

Simpulan

Penambatan molekul (molecular docking) merupakan prosedur yang menggunakan

komputer untuk memprediksi ikatan nonkovalen makromolekul, molekul besar
(reseptor), dan molekul kecil (ligan). Prosedur ini digunakan untuk mengetahui
interaksi antara ligan dan protein reseptor. Prosedur ini membutuhkan beberapa
syarat agar dapat digunakan diantaranya basis data dan perangkat lunak.

Lipinski's rule of five also known as the Pfizer's rule of five or simply the rule of
five (RO5) is a rule of thumb to evaluate druglikeness or determine if a chemical
compound with a certain pharmacological or biological activity has chemical
properties and physical properties that would make it a likely orally active drug in
humans. The rule was formulated by Christopher A. Lipinski in 1997, based on the
observation that most orally administered drugs are relatively small and
moderately lipophilic molecules.[1][2]

The rule describes molecular properties important for a drug's pharmacokinetics in the
human body, including their absorption, distribution, metabolism,
and excretion ("ADME"). However, the rule does not predict if a compound is
pharmacologically active.
The rule is important to keep in mind during drug discovery when a pharmacologically
active lead structure is optimized step-wise to increase the activity and selectivity of the
compound as well as to ensure drug-like physicochemical properties are maintained as
described by Lipinski's rule.[3] Candidate drugs that conform to the RO5 tend to have lower
attrition rates during clinical trials and hence have an increased chance of reaching the
market.[2][4]

Lipinski's rule states that, in general, an orally active drug has no more than one violation
of the following criteria[5]:

 No more than 5 hydrogen bond donors (the total number of nitrogen–

hydrogen and oxygen–hydrogen bonds)
 No more than 10 hydrogen bond acceptors (all nitrogen or oxygen atoms)
 A molecular mass less than 500 daltons
 An octanol-water partition coefficient[6] log P not greater than 5

Note that all numbers are multiples of five, which is the origin of the rule's name. As with
many other rules of thumb, (such as Baldwin's rules for ring closure), there are many
exceptions to Lipinski's Rule.